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FTEKLVRK ; ;MSTKNAKPKKEAQRRPSRKAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSAKEQRILAKTIKRARILGLLP FTEKLVRK ; s ? 22 'polypeptide(L)' no no ;MPRSLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTY RGHGKEAKATKKK ; ;MPRSLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTY RGHGKEAKATKKK ; t ? 23 'polypeptide(L)' no no ;MAQKKPKRNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAVQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARR KSRLMRKVRQLLEAAGAPLIGGGLSA ; ;MAQKKPKRNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAVQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARR KSRLMRKVRQLLEAAGAPLIGGGLSA ; u ? 24 'polypeptide(L)' no no MGKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRKKK MGKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRKKK v ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 U n 1 2 U n 1 3 U n 1 4 G n 1 5 U n 1 6 U n 1 7 G n 1 8 G n 1 9 A n 1 10 G n 1 11 A n 1 12 G n 1 13 U n 1 14 U n 1 15 U n 1 16 G n 1 17 A n 1 18 U n 1 19 C n 1 20 C n 1 21 U n 1 22 G n 1 23 G n 1 24 C n 1 25 U n 1 26 C n 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14 UNP RS15_THET2 P62657 18 ;MPITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRA LIEKLGIRG ; 1 ? 15 UNP RS16_THET2 P62238 19 ;MVKIRLARFGSKHNPHYRIVVTDARRKRDGKYIEKIGYYDPRKTTPDWLKVDVERARYWLSVGAQPTDTARRLLRQAGVF RQEAREGA ; 1 ? 16 UNP RS17_THET2 P62658 20 ;MPKKVLTGVVVSDKMQKTVTVLVERQFPHPLYGKVIKRSKKYLAHDPEEKYKLGDVVEIIESRPISKRKRFRVLRLVESG RMDLVEKYLIRRQNYQSLSKRGGKA ; 1 ? 17 UNP RS18_THET2 P62659 21 ;MSTKNAKPKKEAQRRPSRKAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSAKEQRILAKTIKRARILGLLP FTEKLVRK ; 1 ? 18 UNP RS19_THET2 P62660 22 ;MPRSLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTY RGHGKEAKATKKK ; 1 ? 19 UNP RS20_THET2 P62661 23 ;MAQKKPKRNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAVQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARR KSRLMRKVRQLLEAAGAPLIGGGLSA ; 1 ? 20 UNP RSHX_THET2 P62613 24 MGKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRKKK 1 ? 21 GB M26923 155076 1 ;UUUGUUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGGGGU UUUACUCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUC GGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAU CAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUG AGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCU UGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACCCGGGACGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACGGUACCGGGGUA AUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGG GCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGAC GGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCC ACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAA CGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAG GCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUU ACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUG GCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUC GGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCC UGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCC AGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUA CGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGG CGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU CU ; 646 ? 22 GB K01552 174422 2 GCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACCA 1 ? 23 PDB 2OW8 2OW8 3 ? ? ? 24 PDB 2OW8 2OW8 4 ? ? ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 2OW8 c 1 ? 256 ? P62662 1 ? 256 ? 1 256 2 2 2OW8 d 1 ? 239 ? P62663 1 ? 239 ? 1 239 3 3 2OW8 e 1 ? 209 ? P62664 1 ? 209 ? 1 209 4 4 2OW8 f 1 ? 162 ? P62665 1 ? 162 ? 1 162 5 5 2OW8 g 1 ? 101 ? P62666 1 ? 101 ? 1 101 6 6 2OW8 h 1 ? 156 ? P62667 1 ? 156 ? 1 156 7 7 2OW8 i 1 ? 138 ? P62668 1 ? 138 ? 1 138 8 8 2OW8 j 1 ? 128 ? P62669 1 ? 128 ? 1 128 9 9 2OW8 k 1 ? 105 ? P62653 1 ? 105 ? 1 105 10 10 2OW8 l 1 ? 129 ? P62654 1 ? 129 ? 1 129 11 11 2OW8 m 1 ? 132 ? P61941 1 ? 132 ? 3 134 12 12 2OW8 n 1 ? 126 ? P62655 1 ? 126 ? 1 126 13 13 2OW8 o 1 ? 61 ? P62656 1 ? 61 ? 1 61 14 14 2OW8 p 1 ? 89 ? P62657 1 ? 89 ? 1 89 15 15 2OW8 q 1 ? 88 ? P62238 1 ? 88 ? 1 88 16 16 2OW8 r 1 ? 105 ? P62658 1 ? 105 ? 1 105 17 17 2OW8 s 1 ? 88 ? P62659 1 ? 88 ? 1 88 18 18 2OW8 t 1 ? 93 ? P62660 1 ? 93 ? 1 93 19 19 2OW8 u 1 ? 106 ? P62661 1 ? 106 ? 1 106 20 20 2OW8 v 1 ? 27 ? P62613 1 ? 27 ? 1 27 21 21 2OW8 y 1 ? 1522 ? 155076 646 ? 2167 ? 0 1544 22 22 2OW8 z 1 ? 76 ? 174422 1 ? 76 ? 1 76 23 23 2OW8 0 1 ? 76 ? 2OW8 1 ? 76 ? 1 76 24 24 2OW8 1 1 ? 10 ? 2OW8 -3 ? 7 ? -3 7 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 21 2OW8 G y 445 ? GB 155076 C 1101 CONFLICT 450 1 21 2OW8 PSU y 500 ? GB 155076 U 1145 'MODIFIED RESIDUE' 516 2 21 2OW8 7MG y 511 ? GB 155076 G 1156 'MODIFIED RESIDUE' 527 3 21 2OW8 M2G y 944 ? GB 155076 G 1589 'MODIFIED RESIDUE' 966 4 21 2OW8 5MC y 945 ? GB 155076 C 1590 'MODIFIED RESIDUE' 967 5 21 2OW8 2MG y 1189 ? GB 155076 G 1834 'MODIFIED RESIDUE' 1207 6 21 2OW8 5MC y 1383 ? GB 155076 C 2028 'MODIFIED RESIDUE' 1400 7 21 2OW8 4OC y 1385 ? GB 155076 C 2030 'MODIFIED RESIDUE' 1402 8 21 2OW8 5MC y 1387 ? GB 155076 C 2032 'MODIFIED RESIDUE' 1404 9 21 2OW8 5MC y 1390 ? GB 155076 C 2035 'MODIFIED RESIDUE' 1407 10 21 2OW8 UR3 y 1476 ? GB 155076 U 2121 'MODIFIED RESIDUE' 1498 11 21 2OW8 MA6 y 1496 ? GB 155076 A 2141 'MODIFIED RESIDUE' 1518 12 21 2OW8 MA6 y 1497 ? GB 155076 A 2142 'MODIFIED RESIDUE' 1519 13 22 2OW8 4SU z 8 ? GB 174422 U 8 'MODIFIED RESIDUE' 8 14 22 2OW8 H2U z 16 ? GB 174422 U 16 'MODIFIED RESIDUE' 16 15 22 2OW8 H2U z 20 ? GB 174422 U 20 'MODIFIED RESIDUE' 20 16 22 2OW8 PSU z 32 ? GB 174422 U 32 'MODIFIED RESIDUE' 32 17 22 2OW8 MIA z 37 ? GB 174422 A 37 'MODIFIED RESIDUE' 37 18 22 2OW8 PSU z 39 ? GB 174422 U 39 'MODIFIED RESIDUE' 39 19 22 2OW8 7MG z 46 ? GB 174422 G 46 'MODIFIED RESIDUE' 46 20 22 2OW8 5MU z 54 ? GB 174422 U 54 'MODIFIED RESIDUE' 54 21 22 2OW8 PSU z 55 ? GB 174422 U 55 'MODIFIED RESIDUE' 55 22 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight 2MG 'RNA linking' n "2N-METHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C11 H16 N5 O8 P' 377.247 4OC 'RNA linking' n "4N,O2'-METHYLCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C11 H18 N3 O8 P' 351.250 4SU 'RNA linking' n "4-THIOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O8 P S' 340.247 5MC 'RNA linking' n "5-METHYLCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N3 O8 P' 337.223 5MU 'RNA linking' n ;5-METHYLURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE ; ? 