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DELTA-RPB4 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _pdbx_entity_src_syn.entity_id 2 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag sample _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num ? _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num ? _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ? _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name ? _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ? _pdbx_entity_src_syn.details 'The RNA was synthesized by the polymerase before the crystal was formed.' # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP RPB1_YEAST 3 ;MVGQQYSSAPLRTVKEVQFGLFSPEEVRAISVAKIRFPETMDETQTRAKIGGLNDPRLGSIDRNLKCQTCQEGMNECPGH FGHIDLAKPVFHVGFIAKIKKVCECVCMHCGKLLLDEHNELMRQALAIKDSKKRFAAIWTLCKTKMVCETDVPSEDDPTQ LVSRGGCGNTQPTIRKDGLKLVGSWKKDRATGDADEPELRVLSTEEILNIFKHISVKDFTSLGFNEVFSRPEWMILTCLP VPPPPVRPSISFNESQRGEDDLTFKLADILKANISLETLEHNGAPHHAIEEAESLLQFHVATYMDNDIAGQPQALQKSGR PVKSIRARLKGKEGRIRGNLMGKRVDFSARTVISGDPNLELDQVGVPKSIAKTLTYPEVVTPYNIDRLTQLVRNGPNEHP GAKYVIRDSGDRIDLRYSKRAGDIQLQYGWKVERHIMDNDPVLFNRQPSLHKMSMMAHRVKVIPYSTFRLNLSVTSPYNA DFDGDEMNLHVPQSEETRAELSQLCAVPLQIVSPQSNKPCMGIVQDTLCGIRKLTLRDTFIELDQVLNMLYWVPDWDGVI PTPAIIKPKPLWSGKQILSVAIPNGIHLQRFDEGTTLLSPKDNGMLIIDGQIIFGVVEKKTVGSSNGGLIHVVTREKGPQ VCAKLFGNIQKVVNFWLLHNGFSTGIGDTIADGPTMREITETIAEAKKKVLDVTKEAQANLLTAKHGMTLRESFEDNVVR FLNEARDKAGRLAEVNLKDLNNVKQMVMAGSKGSFINIAQMSACVGQQSVEGKRIAFGFVDRTLPHFSKDDYSPESKGFV ENSYLRGLTPQEFFFHAMGGREGLIDTAVKTAETGYIQRRLVKALEDIMVHYDNTTRNSLGNVIQFIYGEDGMDAAHIEK QSLDTIGGSDAAFEKRYRVDLLNTDHTLDPSLLESGSEILGDLKLQVLLDEEYKQLVKDRKFLREVFVDGEANWPLPVNI RRIIQNAQQTFHIDHTKPSDLTIKDIVLGVKDLQENLLVLRGKNEIIQNAQRDAVTLFCCLLRSRLATRRVLQEYRLTKQ AFDWVLSNIEAQFLRSVVHPGEMVGVLAAQSIGEPATQMTLNTFHFAGVASKKVTSGVPRLKEILNVAKNMKTPSLTVYL EPGHAADQEQAKLIRSAIEHTTLKSVTIASEIYYDPDPRSTVIPEDEEIIQLHFSLLDEEAEQSFDQQSPWLLRLELDRA AMNDKDLTMGQVGERIKQTFKNDLFVIWSEDNDEKLIIRCRVVRPKSLDAETEAEEDHMLKKIENTMLENITLRGVENIE RVVMMKYDRKVPSPTGEYVKEPEWVLETDGVNLSEVMTVPGIDPTRIYTNSFIDIMEVLGIEAGRAALYKEVYNVIASDG SYVNYRHMALLVDVMTTQGGLTSVTRHGFNRSNTGALMRCSFEETVEILFEAGASAELDDCRGVSENVILGQMAPIGTGA FDVMIDEESLVKYMPEQKITEIEDGQDGGVTPYSNESGLVNADLDVKDELMFSPLVDSGSNDAMAGGFTAYGGADYGEAT SPFGAYGEAPTSPGFGVSSPGFSPTSPTYSPTSPAYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSP TSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPAYSPTSPSYSPTSPSYSPTSP SYSPTSPSYSPTSPNYSPTSPSYSPTSPGYSPGSPAYSPKQDEQKHNENENSR ; 1 P04050 ? 