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COLI SUCCINATE:QUINONE OXIDOREDUCTASE (SQR ) WITH AN EMPTY QUINONE-BINDING POCKET' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.entry_id 2WDR _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.SG_entry . _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2009-03-25 _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Ruprecht, J.' 1 'Yankovskaya, V.' 2 'Maklashina, E.' 3 'Iwata, S.' 4 'Cecchini, G.' 5 # _citation.id primary _citation.title 'Structure of Escherichia Coli Succinate:Quinone Oxidoreductase with an Occupied and Empty Quinone- Binding Site.' _citation.journal_abbrev J.Biol.Chem. _citation.journal_volume 284 _citation.page_first 29836 _citation.page_last ? _citation.year 2009 _citation.journal_id_ASTM JBCHA3 _citation.country US _citation.journal_id_ISSN 0021-9258 _citation.journal_id_CSD 0071 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 19710024 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1074/JBC.M109.010058 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Ruprecht, J.' 1 primary 'Yankovskaya, V.' 2 primary 'Maklashina, E.' 3 primary 'Iwata, S.' 4 primary 'Cecchini, G.' 5 # _cell.entry_id 2WDR _cell.length_a 119.955 _cell.length_b 186.128 _cell.length_c 204.034 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2WDR _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'SUCCINATE DEHYDROGENASE FLAVOPROTEIN SUBUNIT' 64502.766 3 '1.3.5.1, 1.3.99.1' ? ? 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'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' HEME 'C34 H32 Fe N4 O4' 616.487 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NA non-polymer . 'SODIUM ION' ? 'Na 1' 22.990 PCI non-polymer . PENTACHLOROPHENOL ? 'C6 H Cl5 O' 266.337 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SF4 non-polymer . 'IRON/SULFUR CLUSTER' ? 'Fe4 S4' 351.640 TEO non-polymer . 'MALATE LIKE INTERMEDIATE' ? 'C4 H4 O5 -2' 132.072 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 2WDR _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.2 _exptl_crystal.density_percent_sol 61 _exptl_crystal.description NONE # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp ? _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 8.5 _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details '0.1M TRIS PH8.5, 0.1M LI2SO4, 0.1M NACL, 0.009% DDM, 12% PEG4000' # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC CCD' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2008-02-17 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.9762 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'ESRF BEAMLINE ID23-1' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ESRF _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ID23-1 _diffrn_source.pdbx_wavelength 0.9762 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.entry_id 2WDR _reflns.observed_criterion_sigma_I 6.0 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 50.06 _reflns.d_resolution_high 3.20 _reflns.number_obs 76421 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 99.3 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.12 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 9.80 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 3.2 # _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.d_res_high 3.20 _reflns_shell.d_res_low 3.37 _reflns_shell.percent_possible_all 97.9 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.54 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 2.10 _reflns_shell.pdbx_redundancy 3.1 # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 2WDR _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag 'LIKELY RESIDUAL' _refine.ls_number_reflns_obs 71558 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 46.52 _refine.ls_d_res_high 3.20 _refine.ls_percent_reflns_obs 99.3 _refine.ls_R_factor_obs 0.199 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.197 _refine.ls_R_factor_R_free 0.228 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.100 _refine.ls_number_reflns_R_free 3828 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.914 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free 0.888 _refine.B_iso_mean 47.98 _refine.aniso_B[1][1] -3.12000 _refine.aniso_B[2][2] 2.40000 _refine.aniso_B[3][3] 0.72000 _refine.aniso_B[1][2] 0.00000 _refine.aniso_B[1][3] 0.00000 _refine.aniso_B[2][3] 0.00000 _refine.solvent_model_details 'BABINET MODEL WITH MASK' _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 