data_2Y9D # _entry.id 2Y9D # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.280 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 2Y9D PDBE EBI-47372 WWPDB D_1290047372 # _pdbx_database_PDB_obs_spr.id OBSLTE _pdbx_database_PDB_obs_spr.date 2014-12-10 _pdbx_database_PDB_obs_spr.pdb_id 4V5U _pdbx_database_PDB_obs_spr.replace_pdb_id 2Y9D _pdbx_database_PDB_obs_spr.details ;THIS ENTRY WITH OTHER SPLIT ENTRIES HAVE BEEN CONSOLIDATED INTO A COMBINED FILE FOR COMPLETE REPRESENTATION. NO COORDINATES HAVE BEEN CHANGED. ; # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type _pdbx_database_related.details PDB 2Y9A split 'STRUCTURE OF THE SPLICEOSOMAL U4 SNRNP CORE DOMAIN' PDB 2Y9B split 'STRUCTURE OF THE SPLICEOSOMAL U4 SNRNP CORE DOMAIN' PDB 2Y9C split 'STRUCTURE OF THE SPLICEOSOMAL U4 SNRNP CORE DOMAIN' PDB 2Y9D split . PDB 1D3B unspecified 'CRYSTAL STRUCTURE OF THE D3B SUBCOMPLEX OF THE HUMAN CORE SNRNP DOMAIN AT 2.0A RESOLUTION' PDB 1B34 unspecified 'CRYSTAL STRUCTURE OF THE D1D2 SUB-COMPLEX FROM THE HUMAN SNRNP CORE DOMAIN' PDB 3CW1 unspecified 'CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SPLICEOSOMAL U1 SNRNP AT 5.5 A RESOLUTION (CA AND P COORDINATES)' PDB 3PGW unspecified 'CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN U1 SNRNP (CA AND P COORDINATES)' # _pdbx_database_status.status_code OBS _pdbx_database_status.entry_id 2Y9D _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.SG_entry . _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2011-02-13 _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 'Leung, A.K.W.' 1 'Nagai, K.' 2 'Li, J.' 3 # loop_ _citation.id _citation.title _citation.journal_abbrev _citation.journal_volume _citation.page_first _citation.page_last _citation.year _citation.journal_id_ASTM _citation.country _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_id_CSD _citation.book_publisher _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_DOI primary 'Structure of the Spliceosomal U4 Snrnp Core Domain and its Implication for Snrnp Biogenesis.' Nature 473 536 ? 2011 NATUAS UK 0028-0836 0006 ? 21516107 10.1038/NATURE09956 1 'Crystal Structures of Two Sm Protein Complexes and Their Implications for the Assembly of the Spliceosomal Snrnps.' 'Cell(Cambridge,Mass.)' 96 375 ? 1999 CELLB5 US 0092-8674 0998 ? 10025403 ? 2 'RNA Binding in an Sm Core Domain: X-Ray Structure and Functional Analysis of an Archaeal Sm Protein Complex.' 'Embo J.' 20 2293 ? 2001 EMJODG UK 0261-4189 0897 ? 11331594 10.1093/EMBOJ/20.9.2293 3 'Crystal Structure of Human Spliceosomal U1 Snrnp at 5.5 A Resolution.' Nature 458 475 ? 2009 NATUAS UK 0028-0836 0006 ? 19325628 10.1038/NATURE07851 4 'Functional Organization of the Sm Core in the Crystal Structure of Human U1 Snrnp.' 'Embo J.' 29 4172 ? 2010 EMJODG UK 0261-4189 0897 ? 21113136 10.1038/EMBOJ.2010.295 # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal primary 'Leung, A.K.W.' 1 primary 'Nagai, K.' 2 primary 'Li, J.' 3 1 'Kambach, C.' 4 1 'Walke, S.' 5 1 'Young, R.' 6 1 'Avis, J.M.' 7 1 'De La Fortelle, E.' 8 1 'Raker, V.A.' 9 1 'Luhrmann, R.' 10 1 'Li, J.' 11 1 'Nagai, K.' 12 2 'Toro, I.' 13 2 'Thore, S.' 14 2 'Mayer, C.' 15 2 'Basquin, J.' 16 2 'Seraphin, B.' 17 2 'Suck, D.' 18 3 'Pomeranz Krummel, D.A.' 19 3 'Oubridge, C.' 20 3 'Leung, A.K.W.' 21 3 'Li, J.' 22 3 'Nagai, K.' 23 4 'Weber, G.' 24 4 'Trowitzsch, S.' 25 4 'Kastner, B.' 26 4 'Luhrmann, R.' 27 4 'Wahl, M.C.' 28 # _cell.entry_id 2Y9D _cell.length_a 248.010 _cell.length_b 248.010 _cell.length_c 251.940 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_gamma 120.00 _cell.Z_PDB 9 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2Y9D _symmetry.space_group_name_H-M 'P 31' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 144 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man ;SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN-ASSOCIATED PROTEINS B AND B' ; 10911.931 3 ? ? 'RESIDUES 1-95' ? 