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RESIDUES 161-405 ARE MISSING.' _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 6192 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 6192 _refine_hist.d_res_high 12 _refine_hist.d_res_low . # _database_PDB_matrix.entry_id 2FL8 _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 2FL8 _struct.title 'Fitting of the gp10 trimer structure into the cryoEM map of the bacteriophage T4 baseplate in the hexagonal conformation.' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2FL8 _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRUS/VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.text 'Bacteriophage T4; Baseplate; Tail; Evolution; gp10; Structural comparisons, VIRUS-VIRAL PROTEIN COMPLEX' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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UNP P10928 ALA 530 'engineered mutation' 530 36 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 18 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _pdbx_point_symmetry.entry_id 2FL8 _pdbx_point_symmetry.Schoenflies_symbol C _pdbx_point_symmetry.circular_symmetry 6 _pdbx_point_symmetry.H-M_notation ? # _pdbx_database_remark.id 300 _pdbx_database_remark.text ; BIOMOLECULE: 1 ASSEMBLY COMPONENTS COM_ID: 1 NAME:THE TRIMERIC GENE PRODUCT 10 IS A STRUCTURAL COMPONENT OF THE SIXFOLD-SYMMETRIC T4 BASEPLATE IPR_ID: NULL GO_ID: NULL OTHER_DETAILS: THE ENTRY CONTAINS THE FIT OF THE GP10 C- TERMINAL DOMAIN CRYSTAL STRUCTURE (RESIDUES 406-602) AND THE HOMOLOGY MODEL OF THE GP10 N-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 1-160) INTO THE CRYOEM MAP OF THE T4 BASEPLATE IN THE HEXAGONAL CONFORMATION (EMDB ID 1048). THE HOMOLOGY MODEL OF THE N-TERMINAL DOMAINS IS BASED ON THE CRYSTAL STRUCTURE OF T4 GP9 (PDB ID 1S2E). VIRUS PARTICULARS COM_ID: 1 VIRUS_HOST_CATEGORY: BACTERIA VIRUS_HOST_SPECIES: ESCHERICHIA COLI VIRUS_HOST_GROWTH_CELL: ESCHERICHIA COLI VIRUS_TYPE: VIRION VIRUS_ISOLATE: STRAIN ICTVDB_ID: 02.043.0.01.005 ; # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 2FL8 _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria 'correlation coefficient as defined by the program COLORES/SITUS' _em_3d_fitting.details 'METHOD--laplacian filtered real space REFINEMENT PROTOCOL--rigid body' _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 2FKK ? ? 1 ? ? ? PDB 'experimental model' 2FKK 1 2 1S2E ? ? 2 ? ? ? PDB 'experimental model' 1S2E # _em_3d_reconstruction.entry_id 2FL8 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.num_particles 945 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.resolution 12 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;THE COORDINATES CONTAIN CA ONLY. RESIDUES 161-405 ARE MISSING. PLEASE SEE THE RELATED EMDB ENTRY FOR DETAILS OF THE EM RECONSTRUCTION. ; _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.pH 7 _em_buffer.details water _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name 'bacteriophage T4 baseplate' _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details ;The trimeric gene product 10 is a structural component of the sixfold-symmetric T4 baseplate. The entry contains the