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'complete icosahedral assembly' 420 2 'icosahedral asymmetric unit' ? heptameric 7 3 'icosahedral pentamer' ? 35-meric 35 4 'icosahedral 23 hexamer' ? 42-meric 42 5 'icosahedral asymmetric unit, std point frame' ? heptameric 7 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-60)' A,B,C,D,E,F,G 2 1 A,B,C,D,E,F,G 3 '(1-5)' A,B,C,D,E,F,G 4 '(1,2,6,10,23,24)' A,B,C,D,E,F,G 5 P A,B,C,D,E,F,G # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 -0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 -0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 -0.00000 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 -0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.50000000 0.30901699 0.00000 0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 -0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.50000000 -0.30901699 0.00000 -0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 -0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 7 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 -0.80901699 -0.50000000 -0.30901699 0.00000 -0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 8 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.50000000 -0.30901699 0.00000 -0.50000000 0.30901699 -0.80901699 0.00000 -0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 9 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.50000000 0.30901699 0.00000 0.50000000 0.30901699 -0.80901699 0.00000 0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 10 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901699 -0.50000000 -0.30901699 0.00000 0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 11 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 12 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 0.50000000 -0.30901699 -0.80901699 0.00000 13 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 0.50000000 -0.30901699 0.00000 0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 0.30901699 -0.80901699 -0.50000000 0.00000 14 'point symmetry operation' ? ? 0.80901699 -0.50000000 0.30901699 0.00000 -0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 -0.30901699 -0.80901699 -0.50000000 0.00000 15 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.80901699 0.50000000 0.00000 -0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 -0.50000000 -0.30901699 -0.80901699 0.00000 16 'point symmetry operation' ? ? 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 17 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.80901699 0.50000000 0.00000 -0.80901699 -0.50000000 -0.30901699 0.00000 0.50000000 -0.30901699 -0.80901699 0.00000 18 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 -0.50000000 0.30901699 0.00000 -0.50000000 0.30901699 -0.80901699 0.00000 0.30901699 -0.80901699 -0.50000000 0.00000 19 'point symmetry operation' ? ? -0.80901699 0.50000000 -0.30901699 0.00000 0.50000000 0.30901699 -0.80901699 0.00000 -0.30901699 -0.80901699 -0.50000000 0.00000 20 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 0.80901699 -0.50000000 -0.30901699 0.00000 -0.50000000 -0.30901699 -0.80901699 0.00000 21 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 22 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 0.30901699 -0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 23 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 -0.80901699 -0.50000000 0.30901699 0.00000 0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 24 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 -0.80901699 0.50000000 -0.30901699 0.00000 -0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 25 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 -0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 26 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 27 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 -0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 -0.80901699 -0.50000000 -0.30901699 0.00000 28 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 -0.30901699 0.00000 -0.50000000 0.30901699 -0.80901699 0.00000 29 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901699 -0.50000000 0.30901699 0.00000 0.50000000 0.30901699 -0.80901699 0.00000 30 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.30901699 0.80901699 0.00000 -0.30901699 -0.80901699 0.50000000 0.00000 0.80901699 -0.50000000 -0.30901699 0.00000 31 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 -1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 32 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.30901699 -0.80901699 0.00000 -0.30901699 0.80901699 -0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 33 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.80901699 -0.50000000 0.00000 0.80901699 0.50000000 -0.30901699 0.00000 0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 34 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 -0.80901699 -0.50000000 0.00000 0.80901699 -0.50000000 0.30901699 0.00000 -0.50000000 -0.30901699 0.80901699 0.00000 35 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.30901699 -0.80901699 0.00000 -0.30901699 -0.80901699 0.50000000 0.00000 -0.80901699 0.50000000 0.30901699 0.00000 36 'point symmetry operation' ? ? 0.00000000 0.00000000 -1.00000000 0.00000 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 0.00000 37 'point symmetry operation' ? 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N G ALA 181 ? ? 