2 polymer man 'SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D1' 13310.653 3 ? ? ? ? 3 polymer man 'SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D2' 13551.928 3 ? ? ? ? 4 polymer man 'SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3' 13940.308 3 ? ? ? ? 5 polymer man 'SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN E' 10817.601 3 ? ? ? ? 6 polymer man 'SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN F' 9734.171 3 ? ? ? ? 7 polymer man 'SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN G' 8508.084 3 ? ? ? ? 8 polymer man 'HOMO SAPIENS U4A SNRNA' 21957.041 3 ? YES 'RESIDUES 85-145' ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 ;SM PROTEIN B/B', SNRNP-B, SM-B/B', SMB/B' ; 2 'SM-D AUTOANTIGEN, SNRNP CORE PROTEIN D1, SM-D1' 3 'SNRNP CORE PROTEIN D2, SM-D2' 4 'SNRNP CORE PROTEIN D3, SM-D3' 5 'SM PROTEIN E, SNRNP-E, SM-E, SME' 6 'SM PROTEIN F, SNRNP-F, SM-F, SMF' 7 'SM PROTEIN G, SNRNP-G, SM-G, SMG' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MTVGKSSKMLQHIDYRMRCILQDGRIFIGTFKAFDKHMNLILCDCDEFRKIKPKNSKQAEREEKRVLGLVLLRGENLVSM TVEGPPPKDTGIARV ; ;MTVGKSSKMLQHIDYRMRCILQDGRIFIGTFKAFDKHMNLILCDCDEFRKIKPKNSKQAEREEKRVLGLVLLRGENLVSM TVEGPPPKDTGIARV ; A,H,O ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MKLVRFLMKLSHETVTIELKNGTQVHGTITGVDVSMNTHLKAVKMTLKNREPVQLETLSIRGNNIRYFILPDSLPLDTLL VDVEPKVKSKKREAVAGRGRGRGRGRGRGRGRGRGGPRR ; ;MKLVRFLMKLSHETVTIELKNGTQVHGTITGVDVSMNTHLKAVKMTLKNREPVQLETLSIRGNNIRYFILPDSLPLDTLL VDVEPKVKSKKREAVAGRGRGRGRGRGRGRGRGRGGPRR ; B,I,P ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSLLNKPKSEMTPEELQKREEEEFNTGPLSVLTQSVKNNTQVLINCRNNKKLLGRVKAFDRHCNMVLENVKEMWTEVPKS GKGKKKSKPVNKDRYISKMFLRGDSVIVVLRNPLIAGK ; ;MSLLNKPKSEMTPEELQKREEEEFNTGPLSVLTQSVKNNTQVLINCRNNKKLLGRVKAFDRHCNMVLENVKEMWTEVPKS GKGKKKSKPVNKDRYISKMFLRGDSVIVVLRNPLIAGK ; C,J,Q ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSIGVPIKVLHEAEGHIVTCETNTGEVYRGKLIEAEDNMNCQMSNITVTYRDGRVAQLEQVYIRGSKIRFLILPDMLKNA PMLKSMKNKNQGSGAGRGKAAILKAQVAARGRGRGMGRGNIFQKRR ; ;MSIGVPIKVLHEAEGHIVTCETNTGEVYRGKLIEAEDNMNCQMSNITVTYRDGRVAQLEQVYIRGSKIRFLILPDMLKNA PMLKSMKNKNQGSGAGRGKAAILKAQVAARGRGRGMGRGNIFQKRR ; D,K,R ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MAYRGQGQKVQKVMVQPINLIFRYLQNRSRIQVWLYEQVNMRIEGCIIGFDEYMNLVLDDAEEIHSKTKSRKQLGRIMLK GDNITLLQSVSN ; ;MAYRGQGQKVQKVMVQPINLIFRYLQNRSRIQVWLYEQVNMRIEGCIIGFDEYMNLVLDDAEEIHSKTKSRKQLGRIMLK GDNITLLQSVSN ; E,L,S ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MSLPLNPKPFLNGLTGKPVMVKLKWGMEYKGYLVSVDGYMNMQLANTEEYIDGALSGHLGEVLIRCNNVLYIRGVEEEEE DGEMRE ; ;MSLPLNPKPFLNGLTGKPVMVKLKWGMEYKGYLVSVDGYMNMQLANTEEYIDGALSGHLGEVLIRCNNVLYIRGVEEEEE DGEMRE ; F,M,T ? 7 'polypeptide(L)' no no MSKAHPPELKKFMDKKLSLKLNGGRHVQGILRGFDPFMNLVIDECVEMATSGQQNNIGMVVIRGNSIIMLEALERV MSKAHPPELKKFMDKKLSLKLNGGRHVQGILRGFDPFMNLVIDECVEMATSGQQNNIGMVVIRGNSIIMLEALERV G,N,U ? 8 polyribonucleotide no no GCCGUGACGACUGAAAAGUCGGCAUUGGCAAUUUUUGACAGUCUCUAUGGGUAACCUAAGGAGACUGG GCCGUGACGACUGAAAAGUCGGCAUUGGCAAUUUUUGACAGUCUCUAUGGGUAACCUAAGGAGACUGG V,X,Y ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 THR n 1 3 VAL n 1 4 GLY n 1 5 LYS n 1 6 SER n 1 7 SER n 1 8 LYS n 1 9 MET n 1 10 LEU n 1 11 GLN n 1 12 HIS n 1 13 ILE n 1 14 ASP n 1 15 TYR n 1 16 ARG n 1 17 MET n 1 18 ARG n 1 19 CYS n 1 20 ILE n 1 21 LEU n 1 22 GLN n 1 23 ASP n 1 24 GLY n 1 25 ARG n 1 26 ILE n 1 27 PHE n 1 28 ILE n 1 29 GLY n 1 30 THR n 1 31 PHE n 1 32 LYS n 1 33 ALA n 1 34 PHE n 1 35 ASP n 1 36 LYS n 1 37 HIS n 1 38 MET n 1 39 ASN n 1 40 LEU n 1 41 ILE n 1 42 LEU n 1 43 CYS n 1 44 ASP n 1 45 CYS n 1 46 ASP n 1 47 GLU n 1 48 PHE n 1 49 ARG n 1 50 LYS n 1 51 ILE n 1 52 LYS n 1 53 PRO n 1 54 LYS n 1 55 ASN n 1 56 SER n 1 57 LYS n 1 58 GLN n 1 59 ALA n 1 60 GLU n 1 61 ARG n 1 62 GLU n 1 63 GLU n 1 64 LYS n 1 65 ARG n 1 66 VAL n 1 67 LEU n 1 68 GLY n 1 69 LEU n 1 70 VAL n 1 71 LEU n 1 72 LEU n 1 73 ARG n 1 74 GLY n 1 75 GLU n 1 76 ASN n 1 77 LEU n 1 78 VAL n 1 79 SER n 1 80 MET n 1 81 THR n 1 82 VAL n 1 83 