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'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 Escherichia ? ? 'Escherichia coli' ? ? 'BL21 (DE3)' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? pXC528 ? ? 2 1 sample ? ? ? human Homo DNMT3L ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 Escherichia ? ? 'Escherichia coli' ? ? 'BL21 (DE3)' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? pXC510 ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP DNM3A_HUMAN Q9Y6K1 1 ;PAEKRKPIRVLSLFDGIATGLLVLKDLGIQVDRYIASEVCEDSITVGMVRHQGKIMYVGDVRSVTQKHIQEWGPFDLVIG GSPCNDLSIVNPARKGLYEGTGRLFFEFYRLLHDARPKEGDDRPFFWLFENVVAMGVSDKRDISRFLESNPVMIDAKEVS AAHRARYFWGNLPGMNRPLASTVNDKLELQECLEHGRIAKFSKVRTITTRSNSIKQGKDQHFPVFMNEKEDILWCTEMER VFGFPVHYTDVSNMSRLARQRLLGRSWSVPVIRHLFAPLKEYFACV ; 624 ? 2 UNP DNM3L_HUMAN Q9UJW3 2 ;WRSQLKAFYDRESENPLEMFETVPVWRRQPVRVLSLFEDIKKELTSLGFLESGSDPGQLKHVVDVTDTVRKDVEEWGPFD LVYGATPPLGHTCDRPPSWYLFQFHRLLQYARPKPGSPRPFFWMFVDNLVLNKEDLDVASRFLEMEPVTIPDVHGGSLQN AVRVWSNIPAIRSSRHWALVSEEELSLLAQNKQSSKLAAKWPTKLVKNCFLPLREYFKYFSTELTSSL ; 160 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 2QRV A 10 ? 295 ? Q9Y6K1 624 ? 909 ? 623 908 2 2 2QRV B 4 ? 230 ? Q9UJW3 160 ? 387 ? 160 386 3 2 2QRV C 4 ? 230 ? Q9UJW3 160 ? 387 ? 160 386 4 1 2QRV D 12 ? 295 ? Q9Y6K1 624 ? 909 ? 625 908 5 1 2QRV E 10 ? 295 ? Q9Y6K1 624 ? 909 ? 623 908 6 2 2QRV F 4 ? 230 ? Q9UJW3 160 ? 387 ? 160 386 7 2 2QRV G 4 ? 230 ? Q9UJW3 160 ? 387 ? 160 386 8 1 2QRV H 10 ? 295 ? Q9Y6K1 624 ? 909 ? 623 908 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 2QRV MET A 1 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 614 1 1 2QRV GLY A 2 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 615 2 1 2QRV HIS A 3 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 616 3 1 2QRV HIS A 4 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 617 4 1 2QRV HIS A 5 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 618 5 1 2QRV HIS A 6 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 619 6 1 2QRV HIS A 7 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 620 7 1 2QRV HIS A 8 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 621 8 1 2QRV MET A 9 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 622 9 2 2QRV GLY B 1 ? UNP Q9UJW3 ? ? 'expression tag' 157 10 2 2QRV SER B 2 ? UNP Q9UJW3 ? ? 'expression tag' 158 11 2 2QRV MET B 3 ? UNP Q9UJW3 ? ? 'expression tag' 159 12 3 2QRV GLY C 1 ? UNP Q9UJW3 ? ? 'expression tag' 157 13 3 2QRV SER C 2 ? UNP Q9UJW3 ? ? 'expression tag' 158 14 3 2QRV MET C 3 ? UNP Q9UJW3 ? ? 'expression tag' 159 15 4 2QRV MET D 1 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 614 16 4 2QRV GLY D 2 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 615 17 4 2QRV HIS D 3 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 616 18 4 2QRV HIS D 4 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 617 19 4 2QRV HIS D 5 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 618 20 4 2QRV HIS D 6 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 619 21 4 2QRV HIS D 7 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 620 22 4 2QRV HIS D 8 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 621 23 4 2QRV MET D 9 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 