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BMRB 16953 unspecified . # _pdbx_database_status.deposit_site BMRB _pdbx_database_status.entry_id 2KY1 _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2010-05-13 _pdbx_database_status.SG_entry ? _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_mr REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Hammond, N.B.' 1 'Kennedy, S.D.' 2 'Turner, D.H.' 3 # _citation.id primary _citation.title ;RNA internal loops with tandem AG pairs: the structure of the 5'GAGU/3'UGAG loop can be dramatically different from others, including 5'AAGU/3'UGAA. ; _citation.journal_abbrev Biochemistry _citation.journal_volume 49 _citation.page_first 5817 _citation.page_last 5827 _citation.year 2010 _citation.journal_id_ASTM BICHAW _citation.country US _citation.journal_id_ISSN 0006-2960 _citation.journal_id_CSD 0033 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 20481618 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1021/bi100332r # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Hammond, N.B.' 1 ? primary 'Tolbert, B.S.' 2 ? primary 'Kierzek, R.' 3 ? primary 'Turner, D.H.' 4 ? primary 'Kennedy, S.D.' 5 ? # _entity.id 1 _entity.type polymer _entity.src_method syn _entity.pdbx_description "5'-R(*GP*AP*CP*UP*AP*GP*AP*GP*UP*CP*A)-3'" _entity.formula_weight 3530.178 _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_ec ? _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.details ? # _entity_poly.entity_id 1 _entity_poly.type polyribonucleotide _entity_poly.nstd_linkage no _entity_poly.nstd_monomer no _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code GACUAGAGUCA _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can GACUAGAGUCA _entity_poly.pdbx_strand_id A,B _entity_poly.pdbx_target_identifier ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 G n 1 2 A n 1 3 C n 1 4 U n 1 5 A n 1 6 G n 1 7 A n 1 8 G n 1 9 U n 1 10 C n 1 11 A n # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name PDB _struct_ref.db_code 2KY1 _struct_ref.pdbx_db_accession 2KY1 _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_align_begin ? _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code GACUAGAGUCA _struct_ref.pdbx_db_isoform ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 2KY1 A 1 ? 11 ? 2KY1 1 ? 11 ? 1 11 2 1 2KY1 B 1 ? 11 ? 2KY1 12 ? 22 ? 12 22 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 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_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2010-06-02 2 'Structure model' 1 1 2011-07-13 3 'Structure model' 1 2 2022-03-16 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? 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N1 A A 2 ? ? 120.98 117.70 3.28 0.50 N 135 6 N1 A A 2 ? ? C6 A A 2 ? ? N6 A A 2 ? ? 113.97 118.60 -4.63 0.60 N 136 6 N3 A C 3 ? ? C2 A C 3 ? ? O2 A C 3 ? ? 