GLU n 1 84 GLY n 1 85 PRO n 1 86 PRO n 1 87 PRO n 1 88 LYS n 1 89 ASP n 1 90 THR n 1 91 GLY n 1 92 ILE n 1 93 ALA n 1 94 ARG n 1 95 VAL n 2 1 MET n 2 2 LYS n 2 3 LEU n 2 4 VAL n 2 5 ARG n 2 6 PHE n 2 7 LEU n 2 8 MET n 2 9 LYS n 2 10 LEU n 2 11 SER n 2 12 HIS n 2 13 GLU n 2 14 THR n 2 15 VAL n 2 16 THR n 2 17 ILE n 2 18 GLU n 2 19 LEU n 2 20 LYS n 2 21 ASN n 2 22 GLY n 2 23 THR n 2 24 GLN n 2 25 VAL n 2 26 HIS n 2 27 GLY n 2 28 THR n 2 29 ILE n 2 30 THR n 2 31 GLY n 2 32 VAL n 2 33 ASP n 2 34 VAL n 2 35 SER n 2 36 MET n 2 37 ASN n 2 38 THR n 2 39 HIS n 2 40 LEU n 2 41 LYS n 2 42 ALA n 2 43 VAL n 2 44 LYS n 2 45 MET n 2 46 THR n 2 47 LEU n 2 48 LYS n 2 49 ASN n 2 50 ARG n 2 51 GLU n 2 52 PRO n 2 53 VAL n 2 54 GLN n 2 55 LEU n 2 56 GLU n 2 57 THR n 2 58 LEU n 2 59 SER n 2 60 ILE n 2 61 ARG n 2 62 GLY n 2 63 ASN n 2 64 ASN n 2 65 ILE n 2 66 ARG n 2 67 TYR n 2 68 PHE n 2 69 ILE n 2 70 LEU n 2 71 PRO n 2 72 ASP n 2 73 SER n 2 74 LEU n 2 75 PRO n 2 76 LEU n 2 77 ASP n 2 78 THR n 2 79 LEU n 2 80 LEU n 2 81 VAL n 2 82 ASP n 2 83 VAL n 2 84 GLU n 2 85 PRO n 2 86 LYS n 2 87 VAL n 2 88 LYS n 2 89 SER n 2 90 LYS n 2 91 LYS n 2 92 ARG n 2 93 GLU n 2 94 ALA n 2 95 VAL n 2 96 ALA n 2 97 GLY n 2 98 ARG n 2 99 GLY n 2 100 ARG n 2 101 GLY n 2 102 ARG n 2 103 GLY n 2 104 ARG n 2 105 GLY n 2 106 ARG n 2 107 GLY n 2 108 ARG n 2 109 GLY n 2 110 ARG n 2 111 GLY n 2 112 ARG n 2 113 GLY n 2 114 ARG n 2 115 GLY n 2 116 GLY n 2 117 PRO n 2 118 ARG n 2 119 ARG n 3 1 MET n 3 2 SER n 3 3 LEU n 3 4 LEU n 3 5 ASN n 3 6 LYS n 3 7 PRO n 3 8 LYS n 3 9 SER n 3 10 GLU n 3 11 MET n 3 12 THR n 3 13 PRO n 3 14 GLU n 3 15 GLU n 3 16 LEU n 3 17 GLN n 3 18 LYS n 3 19 ARG n 3 20 GLU n 3 21 GLU n 3 22 GLU n 3 23 GLU n 3 24 PHE n 3 25 ASN n 3 26 THR n 3 27 GLY n 3 28 PRO n 3 29 LEU n 3 30 SER n 3 31 VAL n 3 32 LEU n 3 33 THR n 3 34 GLN n 3 35 SER n 3 36 VAL n 3 37 LYS n 3 38 ASN n 3 39 ASN n 3 40 THR n 3 41 GLN n 3 42 VAL n 3 43 LEU n 3 44 ILE n 3 45 ASN n 3 46 CYS n 3 47 ARG n 3 48 ASN n 3 49 ASN n 3 50 LYS n 3 51 LYS n 3 52 LEU n 3 53 LEU n 3 54 GLY n 3 55 ARG n 3 56 VAL n 3 57 LYS n 3 58 ALA n 3 59 PHE n 3 60 ASP n 3 61 ARG n 3 62 HIS n 3 63 CYS n 3 64 ASN n 3 65 MET n 3 66 VAL n 3 67 LEU n 3 68 GLU n 3 69 ASN n 3 70 VAL n 3 71 LYS n 3 72 GLU n 3 73 MET n 3 74 TRP n 3 75 THR n 3 76 GLU n 3 77 VAL n 3 78 PRO n 3 79 LYS n 3 80 SER n 3 81 GLY n 3 82 LYS n 3 83 GLY n 3 84 LYS n 3 85 LYS n 3 86 LYS n 3 87 SER n 3 88 LYS n 3 89 PRO n 3 90 VAL n 3 91 ASN n 3 92 LYS n 3 93 ASP n 3 94 ARG n 3 95 TYR n 3 96 ILE n 3 97 SER n 3 98 LYS n 3 99 MET n 3 100 PHE n 3 101 LEU n 3 102 ARG n 3 103 GLY n 3 104 ASP n 3 105 SER n 3 106 VAL n 3 107 ILE n 3 108 VAL n 3 109 VAL n 3 110 LEU n 3 111 ARG n 3 112 ASN n 3 113 PRO n 3 114 LEU n 3 115 ILE n 3 116 ALA n 3 117 GLY n 3 118 LYS n 4 1 MET n 4 2 SER n 4 3 ILE n 4 4 GLY n 4 5 VAL n 4 6 PRO n 4 7 ILE n 4 8 LYS n 4 9 VAL n 4 10 LEU n 4 11 HIS n 4 12 GLU n 4 13 ALA n 4 14 GLU n 4 15 GLY n 4 16 HIS n 4 17 ILE n 4 18 VAL n 4 19 THR n 4 20 CYS n 4 21 GLU n 4 22 THR n 4 23 ASN n 4 24 THR n 4 25 GLY n 4 26 GLU n 4 27 VAL n 4 28 TYR n 4 29 ARG n 4 30 GLY n 4 31 LYS n 4 32 LEU n 4 33 ILE n 4 34 GLU n 4 35 ALA n 4 36 GLU n 4 37 ASP n 4 38 ASN n 4 39 MET n 4 40 ASN n 4 41 CYS n 4 42 GLN n 4 43 MET n 4 44 SER n 4 45 ASN n 4 46 ILE n 4 47 THR n 4 48 VAL n 4 49 THR n 4 50 TYR n 4 51 ARG n 4 52 ASP n 4 53 GLY n 4 54 ARG n 4 55 VAL n 4 56 ALA n 4 57 GLN n 4 58 LEU n 4 59 GLU n 4 60 GLN n 4 61 VAL n 4 62 TYR n 4 63 ILE 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GB 36174 ? ? INSERTION 850 52 23 2Y9D G X 51 ? GB 36174 ? ? INSERTION 851 53 23 2Y9D U X 52 ? GB 36174 ? ? INSERTION 852 54 23 2Y9D A X 53 ? GB 36174 ? ? INSERTION 853 55 23 2Y9D A X 54 ? GB 36174 ? ? INSERTION 854 56 23 2Y9D C X 55 ? GB 36174 ? ? INSERTION 855 57 23 2Y9D C X 56 ? GB 36174 ? ? INSERTION 856 58 23 2Y9D U X 57 ? GB 36174 ? ? INSERTION 857 59 23 2Y9D A X 58 ? GB 36174 ? ? INSERTION 858 60 23 2Y9D A X 59 ? GB 36174 ? ? INSERTION 859 61 23 2Y9D G X 60 ? GB 36174 ? ? INSERTION 860 62 24 2Y9D ? Y ? ? GB 36174 U 97 DELETION ? 