622 24 5 2QRV MET E 1 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 614 25 5 2QRV GLY E 2 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 615 26 5 2QRV HIS E 3 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 616 27 5 2QRV HIS E 4 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 617 28 5 2QRV HIS E 5 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 618 29 5 2QRV HIS E 6 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 619 30 5 2QRV HIS E 7 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 620 31 5 2QRV HIS E 8 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 621 32 5 2QRV MET E 9 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 622 33 6 2QRV GLY F 1 ? UNP Q9UJW3 ? ? 'expression tag' 157 34 6 2QRV SER F 2 ? UNP Q9UJW3 ? ? 'expression tag' 158 35 6 2QRV MET F 3 ? UNP Q9UJW3 ? ? 'expression tag' 159 36 7 2QRV GLY G 1 ? UNP Q9UJW3 ? ? 'expression tag' 157 37 7 2QRV SER G 2 ? UNP Q9UJW3 ? ? 'expression tag' 158 38 7 2QRV MET G 3 ? UNP Q9UJW3 ? ? 'expression tag' 159 39 8 2QRV MET H 1 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 614 40 8 2QRV GLY H 2 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 615 41 8 2QRV HIS H 3 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 616 42 8 2QRV HIS H 4 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 617 43 8 2QRV HIS H 5 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 618 44 8 2QRV HIS H 6 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 619 45 8 2QRV HIS H 7 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 620 46 8 2QRV HIS H 8 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 621 47 8 2QRV MET H 9 ? UNP Q9Y6K1 ? ? 'expression tag' 622 48 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SAH 'L-peptide linking' n S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE ? 'C14 H20 N6 O5 S' 384.411 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 2QRV _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.18 _exptl_crystal.density_percent_sol 61.29 _exptl_crystal.description ;THERE ARE TWO TETRAMER COMPLEXES PER ASYMMETRIC UNIT. TETRAMER FORMED BY CHAINS A,B,C,D IS MORE STABLE THAN THE TETRAMER FORMED BY CHAINS E,F,G,H. WITHIN EACH TETRAMER, THE DNMT3L MOLECULES HAVE HIGHER B-FACTOR THAN THAT OF DNMT3A, INDICATING DNMT3L MOLECULES - LOCATED IN THE OUTER SURFACES OF TETRAMER - ARE MORE MOBILE. ; _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 300 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 8.0 _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;The final protein solution CONTAINED ~100 TO 133 micro M COMPLEX IN 20 milli M TRIS/HCL, PH 8.0, 100 milli M NACL, 5 % GLYCEROL, AND 0.1 % MERCAPTOETHANOL. Crystals were obtained with the mother liquor containing 2~5 % PEG 3000, 100 mM Tris/HCl, pH 8.0, 5 % glycerol at 16C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP ; _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # loop_ _diffrn.id _diffrn.ambient_temp _diffrn.ambient_temp_details _diffrn.crystal_id 1 173.0 ? 1 2 173.0 ? 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'MARMOSAIC 300 mm CCD' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2006-04-06 _diffrn_detector.details ? # loop_ _diffrn_radiation.diffrn_id _diffrn_radiation.wavelength_id _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l _diffrn_radiation.monochromator _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type 1 1 M ? 