1.67 # _pdbx_point_symmetry.entry_id 2FTE _pdbx_point_symmetry.Schoenflies_symbol I _pdbx_point_symmetry.H-M_notation 532 _pdbx_point_symmetry.circular_symmetry ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 2FTE _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space RECIPROCAL _em_3d_fitting.overall_b_value 374 _em_3d_fitting.target_criteria 'vector reciprocal space target and manual correction with O' _em_3d_fitting.details ;METHOD--Rigid body and manual fitting REFINEMENT PROTOCOL--rigid body, magnification optimized using van der Waals constraints and real-space correlation coefficient ; _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 2FSY _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 2FSY _em_3d_fitting_list.details ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 2FTE _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 1.4 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.resolution 12 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;THE ENTIRE STRUCTURE WAS MODELED AS ALA AND GLY. THE MISSING ATOMS ARE SUPPRESSED DUE TO TOO MANY TO LIST. RESIDUES 159 to 172 IN CHAIN G WERE DELETED DUE TO DISORDER. ; _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '50mM Citric Acid pH 4.0, 200mM KCl' _em_buffer.pH 4 _em_buffer.details '50mM Citric Acid pH 4.0, 200mM KCl' # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 'Bacteriophage HK97 Expansion Intermediate IV' VIRUS 0 ? 'The structure was monodisperse.' ? ? ? 2 'major capsid protein' ? 1 ? 'structural molecule activity' ? ? ? # _em_imaging.entry_id 2FTE _em_imaging.id 1 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.microscope_model 'FEI/PHILIPS CM200FEG' _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 50000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 120 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.residual_tilt ? # _em_virus_entity.id 1 _em_virus_entity.virus_host_category 'BACTERIA(EUBACTERIA)' _em_virus_entity.entity_assembly_id 1 _em_virus_entity.virus_type 'VIRUS-LIKE PARTICLE' _em_virus_entity.virus_isolate SPECIES _em_virus_entity.empty ? _em_virus_entity.enveloped ? _em_virus_entity.details ? # _em_experiment.entry_id 2FTE _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 2FTE _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry I _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A GLY 384 ? 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G GLY 281 68 1 Y 1 G SER 385 ? G SER 282 # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_ordinal ALA N N N N 1 ALA CA C N S 2 ALA C C N N 3 ALA O O N N 4 ALA CB C N N 5 ALA OXT O N N 6 ALA H H N N 7 ALA H2 H N N 8 ALA HA H N N 9 ALA HB1 H N N 10 ALA HB2 H N N 11 ALA HB3 H N N 12 ALA HXT H N N 13 ARG N N N N 14 ARG CA C N S 15 ARG C C N N 16 ARG O O N N 17 ARG CB C N N 18 ARG CG C N N 19 ARG CD C N N 20 ARG NE N N N 21 ARG CZ C N N 22 ARG NH1 N N N 23 ARG NH2 N N N 24 ARG OXT O N N 25 ARG H H N N 26 ARG H2 H N N 27 ARG HA H N N 28 ARG HB2 H N N 29 ARG HB3 H N N 30 ARG HG2 H N N 31 ARG HG3 H N N 32 ARG HD2 H N N 33 ARG HD3 H N N 34 ARG HE H N N 35 ARG HH11 H N N 36 ARG HH12 H N N 37 ARG HH21 H N N 38 ARG HH22 H N N 39 ARG HXT H N N 40 ASN N N N N 41 ASN CA C N S 42 ASN C C N N 43 ASN O O N N 44 ASN CB C N N 45 ASN CG C N N 46 ASN OD1 O N N 47 ASN ND2 N N N 48 ASN OXT O N N 49 ASN H H N N 50 ASN H2 H N N 51 ASN HA H N N 52 ASN HB2 H N N 53 ASN HB3 H N N 54 ASN HD21 H N N 55 ASN HD22 H N N 56 ASN HXT H N N 57 ASP N N N N 58 ASP CA C N S 59 ASP C C N N 60 ASP O O N N 61 ASP CB C N N 62 ASP CG C N N 63 ASP OD1 O N N 64 ASP OD2 O N N 65 ASP OXT O N N 66 ASP H H N N 67 ASP H2 H N N 68 ASP HA H N N 69 ASP HB2 H N N 70 ASP HB3 H N N 71 ASP HD2 H N N 72 ASP HXT H N N 73 CYS N N N N 74 CYS CA C N R 75 CYS C C N N 76 CYS O O N N 77 CYS CB C N N 78 CYS SG S N N 79 CYS OXT O N N 80 CYS H H N N 81 CYS H2 H N N 82 CYS HA H N N 83 CYS HB2 H N N 84 CYS HB3 H N N 85 CYS HG H N N 86 CYS HXT H N N 87 GLN N N N N 88 GLN CA C N S 89 GLN C C N N 90 GLN O O N N 91 GLN CB C N N 92 GLN CG C N N 93 GLN CD C N N 94 GLN OE1 O N N 95 GLN NE2 N N N 96 GLN OXT O N N 97 GLN H H N N 98 GLN H2 H N N 99 GLN HA H N N 100 GLN HB2 H N N 101 GLN HB3 H N N 102 GLN HG2 H N N 103 GLN HG3 H N N 104 GLN HE21 H N N 105 GLN HE22 H N N 106 GLN HXT H N N 107 GLU N N N N 108 GLU CA C N S 109 GLU C C N N 110 GLU O O N N 111 GLU CB C N N 112 GLU CG C N N 113 GLU CD C N N 114 GLU OE1 O N N 115 GLU OE2 O N N 116 GLU OXT O N N 117 GLU H H N N 118 GLU H2 H N N 119 GLU HA H N N 120 GLU HB2 H N N 121 GLU HB3 H N N 122 GLU HG2 H N N 123 GLU HG3 H N N 124 GLU HE2 H N N 125 GLU HXT H N N 126 GLY N N N N 127 GLY CA C N N 128 GLY C C N N 129 GLY O O N N 130 GLY OXT O N N 131 GLY H H N N 132 GLY H2 H N N 133 GLY HA2 H N N 134 GLY HA3 H N N 135 GLY HXT H N N 136 HIS N N N N 137 HIS CA C N S 138 HIS C C N N 139 HIS O O N N 140 HIS CB C N N 141 HIS CG C Y N 142 HIS ND1 N Y N 143 HIS CD2 C Y N 144 HIS CE1 C Y N 145 HIS NE2 N Y N 146 HIS OXT O N N 147 HIS H H N N 148 HIS H2 H N N 149 HIS HA H N N 150 HIS HB2 H N N 151 HIS HB3 H N N 152 HIS HD1 H N N 153 HIS HD2 H N N 154 HIS HE1 H N N 155 HIS HE2 H N N 156 HIS HXT H N N 157 ILE N N N N 158 ILE CA C N S 159 ILE C C N N 160 ILE O O N N 161 ILE CB C N S 162 ILE CG1 C N N 163 ILE CG2 C N N 164 ILE CD1 C N N 165 ILE OXT O N N 166 ILE H H N N 167 ILE H2 H N N 168 ILE HA H N 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