fit of the gp10 C-terminal domain crystal structure (residues 406-602) and the homology model of the gp10 N-terminal domain (residues 1-160) into the cryoEM map of the T4 baseplate in the hexagonal conformation (EMDB ID 1048). The homology model of the N-terminal domains is based on the crystal structure of T4 gp9 (PDB ID 1S2E). ; _em_entity_assembly.entity_id_list ? _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.entry_id 2FL8 _em_imaging.id 1 _em_imaging.nominal_magnification 45000 _em_imaging.nominal_defocus_min 1200 _em_imaging.nominal_defocus_max 5000 _em_imaging.microscope_model 'FEI/PHILIPS CM300FEG/T' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.date 2001-01-30 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.details ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? # _em_virus_entity.id 1 _em_virus_entity.virus_type VIRION _em_virus_entity.virus_host_category BACTERIA _em_virus_entity.entity_assembly_id 1 _em_virus_entity.virus_isolate STRAIN _em_virus_entity.empty ? _em_virus_entity.enveloped ? _em_virus_entity.details ? # _em_vitrification.entry_id 2FL8 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 2FL8 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 2FL8 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C6 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A ASN 161 ? A ASN 161 2 1 Y 1 A VAL 162 ? A VAL 162 3 1 Y 1 A ALA 163 ? A ALA 163 4 1 Y 1 A ARG 164 ? A ARG 164 5 1 Y 1 A LYS 165 ? A LYS 165 6 1 Y 1 A GLU 166 ? A GLU 166 7 1 Y 1 A PHE 167 ? A PHE 167 8 1 Y 1 A LEU 168 ? A LEU 168 9 1 Y 1 A VAL 169 ? A VAL 169 10 1 Y 1 A GLU 170 ? A GLU 170 11 1 Y 1 A VAL 171 ? A VAL 171 12 1 Y 1 A GLN 172 ? A GLN 172 13 1 Y 1 A GLY 173 ? A GLY 173 14 1 Y 1 A GLN 174 ? A GLN 174 15 1 Y 1 A THR 175 ? A THR 175 16 1 Y 1 A ASP 176 ? A ASP 176 17 1 Y 1 A PHE 177 ? A PHE 177 18 1 Y 1 A LEU 178 ? A LEU 178 19 1 Y 1 A ASP 179 ? A ASP 179 20 1 Y 1 A VAL 180 ? A VAL 180 21 1 Y 1 A PHE 181 ? A PHE 181 22 1 Y 1 A ARG 182 ? A ARG 182 23 1 Y 1 A GLY 183 ? A GLY 183 24 1 Y 1 A THR 184 ? A THR 184 25 1 Y 1 A SER 185 ? A SER 185 26 1 Y 1 A TYR 186 ? A TYR 186 27 1 Y 1 A ASN 187 ? A ASN 187 28 1 Y 1 A VAL 188 ? A VAL 188 29 1 Y 1 A ASN 189 ? A ASN 189 30 1 Y 1 A ASN 190 ? A ASN 190 31 1 Y 1 A ILE 191 ? A ILE 191 32 1 Y 1 A ARG 192 ? A ARG 192 33 1 Y 1 A VAL 193 ? A VAL 193 34 1 Y 1 A LYS 194 ? A LYS 194 35 1 Y 1 A HIS 195 ? A HIS 195 36 1 Y 1 A ARG 196 ? A ARG 196 37 1 Y 1 A GLY 197 ? A GLY 197 38 1 Y 1 A ASN 198 ? A ASN 198 39 1 Y 1 A GLU 199 ? A GLU 199 40 1 Y 1 A LEU 200 ? A LEU 200 41 1 Y 1 A TYR 201 ? A TYR 201 42 1 Y 1 A TYR 202 ? A TYR 202 43 1 Y 1 A GLY 203 ? A GLY 203 44 1 Y 1 A ASP 204 ? A ASP 204 45 1 Y 1 A VAL 205 ? A VAL 205 46 1 Y 1 A PHE 206 ? A PHE 206 47 1 Y 1 A SER 207 ? A SER 207 48 1 Y 1 A GLU 208 ? A GLU 208 49 1 Y 1 A ASN 209 ? A ASN 209 50 1 Y 1 A SER 210 ? A SER 210 51 1 Y 1 A ASP 211 ? A ASP 211 52 1 Y 1 A PHE 212 ? A PHE 212 53 1 Y 1 A GLY 213 ? A GLY 213 54 1 Y 1 A SER 214 ? A SER 214 55 1 Y 1 A PRO 215 ? A PRO 215 56 1 Y 1 A GLY 216 ? A GLY 216 57 1 Y 1 A GLU 217 ? A GLU 217 58 1 Y 1 A ASN 218 ? A ASN 218 59 1 Y 1 A GLU 219 ? A GLU 219 60 1 Y 1 A GLY 220 ? A GLY 