'C10 H15 N2 O9 P' 338.208 7MG 'RNA linking' n "7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C11 H18 N5 O8 P' 379.263 A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 H2U 'RNA linking' n "5,6-DIHYDROURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H15 N2 O9 P' 326.197 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 M2G 'RNA linking' n "N2-DIMETHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C12 H18 N5 O8 P' 391.274 MA6 'RNA linking' n "6N-DIMETHYLADENOSINE-5'-MONOPHOSHATE" ? 'C12 H18 N5 O7 P' 375.274 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MIA 'RNA linking' n "2-METHYLTHIO-N6-ISOPENTENYL-ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C16 H26 N5 O7 P S' 463.446 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 PSU 'RNA linking' n "PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 UR3 'RNA linking' n "3-METHYLURIDINE-5'-MONOPHOSHATE" ? 'C10 H15 N2 O9 P' 338.208 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.crystals_number 1 _exptl.entry_id 2OW8 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_Matthews ? _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_percent_sol ? _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.pH 7.5 _exptl_crystal_grow.temp 289 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details '24-26% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # loop_ _exptl_crystal_grow_comp.crystal_id _exptl_crystal_grow_comp.id _exptl_crystal_grow_comp.sol_id _exptl_crystal_grow_comp.name _exptl_crystal_grow_comp.conc _exptl_crystal_grow_comp.volume _exptl_crystal_grow_comp.details 1 1 1 MPD ? ? ? 1 2 1 H2O ? ? ? 1 3 2 MPD ? ? ? 1 4 2 H2O ? ? ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC QUANTUM 315' _diffrn_detector.pdbx_collection_date ? _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.115879 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'ALS BEAMLINE 12.3.1' _diffrn_source.pdbx_wavelength 1.115879 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ALS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline 12.3.1 # _reflns.entry_id 2OW8 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.observed_criterion_sigma_I 1.5 _reflns.d_resolution_high 3.7 _reflns.d_resolution_low 75 _reflns.number_all ? _reflns.number_obs 465894 _reflns.percent_possible_obs 99.3 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.149 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI ? _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 5.4 _reflns.R_free_details ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 # _reflns_shell.d_res_high 3.7 _reflns_shell.d_res_low 3.8 _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.percent_possible_all 96.6 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.467 _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs ? _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.pdbx_redundancy 4.1 _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 # _refine.entry_id 2OW8 _refine.ls_d_res_high 3.710 _refine.ls_d_res_low 30.000 _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.00 _refine.ls_percent_reflns_obs 100.000 _refine.ls_number_reflns_obs 455685 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.ls_R_factor_obs 0.349 _refine.ls_R_factor_R_work 0.348 _refine.ls_R_factor_R_free 0.353 _refine.ls_percent_reflns_R_free 2.500 _refine.ls_number_reflns_R_free 11345 _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.835 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free 0.856 _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free 0.759 _refine.overall_SU_ML 1.295 _refine.overall_SU_B 200.673 _refine.solvent_model_details MASK _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 1.920 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii 1.940 _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 1.100 _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD' _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_R_factor_all 0.349 _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_starting_model '1TWT AND 1TWV' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.details ;This file represents the structure 2I1C re-refined with strong secondary-structure restraints. Structures of proteins L15, L19, L21, L28 and L29 from PDB entry 2J03 (Selmer et al., 2006) were used as starting models in refinement. ; _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 19211 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 35673 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 54884 _refine_hist.d_res_high 3.710 _refine_hist.d_res_low 30.000 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function r_bond_refined_d 159290 0.011 0.021 ? 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This file, 2OW8, contains the 30S ribosome subunit, two tRNA, and mRNA molecules. 50S ribosome subunit is in the file 1VSA. ; _struct.pdbx_descriptor '30S RIBOSOMAL SUBUNIT' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2OW8 _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME _struct_keywords.text 'RIBOSOME, FUNCTIONAL COMPLEX, TRNA, E site, P site, PEPTIDYL TRANSFERASE CENTER' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 15 ? P N N 16 ? Q N N 17 ? R N N 18 ? S N N 19 ? T N N 20 ? U N N 21 ? V N N 22 ? W N N 23 ? 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GLU E 141 ? LYS c 132 GLU c 141 1 ? 10 HELX_P HELX_P7 7 GLU E 141 ? LEU E 149 ? GLU c 141 LEU c 149 1 ? 9 HELX_P HELX_P8 8 ALA E 171 ? LEU E 180 ? ALA c 171 LEU c 180 1 ? 10 HELX_P HELX_P9 9 ALA E 207 ? GLN E 224 ? ALA c 207 GLN c 224 1 ? 18 HELX_P HELX_P10 10 HIS F 6 ? LEU F 12 ? HIS d 6 LEU d 12 1 ? 7 HELX_P HELX_P11 11 GLY F 25 ? LYS F 27 ? GLY d 25 LYS d 27 5 ? 3 HELX_P HELX_P12 12 GLN F 28 ? LEU F 43 ? GLN d 28 LEU d 43 1 ? 16 HELX_P HELX_P13 13 LYS F 72 ? VAL F 76 ? LYS d 72 VAL d 76 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 14 GLU F 82 ? LYS F 93 ? GLU d 82 LYS d 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P15 15 SER F 112 ? ARG F 127 ? SER d 112 ARG d 127 1 ? 