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_citation.pdbx_database_id_PubMed 12388725 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1128/JVI.76.22.11645-11658.2002 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Zhang, W.' 1 ? primary 'Mukhopadhyay, S.' 2 ? primary 'Pletnev, S.V.' 3 ? primary 'Baker, T.S.' 4 ? primary 'Kuhn, R.J.' 5 ? primary 'Rossmann, M.G.' 6 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Coat protein C' 29410.010 4 3.4.21.- ? ? ? 2 polymer nat 'GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4' 6718.774 8 ? ? 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VA N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP POLS_SINDV P03316 1 1 ? ? 2 UNP GCN4_YEAST P03069 2 225 ? ? 3 UNP POLS_SINDV P03316 3 807 ? ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1LD4 A 1 ? 264 ? P03316 1 ? 264 ? 1001 1264 2 1 1LD4 B 1 ? 264 ? P03316 1 ? 264 ? 4001 4264 3 1 1LD4 C 1 ? 264 ? 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P03316 807 ? 1245 ? 6001 6439 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'complete icosahedral assembly' ? 960-MERIC 960 2 'icosahedral asymmetric unit' ? hexadecameric 16 3 'icosahedral pentamer' ? 80-meric 80 4 'icosahedral 23 hexamer' ? 96-meric 96 5 'icosahedral asymmetric unit, std point frame' ? hexadecameric 16 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-60)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA 2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA 3 '(1-5)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA 4 '(1,2,6,10,23,24)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA 5 P A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'transform to point frame' ? ? -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 -0.00000 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 7 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 8 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 9 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 10 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 11 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 12 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 13 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 14 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 15 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 16 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 17 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 18 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 19 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 20 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 21 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 22 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 23 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 24 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 25 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 26 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 27 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 28 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 29 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 30 