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GLU354 AND ASP359 IN CHAIN C WERE BUILT AS ALANINES DUE TO POORLY DEFINED ELECTRON DENSITY. ; _refine.pdbx_starting_model 'PDB ENTRY 1B47' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ML _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML 0.37 _refine.pdbx_overall_phase_error 29.44 _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 18693 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 18 _refine_hist.number_atoms_solvent 121 _refine_hist.number_atoms_total 18832 _refine_hist.d_res_high 2.670 _refine_hist.d_res_low 47.615 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function f_bond_d 0.011 ? ? 19168 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_angle_d 1.350 ? ? 25885 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_dihedral_angle_d 18.127 ? ? 7203 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_chiral_restr 0.084 ? ? 2774 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_plane_restr 0.007 ? ? 3306 'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _refine_ls_shell.pdbx_refine_id _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.R_factor_R_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.R_factor_all 'X-RAY DIFFRACTION' . 2.6700 2.7654 8687 0.3450 86.00 0.4100 . . 477 . . 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'X-RAY DIFFRACTION' . 5.7493 47.6223 9891 0.1985 94.00 0.2368 . . 569 . . # _struct.entry_id 2Y1M _struct.title 'Structure of native c-Cbl' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2Y1M _struct_keywords.pdbx_keywords LIGASE _struct_keywords.text 'LIGASE, UBIQUITIN RING E3 LIGASE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 3 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 3 ? P N N 2 ? Q N N 2 ? R N N 3 ? S N N 2 ? T N N 2 ? U N N 3 ? V N N 2 ? W N N 2 ? X N N 3 ? Y N N 4 ? Z N N 4 ? AA N N 4 ? BA N N 4 ? CA N N 4 ? 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E CYS 373 SG ? ? ? 1_555 T ZN . ZN ? ? E CYS 419 E ZN 1437 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? ? metalc65 metalc ? ? F ASP 183 OD1 ? ? ? 1_555 X CA . CA ? ? F ASP 229 F CA 1438 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.991 ? ? metalc66 metalc ? ? F THR 185 OG1 ? ? ? 1_555 X CA . CA ? ? F THR 231 F CA 1438 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.884 ? ? metalc67 metalc ? ? F ASN 187 OD1 ? ? ? 1_555 X CA . CA ? ? F ASN 233 F CA 1438 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.736 ? ? metalc68 metalc ? ? F TYR 189 O ? ? ? 1_555 X CA . CA ? ? F TYR 235 F CA 1438 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? ? metalc69 metalc ? ? F GLU 194 OE2 ? ? ? 1_555 X CA . CA ? ? F GLU 240 F CA 1438 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.752 ? ? metalc70 metalc ? ? F CYS 335 SG ? ? ? 1_555 V ZN . ZN ? ? F CYS 381 F ZN 1436 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? ? metalc71 metalc ? ? F CYS 338 SG ? ? ? 1_555 V ZN . ZN ? ? F CYS 384 F ZN 1436 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? ? metalc72 metalc ? ? F CYS 350 SG ? ? ? 1_555 W ZN . ZN ? ? F CYS 396 F ZN 1437 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? ? metalc73 metalc ? ? F HIS 352 ND1 ? ? ? 1_555 W ZN . ZN ? ? F HIS 398 F ZN 1437 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? ? metalc74 metalc ? ? F CYS 355 SG ? ? ? 1_555 V ZN . ZN ? ? F CYS 401 F ZN 1436 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.380 ? ? metalc75 metalc ? ? F CYS 358 SG ? ? ? 1_555 V ZN . ZN ? ? F CYS 404 F ZN 1436 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? ? metalc76 metalc ? ? F CYS 370 SG ? ? ? 1_555 W ZN . ZN ? ? F CYS 416 F ZN 1437 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? ? metalc77 metalc ? ? F CYS 373 SG ? ? ? 