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1998 ABCRE6 DK 0907-4449 0766 ? 9757122 10.1107/S0907444998002571 2 'Identification of a Gene in Bacillus Subtilis Bacteriophage Spp1 Determining the Amount of Packaged DNA' J.Mol.Biol. 225 81 ? 1992 JMOBAK UK 0022-2836 0070 ? 1583695 '10.1016/0022-2836(92)91027-M' # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Lebedev, A.A.' 1 ? primary 'Krause, M.H.' 2 ? primary 'Isidro, A.L.' 3 ? primary 'Vagin, A.A.' 4 ? primary 'Orlova, E.V.' 5 ? primary 'Turner, J.' 6 ? primary 'Dodson, E.J.' 7 ? primary 'Tavares, P.' 8 ? primary 'Antson, A.A.' 9 ? 1 'Jekow, P.' 10 ? 1 'Schaper, S.' 11 ? 1 'Gunther, D.' 12 ? 1 'Tavares, P.' 13 ? 1 'Hinrichs, W.' 14 ? 2 'Tavares, P.' 15 ? 2 'Santos, M.A.' 16 ? 2 'Lurz, R.' 17 ? 2 'Morelli, G.' 18 ? 2 'Delencastre, H.' 19 ? 2 'Trautner, T.A.' 20 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'PORTAL PROTEIN' 57405.355 13 ? 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;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX B,D,F,H,J,L,N,P,R,T,V,X,Z ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 3 'MERCURY (II) ION' HG 4 'CALCIUM ION' CA # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ASP n 1 4 ILE n 1 5 TYR n 1 6 PRO n 1 7 LEU n 1 8 GLY n 1 9 LYS n 1 10 THR n 1 11 HIS n 1 12 THR n 1 13 GLU n 1 14 GLU n 1 15 LEU n 1 16 ASN n 1 17 GLU n 1 18 ILE n 1 19 ILE n 1 20 VAL n 1 21 GLU n 1 22 SER n 1 23 ALA n 1 24 LYS n 1 25 GLU n 1 26 ILE n 1 27 ALA n 1 28 GLU n 1 29 PRO n 1 30 ASP n 1 31 THR n 1 32 THR n 1 33 MET n 1 34 ILE n 1 35 GLN n 1 36 LYS n 1 37 LEU n 1 38 ILE n 1 39 ASP n 1 40 GLU n 1 41 HIS n 1 42 ASN n 1 43 PRO n 1 44 GLU n 1 45 PRO n 1 46 LEU n 1 47 LEU n 1 48 LYS n 1 49 GLY n 1 50 VAL n 1 51 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3 ? ? ? 9 Q 27 Q 54 1 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 10 S 27 S 54 1 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 11 U 27 U 54 1 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 12 W 27 W 54 1 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 13 Y 27 Y 54 1 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 1 A 140 A 169 2 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 2 C 140 C 169 2 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 3 E 140 E 169 2 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 4 G 140 G 169 2 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 5 I 140 I 169 2 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 6 K 140 K 169 2 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 7 M 140 M 169 2 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 8 O 140 O 169 2 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 9 Q 140 Q 169 2 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 10 S 140 S 169 2 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 11 U 140 U 169 2 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 12 W 140 W 169 2 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 13 Y 140 Y 169 2 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 1 A 239 A 258 3 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 2 C 239 C 258 3 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 3 E 239 E 258 3 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 4 G 239 G 258 3 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 5 I 239 I 258 3 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 6 K 239 K 258 3 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 7 M 239 M 258 3 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 8 O 239 O 258 3 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 9 Q 239 Q 258 3 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 10 S 239 S 258 3 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 11 U 239 U 258 3 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 12 W 239 W 258 3 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 13 Y 239 Y 258 3 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? ? ? 1 B 1 B 30 1 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? ? ? 2 D 1 D 30 1 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? ? ? 3 F 1 F 30 1 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? ? ? 4 H 1 H 30 1 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? ? ? 5 J 1 J 30 1 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? ? ? 6 L 1 L 30 1 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? ? ? 7 N 1 N 30 1 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? ? ? 8 P 1 P 30 1 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? ? ? 9 R 1 R 30 1 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? ? ? 10 T 1 T 30 1 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? ? ? 11 V 1 V 30 1 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? ? ? 12 X 1 X 30 1 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? ? ? 13 Z 1 Z 30 1 2 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? ? ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? # _database_PDB_matrix.entry_id 2JES _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 2JES _struct.title 'Portal protein (gp6) from bacteriophage SPP1' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2JES _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.text 'BACTERIOPHAGE SPP1, DNA TRANSLOCATION, MOLECULAR MOTOR, VIRAL PORTAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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UNP P54309 ASN 365 'engineered mutation' 365 7 15 2JES LYS O 365 ? UNP P54309 ASN 365 'engineered mutation' 365 8 17 2JES LYS Q 365 ? UNP P54309 ASN 365 'engineered mutation' 365 9 19 2JES LYS S 365 ? UNP P54309 ASN 365 'engineered mutation' 365 10 21 2JES LYS U 365 ? UNP P54309 ASN 365 'engineered mutation' 365 11 23 2JES LYS W 365 ? UNP P54309 ASN 365 'engineered mutation' 365 12 25 2JES LYS Y 365 ? UNP P54309 ASN 365 'engineered mutation' 365 13 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 26-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 26 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 107550 ? 1 MORE -1109 ? 1 'SSA (A^2)' 221960 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ASP A 30 ? 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I GLU 60 I CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? ? metalc38 metalc ? ? I ARG 83 O ? ? ? 1_555 JA CA . CA ? ? I ARG 83 I CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? ? metalc39 metalc ? ? I SER 85 O ? ? ? 1_555 IA HG . HG ? ? I SER 85 I HG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.067 ? ? metalc40 metalc ? ? IA HG . HG ? ? ? 1_555 K PHE 259 O ? ? I HG 701 K PHE 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.988 ? ? metalc41 metalc ? ? JA CA . CA ? ? ? 1_555 K ASP 262 OD1 ? ? I CA 801 K ASP 262 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.557 ? ? metalc42 metalc ? ? JA CA . CA ? ? ? 1_555 K ASP 262 OD2 ? ? I CA 801 K ASP 262 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.902 ? ? metalc43 metalc ? ? K CYS 55 SG ? ? ? 1_555 KA HG . HG ? ? K CYS 55 K HG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.407 ? ? metalc44 metalc ? ? K GLU 60 OE2 ? ? ? 1_555 LA CA . CA ? ? K GLU 60 K CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? ? metalc45 metalc ? ? K GLU 60 OE1 ? ? ? 1_555 LA CA . CA ? ? K GLU 60 K CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? ? metalc46 metalc ? ? K ARG 83 O ? ? ? 1_555 LA CA . CA ? ? K ARG 83 K CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? ? metalc47 metalc ? ? K SER 85 O ? ? ? 1_555 KA HG . HG ? ? K SER 85 K HG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.934 ? ? metalc48 metalc ? ? KA HG . HG ? ? ? 1_555 M PHE 259 O ? ? K HG 701 M PHE 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.043 ? ? metalc49 metalc ? ? LA CA . CA ? ? ? 1_555 M ASP 262 OD2 ? ? K CA 801 M ASP 262 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.200 ? ? metalc50 metalc ? ? LA CA . CA ? ? ? 1_555 M ASP 262 OD1 ? ? K CA 801 M ASP 262 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? ? metalc51 metalc ? ? M CYS 55 SG ? ? ? 1_555 MA HG . HG ? ? M CYS 55 M HG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.353 ? ? metalc52 metalc ? ? M GLU 60 OE1 ? ? ? 1_555 NA CA . CA ? ? M GLU 60 M CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.066 ? ? metalc53 metalc ? ? M GLU 60 OE2 ? ? ? 1_555 NA CA . CA ? ? M GLU 60 M CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.721 ? ? metalc54 metalc ? ? M ARG 83 O ? ? ? 1_555 NA CA . CA ? ? M ARG 83 M CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? ? metalc55 metalc ? ? M SER 85 O ? ? ? 1_555 MA HG . HG ? ? 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O HG 701 Q PHE 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.086 ? ? metalc65 metalc ? ? PA CA . CA ? ? ? 1_555 Q ASP 262 OD1 ? ? O CA 801 Q ASP 262 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? ? metalc66 metalc ? ? PA CA . CA ? ? ? 1_555 Q ASP 262 OD2 ? ? O CA 801 Q ASP 262 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.939 ? ? metalc67 metalc ? ? Q CYS 55 SG ? ? ? 1_555 QA HG . HG ? ? Q CYS 55 Q HG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.855 ? ? metalc68 metalc ? ? Q GLU 60 OE2 ? ? ? 1_555 RA CA . CA ? ? Q GLU 60 Q CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? ? metalc69 metalc ? ? Q GLU 60 OE1 ? ? ? 1_555 RA CA . CA ? ? Q GLU 60 Q CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.760 ? ? metalc70 metalc ? ? Q ARG 83 O ? ? ? 1_555 RA CA . CA ? ? Q ARG 83 Q CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? ? metalc71 metalc ? ? Q SER 85 O ? ? ? 1_555 QA HG . HG ? ? Q SER 85 Q HG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.959 ? ? metalc72 metalc ? ? QA HG . HG ? ? ? 1_555 S PHE 259 O ? ? Q HG 701 S PHE 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.114 ? ? metalc73 metalc ? ? RA CA . CA ? ? ? 1_555 S ASP 262 OD2 ? ? 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