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'0.9793, 0.9795, 1.0197' 2 SYNCHROTRON 'NSLS BEAMLINE X25' NSLS X25 ? 1.072 3 SYNCHROTRON 'CHESS BEAMLINE A1' CHESS A1 ? 1.1 # _reflns.entry_id 1QVR _reflns.observed_criterion_sigma_I -3 _reflns.observed_criterion_sigma_F -3 _reflns.d_resolution_low 48.04 _reflns.d_resolution_high 3.0 _reflns.number_obs 107224 _reflns.number_all 117313 _reflns.percent_possible_obs 91.4 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ? _reflns.pdbx_Rsym_value 0.053 _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 19.1 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 110.4 _reflns.pdbx_redundancy 2.4 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_diffrn_id 1,2,3 _reflns.pdbx_ordinal 1 # _reflns_shell.d_res_high 3.0 _reflns_shell.d_res_low 3.11 _reflns_shell.percent_possible_all 37.1 _reflns_shell.Rmerge_I_obs ? _reflns_shell.pdbx_Rsym_value 0.381 _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs ? _reflns_shell.pdbx_redundancy 1.8 _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all 2339 _reflns_shell.pdbx_diffrn_id ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 # _refine.entry_id 1QVR _refine.ls_number_reflns_obs 102421 _refine.ls_number_reflns_all 107224 _refine.pdbx_ls_sigma_I 0 _refine.pdbx_ls_sigma_F 0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 48.04 _refine.ls_d_res_high 3.00 _refine.ls_percent_reflns_obs 83.4 _refine.ls_R_factor_obs 0.263 _refine.ls_R_factor_all 0.265 _refine.ls_R_factor_R_work 0.263 _refine.ls_R_factor_R_free 0.307 _refine.ls_R_factor_R_free_error 0.004 _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 4.7 _refine.ls_number_reflns_R_free 4803 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean 99.1 _refine.aniso_B[1][1] -4.28 _refine.aniso_B[2][2] -0.24 _refine.aniso_B[3][3] 4.53 _refine.aniso_B[1][2] 0.00 _refine.aniso_B[1][3] 0.00 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details 'FLAT MODEL' _refine.solvent_model_param_ksol 0.29751 _refine.solvent_model_param_bsol 29.2842 _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct MAD _refine.pdbx_isotropic_thermal_model RESTRAINED _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'Engh & Huber' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_analyze.entry_id 1QVR _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.51 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs 0.75 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs ? _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free 0.60 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free 0.81 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? _refine_analyze.number_disordered_residues ? _refine_analyze.occupancy_sum_hydrogen ? _refine_analyze.occupancy_sum_non_hydrogen ? _refine_analyze.pdbx_Luzzati_d_res_high_obs ? _refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 19287 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 209 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 19496 _refine_hist.d_res_high 3.00 _refine_hist.d_res_low 48.04 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_bond_d 0.005 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg 1.1 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d 19.2 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d 0.86 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcbond_it 4.66 1.50 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcangle_it 7.47 2.00 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scbond_it 7.36 2.00 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scangle_it 10.99 2.50 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 6 _refine_ls_shell.d_res_high 3.00 _refine_ls_shell.d_res_low 3.19 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 6585 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.457 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 33.4 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.484 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error 0.031 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 3.6 _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 246 _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.R_factor_all ? # loop_ _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id 1 PROTEIN_REP.PARAM PROTEIN.