63 24 2Y9D ? Y ? ? GB 36174 G 98 DELETION ? 64 24 2Y9D ? Y ? ? GB 36174 C 99 DELETION ? 65 24 2Y9D ? Y ? ? GB 36174 A 100 DELETION ? 66 24 2Y9D ? Y ? ? GB 36174 A 101 DELETION ? 67 24 2Y9D ? Y ? ? GB 36174 U 102 DELETION ? 68 24 2Y9D ? Y ? ? GB 36174 A 103 DELETION ? 69 24 2Y9D ? Y ? ? GB 36174 U 104 DELETION ? 70 24 2Y9D G Y 13 ? GB 36174 ? ? INSERTION 813 71 24 2Y9D A Y 14 ? GB 36174 ? ? INSERTION 814 72 24 2Y9D A Y 15 ? GB 36174 ? ? INSERTION 815 73 24 2Y9D A Y 16 ? GB 36174 ? ? INSERTION 816 74 24 2Y9D ? Y ? ? GB 36174 U 134 DELETION ? 75 24 2Y9D ? Y ? ? GB 36174 A 135 DELETION ? 76 24 2Y9D ? Y ? ? GB 36174 C 136 DELETION ? 77 24 2Y9D ? Y ? ? GB 36174 G 137 DELETION ? 78 24 2Y9D U Y 46 ? GB 36174 ? ? INSERTION 846 79 24 2Y9D A Y 47 ? GB 36174 ? ? INSERTION 847 80 24 2Y9D U Y 48 ? GB 36174 ? ? INSERTION 848 81 24 2Y9D G Y 49 ? GB 36174 ? ? INSERTION 849 82 24 2Y9D G Y 50 ? GB 36174 ? ? INSERTION 850 83 24 2Y9D G Y 51 ? GB 36174 ? ? INSERTION 851 84 24 2Y9D U Y 52 ? GB 36174 ? ? INSERTION 852 85 24 2Y9D A Y 53 ? GB 36174 ? ? INSERTION 853 86 24 2Y9D A Y 54 ? GB 36174 ? ? INSERTION 854 87 24 2Y9D C Y 55 ? GB 36174 ? ? INSERTION 855 88 24 2Y9D C Y 56 ? GB 36174 ? ? INSERTION 856 89 24 2Y9D U Y 57 ? GB 36174 ? ? INSERTION 857 90 24 2Y9D A Y 58 ? GB 36174 ? ? INSERTION 858 91 24 2Y9D A Y 59 ? GB 36174 ? ? INSERTION 859 92 24 2Y9D G Y 60 ? GB 36174 ? ? INSERTION 860 93 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 2Y9D _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.6 _exptl_crystal.density_percent_sol 63 _exptl_crystal.description 'SEE SUPPLEMENTARY METHODS UNDER THE PRIMARY REFERENCE.' # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp ? _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 8.0 _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION USING A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 4-10% PEG 550 MME, 0.1M KSCN, 0.1 M TRIS PH 8.0, 10 MM MGCL2, 2 MM CYCLEN. ; # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC QUANTUM 4' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2004-07-13 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol MAD _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.9795 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'SRS BEAMLINE PX9.6' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site SRS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline PX9.6 _diffrn_source.pdbx_wavelength 0.9795 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.entry_id 2Y9D _reflns.observed_criterion_sigma_I 0.0 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 66.16 _reflns.d_resolution_high 3.59 _reflns.number_obs 202467 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 82.5 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.21 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 3.30 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 63.8 _reflns.pdbx_redundancy 2.0 # _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.d_res_high 3.59 _reflns_shell.d_res_low 3.68 _reflns_shell.percent_possible_all 20.8 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.73 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 1.10 _reflns_shell.pdbx_redundancy 1.9 # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 2Y9D _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs 158528 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F . _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 66.17 _refine.ls_d_res_high 3.60 _refine.ls_percent_reflns_obs 82.9 _refine.ls_R_factor_obs 0.27898 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.27678 _refine.ls_R_factor_R_free 0.32116 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 4.9 _refine.ls_number_reflns_R_free 8251 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.777 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free 