data_2WWB # _entry.id 2WWB # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.391 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 2WWB pdb_00002wwb 10.2210/pdb2wwb/pdb PDBE EBI-41336 ? ? WWPDB D_1290041336 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2009-12-08 2 'Structure model' 1 1 2011-07-20 3 'Structure model' 1 2 2017-04-19 4 'Structure model' 2 0 2018-10-03 5 'Structure model' 2 1 2024-05-08 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 2 'Structure model' 'Derived calculations' 3 2 'Structure model' Other 4 2 'Structure model' 'Refinement description' 5 2 'Structure model' 'Source and taxonomy' 6 2 'Structure model' 'Structure summary' 7 3 'Structure model' Other 8 4 'Structure model' 'Atomic model' 9 4 'Structure model' 'Data collection' 10 4 'Structure model' 'Derived calculations' 11 5 'Structure model' 'Data collection' 12 5 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' atom_site 2 4 'Structure model' em_software 3 4 'Structure model' ndb_struct_conf_na 4 4 'Structure model' ndb_struct_na_base_pair 5 4 'Structure model' ndb_struct_na_base_pair_step 6 4 'Structure model' struct_conn 7 5 'Structure model' chem_comp_atom 8 5 'Structure model' chem_comp_bond 9 5 'Structure model' database_2 # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_atom_site.Cartn_x' 2 4 'Structure model' '_atom_site.Cartn_y' 3 4 'Structure model' '_atom_site.Cartn_z' 4 4 'Structure model' '_em_software.image_processing_id' 5 5 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 6 5 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.entry_id 2WWB _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.SG_entry . _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2009-10-22 _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type _pdbx_database_related.details PDB 1K5Y unspecified ;STRUCTURE OF THE TRANSLATING 80S RIBOSOME FROM YEAST, OBTAINED BY DOCKING ATOMIC MODELS FOR RNA AND PROTEINCOMPONENTS INTO A 15A CRYO-EM MAP. THIS FILE 1K5Y CONTAINSTHE 60S RIBOSOMAL SUBUNIT. THE FILE 1K5X CONTAINS THE 40SRIBOSOMAL SUBUNIT, THE P-SITE BOUND TRNA AND THE MRNACODON. ; PDB 1S1I unspecified ;STRUCTURE OF THE RIBOSOMAL 80S-EEF2-SORDARIN COMPLEX FROMYEAST OBTAINED BY DOCKING ATOMIC MODELS FOR RNA ANDPROTEIN COMPONENTS INTO A 11.7 A CRYO-EM MAP. THIS FILE,1S1I, CONTAINS 60S SUBUNIT. THE 40S RIBOSOMAL SUBUNIT ISIN FILE 1S1H. ; PDB 2WWA unspecified 'CRYO-EM STRUCTURES OF IDLE YEAST SSH1 COMPLEX BOUND TO THE YEAST 80S RIBOSOME' PDB 2WWB unspecified 'CRYO-EM STRUCTURE OF THE MAMMALIAN SEC61 COMPLEX BOUND TO THE ACTIVELY TRANSLATING WHEAT GERM 80S RIBOSOME' EMDB EMD-1651 'other EM volume' 'CRYO-EM STRUCTURE OF THE PROGRAMMED YEAST 80 RIBOSOME BOUND THE SSH1 COMPLEX' EMDB EMD-1652 'associated EM volume' 'CRYO-EM STRUCTURE OF THE MAMMALIAN SEC61 COMPLEX BOUND TO THE ACTIVELY TRANSLATING WHEAT GERM 80S RIBOSOME' EMDB EMD-1667 'other EM volume' 'CRYO-EM STRUCTURE OF THE ACTIVE YEAST SSH1 COMPLEX BOUND TO THE PROGRAMMED YEAST 80S RIBOSOME BEARING A P-SITE TRNA' EMDB EMD-1668 'other EM volume' ;CRYO-EM STRUCTURE OF THE ACTIVE YEAST 80S RIBOSOME BEARING A P-SITE TRNA AND WITH THE RRNA EXPANSION SEGMENT ES27 IN THE EXIT CONFORMATION ; EMDB EMD-1669 'other EM volume' 'CRYO-EM STRUCTURES OF THE IDLE YEAST SSH1 COMPLEX BOUND TO THE YEAST 80S RIBOSOME' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Becker, T.' 1 'Mandon, E.' 2 'Bhushan, S.' 3 'Jarasch, A.' 4 'Armache, J.P.' 5 'Funes, S.' 6 'Jossinet, F.' 7 'Gumbart, J.' 8 'Mielke, T.' 9 'Berninghausen, O.' 