1.20 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii 0.80 _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.80 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ;HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DENSITY FOR THE N-TERMINUS OF SDH C (RESIDUES 1-7 OF CHAINS C, G, K) AND THE N-TERMINUS OF SDHD (RESIDUES 1-10 OF CHAINS D, H AND L) WAS WEAK AND THESE REGIONS ARE NOT INCLUDED IN THE MODEL. THE SIDE CHAIN OF SDHD TRP113 IS TRUNCATED AT THE CBETA ATOM SINCE DENSITY FOR THE SIDE CHAIN WAS POOR. ; _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct OTHER _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details 'SELECTED TO BE IDENTICAL TO 2WDQ' _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free 0.438 _refine.overall_SU_ML 0.320 _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B 38.736 _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 24525 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 411 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 24936 _refine_hist.d_res_high 3.20 _refine_hist.d_res_low 46.52 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function r_bond_refined_d 0.009 0.022 ? 25544 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_bond_other_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_angle_refined_deg 1.066 1.988 ? 34650 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_angle_other_deg ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_1_deg 4.812 5.000 ? 3147 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_2_deg 31.752 23.378 ? 1110 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_3_deg 15.104 15.000 ? 4203 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_4_deg 18.647 15.000 ? 192 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_chiral_restr 0.070 0.200 ? 3834 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_gen_planes_refined 0.004 0.021 ? 19284 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_gen_planes_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbd_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbd_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbtor_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbtor_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_xyhbond_nbd_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_xyhbond_nbd_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_metal_ion_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_metal_ion_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_vdw_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_vdw_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_hbond_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_hbond_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_metal_ion_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_metal_ion_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcbond_it 0.143 1.500 ? 15654 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcbond_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcangle_it 0.276 2.000 ? 25155 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcangle_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scbond_it 0.775 3.000 ? 9890 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scbond_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scangle_it 0.894 4.500 ? 9444 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scangle_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_long_range_B_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_long_range_B_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_rigid_bond_restr ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_sphericity_free ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_sphericity_bonded ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso 1 A 4522 .03 .05 'tight positional' 1 1 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 2 E 4522 .03 .05 'tight positional' 1 2 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 3 I 4522 .03 .05 'tight positional' 1 3 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 1 B 1869 .03 .05 'tight positional' 2 4 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 2 F 1869 .03 .05 'tight positional' 2 5 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 3 J 1869 .03 .05 'tight positional' 2 6 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 1 C 948 .03 .05 'tight positional' 3 7 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 2 G 948 .03 .05 'tight positional' 