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'Thermus thermophilus' 300852 Thermus 'Thermus thermophilus' HB8 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP RPOA_THETH Q9Z9H6 4 ;MLDSKLKAPVFTVRTQGREYGEFVLEPLERGFGVTLGNPLRRILLSSIPGTAVTSVYIEDVLHEFSTIPGVKEDVVEIIL NLKELVVRFLNPSLQTVTLLLKAEGPKEVKARDFLPVADVEIMNPDLHIATLEEGGRLNMEVRVDRGVGYVPAEKHGIKD RINAIPVDAVFSPVRRVAFQVEDTRLGQRTDLDKLTLRIWTDGSVTPLEALNQAVEILREHLTYFSNPQAAAVAAPEEAK EPEAPPEQEEELDLPLEELGLSTRVLHSLKEEGIESVRALLALNLKDLKNIPGIGERSLEEIKEALEKKGFTLKE ; 1 ? 2 UNP RPOB_THET8 Q8RQE9 5 ;MEIKRFGRIREVIPLPPLTEIQVESYRRALQADVPPEKRENVGIQAAFRETFPIEEEDKGKGGLVLDFLEYRLGEPPFPQ DECREKDLTYQAPLYARLQLIHKDTGLIKEDEVFLGHIPLMTEDGSFIINGADRVIVSQIHRSPGVYFTPDPARPGRYIA SIIPLPKRGPWIDLEVEPNGVVSMKVNKRKFPLVLLLRVLGYDQETLARELGAYGELVQGLMDESVFAMRPEEALIRLFT LLRPGDPPKRDKAVAYVYGLIADPRRYDLGEAGRYKAEEKLGIRLSGRTLARFEDGEFKDEVFLPTLRYLFALTAGVPGH EVDDIDHLGNRRIRTVGELMTDQFRVGLARLARGVRERMLMGSEDSLTPAKLVNSRPLEAAIREFFSRSQLSQFKDETNP LSSLRHKRRISALGPGGLTRERAGFDVRDVHRTHYGRICPVETPEGANIGLITSLAAYARVDELGFIRTPYRRVVGGVVT DEVVYMTATEEDRYTIAQANTPLEGNRIAAERVVARRKGEPVIVSPEEVEFMDVSPKQVFSVNTNLIPFLEHDDANRALM GSNMQTQAVPLIRAQAPVVMTGLEERVVRDSLAALYAEEDGEVAKVDGNRIVVRYEDGRLVEYPLRRFYRSNQGTALDQR PRVVVGQRVRKGDLLADGPASENGFLALGQNVLVAIMPFDGYNFEDAIVISEELLKRDFYTSIHIERYEIEARDTKLGPE RITRDIPHLSEAALRDLDEEGVVRIGAEVKPGDILVGRTSFKGESEPTPEERLLRSIFGEKARDVKDTSLRVPPGEGGIV VRTVRLRRGDPGVELKPGVREVVRVYVAQKRKLQVGDKLANRHGNKGVVAKILPVEDMPHLPDGTPVDVILNPLGVPSRM NLGQILETHLGLAGYFLGQRYISPIFDGAKEPEIKELLAQAFEVYFGKRKGEGFGVDKREVEVLRRAEKLGLVTPGKTPE EQLKELFLQGKVVLYDGRTGEPIEGPIVVGQMFIMKLYHMVEDKMHARSTGPYSLITQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWAL EAYGAAHTLQEMLTLKSDDIEGRNAAYEAIIKGEDVPEPSVPESFRVLVKELQALALDVQTLDEKDNPVDIFEGLASKR ; 1 ? 3 UNP RPOC_THET8 Q8RQE8 6 ;MKKEVRKVRIALASPEKIRSWSYGEVEKPETINYRTLKPERDGLFDERIFGPIKDYECACGKYKRQRFEGKVCERCGVEV TKSIVRRYRMGHIELATPAAHIWFVKDVPSKIGTLLDLSATELEQVLYFSKYIVLDPKGAILNGVPVEKRQLLTDEEYRE LRYGKQETYPLPPGVDALVKDGEEVVKGQELAPGVVSRLDGVALYRFPRRVRVEYVKKERAGLRLPLAAWVEKEAYKPGE ILAELPEPYLFRAEEEGVVELKELEEGAFLVLRREDEPVATYFLPVGMTPLVVHGEIVEKGQPLAEAKGLLRMPRQVRAA QVEAEEEGETVYLTLFLEWTEPKDYRVQPHMNVVVPEGARVEAGDKIVAAIDPEEEVIAEAEGVVHLHEPASILVVKARV YPFEDDVEVSTGDRVAPGDVLADGGKVKSDVYGRVEVDLVRNVVRVVESYDIDARMGAEAIQQLLKELDLEALEKELLEE MKHPSRARRAKARKRLEVVRAFLDSGNRPEWMILEAVPVLPPDLRPMVQVDGGRFATSDLNDLYRRLINRNNRLKKLLAQ GAPEIIIRNEKRMLQEAVDALLDNGRRGAPVTNPGSDRPLRSLTDILSGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPQLKLH QCGLPKRMALELFKPFLLKKMEEKGIAPNVKAARRMLERQRDIKDEVWDALEEVIHGKVVLLNRAPTLHRLGIQAFQPVL VEGQSIQLHPLVCEAFNADFDGDQMAVHVPLSSFAQAEARIQMLSAHNLLSPASGEPLAKPSRDIILGLYYITQVRKEKK GAGLEFATPEEALAAHERGEVALNAPIKVAGRETSVGRLKYVFANPDEALLAVAHGIVDLQDVVTVRYMGKRLETSPGRI LFARIVAEAVEDEKVAWELIQLDVPQEKNSLKDLVYQAFLRLGMEKTARLLDALKYYGFTFSTTSGITIGIDDAVIPEEK KQYLEEADRKLLQIEQAYEMGFLTDRERYDQILQLWTETTEKVTQAVFKNFEENYPFNPLYVMAQSGARGNPQQIRQLCG LRGLMQKPSGETFEVPVRSSFREGLTVLEYFISSHGARKGGADTALRTADSGYLTRKLVDVTHEIVVREADCGTTNYISV PLFQPDEVTRSLRLRKRADIEAGLYGRVLAREVEVLGVRLEEGRYLSMDDVHLLIKAAEAGEIQEVPVRSPLTCQTRYGV CQKCYGYDLSMARPVSIGEAVGIVAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVAGAADITQGLPRVIELFEARRPKAKAVISEIDGV VRIEETEEKLSVFVESEGFSKEYKLPKEARLLVKDGDYVEAGQPLTRGAIDPHQLLEAKGPEAVERYLVEEIQKVYRAQG VKLHDKHIEIVVRQMMKYVEVTDPGDSRLLEGQVLEKWDVEALNERLIAEGKTPVAWKPLLMGVTKSALSTKSWLSAASF QNTTHVLTEAAIAGKKDELIGLKENVILGRLIPAGTGSDFVRFTQVVDQKTLKAIEEARKEAVEAKERPAARRGVKREQP GKQA ; 1 ? 