10 'Schulten, K.' 11 'Westhof, E.' 12 'Gilmore, R.' 13 'Beckmann, R.' 14 # _citation.id primary _citation.title 'Structure of Monomeric Yeast and Mammalian Sec61 Complexes Interacting with the Translating Ribosome.' _citation.journal_abbrev Science _citation.journal_volume 326 _citation.page_first 1369 _citation.page_last ? _citation.year 2009 _citation.journal_id_ASTM SCIEAS _citation.country US _citation.journal_id_ISSN 0036-8075 _citation.journal_id_CSD 0038 _citation.book_publisher ? _citation.pdbx_database_id_PubMed 19933108 _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/SCIENCE.1178535 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Becker, T.' 1 ? primary 'Bhushan, S.' 2 ? primary 'Jarasch, A.' 3 ? primary 'Armache, J.P.' 4 ? primary 'Funes, S.' 5 ? primary 'Jossinet, F.' 6 ? primary 'Gumbart, J.' 7 ? primary 'Mielke, T.' 8 ? primary 'Berninghausen, O.' 9 ? primary 'Schulten, K.' 10 ? primary 'Westhof, E.' 11 ? primary 'Gilmore, R.' 12 ? primary 'Mandon, E.' 13 ? primary 'Beckmann, R.' 14 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT ALPHA ISOFORM 1' 52279.379 1 ? ? ? ? 2 polymer nat 'PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT GAMMA' 7752.325 1 ? ? ? ? 3 polymer nat 'PROTEIN TRANSPORT PROTEIN SEC61 SUBUNIT BETA' 9987.456 1 ? ? ? ? 4 polymer nat '5.8S RRNA' 20302.104 1 ? ? ? 'H5_H6_H7 FRAGMENT' 5 polymer nat '25S RRNA' 11089.751 1 ? ? ? 'H24 FRAGMENT' 6 polymer nat '25S RRNA' 8052.861 1 ? ? ? 'H50 FRAGMENT' 7 polymer nat '25S RRNA' 4477.724 1 ? ? ? 'H59 FRAGMENT' 8 polymer nat '60S RIBOSOMAL PROTEIN L4-B' 39129.102 1 ? ? ? ? 9 polymer nat '60S RIBOSOMAL PROTEIN L17-A' 20589.518 1 ? ? ? ? 10 polymer nat '60S RIBOSOMAL PROTEIN L19' 21762.316 1 ? ? ? ? 11 polymer nat '60S RIBOSOMAL PROTEIN L25' 15787.612 1 ? ? ? ? 12 polymer nat '60S RIBOSOMAL PROTEIN L26-A' 14265.784 1 ? ? ? ? 13 polymer nat '60S RIBOSOMAL PROTEIN L31-A' 12980.158 1 ? ? ? ? 14 polymer nat '60S RIBOSOMAL PROTEIN L35' 13942.640 1 ? ? ? ? 15 polymer nat '60S RIBOSOMAL PROTEIN L39' 6358.640 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'SEC61ALPHA, SEC61 ALPHA-1' 2 SEC61GAMMA 3 SEC61BETA 8 '60S RIBOSOMAL PROTEIN L4, L2, YL2, RP2' 9 '60S RIBOSOMAL PROTEIN L17, L20A, YL17' 10 'L23, YL14, RP15L, RP33' 11 ;YL25, RP16L, YP42' ; 12 '60S RIBOSOMAL PROTEIN L26, L33, YL33' 13 '60S RIBOSOMAL PROTEIN L31, L34, YL28' 15 'L46, YL40' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MAIKFLEVIKPFCVILPEIQKPERKIQFKEKVLWTAITLFIFLVCCQIPLFGIMSSDSADPFYWMRVILASNRGTLMELG ISPIVTSGLIMQLLAGAKIIEVGDTPKDRALFNGAQKLFGMIITIGQSIVYVMTGMYGDPSEMGAGICLLITIQLFVAGL IVLLLDELLQKGYGLGSGISLFIATNICETIVWKAFSPTTVNTGRGMEFEGAIIALFHLLATRTDKVRALREAFYRQNLP NLMNLIATIFVFAVVIYFQGFRVDLPIKSARYRGQYNTYPIKLFYTSNIPIILQSALVSNLYVISQMLSARFSGNLLVSL LGTWSDTSSGGPARAYPVGGLCHYLSPPESFGSVLEDPVHAVVYIVFMLGSCAFFSKTWIEVSGSSAKDVAKQLKEQQMV MRGHRETSMVHELNRYIPTAAAFGGLCIGALSVLADFLGAIGSGTGILLAVTIIYQYFEIFVKEQSEVGSMGALLF ; ;MAIKFLEVIKPFCVILPEIQKPERKIQFKEKVLWTAITLFIFLVCCQIPLFGIMSSDSADPFYWMRVILASNRGTLMELG ISPIVTSGLIMQLLAGAKIIEVGDTPKDRALFNGAQKLFGMIITIGQSIVYVMTGMYGDPSEMGAGICLLITIQLFVAGL IVLLLDELLQKGYGLGSGISLFIATNICETIVWKAFSPTTVNTGRGMEFEGAIIALFHLLATRTDKVRALREAFYRQNLP NLMNLIATIFVFAVVIYFQGFRVDLPIKSARYRGQYNTYPIKLFYTSNIPIILQSALVSNLYVISQMLSARFSGNLLVSL LGTWSDTSSGGPARAYPVGGLCHYLSPPESFGSVLEDPVHAVVYIVFMLGSCAFFSKTWIEVSGSSAKDVAKQLKEQQMV MRGHRETSMVHELNRYIPTAAAFGGLCIGALSVLADFLGAIGSGTGILLAVTIIYQYFEIFVKEQSEVGSMGALLF ; A ? 