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'Nucleic Acids Res.' 39 4427 4437 2011 NARHAD UK 0305-1048 0389 ? 21266483 10.1093/nar/gkq1244 1 'NMR Structure of the A730 loop of the Neurospora VS Ribozyme: Insights into the Formation of the Active Site' 'To be Published' ? ? ? ? ? ? ? 0353 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Desjardins, G.' 1 ? primary 'Bonneau, E.' 2 ? primary 'Girard, N.' 3 ? primary 'Boisbouvier, J.' 4 ? primary 'Legault, P.' 5 ? 1 'Desjardins, G.' 6 ? 1 'Bonneau, E.' 7 ? 1 'Girard, N.' 8 ? 1 'Boisbouvier, J.' 9 ? 1 'Legault, P.' 10 ? # _entity.id 1 _entity.type polymer _entity.src_method syn _entity.pdbx_description 'RNA (26-MER)' _entity.formula_weight 8421.106 _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_ec ? _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment 'A730 loop domain of the VS ribozyme' _entity.details ? # _entity_poly.entity_id 1 _entity_poly.type polyribonucleotide _entity_poly.nstd_linkage no _entity_poly.nstd_monomer no _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code GAGCUGCAGCACGAAAGUGACGGCUC _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can GAGCUGCAGCACGAAAGUGACGGCUC _entity_poly.pdbx_strand_id A _entity_poly.pdbx_target_identifier ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 G n 1 2 A n 1 3 G n 1 4 C n 1 5 U n 1 6 G n 1 7 C n 1 8 A n 1 9 G n 1 10 C n 1 11 A n 1 12 C n 1 13 G n 1 14 A n 1 15 A n 1 16 A n 1 17 G n 1 18 U n 1 19 G n 1 20 A n 1 21 C n 1 22 G n 1 23 G n 1 24 C n 1 25 U n 1 26 C n # _pdbx_entity_src_syn.entity_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag sample _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num ? _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num ? _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific Neurospora _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name ? _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id 5140 _pdbx_entity_src_syn.details ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name PDB _struct_ref.db_code 2L5Z _struct_ref.pdbx_db_accession 2L5Z _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_align_begin ? _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code GAGCUGCAGCACGAAAGUGACGGCUC _struct_ref.pdbx_db_isoform ? # _struct_ref_seq.align_id 1 _struct_ref_seq.ref_id 1 _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code 2L5Z _struct_ref_seq.pdbx_strand_id A _struct_ref_seq.seq_align_beg 1 _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code ? _struct_ref_seq.seq_align_end 26 _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code ? _struct_ref_seq.pdbx_db_accession 2L5Z _struct_ref_seq.db_align_beg 1 _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code ? _struct_ref_seq.db_align_end 26 _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code ? _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg 1 _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 26 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 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N9 A A 15 ? ? 116.81 113.80 3.01 0.50 N 318 21 N7 A A 16 ? ? C8 A A 16 ? ? N9 A A 16 ? ? 116.85 113.80 3.05 0.50 N 319 21 N7 A G 17 ? ? C8 A G 17 ? ? N9 A G 17 ? ? 116.91 113.10 3.81 0.50 N 320 21 N7 A G 19 ? ? C8 A G 19 ? ? N9 A G 19 ? ? 116.93 113.10 3.83 0.50 N 321 21 N7 A A 20 ? ? C8 A A 20 ? ? N9 A A 20 ? ? 