3 8 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 3 K 948 .02 .05 'tight positional' 3 9 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 1 D 836 .03 .05 'tight positional' 4 10 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 2 H 836 .03 .05 'tight positional' 4 11 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 3 L 836 .02 .05 'tight positional' 4 12 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 1 A 4522 .06 .50 'tight thermal' 1 13 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 2 E 4522 .05 .50 'tight thermal' 1 14 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 3 I 4522 .05 .50 'tight thermal' 1 15 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 1 B 1869 .07 .50 'tight thermal' 2 16 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 2 F 1869 .05 .50 'tight thermal' 2 17 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 3 J 1869 .06 .50 'tight thermal' 2 18 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 1 C 948 .05 .50 'tight thermal' 3 19 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 2 G 948 .04 .50 'tight thermal' 3 20 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 3 K 948 .04 .50 'tight thermal' 3 21 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 1 D 836 .04 .50 'tight thermal' 4 22 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 2 H 836 .04 .50 'tight thermal' 4 23 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 3 L 836 .04 .50 'tight thermal' 4 24 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 3.20 _refine_ls_shell.d_res_low 3.28 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 5065 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.3130 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 97.62 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.3340 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 297 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.details _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] 1 given ? 0.946000 0.287000 0.148000 0.270000 -0.453000 -0.849000 -0.177000 0.844000 -0.507000 18.48592 -99.40065 -29.65643 2 given ? 0.948000 0.273000 -0.164000 0.279000 -0.465000 0.840000 0.153000 -0.842000 -0.517000 3.86555 -25.62868 -102.98900 3 given ? 0.948000 0.284000 0.142000 0.264000 -0.457000 -0.849000 -0.176000 0.843000 -0.509000 18.27858 -99.30217 -29.81419 4 given ? 0.947000 0.269000 -0.176000 0.288000 -0.463000 0.838000 0.144000 -0.844000 -0.516000 3.56276 -25.84306 -102.76736 5 given ? 0.948000 0.289000 0.136000 0.260000 -0.452000 -0.853000 -0.185000 0.844000 -0.504000 18.30775 -99.18823 -29.40341 6 given ? 0.944000 0.271000 -0.188000 0.299000 -0.462000 0.835000 0.140000 -0.845000 -0.517000 3.40794 -26.18268 -102.61498 7 given ? 0.947000 0.290000 0.137000 0.261000 -0.448000 -0.855000 -0.187000 0.845000 -0.500000 18.41724 -99.27893 -29.10526 8 given ? 0.944000 0.269000 -0.189000 0.298000 -0.454000 0.840000 0.140000 -0.849000 -0.509000 3.31931 -25.86917 -102.43040 # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 A 1 2 E 1 3 I 1 1 B 2 2 F 2 3 J 2 1 C 3 2 G 3 3 K 3 1 D 4 2 H 4 3 L 4 # loop_ _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.selection_details 1 A 1 A 588 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 1 ? 2 E 1 E 588 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 1 ? 3 I 1 I 588 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 1 ? 1 B 1 B 238 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? 2 F 1 F 238 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? 3 J 1 J 238 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? 1 C 8 C 129 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? 2 G 8 G 129 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? 3 K 8 K 129 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 3 ? 1 D 11 D 115 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? 2 H 11 H 115 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? 3 L 11 L 115 1 1 ? ? ? ? ? ? ? ? 