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UNP O73790 HIS 88 deletion ? 276 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 2DUT _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 4.76 _exptl_crystal.density_percent_sol 74.16 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 290 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 4.4 _exptl_crystal_grow.pdbx_details '1.7-1.9M AMMONIUM SULFATE, 0.1M SODIUM ACETATE, PH4.3-4.45, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC QUANTUM 4' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2004-04-04 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.000 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'APS BEAMLINE 14-BM-C' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site APS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline 14-BM-C _diffrn_source.pdbx_wavelength 1.000 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.entry_id 2DUT _reflns.observed_criterion_sigma_I 2 _reflns.observed_criterion_sigma_F 2 _reflns.d_resolution_low 20.0 _reflns.d_resolution_high 3.0 _reflns.number_obs 68817 _reflns.number_all 71951 _reflns.percent_possible_obs 95.8 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.114 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 10.8 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 2.5 _reflns.R_free_details 'Random selection of twin-related reflection pairs' _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 # _reflns_shell.d_res_high 3.0 _reflns_shell.d_res_low 3.1 _reflns_shell.percent_possible_all 99.9 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.512 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 2.8 _reflns_shell.pdbx_redundancy 2.5 _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_diffrn_id ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 # _refine.entry_id 2DUT _refine.ls_number_reflns_obs 68817 _refine.ls_number_reflns_all 71951 _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.00 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF 0 _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF 0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 20.0 _refine.ls_d_res_high 3.0 _refine.ls_percent_reflns_obs 95.6 _refine.ls_R_factor_obs 0.278 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.278 _refine.ls_R_factor_R_free 0.293 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free 3090 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean 41.015 _refine.aniso_B[1][1] -0.221 _refine.aniso_B[2][2] -0.221 _refine.aniso_B[3][3] 0.443 _refine.aniso_B[1][2] -7.434 _refine.aniso_B[1][3] 0.000 _refine.aniso_B[2][3] 0.000 _refine.solvent_model_details BULK _refine.solvent_model_param_ksol 0.282 _refine.solvent_model_param_bsol 65.27 _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ;THE DATA IS TWINNED. THE TWINNING OPERATOR IS (H,K,L)-> (H+K,-K,-L) AND THE ESTIMATED PARTIAL TWINNING FRACTION IS 0.44. THE TWINNED R-FACTORS ARE 29.7% (OBS), 29.7%(WORK) AND 32.4%(FREE). THE TWINNED BIN R-FACTORS ARE 36.0(WORK) AND 37.0(FREE). AT THIS TWINNING FRACTION, THE ESTIMATE IS LIKELY TO BE INACCURATE. HENCE, THE DATA WAS ARTIFICIALLY PERFECTLY TWINNED (=0.5) BY AVERAGING TWIN- RELATED REFLECTIONS. TO AVOID TEST-SET BIAS, TWIN-RELATED REFLECTIONS WERE RANDOMLY SELECTED IN PAIRS AND EXCLUDED FROM REFINEMENT FOR THE CALCULATION OF RFREE. CYCLES OF RIGID BODY REFINEMENT, SIMULATED ANNEALING, B-FACTOR REFINEMENT AND MAP BUILDING WERE UNDERTAKEN IN CNS USING THE XTAL_TWIN SUITE OF SCRIPTS.IN ORDER TO MAXIMISE THE OBSERVATION-TO-PARAMETER RATIO, STRICT CONSTRAINTS WERE APPLIED DURING REFINEMENT WITH CNS; AS SUCH, THE FOUR CHAINS ARE IDENTICAL AND RELATED PURELY BY COORDINATE TRANSFORMATION. ; _refine.pdbx_starting_model 1OVA _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'ENGH & HUBER' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs 2.5 _refine.B_iso_min 18.1339 _refine.B_iso_max 103.164 _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 10884 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 136 _refine_hist.number_atoms_total 11020 _refine_hist.d_res_high 3.0 _refine_hist.d_res_low 20.0 # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 10 _refine_ls_shell.d_res_high 3.0 _refine_ls_shell.d_res_low 3.1 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work ? _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.334 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 98.9 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.35 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 5.4 _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 384 _refine_ls_shell.number_reflns_all 7176 _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs 7097 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _struct.entry_id 2DUT _struct.title 'Crystal structure of a M-loop deletion variant of MENT in the native conformation' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2DUT _struct_keywords.pdbx_keywords 'HYDROLASE INHIBITOR' _struct_keywords.text 'SERINE PROTEASE INHIBITOR, SERPIN, HYDROLASE INHIBITOR' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? # loop_ _struct_biol.id _struct_biol.pdbx_parent_biol_id _struct_biol.details 1 ? ? 2 ? ? 3 ? ? 4 ? ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 GLN A 44 ? ASN A 64 ? GLN A 3 ASN A 23 1 ? 21 HELX_P HELX_P2 2 SER A 72 ? LEU A 85 ? SER A 31 LEU A 44 1 ? 14 HELX_P HELX_P3 3 LYS A 88 ? HIS A 100 ? LYS A 47 HIS A 59 1 ? 13 HELX_P HELX_P4 4 HIS A 108 ? LYS A 120 ? HIS A 95 LYS A 107 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 5 PRO A 143 ? LYS A 154 ? PRO A 130 LYS A 141 1 ? 12 HELX_P HELX_P6 6 ALA A 165 ? THR A 181 ? ALA A 152 THR A 168 1 ? 17 HELX_P HELX_P7 7 GLN A 217 ? THR A 221 ? GLN A 204 THR A 208 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 8 VAL A 263 ? GLU A 266 ? VAL A 250 GLU A 253 5 ? 4 HELX_P HELX_P9 9 LEU A 284 ? GLU A 290 ? LEU A 271 GLU A 277 1 ? 7 HELX_P HELX_P10 10 THR A 292 ? ASP A 301 ? THR A 279 ASP A 288 1 ? 10 HELX_P HELX_P11 11 LEU A 325 ? GLY A 333 ? LEU A 312 GLY A 320 1 ? 9 HELX_P HELX_P12 12 THR A 335 ? THR A 339 ? THR A 322 THR A 326 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 13 GLN B 44 ? ASN B 64 ? GLN B 3 ASN B 23 1 ? 21 HELX_P HELX_P14 14 SER B 72 ? LEU B 85 ? SER B 31 LEU B 44 1 ? 14 HELX_P HELX_P15 15 LYS B 88 ? HIS B 100 ? LYS B 47 HIS B 59 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 16 HIS B 108 ? LYS B 120 ? HIS B 95 LYS B 107 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 17 PRO B 143 ? LYS B 154 ? PRO B 130 LYS B 141 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 18 ALA B 165 ? THR B 181 ? ALA B 152 THR B 168 1 ? 17 HELX_P HELX_P19 19 GLN B 217 ? THR B 221 ? GLN B 204 THR B 208 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 20 VAL B 263 ? GLU B 266 ? VAL B 250 GLU B 253 5 ? 4 HELX_P HELX_P21 21 LEU B 284 ? GLU B 290 ? LEU B 271 GLU B 277 1 ? 7 HELX_P HELX_P22 22 THR B 292 ? ASP B 301 ? THR B 279 ASP B 288 1 ? 10 HELX_P HELX_P23 23 LEU B 325 ? GLY B 333 ? LEU B 312 GLY B 320 1 ? 9 HELX_P HELX_P24 24 THR B 335 ? THR B 339 ? THR B 322 THR B 326 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 25 GLN C 44 ? ASN C 64 ? GLN C 3 ASN C 23 1 ? 21 HELX_P HELX_P26 26 SER C 72 ? LEU C 85 ? SER C 31 LEU C 44 1 ? 14 HELX_P HELX_P27 27 LYS C 88 ? HIS C 100 ? LYS C 47 HIS C 59 1 ? 13 HELX_P HELX_P28 28 HIS C 108 ? LYS C 120 ? HIS C 95 LYS C 107 1 ? 13 HELX_P HELX_P29 29 PRO C 143 ? LYS C 154 ? PRO C 130 LYS C 141 1 ? 12 HELX_P HELX_P30 30 ALA C 165 ? THR C 181 ? ALA C 152 THR C 168 1 ? 17 HELX_P HELX_P31 31 GLN C 217 ? THR C 221 ? GLN C 204 THR C 208 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 32 VAL C 263 ? GLU C 266 ? 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