16 HELX_P HELX_P16 16 ALA F 129 ? GLY F 145 ? ALA d 129 GLY d 145 1 ? 17 HELX_P HELX_P17 17 PRO G 7 ? ARG G 13 ? PRO e 7 ARG e 13 1 ? 7 HELX_P HELX_P18 18 GLY G 41 ? LYS G 46 ? GLY e 41 LYS e 46 1 ? 6 HELX_P HELX_P19 19 SER G 52 ? ILE G 67 ? SER e 52 ILE e 67 1 ? 16 HELX_P HELX_P20 20 SER G 71 ? LYS G 85 ? SER e 71 LYS e 85 1 ? 15 HELX_P HELX_P21 21 VAL G 92 ? 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ASP p 74 ILE p 82 1 ? 9 HELX_P HELX_P66 66 ASP S 52 ? VAL S 62 ? ASP q 52 VAL q 62 1 ? 11 HELX_P HELX_P67 67 ASP S 68 ? GLY S 78 ? ASP q 68 GLY q 78 1 ? 11 HELX_P HELX_P68 68 MET T 82 ? ASN T 94 ? MET r 82 ASN r 94 1 ? 13 HELX_P HELX_P69 69 LYS U 21 ? LEU U 26 ? LYS s 21 LEU s 26 1 ? 6 HELX_P HELX_P70 70 ASN U 36 ? LYS U 41 ? ASN s 36 LYS s 41 1 ? 6 HELX_P HELX_P71 71 ARG U 42 ? LEU U 44 ? ARG s 42 LEU s 44 5 ? 3 HELX_P HELX_P72 72 ILE U 65 ? LEU U 76 ? ILE s 65 LEU s 76 1 ? 12 HELX_P HELX_P73 73 ASP V 13 ? GLY V 26 ? ASP t 13 GLY t 26 1 ? 14 HELX_P HELX_P74 74 LEU W 10 ? ARG W 17 ? LEU u 10 ARG u 17 5 ? 8 HELX_P HELX_P75 75 GLN W 18 ? GLY W 47 ? GLN u 18 GLY u 47 1 ? 30 HELX_P HELX_P76 76 LYS W 48 ? LYS W 68 ? LYS u 48 LYS u 68 1 ? 21 HELX_P HELX_P77 77 ASN W 75 ? ARG W 83 ? ASN u 75 ARG u 83 1 ? 9 HELX_P HELX_P78 78 ARG W 83 ? GLY W 96 ? ARG u 83 GLY u 96 1 ? 14 HELX_P HELX_P79 79 GLY X 11 ? GLY X 16 ? GLY v 11 GLY v 16 1 ? 6 HELX_P HELX_P80 80 TYR X 18 ? ARG X 22 ? TYR v 18 ARG v 22 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf1 disulf ? ? 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A M2G 944 "O3'" ? ? ? 1_555 A 5MC 945 P ? ? y M2G 966 y 5MC 967 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.592 ? covale7 covale ? ? A 5MC 945 "O3'" ? ? ? 1_555 A A 946 P ? ? y 5MC 967 y A 968 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.624 ? covale8 covale ? ? A G 1188 "O3'" ? ? ? 1_555 A 2MG 1189 P ? ? y G 1206 y 2MG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.622 ? covale9 covale ? ? A 2MG 1189 "O3'" ? ? ? 1_555 A C 1190 P ? ? y 2MG 1207 y C 1208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.616 ? covale10 covale ? ? A C 1382 "O3'" ? ? ? 1_555 A 5MC 1383 P ? ? y C 1399 y 5MC 1400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.628 ? covale11 covale ? ? A 5MC 1383 "O3'" ? ? ? 1_555 A G 1384 P ? ? y 5MC 1400 y G 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.616 ? covale12 covale ? ? A C 1386 "O3'" ? ? ? 1_555 A 5MC 1387 P ? ? y C 1403 y 5MC 1404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.593 ? covale13 covale ? ? A 5MC 1387 "O3'" ? ? ? 1_555 A G 1388 P ? ? y 5MC 1404 y G 1405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.607 ? covale14 covale ? ? A U 1389 "O3'" ? ? ? 1_555 A 5MC 1390 P ? ? y U 1406 y 5MC 1407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.616 ? covale15 covale ? ? A 5MC 1390 "O3'" ? ? ? 1_555 A A 1391 P ? ? y 5MC 1407 y A 1408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.594 ? covale16 covale ? ? A G 1475 "O3'" ? ? ? 1_555 A UR3 1476 P ? ? y G 1497 y UR3 1498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.603 ? covale17 covale ? ? A UR3 1476 "O3'" ? ? ? 1_555 A A 1477 P ? ? y UR3 1498 y A 1499 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.623 ? covale18 covale ? ? B A 7 "O3'" ? ? ? 1_555 B 4SU 8 P ? ? z A 7 z 4SU 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.612 ? covale19 covale ? ? B 4SU 8 "O3'" ? ? ? 1_555 B A 9 P ? ? z 4SU 8 z A 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.612 ? covale20 covale ? ? B G 15 "O3'" ? ? ? 1_555 B H2U 16 P ? ? z G 15 z H2U 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.602 ? covale21 covale ? ? B H2U 16 "O3'" ? ? ? 1_555 B C 17 P ? ? z H2U 16 z C 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.613 ? covale22 covale ? ? B G 19 "O3'" ? ? ? 1_555 B H2U 20 P ? ? z G 19 z H2U 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.624 ? covale23 covale ? ? B H2U 20 "O3'" ? ? ? 1_555 B A 21 P ? ? z H2U 20 z A 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.615 ? covale24 covale ? ? B A 31 "O3'" ? ? ? 1_555 B PSU 32 P ? ? z A 31 z PSU 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.582 ? covale25 covale ? ? B PSU 32 "O3'" ? ? ? 1_555 B U 33 P ? ? z PSU 32 z U 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.617 ? covale26 covale ? ? B A 36 "O3'" ? ? ? 1_555 B MIA 37 P ? ? z A 36 z MIA 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.610 ? covale27 covale ? ? B MIA 37 "O3'" ? ? ? 1_555 B A 38 P ? ? z MIA 37 z A 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.613 ? covale28 covale ? ? B A 38 "O3'" ? ? ? 1_555 B PSU 39 P ? ? z A 38 z PSU 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.602 ? covale29 covale ? ? B PSU 39 "O3'" ? ? ? 1_555 B C 40 P ? ? z PSU 39 z C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.633 ? covale30 covale ? ? B U 45 "O3'" ? ? ? 1_555 B 7MG 46 P ? ? z U 45 z 7MG 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.609 ? covale31 covale ? ? B 7MG 46 "O3'" ? ? ? 1_555 B U 47 P ? ? z 7MG 46 z U 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.595 ? covale32 covale ? ? B G 53 "O3'" ? ? ? 1_555 B 5MU 54 P ? ? z G 53 z 5MU 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.609 ? covale33 covale ? ? B 5MU 54 "O3'" ? ? ? 1_555 B PSU 55 P ? ? z 5MU 54 z PSU 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.615 ? covale34 covale ? ? B PSU 55 "O3'" ? ? ? 1_555 B C 56 P ? ? z PSU 55 z C 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.594 ? covale35 covale ? ? C U 54 "O3'" ? ? ? 1_555 C PSU 55 P ? ? 0 U 54 0 PSU 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? covale36 covale ? ? C PSU 55 "O3'" ? ? ? 1_555 C C 56 P ? ? 0 PSU 55 0 C 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.605 ? covale37 covale ? ? A A 943 "O2'" ? ? ? 1_555 A M2G 944 OP2 ? ? y A 965 y M2G 966 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.744 ? covale38 covale ? ? A M2G 944 "O2'" ? ? ? 1_555 A 5MC 945 "O5'" ? ? y M2G 966 y 5MC 967 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? covale39 covale ? ? A G 1384 "O3'" ? ? ? 1_555 A 4OC 1385 P ? ? y G 1401 y 4OC 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.588 ? covale40 covale ? ? A 4OC 1385 "O3'" ? ? ? 