data_2GYB # _entry.id 2GYB # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.280 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 2GYB RCSB RCSB037698 WWPDB D_1000037698 # _pdbx_database_PDB_obs_spr.id OBSLTE _pdbx_database_PDB_obs_spr.date 2014-12-10 _pdbx_database_PDB_obs_spr.pdb_id 4V4W _pdbx_database_PDB_obs_spr.replace_pdb_id 2GYB _pdbx_database_PDB_obs_spr.details ;This entry with other split entries have been consolidated into a combined file for complete representation. No coordinates have been changed. ; # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.content_type PDB 2GYC '50S, SecM-stalled E. coli ribosome complex' unspecified PDB 2GY9 '30S, pre-translocational state of E.coli ribosome' unspecified PDB 2GYA '50S, pre-translocational state of E.coli ribosome' unspecified PDB 2GYB . split PDB 2GYC . split EMDB EMD-1143 . 'associated EM volume' PDB 4V4W . 'complete structure' # _pdbx_database_status.status_code OBS _pdbx_database_status.entry_id 2GYB _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2006-05-09 _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.SG_entry ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Mitra, K.' 1 'Frank, J.' 2 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.journal_id_ASTM _citation.country _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_id_CSD _citation.book_publisher _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'Elongation arrest by SecM via a cascade of ribosomal RNA rearrangements' Mol.Cell 22 533 543 2006 MOCEFL US 1097-2765 2168 ? 16713583 10.1016/j.molcel.2006.05.003 1 'Structure of the E. coli protein-conducting channel bound to a translating ribosome' Nature 438 318 324 2005 NATUAS UK 0028-0836 0006 ? ? ? 2 'Locking and unlocking of ribosomal motions' 'Cell(Cambridge,Mass.)' 114 123 134 2003 CELLB5 US 0092-8674 0998 ? ? ? 3 'A model for co-translational translocation: ribosome-regulated nascent polypeptide translocation at the protein-conducting channel' 'FEBS Lett.' 580 3353 3360 2006 FEBLAL NE 0014-5793 0165 ? 16714018 10.1016/j.febslet.2006.05.019 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Mitra, K.' 1 primary 'Schaffitzel, C.' 2 primary 'Fabiola, F.' 3 primary 'Chapman, M.S.' 4 primary 'Ban, N.' 5 primary 'Frank, J.' 6 1 'Mitra, K.' 7 1 'Schaffitzel, C.' 8 1 'Shaikh, T.' 9 1 'Tama, F.' 10 1 'Jenni, S.' 11 1 'Brooks III, C.L.' 12 1 'Ban, N.' 13 1 'Frank, J.' 14 2 'Valle, M.' 15 2 'Zavialov, A.V.' 16 2 'Sengupta, J.' 17 2 'Rawat, U.' 18 2 'Ehrenberg, M.' 19 2 'Frank, J.' 20 3 'Mitra, K.' 21 3 'Frank, J.' 22 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat '16S ribosomal RNA' 482285.656 1 ? ? ? ? 2 polymer nat tRNA 24518.570 3 ? ? ? 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;RIRIRLKAFDHRLIDQATAEIVETAKRTGAQVRGPIPLPTRKERFTVLISPHVNKDARDQYEIRTHLRLVDIVEPTEKTV DALMRLDLAAGVDVQI ; ;RIRIRLKAFDHRLIDQATAEIVETAKRTGAQVRGPIPLPTRKERFTVLISPHVNKDARDQYEIRTHLRLVDIVEPTEKTV DALMRLDLAAGVDVQI ; J ? 