0.734 _refine.B_iso_mean 79.132 _refine.aniso_B[1][1] -1.22 _refine.aniso_B[2][2] -1.22 _refine.aniso_B[3][3] 2.44 _refine.aniso_B[1][2] 0.00 _refine.aniso_B[1][3] 0.00 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details NONE _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ;HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. THE COORDINATES ARE SPLIT ACROSS FOUR ENTRIES. EACH ENTRY CONTAINS 3 COPIES RELATED BY TRANSLATIONAL NCS IN THE A,B-PLANE. THE SETS OF 3 COPIES AMONG DIFFERENT ENTRIES ARE RELATED BY 222 ROTATIONAL NCS. IN THE FOUR ENTRIES THE CHAINS THAT ARE EQUIVALENT UNDER THE 222 ROTATIONAL NCS ARE GIVEN THE SAME CHAINID. FOR THE NCS GROUPS, CHAIN NAMES 1-9,0,A-B REFER TO THE 12 NCS COPIES (3 CHAINS PRESENT PER ENTRY). THE 8 NCS GROUPS CORRESPOND TO THE 8 DIFFERENT MOLECULES, RESPECTIVELY, SMD3, SMB, SMD1,SMD2, SMF, SME, SMG, AND THE SM SITE WITHIN U4 SNRNA. ; _refine.pdbx_starting_model NONE _refine.pdbx_method_to_determine_struct MAD _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free 0.183 _refine.overall_SU_ML 0.492 _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B 35.528 _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 14481 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 4359 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 18840 _refine_hist.d_res_high 3.60 _refine_hist.d_res_low 66.17 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function r_bond_refined_d 0.014 0.022 ? 78398 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_bond_other_d 0.003 0.020 ? 48533 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_angle_refined_deg 1.678 2.268 ? 109435 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_angle_other_deg 0.951 3.000 ? 119943 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_1_deg 5.431 5.000 ? 7201 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_2_deg 24.347 24.524 ? 2613 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_3_deg 13.443 15.000 ? 11951 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_4_deg 11.402 15.000 ? 447 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_chiral_restr 0.076 0.200 ? 13046 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_gen_planes_refined 0.006 0.020 ? 72141 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_gen_planes_other 0.002 0.020 ? 12650 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbd_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbd_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbtor_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_nbtor_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_xyhbond_nbd_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_xyhbond_nbd_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_metal_ion_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_metal_ion_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_vdw_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_vdw_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_hbond_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_hbond_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_metal_ion_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_symmetry_metal_ion_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcbond_it 2.995 5.000 ? 39910 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcbond_other 0.550 5.000 ? 14774 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcangle_it 5.300 10.000 ? 58677 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_mcangle_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scbond_it 10.640 15.000 ? 42213 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scbond_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scangle_it 15.733 20.000 ? 