4 ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? # _struct.entry_id 2WDR _struct.title 'E. coli succinate:quinone oxidoreductase (SQR) with pentachlorophenol bound' _struct.pdbx_descriptor ;SUCCINATE DEHYDROGENASE FLAVOPROTEIN SUBUNIT (E.C.1.3.5.1, 1.3.99.1), SUCCINATE DEHYDROGENASE IRON-SULFUR SUBUNIT (E.C.1.3.5.1, 1.3.99.1), SUCCINATE DEHYDROGENASE CYTOCHROME B556 SUBUNIT (E.C.1.3.5.1), SUCCINATE DEHYDROGENASE HYDROPHOBIC MEMBRANE ANCHOR SUBUNIT (E.C.1.3.5.1) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2WDR _struct_keywords.pdbx_keywords OXIDOREDUCTASE _struct_keywords.text ;SUCCINATE DEHYDROGENASE ACTIVITY, CELL INNER MEMBRANE, TRICARBOXYLIC ACID CYCLE, CELL MEMBRANE, METAL-BINDING, TRANSMEMBRANE, TRANSPORT, IRON-SULFUR, FLAVOPROTEIN, OXIDOREDUCTASE, ELECTRON TRANSPORT, FAD, IRON, HEME ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 1 ? J N N 2 ? K N N 3 ? L N N 4 ? M N N 5 ? N N N 6 ? O N N 7 ? P N N 8 ? Q N N 9 ? R N N 10 ? S N N 11 ? T N N 12 ? U N N 5 ? V N N 6 ? W N N 7 ? X N N 8 ? Y N N 9 ? Z N N 10 ? AA N N 11 ? BA N N 12 ? CA N N 5 ? DA N N 6 ? EA N N 7 ? FA N N 8 ? GA N N 9 ? HA N N 10 ? IA N N 11 ? 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ASP E 455 PHE E 471 1 ? 17 HELX_P HELX_P64 64 GLU E 476 ? LYS E 495 ? GLU E 476 LYS E 495 1 ? 20 HELX_P HELX_P65 65 ASN E 507 ? ARG E 533 ? ASN E 507 ARG E 533 1 ? 27 HELX_P HELX_P66 66 MET F 34 ? ASP F 46 ? MET F 34 ASP F 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P67 67 CYS F 75 ? THR F 77 ? CYS F 75 THR F 77 5 ? 3 HELX_P HELX_P68 68 PRO F 78 ? ASN F 83 ? PRO F 78 ASN F 83 1 ? 6 HELX_P HELX_P69 69 MET F 107 ? ILE F 117 ? MET F 107 ILE F 117 1 ? 11 HELX_P HELX_P70 70 MET F 136 ? GLU F 141 ? MET F 136 GLU F 141 1 ? 6 HELX_P HELX_P71 71 LYS F 142 ? ASP F 144 ? LYS F 142 ASP F 144 5 ? 3 HELX_P HELX_P72 72 CYS F 155 ? SER F 158 ? CYS F 155 SER F 158 5 ? 4 HELX_P HELX_P73 73 CYS F 159 ? ASN F 165 ? CYS F 159 ASN F 165 1 ? 7 HELX_P HELX_P74 74 GLY F 171 ? ILE F 183 ? GLY F 171 ILE F 183 1 ? 13 HELX_P HELX_P75 75 GLU F 189 ? GLY F 196 ? GLU F 189 GLY F 196 1 ? 8 HELX_P HELX_P76 76 MET F 210 ? CYS F 216 ? MET F 210 CYS F 216 1 ? 7 HELX_P HELX_P77 77 ASN F 221 ? ALA F 238 ? 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PRO L 86 GLY L 114 1 ? 29 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale1 covale ? ? 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B SF4 303 B CYS 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc10 metalc ? ? Q SF4 . FE4 ? ? ? 1_555 B CYS 152 SG ? ? B SF4 303 B CYS 152 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc11 metalc ? ? R F3S . FE1 ? ? ? 1_555 B CYS 159 SG ? ? B F3S 304 B CYS 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc12 metalc ? ? R F3S . FE3 ? ? ? 1_555 B CYS 206 SG ? ? B F3S 304 B CYS 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc13 metalc ? ? R F3S . FE4 ? ? ? 1_555 B CYS 212 SG ? ? B F3S 304 B CYS 212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc14 metalc ? ? S HEM . FE ? ? ? 1_555 D HIS 71 NE2 ? ? C HEM 1130 D HIS 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.950 ? metalc15 metalc ? ? S HEM . FE ? ? ? 1_555 C HIS 84 NE2 ? ? C HEM 1130 C HIS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.943 ? covale2 covale ? ? E HIS 45 NE2 ? ? ? 1_555 U FAD . C8M ? ? E HIS 45 E FAD 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.498 ? metalc16 metalc ? ? W NA . NA ? ? ? 1_555 E GLY 358 O ? ? E NA 1590 E GLY 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.440 ? metalc17 metalc ? ? X FES . FE2 ? ? ? 1_555 F ASP 63 OD1 ? ? F FES 302 F ASP 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.828 ? metalc18 metalc ? ? X FES . FE1 ? ? ? 1_555 F CYS 55 SG ? ? F FES 302 F CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.310 ? metalc19 metalc ? ? X FES . FE1 ? ? ? 1_555 F CYS 60 SG ? ? F FES 302 F CYS 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? metalc20 metalc ? ? X FES . FE2 ? ? ? 1_555 F CYS 75 SG ? ? F FES 302 F CYS 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.280 ? metalc21 metalc ? ? Y SF4 . FE3 ? ? ? 1_555 F CYS 149 SG ? ? F SF4 303 F CYS 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc22 metalc ? ? Y SF4 . FE2 ? ? ? 1_555 F CYS 216 SG ? ? F SF4 303 F CYS 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc23 metalc ? ? Y SF4 . FE1 ? ? ? 1_555 F CYS 155 SG ? ? F SF4 303 F CYS 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc24 metalc ? ? Y SF4 . FE4 ? ? ? 1_555 F CYS 152 SG ? ? F SF4 303 F CYS 152 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc25 metalc ? ? Z F3S . FE3 ? ? ? 1_555 F CYS 206 SG ? ? F F3S 304 F CYS 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? metalc26 metalc ? ? Z F3S . FE4 ? ? ? 1_555 F CYS 212 SG ? ? F F3S 304 F CYS 212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? metalc27 metalc ? ? Z F3S . FE1 ? ? ? 1_555 F CYS 159 SG ? ? F F3S 304 F CYS 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc28 metalc ? ? AA HEM . FE ? ? ? 