data_2GY9 # _entry.id 2GY9 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.280 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 2GY9 RCSB RCSB037696 WWPDB D_1000037696 # _pdbx_database_PDB_obs_spr.id OBSLTE _pdbx_database_PDB_obs_spr.date 2014-12-10 _pdbx_database_PDB_obs_spr.pdb_id 4V4V _pdbx_database_PDB_obs_spr.replace_pdb_id 2GY9 _pdbx_database_PDB_obs_spr.details ;This entry with other split entries have been consolidated into a combined file for complete representation. No coordinates have been changed. ; # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.content_type PDB 2GYA '50S, pre-translocational state of E.coli ribosome' unspecified PDB 2GYB '30S, SecM-stalled E. coli ribosome complex' unspecified PDB 2GYC '50S, SecM-stalled E. coli ribosome complex' unspecified PDB 2GY9 . split PDB 2GYA . split EMDB EMD-1056 . 'associated EM volume' PDB 4V4V . 'complete structure' # _pdbx_database_status.status_code OBS _pdbx_database_status.entry_id 2GY9 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2006-05-09 _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.SG_entry ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Mitra, K.' 1 'Frank, J.' 2 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.journal_id_ASTM _citation.country _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_id_CSD _citation.book_publisher _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'Elongation arrest by SecM via a cascade of ribosomal RNA rearrangements' Mol.Cell 22 533 543 2006 MOCEFL US 1097-2765 2168 ? 16713583 10.1016/j.molcel.2006.05.003 1 'Structure of the E. coli protein-conducting channel bound to a translating ribosome' Nature 438 318 324 2005 NATUAS UK 0028-0836 0006 ? ? ? 2 'Locking and unlocking of ribosomal motions' 'Cell(Cambridge,Mass.)' 114 123 134 2003 CELLB5 US 0092-8674 0998 ? ? ? 3 'A model for co-translational translocation: ribosome-regulated nascent polypeptide translocation at the protein-conducting channel' 'FEBS Lett.' 580 3353 3360 2006 FEBLAL NE 0014-5793 0165 ? 16714018 10.1016/j.febslet.2006.05.019 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Mitra, K.' 1 primary 'Schaffitzel, C.' 2 primary 'Fabiola, F.' 3 primary 'Chapman, M.S.' 4 primary 'Ban, N.' 5 primary 'Frank, J.' 6 1 'Mitra, K.' 7 1 'Schaffitzel, C.' 8 1 'Shaikh, T.' 9 1 'Tama, F.' 10 1 'Jenni, S.' 11 1 'Brooks III, C.L.' 12 1 'Ban, N.' 13 1 'Frank, J.' 14 2 'Valle, M.' 15 2 'Zavialov, A.V.' 16 2 'Sengupta, J.' 17 2 'Rawat, U.' 18 2 'Ehrenberg, M.' 19 2 'Frank, J.' 20 3 'Mitra, K.' 21 3 'Frank, J.' 22 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat '16S ribosomal RNA' 482285.656 1 ? ? ? ? 2 polymer nat tRNA 24518.570 3 ? ? ? 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;RIRIRLKAFDHRLIDQATAEIVETAKRTGAQVRGPIPLPTRKERFTVLISPHVNKDARDQYEIRTHLRLVDIVEPTEKTV DALMRLDLAAGVDVQI ; ;RIRIRLKAFDHRLIDQATAEIVETAKRTGAQVRGPIPLPTRKERFTVLISPHVNKDARDQYEIRTHLRLVDIVEPTEKTV DALMRLDLAAGVDVQI ; J ? 12 'polypeptide(L)' no no ;RKQVSDGVAHIHASFNNTIVTITDRQGNALGWATAGGSGFRGSRKSTPFAAQVAAERCADAVKEYGIKNLEVMVKGPGPG RESTIRALNAAGFRITNITDVTPIPHNGCRPPKKRR ; ;RKQVSDGVAHIHASFNNTIVTITDRQGNALGWATAGGSGFRGSRKSTPFAAQVAAERCADAVKEYGIKNLEVMVKGPGPG RESTIRALNAAGFRITNITDVTPIPHNGCRPPKKRR ; K ? 13 'polypeptide(L)' no no ;ALEACPQKRGVCTRVYTTTPKKPNSALRKVCRVRLTNGFEVTSYIGGEGHNLQEHSVILIRGGRVKDLPGVRYHTVRGAL DCSGVKDRKQARSKYGVKRPK ; ;ALEACPQKRGVCTRVYTTTPKKPNSALRKVCRVRLTNGFEVTSYIGGEGHNLQEHSVILIRGGRVKDLPGVRYHTVRGAL DCSGVKDRKQARSKYGVKRPK ; L ? 