2 UNP RPB2_YEAST 4 ;MSDLANSEKYYDEDPYGFEDESAPITAEDSWAVISAFFREKGLVSQQLDSFNQFVDYTLQDIICEDSTLILEQLAQHTTE SDNISRKYEISFGKIYVTKPMVNESDGVTHALYPQEARLRNLTYSSGLFVDVKKRTYEAIDVPGRELKYELIAEESEDDS ESGKVFIGRLPIMLRSKNCYLSEATESDLYKLKECPFDMGGYFIINGSEKVLIAQERSAGNIVQVFKKAAPSPISHVAEI RSALEKGSRFISTLQVKLYGREGSSARTIKATLPYIKQDIPIVIIFRALGIIPDGEILEHICYDVNDWQMLEMLKPCVED GFVIQDRETALDFIGRRGTALGIKKEKRIQYAKDILQKEFLPHITQLEGFESRKAFFLGYMINRLLLCALDRKDQDDRDH FGKKRLDLAGPLLAQLFKTLFKKLTKDIFRYMQRTVEEAHDFNMKLAINAKTITSGLKYALATGNWGEQKKAMSSRAGVS QVLNRYTYSSTLSHLRRTNTPIGRDGKLAKPRQLHNTHWGLVCPAETPEGQACGLVKNLSLMSCISVGTDPMPIITFLSE WGMEPLEDYVPHQSPDATRVFVNGVWHGVHRNPARLMETLRTLRRKGDINPEVSMIRDIREKELKIFTDAGRVYRPLFIV EDDESLGHKELKVRKGHIAKLMATEYQDIEGGFEDVEEYTWSSLLNEGLVEYIDAEEEESILIAMQPEDLEPAEANEEND LDVDPAKRIRVSHHATTFTHCEIHPSMILGVAASIIPFPDHNQSPRNTYQSAMGKQAMGVFLTNYNVRMDTMANILYYPQ KPLGTTRAMEYLKFRELPAGQNAIVAIACYSGYNQEDSMIMNQSSIDRGLFRSLFFRSYMDQEKKYGMSITETFEKPQRT NTLRMKHGTYDKLDDDGLIAPGVRVSGEDVIIGKTTPISPDEEELGQRTAYHSKRDASTPLRSTENGIVDQVLVTTNQDG LKFVKVRVRTTKIPQIGDKFASRHGQKGTIGITYRREDMPFTAEGIVPDLIINPHAIPSRMTVAHLIECLLSKVAALSGN EGDASPFTDITVEGISKLLREHGYQSRGFEVMYNGHTGKKLMAQIFFGPTYYQRLRHMVDDKIHARARGPMQVLTRQPVE GRSRDGGLRFGEMERDCMIAHGAASFLKERLMEASDAFRVHICGICGLMTVIAKLNHNQFECKGCDNKIDIYQIHIPYAA KLLFQELMAMNITPRLYTDRSRDF ; 1 P08518 ? 3 UNP RPB3_YEAST 5 ;MSEEGPQVKIREASKDNVDFILSNVDLAMANSLRRVMIAEIPTLAIDSVEVETNTTVLADEFIAHRLGLIPLQSMDIEQL EYSRDCFCEDHCDKCSVVLTLQAFGESESTTNVYSKDLVIVSNLMGRNIGHPIIQDKEGNGVLICKLRKGQELKLTCVAK KGIAKEHAKWGPAAAIEFEYDPWNKLKHTDYWYEQDSAKEWPQSKNCEYEDPPNEGDPFDYKAQADTFYMNVESVGSIPV DQVVVRGIDTLQKKVASILLALTQMDQDKVNFASGDNNTASNMLGSNEDVMMTGAEQDPYSNASQMGNTGSGGYDNAW ; 1 P16370 ? 4 UNP RPB5_YEAST 6 ;MDQENERNISRLWRAFRTVKEMVKDRGYFITQEEVELPLEDFKAKYCDSMGRPQRKMMSFQANPTEESISKFPDMGSLWV EFCDEPSVGVKTMKTFVIHIQEKNFQTGIFVYQNNITPSAMKLVPSIPPATIETFNEAALVVNITHHELVPKHIRLSSDE KRELLKRYRLKESQLPRIQRADPVALYLGLKRGEVVKIIRKSETSGRYASYRICM ; 1 P20434 ? 5 UNP RPB6_YEAST 7 ;MSDYEEAFNDGNENFEDFDVEHFSDEETYEEKPQFKDGETTDANGKTIVTGGNGPEDFQQHEQIRRKTLKEKAIPKDQRA TTPYMTKYERARILGTRALQISMNAPVFVDLEGETDPLRIAMKELAEKKIPLVIRRYLPDGSFEDWSVEELIVDL ; 1 P20435 ? 6 UNP RPB8_YEAST 8 ;MSNTLFDDIFQVSEVDPGRYNKVCRIEAASTTQDQCKLTLDINVELFPVAAQDSLTVTIASSLNLEDTPANDSSATRSWR PPQAGDRSLADDYDYVMYGTAYKFEEVSKDLIAVYYSFGGLLMRLEGNYRNLNNLKQENAYLLIRR ; 1 P20436 ? 7 UNP RPB9_YEAST 9 ;MTTFRFCRDCNNMLYPREDKENNRLLFECRTCSYVEEAGSPLVYRHELITNIGETAGVVQDIGSDPTLPRSDRECPKCHS RENVFFQSQQRRKDTSMVLFFVCLSCSHIFTSDQKNKRTQFS ; 1 P27999 ? 8 UNP RPB10_YEAST 10 MIVPVRCFSCGKVVGDKWESYLNLLQEDELDEGTALSRLGLKRYCCRRMILTHVDLIEKFLRYNPLEKRD 1 P22139 ? 9 UNP RPB11_YEAST 11 ;MNAPDRFELFLLGEGESKLKIDPDTKAPNAVVITFEKEDHTLGNLIRAELLNDRKVLFAAYKVEHPFFARFKLRIQTTEG YDPKDALKNACNSIINKLGALKTNFETEWNLQTLAADDAF ; 1 P38902 ? 10 UNP RPC10_YEAST 12 MSREGFQIPTNLDAAAAGTSQARTATLKYICAECSSKLSLSRTDAVRCKDCGHRILLKARTKRLVQFEAR 1 P40422 ? 11 PDB 1I6H 1 ? ? 1I6H ? 12 PDB 1I6H 2 ? ? 1I6H ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1I6H A 1 ? 1733 ? P04050 1 ? 1733 ? 1 1733 2 2 1I6H B 1 ? 1224 ? P08518 1 ? 