1_555 A C 1386 P ? ? y 4OC 1402 y C 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.642 ? covale41 covale ? ? A G 1388 "O2'" ? ? ? 1_555 A MA6 1497 "O5'" ? ? y G 1405 y MA6 1519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? covale42 covale ? ? A G 1495 "O3'" ? ? ? 1_555 A MA6 1496 P ? ? y G 1517 y MA6 1518 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.577 ? covale43 covale ? ? A MA6 1496 "O3'" ? ? ? 1_555 A MA6 1497 P ? ? y MA6 1518 y MA6 1519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.637 ? covale44 covale ? ? A MA6 1497 "O3'" ? ? ? 1_555 A G 1498 P ? ? y MA6 1519 y G 1520 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.608 ? covale45 covale ? ? B A 31 N1 ? ? ? 1_555 B PSU 39 O2 ? ? z A 31 z PSU 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.933 ? hydrog1 hydrog ? ? A G 10 N1 ? ? ? 1_555 A C 26 N3 ? ? y G 9 y C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog2 hydrog ? ? A G 10 N2 ? ? ? 1_555 A C 26 O2 ? ? y G 9 y C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog3 hydrog ? ? A G 10 O6 ? ? ? 1_555 A C 26 N4 ? ? y G 9 y C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog4 hydrog ? ? A A 11 N1 ? ? ? 1_555 A U 25 N3 ? ? y A 10 y U 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog5 hydrog ? ? A A 11 N6 ? ? ? 1_555 A U 25 O4 ? ? y A 10 y U 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog6 hydrog ? ? A G 12 N1 ? ? ? 1_555 A C 24 N3 ? ? y G 11 y C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog7 hydrog ? ? A G 12 N2 ? ? ? 1_555 A C 24 O2 ? ? y G 11 y C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog8 hydrog ? ? A G 12 O6 ? ? ? 1_555 A C 24 N4 ? ? y G 11 y C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog9 hydrog ? ? A U 13 O2 ? ? ? 1_555 A G 23 N1 ? ? y U 12 y G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-G MISPAIR' ? ? hydrog10 hydrog ? ? A U 14 O4 ? ? ? 1_555 A G 22 N2 ? ? y U 13 y G 21 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-G MISPAIR' ? ? hydrog11 hydrog ? ? A U 14 O4 ? ? ? 1_555 A A 893 N6 ? ? y U 13 y A 915 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-A PAIR' ? ? hydrog12 hydrog ? ? A G 16 N1 ? ? ? 1_555 A U 898 O2 ? ? y G 15 y U 920 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog13 hydrog ? ? A G 16 O6 ? ? ? 1_555 A U 898 N3 ? ? y G 15 y U 920 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog14 hydrog ? ? A U 18 O4 ? ? ? 1_555 A A 896 N6 ? ? y U 17 y A 918 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-A PAIR' ? ? hydrog15 hydrog ? ? A U 18 O2 ? ? ? 1_555 A G 1062 N2 ? ? y U 17 y G 1079 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-G MISPAIR' ? ? hydrog16 hydrog ? ? A C 19 N3 ? ? ? 1_555 A G 895 N1 ? ? y C 18 y G 917 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog17 hydrog ? ? A C 19 N4 ? ? ? 1_555 A G 895 O6 ? ? y C 18 y G 917 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog18 hydrog ? ? A C 19 O2 ? ? ? 1_555 A G 895 N2 ? ? y C 18 y G 917 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog19 hydrog ? ? A C 20 N3 ? ? ? 1_555 A G 894 N1 ? ? y C 19 y G 916 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog20 hydrog ? ? A C 20 N4 ? ? ? 1_555 A G 894 O6 ? ? y C 19 y G 916 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog21 hydrog ? ? A C 20 O2 ? ? ? 1_555 A G 894 N2 ? ? y C 19 y G 916 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog22 hydrog ? ? A U 21 O4 ? ? ? 1_555 A A 893 N6 ? ? y U 20 y A 915 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-A PAIR' ? ? hydrog23 hydrog ? ? A G 22 N2 ? ? ? 1_555 A A 892 N7 ? ? y G 21 y A 914 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? hydrog24 hydrog ? ? A G 22 N3 ? ? ? 1_555 A A 892 N6 ? ? y G 21 y A 914 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? hydrog25 hydrog ? ? A G 22 N3 ? ? ? 1_555 A A 893 N6 ? ? y G 21 y A 915 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? hydrog26 hydrog ? ? A C 26 N4 ? ? ? 1_555 A A 543 N1 ? ? y C 25 y A 559 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-A MISPAIR' ? ? hydrog27 hydrog ? ? A A 27 N1 ? ? ? 1_555 A G 541 N2 ? ? y A 26 y G 557 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-G MISPAIR' ? ? hydrog28 hydrog ? ? A A 27 N6 ? ? ? 1_555 A G 542 N3 ? ? y A 26 y G 558 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? hydrog29 hydrog ? ? A A 27 N7 ? ? ? 1_555 A G 542 N2 ? ? y A 26 y G 558 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? hydrog30 hydrog ? ? A G 28 N1 ? ? ? 1_555 A C 540 N3 ? ? y G 27 y C 556 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog31 hydrog ? ? A G 28 N2 ? ? ? 1_555 A C 540 O2 ? ? y G 27 y C 556 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog32 hydrog ? ? A G 28 O6 ? ? ? 1_555 A C 540 N4 ? ? y G 27 y C 556 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog33 hydrog ? ? A G 29 N1 ? ? ? 1_555 A C 539 N3 ? ? y G 28 y C 555 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog34 hydrog ? ? A G 29 N2 ? ? ? 1_555 A C 539 O2 ? ? y G 28 y C 555 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog35 hydrog ? ? A G 29 O6 ? ? ? 1_555 A C 539 N4 ? ? y G 28 y C 555 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog36 hydrog ? ? A G 30 N1 ? ? ? 1_555 A C 538 N3 ? ? y G 29 y C 554 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? hydrog37 hydrog ? ? A U 31 N3 ? ? ? 1_555 A A 537 N1 ? ? y U 30 y A 553 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog38 hydrog ? ? A U 31 O4 ? ? ? 1_555 A A 537 N6 ? ? y U 30 y A 553 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog39 hydrog ? ? A A 33 N1 ? ? ? 1_555 A U 536 N3 ? ? y A 32 y U 552 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog40 hydrog ? ? A A 33 N6 ? ? ? 1_555 A U 536 O4 ? ? y A 32 y U 552 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog41 hydrog ? ? A A 34 N1 ? ? ? 1_555 A U 535 N3 ? ? y A 33 y U 551 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog42 hydrog ? ? A A 34 N6 ? ? ? 1_555 A U 535 O4 ? ? y A 33 y U 551 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog43 hydrog ? ? A C 35 N3 ? ? ? 1_555 A G 534 N1 ? ? y C 34 y G 550 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog44 hydrog ? ? A C 35 N4 ? ? ? 1_555 A G 534 O6 ? ? y C 34 y G 550 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog45 hydrog ? ? A C 35 O2 ? ? ? 