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_citation.year 2006 _citation.journal_id_ASTM JMOBAK _citation.country UK _citation.journal_id_ISSN 0022-2836 _citation.journal_id_CSD 0070 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 16549073 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/J.JMB.2006.02.033 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Clare, D.K.' 1 ? primary 'Bakkes, P.J.' 2 ? primary 'Van Heerikhuizen, H.' 3 ? primary 'Van Der Vies, S.M.' 4 ? primary 'Saibil, H.R.' 5 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man '60 KDA GROEL' 57260.504 14 ? ? ? 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;AAKDVKFGNDARVKMLRGVNVLADAVKVTLGPKGRNVVLDKSFGAPTITKDGVSVAREIELEDKFENMGAQMVKEVASKA NDAAGDGTTTATVLAQAIITEGLKAVAAGMNPMDLKRGIDKAVTAAVEELKALSVPCSDSKAIAQVGTISANSDETVGKL IAEAMDKVGKEGVITVEDGTGLQDELDVVEGMQFDRGYLSPYFINKPETGAVELESPFILLADKKISNIREMLPVLEAVA KAGKPLLIIAEDVEGEALATLVVNTMRGIVKVAAVKAPGFGDRRKAMLQDIATLTGGTVISEEIGMELEKATLEDLGQAK RVVINKDTTTIIDGVGEEAAIQGRVAQIRQQIEEATSDYDREKLQERVAKLAGGVAVIKVGAATEVEMKEKKARVEDALH ATRAAVEEGVVAGGGVALIRVASKLADLRGQNEDQNVGIKVALRAMEAPLRQIVLNCGEEPSVVANTVKGGDGNYGYNAA TEEYGNMIDMGILDPTKVTRSALQYAASVAGLMITTECMVTDLPKNDAADLGAAGGMGGMGGMGGMM ; A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSEVQQLPIRAVGEYVILVSEPAQAGDEEVTESGLIIGKRVQGEVPELCVVHSVGPDVPEGFCEVGDLTSLPVGQIRNVP HPFVALGLKQPKEIKQKFVTCHYKAIPCLYK ; ;MSEVQQLPIRAVGEYVILVSEPAQAGDEEVTESGLIIGKRVQGEVPELCVVHSVGPDVPEGFCEVGDLTSLPVGQIRNVP HPFVALGLKQPKEIKQKFVTCHYKAIPCLYK ; O,P,Q,R,S,T,U ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ALA n 1 3 LYS n 1 4 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CA C GLY 374 ? ? 68.61 122.30 -53.69 2.10 Y 50 1 CB C ASP 435 ? ? CG C ASP 435 ? ? OD2 C ASP 435 ? ? 124.13 118.30 5.83 0.90 N 51 1 CB C ASP 523 ? ? CG C ASP 523 ? ? OD2 C ASP 523 ? ? 126.17 118.30 7.87 0.90 N 52 1 CB D ASP 11 ? ? CG D ASP 11 ? ? OD2 D ASP 11 ? ? 124.71 118.30 6.41 0.90 N 53 1 CB D ASP 64 ? ? CG D ASP 64 ? ? OD2 D ASP 64 ? ? 124.28 118.30 5.98 0.90 N 54 1 CB D ASP 115 ? ? CG D ASP 115 ? ? OD2 D ASP 115 ? ? 124.43 118.30 6.13 0.90 N 55 1 CB D ASP 121 ? ? CG D ASP 121 ? ? OD1 D ASP 121 ? ? 124.14 118.30 5.84 0.90 N 56 1 CA D GLU 191 ? ? C D GLU 191 ? ? N D GLY 192 ? ? 75.90 116.20 -40.30 2.00 Y 57 1 O D GLU 191 ? ? C D GLU 191 ? ? N D GLY 192 ? ? 90.43 123.20 -32.77 1.70 Y 58 1 C D GLU 191 ? ? N D GLY 192 ? ? CA D GLY 192 ? ? 75.39 122.30 -46.91 2.10 Y 59 1 NE D ARG 197 ? ? CZ D ARG 197 ? ? NH1 D ARG 197 ? ? 124.07 120.30 3.77 0.50 N 60 1 NE D ARG 197 ? ? CZ D ARG 197 ? ? NH2 D ARG 197 ? ? 115.97 120.30 -4.33 0.50 N 61 1 NE D ARG 268 ? ? CZ D ARG 268 ? ? 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CA G GLY 192 ? ? 75.41 122.30 -46.89 2.10 Y 110 1 NE G ARG 197 ? ? CZ G ARG 197 ? ? NH1 G ARG 197 ? ? 124.10 120.30 3.80 0.50 N 111 1 NE G ARG 197 ? ? CZ G ARG 197 ? ? NH2 G ARG 197 ? ? 