50758 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_scangle_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_long_range_B_refined ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_long_range_B_other ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_rigid_bond_restr ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_sphericity_free ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_sphericity_bonded ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 3.598 _refine_ls_shell.d_res_low 3.691 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 2982 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.226 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 21.06 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.265 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 148 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.details _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] 1 given ? -0.485200 0.874350 -0.009880 -0.874400 -0.485190 0.003430 -0.001800 0.010310 0.999950 -0.33534 287.64783 -83.50768 2 given ? 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B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 1 ? I N N 2 ? J N N 3 ? K N N 4 ? L N N 5 ? M N N 6 ? N N N 7 ? O N N 1 ? P N N 2 ? Q N N 3 ? R N N 4 ? S N N 5 ? T N N 6 ? U N N 7 ? V N N 8 ? W N N 8 ? X N N 8 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ;BIOLOGICAL UNIT IS ONE U4 SNRNP CORE DOMAIN CONSISTING OF 7 SM PROTEINS AND ONE MOLECULE OF THE U4 RNA VARIANT. THIS ENTRY CONTAINS THREE COPIES OF THE BIOLOGICAL UNITS, REPRESENTED RESPECTIVELY BY CHAINS A,B,C,D,E,F,G,V CHAINS H,I,J,I,L,M,N,X CHAINS O,P,Q,R,S,T,U,Y. ; # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 LYS A 8 ? ILE A 13 ? LYS A 108 ILE A 113 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 2 PRO A 86 ? VAL A 95 ? PRO A 186 VAL A 195 1 ? 10 HELX_P HELX_P3 3 MET B 1 ? LEU B 10 ? MET B 201 LEU B 210 1 ? 10 HELX_P HELX_P4 4 LEU B 76 ? LEU B 80 ? LEU B 276 LEU B 280 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 5 GLU B 84 ? VAL B 95 ? GLU B 284 VAL B 295 1 ? 12 HELX_P HELX_P6 6 GLU C 14 ? GLU C 23 ? GLU C 314 GLU C 323 1 ? 10 HELX_P HELX_P7 7 ASN C 25 ? ASN C 38 ? ASN C 325 ASN C 338 1 ? 14 HELX_P HELX_P8 8 PRO D 6 ? ALA D 13 ? PRO D 6 ALA D 13 1 ? 8 HELX_P HELX_P9 9 PRO D 81 ? GLN D 91 ? PRO D 81 GLN D 91 1 ? 11 HELX_P HELX_P10 10 LEU E 20 ? ARG E 28 ? LEU E 620 ARG E 628 1 ? 9 HELX_P HELX_P11 11 PRO F 7 ? THR F 15 ? PRO F 507 THR F 515 1 ? 9 HELX_P HELX_P12 12 GLU F 76 ? GLU F 86 ? GLU F 576 GLU F 586 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 13 PRO G 6 ? MET G 13 ? PRO G 706 MET G 713 1 ? 8 HELX_P HELX_P14 14 SER H 6 ? ILE H 13 ? SER H 106 ILE H 113 1 ? 8 HELX_P HELX_P15 15 PRO H 87 ? ALA H 93 ? PRO H 187 ALA H 193 1 ? 7 HELX_P HELX_P16 16 LEU I 3 ? LYS I 9 ? LEU I 203 LYS I 209 1 ? 7 HELX_P HELX_P17 17 LEU I 76 ? LEU I 80 ? LEU I 276 LEU I 280 1 ? 5 HELX_P HELX_P18 18 LYS I 86 ? VAL I 95 ? LYS I 286 VAL I 295 1 ? 10 HELX_P HELX_P19 19 PRO J 13 ? GLU J 23 ? PRO J 313 GLU J 323 1 ? 11 HELX_P HELX_P20 20 GLY J 27 ? ASN J 39 ? GLY J 327 ASN J 339 1 ? 13 HELX_P HELX_P21 21 PRO K 6 ? ALA K 13 ? PRO K 6 ALA K 13 1 ? 8 HELX_P HELX_P22 22 PRO K 81 ? GLN K 91 ? PRO K 81 GLN K 91 1 ? 11 HELX_P HELX_P23 23 LEU L 20 ? ARG L 28 ? LEU L 620 ARG L 628 1 ? 9 HELX_P HELX_P24 24 ASN M 6 ? THR M 15 ? ASN M 506 THR M 515 1 ? 10 HELX_P HELX_P25 25 GLU M 77 ? GLU M 83 ? GLU M 577 GLU M 583 1 ? 7 HELX_P HELX_P26 26 HIS N 5 ? MET N 13 ? HIS N 705 MET N 713 1 ? 9 HELX_P HELX_P27 27 SER O 7 ? HIS O 12 ? SER O 107 HIS O 112 1 ? 6 HELX_P HELX_P28 28 PRO O 87 ? ARG O 94 ? PRO O 187 ARG O 194 1 ? 8 HELX_P HELX_P29 29 LYS P 2 ? LYS P 9 ? LYS P 202 LYS P 209 1 ? 8 HELX_P HELX_P30 30 PRO P 75 ? LEU P 80 ? PRO P 275 LEU P 280 1 ? 6 HELX_P HELX_P31 31 VAL P 83 ? VAL P 95 ? VAL P 283 VAL P 295 1 ? 13 HELX_P HELX_P32 32 THR Q 26 ? ASN Q 38 ? THR Q 326 ASN Q 338 1 ? 13 HELX_P HELX_P33 33 VAL R 5 ? ALA R 13 ? VAL R 5 ALA R 13 1 ? 9 HELX_P HELX_P34 34 LEU R 83 ? GLN R 91 ? LEU R 83 GLN R 91 1 ? 9 HELX_P HELX_P35 35 ILE S 21 ? SER S 29 ? ILE S 621 SER S 629 1 ? 