'SINGLE WAVELENGTH' x-ray 2 1 M ? MAD x-ray # loop_ _diffrn_radiation_wavelength.id _diffrn_radiation_wavelength.wavelength _diffrn_radiation_wavelength.wt 1 1.0 1.0 2 0.9792 1.0 3 0.9785 1.0 4 0.9719 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'APS BEAMLINE 22-ID' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site APS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline 22-ID _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list '1.0, 0.9792, 0.9785,0.9719' # _reflns.entry_id 2QRV _reflns.observed_criterion_sigma_I -3.0 _reflns.observed_criterion_sigma_F 0.0 _reflns.d_resolution_low 40.0 _reflns.d_resolution_high 2.89 _reflns.number_obs 65264 _reflns.number_all 65264 _reflns.percent_possible_obs 100 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.058 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 14.8 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 85.6 _reflns.pdbx_redundancy 3.2 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_diffrn_id 1,2 _reflns.pdbx_ordinal 1 # _reflns_shell.d_res_high 2.89 _reflns_shell.d_res_low 2.99 _reflns_shell.percent_possible_all 92.1 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.488 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 1.8 _reflns_shell.pdbx_redundancy ? _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_diffrn_id ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 # _refine.entry_id 2QRV _refine.ls_number_reflns_obs 54424 _refine.ls_number_reflns_all 65264 _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 2.0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF 332407.34 _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF 0.000000 _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF 332407.34 _refine.ls_d_res_low 38.90 _refine.ls_d_res_high 2.89 _refine.ls_percent_reflns_obs 81.9 _refine.ls_R_factor_obs 0.259 _refine.ls_R_factor_all 0.259 _refine.ls_R_factor_R_work 0.259 _refine.ls_R_factor_R_free 0.281 _refine.ls_R_factor_R_free_error 0.005 _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.1 _refine.ls_number_reflns_R_free 2756 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean 101.3 _refine.aniso_B[1][1] 9.92 _refine.aniso_B[2][2] 9.92 _refine.aniso_B[3][3] -19.84 _refine.aniso_B[1][2] 24.85 _refine.aniso_B[1][3] 0.00 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details 'FLAT MODEL' _refine.solvent_model_param_ksol 0.279674 _refine.solvent_model_param_bsol 36.7996 _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ;The non-crystallographic symmetry was used as restrains in the CNS refinement, and was released for the side chains at the later cycles to account for different interaction environments of crystal packing with each molecule. The group B-factor for each residue was refined at the earlier stage of refinement and the individual B-factor for each atom was refined at the later cycles. ; _refine.pdbx_starting_model 2PV0 _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model RESTRAINED _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'ENGH & HUBER' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_analyze.entry_id 2QRV _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.49 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs 0.58 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs 40.00 _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free 0.55 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free 0.64 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? _refine_analyze.number_disordered_residues ? _refine_analyze.occupancy_sum_hydrogen ? _refine_analyze.occupancy_sum_non_hydrogen ? _refine_analyze.pdbx_Luzzati_d_res_high_obs ? _refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 14557 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 104 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 14661 _refine_hist.d_res_high 2.89 _refine_hist.d_res_low 38.90 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_bond_d 0.009 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg 1.4 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d 23.5 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d 1.04 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcbond_it 4.84 1.50 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcangle_it 7.65 2.00 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scbond_it 6.40 2.00 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scangle_it 9.07 2.50 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_restr_ncs.dom_id 1 _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details CONSTR _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position ? _refine_ls_restr_ncs.weight_position ? _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso ? _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso ? _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type . _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id . _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id 1 _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal 1 _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number ? _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id ? _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms ? _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 10 _refine_ls_shell.d_res_high 2.89 _refine_ls_shell.d_res_low 2.99 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 2410 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.467 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 38.0 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.46 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error 0.042 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 4.8 _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 121 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id 1 protein_rep.param protein.top 'X-RAY DIFFRACTION' 2 dna-rna_rep.param dna-rna_rep.top 'X-RAY DIFFRACTION' 3 water_rep.param water.top 'X-RAY DIFFRACTION' 4 sah.par ion.top 'X-RAY DIFFRACTION' 5 ion.param sah.top 'X-RAY DIFFRACTION' # _struct_ncs_dom.id 1 _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 _struct_ncs_dom.details ? # _struct_ncs_ens.id 1 _struct_ncs_ens.details ? # _struct.entry_id 2QRV _struct.title 'Structure of Dnmt3a-Dnmt3L C-terminal domain complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2QRV _struct_keywords.pdbx_keywords 'transferase/transferase regulator' _struct_keywords.text ;DNA methyltransferase 3a (Dnmt3a) and its regulatory factor, DNA methyltransferase 3-like protein (Dnmt3L), Nucleus, S-adenosyl-L-methionine, transferase-transferase regulator COMPLEX ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 1 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ;There were two tetramer complexes per crystallographic asymmetric unit. Each tetramer contains two pairs of Dnmt3a-3L hetero-dimers (3L-3a-3a-3L) with two 3L-3a interfaces and one 3a-3a interface. ; # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ALA A 27 ? LEU A 36 ? ALA A 640 LEU A 649 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 2 CYS A 49 ? HIS A 60 ? CYS A 662 HIS A 673 1 ? 12 HELX_P HELX_P3 3 ASP A 69 ? VAL A 73 ? ASP A 682 VAL A 686 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 4 THR A 74 ? TRP A 81 ? THR A 687 TRP A 694 1 ? 8 HELX_P HELX_P5 5 CYS A 93 ? SER A 97 ? CYS A 706 SER A 710 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 6 ARG A 112 ? ARG A 125 ? ARG A 725 ARG A 738 1 ? 14 HELX_P HELX_P7 7 GLY A 145 ? GLU A 157 ? GLY A 758 GLU A 770 1 ? 13 HELX_P HELX_P8 8 LYS A 166 ? VAL A 168 ? LYS A 779 VAL A 781 5 ? 3 HELX_P HELX_P9 9 GLU A 197 ? CYS A 201 ? GLU A 810 CYS A 814 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 10 TRP A 243 ? GLY A 252 ? TRP A 856 GLY A 865 1 ? 10 HELX_P HELX_P11 11 SER A 264 ? ARG A 274 ? SER A 877 ARG A 887 1 ? 11 HELX_P HELX_P12 12 SER A 277 ? ALA A 286 ? SER A 890 ALA A 899 1 ? 10 HELX_P HELX_P13 13 PRO A 287 ? PHE A 292 ? PRO A 900 PHE A 905 5 ? 6 HELX_P HELX_P14 14 PRO B 27 ? ARG B 31 ? PRO B 183 ARG B 187 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 15 VAL B 72 ? TRP B 79 ? VAL B 228 TRP B 235 1 ? 8 HELX_P HELX_P16 16 PRO B 100 ? ARG B 115 ? PRO B 256 ARG B 271 1 ? 16 HELX_P HELX_P17 17 ASN B 135 ? GLU B 147 ? ASN B 291 GLU B 303 1 ? 13 HELX_P HELX_P18 18 SER B 183 ? SER B 196 ? SER B 339 SER B 352 1 ? 14 HELX_P HELX_P19 19 THR B 205 ? ASN B 210 ? THR B 361 ASN B 366 1 ? 6 HELX_P HELX_P20 20 CYS B 211 ? TYR B 218 ? CYS B 367 TYR B 374 5 ? 8 HELX_P HELX_P21 21 PRO C 27 ? ARG C 31 ? PRO C 183 ARG C 187 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 22 VAL C 72 ? TRP C 79 ? VAL C 228 TRP C 235 1 ? 8 HELX_P HELX_P23 23 PRO C 100 ? ALA C 114 ? PRO C 256 ALA C 270 1 ? 15 HELX_P HELX_P24 24 ASN C 135 ? GLU C 147 ? ASN C 291 GLU C 303 1 ? 13 HELX_P HELX_P25 25 SER C 183 ? SER C 196 ? SER C 339 SER C 352 1 ? 14 HELX_P HELX_P26 26 THR C 205 ? ASN C 210 ? THR C 361 ASN C 366 1 ? 6 HELX_P HELX_P27 27 CYS C 211 ? TYR C 218 ? CYS C 367 TYR C 374 5 ? 8 HELX_P HELX_P28 28 ALA D 27 ? LEU D 36 ? ALA D 640 LEU D 649 1 ? 10 HELX_P HELX_P29 29 CYS D 49 ? HIS D 60 ? CYS D 662 HIS D 673 1 ? 12 HELX_P HELX_P30 30 ASP D 69 ? VAL D 73 ? ASP D 682 VAL D 686 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 31 THR D 74 ? TRP D 81 ? THR D 687 TRP D 694 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 32 CYS D 93 ? SER D 97 ? CYS D 706 SER D 710 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 33 ARG D 112 ? ARG D 125 ? ARG D 725 ARG D 738 1 ? 