116.99 121.90 -4.91 0.70 N 137 6 C4 A A 5 ? ? C5 A A 5 ? ? C6 A A 5 ? ? 113.78 117.00 -3.22 0.50 N 138 6 C5 A A 5 ? ? C6 A A 5 ? ? N1 A A 5 ? ? 121.46 117.70 3.76 0.50 N 139 6 N1 A A 5 ? ? C6 A A 5 ? ? N6 A A 5 ? ? 114.22 118.60 -4.38 0.60 N 140 6 C5 A A 7 ? ? C6 A A 7 ? ? N1 A A 7 ? ? 121.36 117.70 3.66 0.50 N 141 6 N1 A A 7 ? ? C6 A A 7 ? ? N6 A A 7 ? ? 114.21 118.60 -4.39 0.60 N 142 6 N3 A C 10 ? ? C2 A C 10 ? ? O2 A C 10 ? ? 116.90 121.90 -5.00 0.70 N 143 6 C4 A A 11 ? ? C5 A A 11 ? ? C6 A A 11 ? ? 113.83 117.00 -3.17 0.50 N 144 6 C5 A A 11 ? ? C6 A A 11 ? ? N1 A A 11 ? ? 121.30 117.70 3.60 0.50 N 145 6 N1 A A 11 ? ? C6 A A 11 ? ? N6 A A 11 ? ? 113.35 118.60 -5.25 0.60 N 146 6 C4 B A 13 ? ? C5 B A 13 ? ? C6 B A 13 ? ? 113.91 117.00 -3.09 0.50 N 147 6 C5 B A 13 ? ? C6 B A 13 ? ? N1 B A 13 ? ? 120.96 117.70 3.26 0.50 N 148 6 N1 B A 13 ? ? C6 B A 13 ? ? N6 B A 13 ? ? 113.77 118.60 -4.83 0.60 N 149 6 N3 B C 14 ? ? C2 B C 14 ? ? O2 B C 14 ? ? 116.90 121.90 -5.00 0.70 N 150 6 C5 B A 16 ? ? C6 B A 16 ? ? N1 B A 16 ? ? 121.25 117.70 3.55 0.50 N 151 6 N1 B A 16 ? ? C6 B A 16 ? ? N6 B A 16 ? ? 114.16 118.60 -4.44 0.60 N 152 6 C5 B A 18 ? ? C6 B A 18 ? ? N1 B A 18 ? ? 121.29 117.70 3.59 0.50 N 153 6 N1 B A 18 ? ? C6 B A 18 ? ? N6 B A 18 ? ? 114.18 118.60 -4.42 0.60 N 154 6 N3 B C 21 ? ? C2 B C 21 ? ? O2 B C 21 ? ? 117.12 121.90 -4.78 0.70 N 155 6 C4 B A 22 ? ? C5 B A 22 ? ? C6 B A 22 ? ? 113.95 117.00 -3.05 0.50 N 156 6 C5 B A 22 ? ? C6 B A 22 ? ? N1 B A 22 ? ? 121.54 117.70 3.84 0.50 N 157 6 N1 B A 22 ? ? C6 B A 22 ? ? N6 B A 22 ? ? 113.00 118.60 -5.60 0.60 N 158 7 C4 A A 2 ? ? C5 A A 2 ? ? C6 A A 2 ? ? 113.98 117.00 -3.02 0.50 N 159 7 C5 A A 2 ? ? C6 A A 2 ? ? N1 A A 2 ? ? 121.16 117.70 3.46 0.50 N 160 7 N1 A A 2 ? ? C6 A A 2 ? ? N6 A A 2 ? ? 113.69 118.60 -4.91 0.60 N 161 7 "O4'" A C 3 ? ? "C1'" A C 3 ? ? N1 A C 3 ? ? 112.81 108.50 4.31 0.70 N 162 7 N3 A C 3 ? ? C2 A C 3 ? ? O2 A C 3 ? ? 116.89 121.90 -5.01 0.70 N 163 7 C5 A A 5 ? ? C6 A A 5 ? ? N1 A A 5 ? ? 120.98 117.70 3.28 0.50 N 164 7 N1 A A 5 ? ? C6 A A 5 ? ? N6 A A 5 ? ? 114.41 118.60 -4.19 0.60 N 165 7 C4 A A 7 ? ? C5 A A 7 ? ? C6 A A 7 ? ? 113.77 117.00 -3.23 0.50 N 166 7 C5 A A 7 ? ? C6 A A 7 ? ? N1 A A 7 ? ? 121.35 117.70 3.65 0.50 N 167 7 N1 A A 7 ? ? C6 A A 7 ? ? N6 A A 7 ? ? 113.88 118.60 -4.72 0.60 N 168 7 N3 A C 10 ? ? C2 A C 10 ? ? O2 A C 10 ? ? 116.80 121.90 -5.10 0.70 N 169 7 C4 A A 11 ? ? C5 A A 11 ? ? C6 A A 11 ? ? 113.68 117.00 -3.32 0.50 N 170 7 C5 A A 11 ? ? C6 A A 11 ? ? N1 A A 11 ? ? 121.44 117.70 3.74 0.50 N 171 7 N1 A A 11 ? ? C6 A A 11 ? ? N6 A A 11 ? ? 113.13 118.60 -5.47 0.60 N 172 7 C4 B A 13 ? ? C5 B A 13 ? ? C6 B A 13 ? ? 113.84 117.00 -3.16 0.50 N 173 7 C5 B A 13 ? ? C6 B A 13 ? ? N1 B A 13 ? ? 121.17 117.70 3.47 0.50 N 174 7 N1 B A 13 ? ? C6 B A 13 ? ? N6 B A 13 ? ? 