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Inhibition and versatility of binding topology.' 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 6 _refine_ls_shell.d_res_high 2.00 _refine_ls_shell.d_res_low 2.13 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 3132 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.228 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 14.7 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.289 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error 0.030 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 2.8 _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 90 _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.R_factor_all ? # loop_ _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id 1 PROTEIN_REP.PARAM PROTEIN.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 2 WATER_REP.PARAM ION.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ION.PARAM WATER.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' # _database_PDB_matrix.entry_id 1KXT _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 1KXT _struct.title 'Camelid VHH Domains in Complex with Porcine Pancreatic alpha-Amylase' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1KXT _struct_keywords.pdbx_keywords 'HYDROLASE, IMMUNE SYSTEM' _struct_keywords.text 'ALPHA 8 BETA 8; BETA BARREL, HYDROLASE, IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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PRO A 288 ASP A 290 5 ? 3 HELX_P HELX_P16 16 ASP A 300 ? GLY A 304 ? ASP A 300 GLY A 304 5 ? 5 HELX_P HELX_P17 17 GLY A 308 ? ILE A 312 ? GLY A 308 ILE A 312 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 18 THR A 314 ? TRP A 316 ? THR A 314 TRP A 316 5 ? 3 HELX_P HELX_P19 19 ASP A 317 ? HIS A 331 ? ASP A 317 HIS A 331 1 ? 15 HELX_P HELX_P20 20 CYS A 384 ? ARG A 387 ? CYS A 384 ARG A 387 5 ? 4 HELX_P HELX_P21 21 TRP A 388 ? VAL A 401 ? TRP A 388 VAL A 401 1 ? 14 HELX_P HELX_P22 22 GLU A 493 ? LYS A 495 ? GLU A 493 LYS A 495 5 ? 3 HELX_P HELX_P23 23 LYS B 86 ? THR B 90 ? LYS B 83 THR B 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 24 ARG C 20 ? TYR C 31 ? ARG C 20 TYR C 31 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 25 PRO C 57 ? GLN C 63 ? PRO C 57 GLN C 63 5 ? 7 HELX_P HELX_P26 26 GLU C 76 ? ASN C 88 ? GLU C 76 ASN C 88 1 ? 13 HELX_P HELX_P27 27 ASN C 120 ? ARG C 124 ? ASN C 120 ARG C 124 5 ? 5 HELX_P HELX_P28 28 SER C 132 ? PHE C 136 ? SER C 132 PHE C 136 5 ? 5 HELX_P HELX_P29 29 ASP C 153 ? CYS C 160 ? ASP C 153 CYS C 160 1 ? 8 HELX_P HELX_P30 30 LYS C 172 ? GLY C 190 ? LYS C 172 GLY C 190 1 ? 19 HELX_P HELX_P31 31 ALA C 198 ? MET C 202 ? ALA C 198 MET C 202 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 32 TRP C 203 ? ASP C 212 ? TRP C 203 ASP C 212 1 ? 10 HELX_P HELX_P33 33 LYS C 243 ? PHE C 248 ? LYS C 243 PHE C 248 5 ? 6 HELX_P HELX_P34 34 GLU C 255 ? ARG C 267 ? GLU C 255 ARG C 267 1 ? 13 HELX_P HELX_P35 35 LYS C 273 ? TRP C 280 ? LYS C 273 TRP C 280 5 ? 8 HELX_P HELX_P36 36 GLY C 281 ? GLY C 285 ? GLY C 281 GLY C 285 5 ? 5 HELX_P HELX_P37 37 PRO C 288 ? ASP C 290 ? PRO C 288 ASP C 290 5 ? 3 HELX_P HELX_P38 38 ASP C 300 ? GLY C 304 ? ASP C 300 GLY C 304 5 ? 5 HELX_P HELX_P39 39 GLY C 308 ? ILE C 312 ? GLY C 308 ILE C 312 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 40 THR C 314 ? TRP C 316 ? THR C 314 TRP C 316 5 ? 3 HELX_P HELX_P41 41 ASP C 317 ? HIS C 331 ? ASP C 317 HIS C 331 1 ? 15 HELX_P HELX_P42 42 CYS C 384 ? ARG C 387 ? CYS C 384 ARG C 387 5 ? 4 HELX_P HELX_P43 43 TRP C 388 ? VAL C 401 ? 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C CYS 378 SG ? ? ? 1_555 C CYS 384 SG ? ? C CYS 378 C CYS 384 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf11 disulf ? ? C CYS 450 SG ? ? ? 1_555 C CYS 462 SG ? ? C CYS 450 C CYS 462 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf12 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 95 SG ? ? D CYS 22 D CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf13 disulf ? ? E CYS 28 SG ? ? ? 1_555 E CYS 86 SG ? ? E CYS 28 E CYS 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf14 disulf ? ? E CYS 70 SG ? ? ? 1_555 E CYS 115 SG ? ? E CYS 70 E CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf15 disulf ? ? E CYS 141 SG ? ? ? 1_555 E CYS 160 SG ? ? E CYS 141 E CYS 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf16 disulf ? ? E CYS 378 SG ? ? ? 1_555 E CYS 384 SG ? ? E CYS 378 E CYS 384 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf17 disulf ? ? E CYS 450 SG ? ? ? 1_555 E CYS 462 SG ? ? E CYS 450 E CYS 462 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf18 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 95 SG ? ? F CYS 22 F CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? metalc1 metalc ? ? 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E CA 4005 E HOH 4242 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OD1 ? 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E HOH 4242 ? 1_555 141.5 ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 28 ? 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None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASN 53 A . ? ASN 53 A PRO 54 A ? PRO 54 A 1 0.08 2 VAL 129 A . ? VAL 129 A PRO 130 A ? PRO 130 A 1 0.52 3 ASN 53 C . ? ASN 53 C PRO 54 C ? PRO 54 C 1 -0.16 4 VAL 129 C . ? VAL 129 C PRO 130 C ? PRO 130 C 1 -0.36 5 ASN 53 E . ? ASN 53 E PRO 54 E ? PRO 54 E 1 -0.77 6 VAL 129 E . ? 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An appropriate sequence database reference for the antibody IMMUNOGLOBULIN VHH FRAGMENT, chains B, D, and F was not available at the time of processing. ; # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 B GLY 26 ? B GLY 26 2 1 Y 1 B TYR 27 ? B TYR 27 3 1 Y 1 B SER 112 ? B SER 126 4 1 Y 1 B SER 113 ? B SER 127 5 1 Y 1 D GLY 26 ? D GLY 26 6 1 Y 1 D TYR 27 ? D TYR 27 7 1 Y 1 D SER 112 ? D SER 126 8 1 Y 1 D SER 113 ? D SER 127 9 1 Y 1 F GLY 26 ? F GLY 26 10 1 Y 1 F TYR 27 ? F TYR 27 11 1 Y 1 F SER 112 ? 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