1224 ? 1 1224 3 3 1I6H C 1 ? 318 ? P16370 1 ? 318 ? 1 318 4 4 1I6H E 1 ? 215 ? P20434 1 ? 215 ? 1 215 5 5 1I6H F 1 ? 155 ? P20435 1 ? 155 ? 1 155 6 6 1I6H H 1 ? 146 ? P20436 1 ? 146 ? 1 146 7 7 1I6H I 1 ? 122 ? P27999 1 ? 122 ? 1 122 8 8 1I6H J 1 ? 70 ? P22139 1 ? 70 ? 1 70 9 9 1I6H K 1 ? 120 ? P38902 1 ? 120 ? 1 120 10 10 1I6H L 1 ? 70 ? P40422 1 ? 70 ? 1 70 11 11 1I6H D 1 ? 13 ? 1I6H 1 ? 13 ? 1 13 12 12 1I6H R 1 ? 9 ? 1I6H 1 ? 9 ? 1 9 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.entry_id 1I6H _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.45 _exptl_crystal.density_percent_sol 64.37 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP' _exptl_crystal_grow.temp ? _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 6.00 _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;PEG 6000, AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, DIOXANE, DTT, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K ; _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? # loop_ _exptl_crystal_grow_comp.crystal_id _exptl_crystal_grow_comp.id _exptl_crystal_grow_comp.sol_id _exptl_crystal_grow_comp.name _exptl_crystal_grow_comp.volume _exptl_crystal_grow_comp.conc _exptl_crystal_grow_comp.details 1 1 1 'PEG 6000' ? ? ? 1 2 1 'AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE' ? ? ? 1 3 1 'SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE' ? ? ? 1 4 1 DIOXANE ? ? ? 1 5 1 DTT ? ? ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100.0 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC QUANTUM 4' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 1999-11-17 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.998 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'SSRL BEAMLINE BL9-2' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site SSRL _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline BL9-2 _diffrn_source.pdbx_wavelength 0.998 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.entry_id 1I6H _reflns.observed_criterion_sigma_I ? _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 40.000 _reflns.d_resolution_high 3.3 _reflns.number_obs 96867 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 100.0 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.1110000 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI ? _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 4.400 _reflns.R_free_details ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 # _reflns_shell.d_res_high 3.30 _reflns_shell.d_res_low 3.40 _reflns_shell.percent_possible_all 100.0 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.3170000 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs ? _reflns_shell.pdbx_redundancy ? _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_diffrn_id ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 # _refine.entry_id 1I6H _refine.ls_number_reflns_obs 87187 _refine.ls_number_reflns_all 96907 _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.000 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.ls_d_res_low 40.00 _refine.ls_d_res_high 3.30 _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.2500000 _refine.ls_R_factor_R_free 0.2980000 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 10 _refine.ls_number_reflns_R_free 9720 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.B_iso_mean 63.51 _refine.aniso_B[1][1] -41.702 _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] 10.558 _refine.aniso_B[1][3] 18.922 _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model 1I3Q _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ISOTROPIC _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'ENGH & HUBER' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 27958 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 463 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 9 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 28430 _refine_hist.d_res_high 3.30 _refine_hist.d_res_low 40.00 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function x_angle_deg 1.54717 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? x_bond_d 0.008791 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _struct.entry_id 1I6H _struct.title 'RNA POLYMERASE II ELONGATION COMPLEX' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1I6H _struct_keywords.pdbx_keywords 'TRANSCRIPTION/DNA-RNA HYBRID' _struct_keywords.text ;TRANSCRIPTION, MRNA, MULTIPROTEIN COMPLEX, MOLECULAR MACHINE, DNA, TRANSCRIPTION-DNA-RNA COMPLEX, TRANSCRIPTION-DNA-RNA HYBRID complex ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 14 ? P N N 14 ? Q N N 14 ? R N N 14 ? S N N 14 ? T N N 14 ? U N N 14 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.pdbx_parent_biol_id ? _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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A CYS 70 A ZN 1735 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? ? metalc11 metalc ? ? C HIS 80 NE2 ? ? ? 1_555 O ZN . ZN ? ? A HIS 80 A ZN 1735 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? ? metalc12 metalc ? ? C CYS 110 SG ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? A CYS 110 A ZN 1734 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.340 ? ? metalc13 metalc ? ? C CYS 167 SG ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? A CYS 167 A ZN 1734 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? ? metalc14 metalc ? ? D CYS 1163 SG ? ? ? 