1_555 A G 534 N2 ? ? y C 34 y G 550 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog46 hydrog ? ? A G 36 N1 ? ? ? 1_555 A C 533 N3 ? ? y G 35 y C 549 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog47 hydrog ? ? A G 36 N2 ? ? ? 1_555 A C 533 O2 ? ? y G 35 y C 549 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog48 hydrog ? ? A G 36 O6 ? ? ? 1_555 A C 533 N4 ? ? y G 35 y C 549 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog49 hydrog ? ? A C 37 N3 ? ? ? 1_555 A G 532 N1 ? ? y C 36 y G 548 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog50 hydrog ? ? A C 37 N4 ? ? ? 1_555 A G 532 O6 ? ? y C 36 y G 548 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog51 hydrog ? ? A C 37 O2 ? ? ? 1_555 A G 532 N2 ? ? y C 36 y G 548 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog52 hydrog ? ? A U 38 N3 ? ? ? 1_555 A A 393 N1 ? ? y U 37 y A 397 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? hydrog53 hydrog ? ? A U 38 O2 ? ? ? 1_555 A A 393 N6 ? ? y U 37 y A 397 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? hydrog54 hydrog ? ? A U 38 O4 ? ? ? 1_555 A G 532 N1 ? ? y U 37 y G 548 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-G MISPAIR' ? ? hydrog55 hydrog ? ? A G 40 N1 ? ? ? 1_555 A C 399 N3 ? ? y G 39 y C 403 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog56 hydrog ? ? A G 40 N2 ? ? ? 1_555 A C 399 O2 ? ? y G 39 y C 403 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog57 hydrog ? ? A G 40 O6 ? ? ? 1_555 A C 399 N4 ? ? y G 39 y C 403 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog58 hydrog ? ? A C 41 N3 ? ? ? 1_555 A G 398 N1 ? ? y C 40 y G 402 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog59 hydrog ? ? 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U "PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" 2 A 7MG 511 y 7MG 527 ? G ? 3 A M2G 944 y M2G 966 ? G "N2-DIMETHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" 4 A 5MC 945 y 5MC 967 ? C "5-METHYLCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" 5 A 2MG 1189 y 2MG 1207 ? G "2N-METHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" 6 A 5MC 1383 y 5MC 1400 ? C "5-METHYLCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" 7 A 4OC 1385 y 4OC 1402 ? C "4N,O2'-METHYLCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" 8 A 5MC 1387 y 5MC 1404 ? C "5-METHYLCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" 9 A 5MC 1390 y 5MC 1407 ? C "5-METHYLCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" 10 A UR3 1476 y UR3 1498 ? U "3-METHYLURIDINE-5'-MONOPHOSHATE" 11 A MA6 1496 y MA6 1518 ? A "6N-DIMETHYLADENOSINE-5'-MONOPHOSHATE" 12 A MA6 1497 y MA6 1519 ? A "6N-DIMETHYLADENOSINE-5'-MONOPHOSHATE" 13 B 4SU 8 z 4SU 8 ? U "4-THIOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" 14 B H2U 16 z H2U 16 ? U "5,6-DIHYDROURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" 15 B H2U 20 z H2U 20 ? U "5,6-DIHYDROURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" 16 B PSU 32 z PSU 32 ? U "PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" 17 B MIA 37 z MIA 37 ? A ? 18 B PSU 39 z PSU 39 ? U "PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" 19 B 7MG 46 z 7MG 46 ? G ? 20 B 5MU 54 z 5MU 54 ? U ;5-METHYLURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE ; 21 B PSU 55 z PSU 55 ? U "PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" 22 C PSU 55 0 PSU 55 ? 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2 4 'Structure model' repository Obsolete ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Version format compliance' 2 3 'Structure model' 'Source and taxonomy' 3 3 'Structure model' 'Version format compliance' 4 4 'Structure model' Other # loop_ _pdbx_refine_tls.id _pdbx_refine_tls.details _pdbx_refine_tls.method _pdbx_refine_tls.origin_x _pdbx_refine_tls.origin_y _pdbx_refine_tls.origin_z _pdbx_refine_tls.T[1][1] _pdbx_refine_tls.T[2][2] _pdbx_refine_tls.T[3][3] _pdbx_refine_tls.T[1][2] _pdbx_refine_tls.T[1][3] _pdbx_refine_tls.T[2][3] _pdbx_refine_tls.L[1][1] _pdbx_refine_tls.L[2][2] _pdbx_refine_tls.L[3][3] _pdbx_refine_tls.L[1][2] _pdbx_refine_tls.L[1][3] _pdbx_refine_tls.L[2][3] _pdbx_refine_tls.S[1][1] _pdbx_refine_tls.S[2][2] _pdbx_refine_tls.S[3][3] _pdbx_refine_tls.S[1][2] _pdbx_refine_tls.S[1][3] _pdbx_refine_tls.S[2][3] _pdbx_refine_tls.S[2][1] _pdbx_refine_tls.S[3][1] _pdbx_refine_tls.S[3][2] _pdbx_refine_tls.pdbx_refine_id 31 ? 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2 ADSC QUANTUM ? ? ? ? 'data collection' ? ? ? 3 d*TREK . ? ? ? ? 'data reduction' ? ? ? 4 CCP4 '(SCALA)' ? ? ? ? 'data scaling' ? ? ? 5 CNS . ? ? ? ? phasing ? ? ? 6 REFMAC 5.2.0019 ? ? ? ? refinement ? ? ? 7 # loop_ _pdbx_database_remark.id _pdbx_database_remark.text 400 ;COMPOUND THE COMPLETE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS 30S AND 50S RIBOSOMAL SUBUNITS. THIS ENTRY 2OW8 CONTAINS 30S RIBOSOMAL SUBUNIT. THE 50S RIBOSOMAL SUBUNIT CAN BE FOUND IN PDB ENTRY 1VSA. ; 999 ;SEQUENCE E.COLI PHE-TRNA IS BOUND AT THE P SITE. HETEROGENIOUS MIXTURE OF TRNAS AT THE E SITE IS MODELED AS YEAST PHE-TRNA WITHOUT POST-TRANSCRIPTIONALLY MODIFIED BASES. Residue (y U 210 ) and Residue (y G 216 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.80 Residue (y C 458 ) and Residue (y G 464 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.82 Residue (y G 838 ) and Residue (y U 841 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.76 Residue (y U 843 ) and Residue (y C 848 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.81 Residue (y C 102 C) and Residue (y G 1029 ) are not linked Distance of O3*-P bond is 1.87 ; 300 ;BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS PART OF THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. THE BIOLOGICAL UNIT CONSISTS OF TWO SUBUNITS. THERE IS 1 BIOLOGICAL UNIT IN THE ASYMMETRIC UNIT. ; # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 "O2'" y A 1067 ? ? "O4'" y G 1068 ? ? 1.54 2 1 "O2'" y A 321 ? ? "O5'" y C 322 ? ? 1.59 3 1 N2 y G 413 ? ? "O2'" y G 428 ? ? 1.62 4 1 "O2'" y U 992 ? ? OP2 y G 993 ? ? 1.66 5 1 "O2'" y G 546 ? ? "O4'" y A 547 ? ? 1.67 6 1 "O2'" y U 367 ? ? "O5'" y U 368 ? ? 1.70 7 1 N2 y G 1013 ? ? 