113.41 118.60 -5.19 0.60 N 175 7 N3 B C 14 ? ? C2 B C 14 ? ? O2 B C 14 ? ? 116.89 121.90 -5.01 0.70 N 176 7 C5 B A 16 ? ? C6 B A 16 ? ? N1 B A 16 ? ? 121.03 117.70 3.33 0.50 N 177 7 N1 B A 16 ? ? C6 B A 16 ? ? N6 B A 16 ? ? 114.88 118.60 -3.72 0.60 N 178 7 C4 B A 18 ? ? C5 B A 18 ? ? C6 B A 18 ? ? 113.93 117.00 -3.07 0.50 N 179 7 C5 B A 18 ? ? C6 B A 18 ? ? N1 B A 18 ? ? 121.00 117.70 3.30 0.50 N 180 7 N1 B A 18 ? ? C6 B A 18 ? ? N6 B A 18 ? ? 114.36 118.60 -4.24 0.60 N 181 7 "O4'" B C 21 ? ? "C1'" B C 21 ? ? N1 B C 21 ? ? 112.75 108.50 4.25 0.70 N 182 7 N3 B C 21 ? ? C2 B C 21 ? ? O2 B C 21 ? ? 117.09 121.90 -4.81 0.70 N 183 7 C4 B A 22 ? ? C5 B A 22 ? ? C6 B A 22 ? ? 113.92 117.00 -3.08 0.50 N 184 7 C5 B A 22 ? ? C6 B A 22 ? ? N1 B A 22 ? ? 121.46 117.70 3.76 0.50 N 185 7 N1 B A 22 ? ? C6 B A 22 ? ? N6 B A 22 ? ? 112.99 118.60 -5.61 0.60 N 186 8 C4 A A 2 ? ? C5 A A 2 ? ? C6 A A 2 ? ? 113.84 117.00 -3.16 0.50 N 187 8 C5 A A 2 ? ? C6 A A 2 ? ? N1 A A 2 ? ? 121.15 117.70 3.45 0.50 N 188 8 N1 A A 2 ? ? C6 A A 2 ? ? N6 A A 2 ? ? 113.92 118.60 -4.68 0.60 N 189 8 N3 A C 3 ? ? C2 A C 3 ? ? O2 A C 3 ? ? 116.84 121.90 -5.06 0.70 N 190 8 "O4'" A U 4 ? ? "C1'" A U 4 ? ? N1 A U 4 ? ? 112.81 108.50 4.31 0.70 N 191 8 C4 A A 5 ? ? C5 A A 5 ? ? C6 A A 5 ? ? 113.71 117.00 -3.29 0.50 N 192 8 C5 A A 5 ? ? C6 A A 5 ? ? N1 A A 5 ? ? 121.56 117.70 3.86 0.50 N 193 8 N1 A A 5 ? ? C6 A A 5 ? ? N6 A A 5 ? ? 113.79 118.60 -4.81 0.60 N 194 8 C5 A A 7 ? ? C6 A A 7 ? ? N1 A A 7 ? ? 121.09 117.70 3.39 0.50 N 195 8 N1 A A 7 ? ? C6 A A 7 ? ? N6 A A 7 ? ? 113.81 118.60 -4.79 0.60 N 196 8 "O4'" A C 10 ? ? "C1'" A C 10 ? ? N1 A C 10 ? ? 112.85 108.50 4.35 0.70 N 197 8 N3 A C 10 ? ? C2 A C 10 ? ? O2 A C 10 ? ? 117.25 121.90 -4.65 0.70 N 198 8 C5 A A 11 ? ? C6 A A 11 ? ? N1 A A 11 ? ? 121.05 117.70 3.35 0.50 N 199 8 N1 A A 11 ? ? C6 A A 11 ? ? N6 A A 11 ? ? 113.31 118.60 -5.29 0.60 N 200 8 C4 B A 13 ? ? C5 B A 13 ? ? C6 B A 13 ? ? 113.90 117.00 -3.10 0.50 N 201 8 C5 B A 13 ? ? C6 B A 13 ? ? N1 B A 13 ? ? 121.21 117.70 3.51 0.50 N 202 8 N1 B A 13 ? ? C6 B A 13 ? ? N6 B A 13 ? ? 114.08 118.60 -4.52 0.60 N 203 8 N3 B C 14 ? ? C2 B C 14 ? ? O2 B C 14 ? ? 117.01 121.90 -4.89 0.70 N 204 8 C4 B A 16 ? ? C5 B A 16 ? ? C6 B A 16 ? ? 113.73 117.00 -3.27 0.50 N 205 8 C5 B A 16 ? ? C6 B A 16 ? ? N1 B A 16 ? ? 121.42 117.70 3.72 0.50 N 206 8 N1 B A 16 ? ? C6 B A 16 ? ? N6 B A 16 ? ? 113.75 118.60 -4.85 0.60 N 207 8 C5 B A 18 ? ? C6 B A 18 ? ? N1 B A 18 ? ? 121.30 117.70 3.60 0.50 N 208 8 N1 B A 18 ? ? C6 B A 18 ? ? N6 B A 18 ? ? 114.09 118.60 -4.51 0.60 N 209 8 N3 B C 21 ? ? C2 B C 21 ? ? O2 B C 21 ? ? 117.16 121.90 -4.74 0.70 N 210 8 C4 B A 22 ? ? C5 B A 22 ? ? C6 B A 22 ? ? 113.96 117.00 -3.04 0.50 N 211 8 C5 B A 22 ? ? C6 B A 22 ? ? N1 B A 22 ? ? 121.33 117.70 3.63 0.50 N 212 8 N1 B A 22 ? ? C6 B A 22 ? ? 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