2 'polypeptide(L)' no no MDQVMQFVEPSRQFVKDSIRLVKRCTKPDRKEFQKIAMATAIGFAIMGFIGFFVKLIHIPINNIIVGG MDQVMQFVEPSRQFVKDSIRLVKRCTKPDRKEFQKIAMATAIGFAIMGFIGFFVKLIHIPINNIIVGG B ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MPGPTPSGTNVGSSGRSPSKAVAARAAGSTVRQRKNASCGTRSAGRTTSAGTGGMWRFYTEDSPGLKVGPVPVLVMSLLF IASVFMLHIWGKYTRS ; ;MPGPTPSGTNVGSSGRSPSKAVAARAAGSTVRQRKNASCGTRSAGRTTSAGTGGMWRFYTEDSPGLKVGPVPVLVMSLLF IASVFMLHIWGKYTRS ; C ? 4 polyribonucleotide no no AGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUGAAUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUG AGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUGAAUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUG D ? 5 polyribonucleotide no no UGAAAAGAACUUUGAAAAGAGAGUGAAAAAGUAC UGAAAAGAACUUUGAAAAGAGAGUGAAAAAGUAC E ? 6 polyribonucleotide no no CCACGUCAACAGCAGUUGGACGUGG CCACGUCAACAGCAGUUGGACGUGG F ? 7 polyribonucleotide no no ACACGUCGCGCGGU ACACGUCGCGCGGU G ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MSRPQVTVHSLTGEATANALPLPAVFSAPIRPDIVHTVFTSVNKNKRQAYAVSEKAGHQTSAESWGTGRAVARIPRVGGG GTGRSGQGAFGNMCRGGRMFAPTKTWRKWNVKVNHNEKRYATASAIAATAVASLVLARGHRVEKIPEIPLVVSTDLESIQ KTKEAVAALKAVGAHSDLLKVLKSKKLRAGKGKYRNRRWTQRRGPLVVYAEDNGIVKALRNVPGVETANVASLNLLQLAP GAHLGRFVIWTEAAFTKLDQVWGSETVASSKVGYTLPSHIISTSDVTRIINSSEIQSAIRPAGQATQKRTHVLKKNPLKN KQVLLRLNPYAKVFAAEKLGSKKAEKTGTKPAAVFAETLKHD ; ;MSRPQVTVHSLTGEATANALPLPAVFSAPIRPDIVHTVFTSVNKNKRQAYAVSEKAGHQTSAESWGTGRAVARIPRVGGG GTGRSGQGAFGNMCRGGRMFAPTKTWRKWNVKVNHNEKRYATASAIAATAVASLVLARGHRVEKIPEIPLVVSTDLESIQ KTKEAVAALKAVGAHSDLLKVLKSKKLRAGKGKYRNRRWTQRRGPLVVYAEDNGIVKALRNVPGVETANVASLNLLQLAP GAHLGRFVIWTEAAFTKLDQVWGSETVASSKVGYTLPSHIISTSDVTRIINSSEIQSAIRPAGQATQKRTHVLKKNPLKN KQVLLRLNPYAKVFAAEKLGSKKAEKTGTKPAAVFAETLKHD ; H ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MARYGATSTNPAKSASARGSYLRVSFKNTRETAQAINGWELTKAQKYLEQVLDHQRAIPFRRFNSSIGRTAQGKEFGVTK ARWPAKSVKFVQGLLQNAAANAEAKGLDATKLYVSHIQVNQAPKQRRRTYRAHGRINKYESSPSHIELVVTEKEEAVAKA AEKKVVRLTSRQRGRIAAQKRIAA ; ;MARYGATSTNPAKSASARGSYLRVSFKNTRETAQAINGWELTKAQKYLEQVLDHQRAIPFRRFNSSIGRTAQGKEFGVTK ARWPAKSVKFVQGLLQNAAANAEAKGLDATKLYVSHIQVNQAPKQRRRTYRAHGRINKYESSPSHIELVVTEKEEAVAKA AEKKVVRLTSRQRGRIAAQKRIAA ; I ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MANLRTQKRLAASVVGVGKRKVWLDPNETSEIAQANSRNAIRKLVKNGTIVKKAVTVHSKSRTRAHAQSKREGRHSGYGK RKGTREARLPSQVVWIRRLRVLRRLLAKYRDAGKIDKHLYHVLYKESKGNAFKHKRALVEHIIQAKADAQREKALNEEAE ARRLKNRAARDRRAQRVAEKRDALLKEDA ; ;MANLRTQKRLAASVVGVGKRKVWLDPNETSEIAQANSRNAIRKLVKNGTIVKKAVTVHSKSRTRAHAQSKREGRHSGYGK RKGTREARLPSQVVWIRRLRVLRRLLAKYRDAGKIDKHLYHVLYKESKGNAFKHKRALVEHIIQAKADAQREKALNEEAE ARRLKNRAARDRRAQRVAEKRDALLKEDA ; J ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MAPSAKATAAKKAVVKGTNGKKALKVRTSATFRLPKTLKLARAPKYASKAVPHYNRLDSYKVIEQPITSETAMKKVEDGN ILVFQVSMKANKYQIKKAVKELYEVDVLKVNTLVRPNGTKKAYVRLTADYDALDIANRIGYI ; ;MAPSAKATAAKKAVVKGTNGKKALKVRTSATFRLPKTLKLARAPKYASKAVPHYNRLDSYKVIEQPITSETAMKKVEDGN ILVFQVSMKANKYQIKKAVKELYEVDVLKVNTLVRPNGTKKAYVRLTADYDALDIANRIGYI ; K ? 12 'polypeptide(L)' no no ;MAKQSLDVSSDRRKARKAYFTAPSSQRRVLLSAPLSKELRAQYGIKALPIRRDDEVLVVRGSKKGQEGKISSVYRLKFAV QVDKVTKEKVNGASVPINLHPSKLVITKLHLDKDRKALIQRKGGKLE ; ;MAKQSLDVSSDRRKARKAYFTAPSSQRRVLLSAPLSKELRAQYGIKALPIRRDDEVLVVRGSKKGQEGKISSVYRLKFAV QVDKVTKEKVNGASVPINLHPSKLVITKLHLDKDRKALIQRKGGKLE ; L ? 13 'polypeptide(L)' no no ;MAGLKDVVTREYTINLHKRLHGVSFKKRAPRAVKEIKKFAKLHMGTDDVRLAPELNQAIWKRGVKGVEYRLRLRISRKRN EEEDAKNPLFSYVEPVLVASAKGLQTVVVEEDA ; ;MAGLKDVVTREYTINLHKRLHGVSFKKRAPRAVKEIKKFAKLHMGTDDVRLAPELNQAIWKRGVKGVEYRLRLRISRKRN EEEDAKNPLFSYVEPVLVASAKGLQTVVVEEDA ; M ? 