115.94 120.30 -4.36 0.50 N 112 1 NE G ARG 268 ? ? CZ G ARG 268 ? ? NH1 G ARG 268 ? ? 126.19 120.30 5.89 0.50 N 113 1 NE G ARG 268 ? ? CZ G ARG 268 ? ? NH2 G ARG 268 ? ? 114.35 120.30 -5.95 0.50 N 114 1 CB G ASP 334 ? ? CG G ASP 334 ? ? OD2 G ASP 334 ? ? 124.00 118.30 5.70 0.90 N 115 1 CA G ALA 373 ? ? C G ALA 373 ? ? N G GLY 374 ? ? 63.40 116.20 -52.80 2.00 Y 116 1 O G ALA 373 ? ? C G ALA 373 ? ? N G GLY 374 ? ? 162.90 123.20 39.70 1.70 Y 117 1 C G ALA 373 ? ? N G GLY 374 ? ? CA G GLY 374 ? ? 68.61 122.30 -53.69 2.10 Y 118 1 CB G ASP 435 ? ? CG G ASP 435 ? ? OD2 G ASP 435 ? ? 124.13 118.30 5.83 0.90 N 119 1 CB G ASP 523 ? ? CG G ASP 523 ? ? OD2 G ASP 523 ? ? 126.20 118.30 7.90 0.90 N 120 1 CB H ASP 11 ? ? CG H ASP 11 ? ? OD2 H ASP 11 ? ? 124.72 118.30 6.42 0.90 N 121 1 CB H ASP 64 ? ? CG H ASP 64 ? ? 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IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. ; # _pdbx_entry_details.entry_id 2CGT _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;RESIDUES 23-46 HAVE BEEN REMOVED FROM THE GP31 STRUCTURE AS THEY WERE IN A DISTORTED CONFORMATION IN THE ORIGINAL CRYSTAL STRUCTURE. ; _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 2CGT _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria 'Cross-correlation coefficient' _em_3d_fitting.details 'METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY' _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 1A0N ? ? 1 ? ? ? PDB 'experimental model' 1A0N 1 2 1G31 ? ? 2 ? ? ? PDB 'experimental model' 1G31 # _em_3d_reconstruction.entry_id 2CGT _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.num_particles 10300 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method 'PROJECTION MATCHING' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 1.4 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 1.4 _em_3d_reconstruction.resolution 8.2 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details 'THE 3 DOMAINS OF TWO GROEL SUBUNITS AND A SINGLE GP31 SUBUNIT WERE DOCKED AS RIGID BODIES INTO THE DENSITY MAP' _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '20MM TRIS-HCL, 10MM MGCL, 10MM KCL' _em_buffer.pH 7.4 _em_buffer.details '20MM TRIS-HCL, 10MM MGCL, 10MM KCL' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name GROEL-GP31-ADP _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 2CGT _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.number_digital_images 28 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 2CGT _em_imaging.id 1 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date 2004-09-28 _em_imaging.temperature 100 _em_imaging.microscope_model 'FEI TECNAI F20' _em_imaging.nominal_defocus_min 1300 _em_imaging.nominal_defocus_max 3300 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs 2 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_magnification 50000 _em_imaging.calibrated_magnification 