14 'polypeptide(L)' no no ;ARIAGINIPDHKHAVIALTSIYGVGKTRSKAILAAAGIAEDVKISELSEGQIDTLRDEVAKFVVEGDLRREISMSIKRLM DLGCYRGLRHRRGLPVRGQRTKTNARTRKGPRKPI ; ;ARIAGINIPDHKHAVIALTSIYGVGKTRSKAILAAAGIAEDVKISELSEGQIDTLRDEVAKFVVEGDLRREISMSIKRLM DLGCYRGLRHRRGLPVRGQRTKTNARTRKGPRKPI ; M ? 15 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'Escherichia coli' 562 Escherichia ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP RS2_ECOLI P0A7V0 3 5 ? ? 2 UNP RS3_ECOLI P0A7V3 4 1 ? ? 3 UNP RS4_ECOLI P0A7V8 5 2 ? ? 4 UNP RS5_ECOLI P0A7W1 6 9 ? ? 5 UNP RS6_ECOLI P02358 7 1 ? ? 6 UNP RS7_ECOLI P02359 8 19 ? ? 7 UNP RS8_ECOLI P0A7W7 9 2 ? ? 8 UNP RS9_ECOLI P0A7X3 10 4 ? ? 9 UNP RS10_ECOLI P0A7R5 11 5 ? ? 10 UNP RS11_ECOLI P0A7R9 12 12 ? ? 11 UNP RS12_ECOLI P0A7S3 13 22 ? ? 12 UNP RS13_ECOLI P0A7S9 14 1 ? ? 13 UNP RS14_ECOLI P0AG59 15 40 ? ? 14 UNP RS15_ECOLI P0ADZ4 16 2 ? ? 15 UNP RS16_ECOLI P0A7T3 17 1 ? ? 16 UNP RS17_ECOLI P0AG63 18 5 ? ? 17 UNP RS18_ECOLI P0A7T7 19 6 ? ? 18 UNP RS19_ECOLI P0A7U3 20 1 ? ? 19 UNP RS20_ECOLI P0A7U7 21 4 ? ? 20 PDB 2GY9 2GY9 1 ? ? ? 21 PDB 2GY9 2GY9 2 ? ? ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 2GY9 B 1 ? 236 ? P0A7V0 5 ? 240 ? 5 240 2 2 2GY9 C 1 ? 206 ? P0A7V3 1 ? 206 ? 1 206 3 3 2GY9 D 1 ? 204 ? P0A7V8 2 ? 205 ? 2 205 4 4 2GY9 E 1 ? 148 ? P0A7W1 9 ? 156 ? 9 156 5 5 2GY9 F 1 ? 95 ? P02358 1 ? 95 ? 1 95 6 6 2GY9 G 1 ? 137 ? P02359 19 ? 155 ? 19 155 7 7 2GY9 H 1 ? 127 ? P0A7W7 2 ? 128 ? 2 128 8 8 2GY9 I 1 ? 126 ? P0A7X3 4 ? 129 ? 4 129 9 9 2GY9 J 1 ? 96 ? P0A7R5 5 ? 100 ? 5 100 10 10 2GY9 K 1 ? 116 ? P0A7R9 12 ? 127 ? 12 127 11 11 2GY9 L 1 ? 101 ? P0A7S3 22 ? 122 ? 22 122 12 12 2GY9 M 1 ? 115 ? P0A7S9 1 ? 115 ? 1 115 13 13 2GY9 N 1 ? 61 ? P0AG59 40 ? 100 ? 40 100 14 14 2GY9 O 1 ? 86 ? P0ADZ4 2 ? 87 ? 2 87 15 15 2GY9 P 1 ? 78 ? P0A7T3 1 ? 78 ? 1 78 16 16 2GY9 Q 1 ? 79 ? P0AG63 5 ? 83 ? 5 83 17 17 2GY9 R 1 ? 69 ? P0A7T7 6 ? 74 ? 6 74 18 18 2GY9 S 1 ? 87 ? P0A7U3 1 ? 87 ? 1 87 19 19 2GY9 T 1 ? 83 ? 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'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 2GY9 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.crystals_number ? # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews ? _exptl_crystal.density_percent_sol ? _exptl_crystal.description ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type ? # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength . _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 17749 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 36790 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 54539 _refine_hist.d_res_high . _refine_hist.d_res_low . # _struct.entry_id 2GY9 _struct.title ;Structure of the 30S subunit of a pre-translocational E. coli ribosome obtained by fitting atomic models for RNA and protein components into cryo-EM map EMD-1056 ; _struct.pdbx_descriptor '30S RIBOSOMAL SUBUNIT' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2GY9 _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME _struct_keywords.text 'SecM; nascent chain; signal transduction; RNA world; polypeptide exit tunnel; translocation; ribosome; elongation arrest, RIBOSOME' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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ASP C 111 ARG C 126 1 ? 16 HELX_P HELX_P17 17 MET F 128 ? LEU F 143 ? MET C 128 LEU C 143 1 ? 16 HELX_P HELX_P18 18 ARG F 155 ? ALA F 159 ? ARG C 155 ALA C 159 5 ? 5 HELX_P HELX_P19 19 LYS G 6 ? GLY G 14 ? LYS D 7 GLY D 15 1 ? 