1_555 W ZN . ZN ? ? F CYS 419 F ZN 1437 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PRO 35 A . ? PRO 81 A PRO 36 A ? PRO 82 A 1 -1.23 2 GLN 203 A . ? GLN 249 A PRO 204 A ? PRO 250 A 1 6.86 3 GLU 348 A . ? GLU 394 A PRO 349 A ? PRO 395 A 1 10.14 4 PRO 35 B . ? PRO 81 B PRO 36 B ? PRO 82 B 1 5.17 5 GLN 203 B . ? GLN 249 B PRO 204 B ? PRO 250 B 1 -4.00 6 GLU 348 B . ? GLU 394 B PRO 349 B ? PRO 395 B 1 8.66 7 PRO 35 C . ? PRO 81 C PRO 36 C ? PRO 82 C 1 -11.84 8 GLN 203 C . ? GLN 249 C PRO 204 C ? PRO 250 C 1 6.14 9 GLU 348 C . ? GLU 394 C PRO 349 C ? PRO 395 C 1 7.23 10 PRO 35 D . ? PRO 81 D PRO 36 D ? PRO 82 D 1 5.34 11 GLN 203 D . ? GLN 249 D PRO 204 D ? PRO 250 D 1 -4.51 12 GLU 348 D . ? GLU 394 D PRO 349 D ? PRO 395 D 1 8.22 13 PRO 35 E . ? PRO 81 E PRO 36 E ? PRO 82 E 1 -1.46 14 GLN 203 E . ? GLN 249 E PRO 204 E ? PRO 250 E 1 -0.02 15 GLU 348 E . ? GLU 394 E PRO 349 E ? PRO 395 E 1 11.54 16 PRO 35 F . ? PRO 81 F PRO 36 F ? PRO 82 F 1 1.65 17 GLN 203 F . ? GLN 249 F PRO 204 F ? PRO 250 F 1 -6.53 18 GLU 348 F . ? GLU 394 F PRO 349 F ? PRO 395 F 1 7.77 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA ? 2 ? AB ? 2 ? AC ? 4 ? AD ? 4 ? AE ? 2 ? AF ? 3 ? BA ? 2 ? BB ? 2 ? BC ? 4 ? BD ? 4 ? BE ? 2 ? BF ? 3 ? CA ? 2 ? CB ? 2 ? CC ? 4 ? CD ? 4 ? CE ? 2 ? CF ? 3 ? DA ? 2 ? DB ? 2 ? DC ? 4 ? DD ? 4 ? DE ? 2 ? DF ? 3 ? EA ? 2 ? EB ? 2 ? EC ? 4 ? ED ? 4 ? EE ? 2 ? EF ? 3 ? FA ? 2 ? FB ? 2 ? FC ? 4 ? FD ? 4 ? FE ? 2 ? FF ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA 1 2 ? anti-parallel AB 1 2 ? parallel AC 1 2 ? anti-parallel AC 2 3 ? anti-parallel AD 1 2 ? anti-parallel AD 2 3 ? anti-parallel AD 3 4 ? parallel AE 1 2 ? anti-parallel AF 1 2 ? anti-parallel AF 2 3 ? anti-parallel BA 1 2 ? anti-parallel BB 1 2 ? parallel BC 1 2 ? anti-parallel BC 2 3 ? anti-parallel BD 1 2 ? anti-parallel BD 2 3 ? anti-parallel BD 3 4 ? parallel BE 1 2 ? anti-parallel BF 1 2 ? anti-parallel BF 2 3 ? anti-parallel CA 1 2 ? anti-parallel CB 1 2 ? parallel CC 1 2 ? anti-parallel CC 2 3 ? anti-parallel CD 1 2 ? anti-parallel CD 2 3 ? anti-parallel CD 3 4 ? parallel CE 1 2 ? anti-parallel CF 1 2 ? anti-parallel CF 2 3 ? anti-parallel DA 1 2 ? anti-parallel DB 1 2 ? parallel DC 1 2 ? anti-parallel DC 2 3 ? anti-parallel DD 1 2 ? anti-parallel DD 2 3 ? anti-parallel DD 3 4 ? parallel DE 1 2 ? anti-parallel DF 1 2 ? anti-parallel DF 2 3 ? anti-parallel EA 1 2 ? anti-parallel EB 1 2 ? parallel EC 1 2 ? anti-parallel EC 2 3 ? anti-parallel ED 1 2 ? anti-parallel ED 2 3 ? anti-parallel ED 3 4 ? parallel EE 1 2 ? anti-parallel EF 1 2 ? anti-parallel EF 2 3 ? anti-parallel FA 1 2 ? anti-parallel FB 1 2 ? parallel FC 1 2 ? anti-parallel FC 2 3 ? anti-parallel FD 1 2 ? anti-parallel FD 2 3 ? anti-parallel FD 3 4 ? parallel FE 1 2 ? anti-parallel FF 1 2 ? anti-parallel FF 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA 1 ILE A 153 ? 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SER B 290 LEU B 295 BC 1 ILE B 268 ? THR B 271 ? ILE B 314 THR B 317 BC 2 TRP B 257 ? VAL B 262 ? TRP B 303 VAL B 308 BC 3 SER B 244 ? LEU B 249 ? SER B 290 LEU B 295 BC 4 PHE B 293 ? PRO B 294 ? PHE B 339 PRO B 340 BD 1 ILE B 268 ? THR B 271 ? ILE B 314 THR B 317 BD 2 TRP B 257 ? VAL B 262 ? TRP B 303 VAL B 308 BD 3 SER B 244 ? LEU B 249 ? SER B 290 LEU B 295 BD 4 TYR B 222 ? PHE B 225 ? TYR B 268 PHE B 271 BE 1 PHE B 293 ? PRO B 294 ? PHE B 339 PRO B 340 BE 2 SER B 244 ? LEU B 249 ? SER B 290 LEU B 295 BF 1 LEU B 353 ? MET B 354 ? LEU B 399 MET B 400 BF 2 VAL B 345 ? GLU B 348 ? VAL B 391 GLU B 394 BF 3 GLY B 379 ? PRO B 382 ? GLY B 425 PRO B 428 CA 1 ILE C 153 ? PRO C 155 ? ILE C 199 PRO C 201 CA 2 TYR C 189 ? SER C 191 ? TYR C 235 SER C 237 CB 1 TYR C 222 ? PHE C 225 ? TYR C 268 PHE C 271 CB 2 SER C 244 ? LEU C 249 ? SER C 290 LEU C 295 CC 1 ILE C 268 ? THR C 271 ? ILE C 314 THR C 317 CC 2 TRP C 257 ? VAL C 262 ? TRP C 303 VAL C 308 CC 3 SER C 244 ? LEU C 249 ? 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