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? -29.20 -39.60 54 1 LEU c 145 ? ? -54.69 -79.93 55 1 GLN c 146 ? ? -29.76 -54.70 56 1 SER c 150 ? ? -175.54 40.56 57 1 PHE c 152 ? ? -51.91 -9.23 58 1 ARG c 153 ? ? -28.07 -38.92 59 1 LEU c 154 ? ? -87.71 -122.50 60 1 LEU c 155 ? ? 31.00 90.73 61 1 LYS c 156 ? ? -72.03 37.81 62 1 ARG c 157 ? ? 178.84 -121.09 63 1 ASP c 160 ? ? -15.13 -15.08 64 1 VAL c 165 ? ? -68.06 -87.83 65 1 GLU c 170 ? ? -147.25 21.15 66 1 ALA c 171 ? ? -57.26 6.85 67 1 ILE c 172 ? ? -36.40 -90.19 68 1 VAL c 174 ? ? -14.67 -65.27 69 1 PHE c 181 ? ? 51.62 -12.21 70 1 ALA c 186 ? ? -170.71 -161.11 71 1 ALA c 188 ? ? 178.36 -170.63 72 1 ASP c 189 ? ? -160.22 -140.32 73 1 THR c 190 ? ? -18.79 12.35 74 1 ASP c 191 ? ? -156.06 69.87 75 1 SER c 192 ? ? -176.75 -170.43 76 1 PRO c 194 ? ? -67.01 -84.69 77 1 ASP c 195 ? ? -33.50 -22.83 78 1 ASP c 198 ? ? -72.20 -74.17 79 1 ALA c 207 ? ? 162.64 83.75 80 1 ARG c 209 ? ? -66.57 54.24 81 1 SER c 210 ? ? -171.93 -53.77 82 1 GLN c 212 ? ? -43.91 -77.82 83 1 SER c 216 ? ? -57.56 -78.12 84 1 GLN c 224 ? ? -65.32 3.60 85 1 ARG c 226 ? ? -104.49 -62.68 86 1 VAL c 229 ? ? 76.04 109.40 87 1 PRO c 232 ? ? -63.21 -178.32 88 1 SER c 235 ? ? -141.17 -0.56 89 1 LYS d 4 ? ? 24.54 -158.77 90 1 PRO d 7 ? ? -33.90 -34.77 91 1 ILE d 8 ? ? -72.04 -91.49 92 1 PHE d 10 ? ? -95.15 -65.56 93 1 LEU d 12 ? ? 1.30 -125.23 94 1 THR d 15 ? ? 120.42 -14.47 95 1 ARG d 16 ? ? -141.95 -130.29 96 1 ASP d 17 ? ? -167.92 -82.72 97 1 TRP d 18 ? ? 159.56 -132.22 98 1 GLU d 19 ? ? -167.52 -138.92 99 1 SER d 20 ? ? 23.12 103.84 100 1 ARG d 21 ? ? -102.75 69.69 101 1 TRP d 22 ? ? -162.84 -153.59 102 1 ALA d 24 ? ? -139.67 -94.50 103 1 LYS d 26 ? ? 61.59 -142.95 104 1 TYR d 29 ? ? -12.42 -96.61 105 1 ARG d 30 ? ? -12.90 -90.70 106 1 GLU d 35 ? ? -46.55 -72.87 107 1 ASP d 36 ? ? -39.12 -21.25 108 1 ARG d 40 ? ? -64.73 28.91 109 1 LEU d 43 ? ? -13.96 -80.39 110 1 LYS d 45 ? ? 107.69 -54.58 111 1 GLU d 46 ? ? -78.09 34.43 112 1 LEU d 47 ? ? 159.77 -33.82 113 1 TYR d 48 ? ? -16.91 -75.29 114 1 SER d 49 ? ? 19.63 -73.95 115 1 ALA d 50 ? ? -47.13 18.06 116 1 VAL d 55 ? ? -118.37 -151.07 117 1 ASP d 56 ? ? 145.52 167.54 118 1 ARG d 59 ? ? 175.20 169.61 119 1 ALA d 60 ? ? -166.51 -29.46 120 1 ALA d 61 ? ? 138.94 89.57 121 1 ASP d 62 ? ? 100.15 -85.43 122 1 ASN d 63 ? ? -60.93 59.12 123 1 VAL d 75 ? ? -80.09 45.66 124 1 VAL d 76 ? ? -143.73 -83.15 125 1 ARG d 79 ? ? -104.96 73.97 126 1 GLU d 82 ? ? -84.66 -101.36 127 1 ARG d 85 ? ? -89.97 -75.35 128 1 GLU d 90 ? ? -39.11 -15.54 129 1 LYS d 97 ? ? -153.75 70.78 130 1 ASN d 98 ? ? -20.50 130.96 131 1 LEU d 101 ? ? -172.92 113.81 132 1 GLN d 104 ? ? -118.74 -162.71 133 1 GLU d 105 ? ? -105.10 -164.46 134 1 ASN d 108 ? ? 47.26 128.54 135 1 PRO d 109 ? ? -80.17 -72.12 136 1 ASN d 110 ? ? -66.20 41.78 137 1 ALA d 117 ? ? -77.38 -82.97 138 1 GLU d 122 ? ? -46.15 -78.47 139 1 ARG d 127 ? ? 167.31 -105.24 140 1 PHE d 128 ? ? 13.38 132.38 141 1 ARG d 131 ? ? -21.87 -59.76 142 1 ARG d 132 ? ? -70.04 -90.66 143 1 ALA d 133 ? ? -11.69 -46.54 144 1 ILE d 134 ? ? -77.65 -82.33 145 1 LYS d 135 ? ? -53.15 -3.39 146 1 ALA d 146 ? ? 137.70 163.84 147 1 LYS d 147 ? ? -119.49 -122.20 148 1 VAL d 151 ? ? -73.74 -80.16 149 1 ILE d 152 ? ? 93.80 81.13 150 1 SER d 154 ? ? -98.96 -129.14 151 1 ARG d 156 ? ? 159.67 -31.61 152 1 GLU d 161 ? ? 12.97 -78.64 153 1 GLN d 162 ? ? -42.31 156.63 154 1 ARG d 164 ? ? 3.20 93.97 155 1 ALA d 169 ? ? 60.21 -177.13 156 1 GLN d 170 ? ? 171.73 -126.25 157 1 LEU d 178 ? ? -64.65 20.80 158 1 ARG d 179 ? ? -142.83 56.84 159 1 ASN d 181 ? ? 28.56 57.33 160 1 VAL d 195 ? ? 160.37 -138.35 161 1 LEU d 196 ? ? 162.18 -179.81 162 1 ALA d 200 ? ? 170.49 120.38 163 1 LEU d 204 ? ? -166.07 104.83 164 1 GLU d 206 ? ? -150.25 -134.38 165 1 TYR e 4 ? ? -121.18 -74.00 166 1 ILE e 5 ? ? 90.10 141.23 167 1 CYS e 9 ? ? -39.40 -74.42 168 1 ARG e 10 ? ? -25.88 -75.35 169 1 VAL e 17 ? ? -31.06 129.00 170 1 LYS e 18 ? ? -54.82 7.50 171 1 LEU e 19 ? ? -6.12 93.74 172 1 TYR e 20 ? ? -65.06 86.16 173 1 LYS e 22 ? ? 173.85 37.50 174 1 GLU e 24 ? ? -62.30 26.31 175 1 ARG e 25 ? ? -127.36 -83.17 176 1 PRO e 29 ? ? -46.20 4.61 177 1 CYS e 31 ? ? -69.47 11.40 178 1 ALA e 32 ? ? 65.37 -81.79 179 1 GLU e 34 ? ? -55.08 57.05 180 1 ARG e 35 ? ? 164.38 -9.96 181 1 ARG e 36 ? ? 174.23 52.08 182 1 PRO e 37 ? ? -50.40 62.20 183 1 PRO e 39 ? ? -36.56 116.99 184 1 LYS e 46 ? ? -75.69 -151.59 185 1 ALA e 48 ? ? -77.70 -139.58 186 1 ARG e 49 ? ? -177.28 67.41 187 1 ARG e 50 ? ? 34.26 63.53 188 1 PRO e 51 ? ? -37.13 160.35 189 1 SER e 52 ? ? -40.11 171.74 190 1 ARG e 59 ? ? -32.91 -87.89 191 1 ARG e 66 ? ? -52.21 -87.88 192 1 ILE e 67 ? ? 39.11 -80.89 193 1 ILE e 70 ? ? -124.41 -102.41 194 1 LEU e 78 ? ? -57.27 -75.94 195 1 PHE e 79 ? ? -9.32 -73.46 196 1 GLU e 81 ? ? -15.51 -45.58 197 1 ALA e 82 ? ? -71.12 -78.72 198 1 SER e 83 ? ? -36.00 -33.81 199 1 LYS e 84 ? ? -75.66 -97.60 200 1 LYS e 85 ? ? -59.49 66.37 201 1 LYS e 86 ? ? 59.31 -67.75 202 1 VAL e 88 ? ? -54.38 87.92 203 1 THR e 89 ? ? -52.98 -0.09 204 1 SER e 91 ? ? -174.43 -4.61 205 1 ALA e 111 ? ? 140.05 151.13 206 1 VAL e 112 ? ? -101.79 55.43 207 1 SER e 113 ? ? 149.79 146.85 208 1 ARG e 114 ? ? -76.05 48.75 209 1 ARG e 115 ? ? -111.57 -76.99 210 1 ARG e 122 ? ? -63.35 -84.01 211 1 ASN e 129 ? ? 34.47 41.48 212 1 ARG e 131 ? ? -151.14 -110.26 213 1 VAL e 133 ? ? -121.58 -139.23 214 1 ASP e 134 ? ? -176.88 -47.70 215 1 SER e 137 ? ? -65.17 4.41 216 1 VAL e 140 ? ? -40.19 97.38 217 1 VAL e 148 ? ? -54.09 -161.58 218 1 LYS e 151 ? ? -59.46 35.10 219 1 SER e 152 ? ? 157.60 68.31 220 1 GLU e 156 ? ? -62.95 -128.34 221 1 LEU e 157 ? ? -38.78 -32.33 222 1 ALA e 164 ? ? -48.08 -14.78 223 1 MET e 165 ? ? -106.55 48.61 224 1 ARG e 168 ? ? 169.02 132.46 225 1 VAL e 170 ? ? -97.81 -101.61 226 1 TRP e 173 ? ? -148.38 -11.10 227 1 LEU e 174 ? ? -52.62 97.71 228 1 VAL e 178 ? ? -74.87 -114.52 229 1 GLU e 179 ? ? -59.86 47.95 230 1 MET e 181 ? ? 97.84 27.59 231 1 PHE e 185 ? ? -69.52 92.91 232 1 ASP e 193 ? ? -95.47 -66.65 233 1 LEU e 196 ? ? 138.98 107.50 234 1 VAL e 198 ? ? 179.30 135.77 235 1 LEU e 202 ? ? -23.01 -51.66 236 1 ILE e 204 ? ? -24.24 -66.19 237 1 GLU e 205 ? ? -41.91 -94.63 238 1 PHE e 206 ? ? 4.89 -84.40 239 1 SER e 208 ? ? -18.92 125.00 240 1 ILE f 13 ? ? -120.77 -162.38 241 1 ARG f 37 ? ? 