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B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 PDB 2OM7 2OM7 1 CUCCUACGGGAG 1 ? 2 PDB 2OM7 2OM7 2 UUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAG 1 ? 3 GB EF095713 118505352 3 ;GCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACU GGGGCGAAGUCGUAAC ; 1260 ? 4 GB X07998 48256 4 ;GACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGGGGUUUUACUCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCC GGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUCGGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUG CCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAUCAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCU GAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUGAGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUU ; 52 ? 5 PDB 2OM7 2OM7 5 CUCUUCCUAGUACGAGAGGACCGGAAGGG 1 ? 6 GB AY379549 37223182 6 GUGCCGGAAGGUCAAGGGGAGGGGUGCAAGCCCCGAACCGAAGCCCCGGUGAAC 1891 ? 7 PDB 2OM7 2OM7 7 GCUGAUCUCCCCCGAGCGUCCACAGCGGCGGGGAGGUUUGGC 1 ? 8 GB AY379549 37223182 8 GCCAGGAGGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCCUUUAAAGAGUGCGUAAUAGCUCACUGGU 1118 ? 9 GB AY379549 37223182 9 ;GCUCUUGGUCGCGCCUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGUGAACCCCCGCCUCCGGGUGGGGGGGAGGCGCCGGUGAAAUA CCACCCUGGCGCGGCUGGGGGC ; 2136 ? 10 PDB 2OM7 2OM7 10 ;UCCGUGA(4SU)AACAAAGCGG(H2U)(H2U)AUGUACCGGAUUUUUAUUCCGGCUAU(5MC)GGGG(5MU)(PSU)CAA UUCCCCGUCGCGGAGCCA ; 1 ? 11 UNP RS12_THETH P17293 11 ;MPTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEHSVV LIRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAAKTAAKK ; 1 ? 12 UNP RL1_THET8 Q5SLP7 12 ;MPKHGKRYRALLEKVDPNKVYTIDEAARLVKELATAKFDETVEVHAKLGIDPRRSDQNVRGTVSLPHGLGKQVRVLAIAK GEKIKEAEEAGADYVGGEEIIQKILDGWMDFDAVVATPDVMGAVGSKLGRILGPRGLLPNPKAGTVGFNIGEIIREIKAG RIEFRNDKTGAIHAPVGKASFPPEKLADNIRAFIRALEAHKPEGAKGTFLRSVYVTTTMGPSVRINPHS ; 1 ? 13 UNP EFG_THETH P13551 13 ;MAVKVEYDLKRLRNIGIAAHIDAGKTTTTERILYYTGRIHKIGEVHEGAATMDFMEQERERGITITAAVTTCFWKDHRIN IIDTPGHVDFTIEVERSMRVLDGAIVVFDSSQGVEPQSETVWRQAEKYKVPRIAFANKMDKTGADLWLVIRTMQERLGAR PVVMQLPIGREDTFSGIIDVLRMKAYTYGNDLGTDIREIPIPEEYLDQAREYHEKLVEVAADFDENIMLKYLEGEEPTEE ELVAAIRKGTIDLKITPVFLGSALKNKGVQLLLDAVVDYLPSPLDIPPIKGTTPEGEVVEIHPDPNGPLAALAFKIMADP YVGRLTFIRVYSGTLTSGSYVYNTTKGRKERVARLLRMHANHREEVEELKAGDLGAVVGLKETITGDTLVGEDAPRVILE SIEVPEPVIDVAIEPKTKADQEKLSQALARLAEEDPTFRVSTHPETGQTIISGMGELHLEIIVDRLKREFKVDANVGKPQ VAYRETITKPVDVEGKFIRQTGGRGQYGHVKIKVEPLPRGSGFEFVNAIVGGVIPKEYIPAVQKGIEEAMQSGPLIGFPV VDIKVTLYDGSYHEVDSSEMAFKIAGSMAIKEAVQKGDPVILEPIMRVEVTTPEEYMGDVIGDLNARRGQILGMEPRGNA QVIRAFVPLAEMFGYATDLRSKTQGRGSFVMFFDHYQEVPKQVQEKLIKGQ ; 1 ? 