4 UNP RPOZ_THET8 Q8RQE7 7 ;MAEPGIDKLFGMVDSKYRLTVVVAKRAQQLLRHGFKNTVLEPEERPKMQTLEGLFDDPNAVTWAMKELLTGRLVFGENLV PEDRLQKEMERLYPVEREE ; 1 ? 5 PDB 2PPB 2PPB 1 ? ? ? 6 PDB 2PPB 2PPB 2 ? ? ? 7 PDB 2PPB 2PPB 3 ? ? ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 2PPB A 1 ? 315 ? Q9Z9H6 1 ? 315 ? 1 315 2 1 2PPB B 1 ? 315 ? Q9Z9H6 1 ? 315 ? 1 315 3 2 2PPB C 1 ? 1119 ? Q8RQE9 1 ? 1119 ? 1 1119 4 3 2PPB D 1 ? 1524 ? Q8RQE8 1 ? 1524 ? 1 1524 5 4 2PPB E 1 ? 99 ? Q8RQE7 1 ? 99 ? 1 99 6 1 2PPB K 1 ? 315 ? Q9Z9H6 1 ? 315 ? 1 315 7 1 2PPB L 1 ? 315 ? Q9Z9H6 1 ? 315 ? 1 315 8 2 2PPB M 1 ? 1119 ? Q8RQE9 1 ? 1119 ? 1 1119 9 3 2PPB N 1 ? 1524 ? Q8RQE8 1 ? 1524 ? 1 1524 10 4 2PPB O 1 ? 99 ? Q8RQE7 1 ? 99 ? 1 99 11 5 2PPB G 1 ? 23 ? 2PPB 1 ? 23 ? 1 23 12 6 2PPB H 1 ? 16 ? 2PPB 1 ? 16 ? 1 16 13 7 2PPB I 1 ? 14 ? 2PPB 2 ? 15 ? 2 15 14 5 2PPB X 1 ? 23 ? 2PPB 1 ? 23 ? 1 23 15 6 2PPB Y 1 ? 16 ? 2PPB 1 ? 16 ? 1 16 16 7 2PPB Z 1 ? 14 ? 2PPB 2 ? 15 ? 2 15 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 APC non-polymer . 'DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER' "ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 'C11 H18 N5 O12 P3' 505.208 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 STD non-polymer . STREPTOLYDIGIN '2-PYRROLIDINEACETAMIDE; PORTAMYCIN' 'C32 H44 N2 O9' 600.700 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.entry_id 2PPB _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.85 _exptl_crystal.density_percent_sol 68.05 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 295 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 6.50 _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;30% MPD, 0.1M NA CACODYLATE, 0.2M MG ACETATE, 2MM AMPCPP, 2MM STD, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 6.50, temperature 295K ; _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # loop_ _exptl_crystal_grow_comp.crystal_id _exptl_crystal_grow_comp.id _exptl_crystal_grow_comp.sol_id _exptl_crystal_grow_comp.name _exptl_crystal_grow_comp.volume _exptl_crystal_grow_comp.conc _exptl_crystal_grow_comp.details 1 1 1 MPD ? ? ? 1 2 1 'NA CACODYLATE' ? ? ? 1 3 1 'MG ACETATE' ? ? ? 1 4 1 AMPCPP ? ? ? 1 5 2 MPD ? ? ? 1 6 2 'NA CACODYLATE' ? ? ? 1 7 2 'MG ACETATE' ? ? ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100.0 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'MARMOSAIC 300 mm CCD' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2006-08-25 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator GRAPHITE _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.0 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'APS BEAMLINE 22-ID' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site APS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline 22-ID _diffrn_source.pdbx_wavelength 1.0 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1.0 # _reflns.entry_id 2PPB _reflns.observed_criterion_sigma_I 0.000 _reflns.observed_criterion_sigma_F 0.000 _reflns.d_resolution_low 40.000 _reflns.d_resolution_high 3.000 _reflns.number_obs 207148 _reflns.number_all 207148 _reflns.percent_possible_obs 88.7 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.11 _reflns.pdbx_Rsym_value 0.11 _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 7.10000 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 47 _reflns.pdbx_redundancy 2.6 _reflns.R_free_details ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 # _reflns_shell.d_res_high 