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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.818 ? 9669 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 15.367 ? 1358 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.041 ? 1114 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.008 ? 1053 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 21CN _struct.title 'Cryo-EM structure of DICER with pre-mir-517a-GU in dicing state' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 21CN _struct_keywords.text 'Endoribonuclease Dicer, RNA, miRNA, precursor miRNA, HYDROLASE, HYDROLASE-RNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE/RNA # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP DICER_HUMAN Q9UPY3 ? 1 ;PFFGLPWQQEAIHDNIYTPRKYQVELLEAALDHNTIVCLNTGSGKTFIAVLLTKELSYQIRGDFSRNGKRTVFLVNSANQ VAQQVSAVRTHSDLKVGEYSNLEVNASWTKERWNQEFTKHQVLIMTCYVALNVLKNGYLSLSDINLLVFDECHLAILDHP YREIMKLCENCPSCPRILGLTASILNGKCDPEELEEKIQKLEKILKSNAETATDLVVLDRYTSQPCEIVVDCGPFTDRSG LYERLLMELEEALNFINDCNISVHSKERDSTLISKQILSDCRAVLVVLGPWCADKVAGMMVRELQKYIKHEQEELHRKFL LFTDTFLRKIHALCEEHFSPASLDLKFVTPKVIKLLEILRKYKPYERQQFESVEWYNNRNQDNYVSWSDSEDDDEDEEIE EKEKPETNFPSPFTNILCGIIFVERRYTAVVLNRLIKEAGKQDPELAYISSNFITGHGIGKNQPRNKQMEAEFRKQEEVL RKFRAHETNLLIATSIVEEGVDIPKCNLVVRFDLPTEYRSYVQSKGRARAPISNYIMLADTDKIKSFEEDLKTYKAIEKI LRNKCSKSVDTGETDIDPVMDDDDVFPPYVLRPDDGGPRVTINTAIGHINRYCARLPSDPFTHLAPKCRTRELPDGTFYS TLYLPINSPLRASIVGPPMSCVRLAERVVALICCEKLHKIGELDDHLMPVGKETVKYEEELDLHDEEETSVPGRPGSTKR RQCYPKAIPECLRDSYPRPDQPCYLYVIGMVLTTPLPDELNFRRRKLYPPEDTTRCFGILTAKPIPQIPHFPVYTRSGEV TISIELKKSGFMLSLQMLELITRLHQYIFSHILRLEKPALEFKPTDADSAYCVLPLNVVNDSSTLDIDFKFMEDIEKSEA RIGIPSTKYTKETPFVFKLEDYQDAVIIPRYRNFDQPHRFYVADVYTDLTPLSKFPSPEYETFAEYYKTKYNLDLTNLNQ PLLDVDHTSSRLNLLTPRHLNQKGKALPLSSAEKRKAKWESLQNKQILVPELCAIHPIPASLWRKAVCLPSILYRLHCLL TAEELRAQTASDAGVGVRSLPADFRYPNLDFGWKKSIDSKSFISISNSSSAENDNYCKHSTIVPENAAHQGANRTSSLEN HDQMSVNCRTLLSESPGKLHVEVSADLTAINGLSYNQNLANGSYDLANRDFCQGNQLNYYKQEIPVQPTTSYSIQNLYSY ENQPQPSDECTLLSNKYLDGNANKSTSDGSPVMAVMPGTTDTIQVLKGRMDSEQSPSIGYSSRTLGPNPGLILQALTLSN ASDGFNLERLEMLGDSFLKHAITTYLFCTYPDAHEGRLSYMRSKKVSNCNLYRLGKKKGLPSRMVVSIFDPPVNWLPPGY VVNQDKSNTDKWEKDEMTKDCMLANGKLDEDYEEEDEEEESLMWRAPKEEADYEDDFLEYDQEHIRFIDNMLMGSGAFVK KISLSPFSTTDSAYEWKMPKKSSLGSMPFSSDFEDFDYSSWDAMCYLDPSKAVEEDDFVVGFWNPSEENCGVDTGKQSIS YDLHTEQCIADKSIADCVEALLGCYLTSCGERAAQLFLCSLGLKVLPVIKRTDREKALCPTRENFNSQQKNLSVSCAAAS VASSRSSVLKDSEYGCLKIPPRCMFDHPDADKTLNHLISGFENFEKKINYRFKNKAYLLQAFTHASYHYNTITDCYQRLE FLGDAILDYLITKHLYEDPRQHSPGVLTDLRSALVNNTIFASLAVKYDYHKYFKAVSPELFHVIDDFVQFQLEKNEMQGM DSELRRSEEDEEKEEDIEVPKAMGDIFESLAGAIYMDSGMSLETVWQVYYPMMRPLIEKFSANVPRSPVRELLEMEPETA KFSPAERTYDGKVRVTVEVVGKGKFKGVGRSYRIAKSAAARRALRSLKANQPQVPNS ; 26 2 PDB 21CN 21CN ? 2 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 21CN D 13 ? 1909 ? Q9UPY3 26 ? 1922 ? 26 1922 2 2 21CN A 1 ? 61 ? 21CN 1 ? 61 ? 1 61 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 21CN MET D 1 ? UNP Q9UPY3 ? ? 'initiating methionine' 14 1 1 21CN GLY D 2 ? UNP Q9UPY3 ? ? 'expression tag' 15 2 1 21CN HIS D 3 ? UNP Q9UPY3 ? ? 'expression tag' 16 3 1 21CN HIS D 4 ? UNP Q9UPY3 ? ? 'expression tag' 17 4 1 21CN HIS D 5 ? UNP Q9UPY3 ? ? 'expression tag' 18 5 1 21CN HIS D 6 ? UNP Q9UPY3 ? ? 'expression tag' 19 6 1 21CN HIS D 7 ? UNP Q9UPY3 ? ? 'expression tag' 20 7 1 21CN HIS D 8 ? UNP Q9UPY3 ? ? 'expression tag' 21 8 1 21CN HIS D 9 ? UNP Q9UPY3 ? ? 'expression tag' 22 9 1 21CN HIS D 10 ? UNP Q9UPY3 ? ? 'expression tag' 23 10 1 21CN HIS D 11 ? UNP Q9UPY3 ? ? 