14 UNP RS2_THET8 P80371 14 ;MPVEITVKELLEAGVHFGHERKRWNPKFARYIYAERNGIHIIDLQKTMEELERTFRFIEDLAMRGGTILFVGTKKQAQDI VRMEAERAGMPYVNQRWLGGMLTNFKTISQRVHRLEELEALFASPEIEERPKKEQVRLKHELERLQKYLSGFRLLKRLPD AIFVVDPTKEAIAVREARKLFIPVIALADTDSDPDLVDYIIPGNDDAIRSIQLILSRAVDLIIQARGGVVEPSPSYALVQ EAEATETPEGESEVEA ; 1 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 2OM7 A 1 ? 12 ? 2OM7 339 ? 350 ? 339 350 2 2 2OM7 B 1 ? 28 ? 2OM7 367 ? 394 ? 367 394 3 3 2OM7 C 1 ? 96 ? 118505352 1260 ? 1355 ? 1401 1501 4 4 2OM7 D 1 ? 303 ? 48256 52 ? 354 ? 52 359 5 5 2OM7 F 1 ? 29 ? 2OM7 2646 ? 2674 ? 2646 2674 6 6 2OM7 G 1 ? 54 ? 37223182 1891 ? 1944 ? 1840 1902 7 7 2OM7 H 1 ? 42 ? 2OM7 2455 ? 2496 ? 2455 2496 8 8 2OM7 I 1 ? 58 ? 37223182 1118 ? 1175 ? 1051 1108 9 9 2OM7 J 1 ? 102 ? 37223182 2136 ? 2237 ? 2094 2195 10 10 2OM7 M 1 ? 74 ? 2OM7 1 ? 76 ? 1 76 11 11 2OM7 E 1 ? 135 ? P17293 1 ? 132 ? 1 135 12 12 2OM7 K 1 ? 229 ? Q5SLP7 1 ? 229 ? 0 228 13 13 2OM7 L 1 ? 691 ? P13551 1 ? 691 ? 1 691 14 14 2OM7 N 1 ? 256 ? P80371 1 ? 256 ? 1 256 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 11 2OM7 VAL E 2 ? UNP P17293 ? ? insertion 2 1 11 2OM7 ALA E 3 ? UNP P17293 ? ? insertion 3 2 11 2OM7 LEU E 4 ? UNP P17293 ? ? insertion 4 3 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetradecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 14 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ;A model for the entire complex can be generated by aligning the 50s subunit, 30s Head and 30s body from PDB IDs 2j00 and 2j01 to the corresponding elements in this model ; # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 THR K 6 ? LYS K 13 ? THR E 6 LYS E 13 1 ? 8 HELX_P HELX_P2 2 ILE L 23 ? ALA L 27 ? ILE K 22 ALA K 26 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 3 ASP M 8 ? LYS M 10 ? ASP L 8 LYS L 10 5 ? 3 HELX_P HELX_P4 4 GLY M 24 ? GLY M 37 ? GLY L 24 GLY L 37 1 ? 14 HELX_P HELX_P5 5 PHE M 90 ? LEU M 101 ? PHE L 90 LEU L 101 1 ? 12 HELX_P HELX_P6 6 GLU M 115 ? TYR M 128 ? GLU L 115 TYR L 128 1 ? 14 HELX_P HELX_P7 7 ASP M 145 ? GLY M 158 ? ASP L 145 GLY L 158 1 ? 14 HELX_P HELX_P8 8 PRO M 202 ? ASP M 222 ? PRO L 202 ASP L 222 1 ? 21 HELX_P HELX_P9 9 ASP M 224 ? GLY M 234 ? ASP L 224 GLY L 234 1 ? 11 HELX_P HELX_P10 10 THR M 238 ? ASP M 252 ? THR L 238 ASP L 252 1 ? 15 HELX_P HELX_P11 11 GLY M 268 ? LEU M 280 ? GLY L 268 LEU L 280 1 ? 13 HELX_P HELX_P12 12 LYS M 418 ? ASP M 435 ? LYS L 418 ASP L 435 1 ? 18 HELX_P HELX_P13 13 GLY M 455 ? ARG M 468 ? GLY L 455 ARG L 468 1 ? 14 HELX_P HELX_P14 14 PRO M 535 ? GLU M 537 ? PRO L 535 GLU L 537 5 ? 3 HELX_P HELX_P15 15 TYR M 538 ? MET M 550 ? TYR L 538 MET L 550 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 16 SER M 578 ? GLY M 597 ? SER L 578 GLY L 597 1 ? 