90.88 -12.96 242 1 ARG f 40 ? ? -57.10 97.90 243 1 LYS f 47 ? ? -164.74 106.53 244 1 ALA f 48 ? ? -153.31 -156.51 245 1 PRO f 49 ? ? -84.28 -114.56 246 1 GLU f 50 ? ? -27.63 104.24 247 1 GLN f 56 ? ? -38.08 -88.72 248 1 ARG f 64 ? ? -82.36 -75.37 249 1 ASN f 65 ? ? -62.86 82.97 250 1 PRO f 70 ? ? -47.78 -112.30 251 1 LEU f 71 ? ? 95.09 101.58 252 1 ASN f 73 ? ? 92.74 54.80 253 1 PRO f 77 ? ? -106.63 -129.99 254 1 PHE f 84 ? ? 158.57 94.57 255 1 PRO f 93 ? ? -29.04 111.20 256 1 PRO f 96 ? ? -62.13 39.72 257 1 VAL f 100 ? ? -26.09 106.74 258 1 ALA f 102 ? ? -148.08 -129.62 259 1 ALA f 104 ? ? -73.91 -114.66 260 1 ASP f 117 ? ? 8.43 70.04 261 1 LYS f 121 ? ? 174.66 160.02 262 1 ARG f 126 ? ? -61.73 44.57 263 1 PRO f 128 ? ? -44.16 -76.65 264 1 ILE f 131 ? ? -43.73 -75.63 265 1 THR f 135 ? ? -52.64 -79.33 266 1 MET f 136 ? ? -22.75 -67.21 267 1 ALA f 138 ? ? -35.80 -32.82 268 1 ARG f 143 ? ? -162.38 -54.13 269 1 THR f 144 ? ? 109.39 -170.33 270 1 LYS f 145 ? ? -48.37 -18.05 271 1 ARG f 152 ? ? -56.85 31.16 272 1 LYS f 153 ? ? -141.64 -77.49 273 1 VAL g 6 ? ? -120.23 -149.48 274 1 ASN g 7 ? ? 157.69 171.52 275 1 VAL g 9 ? ? -172.35 129.95 276 1 LEU g 10 ? ? -131.06 -149.88 277 1 GLN g 16 ? ? -15.91 -70.33 278 1 LYS g 23 ? ? -47.79 -73.70 279 1 TYR g 33 ? ? -131.92 -44.84 280 1 ALA g 35 ? ? -160.10 91.96 281 1 GLU g 38 ? ? -151.66 -101.02 282 1 GLU g 41 ? ? 175.07 104.99 283 1 LEU g 45 ? ? -46.30 -175.10 284 1 ARG g 46 ? ? 170.64 163.67 285 1 LEU g 48 ? ? -107.34 -139.11 286 1 LYS g 54 ? ? 81.73 -19.29 287 1 PRO g 56 ? ? -58.81 -4.34 288 1 LEU g 61 ? ? 168.07 169.36 289 1 TYR g 63 ? ? -145.56 -157.51 290 1 PRO g 68 ? ? -59.78 94.56 291 1 ARG g 77 ? ? -51.78 -73.85 292 1 ILE g 81 ? ? -94.50 -93.49 293 1 ARG g 82 ? ? -51.27 176.82 294 1 VAL g 85 ? ? -67.53 92.08 295 1 ARG g 86 ? ? -78.44 -84.65 296 1 VAL g 88 ? ? -119.19 -132.99 297 1 LYS g 92 ? ? -112.87 -71.44 298 1 GLU g 95 ? ? 7.42 119.31 299 1 PRO g 96 ? ? -69.96 6.70 300 1 LEU g 98 ? ? -96.32 -119.40 301 1 ALA g 99 ? ? 163.93 -4.89 302 1 ARG h 4 ? ? 157.38 66.84 303 1 ALA h 7 ? ? 90.53 -154.24 304 1 VAL h 9 ? ? -157.84 22.43 305 1 LEU h 12 ? ? -114.27 -152.46 306 1 PRO h 14 ? ? -44.72 150.35 307 1 VAL h 17 ? ? -155.26 -53.03 308 1 TYR h 18 ? ? -108.81 -93.24 309 1 ASP h 20 ? ? 63.18 102.28 310 1 MET h 31 ? ? 7.13 -166.01 311 1 ARG h 32 ? ? 174.28 53.78 312 1 ASP h 33 ? ? 74.81 -117.93 313 1 LYS h 35 ? ? -159.48 -4.24 314 1 LYS h 36 ? ? -56.65 -3.96 315 1 ALA h 40 ? ? -60.04 -78.05 316 1 ARG h 41 ? ? -35.28 -71.42 317 1 ALA h 65 ? ? -41.20 -84.80 318 1 GLU h 67 ? ? -78.53 38.48 319 1 ASN h 68 ? ? -167.47 -27.06 320 1 ARG h 78 ? ? 171.45 -173.08 321 1 ARG h 79 ? ? -104.46 -155.07 322 1 VAL h 80 ? ? 155.20 162.06 323 1 ALA h 83 ? ? -152.20 -154.17 324 1 GLN h 86 ? ? -150.60 88.18 325 1 MET h 89 ? ? -175.00 -133.48 326 1 GLU h 90 ? ? -77.32 -168.12 327 1 PRO h 93 ? ? -54.06 -79.74 328 1 LEU h 99 ? ? -51.75 -70.73 329 1 ALA h 100 ? ? -27.98 -40.56 330 1 ARG h 111 ? ? -47.27 166.13 331 1 GLU h 113 ? ? -59.63 -153.86 332 1 ARG h 114 ? ? -155.79 33.38 333 1 ARG h 115 ? ? -171.88 136.20 334 1 ALA h 116 ? ? -17.63 -71.51 335 1 ALA h 117 ? ? -16.09 -92.46 336 1 VAL h 118 ? ? -67.67 -101.08 337 1 ARG h 119 ? ? -9.01 -64.33 338 1 ALA h 127 ? ? -92.36 -60.07 339 1 ALA h 128 ? ? -62.25 33.71 340 1 GLU h 129 ? ? -169.36 -79.57 341 1 VAL h 135 ? ? -41.44 -72.22 342 1 ALA h 145 ? ? -105.99 -64.92 343 1 GLU h 146 ? ? 51.34 -94.07 344 1 TYR h 151 ? ? -156.73 -19.58 345 1 HIS h 153 ? ? -29.45 -32.91 346 1 ARG h 155 ? ? -100.68 -62.21 347 1 ASN i 15 ? ? -96.67 -62.94 348 1 ALA i 16 ? ? -54.54 -0.04 349 1 ARG i 18 ? ? -85.01 45.34 350 1 VAL i 19 ? ? -169.40 -60.18 351 1 TYR i 20 ? ? 97.66 98.16 352 1 GLU i 22 ? ? -81.44 -80.63 353 1 SER i 23 ? ? -54.06 -6.94 354 1 THR i 24 ? ? 5.24 83.95 355 1 ASP i 25 ? ? -32.42 159.89 356 1 VAL i 26 ? ? 172.51 117.69 357 1 PRO i 27 ? ? -63.81 -112.30 358 1 LYS i 32 ? ? -56.84 -74.13 359 1 ILE i 38 ? ? -54.41 -72.74 360 1 ILE i 45 ? ? -84.84 -138.57 361 1 LYS i 46 ? ? -174.64 -82.47 362 1 TYR i 48 ? ? 171.01 160.25 363 1 GLU i 49 ? ? -166.19 97.03 364 1 ARG i 50 ? ? -53.29 27.14 365 1 VAL i 51 ? ? -54.96 -173.35 366 1 ASP i 54 ? ? 61.81 -7.42 367 1 LEU i 59 ? ? -63.68 6.79 368 1 ARG i 60 ? ? 11.27 113.28 369 1 ARG i 68 ? ? -17.94 145.37 370 1 ARG i 69 ? ? -109.44 -106.53 371 1 GLN i 70 ? ? -168.28 -169.41 372 1 ASP i 73 ? ? 46.07 83.52 373 1 PRO i 74 ? ? -69.08 64.89 374 1 GLU i 77 ? ? -34.45 122.45 375 1 VAL i 79 ? ? -15.02 -41.36 376 1 HIS i 81 ? ? -45.28 -18.21 377 1 HIS i 82 ? ? 157.86 171.14 378 1 ILE i 86 ? ? -141.93 -71.09 379 1 PRO i 89 ? ? -71.15 41.38 380 1 ARG i 91 ? ? 178.24 76.56 381 1 VAL i 97 ? ? -42.81 -98.81 382 1 VAL i 103 ? ? -117.72 66.90 383 1 ARG i 104 ? ? 92.41 12.70 384 1 ARG i 105 ? ? 74.80 -19.37 385 1 LEU i 107 ? ? -139.67 -86.38 386 1 ASP i 121 ? ? -21.11 -69.57 387 1 ARG i 122 ? ? -72.75 -85.82 388 1 GLU i 123 ? ? -23.77 -52.94 389 1 ALA i 124 ? ? -52.09 -71.05 390 1 GLU i 132 ? ? -38.31 169.09 391 1 ILE i 134 ? ? -105.76 -82.68 392 1 CYS i 135 ? ? -145.99 -141.51 393 1 GLN j 3 ? ? 141.52 98.66 394 1 THR j 7 ? ? -100.25 -130.39 395 1 LYS j 11 ? ? 38.60 60.14 396 1 GLU j 12 ? ? 36.37 42.87 397 1 PRO j 21 ? ? -59.27 174.89 398 1 ASN j 23 ? ? -59.48 98.09 399 1 ASN j 29 ? ? 84.09 -81.71 400 1 GLN j 31 ? ? -98.07 -106.67 401 1 TYR j 36 ? ? -174.22 123.19 402 1 PHE j 37 ? ? 131.84 27.61 403 1 VAL j 41 ? ? -48.14 -149.75 404 1 ARG j 42 ? ? 57.17 -31.47 405 1 ALA j 46 ? ? -59.74 22.43 406 1 GLU j 48 ? ? -52.05 -80.18 407 1 VAL j 53 ? ? -163.49 18.38 408 1 ASP j 54 ? ? 61.36 88.66 409 1 LEU j 56 ? ? -65.23 -75.17 410 1 TYR j 88 ? ? -135.36 -48.67 411 1 ASP j 91 ? ? -58.77 40.73 412 1 LYS j 97 ? ? -155.54 -70.72 413 1 LEU j 99 ? ? -69.57 62.88 414 1 THR j 103 ? ? -144.63 -159.68 415 1 ARG j 104 ? ? -115.52 -135.61 416 1 ASP j 105 ? ? 160.30 99.92 417 1 GLU j 110 ? ? -83.86 -156.00 418 1 ARG j 111 ? ? -73.31 -150.27 419 1 LYS j 112 ? ? -113.47 73.64 420 1 LYS j 116 ? ? -65.08 78.71 421 1 HIS j 117 ? ? -29.59 -86.08 422 1 ALA j 119 ? ? 38.74 -92.26 423 1 ARG j 120 ? ? -72.40 38.42 424 1 ARG j 121 ? ? -168.51 116.40 425 1 TYR j 125 ? ? -107.48 -160.73 426 1 SER j 126 ? ? -103.34 -134.93 427 1 ILE k 6 ? ? 171.33 145.83 428 1 LYS k 7 ? ? -119.26 -154.66 429 1 LEU k 8 ? ? 