9 HELX_P HELX_P36 36 ASN T 6 ? THR T 15 ? ASN T 506 THR T 515 1 ? 10 HELX_P HELX_P37 37 GLU T 78 ? GLU T 86 ? GLU T 578 GLU T 586 1 ? 9 HELX_P HELX_P38 38 HIS U 5 ? MET U 13 ? HIS U 705 MET U 713 1 ? 9 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order hydrog1 hydrog ? ? V G 1 N1 ? ? ? 1_555 V C 29 N3 ? ? V G 801 V C 829 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? hydrog2 hydrog ? ? V C 2 N3 ? ? ? 1_555 V G 27 N1 ? ? V C 802 V G 827 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog3 hydrog ? ? V C 2 N4 ? ? ? 1_555 V G 27 O6 ? ? V C 802 V G 827 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog4 hydrog ? ? V C 2 O2 ? ? ? 1_555 V G 27 N2 ? ? V C 802 V G 827 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog5 hydrog ? ? V C 3 N3 ? ? ? 1_555 V U 26 N3 ? ? V C 803 V U 826 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_18_PAIR ? ? hydrog6 hydrog ? ? V C 3 N4 ? ? ? 1_555 V U 26 O4 ? ? V C 803 V U 826 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_18_PAIR ? ? hydrog7 hydrog ? ? V G 4 N1 ? ? ? 1_555 V U 25 O2 ? ? V G 804 V U 825 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog8 hydrog ? ? V G 4 O6 ? ? ? 1_555 V U 25 N3 ? ? V G 804 V U 825 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog9 hydrog ? ? V U 5 N3 ? ? ? 1_555 V A 24 N1 ? ? V U 805 V A 824 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog10 hydrog ? ? V U 5 O4 ? ? ? 1_555 V A 24 N6 ? ? V U 805 V A 824 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog11 hydrog ? ? V G 6 N1 ? ? ? 1_555 V C 23 N3 ? ? V G 806 V C 823 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog12 hydrog ? ? V G 6 N2 ? ? ? 1_555 V C 23 O2 ? ? V G 806 V C 823 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog13 hydrog ? ? V G 6 O6 ? ? ? 1_555 V C 23 N4 ? ? V G 806 V C 823 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog14 hydrog ? ? V A 7 N1 ? ? ? 1_555 V G 22 N1 ? ? V A 807 V G 822 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-G MISPAIR' ? ? hydrog15 hydrog ? ? V C 8 N3 ? ? ? 1_555 V G 21 N1 ? ? V C 808 V G 821 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog16 hydrog ? ? V C 8 N4 ? ? ? 1_555 V G 21 O6 ? ? V C 808 V G 821 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog17 hydrog ? ? V C 8 O2 ? ? ? 1_555 V G 21 N2 ? ? V C 808 V G 821 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog18 hydrog ? ? V C 8 N3 ? ? ? 1_555 V G 22 N2 ? ? V C 808 V G 822 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-G PAIR' ? ? hydrog19 hydrog ? ? V G 9 N1 ? ? ? 1_555 V C 20 O2 ? ? V G 809 V C 820 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? hydrog20 hydrog ? ? V A 10 N1 ? ? ? 1_555 V U 19 N3 ? ? V A 810 V U 819 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog21 hydrog ? ? V A 10 N6 ? ? ? 1_555 V U 19 O4 ? ? V A 810 V U 819 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog22 hydrog ? ? V C 11 N3 ? ? ? 1_555 V G 18 N1 ? ? V C 811 V G 818 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog23 hydrog ? ? V C 11 N4 ? ? ? 1_555 V G 18 O6 ? ? V C 811 V G 818 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog24 hydrog ? ? V C 11 O2 ? ? ? 1_555 V G 18 N2 ? ? V C 811 V G 818 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog25 hydrog ? ? V U 12 N3 ? ? ? 1_555 V A 17 N1 ? ? V U 812 V A 817 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog26 hydrog ? ? V U 12 O4 ? ? ? 1_555 V A 17 N6 ? ? V U 812 V A 817 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog27 hydrog ? ? V G 13 N2 ? ? ? 1_555 V A 16 N7 ? ? V G 813 V A 816 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? hydrog28 hydrog ? ? V A 40 N1 ? ? ? 1_555 V U 66 N3 ? ? V A 840 V U 866 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog29 hydrog ? ? V A 40 N6 ? ? ? 1_555 V U 66 O4 ? ? V A 840 V U 866 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog30 hydrog ? ? V G 41 N1 ? ? ? 1_555 V C 65 N3 ? ? V G 841 V C 865 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog31 hydrog ? ? V G 41 N2 ? ? ? 