1_555 P ZN . ZN ? ? B CYS 1163 B ZN 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.725 ? ? metalc15 metalc ? ? D CYS 1166 SG ? ? ? 1_555 P ZN . ZN ? ? B CYS 1166 B ZN 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.965 ? ? metalc16 metalc ? ? D CYS 1182 SG ? ? ? 1_555 P ZN . ZN ? ? B CYS 1182 B ZN 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? ? metalc17 metalc ? ? D CYS 1185 SG ? ? ? 1_555 P ZN . ZN ? ? B CYS 1185 B ZN 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.934 ? ? metalc18 metalc ? ? E CYS 86 SG ? ? ? 1_555 Q ZN . ZN ? ? C CYS 86 C ZN 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.918 ? ? metalc19 metalc ? ? E CYS 88 SG ? ? ? 1_555 Q ZN . ZN ? ? C CYS 88 C ZN 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? ? metalc20 metalc ? ? E CYS 92 SG ? ? ? 1_555 Q ZN . ZN ? ? C CYS 92 C ZN 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? ? metalc21 metalc ? ? E CYS 95 SG ? ? ? 1_555 Q ZN . ZN ? ? C CYS 95 C ZN 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? ? metalc22 metalc ? ? I CYS 7 SG ? ? ? 1_555 R ZN . ZN ? ? I CYS 7 I ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.801 ? ? metalc23 metalc ? ? I CYS 10 SG ? ? ? 1_555 R ZN . ZN ? ? I CYS 10 I ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.908 ? ? metalc24 metalc ? ? I CYS 29 SG ? ? ? 1_555 R ZN . ZN ? ? I CYS 29 I ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.912 ? ? metalc25 metalc ? ? I CYS 32 SG ? ? ? 1_555 R ZN . ZN ? ? I CYS 32 I ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.893 ? ? metalc26 metalc ? ? I CYS 75 SG ? ? ? 1_555 S ZN . ZN ? ? I CYS 75 I ZN 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.755 ? ? metalc27 metalc ? ? I CYS 78 SG ? ? ? 1_555 S ZN . ZN ? ? I CYS 78 I ZN 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? ? metalc28 metalc ? ? I CYS 103 SG ? ? ? 1_555 S ZN . ZN ? ? 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L CYS 51 L ZN 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.806 ? ? hydrog1 hydrog ? ? A DT 4 N3 ? ? ? 1_555 B A 9 N1 ? ? D DT 4 R A 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? A DT 4 O4 ? ? ? 1_555 B A 9 N6 ? ? D DT 4 R A 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? A DG 5 N1 ? ? ? 1_555 B C 8 N3 ? ? D DG 5 R C 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? A DG 5 N2 ? ? ? 1_555 B C 8 O2 ? ? D DG 5 R C 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? A DG 5 O6 ? ? ? 1_555 B C 8 N4 ? ? D DG 5 R C 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? A DC 6 N3 ? ? ? 1_555 B G 7 N1 ? ? D DC 6 R G 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? A DC 6 N4 ? ? ? 