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_refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_Zscore _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 22957 ? f_bond_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.687 ? 30970 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.436 ? 3268 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.047 ? 3457 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 4045 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 21ZV _struct.title 'Cdc48-Ufd1-Npl4 complex processing Ub6 in the presence of ubx2' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 21ZV _struct_keywords.text 'cdc48 ubiquitin chain complex, PROTEIN BINDING' _struct_keywords.pdbx_keywords 'PROTEIN BINDING' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 2 ? E N N 4 ? F N N 2 ? G N N 4 ? H N N 4 ? I N N 4 ? J N N 4 ? K N N 4 ? L N N 4 ? M N N 5 ? N N N 2 ? O N N 6 ? P N N 6 ? Q N N 6 ? R N N 6 ? S N N 6 ? T N N 6 ? U N N 7 ? V N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP UFD1_YEAST P53044 ? 1 ;MFSGFSSFGGGNGFVNMPQTFEEFFRCYPIAMMNDRIRKDDANFGGKIFLPPSALSKLSMLNIRYPMLFKLTANETGRVT HGGVLEFIAEEGRVYLPQWMMETLGIQPGSLLQISSTDVPLGQFVKLEPQSVDFLDISDPKAVLENVLRNFSTLTVDDVI EISYNGKTFKIKILEVKPESSSKSICVIETDLVTDFAPPVGYVEPDYKALKAQQDKEKKNSFGKGQVLDPSVLGQGSMST RIDYAGIANSSRNKLSKFVGQGQNISGKAPKAEPKQDIKDMKITFDGEPAKLDLPEGQLFFGFPMVLPKEDEESAAGSKS SEQNFQGQGISLRKSNKRKTKSDHDSSKSKAPKSPEVIEID ; 1 2 UNP RS27A_HUMAN P62979 ? 2 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 1 3 UNP UBX2_YEAST Q04228 ? 3 ;MPVVNHEDSEFHLSHTEEDKLNEFQVITNFPPEDLPDVVRLLRNHGWQLEPALSRYFDGEWKGEPDQMGEPTQTSTPMAE TLVPPALGPRPLLFTASLPVVRPLPANFRNDFRTIGLNGRSNTVWSMFESFSYDGNPFLFILLLIPRIINRLSATIFTFF CTLLSLHSISGGGNSGKPKISKVPKAPTRETHIPLAEILGDTKDKDAFCELKSFKPDISFNEALRIAKEEFKFMLLILVG DTYDTDTDTVDVNSKLLLEKILLNKKTLQYLRKIDNDLIIYLKCVHELEPWLVARQLGVRNTPEIFLIANVANKASHSET LPSQRLSILGKLKVNSLNRFLQSLTNVVEKYTPELVVNKTEMHELRMSREIKKLQEDAYKKSLEMDRIKAIEKEKSLKHA QDLKLNSTARQLKWLKACIDEIQPFETTGKQATLQFRTSSGKRFVKKFPSMTTLYQIYQSIGCHIYLAVYSSDPAEWSNA LQDKIRQLSADDDMLCFKEGQLETATATTIEELGHIINNELTSFDLERGKLEFDFELVSPFPKYTVHPNEHMSVDQVPQL WPNGSLLVEALDEEDEEDEENEEQ ; 1 4 UNP CDC48_YEAST P25694 ? 4 ;MGEEHKPLLDASGVDPREEDKTATAILRRKKKDNMLLVDDAINDDNSVIAINSNTMDKLELFRGDTVLVKGKKRKDTVLI VLIDDELEDGACRINRVVRNNLRIRLGDLVTIHPCPDIKYATRISVLPIADTIEGITGNLFDVFLKPYFVEAYRPVRKGD HFVVRGGMRQVEFKVVDVEPEEYAVVAQDTIIHWEGEPINREDEENNMNEVGYDDIGGCRKQMAQIREMVELPLRHPQLF KAIGIKPPRGVLMYGPPGTGKTLMARAVANETGAFFFLINGPEVMSKMAGESESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDEIDSIA PKRDKTNGEVERRVVSQLLTLMDGMKARSNVVVIAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEVLRIHTKNMKL ADDVDLEALAAETHGYVGADIASLCSEAAMQQIREKMDLIDLDEDEIDAEVLDSLGVTMDNFRFALGNSNPSALRETVVE SVNVTWDDVGGLDEIKEELKETVEYPVLHPDQYTKFGLSPSKGVLFYGPPGTGKTLLAKAVATEVSANFISVKGPELLSM WYGESESNIRDIFDKARAAAPTVVFLDELDSIAKARGGSLGDAGGASDRVVNQLLTEMDGMNAKKNVFVIGATNRPDQID PAILRPGRLDQLIYVPLPDENARLSILNAQLRKTPLEPGLELTAIAKATQGFSGADLLYIVQRAAKYAIKDSIEAHRQHE AEKEVKVEGEDVEMTDEGAKAEQEPEVDPVPYITKEHFAEAMKTAKRSVSDAELRRYEAYSQQMKASRGQFSNFNFNDAP LGTTATDNANSNNSAPSGAGAAFGSNAEEDDDLYS ; 1 5 UNP NPL4_YEAST P33755 ? 