1_555 V C 65 O2 ? ? V G 841 V C 865 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog32 hydrog ? ? V G 41 O6 ? ? ? 1_555 V C 65 N4 ? ? V G 841 V C 865 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog33 hydrog ? ? V U 42 N3 ? ? ? 1_555 V A 64 N1 ? ? V U 842 V A 864 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog34 hydrog ? ? V U 42 O4 ? ? ? 1_555 V A 64 N6 ? ? V U 842 V A 864 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog35 hydrog ? ? V C 43 N3 ? ? ? 1_555 V G 63 N1 ? ? V C 843 V G 863 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog36 hydrog ? ? V C 43 N4 ? ? ? 1_555 V G 63 O6 ? ? V C 843 V G 863 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog37 hydrog ? ? V C 43 O2 ? ? ? 1_555 V G 63 N2 ? ? V C 843 V G 863 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog38 hydrog ? ? V U 44 N3 ? ? ? 1_555 V A 62 N1 ? ? V U 844 V A 862 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog39 hydrog ? ? V U 44 O4 ? ? ? 1_555 V A 62 N6 ? ? V U 844 V A 862 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog40 hydrog ? ? V U 44 O2 ? ? ? 1_555 V G 63 N2 ? ? V U 844 V G 863 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-G MISPAIR' ? ? hydrog41 hydrog ? ? V C 45 N3 ? ? ? 1_555 V G 61 N1 ? ? V C 845 V G 861 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog42 hydrog ? ? V C 45 N4 ? ? ? 1_555 V G 61 O6 ? ? V C 845 V G 861 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog43 hydrog ? ? V C 45 O2 ? ? ? 1_555 V G 61 N2 ? ? V C 845 V G 861 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog44 hydrog ? ? V U 46 N3 ? ? ? 1_555 V G 60 O6 ? ? V U 846 V G 860 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog45 hydrog ? ? V U 46 O2 ? ? ? 1_555 V G 60 N1 ? ? V U 846 V G 860 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog46 hydrog ? ? V U 46 O2 ? ? ? 1_555 V G 61 N1 ? ? V U 846 V G 861 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-G MISPAIR' ? ? hydrog47 hydrog ? ? V A 47 N6 ? ? ? 1_555 V U 57 O2 ? ? V A 847 V U 857 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? hydrog48 hydrog ? ? V A 47 N7 ? ? ? 1_555 V U 57 N3 ? ? V A 847 V U 857 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? hydrog49 hydrog ? ? V U 48 N3 ? ? ? 1_555 V A 59 N1 ? ? V U 848 V A 859 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog50 hydrog ? ? V U 48 O4 ? ? ? 1_555 V A 59 N6 ? ? V U 848 V A 859 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog51 hydrog ? ? V U 48 O4 ? ? ? 1_555 V G 60 N2 ? ? V U 848 V G 860 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-G MISPAIR' ? ? hydrog52 hydrog ? ? V G 49 N1 ? ? ? 1_555 V C 56 N3 ? ? V G 849 V C 856 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog53 hydrog ? ? V G 49 N2 ? ? ? 1_555 V C 56 O2 ? ? V G 849 V C 856 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog54 hydrog ? ? V G 49 O6 ? ? ? 1_555 V C 56 N4 ? ? V G 849 V C 856 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog55 hydrog ? ? V G 50 N1 ? ? ? 1_555 V C 55 N3 ? ? V G 850 V C 855 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog56 hydrog ? ? V G 50 N2 ? ? ? 1_555 V C 55 O2 ? ? V G 850 V C 855 1_555 ? ? ? ? ? ? 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SM2 Author ? ? ? ? 7 ;BINDING SITE FOR THE SEVEN SM PROTEINS, A SINGLE-STRANDED U-RICH REGION IN U4 SNRNA AROUND WHICH THE SEVEN SM PROTEINS ARE ASSEMBLED AS A RING. ; SM3 Author ? ? ? ? 7 ;BINDING SITE FOR THE SEVEN SM PROTEINS, A SINGLE-STRANDED U-RICH REGION IN U4 SNRNA AROUND WHICH THE SEVEN SM PROTEINS ARE ASSEMBLED AS A RING. ; # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 SM1 7 A V 31 ? A V 831 . ? 1_555 ? 2 SM1 7 U V 32 ? U V 832 . ? 1_555 ? 3 SM1 7 U V 33 ? U V 833 . ? 1_555 ? 4 SM1 7 U V 34 ? U V 834 . ? 1_555 ? 5 SM1 7 U V 35 ? U V 835 . ? 1_555 ? 6 SM1 7 U V 36 ? U V 836 . ? 1_555 ? 7 SM1 7 G V 37 ? 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