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'Nishida, Y.' 1 0009-0007-7475-2845 primary 'Yokoyama, K.' 2 0000-0002-6813-1096 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit S1' 51160.359 1 ? ? ? ? 2 polymer nat ;V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c'' ; 21618.553 1 ? ? ? ? 3 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit' 40341.934 1 ? ? ? ? 4 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit e 2' 9203.020 1 ? ? ? ? 5 polymer nat 'Ribonuclease K' 11000.004 1 ? ? ? ? 6 polymer nat 'V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c' 15815.833 9 ? ? ? ? 7 polymer nat 'Renin receptor' 39118.578 1 ? ? ? ? 8 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit D' 26094.350 1 ? ? ? ? 9 polymer nat 'V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1' 96429.438 1 ? ? ? ? 10 branched nat 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AAFFQDCISEQDLDEMNIEIIRNTLYKAYLESFYKFCTLLGGTTADAMCPILEFEADRRAFIITINSFGTELSKEDRAKL FPHCGRLYPEGLAQLARADDYEQVKNVADYYPEYKLLFEGAGSNPGDKTLEDRFFEHEVKLNKLAFLNQFHFGVFYAFVK LKEQECRNIVWIAECIAQRHRAKIDNYIPIF ; d ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MTAHSFALPVIIFTTFWGLIGIAGPWFVPKGPNRGVIITMLVATAVCCYLFWLIAILAQLNPLFGPQLKNETIWYVRFLW E ; ;MTAHSFALPVIIFTTFWGLIGIAGPWFVPKGPNRGVIITMLVATAVCCYLFWLIAILAQLNPLFGPQLKNETIWYVRFLW E ; e ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MASLLCCGPKLAACGIVLSAWGVIMLIMLGIFFNVHSAVLIEDVPFTEKDFENGPQNIYNLYEQVSYNCFIAAGLYLLLG GFSFCQVRLNKRKEYMVR ; ;MASLLCCGPKLAACGIVLSAWGVIMLIMLGIFFNVHSAVLIEDVPFTEKDFENGPQNIYNLYEQVSYNCFIAAGLYLLLG GFSFCQVRLNKRKEYMVR ; f ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MADIKNNPEYSSFFGVMGASSAMVFSAMGAAYGTAKSGTGIAAMSVMRPELIMKSIIPVVMAGIIAIYGLVVAVLIANSL TDGITLYRSFLQLGAGLSVGLSGLAAGFAIGIVGDAGVRGTAQQPRLFVGMILILIFAEVLGLYGLIVALILSTK ; ;MADIKNNPEYSSFFGVMGASSAMVFSAMGAAYGTAKSGTGIAAMSVMRPELIMKSIIPVVMAGIIAIYGLVVAVLIANSL TDGITLYRSFLQLGAGLSVGLSGLAAGFAIGIVGDAGVRGTAQQPRLFVGMILILIFAEVLGLYGLIVALILSTK ; h,i,j,k,l,m,n,o,r ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MAVLVVLLSSLVSSALANEFSILRSPGSVVFRNGNWPIPGDRIPDVAALSMGFSVKEDLSWPGLAVGNLFHRPRATIMVT VKGVDKLALPTGSVISYPLENAVPFSLDSVANSIHSLFSEETPVVLQLAPSEERVYMVGKANSVFEDLSVTLRQLRNRLF