116.80 113.80 3.00 0.50 N 322 21 N7 A G 22 ? ? C8 A G 22 ? ? N9 A G 22 ? ? 117.01 113.10 3.91 0.50 N 323 21 N7 A G 23 ? ? C8 A G 23 ? ? N9 A G 23 ? ? 116.93 113.10 3.83 0.50 N # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 2L5Z 'double helix' 2L5Z 'a-form double helix' 2L5Z tetraloop 2L5Z 'mismatched base pair' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A G 1 1_555 A C 26 1_555 -0.782 -0.190 0.110 32.110 -8.959 1.372 1 A_G1:C26_A A 1 ? A 26 ? 19 1 1 A A 2 1_555 A U 25 1_555 -0.311 -0.236 -0.707 -0.264 -1.637 -0.365 2 A_A2:U25_A A 2 ? A 25 ? 20 1 1 A G 3 1_555 A C 24 1_555 -0.611 -0.231 -0.426 1.410 -8.329 -1.004 3 A_G3:C24_A A 3 ? A 24 ? 19 1 1 A C 4 1_555 A G 23 1_555 0.655 -0.309 -0.603 -13.168 3.260 -2.122 4 A_C4:G23_A A 4 ? A 23 ? 19 1 1 A U 5 1_555 A G 22 1_555 2.145 -0.499 0.625 -13.053 -26.938 -5.407 5 A_U5:G22_A A 5 ? A 22 ? 28 1 1 A G 6 1_555 A C 21 1_555 -0.659 -0.134 0.360 21.967 1.830 -1.679 6 A_G6:C21_A A 6 ? A 21 ? 19 1 1 A G 9 1_555 A A 20 1_555 -0.443 1.119 -1.269 23.372 6.279 -16.426 7 A_G9:A20_A A 9 ? A 20 ? 8 1 1 A C 10 1_555 A G 19 1_555 0.448 -0.172 0.341 -4.491 -7.798 -3.083 8 A_C10:G19_A A 10 ? A 19 ? 19 1 1 A A 11 1_555 A U 18 1_555 0.117 -0.089 0.477 8.168 -1.744 -2.513 9 A_A11:U18_A A 11 ? A 18 ? 20 1 1 A C 12 1_555 A G 17 1_555 0.636 -0.232 0.503 -1.754 7.752 -1.341 10 A_C12:G17_A A 12 ? A 17 ? 19 1 1 A G 13 1_555 A A 16 1_555 5.680 -3.508 1.625 23.721 14.540 19.557 11 A_G13:A16_A A 13 ? A 16 ? 11 9 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 A G 1 1_555 A C 26 1_555 A A 2 1_555 A U 25 1_555 -1.273 -1.585 4.484 1.898 34.136 34.213 -5.188 1.744 2.101 46.203 -2.570 48.003 1 AA_G1A2:U25C26_AA A 1 ? A 26 ? A 2 ? A 25 ? 1 A A 2 1_555 A U 25 1_555 A G 3 1_555 A C 24 1_555 0.097 -0.988 4.353 -0.795 -8.404 28.196 0.531 -0.426 4.451 -16.780 1.587 29.408 2 AA_A2G3:C24U25_AA A 2 ? A 25 ? A 3 ? A 24 ? 1 A G 3 1_555 A C 24 1_555 A C 4 1_555 A G 23 1_555 0.618 -1.290 4.280 -1.910 22.306 31.460 -5.277 -1.222 2.765 35.996 3.082 38.448 3 AA_G3C4:G23C24_AA A 3 ? A 24 ? A 4 ? A 23 ? 1 A C 4 1_555 A G 23 1_555 A U 5 1_555 A G 22 1_555 -0.327 -0.872 3.673 0.743 10.505 40.477 -2.427 0.544 3.349 14.881 -1.053 41.769 4 AA_C4U5:G22G23_AA A 4 ? A 23 ? A 5 ? A 22 ? 1 A U 5 1_555 A G 22 1_555 A G 6 1_555 A C 21 1_555 1.458 -1.066 2.029 6.025 -2.406 21.731 -2.104 -2.184 2.441 -6.205 -15.541 22.667 5 AA_U5G6:C21G22_AA A 5 ? A 22 ? A 6 ? A 21 ? 1 A G 6 1_555 A C 21 1_555 A G 9 1_555 A A 20 1_555 -1.271 -0.780 3.942 10.498 51.641 10.393 -4.175 2.081 -0.205 78.041 -15.864 53.641 6 AA_G6G9:A20C21_AA A 6 ? A 21 ? A 9 ? A 20 ? 1 A G 9 1_555 A A 20 1_555 A C 10 1_555 A G 19 1_555 0.559 -1.162 5.709 -8.573 -5.775 30.471 -0.280 -3.710 5.478 -10.612 15.752 32.138 7 AA_G9C10:G19A20_AA A 9 ? A 20 ? A 10 ? A 19 ? 1 A C 10 1_555 A G 19 1_555 A A 11 1_555 A U 18 1_555 -0.550 -1.269 3.402 0.445 8.526 32.085 -3.642 1.038 2.968 15.095 -0.788 33.172 8 AA_C10A11:U18G19_AA A 10 ? A 19 ? A 11 ? A 18 ? 1 A A 11 1_555 A U 18 1_555 A C 12 1_555 A G 17 1_555 0.362 -1.083 4.615 -1.338 14.076 24.137 -6.689 -1.172 3.445 30.536 2.902 27.921 9 AA_A11C12:G17U18_AA A 11 ? A 18 ? A 12 ? A 17 ? 1 A C 12 1_555 A G 17 1_555 A G 13 1_555 A A 16 1_555 -0.371 -0.879 2.119 -5.667 16.252 28.535 -3.151 0.087 1.467 29.794 10.389 33.231 10 AA_C12G13:A16G17_AA A 12 ? A 17 ? A 13 ? A 16 ? #