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_pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.entry_id 2VNV _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.SG_entry . _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2008-02-07 _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_sf REL _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Lameignere, E.' 1 'Malinovska, L.' 2 'Mitchell, E.P.' 3 'Imberty, A.' 4 'Wimmerova, M.' 5 # _citation.id primary _citation.title 'Structural Basis for Mannose Recognition by a Lectin from Opportunistic Bacteria Burkholderia Cenocepacia' _citation.journal_abbrev Biochem.J. _citation.journal_volume 411 _citation.page_first 307 _citation.page_last ? _citation.year 2008 _citation.journal_id_ASTM BIJOAK _citation.country UK _citation.journal_id_ISSN 0264-6021 _citation.journal_id_CSD 0043 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 18215132 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1042/BJ20071276 # 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 1.70 _refine_ls_shell.d_res_low 1.74 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 6680 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.2420 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.2940 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 350 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # _database_PDB_matrix.entry_id 2VNV _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 2VNV _struct.title 'Crystal structure of BclA lectin from burkholderia cenocepacia in complex with alpha-methyl-mannoside at 1.7 Angstrom resolution' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2VNV _struct_keywords.pdbx_keywords 'SUGAR BINDING PROTEIN' _struct_keywords.text 'SUGAR-BINDING PROTEIN, PROTEIN SUGAR INTERACTION, SUGAR-BINDING PROTEIN LECTIN, BURKHOLDERIA CENOCEPACIA, SUGAR BINDING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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CA ? ? B GLU 109 B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? ? metalc20 metalc ? ? B GLU 110 OE2 ? ? ? 1_555 K CA . CA ? ? B GLU 109 B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? ? metalc21 metalc ? ? B ASP 114 OD1 ? ? ? 1_555 K CA . CA ? ? B ASP 113 B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? ? metalc22 metalc ? ? B ASP 116 OD1 ? ? ? 1_555 K CA . CA ? ? B ASP 115 B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? ? metalc23 metalc ? ? B ASP 116 OD1 ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? B ASP 115 B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.024 ? ? metalc24 metalc ? ? B ASP 116 OD2 ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? B ASP 115 B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? ? metalc25 metalc ? ? B ASN 118 OD1 ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? B ASN 117 B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? ? metalc26 metalc ? ? B ASP 119 OD2 ? ? ? 1_555 K CA . CA ? ? B ASP 118 B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? ? metalc27 metalc ? ? B ASP 119 OD1 ? ? ? 1_555 K CA . CA ? ? B ASP 118 B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.631 ? ? metalc28 metalc ? ? B ASP 119 OD1 ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? 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E MMA 201 ? 1_555 66.7 ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 TRP 126 A . ? TRP 125 A PRO 127 A ? PRO 126 A 1 -2.81 2 TRP 126 B . ? TRP 125 B PRO 127 B ? PRO 126 B 1 -5.85 3 TRP 126 C . ? TRP 125 C PRO 127 C ? PRO 126 C 1 -5.40 4 TRP 126 D . ? TRP 125 D PRO 127 D ? PRO 126 D 1 -1.57 5 TRP 126 E . ? TRP 125 E PRO 127 E ? 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PRO E 98 GLU E 109 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA 1 2 N PHE A 14 ? 