20 HELX_P HELX_P17 17 MET M 617 ? ARG M 627 ? MET L 617 ARG L 627 1 ? 11 HELX_P HELX_P18 18 ALA M 650 ? MET M 652 ? ALA L 650 MET L 652 5 ? 3 HELX_P HELX_P19 19 TYR M 655 ? THR M 663 ? TYR L 655 THR L 663 1 ? 9 HELX_P HELX_P20 20 PRO M 680 ? ILE M 688 ? PRO L 680 ILE L 688 1 ? 9 HELX_P HELX_P21 21 VAL N 7 ? HIS N 16 ? VAL N 7 HIS N 16 1 ? 10 HELX_P HELX_P22 22 ASN N 25 ? TYR N 31 ? ASN N 25 TYR N 31 5 ? 7 HELX_P HELX_P23 23 ASP N 43 ? MET N 63 ? ASP N 43 MET N 63 1 ? 21 HELX_P HELX_P24 24 LYS N 74 ? GLN N 76 ? LYS N 74 GLN N 76 5 ? 3 HELX_P HELX_P25 25 ALA N 77 ? ARG N 87 ? ALA N 77 ARG N 87 1 ? 11 HELX_P HELX_P26 26 MET N 101 ? THR N 103 ? MET N 101 THR N 103 5 ? 3 HELX_P HELX_P27 27 ASN N 104 ? ALA N 123 ? ASN N 104 ALA N 123 1 ? 20 HELX_P HELX_P28 28 SER N 124 ? GLU N 129 ? SER N 124 GLU N 129 5 ? 6 HELX_P HELX_P29 29 PRO N 131 ? SER N 150 ? PRO N 131 SER N 150 1 ? 20 HELX_P HELX_P30 30 PRO N 167 ? LYS N 169 ? PRO N 167 LYS N 169 5 ? 3 HELX_P HELX_P31 31 GLU N 170 ? LEU N 180 ? GLU N 170 LEU N 180 1 ? 11 HELX_P HELX_P32 32 ALA N 207 ? ALA N 225 ? ALA N 207 ALA N 225 1 ? 19 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? J A 7 "O3'" ? ? ? 1_555 J 4SU 8 P ? ? M A 7 M 4SU 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.930 ? ? covale2 covale both ? J 4SU 8 "O3'" ? ? ? 1_555 J A 9 P ? ? M 4SU 8 M A 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.495 ? ? covale3 covale both ? J G 18 "O3'" ? ? ? 1_555 J H2U 19 P ? ? M G 19 M H2U 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.630 ? ? covale4 covale both ? J H2U 19 "O3'" ? ? ? 1_555 J H2U 20 P ? ? M H2U 20 M H2U 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.594 ? ? covale5 covale both ? J H2U 20 "O3'" ? ? ? 1_555 J A 21 P ? ? M H2U 21 M A 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale6 covale both ? J U 46 "O3'" ? ? ? 1_555 J 5MC 47 P ? ? M U 48 M 5MC 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? ? covale7 covale both ? J 5MC 47 "O3'" ? ? ? 1_555 J G 48 P ? ? M 5MC 49 M G 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.597 ? ? covale8 covale both ? J G 51 "O3'" ? ? ? 1_555 J 5MU 52 P ? ? M G 53 M 5MU 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.618 ? ? covale9 covale both ? J 5MU 52 "O3'" ? ? ? 1_555 J PSU 53 P ? ? M 5MU 54 M PSU 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.611 ? ? covale10 covale both ? J PSU 53 "O3'" ? ? ? 1_555 J C 54 P ? ? M PSU 55 M C 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.689 ? ? hydrog1 hydrog ? ? A C 1 O2 ? ? ? 