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 31 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 -0.30901699 0.00000 32 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 33 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 34 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 35 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 36 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 -0.50000000 0.00000 37 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 0.50000000 -0.80901699 0.00000 38 'point symmetry operation' ? ? 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 39 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 -0.80901699 0.00000 40 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 41 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.80901699 0.30901699 0.00000 -0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 -0.30901699 -0.50000000 0.80901699 0.00000 42 'point symmetry operation' ? 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ALA O 5255 CYS O 5259 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 16 ALA P 255 ? CYS P 259 ? ALA P 6255 CYS P 6259 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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P ? 3 ? Q ? 8 ? R ? 4 ? S ? 2 ? T ? 2 ? U ? 2 ? V ? 2 ? W ? 3 ? X ? 8 ? Y ? 4 ? Z ? 2 ? AA ? 2 ? AB ? 2 ? AC ? 2 ? AD ? 3 ? AE ? 8 ? AF ? 4 ? AG ? 2 ? AH ? 2 ? AI ? 2 ? 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? -60.00 171.13 52 1 VAL M 1263 ? ? -88.49 -70.36 53 1 TYR M 1273 ? ? -133.88 -95.83 54 1 ARG M 1289 ? ? 75.50 69.70 55 1 ALA M 1293 ? ? -102.55 -67.93 56 1 SER M 1297 ? ? -93.85 -139.41 57 1 SER M 1304 ? ? -140.71 -87.24 58 1 THR M 1317 ? ? 45.62 72.30 59 1 LEU M 1318 ? ? -104.79 50.50 60 1 ARG M 1324 ? ? 63.47 119.74 61 1 GLN M 1327 ? ? 61.41 -120.08 62 1 CYS M 1328 ? ? 83.44 91.46 63 1 ALA M 1337 ? ? 73.75 94.66 64 1 SER M 1342 ? ? -121.39 -79.35 65 1 PHE M 1356 ? ? -122.15 -148.94 66 1 SER M 1357 ? ? 177.05 150.58 67 1 ALA M 1359 ? ? -152.35 76.40 68 1 PRO M 1361 ? ? -75.45 -85.82 69 1 GLN M 1362 ? ? -147.27 -13.43 70 1 ALA N 4004 ? ? -175.62 111.07 71 1 PRO N 4008 ? ? -62.54 -177.91 72 1 ASN N 4009 ? ? -112.31 72.79 73 1 GLU N 4020 ? ? -103.49 61.45 74 1 SER N 4041 ? ? -69.98 94.16 75 1 GLU N 4045 ? ? -131.32 -38.69 76 1 CYS N 4049 ? ? 173.61 -165.72 77 1 VAL N 4054 ? ? -109.42 73.91 78 1 LYS N 4059 ? ? -106.67 53.60 79 1 LYS N 4061 ? ? -130.05 -146.35 80 1 CYS N 4062 ? ? -117.89 -130.04 81 1 ALA N 4071 ? ? -137.24 -125.36 82 1 ASP N 4075 ? ? 66.22 137.00 83 1 SER N 4098 ? ? -146.14 16.39 84 1 GLU N 4099 ? ? -112.50 74.47 85 1 SER N 4104 ? ? 53.99 80.72 86 1 ALA N 4106 ? ? -163.35 115.81 87 1 SER N 4116 ? ? -88.73 -81.94 88 1 HIS N 4125 ? ? -144.78 -155.03 89 1 THR N 4126 ? ? -22.65 86.65 90 1 TYR N 4137 ? ? -151.74 26.79 91 1 THR N 4155 ? ? -152.75 -53.74 92 1 SER N 4156 ? ? 36.95 -90.28 93 1 ASP N 4174 ? ? -85.70 -139.59 94 1 ARG N 4181 ? ? 60.62 -79.20 95 1 ASP N 4188 ? ? -108.96 59.44 96 1 ALA N 4194 ? ? -140.83 37.62 97 1 PRO N 4197 ? ? -69.91 14.17 98 1 ALA N 4199 ? ? 