14 'polypeptide(L)' no no ;MAGVKAYELRTKSKEQLASQLVDLKKELAELKVQKLSRPSLPKIKTVRKSIACVLTVINEQQREAVRQLYKGKKYQPKDL RAKKTRALRRALTKFEASQVTEKQRKKQIAFPQRKYAIKA ; ;MAGVKAYELRTKSKEQLASQLVDLKKELAELKVQKLSRPSLPKIKTVRKSIACVLTVINEQQREAVRQLYKGKKYQPKDL RAKKTRALRRALTKFEASQVTEKQRKKQIAFPQRKYAIKA ; N ? 15 'polypeptide(L)' no no MAAQKSFRIKQKMAKAKKQNRPLPQWIRLRTNNTIRYNAKRRNWRRTKMNI MAAQKSFRIKQKMAKAKKQNRPLPQWIRLRTNNTIRYNAKRRNWRRTKMNI O ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ILE n 1 4 LYS n 1 5 PHE n 1 6 LEU n 1 7 GLU n 1 8 VAL n 1 9 ILE n 1 10 LYS n 1 11 PRO n 1 12 PHE n 1 13 CYS n 1 14 VAL n 1 15 ILE n 1 16 LEU n 1 17 PRO n 1 18 GLU n 1 19 ILE n 1 20 GLN n 1 21 LYS n 1 22 PRO n 1 23 GLU n 1 24 ARG n 1 25 LYS n 1 26 ILE n 1 27 GLN n 1 28 PHE n 1 29 LYS n 1 30 GLU n 1 31 LYS n 1 32 VAL n 1 33 LEU n 1 34 TRP n 1 35 THR n 1 36 ALA n 1 37 ILE n 1 38 THR n 1 39 LEU n 1 40 PHE n 1 41 ILE n 1 42 PHE n 1 43 LEU n 1 44 VAL n 1 45 CYS n 1 46 CYS n 1 47 GLN n 1 48 ILE n 1 49 PRO n 1 50 LEU n 1 51 PHE n 1 52 GLY n 1 53 ILE n 1 54 MET n 1 55 SER n 1 56 SER n 1 57 ASP n 1 58 SER n 1 59 ALA n 1 60 ASP n 1 61 PRO n 1 62 PHE n 1 63 TYR n 1 64 TRP n 1 65 MET n 1 66 ARG n 1 67 VAL n 1 68 ILE n 1 69 LEU n 1 70 ALA n 1 71 SER n 1 72 ASN n 1 73 ARG n 1 74 GLY n 1 75 THR n 1 76 LEU n 1 77 MET n 1 78 GLU n 1 79 LEU n 1 80 GLY n 1 81 ILE n 1 82 SER n 1 83 PRO n 1 84 ILE n 1 85 VAL n 1 86 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VAL A 410 GLY A 439 1 ? 30 HELX_P HELX_P16 16 SER A 443 ? SER A 466 ? SER A 443 SER A 466 1 ? 24 HELX_P HELX_P17 17 PRO B 10 ? CYS B 25 ? PRO B 10 CYS B 25 1 ? 16 HELX_P HELX_P18 18 ARG B 30 ? THR B 40 ? ARG B 30 THR B 40 1 ? 11 HELX_P HELX_P19 19 ALA B 41 ? ILE B 59 ? ALA B 41 ILE B 59 1 ? 19 HELX_P HELX_P20 20 PRO B 60 ? ASN B 62 ? PRO B 60 ASN B 62 5 ? 3 HELX_P HELX_P21 21 PRO C 72 ? HIS C 88 ? PRO C 72 HIS C 88 1 ? 17 HELX_P HELX_P22 22 PRO H 23 ? SER H 27 ? PRO H 23 SER H 27 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 23 ARG H 31 ? ARG H 47 ? ARG H 31 ARG H 47 1 ? 17 HELX_P HELX_P24 24 ASN H 114 ? ALA H 128 ? ASN H 114 ALA H 128 1 ? 15 HELX_P HELX_P25 25 THR H 129 ? VAL H 131 ? THR H 129 VAL H 131 5 ? 3 HELX_P HELX_P26 26 SER H 133 ? GLY H 139 ? SER H 133 GLY H 139 1 ? 7 HELX_P HELX_P27 27 SER H 153 ? SER H 158 ? SER H 153 SER H 158 5 ? 6 HELX_P HELX_P28 28 LYS H 161 ? GLY H 173 ? LYS H 161 GLY H 173 1 ? 13 HELX_P HELX_P29 29 HIS H 175 ? LEU H 182 ? 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GLN O 25 THR O 31 1 ? 7 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 101 A . ? GLU 101 A VAL 102 A ? VAL 102 A 1 -7.33 2 VAL 102 A . ? VAL 102 A GLY 103 A ? GLY 103 A 1 -4.74 3 GLY 314 A . ? GLY 314 A ASN 315 A ? ASN 315 A 1 2.19 4 ALA 335 A . ? ALA 335 A TYR 336 A ? 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PRO 146 H 1 13.01 23 ILE 159 H . ? ILE 159 H GLN 160 H ? GLN 160 H 1 -15.31 24 GLY 173 H . ? GLY 173 H ALA 174 H ? ALA 174 H 1 9.03 25 SER 184 H . ? SER 184 H LYS 185 H ? LYS 185 H 1 -9.85 26 TRP 199 H . ? TRP 199 H THR 200 H ? THR 200 H 1 10.71 27 ASN 213 H . ? ASN 213 H GLY 214 H ? GLY 214 H 1 -12.31 28 GLY 214 H . ? GLY 214 H ILE 215 H ? ILE 215 H 1 -11.51 29 TRP 262 H . ? TRP 262 H GLY 263 H ? GLY 263 H 1 -14.57 30 ARG 3 I . ? ARG 3 I TYR 4 I ? TYR 4 I 1 -2.86 31 TYR 4 I . ? TYR 4 I GLY 5 I ? GLY 5 I 1 0.04 32 THR 9 I . ? THR 9 I ASN 10 I ? ASN 10 I 1 19.71 33 ILE 36 I . ? ILE 36 I ASN 37 I ? ASN 37 I 1 -14.64 34 ASN 37 I . ? ASN 37 I GLY 38 I ? GLY 38 I 1 -6.59 35 GLY 38 I . ? GLY 38 I TRP 39 I ? TRP 39 I 1 -0.41 36 ARG 56 I . ? ARG 56 I ALA 57 I ? ALA 57 I 1 -1.72 37 SER 66 I . ? SER 66 I ILE 67 I ? ILE 67 I 1 -10.01 38 THR 70 I . ? THR 70 I ALA 71 I ? ALA 71 I 1 -7.15 39 GLY 73 I . ? GLY 73 I LYS 74 I ? LYS 74 I 1 16.25 40 LYS 105 I . ? LYS 105 I GLY 106 I ? 