175.90 104.61 430 1 HIS k 13 ? ? -38.56 -78.75 431 1 LYS k 14 ? ? -62.67 55.96 432 1 THR k 15 ? ? -147.04 -63.90 433 1 ASP k 17 ? ? -26.28 -35.40 434 1 ALA k 18 ? ? -58.54 -95.59 435 1 LYS k 22 ? ? -63.24 1.24 436 1 ALA k 26 ? ? -54.67 14.98 437 1 ALA k 27 ? ? -134.10 -55.89 438 1 SER k 30 ? ? 112.16 -80.71 439 1 SER k 35 ? ? -75.51 -75.01 440 1 PRO k 39 ? ? -74.54 -143.84 441 1 LEU k 40 ? ? 161.75 171.30 442 1 THR k 42 ? ? -35.78 103.48 443 1 ARG k 51 ? ? -72.45 -106.03 444 1 LYS k 55 ? ? 55.09 155.70 445 1 LYS k 57 ? ? -19.94 -31.89 446 1 ASP k 58 ? ? -34.02 -104.60 447 1 SER k 59 ? ? 54.15 -120.50 448 1 ARG k 60 ? ? 71.05 144.69 449 1 GLU k 61 ? ? 166.69 134.21 450 1 ARG k 66 ? ? -68.08 83.77 451 1 ARG k 70 ? ? -112.51 -154.90 452 1 LEU k 71 ? ? -168.50 -133.48 453 1 VAL k 72 ? ? 111.56 129.51 454 1 ASP k 73 ? ? -161.60 -162.38 455 1 LEU k 90 ? ? -145.94 47.86 456 1 VAL k 94 ? ? 131.98 -179.04 457 1 LYS k 99 ? ? -167.47 -157.98 458 1 GLN l 13 ? ? -57.63 75.86 459 1 ALA l 15 ? ? -54.40 -78.62 460 1 SER l 16 ? ? -57.09 102.17 461 1 TYR l 25 ? ? -99.44 38.60 462 1 ASN l 26 ? ? -137.18 -50.57 463 1 PRO l 35 ? ? -56.77 16.73 464 1 ASP l 36 ? ? -153.76 23.62 465 1 ASN l 38 ? ? -31.64 128.55 466 1 ILE l 40 ? ? -141.06 -85.40 467 1 THR l 41 ? ? -113.91 -165.79 468 1 TRP l 42 ? ? -174.98 -166.73 469 1 SER l 43 ? ? 171.57 147.78 470 1 LYS l 51 ? ? -147.87 -109.83 471 1 SER l 53 ? ? 76.37 -75.34 472 1 ARG l 54 ? ? -38.65 -106.48 473 1 LYS l 55 ? ? 67.58 -81.98 474 1 TYR l 59 ? ? -61.74 -80.95 475 1 ALA l 60 ? ? -19.29 -72.82 476 1 ALA l 65 ? ? -83.63 -72.03 477 1 LEU l 66 ? ? -27.87 -50.61 478 1 LYS l 71 ? ? -53.94 -92.85 479 1 ALA l 72 ? ? -51.16 -2.49 480 1 GLN l 78 ? ? -71.32 -91.68 481 1 SER l 79 ? ? -67.00 42.56 482 1 ARG l 91 ? ? -48.61 -107.38 483 1 GLN l 93 ? ? -48.87 -71.24 484 1 ILE l 95 ? ? -66.19 67.97 485 1 ARG l 96 ? ? 177.71 -68.12 486 1 LEU l 98 ? ? -51.20 -81.59 487 1 ALA l 100 ? ? -86.52 44.77 488 1 SER l 101 ? ? -172.56 -45.09 489 1 GLN l 104 ? ? -41.24 104.27 490 1 VAL l 105 ? ? -80.24 34.74 491 1 SER l 107 ? ? 67.74 104.81 492 1 THR l 112 ? ? -162.74 114.24 493 1 PRO l 115 ? ? -77.62 32.68 494 1 HIS l 116 ? ? 34.18 62.47 495 1 ASN l 117 ? ? 61.21 95.51 496 1 CYS l 119 ? ? -57.73 180.00 497 1 PRO l 121 ? ? -109.25 -155.28 498 1 LYS l 123 ? ? -34.75 -19.35 499 1 THR m 5 ? ? -39.27 136.20 500 1 ASN m 7 ? ? -59.49 -101.68 501 1 GLN m 8 ? ? -6.22 -75.46 502 1 LEU m 9 ? ? -29.18 -80.51 503 1 VAL m 10 ? ? -93.31 33.87 504 1 ARG m 14 ? ? -12.00 -70.31 505 1 GLU m 15 ? ? 87.65 -167.80 506 1 ARG m 18 ? ? -77.16 -147.34 507 1 SER m 21 ? ? -25.93 136.75 508 1 VAL m 23 ? ? -63.44 97.49 509 1 PRO m 24 ? ? -34.72 -106.08 510 1 ALA m 25 ? ? -59.62 -5.35 511 1 LEU m 26 ? ? 78.04 -102.40 512 1 LYS m 27 ? ? 77.14 74.94 513 1 ALA m 29 ? ? -165.79 109.26 514 1 PRO m 30 ? ? -70.04 46.77 515 1 PHE m 31 ? ? 178.77 123.24 516 1 ARG m 32 ? ? -164.13 -150.74 517 1 CYS m 36 ? ? -56.51 84.96 518 1 THR m 37 ? ? -59.49 -91.82 519 1 ARG m 40 ? ? 135.15 -154.07 520 1 VAL m 42 ? ? -133.50 -141.70 521 1 PRO m 44 ? ? -86.60 -121.38 522 1 LYS m 45 ? ? -175.85 -149.32 523 1 LYS m 46 ? ? 58.90 -94.24 524 1 ALA m 55 ? ? 174.59 154.56 525 1 TYR m 63 ? ? -122.63 -146.21 526 1 GLU m 64 ? ? -143.16 10.81 527 1 VAL m 65 ? ? -34.98 176.66 528 1 GLU m 72 ? ? 178.45 -129.34 529 1 HIS m 74 ? ? -50.08 -101.05 530 1 ASN m 75 ? ? 175.49 -91.31 531 1 LEU m 76 ? ? -73.17 -158.96 532 1 GLU m 78 ? ? 12.64 -93.71 533 1 SER m 80 ? ? -125.92 -121.25 534 1 VAL m 82 ? ? -173.72 -179.93 535 1 ARG m 85 ? ? -105.09 -93.48 536 1 ASP m 91 ? ? 68.79 -18.28 537 1 LEU m 92 ? ? -157.96 61.81 538 1 PRO m 93 ? ? -51.04 47.16 539 1 HIS m 98 ? ? -117.46 -116.94 540 1 ILE m 99 ? ? -162.05 -164.46 541 1 VAL m 103 ? ? 105.73 -105.62 542 1 TYR m 104 ? ? -47.31 -136.05 543 1 ASP m 105 ? ? -81.05 47.06 544 1 VAL m 109 ? ? 14.75 117.44 545 1 ASP m 111 ? ? 31.29 81.95 546 1 SER m 115 ? ? -12.03 88.80 547 1 ARG m 116 ? ? -67.07 18.10 548 1 LYS m 118 ? ? -49.75 -11.52 549 1 TYR m 119 ? ? 173.07 53.78 550 1 THR m 121 ? ? 176.82 156.35 551 1 PRO m 124 ? ? -72.16 -114.32 552 1 GLU m 126 ? ? -86.87 -158.72 553 1 VAL n 7 ? ? 39.94 97.26 554 1 ARG n 11 ? ? -177.78 120.71 555 1 ASN n 12 ? ? 141.41 28.53 556 1 LYS n 13 ? ? -164.10 -137.13 557 1 ASP n 16 ? ? -73.03 43.24 558 1 VAL n 17 ? ? -150.00 -51.55 559 1 LEU n 19 ? ? 13.55 -144.79 560 1 THR n 20 ? ? -44.42 -4.31 561 1 TYR n 21 ? ? -62.18 6.90 562 1 ILE n 22 ? ? -70.34 -157.98 563 1 TYR n 23 ? ? -98.41 -92.04 564 1 LYS n 27 ? ? -29.48 -12.93 565 1 ALA n 28 ? ? -56.56 -74.88 566 1 GLU n 35 ? ? -90.44 -77.05 567 1 THR n 37 ? ? -112.67 -84.60 568 1 ILE n 39 ? ? -61.02 73.88 569 1 ASN n 40 ? ? -43.48 171.03 570 1 ARG n 44 ? ? -55.65 106.69 571 1 VAL n 45 ? ? -20.84 -57.64 572 1 LEU n 48 ? 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? -56.63 -148.64 603 1 ARG n 125 ? ? -134.49 -35.04 604 1 ARG o 3 ? ? -178.62 -79.28 605 1 LYS o 4 ? ? 60.00 -25.81 606 1 LEU o 6 ? ? -32.57 -10.49 607 1 GLU o 8 ? ? 161.11 -54.12 608 1 ARG o 12 ? ? 71.97 149.76 609 1 THR o 13 ? ? 36.73 47.01 610 1 LYS o 15 ? ? -165.87 -14.03 611 1 PHE o 16 ? ? 150.62 -169.54 612 1 ARG o 19 ? ? -92.96 48.16 613 1 TYR o 21 ? ? 176.16 -21.39 614 1 THR o 22 ? ? 75.52 134.00 615 1 ARG o 26 ? ? -71.45 -79.35 616 1 SER o 32 ? ? -109.56 46.32 617 1 TYR o 34 ? ? -83.54 -159.73 618 1 PHE o 37 ? ? -162.55 -27.46 619 1 ILE o 42 ? ? -54.09 -80.65 620 1 CYS o 43 ? ? -26.26 -63.90 621 1 LEU o 44 ? ? -35.17 -71.94 622 1 GLU o 46 ? ? -54.56 -76.62 623 1 ALA o 48 ? ? -59.52 -76.06 624 1 LYS o 50 ? ? -46.68 -94.50 625 1 VAL o 56 ? ? 157.82 106.10 626 1 LYS o 58 ? ? -61.04 93.82 627 1 ALA o 59 ? ? -65.23 20.64 628 1 SER o 60 ? ? -42.39 87.86 629 1 ILE p 3 ? ? 144.17 171.19 630 1 LYS p 5 ? ? -35.22 -32.11 631 1 GLU p 6 ? ? -50.71 -88.24 632 1 LYS p 8 ? ? -53.60 -70.26 633 1 ALA p 16 ? 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X LYS 27 # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 2OW8 'double helix' 2OW8 'a-form double helix' 2OW8 'parallel strands' 2OW8 'hairpin loop' 2OW8 tetraloop 2OW8 'bulge loop' 2OW8 'mismatched base pair' 2OW8 'internal loop' 2OW8 'triple helix' 2OW8 'quadruple helix' 2OW8 'three-way junction' 2OW8 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A A 393 1_555 A U 38 1_555 0.848 -0.709 0.655 -0.828 18.347 172.935 1 y_A397:U37_y y 397 ? 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