QENSVLNSLPLNSLSRNNEVDLLFLSELQVLHDISSLLSRHKHLAKDHSPDLYSLELAGLDELGKRYGEDSEQFRDASRI LVDALQKFADDMYSLYGGNAVVELVTVKSFDTSLVRKSRTILETKQENTQSPYNLAYKYNLEYSVVFNLVLWIMTGLALA VIITSYNIWNMDPGYDSIIYRMTNQKIRMD ; ;MAVLVVLLSSLVSSALANEFSILRSPGSVVFRNGNWPIPGDRIPDVAALSMGFSVKEDLSWPGLAVGNLFHRPRATIMVT VKGVDKLALPTGSVISYPLENAVPFSLDSVANSIHSLFSEETPVVLQLAPSEERVYMVGKANSVFEDLSVTLRQLRNRLF QENSVLNSLPLNSLSRNNEVDLLFLSELQVLHDISSLLSRHKHLAKDHSPDLYSLELAGLDELGKRYGEDSEQFRDASRI LVDALQKFADDMYSLYGGNAVVELVTVKSFDTSLVRKSRTILETKQENTQSPYNLAYKYNLEYSVVFNLVLWIMTGLALA VIITSYNIWNMDPGYDSIIYRMTNQKIRMD ; p ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MSGKDRIEIFPSRMAQTIMKARLKGAQTGRNLLKKKSDALTLRFRQILKKIIETKMLMGEVMREAAFSLAEAKFTAGDFS TTVIQNVNKAQVKIRAKKDNVAGVTLPVFEHYHEGTDSYELTGLARGGEQLAKLKRNYAKAVELLVELASLQTSFVTLDE AIKITNRRVNAIEHVIIPRIERTLAYIITELDEREREEFYRFVEMGTYWFFWVSFFHMYSFVLLSD 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'methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate' dolichol-pp 'C26 H48 O7 P2' 534.603 # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man GLC 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpa GLC 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-glucopyranose GLC 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Glcp GLC 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Glc MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code _pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 MET 1 1 ? ? ? 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TB N N 12 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP VAS1_RAT O54715 ? 1 ;MMAATVVSRIRTGTRWAPVLWLLLSLVAVAAAVAAEQQVPLVLWSSDRDLWAPVADTHEGHITSDMQLSTYLDPALELGP RNVLLFLQDKLSIEDFTAYGGVFGNKQDSAFSNLENALDLAPSSLVLPAVDWYAISTLTTYLQEKLGASPLHVDLATLKE LKLNASLPALLLIRLPYTASSGLMAPREVLTGNDEVIGQVLSTLESEDVPYTAALTAVRPSRVARDVAMVAGGLGRQLLQ TQVASPAIHPPVSYNDTAPRILFWAQNFSVAYKDEWKDLTSLTFGVENLNLTGSFWNDSFAMLSLTYEPLFGATVTFKFI LASRFYPVSARYWFTMERLEIHSNGSVAHFNVSQVTGPSIYSFHCEYVSSLSKKGSLLVTNVPSLWQMTLHNFQIQAFNV TGEQFSYASDCAGFFSPGIWMGLLTTLFMLFIFTYGLHMILSLKTMDRFDDRKGPTITLTQIV ; 1 2 UNP B0K022_RAT B0K022 ? 2 ;MTGLELLYLGIFVAFWACMIVVGICYTIFDLGFRFDVAWFLTETSPFMWSNLGIGLAISLSVVGAAWGIYITGSSIIGGG VKAPRIKTKNLVSIIFCEAVAIYGIIMAIVISNMAEPFSATDPKAIGHRNYHAGYSMFGAGLTVGLSNLFCGVCVGIVGS GAALADAQNPSLFVKILIVEIFGSAIGLFGVIVAILQTSRVKMGD ; 1 3 UNP Q5M7T6_RAT Q5M7T6 ? 