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SER 40 N 1 25.58 60 SER 40 N . ? SER 40 N LEU 41 N ? LEU 41 N 1 -24.01 61 LYS 5 O . ? LYS 5 O SER 6 O ? SER 6 O 1 22.99 62 ARG 21 O . ? ARG 21 O PRO 22 O ? PRO 22 O 1 13.47 63 PRO 22 O . ? PRO 22 O LEU 23 O ? LEU 23 O 1 12.21 64 THR 31 O . ? THR 31 O ASN 32 O ? ASN 32 O 1 26.58 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details HA ? 3 ? IA ? 3 ? IB ? 2 ? JA ? 2 ? KA ? 4 ? LA ? 2 ? LB ? 4 ? 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LEU M 71 ILE M 75 MA 3 LEU M 89 ? PHE M 90 ? LEU M 89 PHE M 90 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id HA 1 2 N ALA H 228 ? N ALA H 228 O VAL H 207 ? O VAL H 207 HA 2 3 N VAL H 208 ? N VAL H 208 O ILE H 249 ? O ILE H 249 IA 1 2 N LEU I 22 ? N LEU I 22 O SER I 144 ? O SER I 144 IA 2 3 O VAL I 149 ? O VAL I 149 N SER I 115 ? N SER I 115 IB 1 2 N ALA I 132 ? N ALA I 132 O ARG I 135 ? O ARG I 135 JA 1 2 N TRP J 23 ? N TRP J 23 O VAL J 51 ? O VAL J 51 KA 1 2 N GLU K 64 ? N GLU K 64 O GLN K 85 ? O GLN K 85 KA 2 3 N VAL K 86 ? N VAL K 86 O LYS K 120 ? O LYS K 120 KA 3 4 O ARG K 125 ? O ARG K 125 N LEU K 108 ? N LEU K 108 LA 1 2 N ALA L 33 ? N ALA L 33 O LEU L 48 ? O LEU L 48 LB 1 2 O GLN L 81 ? O GLN L 81 N SER L 71 ? N SER L 71 LB 2 3 N GLY L 68 ? N GLY L 68 O VAL L 56 ? O VAL L 56 LB 3 4 N LEU L 57 ? N LEU L 57 O VAL L 105 ? O VAL L 105 MA 1 2 N ILE M 14 ? N ILE M 14 O LEU M 71 ? O LEU M 71 MA 2 3 N ARG M 74 ? N ARG M 74 O PHE M 90 ? O PHE M 90 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_bond.id _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_target_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.linker_flag 1 1 CG A PHE 5 ? ? CD2 A PHE 5 ? ? 1.820 1.383 0.437 0.015 N 2 1 CG A PHE 5 ? ? CD1 A PHE 5 ? ? 1.814 1.383 0.431 0.015 N 3 1 CD1 A PHE 5 ? ? CE1 A PHE 5 ? ? 1.802 1.388 0.414 0.020 N 4 1 CE1 A PHE 5 ? ? 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N6 D A 54 ? ? 126.39 118.60 7.79 0.60 N 40 1 "O4'" D U 55 ? ? "C1'" D U 55 ? ? N1 D U 55 ? ? 113.78 108.50 5.28 0.70 N 41 1 "C3'" D U 55 ? ? "O3'" D U 55 ? ? P D G 56 ? ? 135.32 119.70 15.62 1.20 Y 42 1 "O4'" D G 56 ? ? "C1'" D G 56 ? ? N9 D G 56 ? ? 114.07 108.50 5.57 0.70 N 43 1 N1 D G 56 ? ? C6 D G 56 ? ? O6 D G 56 ? ? 125.51 119.90 5.61 0.60 N 44 1 C5 D G 56 ? ? C6 D G 56 ? ? O6 D G 56 ? ? 124.81 128.60 -3.79 0.60 N 45 1 "O4'" D C 57 ? ? "C1'" D C 57 ? ? N1 D C 57 ? ? 114.27 108.50 5.77 0.70 N 46 1 N3 D C 57 ? ? C4 D C 57 ? ? N4 D C 57 ? ? 122.22 118.00 4.22 0.70 N 47 1 N1 D G 58 ? ? C6 D G 58 ? ? O6 D G 58 ? ? 125.43 119.90 5.53 0.60 N 48 1 C5 D G 58 ? ? C6 D G 58 ? ? O6 D G 58 ? ? 124.60 128.60 -4.00 0.60 N 49 1 C4 D A 59 ? ? C5 D A 59 ? ? C6 D A 59 ? ? 120.01 117.00 3.01 0.50 N 50 1 N1 D A 59 ? ? C6 D A 59 ? ? N6 D A 59 ? ? 125.01 118.60 6.41 0.60 N 51 1 C4 D A 61 ? ? C5 D A 61 ? ? C6 D A 61 ? ? 120.04 117.00 3.04 0.50 N 52 1 C5 D A 61 ? ? C6 D A 61 ? ? N1 D A 61 ? ? 114.56 117.70 -3.14 0.50 N 53 1 N1 D A 61 ? ? C6 D A 61 ? ? N6 D A 61 ? ? 125.49 118.60 6.89 0.60 N 54 1 "O4'" D C 62 ? ? "C1'" D C 62 ? ? N1 D C 62 ? ? 114.73 108.50 6.23 0.70 N 55 1 C6 D C 62 ? ? N1 D C 62 ? ? "C1'" D C 62 ? ? 112.57 120.80 -8.23 1.20 N 56 1 C2 D C 62 ? ? N1 D C 62 ? ? "C1'" D C 62 ? ? 126.34 118.80 7.54 1.10 N 57 1 "O4'" D G 63 ? ? "C1'" D G 63 ? ? N9 D G 63 ? ? 112.84 108.50 4.34 0.70 N 58 1 N1 D G 63 ? ? C6 D G 63 ? ? O6 D G 63 ? ? 125.90 119.90 6.00 0.60 N 59 1 C5 D G 63 ? ? C6 D G 63 ? ? O6 D G 63 ? ? 