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B SER 200 CB 1299 1 Y 1 B SER 200 ? OG ? B SER 200 OG 1300 1 Y 1 B ALA 201 ? N ? B ALA 201 N 1301 1 Y 1 B ALA 201 ? C ? B ALA 201 C 1302 1 Y 1 B ALA 201 ? O ? B ALA 201 O 1303 1 Y 1 B ALA 201 ? CB ? B ALA 201 CB 1304 1 Y 1 B ALA 202 ? N ? B ALA 202 N 1305 1 Y 1 B ALA 202 ? C ? B ALA 202 C 1306 1 Y 1 B ALA 202 ? O ? B ALA 202 O 1307 1 Y 1 B ALA 202 ? CB ? B ALA 202 CB 1308 1 Y 1 B LYS 203 ? N ? B LYS 203 N 1309 1 Y 1 B LYS 203 ? C ? B LYS 203 C 1310 1 Y 1 B LYS 203 ? O ? B LYS 203 O 1311 1 Y 1 B LYS 203 ? CB ? B LYS 203 CB 1312 1 Y 1 B LYS 203 ? CG ? B LYS 203 CG 1313 1 Y 1 B LYS 203 ? CD ? B LYS 203 CD 1314 1 Y 1 B LYS 203 ? CE ? B LYS 203 CE 1315 1 Y 1 B LYS 203 ? NZ ? B LYS 203 NZ 1316 1 Y 1 B ALA 204 ? N ? B ALA 204 N 1317 1 Y 1 B ALA 204 ? C ? B ALA 204 C 1318 1 Y 1 B ALA 204 ? O ? B ALA 204 O 1319 1 Y 1 B ALA 204 ? CB ? B ALA 204 CB 1320 1 Y 1 B SER 205 ? N ? B SER 205 N 1321 1 Y 1 B SER 205 ? C ? B SER 205 C 1322 1 Y 1 B SER 205 ? O ? B SER 205 O 1323 1 Y 1 B SER 205 ? CB ? B SER 205 CB 1324 1 Y 1 B SER 205 ? OG ? B SER 205 OG # loop_ _software.name _software.classification _software.version _software.citation_id _software.pdbx_ordinal CNS refinement 1.1 ? 1 HKL-2000 'data reduction' . ? 2 SCALEPACK 'data scaling' . ? 3 # _cell.entry_id 2OGM _cell.length_a 170.396 _cell.length_b 405.835 _cell.length_c 703.800 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.length_a_esd ? _cell.length_b_esd ? _cell.length_c_esd ? _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma_esd ? # _symmetry.entry_id 2OGM _symmetry.space_group_name_H-M 'I 2 2 2' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 23 _symmetry.space_group_name_Hall ? # _exptl.entry_id 2OGM _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 6.36 _exptl_crystal.density_percent_sol 80.67 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 291 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 7.8 _exptl_crystal_grow.pdbx_details 'Ethanol, Dimethylhexanediol, MgCl2, HEPES, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # loop_ _exptl_crystal_grow_comp.crystal_id _exptl_crystal_grow_comp.id _exptl_crystal_grow_comp.sol_id _exptl_crystal_grow_comp.name _exptl_crystal_grow_comp.volume _exptl_crystal_grow_comp.conc _exptl_crystal_grow_comp.details 1 1 1 Ethanol ? ? ? 1 2 1 Dimethylhexanediol ? ? ? 1 3 1 MgCl2 ? ? ? 1 4 1 HEPES ? ? ? 1 5 1 NH4Cl ? ? ? 1 6 1 H2O ? ? ? 1 7 2 Ethanol ? ? ? 1 8 2 Dimethylhexanediol ? ? ? 1 9 2 MgCl2 ? ? ? 1 10 2 HEPES ? ? ? 1 11 2 NH4Cl ? ? ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC QUANTUM 315' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2006-03-08 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'Si 111' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.033201 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'APS BEAMLINE 19-ID' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site APS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline 19-ID _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1.033201 # _reflns.entry_id 2OGM _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.observed_criterion_sigma_I ? _reflns.d_resolution_high 3.50 _reflns.d_resolution_low 30.0 _reflns.number_all ? _reflns.number_obs 284085 _reflns.percent_possible_obs 92.7 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.184 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 6.3 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 4.9 _reflns.R_free_details ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 # _reflns_shell.d_res_high 3.50 _reflns_shell.d_res_low 3.62 _reflns_shell.percent_possible_all 84.9 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.797 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 1.5 _reflns_shell.pdbx_redundancy 4.1 _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_diffrn_id ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 # _refine.entry_id 2OGM _refine.ls_number_reflns_obs 282308 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF 12989880.15 _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF 0.000000 _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 29.93 _refine.ls_d_res_high 3.50 _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.275 _refine.ls_R_factor_R_free 0.334 _refine.ls_R_factor_R_free_error 0.004 _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.0 _refine.ls_number_reflns_R_free 14021 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] 18.683 _refine.aniso_B[2][2] -51.510 _refine.aniso_B[3][3] 32.827 _refine.aniso_B[1][2] 0.00 _refine.aniso_B[1][3] 0.00 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details 'the protein of this entry contains CA only' _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'FOURIER