12 'polypeptide(L)' no no ;RKQVSDGVAHIHASFNNTIVTITDRQGNALGWATAGGSGFRGSRKSTPFAAQVAAERCADAVKEYGIKNLEVMVKGPGPG RESTIRALNAAGFRITNITDVTPIPHNGCRPPKKRR ; ;RKQVSDGVAHIHASFNNTIVTITDRQGNALGWATAGGSGFRGSRKSTPFAAQVAAERCADAVKEYGIKNLEVMVKGPGPG RESTIRALNAAGFRITNITDVTPIPHNGCRPPKKRR ; K ? 13 'polypeptide(L)' no no ;ALEACPQKRGVCTRVYTTTPKKPNSALRKVCRVRLTNGFEVTSYIGGEGHNLQEHSVILIRGGRVKDLPGVRYHTVRGAL DCSGVKDRKQARSKYGVKRPK ; ;ALEACPQKRGVCTRVYTTTPKKPNSALRKVCRVRLTNGFEVTSYIGGEGHNLQEHSVILIRGGRVKDLPGVRYHTVRGAL DCSGVKDRKQARSKYGVKRPK ; L ? 14 'polypeptide(L)' no no ;ARIAGINIPDHKHAVIALTSIYGVGKTRSKAILAAAGIAEDVKISELSEGQIDTLRDEVAKFVVEGDLRREISMSIKRLM DLGCYRGLRHRRGLPVRGQRTKTNARTRKGPRKPI ; ;ARIAGINIPDHKHAVIALTSIYGVGKTRSKAILAAAGIAEDVKISELSEGQIDTLRDEVAKFVVEGDLRREISMSIKRLM DLGCYRGLRHRRGLPVRGQRTKTNARTRKGPRKPI ; M ? 15 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'Escherichia coli' 562 Escherichia ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP RS2_ECOLI P0A7V0 3 5 ? ? 2 UNP RS3_ECOLI P0A7V3 4 1 ? ? 3 UNP RS4_ECOLI P0A7V8 5 2 ? ? 4 UNP RS5_ECOLI P0A7W1 6 9 ? ? 5 UNP RS6_ECOLI P02358 7 1 ? ? 6 UNP RS7_ECOLI P02359 8 19 ? ? 7 UNP RS8_ECOLI P0A7W7 9 2 ? ? 8 UNP RS9_ECOLI P0A7X3 10 4 ? ? 9 UNP RS10_ECOLI P0A7R5 11 5 ? ? 10 UNP RS11_ECOLI P0A7R9 12 12 ? ? 11 UNP RS12_ECOLI P0A7S3 13 22 ? ? 12 UNP RS13_ECOLI P0A7S9 14 1 ? ? 13 UNP RS14_ECOLI P0AG59 15 40 ? ? 14 UNP RS15_ECOLI P0ADZ4 16 2 ? ? 15 UNP RS16_ECOLI P0A7T3 17 1 ? ? 16 UNP RS17_ECOLI P0AG63 18 5 ? ? 17 UNP RS18_ECOLI P0A7T7 19 6 ? ? 18 UNP RS19_ECOLI P0A7U3 20 1 ? ? 19 UNP RS20_ECOLI P0A7U7 21 4 ? ? 20 PDB 2GYB 2GYB 1 ? ? ? 21 PDB 2GYB 2GYB 2 ? ? ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 2GYB B 1 ? 236 ? P0A7V0 5 ? 240 ? 5 240 2 2 2GYB C 1 ? 206 ? P0A7V3 1 ? 206 ? 1 206 3 3 2GYB D 1 ? 204 ? P0A7V8 2 ? 205 ? 2 205 4 4 2GYB E 1 ? 148 ? P0A7W1 9 ? 156 ? 9 156 5 5 2GYB F 1 ? 95 ? P02358 1 ? 95 ? 1 95 6 6 2GYB G 1 ? 137 ? P02359 19 ? 155 ? 19 155 7 7 2GYB H 1 ? 127 ? P0A7W7 2 ? 128 ? 2 128 8 8 2GYB I 1 ? 126 ? P0A7X3 4 ? 129 ? 4 129 9 9 2GYB J 1 ? 96 ? P0A7R5 5 ? 100 ? 5 100 10 10 2GYB K 1 ? 116 ? P0A7R9 12 ? 127 ? 12 127 11 11 2GYB L 1 ? 101 ? P0A7S3 22 ? 122 ? 22 122 12 12 2GYB M 1 ? 115 ? P0A7S9 1 ? 115 ? 1 115 13 13 2GYB N 1 ? 61 ? P0AG59 40 ? 100 ? 40 100 14 14 2GYB O 1 ? 86 ? P0ADZ4 2 ? 87 ? 2 87 15 15 2GYB P 1 ? 78 ? P0A7T3 1 ? 78 ? 1 78 16 16 2GYB Q 1 ? 79 ? P0AG63 5 ? 83 ? 5 83 17 17 2GYB R 1 ? 69 ? P0A7T7 6 ? 74 ? 6 74 18 18 2GYB S 1 ? 87 ? P0A7U3 1 ? 87 ? 1 87 19 19 2GYB T 1 ? 83 ? 