1_555 H HIS 71 NE2 ? ? G HEM 1130 H HIS 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.931 ? metalc29 metalc ? ? AA HEM . FE ? ? ? 1_555 G HIS 84 NE2 ? ? G HEM 1130 G HIS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.942 ? covale3 covale ? ? I HIS 45 NE2 ? ? ? 1_555 CA FAD . C8M ? ? I HIS 45 I FAD 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.465 ? metalc30 metalc ? ? EA NA . NA ? ? ? 1_555 I GLU 388 O ? ? I NA 1590 I GLU 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? metalc31 metalc ? ? FA FES . FE2 ? ? ? 1_555 J ASP 63 OD1 ? ? J FES 302 J ASP 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.802 ? metalc32 metalc ? ? FA FES . FE2 ? ? ? 1_555 J ASP 63 OD2 ? ? J FES 302 J ASP 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.833 ? metalc33 metalc ? ? FA FES . FE2 ? ? ? 1_555 J CYS 75 SG ? ? J FES 302 J CYS 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc34 metalc ? ? FA FES . FE1 ? ? ? 1_555 J CYS 60 SG ? ? J FES 302 J CYS 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc35 metalc ? ? FA FES . FE1 ? ? ? 1_555 J CYS 55 SG ? ? J FES 302 J CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc36 metalc ? ? GA SF4 . FE4 ? ? ? 1_555 J CYS 152 SG ? ? J SF4 303 J CYS 152 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc37 metalc ? ? GA SF4 . FE3 ? ? ? 1_555 J CYS 149 SG ? ? J SF4 303 J CYS 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc38 metalc ? ? GA SF4 . FE2 ? ? ? 1_555 J CYS 216 SG ? ? J SF4 303 J CYS 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc39 metalc ? ? GA SF4 . FE1 ? ? ? 1_555 J CYS 155 SG ? ? J SF4 303 J CYS 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc40 metalc ? ? HA F3S . FE3 ? ? ? 1_555 J CYS 206 SG ? ? J F3S 304 J CYS 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc41 metalc ? ? HA F3S . FE1 ? ? ? 1_555 J CYS 159 SG ? ? J F3S 304 J CYS 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc42 metalc ? ? HA F3S . FE4 ? ? ? 1_555 J CYS 212 SG ? ? J F3S 304 J CYS 212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.320 ? metalc43 metalc ? ? IA HEM . FE ? ? ? 1_555 L HIS 71 NE2 ? ? K HEM 1130 L HIS 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc44 metalc ? ? IA HEM . FE ? ? ? 1_555 K HIS 84 NE2 ? ? K HEM 1130 K HIS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 VAL 392 A . ? VAL 392 A SER 393 A ? SER 393 A 1 3.34 2 VAL 392 E . ? VAL 392 E SER 393 E ? SER 393 E 1 4.07 3 VAL 392 I . ? VAL 392 I SER 393 I ? SER 393 I 1 3.69 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA ? 6 ? AB ? 6 ? AC ? 3 ? AD ? 3 ? AE ? 4 ? AF ? 2 ? BA ? 5 ? BB ? 2 ? EA ? 6 ? EB ? 6 ? EC ? 3 ? ED ? 3 ? EE ? 4 ? EF ? 2 ? FA ? 5 ? FB ? 2 ? IA ? 6 ? IB ? 6 ? IC ? 3 ? ID ? 3 ? IE ? 4 ? IF ? 2 ? JA ? 5 ? JB ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA 1 2 ? parallel AA 2 3 ? parallel AA 3 4 ? parallel AA 4 5 ? anti-parallel AA 5 6 ? anti-parallel AB 1 2 ? parallel AB 2 3 ? parallel AB 3 4 ? parallel AB 4 5 ? parallel AB 5 6 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AC 2 3 ? anti-parallel AD 1 2 ? anti-parallel AD 2 3 ? anti-parallel AE 1 2 ? anti-parallel AE 2 3 ? anti-parallel AE 3 4 ? anti-parallel AF 1 2 ? parallel BA 1 2 ? anti-parallel BA 2 3 ? parallel BA 3 4 ? anti-parallel BA 4 5 ? anti-parallel BB 1 2 ? anti-parallel EA 1 2 ? parallel EA 2 3 ? parallel EA 3 4 ? parallel EA 4 5 ? anti-parallel EA 5 6 ? anti-parallel EB 1 2 ? parallel EB 2 3 ? parallel EB 3 4 ? parallel EB 4 5 ? parallel EB 5 6 ? anti-parallel EC 1 2 ? anti-parallel EC 2 3 ? anti-parallel ED 1 2 ? anti-parallel ED 2 3 ? anti-parallel EE 1 2 ? anti-parallel EE 2 3 ? anti-parallel EE 3 4 ? anti-parallel EF 1 2 ? parallel FA 1 2 ? anti-parallel FA 2 3 ? parallel FA 3 4 ? anti-parallel FA 4 5 ? anti-parallel FB 1 2 ? anti-parallel IA 1 2 ? parallel IA 2 3 ? parallel IA 3 4 ? parallel IA 4 5 ? anti-parallel IA 5 6 ? anti-parallel IB 1 2 ? parallel IB 2 3 ? parallel IB 3 4 ? parallel IB 4 5 ? parallel IB 5 6 ? anti-parallel IC 1 2 ? anti-parallel IC 2 3 ? anti-parallel ID 1 2 ? anti-parallel ID 2 3 ? anti-parallel IE 1 2 ? anti-parallel IE 2 3 ? anti-parallel IE 3 4 ? anti-parallel IF 1 2 ? parallel JA 1 2 ? anti-parallel JA 2 3 ? parallel JA 3 4 ? anti-parallel JA 4 5 ? anti-parallel JB 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA 1 THR A 159 ? SER A 162 ? THR A 159 SER A 162 AA 2 CYS A 33 ? SER A 37 ? CYS A 33 SER A 37 AA 3 VAL A 5 ? ILE A 13 ? VAL A 5 ILE A 13 AA 4 VAL A 190 ? LEU A 200 ? VAL A 190 LEU A 200 AA 5 VAL A 177 ? CYS A 184 ? VAL A 177 CYS A 184 AA 6 TRP A 164 ? LYS A 171 ? TRP A 164 LYS A 171 AB 1 THR A 159 ? SER A 162 ? THR A 159 SER A 162 AB 2 CYS A 33 ? SER A 37 ? CYS A 33 SER A 37 AB 3 VAL A 5 ? ILE A 13 ? VAL A 5 ILE A 13 AB 4 VAL A 190 ? LEU A 200 ? VAL A 190 LEU A 200 AB 5 ASP A 377 ? ALA A 385 ? ASP A 377 ALA A 385 AB 6 GLN A 367 ? VAL A 371 ? GLN A 367 VAL A 371 AC 1 ILE A 53 ? THR A 54 ? ILE A 53 THR A 54 AC 2 THR A 134 ? ALA A 135 ? THR A 134 ALA A 135 AC 3 GLN A 116 ? ARG A 117 ? GLN A 116 ARG A 117 AD 1 VAL A 233 ? GLN A 234 ? VAL A 233 GLN A 234 AD 2 CYS A 555 ? LEU A 560 ? CYS A 555 LEU A 560 AD 3 SER A 565 ? SER A 570 ? SER A 565 SER A 570 AE 1 TRP A 239 ? ILE A 246 ? TRP A 239 ILE A 246 AE 2 ILE A 347 ? MET A 356 ? ILE A 347 MET A 356 AE 3 ALA A 311 ? LYS A 314 ? ALA A 311 LYS A 314 AE 4 TYR A 263 ? LEU A 265 ? TYR A 263 LEU A 265 AF 1 ILE A 360 ? PRO A 361 ? ILE A 360 PRO A 361 AF 2 ALA A 390 ? CYS A 391 ? ALA A 390 CYS A 391 BA 1 ARG B 19 ? GLU B 26 ? ARG B 19 GLU B 26 BA 2 ARG B 2 ? ARG B 9 ? ARG B 2 ARG B 9 BA 3 ILE B 89 ? ARG B 92 ? ILE B 89 ARG B 92 BA 4 GLY B 64 ? MET B 67 ? GLY B 64 MET B 67 BA 5 LYS B 70 ? LEU B 73 ? LYS B 70 LEU B 73 BB 1 VAL B 99 ? ARG B 101 ? VAL B 99 ARG B 101 BB 2 VAL B 104 ? VAL B 105 ? VAL B 104 VAL B 105 EA 1 THR E 159 ? SER E 162 ? THR E 159 SER E 162 EA 2 CYS E 33 ? SER E 37 ? CYS E 33 SER E 37 EA 3 VAL E 5 ? ILE E 13 ? VAL E 5 ILE E 13 EA 4 VAL E 190 ? LEU E 200 ? VAL E 190 LEU E 200 EA 5 VAL E 177 ? CYS E 184 ? VAL E 177 CYS E 184 EA 6 TRP E 164 ? LYS E 171 ? TRP E 164 LYS E 171 EB 1 THR E 159 ? SER E 162 ? THR E 159 SER E 162 EB 2 CYS E 33 ? SER E 37 ? CYS E 33 SER E 37 EB 3 VAL E 5 ? ILE E 13 ? VAL E 5 ILE E 13 EB 4 VAL E 190 ? LEU E 200 ? VAL E 190 LEU E 200 EB 5 ASP E 377 ? ALA E 385 ? ASP E 377 ALA E 385 EB 6 GLN E 367 ? VAL E 371 ? GLN E 367 VAL E 371 EC 1 ILE E 53 ? THR E 54 ? ILE E 53 THR E 54 EC 2 THR E 134 ? ALA E 135 ? THR E 134 ALA E 135 EC 3 GLN E 116 ? ARG E 117 ? GLN E 116 ARG E 117 ED 1 VAL E 233 ? GLN E 234 ? VAL E 233 GLN E 234 ED 2 CYS E 555 ? LEU E 560 ? CYS E 555 LEU E 560 ED 3 SER E 565 ? SER E 570 ? SER E 565 SER E 570 EE 1 TRP E 239 ? ILE E 246 ? TRP E 239 ILE E 246 EE 2 ILE E 347 ? MET E 356 ? ILE E 347 MET E 356 EE 3 ALA E 311 ? LYS E 314 ? ALA E 311 LYS E 314 EE 4 TYR E 263 ? LEU E 265 ? TYR E 263 LEU E 265 EF 1 ILE E 360 ? PRO E 361 ? ILE E 360 PRO E 361 EF 2 ALA E 390 ? CYS E 391 ? ALA E 390 CYS E 391 FA 1 ARG F 19 ? GLU F 26 ? ARG F 19 GLU F 26 FA 2 ARG F 2 ? ARG F 9 ? ARG F 2 ARG F 9 FA 3 ILE F 89 ? ARG F 92 ? ILE F 89 ARG F 92 FA 4 GLY F 64 ? MET F 67 ? GLY F 64 MET F 67 FA 5 LYS F 70 ? LEU F 73 ? LYS F 70 LEU F 73 FB 1 VAL F 99 ? ARG F 101 ? VAL F 99 ARG F 101 FB 2 VAL F 104 ? VAL F 105 ? VAL F 104 VAL F 105 IA 1 THR I 159 ? SER I 162 ? 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A GLY 358 ? A GLY 358 ? 1_555 NA ? O NA . ? A NA 1590 ? 1_555 O ? A GLU 388 ? A GLU 388 ? 1_555 90.4 ? 2 SG ? B CYS 55 ? B CYS 55 ? 1_555 FE1 ? P FES . ? B FES 302 ? 1_555 S1 ? P FES . ? B FES 302 ? 1_555 112.4 ? 3 SG ? B CYS 55 ? B CYS 55 ? 1_555 FE1 ? P FES . ? B FES 302 ? 1_555 S2 ? P FES . ? B FES 302 ? 1_555 126.2 ? 4 S1 ? P FES . ? B FES 302 ? 1_555 FE1 ? P FES . ? B FES 302 ? 1_555 S2 ? P FES . ? B FES 302 ? 1_555 93.3 ? 5 SG ? B CYS 55 ? B CYS 55 ? 1_555 FE1 ? P FES . ? B FES 302 ? 1_555 SG ? B CYS 60 ? B CYS 60 ? 1_555 103.2 ? 6 S1 ? P FES . ? B FES 302 ? 1_555 FE1 ? P FES . ? B FES 302 ? 1_555 SG ? B CYS 60 ? B CYS 60 ? 1_555 108.6 ? 7 S2 ? P FES . ? B FES 302 ? 1_555 FE1 ? P FES . ? B FES 302 ? 1_555 SG ? B CYS 60 ? B CYS 60 ? 1_555 112.4 ? 8 OD1 ? B ASP 63 ? B ASP 63 ? 1_555 FE2 ? P FES . ? B FES 302 ? 1_555 S1 ? P FES . ? B FES 302 ? 1_555 103.4 ? 9 OD1 ? B ASP 63 ? B ASP 63 ? 1_555 FE2 ? P FES . ? B FES 302 ? 1_555 S2 ? P FES . ? B FES 302 ? 1_555 95.9 ? 10 S1 ? 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B SF4 303 ? 1_555 102.2 ? 19 S3 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 FE1 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 S4 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 107.2 ? 20 SG ? B CYS 216 ? B CYS 216 ? 1_555 FE2 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 S1 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 104.3 ? 21 SG ? B CYS 216 ? B CYS 216 ? 1_555 FE2 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 S3 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 112.8 ? 22 S1 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 FE2 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 S3 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 103.4 ? 