3.00 _reflns_shell.d_res_low 3.11 _reflns_shell.percent_possible_all 70.1 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.439 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value 0.439 _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 2.200 _reflns_shell.pdbx_redundancy 1.90 _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all 16469 _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 # _refine.entry_id 2PPB _refine.ls_number_reflns_obs 207148 _refine.ls_number_reflns_all 207148 _refine.pdbx_ls_sigma_I 0 _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.000 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 40.00 _refine.ls_d_res_high 3.00 _refine.ls_percent_reflns_obs 87.8 _refine.ls_R_factor_obs 0.234 _refine.ls_R_factor_all 0.243 _refine.ls_R_factor_R_work 0.234 _refine.ls_R_factor_R_free 0.266 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.1 _refine.ls_number_reflns_R_free 11916 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean 55.10 _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ;THE PERFECT MEROHEDRAL TWINNING WAS DETECTED IN THE CRYSTALS WITH THE TWINNING OPERATOR {H,-K,-L}. THE REFINEMENT STATISTICS PRESENTED FOR THIS ENTRY CORRESPONDS TO THE REFINEMENT CARRIED OUT USING THE TWINNING OPTION OF THE CNS PROGRAM. FOR THE DEPOSITION THE DIFFRACTION DATA WERE DETWINNED USING THE CNS PROGRAM. THEREFORE, SOME REFLECTIONS WERE LOST DUE TO THE DETWINNING PROCEDURE AND ARE MISSING IN THE DEPOSITED SF FILE, WHEREAS THE REFINEMENT STATISTICS CALCULATED BASED ON THE DETWINNED ATA MIGHT BE SLIGHTLY DIFFERENT FROM THOSE OBTAINED DURING THE "TWINNED" REFINEMENT INCLUDED IN THIS ENTRY. ; _refine.pdbx_starting_model 'PDB ENTRY 2O5I' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ISOTROPIC _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'Engh & Huber' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_analyze.entry_id 2PPB _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.38 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs 0.39 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs 5.00 _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free 0.43 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free 0.42 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? _refine_analyze.number_disordered_residues ? _refine_analyze.occupancy_sum_hydrogen ? _refine_analyze.occupancy_sum_non_hydrogen ? _refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 47168 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 2168 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 156 _refine_hist.number_atoms_solvent 2470 _refine_hist.number_atoms_total 51962 _refine_hist.d_res_high 3.00 _refine_hist.d_res_low 40.00 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_bond_d 0.016 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_bond_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_bond_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg 1.84 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d 26.8 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d 1.37 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scbond_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scangle_it ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 10 _refine_ls_shell.d_res_high 3.00 _refine_ls_shell.d_res_low 3.11 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 16469 