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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 2GXA _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 2.67 _exptl_crystal.density_percent_sol 53.95 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 290 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 7.5 _exptl_crystal_grow.pdbx_details '100 mM KCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # loop_ _exptl_crystal_grow_comp.crystal_id _exptl_crystal_grow_comp.id _exptl_crystal_grow_comp.sol_id _exptl_crystal_grow_comp.name _exptl_crystal_grow_comp.volume _exptl_crystal_grow_comp.conc _exptl_crystal_grow_comp.details 1 1 1 KCl ? ? ? 1 2 1 H2O ? ? ? 1 3 2 KCL ? ? ? 1 4 2 H2O ? ? ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC QUANTUM 315' _diffrn_detector.pdbx_collection_date ? _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.1 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'NSLS BEAMLINE X29A' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site NSLS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline X29A _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1.1 # _reflns.entry_id 2GXA _reflns.observed_criterion_sigma_I -3 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 50 _reflns.d_resolution_high 3.15 _reflns.number_obs 74589 _reflns.number_all 75701 _reflns.percent_possible_obs 98.6 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.1 _reflns.pdbx_Rsym_value ? 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_refine.ls_d_res_low 44.65 _refine.ls_d_res_high 3.15 _refine.ls_percent_reflns_obs 91.9 _refine.ls_R_factor_obs 0.239 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.239 _refine.ls_R_factor_R_free 0.298 _refine.ls_R_factor_R_free_error 0.005 _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.1 _refine.ls_number_reflns_R_free 3626 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean 74.6 _refine.aniso_B[1][1] 3.21 _refine.aniso_B[2][2] -10.63 _refine.aniso_B[3][3] 7.42 _refine.aniso_B[1][2] 5.07 _refine.aniso_B[1][3] 14.02 _refine.aniso_B[2][3] -2.67 _refine.solvent_model_details 'FLAT MODEL' _refine.solvent_model_param_ksol 0.246589 _refine.solvent_model_param_bsol 39.9217 _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model 'composite of PDB ENTRY 1TUE and unpublished structure' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model GROUP _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'Engh & Huber' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_analyze.entry_id 2GXA _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.40 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs 0.65 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs 5.00 _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free 0.53 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free 0.73 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? 