72.48 -175.28 99 1 ASP N 4202 ? ? -72.91 -99.35 100 1 SER N 4207 ? ? -146.70 -158.65 101 1 LYS N 4211 ? ? -159.00 31.98 102 1 SER N 4216 ? ? -163.26 82.88 103 1 THR N 4217 ? ? -90.29 31.17 104 1 LYS N 4227 ? ? -161.80 -73.08 105 1 VAL N 4229 ? ? -58.43 102.56 106 1 ARG N 4249 ? ? -34.92 99.95 107 1 LEU N 4251 ? ? 66.71 -43.62 108 1 THR N 4254 ? ? -97.95 47.47 109 1 CYS N 4259 ? ? -59.94 171.10 110 1 VAL N 4263 ? ? -88.52 -70.39 111 1 TYR N 4273 ? ? -133.89 -95.77 112 1 ARG N 4289 ? ? 75.54 69.73 113 1 ALA N 4293 ? ? -102.52 -67.88 114 1 SER N 4297 ? ? -93.88 -139.46 115 1 SER N 4304 ? ? -140.74 -87.26 116 1 THR N 4317 ? ? 45.58 72.37 117 1 LEU N 4318 ? ? -104.85 50.60 118 1 ARG N 4324 ? ? 63.53 119.72 119 1 GLN N 4327 ? ? 61.46 -120.18 120 1 CYS N 4328 ? ? 83.49 91.48 121 1 ALA N 4337 ? ? 73.80 94.57 122 1 SER N 4342 ? ? -121.37 -79.41 123 1 PHE N 4356 ? ? -122.15 -148.93 124 1 SER N 4357 ? ? 177.02 150.57 125 1 ALA N 4359 ? ? -152.40 76.39 126 1 PRO N 4361 ? ? -75.45 -85.79 127 1 GLN N 4362 ? ? -147.26 -13.42 128 1 ALA O 5004 ? ? -175.61 111.12 129 1 PRO O 5008 ? ? -62.52 -177.95 130 1 ASN O 5009 ? ? -112.27 72.77 131 1 GLU O 5020 ? ? -103.54 61.45 132 1 SER O 5041 ? ? -69.98 94.11 133 1 GLU O 5045 ? ? -131.28 -38.66 134 1 CYS O 5049 ? ? 173.61 -165.69 135 1 VAL O 5054 ? ? -109.38 73.85 136 1 LYS O 5059 ? ? -106.70 53.62 137 1 LYS O 5061 ? ? -130.02 -146.33 138 1 CYS O 5062 ? ? -117.89 -130.08 139 1 ALA O 5071 ? ? -137.23 -125.36 140 1 ASP O 5075 ? ? 66.23 136.96 141 1 SER O 5098 ? ? -146.13 16.36 142 1 GLU O 5099 ? ? -112.52 74.51 143 1 SER O 5104 ? ? 54.05 80.68 144 1 ALA O 5106 ? ? -163.35 115.81 145 1 SER O 5116 ? ? -88.79 -81.89 146 1 HIS O 5125 ? ? -144.75 -155.08 147 1 THR O 5126 ? ? -22.58 86.54 148 1 TYR O 5137 ? ? -151.73 26.72 149 1 THR O 5155 ? ? -152.72 -53.75 150 1 SER O 5156 ? ? 36.81 -90.15 151 1 ASP O 5174 ? ? -85.80 -139.55 152 1 ARG O 5181 ? ? 60.63 -79.20 153 1 ASP O 5188 ? ? -109.02 59.54 154 1 ALA O 5194 ? ? -140.87 37.58 155 1 PRO O 5197 ? ? -69.92 14.19 156 1 ALA O 5199 ? ? 72.53 -175.21 157 1 ASP O 5202 ? ? -72.88 -99.34 158 1 SER O 5207 ? ? -146.72 -158.66 159 1 LYS O 5211 ? ? -159.02 31.93 160 1 SER O 5216 ? ? -163.31 82.86 161 1 THR O 5217 ? ? -90.26 31.16 162 1 LYS O 5227 ? ? -161.85 -73.08 163 1 VAL O 5229 ? ? -58.48 102.62 164 1 ARG O 5249 ? ? -34.96 99.95 165 1 LEU O 5251 ? ? 66.62 -43.53 166 1 THR O 5254 ? ? -97.92 47.47 167 1 CYS O 5259 ? ? -59.91 171.13 168 1 VAL O 5263 ? ? -88.55 -70.34 169 1 TYR O 5273 ? ? -133.84 -95.77 170 1 ARG O 5289 ? ? 75.56 69.76 171 1 ALA O 5293 ? ? -102.56 -67.94 172 1 SER O 5297 ? ? -93.88 -139.40 173 1 SER O 5304 ? ? -140.74 -87.18 174 1 THR O 5317 ? ? 45.68 72.23 175 1 LEU O 5318 ? ? -104.78 50.57 176 1 ARG O 5324 ? ? 63.55 119.76 177 1 GLN O 5327 ? ? 61.44 -120.11 178 1 CYS O 5328 ? ? 83.39 91.50 179 1 ALA O 5337 ? ? 73.72 94.57 180 1 SER O 5342 ? ? -121.38 -79.39 181 1 PHE O 5356 ? ? -122.20 -148.92 182 1 SER O 5357 ? ? 177.04 150.55 183 1 ALA O 5359 ? ? -152.39 76.47 184 1 PRO O 5361 ? ? -75.41 -85.85 185 1 GLN O 5362 ? ? -147.24 -13.48 186 1 ALA P 6004 ? ? -175.60 111.08 187 1 PRO P 6008 ? ? -62.52 -177.90 188 1 ASN P 6009 ? ? -112.28 72.77 189 1 GLU P 6020 ? ? -103.53 61.51 190 1 SER P 6041 ? ? -69.99 94.16 191 1 GLU P 6045 ? ? -131.28 -38.66 192 1 CYS P 6049 ? ? 