5 ;MLIRFRSKNGTHRVSCQENDLFGTVIEKLVGNLDPNADVDTFTVCEKPGQGIHAVSELADRTVMDLGLKHGDMLILNYSD KPANEKDGVNVEIGSVGIDSKGIRQHRYGPLRIKELAVDEELEKEDGLIPRQKSKLCKHGDRGMCEYCSPLPPWDKEYHE KNKIKHISFHSYLKKLNENANKKENGSSYISPLSEPDFRINKRCHNGHEPWPRGICSKCQPSAITLQQQEFRMVDHVEFQ KSEIINEFIQAWRYTGMQRFGYMYGSYSKYDNTPLGIKAVVEAIYEPPQHDEQDGLTMDVEQVKNEMLQIDRQAQEMGLS RIGLIFTDLSDAGAGDGSVFCKRHKDSFFLSSLEVIMAARHQTRHPNVSKYSEQGFFSSKFVTCVISGNLEGEIDISSYQ VSTEAEALVTADMISGSTFPSMAYINDTTDERYVPEIFYMKSNEYGITVKENAKPAFPVDYLLVTLTHGFPNTDTETNSK FVSSTGFPWSNRQAMGQSQDYQELKKYLFNVASSGDFNLLHEKISNFHLLLYINSLQILSPDEWKLLIESAVKNEWEESL LKLVSSAGWQTLVMILQESG ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 21ZV B 1 ? 361 ? P53044 1 ? 361 ? 1 361 2 2 21ZV C 1 ? 76 ? P62979 1 ? 76 ? 1 76 3 3 21ZV D 1 ? 584 ? Q04228 1 ? 584 ? 1 584 4 2 21ZV L 1 ? 76 ? P62979 1 ? 76 ? 1 76 5 4 21ZV A 1 ? 835 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 6 2 21ZV N 1 ? 76 ? P62979 1 ? 76 ? 1 76 7 4 21ZV G 1 ? 835 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 8 4 21ZV P 1 ? 835 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 9 4 21ZV H 1 ? 835 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 10 4 21ZV I 1 ? 835 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 11 4 21ZV J 1 ? 835 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 12 4 21ZV K 1 ? 835 ? P25694 1 ? 835 ? 1 835 13 5 21ZV M 1 ? 580 ? P33755 1 ? 580 ? 1 580 14 2 21ZV O 1 ? 76 ? P62979 1 ? 76 ? 1 76 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 5 21ZV GLN A 588 ? UNP P25694 GLU 588 'engineered mutation' 588 1 7 21ZV GLN G 588 ? UNP P25694 GLU 588 'engineered mutation' 588 2 8 21ZV GLN P 588 ? UNP P25694 GLU 588 'engineered mutation' 588 3 9 21ZV GLN H 588 ? UNP P25694 GLU 588 'engineered mutation' 588 4 10 21ZV GLN I 588 ? UNP P25694 GLU 588 'engineered mutation' 588 5 11 21ZV GLN J 588 ? UNP P25694 GLU 588 'engineered mutation' 588 6 12 21ZV GLN K 588 ? UNP P25694 GLU 588 'engineered mutation' 588 7 13 21ZV PHE M 494 ? UNP P33755 ALA 494 'engineered mutation' 494 8 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetradecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 14 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA A 31 ? MET A 33 ? ALA B 31 MET B 33 5 ? 3 HELX_P HELX_P2 AA2 LYS A 39 ? GLY A 45 ? LYS B 39 GLY B 45 5 ? 7 HELX_P HELX_P3 AA3 PRO A 51 ? LEU A 58 ? PRO B 51 LEU B 58 1 ? 8 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO A 97 ? GLY A 105 ? PRO B 97 GLY B 105 1 ? 9 HELX_P HELX_P5 AA5 SER A 131 ? ILE A 137 ? SER B 131 ILE B 137 5 ? 7 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP A 139 ? ARG A 149 ? ASP B 139 ARG B 149 1 ? 11 HELX_P HELX_P7 AA7 GLY A 236 ? ILE A 242 ? GLY B 236 ILE B 242 1 ? 7 HELX_P HELX_P8 AA8 ASP A 243 ? LYS A 254 ? ASP B 243 LYS B 254 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 THR B 22 ? GLY B 35 ? THR C 22 GLY C 35 1 ? 14 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO B 37 ? GLN B 41 ? PRO C 37 GLN C 41 5 ? 5 HELX_P HELX_P11 AB2 LEU B 56 ? ASN B 60 ? LEU C 56 ASN C 60 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 GLU C 364 ? GLN C 423 ? GLU D 364 GLN D 423 1 ? 60 HELX_P HELX_P13 AB4 THR C 453 ? LEU C 467 ? THR D 453 LEU D 467 1 ? 15 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP C 473 ? ALA C 490 ? ASP D 473 ALA D 490 1 ? 18 HELX_P HELX_P15 AB6 THR C 509 ? ASP C 525 ? 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