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B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 3 ? P N N 4 ? Q N N 5 ? R N N 3 ? S N N 4 ? T N N 5 ? U N N 3 ? V N N 5 ? W N N 3 ? X N N 5 ? Y N N 3 ? Z N N 5 ? AA N N 5 ? BA N N 3 ? CA N N 5 ? DA N N 3 ? EA N N 4 ? FA N N 5 ? GA N N 3 ? HA N N 3 ? IA N N 5 ? JA N N 3 ? KA N N 5 ? LA N N 5 ? MA N N 6 ? NA N N 6 ? OA N N 6 ? PA N N 6 ? QA N N 6 ? RA N N 6 ? SA N N 6 ? # loop_ _struct_biol.id _struct_biol.details _struct_biol.pdbx_parent_biol_id 1 ;The structure consists of 2 independent hexamers in complex with ssDNA and MgADP. Each is a unique biological assembly (hexamer 1: chains A-F, M, O1-6, X1-6; hexamer 2: chains G-L, N, O7-11, X7-11 ). ; ? 2 ? ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ASP C 9 ? HIS C 20 ? ASP A 312 HIS A 323 1 ? 12 HELX_P HELX_P2 2 GLU C 24 ? ALA C 35 ? GLU A 327 ALA A 338 1 ? 12 HELX_P HELX_P3 3 ASP C 39 ? THR C 48 ? ASP A 342 THR A 351 1 ? 10 HELX_P HELX_P4 4 SER C 50 ? LEU C 73 ? SER A 353 LEU A 376 1 ? 24 HELX_P HELX_P5 5 SER C 74 ? ALA C 86 ? SER A 377 ALA A 389 1 ? 13 HELX_P HELX_P6 6 SER C 91 ? GLN C 102 ? SER A 394 GLN A 405 1 ? 12 HELX_P HELX_P7 7 GLU C 105 ? LYS C 118 ? GLU A 408 LYS A 421 1 ? 14 HELX_P HELX_P8 8 GLY C 135 ? LEU C 147 ? GLY A 438 LEU A 450 1 ? 13 HELX_P HELX_P9 9 ALA C 164 ? ASP C 168 ? ALA A 467 ASP A 471 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 10 THR C 178 ? TYR C 188 ? THR A 481 TYR A 491 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 11 LEU C 189 ? GLY C 195 ? LEU A 492 GLY A 498 1 ? 7 HELX_P HELX_P12 12 TYR C 229 ? VAL C 236 ? TYR A 532 VAL A 539 5 ? 8 HELX_P HELX_P13 13 THR C 257 ? TRP C 269 ? THR A 560 TRP A 572 1 ? 13 HELX_P HELX_P14 14 ASP D 9 ? HIS D 20 ? ASP B 312 HIS B 323 1 ? 12 HELX_P HELX_P15 15 GLU D 24 ? ALA D 36 ? GLU B 327 ALA B 339 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 16 ASP D 39 ? LEU D 46 ? ASP B 342 LEU B 349 1 ? 8 HELX_P HELX_P17 17 SER D 50 ? LEU D 73 ? SER B 353 LEU B 376 1 ? 24 HELX_P HELX_P18 18 SER D 74 ? ALA D 86 ? SER B 377 ALA B 389 1 ? 13 HELX_P HELX_P19 19 SER D 91 ? GLN D 102 ? SER B 394 GLN B 405 1 ? 12 HELX_P HELX_P20 20 GLU D 105 ? LYS D 118 ? GLU B 408 LYS B 421 1 ? 14 HELX_P HELX_P21 21 GLY D 135 ? GLY D 148 ? GLY B 438 GLY B 451 1 ? 14 HELX_P HELX_P22 22 SER D 153 ? HIS D 157 ? SER B 456 HIS B 460 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 23 PHE D 161 ? ASP D 168 ? PHE B 464 ASP B 471 5 ? 8 HELX_P HELX_P24 24 THR D 178 ? TYR D 188 ? THR B 481 TYR B 491 1 ? 11 HELX_P HELX_P25 25 LEU D 189 ? ASP D 194 ? LEU B 492 ASP B 497 1 ? 6 HELX_P HELX_P26 26 GLU D 226 ? HIS D 233 ? GLU B 529 HIS B 536 5 ? 8 HELX_P HELX_P27 27 THR D 257 ? TRP D 269 ? THR B 560 TRP B 572 1 ? 13 HELX_P HELX_P28 28 ASP E 9 ? HIS E 20 ? ASP C 312 HIS C 323 1 ? 12 HELX_P HELX_P29 29 GLU E 24 ? ALA E 36 ? GLU C 327 ALA C 339 1 ? 13 HELX_P HELX_P30 30 ASP E 39 ? THR E 48 ? ASP C 342 THR C 351 1 ? 