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.284 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 70.10 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.314 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 3.9 _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 910 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs 16469 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _struct.entry_id 2PPB _struct.title ;Crystal structure of the T. thermophilus RNAP polymerase elongation complex with the ntp substrate analog and antibiotic streptolydigin ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2PPB _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSFERASE/DNA/RNA _struct_keywords.text ;RNA POLYMERASE, ELONGATION COMPLEX, TEMPLATE DNA, NON-TEMPLATE DNA, RNA TRANSCRIPT, NTP SUBSTRATE, ANTIBIOTIC STREPTOLYDIGIN, TRANSFERASE-DNA-RNA COMPLEX ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 4 ? M N N 4 ? N N N 5 ? O N N 6 ? P N N 7 ? Q N N 8 ? R N N 9 ? S N N 9 ? T N N 10 ? U N N 10 ? V N N 11 ? W N N 11 ? X N N 8 ? Y N N 9 ? Z N N 9 ? AA N N 10 ? BA N N 10 ? CA N N 12 ? DA N N 12 ? EA N N 12 ? FA N N 12 ? GA N N 12 ? HA N N 12 ? IA N N 12 ? JA N N 12 ? KA N N 12 ? LA N N 12 ? MA N N 12 ? NA N N 12 ? OA N N 12 ? PA N N 12 ? QA N N 12 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 26 G . ? GLU 26 A PRO 27 G ? PRO 27 A 1 -0.21 2 GLU 26 H . ? GLU 26 B PRO 27 H ? PRO 27 B 1 -0.46 3 LEU 165 I . ? LEU 165 C PRO 166 I ? PRO 166 C 1 0.67 4 GLU 26 L . ? GLU 26 K PRO 27 L ? 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CG ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel B 3 4 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel F 2 3 ? anti-parallel F 3 4 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel G 3 4 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel K 1 2 ? parallel K 2 3 ? parallel L 1 2 ? anti-parallel L 2 3 ? anti-parallel L 3 4 ? anti-parallel M 1 2 ? anti-parallel N 1 2 ? anti-parallel N 2 3 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel P 2 3 ? anti-parallel P 3 4 ? anti-parallel Q 1 2 ? anti-parallel R 1 2 ? anti-parallel S 1 2 ? anti-parallel S 2 3 ? anti-parallel S 3 4 ? parallel S 4 5 ? anti-parallel S 5 6 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel T 2 3 ? anti-parallel U 1 2 ? anti-parallel U 2 3 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel W 1 2 ? anti-parallel W 2 3 ? anti-parallel W 3 4 ? anti-parallel W 4 5 ? parallel W 5 6 ? anti-parallel W 6 7 ? parallel W 7 8 ? anti-parallel X 1 2 ? anti-parallel X 2 3 ? anti-parallel Y 1 2 ? anti-parallel Z 1 2 ? anti-parallel Z 2 3 ? anti-parallel Z 3 4 ? anti-parallel Z 4 5 ? anti-parallel Z 5 6 ? parallel AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? parallel AB 1 2 ? anti-parallel AB 2 3 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AD 1 2 ? anti-parallel AE 1 2 ? anti-parallel AE 2 3 ? anti-parallel AE 3 4 ? anti-parallel AF 1 2 ? anti-parallel AF 2 3 ? anti-parallel AG 1 2 ? anti-parallel AH 1 2 ? anti-parallel AI 1 2 ? anti-parallel AJ 1 2 ? parallel AJ 2 3 ? anti-parallel AK 1 2 ? anti-parallel AK 2 3 ? anti-parallel AL 1 2 ? anti-parallel AM 1 2 ? anti-parallel AN 1 2 ? anti-parallel AN 2 3 ? anti-parallel AO 1 2 ? anti-parallel AO 2 3 ? anti-parallel AO 3 4 ? anti-parallel AP 1 2 ? anti-parallel AP 2 3 ? anti-parallel AQ 1 2 ? anti-parallel AR 1 2 ? anti-parallel