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'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 2GYB _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.crystals_number ? # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews ? _exptl_crystal.density_percent_sol ? _exptl_crystal.description ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type ? # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength . _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 17749 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 36790 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 54539 _refine_hist.d_res_high . _refine_hist.d_res_low . # _struct.entry_id 2GYB _struct.title ;Structure of the 30S subunit of a SecM-stalled E. coli ribosome complex obtained by fitting atomic models for RNA and protein components into cryo-EM map EMD-1143 ; _struct.pdbx_descriptor '30S RIBOSOMAL SUBUNIT' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2GYB _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME _struct_keywords.text ;SecM; nascent chain; signal transduction; RNA world; polypeptide exit tunnel; translocation; ribosome; elongation arrest; protein-conducting channel, RIBOSOME ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 4 ? G N N 5 ? H N N 6 ? I N N 7 ? J N N 8 ? K N N 9 ? L N N 10 ? M N N 11 ? N N N 12 ? O N N 13 ? P N N 14 ? Q N N 15 ? R N N 16 ? S N N 17 ? T N N 18 ? U N N 19 ? V N N 20 ? W N N 21 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.pdbx_parent_biol_id ? _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ASN E 19 ? ILE E 26 ? 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MET C 128 LEU C 143 1 ? 16 HELX_P HELX_P17 17 ARG F 155 ? ALA F 159 ? ARG C 155 ALA C 159 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 18 LYS G 8 ? GLY G 14 ? LYS D 9 GLY D 15 1 ? 7 HELX_P HELX_P19 19 ASP G 27 ? ILE G 32 ? ASP D 28 ILE D 33 1 ? 6 HELX_P HELX_P20 20 SER G 47 ? GLY G 64 ? SER D 48 GLY D 65 1 ? 18 HELX_P HELX_P21 21 LEU G 66 ? LEU G 80 ? LEU D 67 LEU D 81 1 ? 15 HELX_P HELX_P22 22 ASN G 83 ? ARG G 95 ? ASN D 84 ARG D 96 1 ? 13 HELX_P HELX_P23 23 ARG G 95 ? GLY G 104 ? ARG D 96 GLY D 105 1 ? 10 HELX_P HELX_P24 24 THR G 108 ? HIS G 118 ? THR D 109 HIS D 119 1 ? 11 HELX_P HELX_P25 25 GLN G 150 ? GLU G 161 ? GLN D 151 GLU D 162 1 ? 12 HELX_P HELX_P26 26 ASN G 194 ? LYS G 204 ? ASN D 195 LYS D 205 1 ? 11 HELX_P HELX_P27 27 GLU H 46 ? ASN H 61 ? GLU E 54 ASN E 69 1 ? 16 HELX_P HELX_P28 28 GLY H 99 ? VAL H 108 ? GLY E 107 VAL E 116 1 ? 10 HELX_P HELX_P29 29 ASN H 123 ? LEU H 135 ? ASN E 131 LEU E 143 1 ? 13 HELX_P HELX_P30 30 SER H 140 ? LYS H 147 ? 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'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? hydrog1128 hydrog ? ? D U 54 O2 ? ? ? 1_555 D A 58 N6 ? ? W U 54 W A 58 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 5 ? B ? 2 ? C ? 4 ? D ? 2 ? E ? 2 ? F ? 4 ? G ? 2 ? H ? 4 ? I ? 3 ? J ? 4 ? K ? 2 ? L ? 2 ? M ? 3 ? N ? 4 ? O ? 3 ? P ? 4 ? Q ? 2 ? R ? 5 ? S ? 3 ? T ? 4 ? U ? 4 ? V ? 6 ? 