1_555 A G 12 N2 ? ? A C 339 A G 350 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-G PAIR' ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? A U 2 N3 ? ? ? 1_555 A A 11 N1 ? ? A U 340 A A 349 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-A PAIR' ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? A C 3 N3 ? ? ? 1_555 A G 10 N1 ? ? A C 341 A G 348 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? A C 3 N4 ? ? ? 1_555 A G 10 O6 ? ? A C 341 A G 348 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? A C 3 O2 ? ? ? 1_555 A G 10 N2 ? ? A C 341 A G 348 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? A C 4 N3 ? ? ? 1_555 A G 9 N1 ? ? A C 342 A G 347 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? A C 4 N4 ? ? ? 1_555 A G 9 O6 ? ? A C 342 A G 347 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? A C 4 O2 ? ? ? 1_555 A G 9 N2 ? ? A C 342 A G 347 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? A C 4 O2 ? ? ? 1_555 A G 10 N2 ? ? A C 342 A G 348 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-G PAIR' ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? A U 5 O2 ? ? ? 1_555 A G 8 N1 ? ? A U 343 A G 346 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-G MISPAIR' ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? A U 5 N3 ? ? ? 1_555 A G 9 O6 ? ? A U 343 A G 347 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? A U 5 O2 ? ? ? 1_555 A G 9 N1 ? ? A U 343 A G 347 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? B U 1 N3 ? ? ? 1_555 B A 27 N1 ? ? B U 367 B A 393 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-A PAIR' ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? B U 2 N3 ? ? ? 1_555 D A 4 N1 ? ? B U 368 D A 55 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? B U 2 O2 ? ? ? 1_555 D A 4 N6 ? ? B U 368 D A 55 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? B U 2 N3 ? ? ? 1_555 D U 5 O2 ? ? B U 368 D U 56 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-U MISPAIR' ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? B C 3 N3 ? ? ? 1_555 B G 26 N1 ? ? B C 369 B G 392 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? B C 3 N4 ? ? ? 1_555 B G 26 O6 ? ? 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F A 2662 ? 'WRONG HAND' . 2 1 "C3'" ? J G 2191 ? 'WRONG HAND' . # loop_ _pdbx_validate_planes.id _pdbx_validate_planes.PDB_model_num _pdbx_validate_planes.auth_comp_id _pdbx_validate_planes.auth_asym_id _pdbx_validate_planes.auth_seq_id _pdbx_validate_planes.PDB_ins_code _pdbx_validate_planes.label_alt_id _pdbx_validate_planes.rmsd _pdbx_validate_planes.type 1 1 G B 371 ? ? 0.056 'SIDE CHAIN' 2 1 C C 1407 ? ? 0.064 'SIDE CHAIN' 3 1 G C 1417 ? ? 0.053 'SIDE CHAIN' 4 1 A C 1418 ? ? 