3 ;MSFFPELYFNVDNGYLEGLVRGLKAGVLSQADYLNLVQCETLEDLKLHLQSTDYGNFLANEASPLTVSVIDDKLKEKMVV EFRHMRNHAYEPLASFLDFITYSYMIDNVILLITGTLHQRSIAELVPKCHPLGSFEQMEAVNIAQTPAELYNAILVDTPL AAFFQDCISEQDLDEMNIEIIRNTLYKAYLESFYKFCTLLGGTTADAMCPILEFEADRRAFIITINSFGTELSKEDRAKL FPHCGRLYPEGLAQLARADDYEQVKNVADYYPEYKLLFEGAGSNPGDKTLEDRFFEHEVKLNKLAFLNQFHFGVFYAFVK LKEQECRNIVWIAECIAQRHRAKIDNYIPIF ; 1 4 UNP VA0E2_RAT Q5EB76 ? 4 ;MTAHSFALPVIIFTTFWGLIGIAGPWFVPKGPNRGVIITMLVATAVCCYLFWLIAILAQLNPLFGPQLKNETIWYVRFLW E ; 1 5 UNP D3ZIM6_RAT D3ZIM6 ? 5 ;MASLLCCGPKLAACGIVLSAWGVIMLIMLGIFFNVHSAVLIEDVPFTEKDFENGPQNIYNLYEQVSYNCFIAAGLYLLLG GFSFCQVRLNKRKEYMVR ; 1 6 UNP VATL_RAT P63081 ? 6 ;MADIKNNPEYSSFFGVMGASSAMVFSAMGAAYGTAKSGTGIAAMSVMRPELIMKSIIPVVMAGIIAIYGLVVAVLIANSL TDGITLYRSFLQLGAGLSVGLSGLAAGFAIGIVGDAGVRGTAQQPRLFVGMILILIFAEVLGLYGLIVALILSTK ; 1 7 UNP RENR_RAT Q6AXS4 ? 7 ;MAVLVVLLSSLVSSALANEFSILRSPGSVVFRNGNWPIPGDRIPDVAALSMGFSVKEDLSWPGLAVGNLFHRPRATIMVT VKGVDKLALPTGSVISYPLENAVPFSLDSVANSIHSLFSEETPVVLQLAPSEERVYMVGKANSVFEDLSVTLRQLRNRLF QENSVLNSLPLNSLSRNNEVDLLFLSELQVLHDISSLLSRHKHLAKDHSPDLYSLELAGLDELGKRYGEDSEQFRDASRI LVDALQKFADDMYSLYGGNAVVELVTVKSFDTSLVRKSRTILETKQENTQSPYNLAYKYNLEYSVVFNLVLWIMTGLALA VIITSYNIWNMDPGYDSIIYRMTNQKIRMD ; 1 8 UNP Q6P503_RAT Q6P503 ? 8 ;MSGKDRIEIFPSRMAQTIMKARLKGAQTGRNLLKKKSDALTLRFRQILKKIIETKMLMGEVMREAAFSLAEAKFTAGDFS TTVIQNVNKAQVKIRAKKDNVAGVTLPVFEHYHEGTDSYELTGLARGGEQLAKLKRNYAKAVELLVELASLQTSFVTLDE AIKITNRRVNAIEHVIIPRIERTLAYIITELDEREREEFYRFVEMGTYWFFWVSFFHMYSFVLLSD ; 1 9 UNP VPP1_RAT P25286 ? 9 ;MGELFRSEEMTLAQLFLQSEAAYCCVSELEELGKVQFRDLNPDVNVFQRKFVNEVRRCEEMDRKLRFVEKEIRKANIPIM DTGENPEVPFPRDMIDLEANFEKIENELKEINTNQEALKRNFLELTELKFILRKTQQFFDEMADPDLLEESSSLLEPNEM GRGAPLRLGFVAGVINRERIPTFERMLWRVCRGNVFLRQAEIENPLEDPVTGDYVHKSVFIIFFQGDQLKNRVKKICEGF RASLYPCPETPQERKEMASGVNTRIDDLQMVLNQTEDHRQRVLQAAAKNIRVWFIKVRKMKAIYHTLNLCNIDVTQKCLI AEVWCPVTDLDSIQFALRRGTEHSGSTVPSILNRMQTNQTPPTYNKTNKFTHGFQNIVDAYGIGTYREINPAPYTVITFP FLFAVMFGDFGHGILMTLFAVWMVLRESRILSQKNENEMFSMVFSGRYIILLMGLFSIYTGLIYNDCFSKSLNIFGSSWS VRPMFTIGNWTEETLLGSSVLQLNPAIPGVFGGPYPFGIDPIWNIATNKLTFLNSFKMKMSVILGIIHMLFGVSLSLFNH IYFKKPLNIYFGFIPEIIFMSSLFGYLVILIFYKWTAYDAHSSRNAPSLLIHFINMFLFSYPESGNAMLYSGQKGIQCFL IVVAMLCVPWMLLFKPLILRHQYLRKKHLGTLNFGGIRVGNGPTEEDAEIIQHDQLSTHSEDAEEPTEDEVFDFGDTMVH QAIHTIEYCLGCISNTASYLRLWALSLAHAQLSEVLWTMVIHIGLHVRSLAGGLGLFFIFAAFATLTVAILLIMEGLSAF LHALRLHWVEFQNKFYTGTGFKFLPFSFEHIREGKFDE ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 25YS P 1 ? 