123.47 128.60 -5.13 0.60 N 60 1 "C3'" D G 63 ? ? "O3'" D G 63 ? ? P D U 64 ? ? 132.67 119.70 12.97 1.20 Y 61 1 "O4'" D U 64 ? ? "C1'" D U 64 ? ? N1 D U 64 ? ? 113.66 108.50 5.16 0.70 N 62 1 "O4'" D A 65 ? ? "C1'" D A 65 ? ? N9 D A 65 ? ? 113.89 108.50 5.39 0.70 N 63 1 C4 D A 65 ? ? C5 D A 65 ? ? C6 D A 65 ? ? 120.05 117.00 3.05 0.50 N 64 1 N1 D A 65 ? ? C6 D A 65 ? ? N6 D A 65 ? ? 125.73 118.60 7.13 0.60 N 65 1 "C3'" D A 65 ? ? "O3'" D A 65 ? ? P D A 66 ? ? 135.65 119.70 15.95 1.20 Y 66 1 "O4'" D A 66 ? ? "C1'" D A 66 ? ? N9 D A 66 ? ? 113.12 108.50 4.62 0.70 N 67 1 N1 D A 66 ? ? C6 D A 66 ? ? N6 D A 66 ? ? 125.56 118.60 6.96 0.60 N 68 1 "O4'" D U 67 ? ? "C1'" D U 67 ? ? N1 D U 67 ? ? 114.16 108.50 5.66 0.70 N 69 1 N1 D G 68 ? ? C6 D G 68 ? ? O6 D G 68 ? ? 124.96 119.90 5.06 0.60 N 70 1 C5 D G 68 ? ? C6 D G 68 ? ? O6 D G 68 ? ? 124.44 128.60 -4.16 0.60 N 71 1 "O4'" D U 69 ? ? "C1'" D U 69 ? ? N1 D U 69 ? ? 114.67 108.50 6.17 0.70 N 72 1 "C3'" D U 69 ? ? "O3'" D U 69 ? ? P D G 70 ? ? 136.98 119.70 17.28 1.20 Y 73 1 "O4'" D G 70 ? ? "C1'" D G 70 ? ? N9 D G 70 ? ? 112.70 108.50 4.20 0.70 N 74 1 N1 D G 70 ? ? C6 D G 70 ? ? O6 D G 70 ? ? 124.90 119.90 5.00 0.60 N 75 1 C5 D G 70 ? ? C6 D G 70 ? ? O6 D G 70 ? ? 124.75 128.60 -3.85 0.60 N 76 1 N1 D A 71 ? ? C6 D A 71 ? ? N6 D A 71 ? ? 125.58 118.60 6.98 0.60 N 77 1 C4 D A 72 ? ? C5 D A 72 ? ? C6 D A 72 ? ? 120.30 117.00 3.30 0.50 N 78 1 C5 D A 72 ? ? C6 D A 72 ? ? N1 D A 72 ? ? 114.56 117.70 -3.14 0.50 N 79 1 N1 D A 72 ? ? C6 D A 72 ? ? N6 D A 72 ? ? 125.57 118.60 6.97 0.60 N 80 1 "O4'" D U 73 ? ? "C1'" D U 73 ? ? N1 D U 73 ? ? 113.18 108.50 4.68 0.70 N 81 1 "O4'" D U 74 ? ? "C1'" D U 74 ? ? N1 D U 74 ? ? 113.02 108.50 4.52 0.70 N 82 1 N1 D G 75 ? ? C6 D G 75 ? ? O6 D G 75 ? ? 123.60 119.90 3.70 0.60 N 83 1 "O4'" D C 76 ? ? "C1'" D C 76 ? ? N1 D C 76 ? ? 113.25 108.50 4.75 0.70 N 84 1 N3 D C 76 ? ? C4 D C 76 ? ? N4 D C 76 ? ? 122.99 118.00 4.99 0.70 N 85 1 N1 D A 77 ? ? C6 D A 77 ? ? N6 D A 77 ? ? 124.57 118.60 5.97 0.60 N 86 1 N1 D G 78 ? ? C6 D G 78 ? ? O6 D G 78 ? ? 125.25 119.90 5.35 0.60 N 87 1 C5 D G 78 ? ? C6 D G 78 ? ? O6 D G 78 ? ? 124.46 128.60 -4.14 0.60 N 88 1 "O4'" D A 79 ? ? "C1'" D A 79 ? ? N9 D A 79 ? ? 112.90 108.50 4.40 0.70 N 89 1 C4 D A 79 ? ? C5 D A 79 ? ? C6 D A 79 ? ? 120.08 117.00 3.08 0.50 N 90 1 N1 D A 79 ? ? C6 D A 79 ? ? N6 D A 79 ? ? 125.39 118.60 6.79 0.60 N 91 1 "O4'" D A 80 ? ? "C1'" D A 80 ? ? N9 D A 80 ? ? 112.92 108.50 4.42 0.70 N 92 1 N1 D A 80 ? ? C6 D A 80 ? ? N6 D A 80 ? ? 125.75 118.60 7.15 0.60 N 93 1 "O4'" D U 81 ? ? "C1'" D U 81 ? ? N1 D U 81 ? ? 114.30 108.50 5.80 0.70 N 94 1 "O4'" D U 82 ? ? "C1'" D U 82 ? ? N1 D U 82 ? ? 113.56 108.50 5.06 0.70 N 95 1 "O4'" D C 83 ? ? "C1'" D C 83 ? ? N1 D C 83 ? ? 113.21 108.50 4.71 0.70 N 96 1 C2 D C 83 ? ? N1 D C 83 ? ? "C1'" D C 83 ? ? 125.77 118.80 6.97 1.10 N 97 1 N1 D G 85 ? ? C6 D G 85 ? ? O6 D G 85 ? ? 125.04 119.90 5.14 0.60 N 98 1 C5 D G 85 ? ? C6 D G 85 ? ? O6 D G 85 ? ? 124.33 128.60 -4.27 0.60 N 99 1 "O4'" D U 86 ? ? "C1'" D U 86 ? ? N1 D U 86 ? ? 112.77 108.50 4.27 0.70 N 100 1 N1 D G 87 ? ? C6 D G 87 ? ? O6 D G 87 ? ? 125.13 119.90 5.23 0.60 N 101 1 C5 D G 87 ? ? C6 D G 87 ? ? O6 D G 87 ? ? 124.52 128.60 -4.08 0.60 N 102 1 C4 D A 88 ? ? C5 D A 88 ? ? C6 D A 88 ? ? 120.03 117.00 3.03 0.50 N 103 1 C5 D A 88 ? ? C6 D A 88 ? ? N1 D A 88 ? ? 114.62 117.70 -3.08 0.50 N 104 1 N1 D A 88 ? ? C6 D A 88 ? ? N6 D A 88 ? ? 125.86 118.60 7.26 0.60 N 105 1 "O4'" D A 89 ? ? "C1'" D A 89 ? ? N9 D A 89 ? ? 