'expression tag' 24 11 1 21CN HIS D 12 ? UNP Q9UPY3 ? ? 'expression tag' 25 12 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 741 ? ARG A 745 ? PRO D 754 ARG D 758 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 826 ? HIS A 843 ? SER D 839 HIS D 856 1 ? 18 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP A 880 ? SER A 890 ? ASP D 893 SER D 903 1 ? 11 HELX_P HELX_P4 AA4 THR A 954 ? LYS A 962 ? THR D 967 LYS D 975 1 ? 9 HELX_P HELX_P5 AA5 LEU A 999 ? GLN A 1015 ? LEU D 1012 GLN D 1028 1 ? 17 HELX_P HELX_P6 AA6 CYS A 1040 ? THR A 1061 ? CYS D 1053 THR D 1074 1 ? 22 HELX_P HELX_P7 AA7 ASN A 1280 ? THR A 1289 ? ASN D 1293 THR D 1302 1 ? 10 HELX_P HELX_P8 AA8 LEU A 1299 ? TYR A 1322 ? LEU D 1312 TYR D 1335 1 ? 24 HELX_P HELX_P9 AA9 ARG A 1329 ? CYS A 1341 ? ARG D 1342 CYS D 1354 1 ? 13 HELX_P HELX_P10 AB1 CYS A 1341 ? GLY A 1351 ? CYS D 1354 GLY D 1364 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 AB2 ASP A 1362 ? TRP A 1367 ? ASP D 1375 TRP D 1380 1 ? 6 HELX_P HELX_P12 AB3 ALA A 1542 ? GLY A 1562 ? ALA D 1555 GLY D 1575 1 ? 21 HELX_P HELX_P13 AB4 GLY A 1562 ? GLY A 1574 ? GLY D 1575 GLY D 1587 1 ? 13 HELX_P HELX_P14 AB5 HIS A 1648 ? ILE A 1660 ? 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SER D 1896 LEU D 1912 1 ? 17 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? A GLU 1303 OE2 ? ? ? 1_555 C CA . CA ? ? D GLU 1316 D CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.040 ? ? metalc2 metalc ? ? A ASP 1307 OD1 ? ? ? 1_555 C CA . CA ? ? D ASP 1320 D CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.084 ? ? metalc3 metalc ? ? A ASP 1307 OD2 ? ? ? 1_555 C CA . CA ? ? D ASP 1320 D CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? ? metalc4 metalc ? ? A GLU 1551 OE1 ? ? ? 1_555 C CA . CA ? ? D GLU 1564 D CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.857 ? ? metalc5 metalc ? ? A GLU 1692 OE2 ? ? ? 1_555 D CA . CA ? ? D GLU 1705 D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? ? metalc6 metalc ? ? A ASN 1729 OD1 ? ? ? 1_555 D CA . CA ? ? D ASN 1742 D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.875 ? ? metalc7 metalc ? ? D CA . CA ? ? ? 1_555 B U 22 "O5'" ? ? D CA 2002 A U 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? ? hydrog1 hydrog ? ? B C 2 N3 ? ? ? 1_555 B G 58 N1 ? ? A C 2 A G 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? B C 2 N4 ? ? ? 1_555 B G 58 O6 ? ? A C 2 A G 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? B C 2 O2 ? ? ? 1_555 B G 58 N2 ? ? A C 2 A G 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? B U 3 N3 ? ? ? 1_555 B A 57 N1 ? ? A U 3 A A 57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? B U 3 O4 ? ? ? 1_555 B A 57 N6 ? ? A U 3 A A 57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? B C 4 N3 ? ? ? 1_555 B G 56 N1 ? ? A C 4 A G 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? B C 4 N4 ? ? ? 1_555 B G 56 O6 ? ? A C 4 A G 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? B C 4 O2 ? ? ? 1_555 B G 56 N2 ? ? A C 4 A G 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? B U 5 N3 ? ? ? 1_555 B A 55 N1 ? ? A U 5 A A 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? B U 5 O4 ? ? ? 1_555 B A 55 N6 ? ? A U 5 A A 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? B A 6 N1 ? ? ? 1_555 B U 54 N3 ? ? A A 6 A U 54 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? B A 6 N6 ? ? ? 1_555 B U 54 O4 ? ? 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