SYNTHESIS' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 215 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 59359 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 36 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 59610 _refine_hist.d_res_high 3.50 _refine_hist.d_res_low 29.93 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_bond_d 0.008 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_bond_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_bond_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg 1.4 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _database_PDB_matrix.entry_id 2OGM _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 2OGM _struct.title ;The crystal structure of the large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans complexed with the pleuromutilin derivative SB-571519 ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2OGM _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME _struct_keywords.text 'SB-571519, pleuromutilin, PTC, peptidyl transferase center, ribosome, antibiotic' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP RL3_DEIRA Q9RXK2 2 ;MKGILGTKIGMTQIWKNDRAIPVTVVLAGPCPIVQRKTAQTDGYEAVQIGYAPKAERKVNKPMQGHFAKAGVAPTRILRE FRGFAPDGDSVNVDIFAEGEKIDATGTSKGKGTQGVMKRWNFAGGPASHGSKKWHRRPGSIGQRKTPGRVYKGKRMAGHM GMERVTVQNLEVVEIRAGENLILVKGAIPGANGGLVVLRSAAKASAAKGGK ; 1 ? 2 PDB 2OGM 2OGM 1 ? ? ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 2OGM B 1 ? 211 ? 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A C 146 O2 ? ? ? 1_555 A G 151 N2 ? ? 0 C 146 0 G 151 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog207 hydrog ? ? A G 147 N2 ? ? ? 1_555 A A 150 N7 ? ? 0 G 147 0 A 150 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? ? hydrog208 hydrog ? ? A G 147 N3 ? ? ? 1_555 A A 150 N6 ? ? 0 G 147 0 A 150 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? ? hydrog209 hydrog ? ? A G 157 N1 ? ? ? 1_555 A G 191 O6 ? ? 0 G 157 0 G 191 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-G MISPAIR' ? ? ? hydrog210 hydrog ? ? A A 158 N6 ? ? ? 1_555 A G 192 O6 ? ? 0 A 158 0 G 192 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-G MISPAIR' ? ? ? hydrog211 hydrog ? ? A A 159 N1 ? ? ? 1_555 A G 192 N1 ? ? 0 A 159 0 G 192 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-G MISPAIR' ? ? ? hydrog212 hydrog ? ? A C 160 N3 ? ? ? 1_555 A G 191 N1 ? ? 0 C 160 0 G 191 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog213 hydrog ? ? A C 160 N4 ? ? ? 1_555 A G 191 O6 ? ? 0 C 160 0 G 191 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog214 hydrog ? ? A C 160 O2 ? ? ? 1_555 A G 191 N2 ? ? 0 C 160 0 G 191 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog215 hydrog ? ? A U 161 N3 ? ? ? 1_555 A A 189 N1 ? ? 0 U 161 0 A 189 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog216 hydrog ? ? A U 161 O4 ? ? ? 1_555 A A 189 N6 ? ? 0 U 161 0 A 189 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog217 hydrog ? ? A C 162 N3 ? ? ? 1_555 A G 188 N1 ? ? 0 C 162 0 G 188 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog218 hydrog ? ? A C 162 N4 ? ? ? 1_555 A G 188 O6 ? ? 0 C 162 0 G 188 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog219 hydrog ? ? A C 162 O2 ? ? ? 1_555 A G 188 N2 ? ? 0 C 162 0 G 188 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog220 hydrog ? ? A A 163 N1 ? ? ? 1_555 A U 187 N3 ? ? 0 A 163 0 U 187 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog221 hydrog ? ? A A 163 N6 ? ? ? 1_555 A U 187 O4 ? ? 0 A 163 0 U 187 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog222 hydrog ? ? A G 164 N1 ? ? ? 1_555 A C 186 N3 ? ? 0 G 164 0 C 186 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog223 hydrog ? ? 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U "C1'" N1 sing N N 566 U "C1'" "H1'" sing N N 567 U N1 C2 sing N N 568 U N1 C6 sing N N 569 U C2 O2 doub N N 570 U C2 N3 sing N N 571 U N3 C4 sing N N 572 U N3 H3 sing N N 573 U C4 O4 doub N N 574 U C4 C5 sing N N 575 U C5 C6 doub N N 576 U C5 H5 sing N N 577 U C6 H6 sing N N 578 VAL N CA sing N N 579 VAL N H sing N N 580 VAL N H2 sing N N 581 VAL CA C sing N N 582 VAL CA CB sing N N 583 VAL CA HA sing N N 584 VAL C O doub N N 585 VAL C OXT sing N N 586 VAL CB CG1 sing N N 587 VAL CB CG2 sing N N 588 VAL CB HB sing N N 589 VAL CG1 HG11 sing N N 590 VAL CG1 HG12 sing N N 591 VAL CG1 HG13 sing N N 592 VAL CG2 HG21 sing N N 593 VAL CG2 HG22 sing N N 594 VAL CG2 HG23 sing N N 595 VAL OXT HXT sing N N 596 # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 2OGM 'double helix' 2OGM 'a-form double helix' 2OGM 'parallel strands' 2OGM 'hairpin loop' 2OGM tetraloop 2OGM 'bulge loop' 2OGM 'mismatched base pair' 2OGM 'internal loop' 2OGM 'triple helix' 2OGM 'quadruple helix' 2OGM 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