173.64 -165.73 193 1 VAL P 6054 ? ? -109.36 73.83 194 1 LYS P 6059 ? ? -106.71 53.68 195 1 LYS P 6061 ? ? -130.02 -146.41 196 1 CYS P 6062 ? ? -117.89 -130.04 197 1 ALA P 6071 ? ? -137.19 -125.39 198 1 ASP P 6075 ? ? 66.23 136.96 199 1 SER P 6098 ? ? -146.12 16.31 200 1 GLU P 6099 ? ? -112.50 74.52 201 1 SER P 6104 ? ? 54.07 80.64 202 1 ALA P 6106 ? ? -163.31 115.76 203 1 SER P 6116 ? ? -88.73 -81.99 204 1 HIS P 6125 ? ? -144.76 -155.05 205 1 THR P 6126 ? ? -22.63 86.64 206 1 TYR P 6137 ? ? -151.80 26.91 207 1 THR P 6155 ? ? -152.68 -53.74 208 1 SER P 6156 ? ? 36.95 -90.19 209 1 ASP P 6174 ? ? -85.79 -139.62 210 1 ARG P 6181 ? ? 60.65 -79.26 211 1 ASP P 6188 ? ? -108.91 59.42 212 1 ALA P 6194 ? ? -140.81 37.50 213 1 PRO P 6197 ? ? -69.92 14.15 214 1 ALA P 6199 ? ? 72.53 -175.29 215 1 ASP P 6202 ? ? -72.89 -99.40 216 1 SER P 6207 ? ? -146.77 -158.65 217 1 LYS P 6211 ? ? -159.01 31.97 218 1 SER P 6216 ? ? -163.28 82.87 219 1 THR P 6217 ? ? -90.29 31.15 220 1 LYS P 6227 ? ? -161.80 -73.11 221 1 VAL P 6229 ? ? -58.42 102.67 222 1 ARG P 6249 ? ? -34.94 99.97 223 1 LEU P 6251 ? ? 66.53 -43.46 224 1 THR P 6254 ? ? -97.95 47.43 225 1 CYS P 6259 ? ? -59.98 171.09 226 1 VAL P 6263 ? ? -88.51 -70.37 227 1 TYR P 6273 ? ? -133.91 -95.78 228 1 ARG P 6289 ? ? 75.55 69.70 229 1 ALA P 6293 ? ? -102.55 -67.92 230 1 SER P 6297 ? ? -93.86 -139.46 231 1 SER P 6304 ? ? -140.75 -87.21 232 1 THR P 6317 ? ? 45.60 72.31 233 1 LEU P 6318 ? ? -104.79 50.55 234 1 ARG P 6324 ? ? 63.56 119.75 235 1 GLN P 6327 ? ? 61.45 -120.16 236 1 CYS P 6328 ? ? 83.47 91.50 237 1 ALA P 6337 ? ? 73.84 94.61 238 1 SER P 6342 ? ? -121.46 -79.36 239 1 PHE P 6356 ? ? -122.19 -148.96 240 1 SER P 6357 ? ? 177.04 150.63 241 1 ALA P 6359 ? ? -152.40 76.38 242 1 PRO P 6361 ? ? -75.42 -85.79 243 1 GLN P 6362 ? ? -147.32 -13.40 # _pdbx_point_symmetry.entry_id 1LD4 _pdbx_point_symmetry.Schoenflies_symbol I _pdbx_point_symmetry.H-M_notation 532 _pdbx_point_symmetry.circular_symmetry ? # loop_ _pdbx_database_remark.id _pdbx_database_remark.text 99 ;Chains E-L contain alpha-carbons only. The C-terminal residues of chains M-P contain alpha-carbons only. ; 600 ;HETEROGEN THE COORDINATES OF UNX 1139, 1141, 1245, 1196, 1200, 1262, 1318, 4139, 4141, 4245, 4196, 4200, 4262, 4318, 5139, 5141, 5245, 5196, 5200, 5262, 5318, 6139, 6141, 6245, 6196, 6200, 6262, 6318 ARE THE CENTERS OF DIFFERENCE DENSITY PEAKS THAT CORRESPOND TO THE CARBOHYDRATE MOLECULES OF THE VIRION. THE COORDINATES OF UNX 1000, 4000, 5000, AND 6000 ARE THE POINTS WHERE THE GLYCOPROTEINS E1 AND E2 ENTERS INTO MEMBRANE. ; # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 1LD4 _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.overall_b_value 1000 _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;DETAILS--The structure of the lipid-enveloped Sindbis virus has been determined by fitting atomic resolution crystallographic structures of component proteins into an 11 resolution cryo- electron microscopy (cryoEM) map (with significant terms to 10 resolution). The E1 glycoprotein, whose structure had been determined independently for the homologous Semliki Forest virus by X-ray