14 HELX_P HELX_P34 34 GLY D 145 ? LEU D 156 ? GLY D 758 LEU D 769 1 ? 12 HELX_P HELX_P35 35 LYS D 166 ? VAL D 168 ? LYS D 779 VAL D 781 5 ? 3 HELX_P HELX_P36 36 GLU D 197 ? LEU D 202 ? GLU D 810 LEU D 815 5 ? 6 HELX_P HELX_P37 37 TRP D 243 ? GLY D 252 ? TRP D 856 GLY D 865 1 ? 10 HELX_P HELX_P38 38 SER D 264 ? ARG D 274 ? SER D 877 ARG D 887 1 ? 11 HELX_P HELX_P39 39 SER D 277 ? ALA D 286 ? SER D 890 ALA D 899 1 ? 10 HELX_P HELX_P40 40 PRO D 287 ? PHE D 292 ? PRO D 900 PHE D 905 5 ? 6 HELX_P HELX_P41 41 ALA E 27 ? LEU E 36 ? ALA E 640 LEU E 649 1 ? 10 HELX_P HELX_P42 42 CYS E 49 ? HIS E 60 ? CYS E 662 HIS E 673 1 ? 12 HELX_P HELX_P43 43 ASP E 69 ? VAL E 73 ? ASP E 682 VAL E 686 5 ? 5 HELX_P HELX_P44 44 THR E 74 ? TRP E 81 ? THR E 687 TRP E 694 1 ? 8 HELX_P HELX_P45 45 CYS E 93 ? SER E 97 ? CYS E 706 SER E 710 5 ? 5 HELX_P HELX_P46 46 ARG E 112 ? ARG E 125 ? ARG E 725 ARG E 738 1 ? 14 HELX_P HELX_P47 47 GLY E 145 ? GLU E 157 ? GLY E 758 GLU E 770 1 ? 13 HELX_P HELX_P48 48 LYS E 166 ? VAL E 168 ? LYS E 779 VAL E 781 5 ? 3 HELX_P HELX_P49 49 GLU E 197 ? LEU E 202 ? GLU E 810 LEU E 815 5 ? 6 HELX_P HELX_P50 50 TRP E 243 ? PHE E 251 ? TRP E 856 PHE E 864 1 ? 9 HELX_P HELX_P51 51 SER E 264 ? SER E 275 ? SER E 877 SER E 888 1 ? 12 HELX_P HELX_P52 52 SER E 277 ? ALA E 286 ? SER E 890 ALA E 899 1 ? 10 HELX_P HELX_P53 53 PRO E 287 ? PHE E 292 ? PRO E 900 PHE E 905 5 ? 6 HELX_P HELX_P54 54 PRO F 27 ? ARG F 31 ? PRO F 183 ARG F 187 5 ? 5 HELX_P HELX_P55 55 VAL F 72 ? TRP F 79 ? VAL F 228 TRP F 235 1 ? 8 HELX_P HELX_P56 56 PRO F 100 ? ALA F 114 ? PRO F 256 ALA F 270 1 ? 15 HELX_P HELX_P57 57 ASN F 135 ? GLU F 147 ? ASN F 291 GLU F 303 1 ? 13 HELX_P HELX_P58 58 SER F 183 ? SER F 196 ? SER F 339 SER F 352 1 ? 14 HELX_P HELX_P59 59 THR F 205 ? ASN F 210 ? THR F 361 ASN F 366 1 ? 6 HELX_P HELX_P60 60 CYS F 211 ? TYR F 218 ? CYS F 367 TYR F 374 5 ? 8 HELX_P HELX_P61 61 PRO G 27 ? ARG G 31 ? PRO G 183 ARG G 187 5 ? 5 HELX_P HELX_P62 62 VAL G 72 ? TRP G 79 ? VAL G 228 TRP G 235 1 ? 8 HELX_P HELX_P63 63 PRO G 100 ? ALA G 114 ? PRO G 256 ALA G 270 1 ? 15 HELX_P HELX_P64 64 ASN G 135 ? GLU G 147 ? ASN G 291 GLU G 303 1 ? 13 HELX_P HELX_P65 65 SER G 183 ? SER G 196 ? SER G 339 SER G 352 1 ? 14 HELX_P HELX_P66 66 THR G 205 ? ASN G 210 ? THR G 361 ASN G 366 1 ? 6 HELX_P HELX_P67 67 CYS G 211 ? TYR G 218 ? CYS G 367 TYR G 374 5 ? 8 HELX_P HELX_P68 68 ALA H 27 ? LEU H 36 ? ALA H 640 LEU H 649 1 ? 10 HELX_P HELX_P69 69 CYS H 49 ? HIS H 60 ? CYS H 662 HIS H 673 1 ? 12 HELX_P HELX_P70 70 ASP H 69 ? VAL H 73 ? ASP H 682 VAL H 686 5 ? 5 HELX_P HELX_P71 71 THR H 74 ? TRP H 81 ? THR H 687 TRP H 694 1 ? 8 HELX_P HELX_P72 72 CYS H 93 ? SER H 97 ? CYS H 706 SER H 710 5 ? 5 HELX_P HELX_P73 73 ARG H 112 ? ARG H 125 ? ARG H 725 ARG H 738 1 ? 14 HELX_P HELX_P74 74 GLY H 145 ? GLU H 157 ? GLY H 758 GLU H 770 1 ? 13 HELX_P HELX_P75 75 LYS H 166 ? VAL H 168 ? LYS H 779 VAL H 781 5 ? 3 HELX_P HELX_P76 76 GLU H 197 ? LEU H 202 ? GLU H 810 LEU H 815 5 ? 6 HELX_P HELX_P77 77 TRP H 243 ? GLY H 252 ? TRP H 856 GLY H 865 1 ? 10 HELX_P HELX_P78 78 SER H 264 ? SER H 275 ? SER H 877 SER H 888 1 ? 12 HELX_P HELX_P79 79 SER H 277 ? PHE H 285 ? SER H 890 PHE H 898 1 ? 9 HELX_P HELX_P80 80 ALA H 286 ? TYR H 291 ? ALA H 899 TYR H 904 5 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 7 ? B ? 