0.064 'SIDE CHAIN' 5 1 A C 1434 ? ? 0.057 'SIDE CHAIN' 6 1 C C 1463 ? ? 0.060 'SIDE CHAIN' 7 1 G C 1474 ? ? 0.067 'SIDE CHAIN' 8 1 U C 1485 ? ? 0.084 'SIDE CHAIN' 9 1 C H 2464 ? ? 0.094 'SIDE CHAIN' 10 1 G I 1059 ? ? 0.057 'SIDE CHAIN' 11 1 G I 1091 ? ? 0.059 'SIDE CHAIN' 12 1 C I 1092 ? ? 0.064 'SIDE CHAIN' 13 1 G I 1093 ? ? 0.062 'SIDE CHAIN' 14 1 U I 1101 ? ? 0.063 'SIDE CHAIN' # loop_ _pdbx_validate_polymer_linkage.id _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_model_num _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.dist 1 1 "O3'" M A 7 ? ? P M 4SU 8 ? ? 1.93 2 1 "O3'" M G 15 ? ? P M C 16 ? ? 1.89 3 1 "O3'" M G 24 ? ? P M U 25 ? ? 1.84 4 1 "O3'" M U 25 ? ? P M A 26 ? ? 1.81 5 1 "O3'" M A 26 ? ? P M C 27 ? ? 1.33 6 1 "O3'" M U 33 ? ? P M U 34 ? ? 1.98 7 1 "O3'" M A 37 ? ? P M U 38 ? ? 2.27 8 1 "O3'" M A 46 ? ? P M U 48 ? ? 1.77 9 1 "O3'" M U 48 ? ? P M 5MC 49 ? ? 1.99 10 1 "O3'" M C 56 ? ? P M A 57 ? ? 1.82 11 1 C L GLU 400 ? ? N L SER 401 ? ? 15.51 12 1 C L GLU 485 ? ? N L THR 486 ? ? 15.61 13 1 C L ASP 598 ? ? N L PRO 599 ? ? 2.97 # loop_ _pdbx_struct_mod_residue.id _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id _pdbx_struct_mod_residue.PDB_ins_code _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id _pdbx_struct_mod_residue.details 1 J 4SU 8 M 4SU 8 ? U "4-THIOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" 2 J H2U 19 M H2U 20 ? U "5,6-DIHYDROURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" 3 J H2U 20 M H2U 21 ? U "5,6-DIHYDROURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" 4 J 5MC 47 M 5MC 49 ? C "5-METHYLCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" 5 J 5MU 52 M 5MU 54 ? U ;5-METHYLURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE ; 6 J PSU 53 M PSU 55 ? U "PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 2OM7 _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details 'METHOD--Rigid Body' _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 2J00 ? ? 1 ? ? ? PDB 'experimental model' 2J00 1 2 1GIX ? ? 2 ? ? ? PDB 'experimental model' 1GIX 1 3 2J01 ? ? 3 ? ? ? PDB 'experimental model' 2J01 1 4 1FNM ? ? 4 ? ? ? PDB 'experimental model' 1FNM 1 5 1YL3 ? ? 5 ? ? ? PDB 'experimental model' 1YL3 # _em_3d_reconstruction.entry_id 2OM7 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.num_particles 77038 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.resolution 7.3 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details ;The geometry of linkages between some residues in chains J, M and L are distorted. They were not resolved based on the data used for solving this structure. ; _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '0.3 mM GMPPNP, 10 mM Hepes-KOH (pH 7.8), 10 mM Mg acetate, 60 mM NH4Cl, and 6 mM B-mercaptoethanol' _em_buffer.pH 7.8 _em_buffer.details '0.3 mM GMPPNP, 10 mM Hepes-KOH (pH 7.8), 10 mM Mg acetate, 60 mM NH4Cl, and 6 mM B-mercaptoethanol' # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 'complex of Thermus thermophilus 70S ribosomes and EF-G-GMPPNP' RIBOSOME 0 ? ? ? 