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_entity_src_gen.pdbx_gene_src_atcc _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organ _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organelle _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cellular_location _entity_src_gen.host_org_common_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 103 'thale cress' ? ;At1g07660, F24B9.25, At1g07820, F24B9.8, At2g28740, F8N16.2, T11P11.4, At3g45930, F16L2_140, At3g46320, F18L15.40, At3g53730, F5K20_30, At5g59690, MTH12.10, At5g59970, MMN10.22 ; ? 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'C4 H9 N O3' 119.119 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code _pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 MET 1 0 ? ? ? B . n A 1 2 SER 2 1 ? ? ? B . n A 1 3 GLY 3 2 ? ? ? B . n A 1 4 ARG 4 3 ? ? ? B . n A 1 5 GLY 5 4 ? ? ? B . n A 1 6 LYS 6 5 ? ? ? B . n A 1 7 GLY 7 6 ? ? ? B . n A 1 8 GLY 8 7 ? ? ? B . n A 1 9 LYS 9 8 ? ? ? B . n A 1 10 GLY 10 9 ? ? ? B . n A 1 11 LEU 11 10 ? ? ? B . n A 1 12 GLY 12 11 ? ? ? B . n A 1 13 LYS 13 12 ? ? ? B . n A 1 14 GLY 14 13 ? ? ? B . n A 1 15 GLY 15 14 ? ? ? B . n A 1 16 ALA 16 15 ? ? ? B . n A 1 17 LYS 17 16 ? ? ? 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A . n # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 23TT _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 23TT _struct.title 'Cryo-EM structure of Arabidopsis H3-H4 octasome class1' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 23TT _struct_keywords.text 'H3-H4 octasome, chromatin, histone, nucleosome-like structure, nucleosome, nuclear protein, Arabidopsis H3-H4 octasome' _struct_keywords.pdbx_keywords 'NUCLEAR PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 1 ? H N N 3 ? I N N 4 ? 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MET A 120 GLY A 132 1 ? 13 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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J -51 ? ? ? 1 H DA 151 1_555 I DT 54 1_555 -0.845 -0.468 -0.674 4.648 -8.955 -3.448 119 I_DA52:DT-52_J I 52 ? J -52 ? 20 1 1 H DC 152 1_555 I DG 53 1_555 1.732 -0.371 -0.716 32.013 -16.588 7.976 120 I_DC53:DG-53_J I 53 ? J -53 ? 19 1 1 H DG 153 1_555 I DC 52 1_555 -1.555 -0.293 -0.808 -7.404 -27.553 23.740 121 I_DG54:DC-54_J I 54 ? J -54 ? 19 1 1 H DT 154 1_555 I DA 51 1_555 -0.260 0.512 0.004 15.802 -14.721 33.884 122 I_DT55:DA-55_J I 55 ? J -55 ? ? 1 1 H DG 155 1_555 I DC 50 1_555 -1.750 -0.766 -1.763 -27.899 -26.769 32.677 123 I_DG56:DC-56_J I 56 ? J -56 ? 19 1 1 H DT 156 1_555 I DA 49 1_555 -0.324 -0.073 -0.908 16.109 -26.920 27.196 124 I_DT57:DA-57_J I 57 ? J -57 ? 20 1 1 H DC 157 1_555 I DG 48 1_555 -0.823 1.585 -1.067 33.646 -5.252 40.077 125 I_DC58:DG-58_J I 58 ? J -58 ? ? 1 1 H DA 158 1_555 I DT 47 1_555 -0.865 -0.361 -0.394 32.369 -22.645 14.640 126 I_DA59:DT-59_J I 59 ? J -59 ? 20 1 1 H DG 159 1_555 I DC 46 1_555 -0.209 -1.677 2.457 3.306 2.946 6.099 127 I_DG60:DC-60_J I 60 ? J -60 ? 19 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 H DT 25 1_555 I DA 180 1_555 H DA 26 1_555 I DT 179 1_555 -1.207 1.558 3.285 -2.673 -0.461 42.145 2.211 1.398 3.335 -0.641 3.712 42.228 1 II_DT-74DA-73:DT73DA74_JJ I -74 ? J 74 ? I -73 ? J 73 ? 