3 ? C ? 6 ? D ? 6 ? E ? 7 ? F ? 3 ? G ? 7 ? H ? 3 ? I ? 6 ? J ? 6 ? K ? 7 ? L ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? parallel A 2 3 ? parallel A 3 4 ? parallel A 4 5 ? parallel A 5 6 ? anti-parallel A 6 7 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel C 1 2 ? parallel C 2 3 ? parallel C 3 4 ? parallel C 4 5 ? anti-parallel C 5 6 ? anti-parallel D 1 2 ? parallel D 2 3 ? parallel D 3 4 ? parallel D 4 5 ? anti-parallel D 5 6 ? anti-parallel E 1 2 ? parallel E 2 3 ? parallel E 3 4 ? parallel E 4 5 ? parallel E 5 6 ? anti-parallel E 6 7 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel F 2 3 ? anti-parallel G 1 2 ? parallel G 2 3 ? parallel G 3 4 ? parallel G 4 5 ? parallel G 5 6 ? anti-parallel G 6 7 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel I 1 2 ? parallel I 2 3 ? parallel I 3 4 ? parallel I 4 5 ? anti-parallel I 5 6 ? anti-parallel J 1 2 ? parallel J 2 3 ? parallel J 3 4 ? parallel J 4 5 ? anti-parallel J 5 6 ? anti-parallel K 1 2 ? parallel K 2 3 ? parallel K 3 4 ? parallel K 4 5 ? parallel K 5 6 ? anti-parallel K 6 7 ? anti-parallel L 1 2 ? anti-parallel L 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 ILE A 64 ? VAL A 67 ? ILE A 677 VAL A 680 A 2 VAL A 40 ? SER A 46 ? VAL A 653 SER A 659 A 3 ILE A 17 ? LEU A 22 ? ILE A 630 LEU A 635 A 4 LEU A 86 ? GLY A 89 ? LEU A 699 GLY A 702 A 5 PHE A 135 ? VAL A 141 ? PHE A 748 VAL A 754 A 6 ALA A 174 ? GLY A 179 ? ALA A 787 GLY A 792 A 7 ILE A 163 ? ASP A 164 ? ILE A 776 ASP A 777 B 1 ILE A 207 ? ALA A 208 ? ILE A 820 ALA A 821 B 2 VAL A 233 ? MET A 235 ? VAL A 846 MET A 848 B 3 LYS A 238 ? ASP A 240 ? LYS A 851 ASP A 853 C 1 LEU B 62 ? VAL B 65 ? LEU B 218 VAL B 221 C 2 VAL B 36 ? LEU B 39 ? VAL B 192 LEU B 195 C 3 LEU B 84 ? ALA B 88 ? LEU B 240 ALA B 244 C 4 PHE B 125 ? ASP B 130 ? PHE B 281 ASP B 286 C 5 ARG B 166 ? SER B 169 ? ARG B 322 SER B 325 C 6 VAL B 151 ? THR B 152 ? VAL B 307 THR B 308 D 1 LEU C 62 ? VAL C 65 ? LEU C 218 VAL C 221 D 2 VAL C 36 ? LEU C 39 ? VAL C 192 LEU C 195 D 3 LEU C 84 ? ALA C 88 ? LEU C 240 ALA C 244 D 4 PHE C 125 ? ASP C 130 ? PHE C 281 ASP C 286 D 5 ARG C 166 ? SER C 169 ? ARG C 322 SER C 325 D 6 VAL C 151 ? THR C 152 ? VAL C 307 THR C 308 E 1 ILE D 64 ? VAL D 67 ? ILE D 677 VAL D 680 E 2 VAL D 40 ? SER D 46 ? VAL D 653 SER D 659 E 3 ILE D 17 ? LEU D 22 ? ILE D 630 LEU D 635 E 4 LEU D 86 ? GLY D 89 ? LEU D 699 GLY D 702 E 5 PHE D 135 ? VAL D 141 ? PHE D 748 VAL D 754 E 6 ALA D 174 ? GLY D 179 ? ALA D 787 GLY D 792 E 7 ILE D 163 ? ASP D 164 ? ILE D 776 ASP D 777 F 1 ARG D 206 ? ALA D 208 ? ARG D 819 ALA D 821 F 2 VAL D 233 ? MET D 235 ? VAL D 846 MET D 848 F 3 LYS D 238 ? ASP D 240 ? LYS D 851 ASP D 853 G 1 ILE E 64 ? VAL E 67 ? ILE E 677 VAL E 680 G 2 VAL E 40 ? SER E 46 ? VAL E 653 SER E 659 G 3 ILE E 17 ? LEU E 22 ? ILE E 630 LEU E 635 G 4 LEU E 86 ? GLY E 89 ? LEU E 699 GLY E 702 G 5 PHE E 135 ? VAL E 141 ? PHE E 748 VAL E 754 G 6 ALA E 174 ? GLY E 179 ? ALA E 787 GLY E 792 G 7 ILE E 163 ? ASP E 164 ? ILE E 776 ASP E 777 H 1 ILE E 207 ? ALA E 208 ? ILE E 820 ALA E 821 H 2 VAL E 233 ? PHE E 234 ? VAL E 846 PHE E 847 H 3 GLU E 239 ? ASP E 240 ? GLU E 852 ASP E 853 I 1 LEU F 62 ? 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