AR 2 3 ? anti-parallel AR 3 4 ? anti-parallel AS 1 2 ? anti-parallel AS 2 3 ? anti-parallel AS 3 4 ? anti-parallel AT 1 2 ? anti-parallel AU 1 2 ? anti-parallel AV 1 2 ? anti-parallel AW 1 2 ? anti-parallel AW 2 3 ? anti-parallel AW 3 4 ? anti-parallel AX 1 2 ? anti-parallel AX 2 3 ? anti-parallel AX 3 4 ? anti-parallel AY 1 2 ? anti-parallel AZ 1 2 ? anti-parallel BA 1 2 ? anti-parallel BB 1 2 ? parallel BB 2 3 ? parallel BC 1 2 ? anti-parallel BC 2 3 ? anti-parallel BC 3 4 ? anti-parallel BD 1 2 ? anti-parallel BE 1 2 ? anti-parallel BE 2 3 ? anti-parallel BF 1 2 ? anti-parallel BG 1 2 ? anti-parallel BG 2 3 ? anti-parallel BG 3 4 ? anti-parallel BG 4 5 ? anti-parallel BH 1 2 ? anti-parallel BI 1 2 ? anti-parallel BJ 1 2 ? anti-parallel BJ 2 3 ? anti-parallel BJ 3 4 ? parallel BJ 4 5 ? anti-parallel BJ 5 6 ? anti-parallel BK 1 2 ? anti-parallel BK 2 3 ? anti-parallel BL 1 2 ? anti-parallel BL 2 3 ? anti-parallel BM 1 2 ? anti-parallel BN 1 2 ? anti-parallel BN 2 3 ? anti-parallel BN 3 4 ? anti-parallel BN 4 5 ? parallel BN 5 6 ? anti-parallel BN 6 7 ? parallel BN 7 8 ? anti-parallel BO 1 2 ? anti-parallel BO 2 3 ? anti-parallel BP 1 2 ? anti-parallel BQ 1 2 ? anti-parallel BQ 2 3 ? anti-parallel BQ 3 4 ? anti-parallel BQ 4 5 ? anti-parallel BQ 5 6 ? parallel BR 1 2 ? anti-parallel BR 2 3 ? parallel BS 1 2 ? anti-parallel BS 2 3 ? anti-parallel BT 1 2 ? anti-parallel BU 1 2 ? anti-parallel BU 2 3 ? anti-parallel BV 1 2 ? anti-parallel BV 2 3 ? anti-parallel BV 3 4 ? anti-parallel BW 1 2 ? anti-parallel BW 2 3 ? anti-parallel BW 3 4 ? anti-parallel BX 1 2 ? anti-parallel BY 1 2 ? anti-parallel BZ 1 2 ? parallel BZ 2 3 ? anti-parallel CA 1 2 ? anti-parallel CB 1 2 ? anti-parallel CC 1 2 ? anti-parallel CD 1 2 ? anti-parallel CD 2 3 ? anti-parallel CE 1 2 ? anti-parallel CE 2 3 ? anti-parallel CE 3 4 ? anti-parallel CF 1 2 ? anti-parallel CF 2 3 ? anti-parallel CG 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 VAL G 10 ? 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P Y A 2 ? ? 142.98 119.70 23.28 1.20 Y 40 1 OP1 Y A 2 ? ? P Y A 2 ? ? OP2 Y A 2 ? ? 108.35 119.60 -11.25 1.50 N 41 1 N9 Y A 2 ? ? "C1'" Y A 2 ? ? "C2'" Y A 2 ? ? 94.04 112.00 -17.96 1.10 N 42 1 "O4'" Y A 2 ? ? "C1'" Y A 2 ? ? N9 Y A 2 ? ? 121.03 108.50 12.53 0.70 N 43 1 "C3'" Y A 2 ? ? "O3'" Y A 2 ? ? P Y G 3 ? ? 109.93 119.70 -9.77 1.20 Y 44 1 OP1 Y G 3 ? ? P Y G 3 ? ? OP2 Y G 3 ? ? 109.93 119.60 -9.67 1.50 N 45 1 OP1 Y U 4 ? ? P Y U 4 ? ? OP2 Y U 4 ? ? 110.00 119.60 -9.60 1.50 N 46 1 "O4'" Y C 5 ? ? "C1'" Y C 5 ? ? N1 Y C 5 ? ? 114.53 108.50 6.03 0.70 N 47 1 "O4'" Y U 6 ? ? "C1'" Y U 6 ? ? N1 Y U 6 ? ? 114.74 108.50 6.24 0.70 N 48 1 "C4'" Y G 7 ? ? "C3'" Y G 7 ? ? "O3'" Y G 7 ? ? 126.06 113.00 13.06 2.00 N 49 1 N9 Y G 7 ? ? "C1'" Y G 7 ? ? "C2'" Y G 7 ? ? 99.29 112.00 -12.71 1.10 N 50 1 "O4'" Y C 8 ? ? "C1'" Y C 8 ? ? N1 Y C 8 ? ? 114.03 108.50 5.53 0.70 N 51 1 "C5'" Y G 9 ? ? "C4'" Y G 9 ? ? "O4'" Y G 9 ? ? 101.04 109.10 -8.06 1.20 N 52 1 N9 Y G 9 ? ? "C1'" Y G 9 ? ? "C2'" Y G 9 ? ? 102.55 112.00 -9.45 1.10 N 53 1 "O4'" Y G 9 ? ? "C1'" Y G 9 ? ? N9 Y G 9 ? ? 114.46 108.50 5.96 0.70 N 54 1 N9 Y G 10 ? ? "C1'" Y G 10 ? ? "C2'" Y G 10 ? ? 104.73 112.00 -7.27 1.10 N 55 1 "O4'" Y G 10 ? ? "C1'" Y G 10 ? ? N9 Y G 10 ? ? 113.93 108.50 5.43 0.70 N 56 1 N1 Y C 11 ? ? "C1'" Y C 11 ? ? "C2'" Y C 11 ? ? 103.65 112.00 -8.35 1.10 N 57 1 "O4'" Y C 11 ? ? "C1'" Y C 11 ? ? N1 Y C 11 ? ? 