crystallography (Lescar, J., Roussel,A., Wein, M.W., Navaza, J., Fuller, S.D., Wengler, G., and Rey, F.A. (2001). The fusion glycoprotein shell of Semliki Forest virus- an icosahedral assembly primed for fusogenic activation at endosomal pH. Cell 105, 137-148), was fitted into the cryoEM density, in part by using the known positions of glycoprotein sites as restraints. The well-resolved transmembrane regions form coiled coils that could be fitted with the dimeric GCN4 coiled-coil structure. The helices could be seen to extend to E1 and E2 on the outside of the membrane and to the nucleocapsid on the inside. The known structure of the capsid protein (Choi, H.K., Tong, L., Minor, W., Dumas, P., Boege, U., Rossmann, M.G., and Wengler, G. (1991). Structure of Sindbis virus core protein reveals a chymotrypsin-like serine proteinase and the organization of the virion. Nature 354, 37-43.) was fitted into the density corresponding to the nucleocapsid, revising an earlier published structure. ; _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 1SVB ? ? 1 ? ? ? PDB 'experimental model' 1SVB 1 2 1YSA ? ? 2 ? ? ? PDB 'experimental model' 1YSA 1 3 1I9W ? ? 3 ? ? ? PDB 'experimental model' 1I9W # _em_3d_reconstruction.entry_id 1LD4 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method ;FOURIER-BESSEL method Reference: Baker, T. S., N. H. Olson, and S. D. Fuller (1999). Adding the third dimension to virus life cycles: Three-dimensional reconstruction of icosahedral viruses from cryo-electron micrographs. Micro. & Mol. Bio. Rev. 63:862-922. ; _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 3.68 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.resolution 11.4 _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '50mM Tris-HCl, 200mM NaCl, 0.1mM EDTA' _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.details '50mM Tris-HCl, 200mM NaCl, 0.1mM EDTA' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'Sindbis Virus' _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.entity_id_list ? _em_entity_assembly.source ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.entry_id 1LD4 _em_imaging.id 1 _em_imaging.microscope_model 'FEI/PHILIPS CM200T' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date 2000-06-15 _em_imaging.temperature 87 _em_imaging.nominal_defocus_max 2580 _em_imaging.nominal_defocus_min 1100 _em_imaging.tilt_angle_max 0 _em_imaging.tilt_angle_min 0 _em_imaging.nominal_cs 2.0 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_magnification 38000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.details ? _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? # _em_virus_entity.id 1 _em_virus_entity.virus_host_category VERTEBRATES _em_virus_entity.virus_type VIRION _em_virus_entity.virus_isolate ? _em_virus_entity.empty ? _em_virus_entity.entity_assembly_id 1 _em_virus_entity.enveloped ? _em_virus_entity.details ? # _em_experiment.entry_id 1LD4 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 1LD4 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry I _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1001 ? 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