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LYS LYS S . n V 20 29 PRO 29 29 29 PRO PRO S . n V 20 30 LEU 30 30 30 LEU LEU S . n V 20 31 ARG 31 31 31 ARG ARG S . n V 20 32 THR 32 32 32 THR THR S . n V 20 33 TRP 33 33 33 TRP TRP S . n V 20 34 SER 34 34 34 SER SER S . n V 20 35 ARG 35 35 35 ARG ARG S . n V 20 36 ARG 36 36 36 ARG ARG S . n V 20 37 SER 37 37 37 SER SER S . n V 20 38 THR 38 38 38 THR THR S . n V 20 39 ILE 39 39 39 ILE ILE S . n V 20 40 PHE 40 40 40 PHE PHE S . n V 20 41 PRO 41 41 41 PRO PRO S . n V 20 42 ASN 42 42 42 ASN ASN S . n V 20 43 MET 43 43 43 MET MET S . n V 20 44 ILE 44 44 44 ILE ILE S . n V 20 45 GLY 45 45 45 GLY GLY S . n V 20 46 LEU 46 46 46 LEU LEU S . n V 20 47 THR 47 47 47 THR THR S . n V 20 48 ILE 48 48 48 ILE ILE S . n V 20 49 ALA 49 49 49 ALA ALA S . n V 20 50 VAL 50 50 50 VAL VAL S . n V 20 51 HIS 51 51 51 HIS HIS S . n V 20 52 ASN 52 52 52 ASN ASN S . n V 20 53 GLY 53 53 53 GLY GLY S . n V 20 54 ARG 54 54 54 ARG ARG S . n V 20 55 GLN 55 55 55 GLN GLN S . n V 20 56 HIS 56 56 56 HIS HIS S . n V 20 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ASP S . n V 20 86 LYS 86 86 86 LYS LYS S . n V 20 87 LYS 87 87 87 LYS LYS S . n W 21 1 LYS 1 4 4 LYS LYS T . n W 21 2 SER 2 5 5 SER SER T . n W 21 3 ALA 3 6 6 ALA ALA T . n W 21 4 LYS 4 7 7 LYS LYS T . n W 21 5 LYS 5 8 8 LYS LYS T . n W 21 6 ARG 6 9 9 ARG ARG T . n W 21 7 ALA 7 10 10 ALA ALA T . n W 21 8 ILE 8 11 11 ILE ILE T . n W 21 9 GLN 9 12 12 GLN GLN T . n W 21 10 SER 10 13 13 SER SER T . n W 21 11 GLU 11 14 14 GLU GLU T . n W 21 12 LYS 12 15 15 LYS LYS T . n W 21 13 ALA 13 16 16 ALA ALA T . n W 21 14 ARG 14 17 17 ARG ARG T . n W 21 15 LYS 15 18 18 LYS LYS T . n W 21 16 HIS 16 19 19 HIS HIS T . n W 21 17 ASN 17 20 20 ASN ASN T . n W 21 18 ALA 18 21 21 ALA ALA T . n W 21 19 SER 19 22 22 SER SER T . n W 21 20 ARG 20 23 23 ARG ARG T . n W 21 21 ARG 21 24 24 ARG ARG T . n W 21 22 SER 22 25 25 SER SER T . n W 21 23 MET 23 26 26 MET MET T . n W 21 24 MET 24 27 27 MET MET T . n W 21 25 ARG 25 28 28 ARG ARG T . n W 21 26 THR 26 29 29 THR THR T . n W 21 27 PHE 27 30 30 PHE PHE T . n W 21 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ARG T . n W 21 57 GLN 57 60 60 GLN GLN T . n W 21 58 ALA 58 61 61 ALA ALA T . n W 21 59 ALA 59 62 62 ALA ALA T . n W 21 60 LYS 60 63 63 LYS LYS T . n W 21 61 GLY 61 64 64 GLY GLY T . n W 21 62 LEU 62 65 65 LEU LEU T . n W 21 63 ILE 63 66 66 ILE ILE T . n W 21 64 HIS 64 67 67 HIS HIS T . n W 21 65 LYS 65 68 68 LYS LYS T . n W 21 66 ASN 66 69 69 ASN ASN T . n W 21 67 LYS 67 70 70 LYS LYS T . n W 21 68 ALA 68 71 71 ALA ALA T . n W 21 69 ALA 69 72 72 ALA ALA T . n W 21 70 ARG 70 73 73 ARG ARG T . n W 21 71 HIS 71 74 74 HIS HIS T . n W 21 72 LYS 72 75 75 LYS LYS T . n W 21 73 ALA 73 76 76 ALA ALA T . n W 21 74 ASN 74 77 77 ASN ASN T . n W 21 75 LEU 75 78 78 LEU LEU T . n W 21 76 THR 76 79 79 THR THR T . n W 21 77 ALA 77 80 80 ALA ALA T . n W 21 78 GLN 78 81 81 GLN GLN T . n W 21 79 ILE 79 82 82 ILE ILE T . n W 21 80 ASN 80 83 83 ASN ASN T . n W 21 81 LYS 81 84 84 LYS LYS T . n W 21 82 LEU 82 85 85 LEU LEU T . n W 21 83 ALA 83 86 86 ALA ALA T . n # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 23-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 23 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2006-09-26 2 'Structure model' 1 1 2008-05-01 3 'Structure model' 1 2 2011-07-13 4 'Structure model' 1 3 2014-12-10 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? 