1_555 B G 7 O6 ? ? D DC 6 R G 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? A DC 6 O2 ? ? ? 1_555 B G 7 N2 ? ? D DC 6 R G 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? A DC 7 N3 ? ? ? 1_555 B G 6 N1 ? ? D DC 7 R G 6 1_555 ? ? ? ? ? ? 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'DC-G PAIR' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLN 447 C . ? GLN 447 A PRO 448 C ? PRO 448 A 1 2.20 2 PRO 128 F . ? PRO 128 E PRO 129 F ? 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Secondary structure was assigned by visual inspection, see reference 1. ; 700 ;SHEET REMOVAL OF THE SECONDARY STRUCTURE WAS REQUESTED BY THE AUTHOR. Secondary structure was assigned by visual inspection, see reference 1. ; # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 O B VAL 954 ? ? O L ILE 55 ? ? 2.11 2 1 O A HIS 399 ? ? N A GLY 401 ? ? 2.17 3 1 O C LYS 165 ? ? 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? 51.41 145.67 116 1 VAL A 999 ? ? -145.73 -13.46 117 1 ALA A 1014 ? ? -57.05 -0.26 118 1 ARG A 1029 ? ? -49.48 -72.01 119 1 ARG A 1036 ? ? -12.83 54.09 120 1 SER A 1047 ? ? -39.10 -34.31 121 1 LEU A 1067 ? ? -36.12 -32.06 122 1 GLU A 1074 ? ? -58.73 -74.56 123 1 PRO A 1075 ? ? -49.75 -7.69 124 1 SER A 1096 ? ? -125.00 -165.62 125 1 VAL A 1098 ? ? -17.77 -62.15 126 1 ILE A 1104 ? ? -55.49 -72.20 127 1 ASN A 1110 ? ? -98.07 36.15 128 1 PRO A 1114 ? ? -62.19 -83.44 129 1 SER A 1115 ? ? 63.17 149.20 130 1 PRO A 1122 ? ? -24.33 -71.15 131 1 HIS A 1124 ? ? -67.75 75.16 132 1 ASP A 1127 ? ? -51.25 90.26 133 1 GLN A 1130 ? ? -32.79 -39.21 134 1 THR A 1141 ? ? -161.40 112.76 135 1 PRO A 1158 ? ? -57.57 -8.74 136 1 LEU A 1172 ? ? -67.51 14.20 137 1 HIS A 1173 ? ? -116.24 55.07 138 1 PHE A 1174 ? ? -158.32 16.14 139 1 ASP A 1206 ? ? -42.19 91.11 140 1 LYS A 1221 ? ? 25.50 -81.43 141 1 ASP A 1223 ? ? 168.21 33.78 142 1 LEU A 1224 ? ? -176.70 133.06 143 1 ASP A 1231 ? ? -49.03 -15.73 144 1 ASP A 1233 ? ? -49.19 156.10 145 1 VAL A 1242 ? ? -69.24 -172.85 146 1 GLU A 1255 ? ? 73.33 95.26 147 1 LYS A 1261 ? ? -133.13 -41.71 148 1 ASN A 1278 ? ? 79.21 -29.40 149 1 GLU A 1280 ? ? -78.62 -84.34 150 1 VAL A 1282 ? ? -175.98 124.19 151 1 ASP A 1309 ? ? -116.57 61.73 152 1 ASN A 1312 ? ? -170.47 74.66 153 1 SER A 1314 ? ? -33.03 -39.89 154 1 MET A 1336 ? ? -65.32 -72.61 155 1 GLU A 1351 ? ? -66.58 -79.69 156 1 TYR A 1365 ? ? -43.03 -81.20 157 1 ARG A 1366 ? ? -15.53 -56.18 158 1 GLN A 1378 ? ? -69.44 35.82 159 1 HIS A 1387 ? ? -58.65 -9.87 160 1 SER A 1392 ? ? 2.64 -35.65 161 1 ASN A 1393 ? ? 114.91 -0.22 162 1 SER A 1401 ? ? -74.05 22.77 163 1 GLU A 1403 ? ? 45.81 -39.04 164 1 THR A 1405 ? ? -55.40 -76.92 165 1 VAL A 1406 ? ? -32.10 -78.88 166 1 SER A 1415 ? ? -100.75 69.24 167 1 ALA A 1416 ? ? -10.20 87.49 168 1 CYS A 1421 ? ? 