463 ? 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sing N N 194 ASP N H2 sing N N 195 ASP CA C sing N N 196 ASP CA CB sing N N 197 ASP CA HA sing N N 198 ASP C O doub N N 199 ASP C OXT sing N N 200 ASP CB CG sing N N 201 ASP CB HB2 sing N N 202 ASP CB HB3 sing N N 203 ASP CG OD1 doub N N 204 ASP CG OD2 sing N N 205 ASP OD2 HD2 sing N N 206 ASP OXT HXT sing N N 207 BMA C1 C2 sing N N 208 BMA C1 O1 sing N N 209 BMA C1 O5 sing N N 210 BMA C1 H1 sing N N 211 BMA C2 C3 sing N N 212 BMA C2 O2 sing N N 213 BMA C2 H2 sing N N 214 BMA C3 C4 sing N N 215 BMA C3 O3 sing N N 216 BMA C3 H3 sing N N 217 BMA C4 C5 sing N N 218 BMA C4 O4 sing N N 219 BMA C4 H4 sing N N 220 BMA C5 C6 sing N N 221 BMA C5 O5 sing N N 222 BMA C5 H5 sing N N 223 BMA C6 O6 sing N N 224 BMA C6 H61 sing N N 225 BMA C6 H62 sing N N 226 BMA O1 HO1 sing N N 227 BMA O2 HO2 sing N N 228 BMA O3 HO3 sing N N 229 BMA O4 HO4 sing N N 230 BMA O6 HO6 sing N N 231 CLR C1 C2 sing N N 232 CLR C1 C10 sing N N 233 CLR C1 H11 sing N N 234 CLR C1 H12 sing N N 235 CLR C2 C3 sing N N 236 CLR C2 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C18 H181 sing N N 278 CLR C18 H182 sing N N 279 CLR C18 H183 sing N N 280 CLR C19 H191 sing N N 281 CLR C19 H192 sing N N 282 CLR C19 H193 sing N N 283 CLR C20 C21 sing N N 284 CLR C20 C22 sing N N 285 CLR C20 H20 sing N N 286 CLR C21 H211 sing N N 287 CLR C21 H212 sing N N 288 CLR C21 H213 sing N N 289 CLR C22 C23 sing N N 290 CLR C22 H221 sing N N 291 CLR C22 H222 sing N N 292 CLR C23 C24 sing N N 293 CLR C23 H231 sing N N 294 CLR C23 H232 sing N N 295 CLR C24 C25 sing N N 296 CLR C24 H241 sing N N 297 CLR C24 H242 sing N N 298 CLR C25 C26 sing N N 299 CLR C25 C27 sing N N 300 CLR C25 H25 sing N N 301 CLR C26 H261 sing N N 302 CLR C26 H262 sing N N 303 CLR C26 H263 sing N N 304 CLR C27 H271 sing N N 305 CLR C27 H272 sing N N 306 CLR C27 H273 sing N N 307 CLR O1 H1 sing N N 308 CYS N CA sing N N 309 CYS N H sing N N 310 CYS N H2 sing N N 311 CYS CA C sing N N 312 CYS CA