2 '30S ribosomal protein S12' ? 1 ? ? ? 3 '50S ribosomal protein L1' ? 1 ? ? ? 4 'Elongation factor G' ? 1 ? ? ? 5 '30S ribosomal protein S2' ? 1 ? ? ? # _em_imaging.entry_id 2OM7 _em_imaging.id 1 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TECNAI F30' _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 4000 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 39000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type Eucentric _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? # _em_vitrification.entry_id 2OM7 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK I' _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.details ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.method ? _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 2OM7 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 2OM7 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 B C 372 ? B C 6 2 1 Y 1 B A 373 ? B A 7 3 1 Y 1 B A 374 ? B A 8 4 1 Y 1 B U 375 ? B U 9 5 1 Y 1 B G 376 ? B G 10 6 1 Y 1 B G 377 ? B G 11 7 1 Y 1 B G 378 ? B G 12 8 1 Y 1 B C 379 ? B C 13 9 1 Y 1 B G 380 ? B G 14 10 1 Y 1 B C 381 ? B C 15 11 1 Y 1 B A 382 ? B A 16 12 1 Y 1 B A 383 ? B A 17 13 1 Y 1 B G 384 ? B G 18 14 1 Y 1 B C 385 ? B C 19 15 1 Y 1 B C 386 ? B C 20 16 1 Y 1 B U 387 ? B U 21 17 1 Y 1 B G 388 ? B G 22 18 1 Y 1 B A 389 ? B A 23 19 1 Y 1 D A 64 ? D A 8 20 1 Y 1 D A 65 ? D A 9 21 1 Y 1 D G 66 ? D G 10 22 1 Y 1 D U 67 ? D U 11 23 1 Y 1 D C 68 ? D C 12 24 1 Y 1 D G 69 ? D G 13 25 1 Y 1 D U 70 ? D U 14 26 1 Y 1 D G 71 ? D G 15 27 1 Y 1 D C 72 ? D C 16 28 1 Y 1 D G 73 ? D G 17 29 1 Y 1 D G 74 ? D G 18 30 1 Y 1 D G 75 ? D G 19 31 1 Y 1 D C 76 ? D C 20 32 1 Y 1 D C 77 ? D C 21 33 1 Y 1 D G 78 ? D G 22 34 1 Y 1 D C 79 ? D C 23 35 1 Y 1 D G 80 ? D G 24 36 1 Y 1 D G 81 ? D G 25 37 1 Y 1 D G 82 ? D G 26 38 1 Y 1 D G 83 ? D G 27 39 1 Y 1 D U 84 ? D U 28 40 1 Y 1 D U 85 ? D U 29 41 1 Y 1 D U 86 ? D U 30 42 1 Y 1 D U 87 ? D U 31 43 1 Y 1 D A 88 ? D A 32 44 1 Y 1 D C 89 ? D C 33 45 1 Y 1 D U 90 ? D U 34 46 1 Y 1 D C 91 ? D C 35 47 1 Y 1 D C 92 ? D C 36 48 1 Y 1 D G 93 ? D G 37 49 1 Y 1 D U 94 ? D U 38 50 1 Y 1 D G 95 ? D G 39 51 1 Y 1 D G 96 ? D G 40 52 1 Y 1 D U 97 ? D U 41 53 1 Y 1 D C 98 ? D C 42 54 1 Y 1 D A 99 ? D A 43 55 1 Y 1 D