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 2 ADP_ANP_XPLOR_PAR2.TXT ? 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ION.PARAM ? 'X-RAY DIFFRACTION' # _database_PDB_matrix.entry_id 1QVR _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 1QVR _struct.title 'Crystal Structure Analysis of ClpB' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1QVR _struct_keywords.pdbx_keywords CHAPERONE _struct_keywords.text 'coiled coil, AAA ATPase, CHAPERONE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 2 ? O N N 2 ? P N N 2 ? Q N N 2 ? R N N 2 ? S N N 2 ? T N N 2 ? U N N 2 ? V N N 3 ? W N N 3 ? X N N 2 ? Y N N 2 ? Z N N 2 ? AA N N 2 ? BA N N 2 ? CA N N 2 ? DA N N 2 ? EA N N 3 ? 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Q9RA63 1 ? 854 ? 1 854 2 1 1QVR B 1 ? 854 ? Q9RA63 1 ? 854 ? 1 854 3 1 1QVR C 1 ? 854 ? Q9RA63 1 ? 854 ? 1 854 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA trimeric 3 2 software_defined_assembly PISA trimeric 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 16390 ? 1 MORE -388 ? 1 'SSA (A^2)' 115960 ? 2 'ABSA (A^2)' 16130 ? 2 MORE -396 ? 2 'SSA (A^2)' 116220 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA 2 2 A,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M 2 1 B,C,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 2 'crystal symmetry operation' 4_455 x-1/2,-y+1/2,-z 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 -53.8735000000 0.0000000000 -1.0000000000 0.0000000000 69.2410000000 0.0000000000 0.0000000000 -1.0000000000 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 _struct_biol.pdbx_parent_biol_id ? _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 THR A 7 ? 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N ILE A 29 O TYR A 82 ? O TYR A 82 B 1 2 N ILE A 158 ? N ILE A 158 O SER A 231 ? O SER A 231 B 2 3 N VAL A 230 ? N VAL A 230 O PHE A 268 ? O PHE A 268 B 3 4 N LEU A 267 ? N LEU A 267 O ILE A 303 ? O ILE A 303 B 4 5 O THR A 306 ? O THR A 306 N LEU A 196 ? N LEU A 196 B 5 6 N ILE A 197 ? N ILE A 197 O VAL A 329 ? O VAL A 329 C 1 2 N ARG A 355 ? N ARG A 355 O VAL A 521 ? O VAL A 521 D 1 2 N PHE A 591 ? N PHE A 591 O ILE A 704 ? O ILE A 704 D 2 3 O VAL A 703 ? O VAL A 703 N ILE A 664 ? N ILE A 664 D 3 4 O LEU A 665 ? O LEU A 665 N ILE A 620 ? N ILE A 620 E 1 2 N LEU A 689 ? N LEU A 689 O VAL A 697 ? O VAL A 697 F 1 2 N GLU A 785 ? N GLU A 785 O VAL A 837 ? O VAL A 837 F 2 3 N ASP A 838 ? N ASP A 838 O VAL A 845 ? O VAL A 845 G 1 2 N ILE B 29 ? N ILE B 29 O TYR B 82 ? O TYR B 82 H 1 2 N ILE B 158 ? N ILE B 158 O SER B 231 ? O SER B 231 H 2 3 N VAL B 230 ? N VAL B 230 O PHE B 268 ? O PHE B 268 H 3 4 N LEU B 267 ? N LEU B 267 O ILE B 303 ? O ILE B 303 H 4 5 O THR B 306 ? O THR B 306 N LEU B 196 ? N LEU B 196 H 5 6 N ILE B 197 ? N ILE B 197 O VAL B 329 ? O VAL B 329 I 1 2 N ARG B 355 ? N ARG B 355 O VAL B 521 ? O VAL B 521 J 1 2 N PHE B 593 ? N PHE B 593 O LEU B 706 ? O LEU B 706 J 2 3 O VAL B 703 ? O VAL B 703 N ILE B 664 ? N ILE B 664 J 3 4 O LEU B 665 ? O LEU B 665 N ILE B 620 ? N ILE B 620 K 1 2 N LEU B 689 ? N LEU B 689 O VAL B 697 ? O VAL B 697 L 1 2 N GLU B 785 ? N GLU B 785 O VAL B 837 ? O VAL B 837 L 2 3 N ASP B 838 ? N ASP B 838 O VAL B 845 ? O VAL B 845 M 1 2 N ILE C 29 ? N ILE C 29 O TYR C 82 ? O TYR C 82 N 1 2 N ILE C 158 ? N ILE C 158 O SER C 231 ? O SER C 231 N 2 3 N VAL C 230 ? N VAL C 230 O ILE C 266 ? O ILE C 266 N 3 4 N LEU C 267 ? N LEU C 267 O ILE C 303 ? O ILE C 303 N 4 5 O THR C 306 ? O THR C 306 N LEU C 196 ? N LEU C 196 N 5 6 N VAL C 195 ? N VAL C 195 O GLN C 325 ? O GLN C 325 O 1 2 N ARG C 355 ? N ARG C 355 O VAL C 521 ? O VAL C 521 P 1 2 N PHE C 593 ? N PHE C 593 O LEU C 706 ? O LEU C 706 P 2 3 O VAL C 703 ? O VAL C 703 N ILE C 664 ? N ILE C 664 P 3 4 O LEU C 665 ? O LEU C 665 N ILE C 620 ? N ILE C 620 Q 1 2 N LEU C 689 ? N LEU C 689 O VAL C 697 ? O VAL C 697 R 1 2 N GLU C 785 ? N GLU C 785 O VAL C 837 ? O VAL C 837 R 2 3 N ASP C 838 ? N ASP C 838 O VAL C 845 ? 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