113.31 108.50 4.81 0.70 N 58 1 "O4'" Y G 12 ? ? "C1'" Y G 12 ? ? N9 Y G 12 ? ? 113.96 108.50 5.46 0.70 N 59 1 N9 Y G 14 ? ? "C1'" Y G 14 ? ? "C2'" Y G 14 ? ? 100.63 112.00 -11.37 1.10 N 60 1 "O4'" Y G 14 ? ? "C1'" Y G 14 ? ? N9 Y G 14 ? ? 113.75 108.50 5.25 0.70 N 61 1 "O4'" Y C 15 ? ? "C1'" Y C 15 ? ? N1 Y C 15 ? ? 114.10 108.50 5.60 0.70 N 62 1 "C4'" Y G 16 ? ? "C3'" Y G 16 ? ? "O3'" Y G 16 ? ? 130.40 113.00 17.40 2.00 N 63 1 "O4'" Y G 16 ? ? "C1'" Y G 16 ? ? N9 Y G 16 ? ? 113.02 108.50 4.52 0.70 N 64 1 "O5'" Z DC 7 ? ? P Z DC 7 ? ? OP2 Z DC 7 ? ? 120.14 110.70 9.44 1.20 N 65 1 C A GLY 105 ? ? N A PRO 106 ? ? CA A PRO 106 ? ? 129.79 119.30 10.49 1.50 Y 66 1 CA A LEU 186 ? ? CB A LEU 186 ? ? CG A LEU 186 ? ? 129.37 115.30 14.07 2.30 N 67 1 C B GLY 105 ? ? N B PRO 106 ? ? CA B PRO 106 ? ? 129.04 119.30 9.74 1.50 Y 68 1 CA B LEU 138 ? ? CB B LEU 138 ? ? CG B LEU 138 ? ? 131.55 115.30 16.25 2.30 N 69 1 CA C LEU 18 ? ? CB C LEU 18 ? ? CG C LEU 18 ? ? 101.49 115.30 -13.81 2.30 N 70 1 C C LEU 165 ? ? N C PRO 166 ? ? CA C PRO 166 ? ? 143.51 127.00 16.51 2.40 Y 71 1 C C GLY 169 ? ? N C PRO 170 ? ? CA C PRO 170 ? ? 130.23 119.30 10.93 1.50 Y 72 1 C C GLU 177 ? ? N C PRO 178 ? ? CA C PRO 178 ? ? 141.68 119.30 22.38 1.50 Y 73 1 C C GLU 177 ? ? N C PRO 178 ? ? CD C PRO 178 ? ? 111.85 128.40 -16.55 2.10 Y 74 1 C C ARG 230 ? ? N C PRO 231 ? ? CA C PRO 231 ? ? 130.35 119.30 11.05 1.50 Y 75 1 C C ARG 243 ? ? N C PRO 244 ? ? CA C PRO 244 ? ? 134.79 119.30 15.49 1.50 Y 76 1 C C ARG 243 ? ? N C PRO 244 ? ? CD C PRO 244 ? ? 103.53 128.40 -24.87 2.10 Y 77 1 NE C ARG 409 ? ? CZ C ARG 409 ? ? NH1 C ARG 409 ? ? 124.44 120.30 4.14 0.50 N 78 1 NE C ARG 409 ? ? CZ C ARG 409 ? ? NH2 C ARG 409 ? ? 116.50 120.30 -3.80 0.50 N 79 1 C C ILE 726 ? ? N C PRO 727 ? ? CA C PRO 727 ? ? 135.75 119.30 16.45 1.50 Y 80 1 CA C LEU 815 ? ? CB C LEU 815 ? ? CG C LEU 815 ? ? 130.78 115.30 15.48 2.30 N 81 1 CA C LEU 861 ? ? CB C LEU 861 ? ? CG C LEU 861 ? ? 129.61 115.30 14.31 2.30 N 82 1 C C GLU 1078 ? ? N C PRO 1079 ? ? CA C PRO 1079 ? ? 130.43 119.30 11.13 1.50 Y 83 1 CA D CYS 73 ? ? CB D CYS 73 ? ? SG D CYS 73 ? ? 121.41 114.20 7.21 1.10 N 84 1 CA D CYS 76 ? ? CB D CYS 76 ? ? SG D CYS 76 ? ? 122.73 114.20 8.53 1.10 N 85 1 C D TYR 132 ? ? N D ILE 133 ? ? CA D ILE 133 ? ? 138.16 121.70 16.46 2.50 Y 86 1 CB D ILE 133 ? ? CA D ILE 133 ? ? C D ILE 133 ? ? 99.58 111.60 -12.02 2.00 N 87 1 CA D LEU 152 ? ? CB D LEU 152 ? ? CG D LEU 152 ? ? 134.63 115.30 19.33 2.30 N 88 1 CB D MET 456 ? ? CA D MET 456 ? ? C D MET 456 ? ? 96.92 110.40 -13.48 2.00 N 89 1 C D ARG 508 ? ? N D PRO 509 ? ? CA D PRO 509 ? ? 134.80 119.30 15.50 1.50 Y 90 1 C D PRO 521 ? ? N D PRO 522 ? ? CA D PRO 522 ? ? 130.05 119.30 10.75 1.50 Y 91 1 C D ARG 525 ? ? N D PRO 526 ? ? CA D PRO 526 ? ? 134.53 119.30 15.23 1.50 Y 92 1 C D ARG 525 ? ? N D PRO 526 ? ? CD D PRO 526 ? ? 110.66 128.40 -17.74 2.10 Y 93 1 CA D LEU 581 ? ? CB D LEU 581 ? ? CG D LEU 581 ? ? 133.39 115.30 18.09 2.30 N 94 1 C D GLY 634 ? ? N D PRO 635 ? ? CA D PRO 635 ? ? 130.99 119.30 11.69 1.50 Y 95 1 C D ALA 705 ? ? N D PRO 706 ? ? CA D PRO 706 ? ? 106.64 119.30 -12.66 1.50 Y 96 1 CB D ASP 1090 ? ? CG D ASP 1090 ? ? OD2 D ASP 1090 ? ? 125.19 118.30 6.89 0.90 N 97 1 C D GLN 1124 ? ? N D PRO 1125 ? ? CA D PRO 1125 ? ? 137.14 119.30 17.84 1.50 Y 98 1 C D GLN 1124 ? ? N D PRO 1125 ? ? CD D PRO 1125 ? ? 