10 HELX_P HELX_P31 31 SER E 50 ? ALA E 72 ? SER C 353 ALA C 375 1 ? 23 HELX_P HELX_P32 32 SER E 74 ? ALA E 86 ? SER C 377 ALA C 389 1 ? 13 HELX_P HELX_P33 33 SER E 91 ? GLN E 102 ? SER C 394 GLN C 405 1 ? 12 HELX_P HELX_P34 34 GLU E 105 ? LYS E 118 ? GLU C 408 LYS C 421 1 ? 14 HELX_P HELX_P35 35 GLY E 135 ? GLY E 148 ? GLY C 438 GLY C 451 1 ? 14 HELX_P HELX_P36 36 SER E 153 ? HIS E 157 ? SER C 456 HIS C 460 5 ? 5 HELX_P HELX_P37 37 SER E 159 ? ASP E 168 ? SER C 462 ASP C 471 5 ? 10 HELX_P HELX_P38 38 THR E 178 ? LEU E 189 ? THR C 481 LEU C 492 1 ? 12 HELX_P HELX_P39 39 LEU E 189 ? ASP E 194 ? LEU C 492 ASP C 497 1 ? 6 HELX_P HELX_P40 40 TYR E 229 ? HIS E 233 ? TYR C 532 HIS C 536 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 41 THR E 257 ? TRP E 269 ? THR C 560 TRP C 572 1 ? 13 HELX_P HELX_P42 42 ASP F 9 ? HIS F 20 ? ASP D 312 HIS D 323 1 ? 12 HELX_P HELX_P43 43 GLU F 24 ? ALA F 36 ? GLU D 327 ALA D 339 1 ? 13 HELX_P HELX_P44 44 ASP F 39 ? ALA F 47 ? ASP D 342 ALA D 350 1 ? 9 HELX_P HELX_P45 45 SER F 50 ? ALA F 72 ? SER D 353 ALA D 375 1 ? 23 HELX_P HELX_P46 46 SER F 74 ? ALA F 86 ? SER D 377 ALA D 389 1 ? 13 HELX_P HELX_P47 47 SER F 91 ? GLN F 102 ? SER D 394 GLN D 405 1 ? 12 HELX_P HELX_P48 48 GLU F 105 ? GLY F 119 ? GLU D 408 GLY D 422 1 ? 15 HELX_P HELX_P49 49 GLY F 135 ? GLY F 148 ? GLY D 438 GLY D 451 1 ? 14 HELX_P HELX_P50 50 SER F 153 ? HIS F 157 ? SER D 456 HIS D 460 5 ? 5 HELX_P HELX_P51 51 SER F 159 ? ASP F 168 ? SER D 462 ASP D 471 5 ? 10 HELX_P HELX_P52 52 THR F 178 ? TYR F 188 ? THR D 481 TYR D 491 1 ? 11 HELX_P HELX_P53 53 LEU F 189 ? ASP F 194 ? LEU D 492 ASP D 497 1 ? 6 HELX_P HELX_P54 54 TYR F 229 ? HIS F 233 ? TYR D 532 HIS D 536 5 ? 5 HELX_P HELX_P55 55 THR F 257 ? TRP F 269 ? THR D 560 TRP D 572 1 ? 13 HELX_P HELX_P56 56 ASP G 9 ? HIS G 20 ? ASP E 312 HIS E 323 1 ? 12 HELX_P HELX_P57 57 GLU G 24 ? ALA G 35 ? GLU E 327 ALA E 338 1 ? 12 HELX_P HELX_P58 58 ASP G 39 ? THR G 48 ? ASP E 342 THR E 351 1 ? 10 HELX_P HELX_P59 59 SER G 50 ? LEU G 73 ? SER E 353 LEU E 376 1 ? 24 HELX_P HELX_P60 60 SER G 74 ? ALA G 86 ? 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K MG 31 K SER 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? metalc47 metalc ? ? JA MG . MG ? ? ? 1_555 LA ADP . O3B ? ? K MG 31 L ADP 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.625 ? ? metalc48 metalc ? ? JA MG . MG ? ? ? 1_555 LA ADP . O2A ? ? K MG 31 L ADP 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.220 ? ? metalc49 metalc ? ? JA MG . MG ? ? ? 1_555 LA ADP . O1A ? ? K MG 31 L ADP 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.779 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 5 ? B ? 2 ? C ? 5 ? D ? 2 ? E ? 5 ? F ? 2 ? G ? 5 ? H ? 2 ? I ? 5 ? J ? 2 ? K ? 5 ? L ? 2 ? M ? 5 ? N ? 2 ? O ? 5 ? P ? 2 ? Q ? 5 ? R ? 2 ? S ? 5 ? T ? 2 ? U ? 4 ? V ? 2 ? W ? 3 ? 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