2 4 'Structure model' repository Obsolete ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Version format compliance' 2 3 'Structure model' 'Version format compliance' 3 4 'Structure model' Other # loop_ _pdbx_database_remark.id _pdbx_database_remark.text 400 ;COMPOUND THIS FILE, 2GYB, CONTAINS THE 30S SUBUNIT OF THE WHOLE RIBOSOMAL COMPLEX. THE ENTIRE CRYO-EM STRUCTURE CONTAINS ONE 70S RIBOSOME AND ARE DEPOSITED UNDER 2GYB (30S SUBUNIT) AND 2GYC (50S SUBUNIT). ; 999 ;SEQUENCE THIS PDB FILE WAS OBTAINED UPON RIGID BODY REFINEMENT OF A STARTING PDB FILE INTO A CRYO-EM MAP. THE E. COLI RIBOSOMES ARE OBTAINED NATURALLY, BUT FOR THE MODELING OF THE PROTEINS INTO THE EM MAP, AUTHORS SOMETIMES DID NOT MODEL IN THE ENTIRE PROTEIN. SOME RESIDUES ARE NOT WITHIN LINK DISTANCES FOR C-N BOND. ; # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 2GYB _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'CNS implementation of RSRef' _em_3d_fitting.target_criteria 'Minimization of number of poor van der Waals contacts and maximation of correlation coefficient' _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.details ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 2GYB _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method '3D projection matching; conjugate gradients with regularization' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 3.59 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 3.59 _em_3d_reconstruction.resolution 15 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration TMV _em_3d_reconstruction.details ;WITH THE USE OF APPROPRIATE STEREOCHEMICAL CONSTRAINTS, AN ATOMIC MODEL FITTED INTO AN EM MAP YIELDS AN ACCURACY OF 5-FOLD BETTER THAN THE NOMINAL RESOLUTION OF THE EM MAP. THE RESOLUTION OF THE ATOMIC MODEL FITTED INTO EMD-1143 (11.0 ANGSTROMS AT FSC 3SIGMA, 15.0 ANGSTROMS AT FSC 0.5) IS THUS ESTIMATED TO BE BETWEEN 2-3 ANGSTROMS. REAL-SPACE REFINEMENT USING RIGID BODIES INTO EM MAP EMD-1143. RIGID BODY DEFINITION: AN AUTONOMOUS SECONDARY STRUCTURE UNIT (E.G. HELIX SEGMENT, HAIRPIN) OF THE RIBOSOMAL RNA; AN AUTONOMOUS RIBOSOMAL PROTEIN DOMAIN. THE ATOMIC MODEL USED WAS GENERATED FROM E. COLI MODELS OF X-RAY CRYSTALLOGRAPHY STRUCTURES OF RIBOSOMES FROM OTHER ORGANISMS. IN THE ABSENCE OF E. COLI MODELS, STRUCTURES WERE DERIVED DIRECTLY FROM THE X-RAY CRYSTALLOGRAPHY STRUCTURES OF RIBOSOMES FROM OTHER ORGANISMS. RESOLUTION for FSC 3SIGMA (ANGSTROMS) is 11.000, RESOLUTION for FSC 0.5 (ANGSTROMS) is 