72.44 43.97 169 1 ALA B 23 ? ? -42.65 161.25 170 1 ALA B 27 ? ? -48.12 -72.73 171 1 GLU B 28 ? ? -35.31 -32.60 172 1 VAL B 44 ? ? -145.04 13.93 173 1 GLN B 47 ? ? -66.35 -70.10 174 1 PHE B 54 ? ? -62.28 -76.16 175 1 VAL B 55 ? ? -33.69 -72.13 176 1 GLU B 65 ? ? -174.18 -102.77 177 1 ASP B 106 ? ? 68.18 60.13 178 1 VAL B 108 ? ? -69.34 -176.45 179 1 TYR B 124 ? ? -52.30 87.28 180 1 LEU B 174 ? ? -55.65 79.61 181 1 ARG B 175 ? ? 136.76 6.80 182 1 ALA B 229 ? ? -32.07 162.39 183 1 PRO B 231 ? ? -70.78 43.07 184 1 SER B 248 ? ? 81.38 -75.31 185 1 ARG B 249 ? ? 83.05 50.49 186 1 GLU B 262 ? ? -53.43 109.54 187 1 ALA B 266 ? ? 67.84 82.94 188 1 TYR B 275 ? ? 43.44 14.45 189 1 LYS B 277 ? ? -66.34 34.66 190 1 ILE B 301 ? ? -96.41 -76.00 191 1 TYR B 303 ? ? -106.61 56.21 192 1 ASP B 304 ? ? 174.98 131.56 193 1 ASP B 307 ? ? -103.94 53.68 194 1 PRO B 316 ? ? -50.65 -9.05 195 1 GLU B 319 ? ? -50.60 -70.70 196 1 PHE B 322 ? ? -64.27 2.87 197 1 PHE B 333 ? ? -51.14 -9.81 198 1 GLU B 346 ? ? 45.29 -83.38 199 1 ILE B 364 ? ? 99.11 -72.16 200 1 LEU B 367 ? ? -53.38 -133.40 201 1 GLU B 368 ? ? -121.90 -70.68 202 1 PHE B 370 ? ? -142.37 50.46 203 1 ASP B 394 ? ? -58.46 174.75 204 1 THR B 425 ? ? -41.91 -71.07 205 1 VAL B 436 ? ? -56.11 -76.25 206 1 ALA B 447 ? ? 103.99 -7.99 207 1 ASN B 465 ? ? -110.12 76.01 208 1 SER B 480 ? ? 50.30 98.84 209 1 ARG B 485 ? ? -143.94 35.23 210 1 PRO B 501 ? ? -49.82 177.36 211 1 ASN B 516 ? ? -28.46 -67.75 212 1 ALA B 525 ? ? -99.88 -62.43 213 1 THR B 527 ? ? -177.77 144.02 214 1 GLN B 531 ? ? 14.19 -86.40 215 1 THR B 556 ? ? -72.06 -70.98 216 1 TRP B 561 ? ? -144.87 37.92 217 1 ASP B 568 ? ? -101.58 57.35 218 1 ASN B 592 ? ? 37.31 64.16 219 1 VAL B 613 ? ? -39.12 124.94 220 1 ASP B 629 ? ? -38.83 154.71 221 1 LEU B 637 ? ? -177.19 147.70 222 1 GLU B 641 ? ? -10.08 103.47 223 1 ASP B 643 ? ? -40.46 93.21 224 1 GLU B 644 ? ? -166.49 101.61 225 1 LEU B 646 ? ? -67.28 62.01 226 1 HIS B 648 ? ? 46.76 -156.77 227 1 GLN B 667 ? ? -69.79 26.68 228 1 GLU B 687 ? ? -69.95 18.99 229 1 GLU B 708 ? ? -38.47 -92.15 230 1 ASP B 709 ? ? -35.90 -4.84 231 1 VAL B 731 ? ? -71.01 -117.94 232 1 ALA B 735 ? ? 177.00 110.38 233 1 THR B 737 ? ? -152.82 -21.23 234 1 PHE B 738 ? ? -31.77 127.82 235 1 HIS B 744 ? ? -178.69 111.69 236 1 PRO B 745 ? ? -38.20 -37.57 237 1 VAL B 751 ? ? -11.22 -83.48 238 1 PRO B 759 ? ? -63.33 6.32 239 1 SER B 764 ? ? -21.16 -67.29 240 1 THR B 791 ? ? -49.64 101.28 241 1 MET B 792 ? ? 63.60 132.20 242 1 ARG B 807 ? ? -56.29 1.41 243 1 LYS B 813 ? ? 49.54 20.86 244 1 TYR B 830 ? ? -110.74 -120.82 245 1 ASN B 834 ? ? -157.30 46.96 246 1 GLU B 836 ? ? 32.87 51.62 247 1 LYS B 864 ? ? 