1 H DA 26 1_555 I DT 179 1_555 H DC 27 1_555 I DG 178 1_555 0.004 0.289 3.404 -0.406 -0.115 36.083 0.483 -0.067 3.403 -0.186 0.656 36.086 2 II_DA-73DC-72:DG72DT73_JJ I -73 ? J 73 ? I -72 ? J 72 ? 1 H DC 27 1_555 I DG 178 1_555 H DC 28 1_555 I DG 177 1_555 2.100 2.341 3.358 3.896 -23.773 35.551 5.262 -2.547 1.739 -34.492 -5.652 42.725 3 II_DC-72DC-71:DG71DG72_JJ I -72 ? J 72 ? I -71 ? J 71 ? 1 H DC 28 1_555 I DG 177 1_555 H DT 29 1_555 I DA 176 1_555 -0.487 1.685 2.990 1.846 -0.045 31.229 3.133 1.221 2.955 -0.083 -3.425 31.282 4 II_DC-71DT-70:DA70DG71_JJ I -71 ? J 71 ? I -70 ? J 70 ? 1 H DT 29 1_555 I DA 176 1_555 H DG 30 1_555 I DC 175 1_555 -0.032 0.953 3.130 -0.539 1.174 23.688 1.943 -0.095 3.173 2.856 1.312 23.723 5 II_DT-70DG-69:DC69DA70_JJ I -70 ? J 70 ? I -69 ? J 69 ? 1 H DG 30 1_555 I DC 175 1_555 H DG 31 1_555 I DC 174 1_555 -0.137 -0.118 3.240 -2.913 0.524 32.253 -0.302 -0.264 3.238 0.940 5.231 32.385 6 II_DG-69DG-68:DC68DC69_JJ I -69 ? J 69 ? I -68 ? J 68 ? 1 H DG 31 1_555 I DC 174 1_555 H DA 32 1_555 I DT 173 1_555 -0.264 0.528 3.404 -1.773 -6.483 33.483 1.956 0.160 3.257 -11.113 3.040 34.132 7 II_DG-68DA-67:DT67DC68_JJ I -68 ? J 68 ? I -67 ? J 67 ? 1 H DA 32 1_555 I DT 173 1_555 H DG 33 1_555 I DC 172 1_555 0.085 -0.818 3.539 -0.528 1.477 31.169 -1.822 -0.267 3.495 2.747 0.982 31.208 8 II_DA-67DG-66:DC66DT67_JJ I -67 ? J 67 ? I -66 ? J 66 ? 1 H DG 33 1_555 I DC 172 1_555 H DA 34 1_555 I DT 171 1_555 -0.271 0.857 3.520 1.714 -5.811 39.226 1.979 0.610 3.350 -8.592 -2.535 39.673 9 II_DG-66DA-65:DT65DC66_JJ I -66 ? J 66 ? I -65 ? J 65 ? 1 H DA 34 1_555 I DT 171 1_555 H DA 35 1_555 I DT 170 1_555 0.095 0.769 3.040 -2.639 -4.033 34.662 1.836 -0.521 2.920 -6.729 4.403 34.985 10 II_DA-65DA-64:DT64DT65_JJ I -65 ? J 65 ? I -64 ? J 64 ? 1 H DA 35 1_555 I DT 170 1_555 H DT 36 1_555 I DA 169 1_555 -0.289 -0.123 2.677 -1.419 2.092 32.576 -0.515 0.312 2.674 3.723 2.525 32.671 11 II_DA-64DT-63:DA63DT64_JJ I -64 ? J 64 ? I -63 ? J 63 ? 1 H DT 36 1_555 I DA 169 1_555 H DC 37 1_555 I DG 168 1_555 -0.221 0.698 2.691 9.496 0.946 39.543 0.919 1.182 2.587 1.374 -13.794 40.633 12 II_DT-63DC-62:DG62DA63_JJ I -63 ? J 63 ? I -62 ? J 62 ? 1 H DC 37 1_555 I DG 168 1_555 H DC 38 1_555 I DG 167 1_555 1.536 1.249 3.796 15.602 3.467 42.639 1.231 -0.249 4.169 4.580 -20.611 45.406 13 II_DC-62DC-61:DG61DG62_JJ I -62 ? J 62 ? I -61 ? J 61 ? 1 H DC 38 1_555 I DG 167 1_555 H DC 39 1_555 I DG 166 1_555 -0.430 3.700 2.236 13.578 12.703 34.486 4.225 2.044 3.006 19.751 -21.111 39.045 14 II_DC-61DC-60:DG60DG61_JJ I -61 ? J 61 ? I -60 ? J 60 ? 1 H DC 39 1_555 I DG 166 1_555 H DG 40 1_555 I DC 165 1_555 -0.264 0.409 3.855 -2.152 25.724 7.046 -7.803 -0.155 1.439 74.728 6.251 26.743 15 II_DC-60DG-59:DC59DG60_JJ I -60 ? J 60 ? I -59 ? J 59 ? 1 H DG 40 1_555 I DC 165 1_555 H DG 41 1_555 I DC 164 1_555 -0.424 2.004 2.366 -13.762 2.601 36.896 2.737 -0.625 2.493 3.940 20.845 39.378 16 II_DG-59DG-58:DC58DC59_JJ I -59 ? J 59 ? I -58 ? 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