9 HELX_P HELX_P20 20 ASP G 27 ? LYS G 31 ? ASP D 28 LYS D 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 21 SER G 47 ? GLY G 64 ? SER D 48 GLY D 65 1 ? 18 HELX_P HELX_P22 22 LEU G 66 ? LEU G 80 ? LEU D 67 LEU D 81 1 ? 15 HELX_P HELX_P23 23 ASN G 83 ? GLU G 93 ? ASN D 84 GLU D 94 1 ? 11 HELX_P HELX_P24 24 ARG G 95 ? GLY G 104 ? ARG D 96 GLY D 105 1 ? 10 HELX_P HELX_P25 25 THR G 108 ? HIS G 118 ? THR D 109 HIS D 119 1 ? 11 HELX_P HELX_P26 26 LYS G 146 ? LYS G 149 ? LYS D 147 LYS D 150 5 ? 4 HELX_P HELX_P27 27 GLN G 150 ? GLU G 161 ? GLN D 151 GLU D 162 1 ? 12 HELX_P HELX_P28 28 ASN G 194 ? TYR G 202 ? ASN D 195 TYR D 203 1 ? 9 HELX_P HELX_P29 29 GLU H 46 ? ASN H 61 ? GLU E 54 ASN E 69 1 ? 16 HELX_P HELX_P30 30 GLY H 99 ? GLY H 110 ? GLY E 107 GLY E 118 1 ? 12 HELX_P HELX_P31 31 ASN H 123 ? MET H 138 ? ASN E 131 MET E 146 1 ? 16 HELX_P HELX_P32 32 SER H 140 ? ARG H 148 ? SER E 148 ARG E 156 1 ? 9 HELX_P HELX_P33 33 GLN I 17 ? THR I 30 ? GLN F 17 THR F 30 1 ? 14 HELX_P HELX_P34 34 VAL I 70 ? ASN I 81 ? VAL F 70 ASN F 81 1 ? 12 HELX_P HELX_P35 35 SER J 1 ? VAL J 8 ? SER G 19 VAL G 26 1 ? 8 HELX_P HELX_P36 36 LYS J 16 ? SER J 35 ? LYS G 34 SER G 53 1 ? 20 HELX_P HELX_P37 37 SER J 38 ? ASN J 49 ? SER G 56 ASN G 67 1 ? 12 HELX_P HELX_P38 38 ARG J 73 ? ARG J 90 ? ARG G 91 ARG G 108 1 ? 18 HELX_P HELX_P39 39 SER J 96 ? ASN J 111 ? SER G 114 ASN G 129 1 ? 16 HELX_P HELX_P40 40 GLY J 113 ? ASN J 129 ? GLY G 131 ASN G 147 1 ? 17 HELX_P HELX_P41 41 LYS J 130 ? ALA J 133 ? LYS G 148 ALA G 151 5 ? 4 HELX_P HELX_P42 42 ASP K 3 ? ALA K 18 ? ASP H 4 ALA H 19 1 ? 16 HELX_P HELX_P43 43 SER K 28 ? GLU K 41 ? SER H 29 GLU H 42 1 ? 14 HELX_P HELX_P44 44 LYS K 92 ? LEU K 97 ? LYS H 93 LEU H 98 5 ? 6 HELX_P HELX_P45 45 ASP K 111 ? GLY K 118 ? ASP H 112 GLY H 119 1 ? 8 HELX_P HELX_P46 46 LEU L 31 ? PHE L 35 ? LEU I 34 PHE I 38 1 ? 5 HELX_P HELX_P47 47 GLU L 38 ? VAL L 44 ? GLU I 41 VAL I 47 5 ? 7 HELX_P HELX_P48 48 ARG L 45 ? VAL L 51 ? ARG I 48 VAL I 54 1 ? 7 HELX_P HELX_P49 49 MET L 53 ? GLU L 55 ? MET I 56 GLU I 58 5 ? 3 HELX_P HELX_P50 50 GLY L 67 ? ASP L 87 ? GLY I 70 ASP I 90 1 ? 21 HELX_P HELX_P51 51 LEU L 90 ? ARG L 95 ? LEU I 93 ARG I 98 1 ? 6 HELX_P HELX_P52 52 ASP M 10 ? GLY M 29 ? ASP J 14 GLY J 33 1 ? 20 HELX_P HELX_P53 53 THR M 76 ? ARG M 85 ? THR J 80 ARG J 89 1 ? 10 HELX_P HELX_P54 54 THR N 47 ? GLY N 66 ? THR K 58 GLY K 77 1 ? 20 HELX_P HELX_P55 55 GLY N 80 ? ALA N 90 ? GLY K 91 ALA K 101 1 ? 11 HELX_P HELX_P56 56 HIS P 13 ? THR P 19 ? HIS M 13 THR M 19 1 ? 7 HELX_P HELX_P57 57 GLY P 25 ? GLY P 37 ? GLY M 25 GLY M 37 1 ? 13 HELX_P HELX_P58 58 SER P 48 ? LYS P 61 ? SER M 48 LYS M 61 1 ? 14 HELX_P HELX_P59 59 GLU P 65 ? LEU P 79 ? GLU M 65 LEU M 79 1 ? 15 HELX_P HELX_P60 60 CYS P 84 ? ARG P 92 ? 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59 59 ARG ARG T . n W 21 57 GLN 57 60 60 GLN GLN T . n W 21 58 ALA 58 61 61 ALA ALA T . n W 21 59 ALA 59 62 62 ALA ALA T . n W 21 60 LYS 60 63 63 LYS LYS T . n W 21 61 GLY 61 64 64 GLY GLY T . n W 21 62 LEU 62 65 65 LEU LEU T . n W 21 63 ILE 63 66 66 ILE ILE T . n W 21 64 HIS 64 67 67 HIS HIS T . n W 21 65 LYS 65 68 68 LYS LYS T . n W 21 66 ASN 66 69 69 ASN ASN T . n W 21 67 LYS 67 70 70 LYS LYS T . n W 21 68 ALA 68 71 71 ALA ALA T . n W 21 69 ALA 69 72 72 ALA ALA T . n W 21 70 ARG 70 73 73 ARG ARG T . n W 21 71 HIS 71 74 74 HIS HIS T . n W 21 72 LYS 72 75 75 LYS LYS T . n W 21 73 ALA 73 76 76 ALA ALA T . n W 21 74 ASN 74 77 77 ASN ASN T . n W 21 75 LEU 75 78 78 LEU LEU T . n W 21 76 THR 76 79 79 THR THR T . n W 21 77 ALA 77 80 80 ALA ALA T . n W 21 78 GLN 