15.000. ; _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles ? _em_3d_reconstruction.symmetry_type ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id ? _em_buffer.name ? _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.details ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 ? '30S ribosomal protein S2' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 2 ? '30S ribosomal subunit protein S3' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 3 ? '30S ribosomal subunit protein S4' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 4 ? '30S ribosomal subunit protein S5' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 5 ? '30S ribosomal subunit protein S6' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 6 ? '30S ribosomal subunit protein S7' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 7 ? '30S ribosomal subunit protein S8' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 8 ? '30S ribosomal subunit protein S9' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 9 ? '30S ribosomal subunit protein S10' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 10 ? '30S ribosomal subunit protein S11' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 11 ? '30S ribosomal subunit protein S12' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 12 ? '30S ribosomal subunit protein S13' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 13 ? '30S ribosomal subunit protein S14' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 14 ? '30S ribosomal subunit protein S15' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 15 ? '30S ribosomal subunit protein S16' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 16 ? '30S ribosomal subunit protein S17' 'structural constituent of ribosome' ? ? ? 17 ? 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? 62.55 111.15 86 1 LYS G 130 ? ? 162.27 145.99 87 1 GLU G 145 ? ? 69.35 -36.48 88 1 ASN G 147 ? ? -142.37 30.88 89 1 LYS G 148 ? ? -64.71 11.89 90 1 PHE G 150 ? ? -68.13 11.03 91 1 TYR G 153 ? ? -101.72 42.42 92 1 ARG G 154 ? ? -46.19 -19.97 93 1 MET H 26 ? ? -171.46 126.96 94 1 SER H 29 ? ? 176.96 131.13 95 1 ASP H 47 ? ? 173.27 -155.85 96 1 ILE H 74 ? ? -173.15 110.14 97 1 LEU H 91 ? ? -51.75 108.27 98 1 ALA H 96 ? ? 47.20 21.93 99 1 THR I 8 ? ? -57.85 -100.35 100 1 ARG I 11 ? ? 170.72 120.78 101 1 LYS I 12 ? ? 54.56 -99.45 102 1 SER I 13 ? ? -141.89 46.05 103 1 ASN I 24 ? ? -58.35 -77.83 104 1 ARG I 40 ? ? 60.97 78.61 105 1 GLU I 41 ? ? -165.17 106.19 106 1 ASP I 55 ? ? 53.28 90.95 107 1 MET I 56 ? ? -129.50 -92.07 108 1 VAL I 57 ? ? 31.30 -81.56 109 1 VAL I 103 ? ? -82.27 45.15 110 1 ARG I 105 ? ? -80.29 -135.03 111 1 ASP I 106 ? ? 178.21 143.24 112 1 ALA I 107 ? ? -83.51 -117.54 113 1 ARG I 108 ? ? 54.54 19.88 114 1 VAL I 110 ? ? -36.83 136.43 115 1 LYS I 113 ? ? -55.04 96.52 116 1 LEU I 117 ? 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