50000 _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type . _em_imaging.specimen_holder_model . _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'HOLEY CARBON' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? # _em_vitrification.entry_id 2CGT _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.details 'GRIDS WERE BLOTED FOR 2-3 SECONDS AND THEN LEFT TO EQUILIBRATE FOR 2-3 SECONDS AND THEN PLUNGED INTO LIQUID ETHANE' _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 2CGT _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 2CGT _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry D7 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A LYS 526 ? A LYS 525 2 1 Y 1 A ASN 527 ? A ASN 526 3 1 Y 1 A ASP 528 ? A ASP 527 4 1 Y 1 A ALA 529 ? A ALA 528 5 1 Y 1 A ALA 530 ? A ALA 529 6 1 Y 1 A ASP 531 ? A ASP 530 7 1 Y 1 A LEU 532 ? A LEU 531 8 1 Y 1 A GLY 533 ? A GLY 532 9 1 Y 1 A ALA 534 ? A ALA 533 10 1 Y 1 A ALA 535 ? A ALA 534 11 1 Y 1 A GLY 536 ? A GLY 535 12 1 Y 1 A GLY 537 ? A GLY 536 13 1 Y 1 A MET 538 ? A MET 537 14 1 Y 1 A GLY 539 ? A GLY 538 15 1 Y 1 A GLY 540 ? A GLY 539 16 1 Y 1 A MET 541 ? A MET 540 17 1 Y 1 A GLY 542 ? A GLY 541 18 1 Y 1 A GLY 543 ? A GLY 542 19 1 Y 1 A MET 544 ? A MET 543 20 1 Y 1 A GLY 545 ? A GLY 544 21 1 Y 1 A GLY 546 ? A GLY 545 22 1 Y 1 A MET 547 ? A MET 546 23 1 Y 1 A MET 548 ? A MET 547 24 1 Y 1 B LYS 526 ? B LYS 525 25 1 Y 1 B ASN 527 ? B ASN 526 26 1 Y 1 B ASP 528 ? B ASP 527 27 1 Y 1 B ALA 529 ? B ALA 528 28 1 Y 1 B ALA 530 ? B ALA 529 29 1 Y 1 B ASP 531 ? B ASP 530 30 1 Y 1 B LEU 532 ? B LEU 531 31 1 Y 1 B GLY 533 ? B GLY 532 32 1 Y 1 B ALA 534 ? B ALA 533 33 1 Y 1 B ALA 535 ? B ALA 534 34 1 Y 1 B GLY 536 ? B GLY 535 35 1 Y 1 B GLY 537 ? B GLY 536 36 1 Y 1 B MET 538 ? B MET 537 37 1 Y 1 B GLY 539 ? B GLY 538 38 1 Y 1 B GLY 540 ? B GLY 539 39 1 Y 1 B MET 541 ? B MET 540 40 1 Y 1 B GLY 542 ? B GLY 541 41 1 Y 1 B GLY 543 ? B GLY 542 42 1 Y 1 B MET 544 ? B MET 543 43 1 Y 1 B GLY 545 ? B GLY 544 44 1 Y 1 B GLY 546 ? B GLY 545 45 1 Y 1 B MET 547 ? B MET 546 46 1 Y 1 B MET 548 ? B MET 547 47 1 Y 1 C LYS 526 ? C LYS 525 48 1 Y 1 C ASN 527 ? C ASN 526 49 1 Y 1 C ASP 528 ? C ASP 527 50 1 Y 1 C ALA 529 ? C ALA 528 51 1 Y 1 C ALA 530 ? C ALA 529 52 1 Y 1 C ASP 531 ? C ASP 530 53 1 Y 1 C LEU 532 ? C LEU 531 54 1 Y 1 C GLY 533 ? C GLY 532 55 1 Y 1 C ALA 534 ? C ALA 533 56 1 Y 1 C ALA 535 ? C ALA 534 57 1 Y 1 C GLY 536 ? C GLY 535 58 1 Y 1 C GLY 537 ? C GLY 536 59 1 Y 1 C MET 538 ? C MET 537 60 1 Y 1 C GLY 539 ? C GLY 538 61 1 Y 1 C GLY 540 ? C GLY 539 62 1 Y 1 C MET 541 ? C MET 540 63 1 Y 1 C GLY 542 ? C GLY 541 64 1 Y 1 C GLY 543 ? C GLY 542 65 1 Y 1 C MET 544 ? C MET 543 66 1 Y 1 C GLY 545 ? C GLY 544 67 1 Y 1 C GLY 546 ? C GLY 545 68 1 Y 1 C MET 547 ? C MET 546 69 1 Y 1 C MET 548 ? C MET 547 70 1 Y 1 D LYS 526 ? D LYS 525 71 1 Y 1 D ASN 527 ? D ASN 526 72 1 Y 1 