78 81 81 GLN GLN T . n W 21 79 ILE 79 82 82 ILE ILE T . n W 21 80 ASN 80 83 83 ASN ASN T . n W 21 81 LYS 81 84 84 LYS LYS T . n W 21 82 LEU 82 85 85 LEU LEU T . n W 21 83 ALA 83 86 86 ALA ALA T . n # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 23-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 23 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2006-09-26 2 'Structure model' 1 1 2008-05-01 3 'Structure model' 1 2 2011-07-13 4 'Structure model' 1 3 2014-12-10 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? 2 4 'Structure model' repository Obsolete ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Version format compliance' 2 3 'Structure model' 'Version format compliance' 3 4 'Structure model' Other # loop_ _pdbx_database_remark.id _pdbx_database_remark.text 400 ;COMPOUND THIS FILE, 2GY9, CONTAINS THE 30S SUBUNIT OF THE WHOLE RIBOSOMAL COMPLEX. THE ENTIRE CRYO-EM STRUCTURE CONTAINS ONE 70S RIBOSOME AND ARE DEPOSITED UNDER 2GY9 (30S SUBUNIT) AND 2GYA (50S SUBUNIT). ; 999 ;SEQUENCE THIS PDB FILE WAS OBTAINED UPON RIGID BODY REFINEMENT OF A STARTING PDB FILE INTO A CRYO-EM MAP. THE E. COLI RIBOSOMES ARE OBTAINED NATURALLY, BUT FOR THE MODELING OF THE PROTEINS INTO THE EM MAP, AUTHORS SOMETIMES DID NOT MODEL IN THE ENTIRE PROTEIN. RESIDUE (B TRP 95) AND RESIDUE (B LEU 96) ARE NOT LINKED. RESIDUE (B LEU 156) AND RESIDUE (B PRO 157) ARE NOT LINKED. RESIDUE (M ARG 97) AND RESIDUE (M GLY 98) ARE NOT LINKED. ; # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 2GY9 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'CNS implementation of RSRef' _em_3d_fitting.target_criteria 'Minimization of number of poor van der Waals contacts and maximation of correlation coefficient' _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.details ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 2GY9 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method '3D projection matching; conjugate gradients with regularization' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 2.82 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 2.82 _em_3d_reconstruction.resolution 15 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration TMV _em_3d_reconstruction.details ;WITH THE USE OF APPROPRIATE STEREOCHEMICAL CONSTRAINTS, AN ATOMIC MODEL FITTED INTO AN EM MAP YIELDS AN ACCURACY OF 5-FOLD BETTER THAN THE NOMINAL RESOLUTION OF THE EM MAP. THE RESOLUTION OF THE ATOMIC MODEL FITTED INTO EMD-1056 (NOMINAL RESOLUTION 15.0 ANGSTROMS) IS THUS ESTIMATED TO BE BETWEEN 2-3 ANGSTROMS. REAL-SPACE REFINEMENT USING RIGID BODIES INTO EM MAP EMD-1056 (FILTERED TO A NOMINAL RESOLUTION OF 15 ANGSTROMS). RIGID BODY DEFINITION: AN AUTONOMOUS SECONDARY STRUCTURE UNIT (E.G. HELIX SEGMENT, HAIRPIN) OF THE RIBOSOMAL RNA; AN AUTONOMOUS RIBOSOMAL PROTEIN DOMAIN. THE ATOMIC MODEL USED WAS GENERATED FROM E. COLI MODELS OF X-RAY CRYSTALLOGRAPHY STRUCTURES OF RIBOSOMES FROM OTHER ORGANISMS. IN THE ABSENCE OF E. COLI MODELS, STRUCTURES WERE DERIVED DIRECTLY FROM THE X-RAY CRYSTALLOGRAPHY STRUCTURES OF RIBOSOMES FROM OTHER ORGANISMS. ; _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles ? _em_3d_reconstruction.symmetry_type ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id ? _em_buffer.name ? _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.details ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 ? '30S ribosomal protein S2' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 2 ? '30S ribosomal subunit protein