115.28 128.40 -13.12 2.10 Y 99 1 NE D ARG 1266 ? ? CZ D ARG 1266 ? ? NH1 D ARG 1266 ? ? 124.63 120.30 4.33 0.50 N 100 1 NE D ARG 1266 ? ? CZ D ARG 1266 ? ? NH2 D ARG 1266 ? ? 114.05 120.30 -6.25 0.50 N 101 1 C D ARG 1267 ? ? N D PRO 1268 ? ? CA D PRO 1268 ? ? 130.61 119.30 11.31 1.50 Y 102 1 CA D LEU 1429 ? ? CB D LEU 1429 ? ? CG D LEU 1429 ? ? 131.47 115.30 16.17 2.30 N 103 1 CB D PHE 1440 ? ? CG D PHE 1440 ? ? CD2 D PHE 1440 ? ? 125.17 120.80 4.37 0.70 N 104 1 C E GLU 41 ? ? N E PRO 42 ? ? CA E PRO 42 ? ? 129.18 119.30 9.88 1.50 Y 105 1 C E TYR 93 ? ? N E PRO 94 ? ? CA E PRO 94 ? ? 131.47 119.30 12.17 1.50 Y 106 1 C E TYR 93 ? ? N E PRO 94 ? ? CD E PRO 94 ? ? 110.43 128.40 -17.97 2.10 Y 107 1 CA E PRO 94 ? ? N E PRO 94 ? ? CD E PRO 94 ? ? 96.63 111.70 -15.07 1.40 N 108 1 N E PRO 94 ? ? CA E PRO 94 ? ? C E PRO 94 ? ? 135.73 112.10 23.63 2.60 N 109 1 C K GLY 105 ? ? N K PRO 106 ? ? CA K PRO 106 ? ? 129.48 119.30 10.18 1.50 Y 110 1 CA K LEU 186 ? ? CB K LEU 186 ? ? CG K LEU 186 ? ? 129.52 115.30 14.22 2.30 N 111 1 CA L LEU 90 ? ? CB L LEU 90 ? ? CG L LEU 90 ? ? 132.05 115.30 16.75 2.30 N 112 1 C L GLY 105 ? ? N L PRO 106 ? ? CA L PRO 106 ? ? 128.60 119.30 9.30 1.50 Y 113 1 CA M LEU 88 ? ? CB M LEU 88 ? ? CG M LEU 88 ? ? 130.54 115.30 15.24 2.30 N 114 1 C M LEU 165 ? ? N M PRO 166 ? ? CA M PRO 166 ? ? 143.79 127.00 16.79 2.40 Y 115 1 C M LEU 165 ? ? N M PRO 166 ? ? CD M PRO 166 ? ? 106.39 120.60 -14.21 2.20 Y 116 1 C M GLY 169 ? ? N M PRO 170 ? ? CA M PRO 170 ? ? 130.15 119.30 10.85 1.50 Y 117 1 C M GLU 177 ? ? N M PRO 178 ? ? CA M PRO 178 ? ? 140.72 119.30 21.42 1.50 Y 118 1 C M GLU 177 ? ? N M PRO 178 ? ? CD M PRO 178 ? ? 113.89 128.40 -14.51 2.10 Y 119 1 C M ARG 230 ? ? N M PRO 231 ? ? CA M PRO 231 ? ? 130.72 119.30 11.42 1.50 Y 120 1 C M ARG 243 ? ? N M PRO 244 ? ? CA M PRO 244 ? ? 138.25 119.30 18.95 1.50 Y 121 1 C M ARG 243 ? ? N M PRO 244 ? ? CD M PRO 244 ? ? 95.53 128.40 -32.87 2.10 Y 122 1 CA M PRO 244 ? ? N M PRO 244 ? ? CD M PRO 244 ? ? 103.21 111.70 -8.49 1.40 N 123 1 CA M LEU 285 ? ? CB M LEU 285 ? ? CG M LEU 285 ? ? 130.32 115.30 15.02 2.30 N 124 1 NE M ARG 409 ? ? CZ M ARG 409 ? ? NH1 M ARG 409 ? ? 123.86 120.30 3.56 0.50 N 125 1 NE M ARG 409 ? ? CZ M ARG 409 ? ? NH2 M ARG 409 ? ? 117.20 120.30 -3.10 0.50 N 126 1 C M THR 443 ? ? N M PRO 444 ? ? CA M PRO 444 ? ? 129.92 119.30 10.62 1.50 Y 127 1 C M ILE 726 ? ? N M PRO 727 ? ? CA M PRO 727 ? ? 135.61 119.30 16.31 1.50 Y 128 1 C M ILE 726 ? ? N M PRO 727 ? ? CD M PRO 727 ? ? 115.43 128.40 -12.97 2.10 Y 129 1 C M ASP 810 ? ? N M PRO 811 ? ? CA M PRO 811 ? ? 129.65 119.30 10.35 1.50 Y 130 1 C M GLU 1078 ? ? N M PRO 1079 ? ? CA M PRO 1079 ? ? 129.19 119.30 9.89 1.50 Y 131 1 CA N CYS 73 ? ? CB N CYS 73 ? ? SG N CYS 73 ? ? 121.92 114.20 7.72 1.10 N 132 1 C N ARG 508 ? ? N N PRO 509 ? ? CA N PRO 509 ? ? 134.54 119.30 15.24 1.50 Y 133 1 C N ARG 525 ? ? N N PRO 526 ? ? CA N PRO 526 ? ? 134.81 119.30 15.51 1.50 Y 134 1 C N ARG 525 ? ? N N PRO 526 ? ? CD N PRO 526 ? ? 114.71 128.40 -13.69 2.10 Y 135 1 C N GLY 634 ? ? N N PRO 635 ? ? CA N PRO 635 ? ? 132.09 119.30 12.79 1.50 Y 136 1 C N ALA 705 ? ? N N PRO 706 ? ? CA N PRO 706 ? ? 106.65 119.30 -12.65 1.50 Y 137 1 CB N ASP 1090 ? ? CG N ASP 1090 ? ? OD2 N ASP 1090 ? ? 124.79 118.30 6.49 0.90 N 138 1 C N GLU 1109 ? ? N N ALA 1110 ? ? CA N ALA 1110 ? ? 137.00 121.70 15.30 2.50 Y 139 1 CA N CYS 1112 ? ? CB N CYS 1112 ? ? SG N CYS 1112 ? ? 