220 61 1 Y 1 A GLU 221 ? A GLU 221 62 1 Y 1 A LEU 222 ? A LEU 222 63 1 Y 1 A VAL 223 ? A VAL 223 64 1 Y 1 A PRO 224 ? A PRO 224 65 1 Y 1 A LEU 225 ? A LEU 225 66 1 Y 1 A ASP 226 ? A ASP 226 67 1 Y 1 A GLY 227 ? A GLY 227 68 1 Y 1 A PHE 228 ? A PHE 228 69 1 Y 1 A ASN 229 ? A ASN 229 70 1 Y 1 A ILE 230 ? A ILE 230 71 1 Y 1 A ARG 231 ? A ARG 231 72 1 Y 1 A LEU 232 ? A LEU 232 73 1 Y 1 A ARG 233 ? A ARG 233 74 1 Y 1 A GLN 234 ? A GLN 234 75 1 Y 1 A PRO 235 ? A PRO 235 76 1 Y 1 A CYS 236 ? A CYS 236 77 1 Y 1 A ASN 237 ? A ASN 237 78 1 Y 1 A ILE 238 ? A ILE 238 79 1 Y 1 A GLY 239 ? A GLY 239 80 1 Y 1 A ASP 240 ? A ASP 240 81 1 Y 1 A THR 241 ? A THR 241 82 1 Y 1 A VAL 242 ? A VAL 242 83 1 Y 1 A GLN 243 ? A GLN 243 84 1 Y 1 A ILE 244 ? A ILE 244 85 1 Y 1 A GLU 245 ? A GLU 245 86 1 Y 1 A THR 246 ? A THR 246 87 1 Y 1 A PHE 247 ? A PHE 247 88 1 Y 1 A MET 248 ? A MET 248 89 1 Y 1 A ASP 249 ? A ASP 249 90 1 Y 1 A GLY 250 ? A GLY 250 91 1 Y 1 A VAL 251 ? A VAL 251 92 1 Y 1 A SER 252 ? A SER 252 93 1 Y 1 A GLN 253 ? A GLN 253 94 1 Y 1 A TRP 254 ? A TRP 254 95 1 Y 1 A ARG 255 ? A ARG 255 96 1 Y 1 A SER 256 ? A SER 256 97 1 Y 1 A SER 257 ? A SER 257 98 1 Y 1 A TYR 258 ? A TYR 258 99 1 Y 1 A THR 259 ? A THR 259 100 1 Y 1 A ARG 260 ? A ARG 260 101 1 Y 1 A ARG 261 ? A ARG 261 102 1 Y 1 A GLN 262 ? A GLN 262 103 1 Y 1 A ILE 263 ? A ILE 263 104 1 Y 1 A ARG 264 ? A ARG 264 105 1 Y 1 A LEU 265 ? A LEU 265 106 1 Y 1 A LEU 266 ? A LEU 266 107 1 Y 1 A ASP 267 ? A ASP 267 108 1 Y 1 A SER 268 ? A SER 268 109 1 Y 1 A LYS 269 ? A LYS 269 110 1 Y 1 A LEU 270 ? A LEU 270 111 1 Y 1 A THR 271 ? A THR 271 112 1 Y 1 A SER 272 ? A SER 272 113 1 Y 1 A LYS 273 ? A LYS 273 114 1 Y 1 A THR 274 ? A THR 274 115 1 Y 1 A SER 275 ? A SER 275 116 1 Y 1 A LEU 276 ? A LEU 276 117 1 Y 1 A GLU 277 ? A GLU 277 118 1 Y 1 A GLY 278 ? A GLY 278 119 1 Y 1 A SER 279 ? A SER 279 120 1 Y 1 A ILE 280 ? A ILE 280 121 1 Y 1 A TYR 281 ? A TYR 281 122 1 Y 1 A VAL 282 ? A VAL 282 123 1 Y 1 A THR 283 ? A THR 283 124 1 Y 1 A ASP 284 ? A ASP 284 125 1 Y 1 A LEU 285 ? A LEU 285 126 1 Y 1 A SER 286 ? A SER 286 127 1 Y 1 A THR 287 ? A THR 287 128 1 Y 1 A MET 288 ? A MET 288 129 1 Y 1 A LYS 289 ? A LYS 289 130 1 Y 1 A SER 290 ? A SER 290 131 1 Y 1 A ILE 291 ? A ILE 291 132 1 Y 1 A PRO 292 ? A PRO 292 133 1 Y 1 A PHE 293 ? A PHE 293 134 1 Y 1 A SER 294 ? A SER 294 135 1 Y 1 A ALA 295 ? A ALA 295 136 1 Y 1 A PHE 296 ? A PHE 296 137 1 Y 1 A GLY 297 ? A GLY 297 138 1 Y 1 A LEU 298 ? A LEU 298 139 1 Y 1 A ILE 299 ? A ILE 299 140 1 Y 1 A PRO 300 ? A PRO 300 141 1 Y 1 A GLY 301 ? A GLY 301 142 1 Y 1 A GLU 302 ? A GLU 302 143 1 Y 1 A PRO 303 ? A PRO 303 144 1 Y 1 A ILE 304 ? A ILE 304 145 1 Y 1 A ASN 305 ? A ASN 305 146 1 Y 1 A PRO 306 ? A PRO 306 147 1 Y 1 A ASN 307 ? A ASN 307 148 1 Y 1 A SER 308 ? A SER 308 149 1 Y 1 A LEU 309 ? A LEU 309 150 1 Y 1 A GLU 310 ? A GLU 310 151 1 Y 1 A VAL 311 ? A VAL 311 152 1 Y 1 A ARG 312 ? A ARG 312 153 1 Y 1 A PHE 313 ? A PHE 313 154 1 Y 1 A ASN 314 ? A ASN 314 155 1 Y 1 A GLY 315 ? A GLY 315 156 1 Y 1 A ILE 316 ? A ILE 316 157 1 Y 1 A LEU 317 ? A LEU 317 158 1 Y 1 A GLN 318 ? A GLN 318 159 1 Y 1 A GLU 319 ? 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