113.08 108.50 4.58 0.70 N 106 1 C4 D A 89 ? ? C5 D A 89 ? ? C6 D A 89 ? ? 120.10 117.00 3.10 0.50 N 107 1 N1 D A 89 ? ? C6 D A 89 ? ? N6 D A 89 ? ? 125.44 118.60 6.84 0.60 N 108 1 "C3'" D A 89 ? ? "O3'" D A 89 ? ? P D U 90 ? ? 132.21 119.70 12.51 1.20 Y 109 1 "O4'" D U 90 ? ? "C1'" D U 90 ? ? N1 D U 90 ? ? 114.44 108.50 5.94 0.70 N 110 1 "C3'" D U 90 ? ? "O3'" D U 90 ? ? P D C 91 ? ? 137.65 119.70 17.95 1.20 Y 111 1 "O4'" D C 91 ? ? "C1'" D C 91 ? ? N1 D C 91 ? ? 113.83 108.50 5.33 0.70 N 112 1 N3 D C 91 ? ? C4 D C 91 ? ? C5 D C 91 ? ? 119.16 121.90 -2.74 0.40 N 113 1 "C5'" D A 92 ? ? "C4'" D A 92 ? ? "O4'" D A 92 ? ? 115.88 109.80 6.08 0.90 N 114 1 "O4'" D A 92 ? ? "C1'" D A 92 ? ? N9 D A 92 ? ? 115.19 108.50 6.69 0.70 N 115 1 C4 D A 92 ? ? C5 D A 92 ? ? C6 D A 92 ? ? 120.10 117.00 3.10 0.50 N 116 1 N1 D A 92 ? ? C6 D A 92 ? ? N6 D A 92 ? ? 124.99 118.60 6.39 0.60 N 117 1 "O4'" D U 93 ? ? 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N1 D U 102 ? ? 114.83 108.50 6.33 0.70 N 130 1 N1 D G 103 ? ? C6 D G 103 ? ? O6 D G 103 ? ? 125.39 119.90 5.49 0.60 N 131 1 C5 D G 103 ? ? C6 D G 103 ? ? O6 D G 103 ? ? 124.38 128.60 -4.22 0.60 N 132 1 "O4'" E U 528 ? ? "C1'" E U 528 ? ? N1 E U 528 ? ? 113.58 108.50 5.08 0.70 N 133 1 "O4'" E G 529 ? ? "C1'" E G 529 ? ? N9 E G 529 ? ? 112.98 108.50 4.48 0.70 N 134 1 N1 E G 529 ? ? C6 E G 529 ? ? O6 E G 529 ? ? 125.39 119.90 5.49 0.60 N 135 1 C5 E G 529 ? ? C6 E G 529 ? ? O6 E G 529 ? ? 124.30 128.60 -4.30 0.60 N 136 1 N1 E A 530 ? ? C6 E A 530 ? ? N6 E A 530 ? ? 126.43 118.60 7.83 0.60 N 137 1 C5 E A 530 ? ? C6 E A 530 ? ? N6 E A 530 ? ? 117.99 123.70 -5.71 0.80 N 138 1 C5 E A 531 ? ? C6 E A 531 ? ? N1 E A 531 ? ? 114.43 117.70 -3.27 0.50 N 139 1 N1 E A 531 ? ? C6 E A 531 ? ? N6 E A 531 ? ? 125.79 118.60 7.19 0.60 N 140 1 "O4'" E A 532 ? ? "C1'" E A 532 ? ? N9 E A 532 ? ? 112.94 108.50 4.44 0.70 N 141 1 N1 E A 532 ? ? C6 E A 532 ? ? 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SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAIN G WERE PROVIDED AS ORYZA SATIVA WITH NO EXTERNAL DATABASE REFERENCE PROVIDED. SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAIN H WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE WITH EXTERNAL DATABASE REFERENCE PDB P49626. SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAIN I WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE WITH EXTERNAL DATABASE REFERENCE PDB P05740. SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAIN J WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE WITH EXTERNAL DATABASE REFERENCE PDB P05735. SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAIN K WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE WITH EXTERNAL DATABASE REFERENCE PDB P04456. SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAIN L WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE WITH EXTERNAL DATABASE REFERENCE PDB P05743. SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAIN M WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE WITH EXTERNAL DATABASE REFERENCE PDB P0C2H8. SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAIN N WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE WITH EXTERNAL DATABASE REFERENCE PDB P39741. SOURCE ORGANISM FOR COORDINATES OF CHAIN O WERE PROVIDED AS SACCHAROMYCES CEREVISIAE WITH EXTERNAL DATABASE REFERENCE PDB P04650. ; _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 2WWB _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details 'METHOD--MANUAL FOLLOWED BY