38.83 -156.65 248 1 LYS B 865 ? ? -162.93 -155.19 249 1 TYR B 866 ? ? -60.72 79.53 250 1 GLN B 878 ? ? -161.19 74.19 251 1 ARG B 879 ? ? 48.42 -123.45 252 1 THR B 880 ? ? 83.63 77.91 253 1 ASN B 881 ? ? 71.33 -42.82 254 1 LEU B 883 ? ? 68.30 -8.52 255 1 ARG B 884 ? ? -58.65 81.22 256 1 MET B 885 ? ? -123.33 -159.31 257 1 ASP B 891 ? ? -50.77 1.62 258 1 SER B 906 ? ? -171.49 -157.39 259 1 PRO B 917 ? ? -60.92 96.02 260 1 ASN B 946 ? ? -179.96 137.00 261 1 GLN B 958 ? ? 21.24 -74.58 262 1 ASP B 959 ? ? -58.58 44.32 263 1 SER B 982 ? ? -74.74 -153.77 264 1 ILE B 992 ? ? 171.00 152.56 265 1 ALA B 1016 ? ? -95.37 43.19 266 1 ILE B 1017 ? ? -138.50 -54.42 267 1 MET B 1021 ? ? 37.34 38.05 268 1 GLU B 1028 ? ? -39.09 -36.62 269 1 ALA B 1044 ? ? -96.00 45.93 270 1 PRO B 1046 ? ? -42.19 -98.42 271 1 GLU B 1053 ? ? -73.61 -73.26 272 1 SER B 1066 ? ? -60.22 11.34 273 1 HIS B 1097 ? ? 84.73 90.56 274 1 VAL B 1099 ? ? -28.64 -62.06 275 1 ILE B 1103 ? ? -38.69 16.35 276 1 HIS B 1104 ? ? -37.84 150.85 277 1 ALA B 1105 ? ? -171.90 106.53 278 1 ARG B 1108 ? ? 65.58 98.55 279 1 PHE B 1130 ? ? -104.66 54.16 280 1 MET B 1152 ? ? -140.65 -79.63 281 1 SER B 1155 ? ? 89.01 -148.40 282 1 ASP B 1156 ? ? -38.73 127.40 283 1 ASN B 1176 ? ? 168.89 -39.98 284 1 ASN B 1178 ? ? 44.98 18.47 285 1 PHE B 1180 ? ? -121.53 -80.44 286 1 GLU B 1181 ? ? 79.26 158.60 287 1 LYS B 1183 ? ? 41.56 127.91 288 1 ILE B 1189 ? ? -131.18 -43.55 289 1 ASN B 1211 ? ? 77.43 -12.58 290 1 ARG B 1222 ? ? -49.32 154.29 291 1 GLU C 4 ? ? -59.31 -155.90 292 1 PRO C 6 ? ? -4.74 122.79 293 1 LYS C 9 ? ? -155.33 73.22 294 1 ALA C 13 ? 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N N 115 C "C5'" "C4'" sing N N 116 C "C5'" "H5'" sing N N 117 C "C5'" "H5''" sing N N 118 C "C4'" "O4'" sing N N 119 C "C4'" "C3'" sing N N 120 C "C4'" "H4'" sing N N 121 C "O4'" "C1'" sing N N 122 C "C3'" "O3'" sing N N 123 C "C3'" "C2'" sing N N 124 C "C3'" "H3'" sing N N 125 C "O3'" "HO3'" sing N N 126 C "C2'" "O2'" sing N N 127 C "C2'" "C1'" sing N N 128 C "C2'" "H2'" sing N N 129 C "O2'" "HO2'" sing N N 130 C "C1'" N1 sing N N 131 C "C1'" "H1'" sing N N 132 C N1 C2 sing N N 133 C N1 C6 sing N N 134 C C2 O2 doub N N 135 C C2 N3 sing N N 136 C N3 C4 doub N N 137 C C4 N4 sing N N 138 C C4 C5 sing N N 139 C N4 H41 sing N N 140 C N4 H42 sing N N 141 C C5 C6 doub N N 142 C C5 H5 sing N N 143 C C6 H6 sing N N 144 CYS N CA sing N N 145 CYS N H sing N N 146 CYS N H2 sing N N 147 CYS CA C sing N N 148 CYS CA CB sing N N 149 CYS CA HA sing N N 150 CYS C O doub N N 151 CYS C OXT sing N N 152 CYS CB SG sing N N 153 CYS CB HB2 sing N N 154 CYS CB HB3 sing N N 155 CYS SG HG sing N N 156 CYS OXT 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