S3' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 3 ? '30S ribosomal subunit protein S4' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 4 ? '30S ribosomal subunit protein S5' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 5 ? '30S ribosomal subunit protein S6' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 6 ? '30S ribosomal subunit protein S7' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 7 ? '30S ribosomal subunit protein S8' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 8 ? '30S ribosomal subunit protein S9' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 9 ? '30S ribosomal subunit protein S10' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 10 ? '30S ribosomal subunit protein S11' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 11 ? '30S ribosomal subunit protein S12' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 12 ? '30S ribosomal subunit protein S13' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 13 ? '30S ribosomal subunit protein S14' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 14 ? '30S ribosomal subunit protein S15' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 15 ? '30S ribosomal subunit protein S16' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 16 ? '30S ribosomal subunit protein S17' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 17 ? '30S ribosomal subunit protein S18' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 18 ? '30S ribosomal subunit protein S19' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 19 ? '30S ribosomal subunit protein S20' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? # _em_image_scans.entry_id 2GY9 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 2GY9 _em_imaging.id 1 _em_imaging.date 2002-07-01 _em_imaging.temperature 93 _em_imaging.microscope_model 'FEI TECNAI F20' _em_imaging.nominal_defocus_min 1.1 _em_imaging.nominal_defocus_max 3.8 _em_imaging.tilt_angle_min 0 _em_imaging.tilt_angle_max 0 _em_imaging.nominal_cs 2.0 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 50000 _em_imaging.calibrated_magnification 49696 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.details 'Quantifoil holey-Carbon film grids' _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.specimen_id 1 # _em_vitrification.entry_id 2GY9 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.details 'rapid-freezing in liquid ethane' _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.cryogen_name ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 2GY9 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.id 1 _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.aggregation_state ? # _pdbx_validate_close_contact.id 1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 "O5'" _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 A _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 C _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 719 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 O _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 K _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 HIS _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 117 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_close_contact.dist 2.11 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_bond.id _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_target_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.linker_flag 1 1 "O3'" A C 25 ? ? 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