MDFF' _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 2WWB _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.num_particles 221445 _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.method 'PROJECTION MATCHING' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 1.2375 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 1.2375 _em_3d_reconstruction.resolution 6.48 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.details 'SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1652.' _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name '30 MM HEPES/KOH, PH 7.5 180 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 1 MM DTT, 3.5 % (W/V) GLYCEROL 0.3 % (W/V) DIGITONIN' _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.details '30 MM HEPES/KOH, PH 7.5 180 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 1 MM DTT, 3.5 % (W/V) GLYCEROL 0.3 % (W/V) DIGITONIN' # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.name ;ACTIVELY TRANSLATING WHEAT GERM (O. SATIVA) 80S RIBOSOME PROGRAMMED WITH A NASCENT POLYPEPTIDE CHAIN CONTAINING A P- SITE TRNA AND THE TYPE I SIGNAL ANCHOR SEQUENCE OF DPAP-B ( DIPEPTIDYLAMINOPEPTIDASE B) BOUND TO THE MAMMALIAN (CANIS FAMILIARIS) SEC61 COMPLEX. ; _em_entity_assembly.type RIBOSOME _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 2WWB _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.number_digital_images 155 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 2WWB _em_imaging.id 1 _em_imaging.microscope_model 'FEI POLARA 300' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature 84 _em_imaging.nominal_defocus_min 1250 _em_imaging.nominal_defocus_max 4700 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max 0 _em_imaging.nominal_cs 2.26 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 39000 _em_imaging.calibrated_magnification 38000 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type . _em_imaging.specimen_holder_model . _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details OTHER _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? # _em_vitrification.entry_id 2WWB _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK I' _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.details 'CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- VITROBOT, METHOD- BLOT FOR 10 SECONDS BEFORE PLUNGING, USE 2 LAYERS OF FILTER PAPER' _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 2WWB _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' # _em_single_particle_entity.entry_id 2WWB _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 C MET 1 ? 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OXT O N N 520 VAL H H N N 521 VAL H2 H N N 522 VAL HA H N N 523 VAL HB H N N 524 VAL HG11 H N N 525 VAL HG12 H N N 526 VAL HG13 H N N 527 VAL HG21 H N N 528 VAL HG22 H N N 529 VAL HG23 H N N 530 VAL HXT H N N 531 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal A OP3 P sing N N 1 A OP3 HOP3 sing N N 2 A P OP1 doub N N 3 A P OP2 sing N N 4 A P "O5'" sing N N 5 A OP2 HOP2 sing N N 6 A "O5'" "C5'" sing N N 7 A "C5'" "C4'" sing N N 8 A "C5'" "H5'" sing N N 9 A "C5'" "H5''" sing N N 10 A "C4'" "O4'" sing N N 11 A "C4'" "C3'" sing N N 12 A "C4'" "H4'" sing N N 13 A "O4'" "C1'" sing N N 14 A "C3'" "O3'" sing N N 15 A "C3'" "C2'" sing N N 16 A "C3'" "H3'" sing N N 17 A "O3'" "HO3'" sing N N 18 A "C2'" "O2'" sing N N 19 A "C2'" "C1'" sing N N 20 A "C2'" "H2'" sing N N 21 A "O2'" "HO2'" sing N N 22 A "C1'" N9 sing N N 23 A "C1'" "H1'" 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