G 100 ? D G 44 56 1 Y 1 D C 101 ? D C 45 57 1 Y 1 D G 102 ? D G 46 58 1 Y 1 D G 103 ? D G 47 59 1 Y 1 D C 104 ? D C 48 60 1 Y 1 D G 105 ? D G 49 61 1 Y 1 D G 106 ? D G 50 62 1 Y 1 D A 107 ? D A 51 63 1 Y 1 D C 108 ? D C 52 64 1 Y 1 D G 109 ? D G 53 65 1 Y 1 D G 110 ? D G 54 66 1 Y 1 D G 111 ? D G 55 67 1 Y 1 D U 112 ? D U 56 68 1 Y 1 D G 113 ? D G 57 69 1 Y 1 D A 114 ? D A 58 70 1 Y 1 D G 115 ? D G 59 71 1 Y 1 D U 116 ? D U 60 72 1 Y 1 D A 117 ? D A 61 73 1 Y 1 D A 118 ? D A 62 74 1 Y 1 D C 119 ? D C 63 75 1 Y 1 D G 120 ? D G 64 76 1 Y 1 D C 121 ? D C 65 77 1 Y 1 D G 122 ? D G 66 78 1 Y 1 D U 123 ? D U 67 79 1 Y 1 D G 124 ? D G 68 80 1 Y 1 D G 125 ? D G 69 81 1 Y 1 D G 126 ? D G 70 82 1 Y 1 D U 127 ? D U 71 83 1 Y 1 D G 128 ? D G 72 84 1 Y 1 D A 129 ? D A 73 85 1 Y 1 D C 130 ? D C 74 86 1 Y 1 D C 131 ? D C 75 87 1 Y 1 D U 132 ? D U 76 88 1 Y 1 D A 133 ? D A 77 89 1 Y 1 D C 134 ? D C 78 90 1 Y 1 D C 135 ? D C 79 91 1 Y 1 D C 136 ? D C 80 92 1 Y 1 D G 137 ? D G 81 93 1 Y 1 D G 138 ? D G 82 94 1 Y 1 D A 139 ? D A 83 95 1 Y 1 D A 140 ? D A 84 96 1 Y 1 D G 141 ? D G 85 97 1 Y 1 D A 142 ? D A 86 98 1 Y 1 D G 143 ? D G 87 99 1 Y 1 D G 144 ? D G 88 100 1 Y 1 D G 145 ? D G 89 101 1 Y 1 D G 146 ? D G 90 102 1 Y 1 D G 147 ? D G 91 103 1 Y 1 D A 148 ? D A 92 104 1 Y 1 D C 149 ? D C 93 105 1 Y 1 D A 150 ? D A 94 106 1 Y 1 D A 151 ? D A 95 107 1 Y 1 D C 152 ? D C 96 108 1 Y 1 D C 153 ? D C 97 109 1 Y 1 D C 154 ? D C 98 110 1 Y 1 D G 155 ? D G 99 111 1 Y 1 D G 156 ? D G 100 112 1 Y 1 D G 157 ? D G 101 113 1 Y 1 D G 158 ? D G 102 114 1 Y 1 D A 159 ? D A 103 115 1 Y 1 D A 160 ? D A 104 116 1 Y 1 D A 161 ? D A 105 117 1 Y 1 D C 162 ? D C 106 118 1 Y 1 D U 163 ? D U 107 119 1 Y 1 D C 164 ? D C 108 120 1 Y 1 D G 165 ? D G 109 121 1 Y 1 D G 166 ? D G 110 122 1 Y 1 D G 167 ? D G 111 123 1 Y 1 D C 168 ? D C 112 124 1 Y 1 D U 169 ? D U 113 125 1 Y 1 D A 170 ? D A 114 126 1 Y 1 D A 171 ? D A 115 127 1 Y 1 D U 172 ? D U 116 128 1 Y 1 D C 173 ? D C 117 129 1 Y 1 D C 174 ? D C 118 130 1 Y 1 D C 175 ? D C 119 131 1 Y 1 D C 176 ? D C 120 132 1 Y 1 D C 177 ? D C 121 133 1 Y 1 D A 178 ? D A 122 134 1 Y 1 D U 179 ? D U 123 135 1 Y 1 D G 180 ? D G 124 136 1 Y 1 D U 181 ? D U 125 137 1 Y 1 D G 182 ? D G 126 138 1 Y 1 D G 183 ? D G 127 139 1 Y 1 D A 184 ? D A 128 140 1 Y 1 D C 185 ? D C 129 141 1 Y 1 D C 186 ? D C 130 142 1 Y 1 D C 187 ? D C 131 143 1 Y 1 D G 188 ? D G 132 144 1 Y 1 D C 189 ? D C 133 145 1 Y 1 D C 190 ? D C 134 146 1 Y 1 D C 191 ? D C 135 147 1 Y 1 D C 192 ? D C 136 148 1 Y 1 D U 193 ? D U 137 149 1 Y 1 D U 194 ? D U 138 150 1 Y 1 D G 195 ? D G 139 151 1 Y 1 D G 196 ? 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