23 SG ? B CYS 216 ? B CYS 216 ? 1_555 FE2 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 S4 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 120.3 ? 24 S1 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 FE2 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 S4 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 105.5 ? 25 S3 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 FE2 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 S4 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 108.7 ? 26 SG ? B CYS 149 ? B CYS 149 ? 1_555 FE3 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 S1 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 131.0 ? 27 SG ? B CYS 149 ? B CYS 149 ? 1_555 FE3 ? Q SF4 . ? B SF4 303 ? 1_555 S2 ? 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K HIS 84 ? 1_555 85.5 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2009-08-25 2 'Structure model' 1 1 2011-07-13 3 'Structure model' 1 2 2015-02-04 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' Advisory 2 2 'Structure model' 'Version format compliance' 3 3 'Structure model' 'Atomic model' 4 3 'Structure model' 'Derived calculations' 5 3 'Structure model' 'Non-polymer description' 6 3 'Structure model' Other # loop_ _pdbx_refine_tls.pdbx_refine_id _pdbx_refine_tls.id _pdbx_refine_tls.details _pdbx_refine_tls.method _pdbx_refine_tls.origin_x _pdbx_refine_tls.origin_y _pdbx_refine_tls.origin_z _pdbx_refine_tls.T[1][1] _pdbx_refine_tls.T[2][2] _pdbx_refine_tls.T[3][3] _pdbx_refine_tls.T[1][2] _pdbx_refine_tls.T[1][3] _pdbx_refine_tls.T[2][3] _pdbx_refine_tls.L[1][1] _pdbx_refine_tls.L[2][2] _pdbx_refine_tls.L[3][3] _pdbx_refine_tls.L[1][2] _pdbx_refine_tls.L[1][3] _pdbx_refine_tls.L[2][3] _pdbx_refine_tls.S[1][1] _pdbx_refine_tls.S[1][2] _pdbx_refine_tls.S[1][3] _pdbx_refine_tls.S[2][1] _pdbx_refine_tls.S[2][2] _pdbx_refine_tls.S[2][3] _pdbx_refine_tls.S[3][1] _pdbx_refine_tls.S[3][2] _pdbx_refine_tls.S[3][3] 'X-RAY DIFFRACTION' 1 ? refined 1.2662 -11.6026 -24.3018 -.3243 -.3331 -.2007 .0182 .0497 .0031 1.2979 1.5553 1.4847 -.0406 .1242 -.2670 -.0017 -.0261 .0952 .2220 -.0444 .2916 -.0725 -.2092 .0460 'X-RAY DIFFRACTION' 2 ? refined 28.7396 -9.0078 -30.6603 -.4245 -.2887 -.3226 -.0074 -.0452 .0227 2.1271 2.6687 1.6927 -.1530 .0267 -.6264 -.0470 .1119 .2747 .1768 .0229 -.2821 -.1018 .1922 .0241 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ? refined 60.9012 -5.2687 -31.4541 -.2017 -.1675 .1799 -.0326 -.0536 .0103 5.0901 1.2847 1.3413 -.8862 .9236 .0426 -.0226 .1488 .5271 .1576 .1114 -.5939 -.0377 .2261 -.0888 'X-RAY DIFFRACTION' 4 ? refined 66.9327 -17.7926 -38.0637 -.2418 -.0661 .2131 .0068 .0081 -.0188 3.3951 1.4355 2.6161 -.7810 .2280 -.8225 -.0445 .4175 -.0246 -.0661 -.0210 -.6602 -.0291 .6908 .0655 'X-RAY DIFFRACTION' 5 ? refined 12.7600 -73.1710 -27.3591 .0026 -.2903 -.1625 -.0623 -.0541 -.0439 1.3543 1.7333 1.4108 .1651 .3981 .4374 .1439 -.0340 -.2545 .4819 -.0979 .1266 .3491 -.1154 -.0460 'X-RAY DIFFRACTION' 6 ? refined 38.6266 -61.5706 -26.8794 -.1047 -.3234 -.1544 .0601 -.1788 -.1068 2.0664 1.7113 1.8809 .3841 .1860 .2931 .1287 .0398 -.1584 .3754 -.0010 -.3672 .3299 .3324 -.1277 'X-RAY DIFFRACTION' 7 ? refined 70.2173 -54.1397 -29.2594 -.0379 -.0567 .3725 .1755 -.2907 -.0657 4.3859 1.7831 1.8214 .9326 -1.5352 -.4688 .2332 .0820 -.4227 .1773 -.1438 -.8978 .2740 .3954 -.0894 'X-RAY DIFFRACTION' 8 ? refined 71.4371 -41.3069 -37.6017 -.2048 .0937 .3292 .0963 -.1025 -.0327 .7941 2.5124 3.3725 .6890 -.0300 .3588 .0679 .3599 .1206 -.0535 .0908 -.9556 .0383 .7308 -.1586 'X-RAY DIFFRACTION' 9 ? refined 5.8774 -40.3229 -80.4609 .1239 .4542 -.1528 .0889 -.1578 -.0252 1.8207 1.8664 1.5056 -.0910 .3043 -.0775 .0196 .6104 .0230 -.6291 .0832 .3146 .0379 -.2675 -.1029 'X-RAY DIFFRACTION' 10 ? refined 33.7412 -39.1308 -75.1855 .0066 .2525 -.2682 .1067 .0732 -.0093 2.2913 2.5438 1.8049 .4409 .4163 .1356 .0097 .6858 .0017 -.5943 .1141 -.2719 .0670 .2398 -.1237 'X-RAY DIFFRACTION' 11 ? refined 65.3566 -31.8230 -73.3803 .1647 .7388 .1037 .0974 .2631 -.0338 2.9465 1.9089 .8920 1.8573 .8596 .5871 -.0655 .9129 -.2241 -.3628 .2162 -.4469 -.1506 .5230 -.1507 'X-RAY DIFFRACTION' 12 ? refined 68.9322 -29.8493 -58.5514 -.1502 .4305 .1085 .0500 .1529 -.1446 2.3795 4.2174 2.3957 1.0132 .4976 -.0681 -.0272 .4047 -.0717 -.0722 .1226 -.9483 -.2292 .6520 -.0954 # loop_ _pdbx_refine_tls_group.pdbx_refine_id _pdbx_refine_tls_group.id _pdbx_refine_tls_group.refine_tls_id _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id _pdbx_refine_tls_group.beg_label_asym_id _pdbx_refine_tls_group.beg_label_seq_id _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id _pdbx_refine_tls_group.end_label_asym_id _pdbx_refine_tls_group.end_label_seq_id _pdbx_refine_tls_group.selection _pdbx_refine_tls_group.selection_details 'X-RAY DIFFRACTION' 1 1 A 1 ? ? 