CB sing N N 313 CYS CA HA sing N N 314 CYS C O doub N N 315 CYS C OXT sing N N 316 CYS CB SG sing N N 317 CYS CB HB2 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N 404 HIS ND1 CE1 doub Y N 405 HIS ND1 HD1 sing N N 406 HIS CD2 NE2 sing Y N 407 HIS CD2 HD2 sing N N 408 HIS CE1 NE2 sing Y N 409 HIS CE1 HE1 sing N N 410 HIS NE2 HE2 sing N N 411 HIS OXT HXT sing N N 412 ILE N CA sing N N 413 ILE N H sing N N 414 ILE N H2 sing N N 415 ILE CA C sing N N 416 ILE CA CB sing N N 417 ILE CA HA sing N N 418 ILE C O doub N N 419 ILE C OXT sing N N 420 ILE CB CG1 sing N N 421 ILE CB CG2 sing N N 422 ILE CB HB sing N N 423 ILE CG1 CD1 sing N N 424 ILE CG1 HG12 sing N N 425 ILE CG1 HG13 sing N N 426 ILE CG2 HG21 sing N N 427 ILE CG2 HG22 sing N N 428 ILE CG2 HG23 sing N N 429 ILE CD1 HD11 sing N N 430 ILE CD1 HD12 sing N N 431 ILE CD1 HD13 sing N N 432 ILE OXT HXT sing N N 433 LEU N CA sing N N 434 LEU N H sing N N 435 LEU N H2 sing N N 436 LEU CA C sing N N 437 LEU CA CB sing N N 438 LEU CA HA sing N N 439 LEU C O doub N N 440 LEU C OXT sing N N 441 LEU CB CG sing N N 442 LEU CB HB2 sing N N 443 LEU CB HB3 sing N N 444 LEU CG CD1 sing N N 445 LEU CG CD2 sing N N 446 LEU CG HG sing N N 447 LEU CD1 HD11 sing N N 448 LEU CD1 HD12 sing N N 449 LEU CD1 HD13 sing N N 450 LEU CD2 HD21 sing N N 451 LEU CD2 HD22 sing N N 452 LEU CD2 HD23 sing N N 453 LEU OXT HXT sing N N 454 LP3 C1 C2 sing N N 455 LP3 C1 O3P sing N N 456 LP3 C1 H11 sing N N 457 LP3 C1 H12 sing N N 458 LP3 C2 C3 sing N N 459 LP3 C2 O2 sing N N 460 LP3 C2 H2 sing N N 461 LP3 C3 O3 sing N N 462 LP3 C3 H31 sing N N 463 LP3 C3 H32 sing N N 464 LP3 C4 C5 sing N N 465 LP3 C4 O4P sing N N 466 LP3 C4 H41 sing N N 467 LP3 C4 H42 sing N N 468 LP3 C5 N sing N N 469 LP3 C5 H51 sing N N 470 LP3 C5 H52 sing N N 471 LP3 C6 N sing N N 472 LP3 C6 H61 sing N N 473 LP3 C6 H62 sing N N 474 LP3 C6 H63 sing N N 475 LP3 C7 N sing N N 476 LP3 C7 H71 sing N N 477 LP3 C7 H72 sing N N 478 LP3 C7 H73 sing N N 479 LP3 C8 N sing N N 480 LP3 C8 H81 sing N N 481 LP3 C8 H82 sing N N 482 LP3 C8 H83 sing N N 483 LP3 C11 C12 sing N N 484 LP3 C11 O3 sing N N 485 LP3 C11 O11 doub N N 486 LP3 C12 C13 sing N N 487 LP3 C12 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