121.98 114.20 7.78 1.10 N 140 1 C N GLN 1124 ? ? N N PRO 1125 ? ? CA N PRO 1125 ? ? 137.53 119.30 18.23 1.50 Y 141 1 C N GLN 1124 ? ? N N PRO 1125 ? ? CD N PRO 1125 ? ? 114.51 128.40 -13.89 2.10 Y 142 1 NE N ARG 1266 ? ? CZ N ARG 1266 ? ? NH1 N ARG 1266 ? ? 124.35 120.30 4.05 0.50 N 143 1 NE N ARG 1266 ? ? CZ N ARG 1266 ? ? NH2 N ARG 1266 ? ? 116.26 120.30 -4.04 0.50 N 144 1 C N ARG 1267 ? ? N N PRO 1268 ? ? CA N PRO 1268 ? ? 131.80 119.30 12.50 1.50 Y 145 1 C N ASP 1331 ? ? N N PRO 1332 ? ? CA N PRO 1332 ? ? 128.78 119.30 9.48 1.50 Y 146 1 CA N LEU 1389 ? ? CB N LEU 1389 ? ? CG N LEU 1389 ? ? 135.35 115.30 20.05 2.30 N 147 1 CA N LEU 1492 ? ? CB N LEU 1492 ? ? CG N LEU 1492 ? ? 129.98 115.30 14.68 2.30 N 148 1 C O TYR 93 ? ? N O PRO 94 ? ? CA O PRO 94 ? ? 130.33 119.30 11.03 1.50 Y 149 1 C O TYR 93 ? ? N O PRO 94 ? ? CD O PRO 94 ? ? 108.36 128.40 -20.04 2.10 Y 150 1 CA O PRO 94 ? ? N O PRO 94 ? ? CD O PRO 94 ? ? 95.57 111.70 -16.13 1.40 N 151 1 N O PRO 94 ? ? CA O PRO 94 ? ? 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C4 N4 sing N N 189 C C4 C5 sing N N 190 C N4 H41 sing N N 191 C N4 H42 sing N N 192 C C5 C6 doub N N 193 C C5 H5 sing N N 194 C C6 H6 sing N N 195 CYS N CA sing N N 196 CYS N H sing N N 197 CYS N H2 sing N N 198 CYS CA C sing N N 199 CYS CA CB sing N N 200 CYS CA HA sing N N 201 CYS C O doub N N 202 CYS C OXT sing N N 203 CYS CB SG sing N N 204 CYS CB HB2 sing N N 205 CYS CB HB3 sing N N 206 CYS SG HG sing N N 207 CYS OXT HXT sing N N 208 DA OP3 P sing N N 209 DA OP3 HOP3 sing N N 210 DA P OP1 doub N N 211 DA P OP2 sing N N 212 DA P "O5'" sing N N 213 DA OP2 HOP2 sing N N 214 DA "O5'" "C5'" sing N N 215 DA "C5'" "C4'" sing N N 216 DA "C5'" "H5'" sing N N 217 DA "C5'" "H5''" sing N N 218 DA "C4'" "O4'" sing N N 219 DA "C4'" "C3'" sing N N 220 DA "C4'" "H4'" sing N N 221 DA "O4'" "C1'" sing N N 222 DA "C3'" "O3'" sing N N 223 DA "C3'" "C2'" sing N N 224 DA "C3'" "H3'" sing N N 225 DA "O3'" "HO3'" sing N N 226 DA "C2'" "C1'" sing N N 227 DA "C2'" "H2'" sing N N 228 DA "C2'" "H2''" sing N N 229 DA "C1'" N9 sing N N 230 DA "C1'" "H1'" sing N N 231 DA N9 C8 sing Y N 232 DA N9 C4 sing Y N 233 DA C8 N7 doub Y N 234 DA C8 H8 sing N N 235 DA N7 C5 sing Y N 236 DA C5 C6 sing Y N 237 DA C5 C4 doub Y N 238 DA C6 N6 sing N N 239 DA C6 N1 doub Y N 240 DA N6 H61 sing N N 241 DA N6 H62 sing N N 242 DA N1 C2 sing Y N 243 DA C2 N3 doub Y N 244 DA C2 H2 sing N N 245 DA N3 C4 sing Y N 246 DC OP3 P sing N N 247 DC OP3 HOP3 sing N N 248 DC P OP1 doub N N 249 DC P OP2 sing N N 250 DC P "O5'" sing N N 251 DC OP2 HOP2 sing N N 252 DC "O5'" "C5'" sing N N 253 DC "C5'" "C4'" sing N N 254 DC "C5'" "H5'" sing N N 255 DC "C5'" "H5''" sing N N 256 DC "C4'" "O4'" sing N N 257 DC "C4'" "C3'" sing N N 258 DC "C4'" "H4'" sing N N 259 DC "O4'" "C1'" sing N N 260 DC "C3'" "O3'" sing N N 261 DC "C3'" "C2'" sing N N 262 DC "C3'" "H3'" sing N N 263 DC "O3'" "HO3'" sing N N 264 DC "C2'" "C1'" sing N N 265 DC "C2'" "H2'" sing N N 266 DC "C2'" "H2''" sing N N 267 DC "C1'" N1 sing N N 268 DC "C1'" "H1'" sing N 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N N 812 VAL CG2 HG21 sing N N 813 VAL CG2 HG22 sing N N 814 VAL CG2 HG23 sing N N 815 VAL OXT HXT sing N N 816 # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 2PPB 'double helix' 2PPB 'a-form double helix' 2PPB 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code 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