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IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. ; # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 GLN A 50 ? ? -121.26 -64.65 2 1 ALA A 138 ? ? 45.31 -131.72 3 1 LEU A 167 ? ? -87.27 -70.68 4 1 GLN A 173 ? ? -66.16 6.61 5 1 ALA A 205 ? ? -148.49 31.21 6 1 THR A 244 ? ? -115.81 78.04 7 1 ALA A 249 ? ? -142.89 -42.05 8 1 LYS A 281 ? ? 53.33 -123.71 9 1 HIS A 354 ? ? -133.01 -50.88 10 1 ASN A 398 ? ? -162.87 117.37 11 1 SER A 472 ? ? -83.01 -152.87 12 1 THR A 534 ? ? -94.40 58.13 13 1 PHE A 545 ? ? -152.40 70.27 14 1 THR A 567 ? ? -160.60 -162.29 15 1 PRO A 575 ? ? -64.04 -177.44 16 1 VAL B 14 ? ? -130.81 -41.71 17 1 ARG B 53 ? ? -175.78 148.75 18 1 SER B 54 ? ? -145.16 -72.68 19 1 ARG B 56 ? ? 57.10 15.70 20 1 VAL B 59 ? ? -136.14 -36.52 21 1 ARG B 101 ? ? -172.86 128.77 22 1 ASP B 102 ? ? 43.62 -113.77 23 1 ARG B 131 ? ? -131.79 -109.16 24 1 SER B 208 ? ? 70.82 37.14 25 1 ASP C 14 ? ? -63.97 89.44 26 1 SER C 51 ? ? -70.87 22.01 27 1 LEU C 123 ? ? -49.10 -17.59 28 1 SER D 40 ? ? -147.96 -29.54 29 1 GLU D 42 ? ? -48.97 98.95 30 1 PHE E 126 ? ? 48.82 70.37 31 1 ALA E 138 ? ? 45.73 -133.96 32 1 LEU E 167 ? ? -83.71 -71.65 33 1 GLN E 173 ? ? -67.51 6.16 34 1 ALA E 201 ? ? -148.95 57.84 35 1 ALA E 205 ? ? -145.37 33.21 36 1 THR E 244 ? ? -114.83 76.26 37 1 ALA E 249 ? ? -140.52 -43.56 38 1 LYS E 281 ? ? 55.60 -124.68 39 1 ARG E 298 ? ? -68.37 2.36 40 1 HIS E 354 ? ? -132.32 -49.57 41 1 ASN E 398 ? ? -164.91 117.19 42 1 SER E 472 ? ? -83.05 -158.06 43 1 THR E 534 ? ? -92.69 58.17 44 1 PHE E 545 ? ? -152.85 70.76 45 1 THR E 567 ? ? -164.08 -162.74 46 1 PRO E 575 ? ? -65.41 -177.07 47 1 VAL F 14 ? ? -132.96 -39.48 48 1 ARG F 53 ? ? -177.55 147.62 49 1 SER F 54 ? ? -142.01 -74.04 50 1 ARG F 56 ? ? 52.20 16.92 51 1 VAL F 59 ? ? -136.22 -35.98 52 1 ARG F 101 ? ? -173.11 126.76 53 1 ASP F 102 ? ? 44.31 -112.67 54 1 ASN F 124 ? ? -69.69 2.89 55 1 ARG F 131 ? ? -134.82 -105.35 56 1 SER F 208 ? ? 70.71 31.78 57 1 ASP G 14 ? ? -64.19 90.92 58 1 SER G 51 ? ? -71.05 20.00 59 1 SER H 40 ? ? -147.57 -31.11 60 1 GLU H 42 ? ? -47.92 99.96 61 1 ALA I 138 ? ? 42.75 -130.94 62 1 LEU I 167 ? ? -87.28 -71.93 63 1 GLN I 173 ? ? -65.46 4.66 64 1 ALA I 205 ? ? -146.84 30.47 65 1 THR I 244 ? ? -113.14 75.48 66 1 ALA I 249 ? ? -140.13 -44.08 67 1 LYS I 281 ? ? 55.21 -122.83 68 1 ARG I 298 ? ? -69.78 0.60 69 1 HIS I 354 ? ? -134.28 -51.20 70 1 SER I 472 ? ? -81.01 -155.11 71 1 THR I 534 ? ? -93.49 58.52 72 1 PHE I 545 ? ? -152.35 69.40 73 1 THR I 567 ? ? -166.21 -161.76 74 1 PRO I 575 ? ? -62.00 -179.44 75 1 VAL J 14 ? ? -130.58 -42.64 76 1 SER J 54 ? ? -144.89 -74.58 77 1 ARG J 56 ? ? 52.08 18.05 78 1 VAL J 59 ? ? -133.03 -39.64 79 1 ARG J 101 ? ? -173.81 127.85 80 1 ASP J 102 ? ? 45.27 -112.18 81 1 ASN J 124 ? ? -67.93 1.19 82 1 ARG J 131 ? ? -131.38 -108.41 83 1 ALA J 153 ? ? 81.94 6.74 84 1 SER J 208 ? ? 71.26 35.12 85 1 ASP K 14 ? ? -67.01 90.53 86 1 SER K 51 ? ? -69.52 18.76 87 1 SER L 40 ? ? -147.85 -30.16 88 1 GLU L 42 ? ? -48.93 100.49 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id 1 1 Y 1 D TRP 113 ? 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L TRP 113 CZ2 26 1 Y 1 L TRP 113 ? CZ3 ? L TRP 113 CZ3 27 1 Y 1 L TRP 113 ? CH2 ? L TRP 113 CH2 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 C MET 1 ? C MET 1 2 1 Y 1 C ILE 2 ? C ILE 2 3 1 Y 1 C ARG 3 ? C ARG 3 4 1 Y 1 C ASN 4 ? C ASN 4 5 1 Y 1 C VAL 5 ? C VAL 5 6 1 Y 1 C LYS 6 ? C LYS 6 7 1 Y 1 C LYS 7 ? C LYS 7 8 1 Y 1 D MET 1 ? D MET 1 9 1 Y 1 D VAL 2 ? D VAL 2 10 1 Y 1 D SER 3 ? D SER 3 11 1 Y 1 D ASN 4 ? D ASN 4 12 1 Y 1 D ALA 5 ? D ALA 5 13 1 Y 1 D SER 6 ? D SER 6 14 1 Y 1 D ALA 7 ? D ALA 7 15 1 Y 1 D LEU 8 ? 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L ARG 10 # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 5 'FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE' FAD 6 'MALATE LIKE INTERMEDIATE' TEO 7 'SODIUM ION' NA 8 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' FES 9 'IRON/SULFUR CLUSTER' SF4 10 'FE3-S4 CLUSTER' F3S 11 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' HEM 12 PENTACHLOROPHENOL PCI #