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_diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1 # _reflns.entry_id 1WOG _reflns.observed_criterion_sigma_I 0 _reflns.observed_criterion_sigma_F 0 _reflns.d_resolution_low 30 _reflns.d_resolution_high 1.8 _reflns.number_obs 180589 _reflns.number_all 180589 _reflns.percent_possible_obs 97.7 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ? _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI ? _reflns.B_iso_Wilson_estimate 15.5 _reflns.pdbx_redundancy ? _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 # _reflns_shell.d_res_high 1.8 _reflns_shell.d_res_low 1.91 _reflns_shell.percent_possible_all 92.4 _reflns_shell.Rmerge_I_obs ? _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs ? _reflns_shell.pdbx_redundancy ? _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_diffrn_id ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 # _refine.entry_id 1WOG _refine.ls_number_reflns_obs 164248 _refine.ls_number_reflns_all 180589 _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF 3579369.93 _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF 0.000000 _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 16.46 _refine.ls_d_res_high 1.80 _refine.ls_percent_reflns_obs 97.7 _refine.ls_R_factor_obs 0.223 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.223 _refine.ls_R_factor_R_free 0.251 _refine.ls_R_factor_R_free_error 0.002 _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 9.9 _refine.ls_number_reflns_R_free 16341 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean 19.2 _refine.aniso_B[1][1] 2.14 _refine.aniso_B[2][2] -0.08 _refine.aniso_B[3][3] -2.05 _refine.aniso_B[1][2] 0.00 _refine.aniso_B[1][3] 0.00 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details 'FLAT MODEL' _refine.solvent_model_param_ksol 0.562534 _refine.solvent_model_param_bsol 92.481 _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model RESTRAINED _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'Engh & Huber' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? 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? ? 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 6 _refine_ls_shell.d_res_high 1.80 _refine_ls_shell.d_res_low 1.91 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 23088 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.244 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 92.4 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.273 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error 0.005 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 10.1 _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 2582 _refine_ls_shell.number_reflns_obs 25670 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.R_factor_all ? # loop_ _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id 1 PROTEIN_REP.PARAM PROTEIN.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 2 WATER_REP.PARAM WATER.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ION.PARAM ? 'X-RAY DIFFRACTION' 4 INH.PARAM ? 'X-RAY DIFFRACTION' 5 CIS_PEPTIDE.PARAM ? 'X-RAY DIFFRACTION' # _database_PDB_matrix.entry_id 1WOG _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 1WOG _struct.title 'Crystal Structure of Agmatinase Reveals Structural Conservation and Inhibition Mechanism of the Ureohydrolase Superfamily' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 1WOG _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE _struct_keywords.text 'alpha/beta fold, HYDROLASE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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DA N N 4 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code Q9RZ04_DEIRA _struct_ref.pdbx_db_accession Q9RZ04 _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;MSGPAHLPYGGIPTFARAPLVQPDGDWQADVAALGVPFDIALGFRPGARFAPRALREASLRSVPPFTGLDGKTRLQGVTF ADAGDVILPSLEPQLAHDRITEAARQVRGRCRVPVFLGGDHSVSYPLLRAFADVPDLHVVQLDAHLDFTDTRNDTKWSNS SPFRRACEALPNLVHITTVGLRGLRFDPEAVAAARARGHTIIPMDDVTADLAGVLAQLPRGQNVYFSVDVDGFDPAVIPG TSSPEPDGLTYAQGMKILAAAAANNTVVGLDLVELAPNLDPTGRSELLMARLVMETLCEVFDHV ; _struct_ref.pdbx_align_begin 1 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 1WOG A 1 ? 304 ? 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'cloning artifact' 305 5 6 1WOG LEU F 305 ? UNP Q9RZ04 ? ? 'cloning artifact' 305 6 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 29590 ? 1 MORE -160 ? 1 'SSA (A^2)' 51120 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 _struct_biol.pdbx_parent_biol_id ? _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 THR A 14 ? ALA A 18 ? THR A 14 ALA A 18 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 2 GLY A 47 ? ARG A 49 ? GLY A 47 ARG A 49 5 ? 3 HELX_P HELX_P3 3 PHE A 50 ? LEU A 60 ? PHE A 50 LEU A 60 1 ? 11 HELX_P HELX_P4 4 GLU A 92 ? GLY A 109 ? GLU A 92 GLY A 109 1 ? 18 HELX_P HELX_P5 5 ASP A 120 ? SER A 122 ? ASP A 120 SER A 122 5 ? 3 HELX_P HELX_P6 6 VAL A 123 ? ARG A 129 ? VAL A 123 ARG A 129 1 ? 7 HELX_P HELX_P7 7 ALA A 130 ? ALA A 132 ? ALA A 130 ALA A 132 5 ? 3 HELX_P HELX_P8 8 SER A 161 ? LEU A 170 ? SER A 161 LEU A 170 1 ? 10 HELX_P HELX_P9 9 ASP A 187 ? ARG A 197 ? ASP A 187 ARG A 197 1 ? 11 HELX_P HELX_P10 10 MET A 204 ? ASP A 210 ? MET A 204 ASP A 210 1 ? 7 HELX_P HELX_P11 11 ASP A 210 ? ALA A 216 ? ASP A 210 ALA A 216 1 ? 7 HELX_P HELX_P12 12 ASP A 231 ? PHE A 233 ? ASP A 231 PHE A 233 5 ? 3 HELX_P HELX_P13 13 THR A 250 ? ASN A 265 ? THR A 250 ASN A 265 1 ? 16 HELX_P HELX_P14 14 ALA A 276 ? ASP A 280 ? ALA A 276 ASP A 280 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 15 GLY A 283 ? HIS A 303 ? 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ALA B 276 ASP B 280 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 30 GLY B 283 ? PHE B 301 ? GLY B 283 PHE B 301 1 ? 19 HELX_P HELX_P31 31 THR C 14 ? ALA C 18 ? THR C 14 ALA C 18 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 32 GLY C 47 ? ARG C 49 ? GLY C 47 ARG C 49 5 ? 3 HELX_P HELX_P33 33 PHE C 50 ? LEU C 60 ? PHE C 50 LEU C 60 1 ? 11 HELX_P HELX_P34 34 GLU C 92 ? ARG C 110 ? GLU C 92 ARG C 110 1 ? 19 HELX_P HELX_P35 35 ASP C 120 ? SER C 122 ? ASP C 120 SER C 122 5 ? 3 HELX_P HELX_P36 36 VAL C 123 ? ALA C 130 ? VAL C 123 ALA C 130 1 ? 8 HELX_P HELX_P37 37 SER C 161 ? LEU C 170 ? SER C 161 LEU C 170 1 ? 10 HELX_P HELX_P38 38 ASP C 187 ? ARG C 197 ? ASP C 187 ARG C 197 1 ? 11 HELX_P HELX_P39 39 MET C 204 ? ASP C 210 ? MET C 204 ASP C 210 1 ? 7 HELX_P HELX_P40 40 ASP C 210 ? ALA C 216 ? ASP C 210 ALA C 216 1 ? 7 HELX_P HELX_P41 41 ASP C 231 ? PHE C 233 ? ASP C 231 PHE C 233 5 ? 3 HELX_P HELX_P42 42 THR C 250 ? ASN C 265 ? THR C 250 ASN C 265 1 ? 16 HELX_P HELX_P43 43 ALA C 276 ? ASP C 280 ? 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