D ASP 528 ? D ASP 527 73 1 Y 1 D ALA 529 ? D ALA 528 74 1 Y 1 D ALA 530 ? D ALA 529 75 1 Y 1 D ASP 531 ? D ASP 530 76 1 Y 1 D LEU 532 ? D LEU 531 77 1 Y 1 D GLY 533 ? D GLY 532 78 1 Y 1 D ALA 534 ? D ALA 533 79 1 Y 1 D ALA 535 ? D ALA 534 80 1 Y 1 D GLY 536 ? D GLY 535 81 1 Y 1 D GLY 537 ? D GLY 536 82 1 Y 1 D MET 538 ? D MET 537 83 1 Y 1 D GLY 539 ? D GLY 538 84 1 Y 1 D GLY 540 ? D GLY 539 85 1 Y 1 D MET 541 ? D MET 540 86 1 Y 1 D GLY 542 ? D GLY 541 87 1 Y 1 D GLY 543 ? D GLY 542 88 1 Y 1 D MET 544 ? D MET 543 89 1 Y 1 D GLY 545 ? D GLY 544 90 1 Y 1 D GLY 546 ? D GLY 545 91 1 Y 1 D MET 547 ? D MET 546 92 1 Y 1 D MET 548 ? D MET 547 93 1 Y 1 E LYS 526 ? E LYS 525 94 1 Y 1 E ASN 527 ? E ASN 526 95 1 Y 1 E ASP 528 ? E ASP 527 96 1 Y 1 E ALA 529 ? E ALA 528 97 1 Y 1 E ALA 530 ? E ALA 529 98 1 Y 1 E ASP 531 ? E ASP 530 99 1 Y 1 E LEU 532 ? E LEU 531 100 1 Y 1 E GLY 533 ? E GLY 532 101 1 Y 1 E ALA 534 ? E ALA 533 102 1 Y 1 E ALA 535 ? E ALA 534 103 1 Y 1 E GLY 536 ? E GLY 535 104 1 Y 1 E GLY 537 ? E GLY 536 105 1 Y 1 E MET 538 ? E MET 537 106 1 Y 1 E GLY 539 ? E GLY 538 107 1 Y 1 E GLY 540 ? E GLY 539 108 1 Y 1 E MET 541 ? E MET 540 109 1 Y 1 E GLY 542 ? E GLY 541 110 1 Y 1 E GLY 543 ? E GLY 542 111 1 Y 1 E MET 544 ? E MET 543 112 1 Y 1 E GLY 545 ? E GLY 544 113 1 Y 1 E GLY 546 ? E GLY 545 114 1 Y 1 E MET 547 ? E MET 546 115 1 Y 1 E MET 548 ? E MET 547 116 1 Y 1 F LYS 526 ? F LYS 525 117 1 Y 1 F ASN 527 ? F ASN 526 118 1 Y 1 F ASP 528 ? F ASP 527 119 1 Y 1 F ALA 529 ? F ALA 528 120 1 Y 1 F ALA 530 ? F ALA 529 121 1 Y 1 F ASP 531 ? F ASP 530 122 1 Y 1 F LEU 532 ? F LEU 531 123 1 Y 1 F GLY 533 ? F GLY 532 124 1 Y 1 F ALA 534 ? F ALA 533 125 1 Y 1 F ALA 535 ? F ALA 534 126 1 Y 1 F GLY 536 ? F GLY 535 127 1 Y 1 F GLY 537 ? F GLY 536 128 1 Y 1 F MET 538 ? 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G GLY 545 160 1 Y 1 G MET 547 ? G MET 546 161 1 Y 1 G MET 548 ? G MET 547 162 1 Y 1 H ILE 353 ? H ILE 352 163 1 Y 1 H GLU 354 ? H GLU 353 164 1 Y 1 H GLU 355 ? H GLU 354 165 1 Y 1 H ALA 356 ? H ALA 355 166 1 Y 1 H THR 357 ? H THR 356 167 1 Y 1 H SER 358 ? H SER 357 168 1 Y 1 H ASP 359 ? H ASP 358 169 1 Y 1 H TYR 360 ? H TYR 359 170 1 Y 1 H ASP 361 ? H ASP 360 171 1 Y 1 H LYS 526 ? H LYS 525 172 1 Y 1 H ASN 527 ? H ASN 526 173 1 Y 1 H ASP 528 ? H ASP 527 174 1 Y 1 H ALA 529 ? H ALA 528 175 1 Y 1 H ALA 530 ? H ALA 529 176 1 Y 1 H ASP 531 ? H ASP 530 177 1 Y 1 H LEU 532 ? H LEU 531 178 1 Y 1 H GLY 533 ? H GLY 532 179 1 Y 1 H ALA 534 ? H ALA 533 180 1 Y 1 H ALA 535 ? H ALA 534 181 1 Y 1 H GLY 536 ? H GLY 535 182 1 Y 1 H GLY 537 ? H GLY 536 183 1 Y 1 H MET 538 ? H MET 537 184 1 Y 1 H GLY 539 ? H GLY 538 185 1 Y 1 H GLY 540 ? H GLY 539 186 1 Y 1 H MET 541 ? H MET 540 187 1 Y 1 H GLY 542 ? H GLY 541 188 1 Y 1 H GLY 543 ? H GLY 542 189 1 Y 1 H MET 544 ? H MET 543 190 1 Y 1 H GLY 545 ? 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