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O ILE B 69 BC 1 2 N LEU B 63 ? N LEU B 62 O PHE B 22 ? O PHE B 21 BC 2 3 N PHE B 27 ? N PHE B 26 O ILE B 121 ? O ILE B 120 BC 3 4 N TRP B 126 ? N TRP B 125 O ASN B 103 ? O ASN B 102 BC 4 5 N GLU B 110 ? N GLU B 109 O ALA B 82 ? O ALA B 81 BC 5 6 N ARG B 86 ? N ARG B 85 O ILE B 106 ? O ILE B 105 BC 6 7 N VAL B 102 ? N VAL B 101 O ILE B 90 ? O ILE B 89 BC 7 8 N GLY B 92 ? N GLY B 91 O PHE B 100 ? O PHE B 99 CA 1 2 N SER C 7 ? N SER C 6 O SER C 15 ? O SER C 14 CA 2 3 N PHE C 14 ? N PHE C 13 O ILE C 70 ? O ILE C 69 CA 4 5 N LEU C 52 ? N LEU C 51 O GLN C 34 ? O GLN C 33 CA 5 6 N PHE C 39 ? N PHE C 38 O ARG C 71 ? O ARG C 70 CA 6 7 N VAL C 76 ? N VAL C 75 O LYS C 79 ? O LYS C 78 CA 7 8 N LYS C 79 ? N LYS C 78 O VAL C 76 ? O VAL C 75 CB 1 2 N LEU C 63 ? N LEU C 62 O PHE C 22 ? O PHE C 21 CB 2 3 N PHE C 27 ? N PHE C 26 O ILE C 121 ? O ILE C 120 CB 3 4 N TRP C 126 ? N TRP C 125 O ASN C 103 ? O ASN C 102 CB 4 5 N GLU C 110 ? N GLU C 109 O ALA C 82 ? O ALA C 81 CB 5 6 N ARG C 86 ? 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O PHE E 99 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 O D HOH 2076 ? ? O D HOH 2141 ? ? 1.50 2 1 O D HOH 2076 ? ? O D HOH 2108 ? ? 1.80 3 1 NH1 D ARG 9 ? A O D HOH 2024 ? ? 1.95 4 1 O E HOH 2131 ? ? O E HOH 2132 ? ? 1.97 5 1 O C HOH 2073 ? ? 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IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. ; # loop_ _pdbx_distant_solvent_atoms.id _pdbx_distant_solvent_atoms.PDB_model_num _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_atom_id _pdbx_distant_solvent_atoms.label_alt_id _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_asym_id _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_comp_id _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id _pdbx_distant_solvent_atoms.PDB_ins_code _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_ligand_distance 1 1 O ? A HOH 2007 ? 8.44 . 2 1 O ? A HOH 2008 ? 9.99 . 3 1 O ? A HOH 2009 ? 7.82 . 4 1 O ? A HOH 2010 ? 11.50 . 5 1 O ? A HOH 2013 ? 7.13 . 6 1 O ? A HOH 2014 ? 7.18 . 7 1 O ? A HOH 2015 ? 8.73 . 8 1 O ? A HOH 2023 ? 7.42 . 9 1 O ? A HOH 2024 ? 7.41 . 10 1 O ? A HOH 2031 ? 5.88 . 11 1 O ? A HOH 2055 ? 6.21 . 12 1 O ? A HOH 2067 ? 6.06 . 13 1 O ? B HOH 2035 ? 6.08 . 14 1 O ? B HOH 2040 ? 8.50 . 15 1 O ? B HOH 2050 ? 6.60 . 16 1 O ? B HOH 2051 ? 7.70 . 17 1 O ? B HOH 2058 ? 5.95 . 18 1 O ? C HOH 2052 ? 6.96 . 19 1 O ? C HOH 2053 ? 8.05 . 20 1 O ? C HOH 2078 ? 6.68 . 21 1 O ? C HOH 2079 ? 7.55 . 22 1 O ? D HOH 2049 ? 6.81 . 23 1 O ? D HOH 2054 ? 7.63 . 24 1 O ? D HOH 2065 ? 6.14 . 25 1 O ? D HOH 2080 ? 6.25 . 26 1 O ? D HOH 2118 ? 7.14 . 27 1 O ? E HOH 2032 ? 6.17 . 28 1 O ? E HOH 2069 ? 7.01 . # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 0 ? A MET 1 2 1 Y 1 A ALA 1 ? A ALA 2 3 1 Y 1 A ASP 2 ? A ASP 3 4 1 Y 1 A SER 3 ? A SER 4 5 1 Y 1 A GLN 4 ? A GLN 5 6 1 Y 1 A THR 5 ? A THR 6 7 1 Y 1 A SER 6 ? A SER 7 8 1 Y 1 A SER 7 ? A SER 8 9 1 Y 1 A ASN 8 ? A ASN 9 10 1 Y 1 B MET 0 ? B MET 1 11 1 Y 1 C MET 0 ? C MET 1 12 1 Y 1 C ALA 1 ? C ALA 2 13 1 Y 1 D MET 0 ? D MET 1 14 1 Y 1 E MET 0 ? E MET 1 # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_ordinal ALA N N N N 1 ALA CA C N S 2 ALA C C N N 3 ALA O O N N 4 ALA CB C N N 5 ALA OXT O N N 6 ALA H H N N 7 ALA H2 H N N 8 ALA HA H N N 9 ALA HB1 H N N 10 ALA HB2 H N N 11 ALA HB3 H N N 12 ALA HXT H N N 13 ARG N N N N 14 ARG CA C N S 15 ARG C C N N 16 ARG O O N N 17 ARG CB C N N 18 ARG CG C N N 19 ARG CD C N N 20 ARG NE N N N 21 ARG CZ C N N 22 ARG NH1 N N N 23 ARG NH2 N N N 24 ARG OXT O N N 25 ARG H H N N 26 ARG H2 H N N 27 ARG HA H N N 28 ARG HB2 H N N 29 ARG HB3 H N N 30 ARG HG2 H N N 31 ARG HG3 H N N 32 ARG HD2 H N N 33 ARG HD3 H N N 34 ARG HE H N N 35 ARG HH11 H N N 36 ARG HH12 H N N 37 ARG HH21 H N N 38 ARG HH22 H N N 39 ARG HXT H N N 40 ASN N N N N 41 ASN CA C N S 42 ASN C C N N 43 ASN O O N N 44 ASN CB C N N 45 ASN CG C N N 46 ASN OD1 O N N 47 ASN ND2 N N N 48 ASN OXT O N N 49 ASN H H N N 50 ASN 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