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P18474 606 ? 1109 ? 1 504 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 2YI2 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 2 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 4.9 _exptl_crystal.density_percent_sol 75 _exptl_crystal.description NONE # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp ? _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 7.5 _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;SITTING DROP (VAPOR DIFFUSION) COMPOSED OF 1:1 MIXTURE OF 1.5 MG/ML GFLV SOLUTION AND OF THE RESERVOIR SOLUTION: 3.75% (M/V) PEG3350, 0.1M NA-HEPES PH 7.5, 0.2% (M/V) AGAROSE GEL. ; # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'MARMOSAIC 225 mm CCD' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2009-03-27 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.9794 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'SLS BEAMLINE X06DA' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site SLS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline X06DA _diffrn_source.pdbx_wavelength 0.9794 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.entry_id 2YI2 _reflns.observed_criterion_sigma_I -3.0 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 50.00 _reflns.d_resolution_high 3.70 _reflns.number_obs 682148 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 99.0 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.27 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 8.40 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 66.08 _reflns.pdbx_redundancy 6.2 # _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.d_res_high 3.70 _reflns_shell.d_res_low 3.80 _reflns_shell.percent_possible_all 87.6 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.58 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 2.00 _reflns_shell.pdbx_redundancy 2.9 # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 2YI2 _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs 682148 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 1.34 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 49.799 _refine.ls_d_res_high 3.700 _refine.ls_percent_reflns_obs 99.00 _refine.ls_R_factor_obs 0.2323 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.2315 _refine.ls_R_factor_R_free 0.2469 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.0 _refine.ls_number_reflns_R_free 34195 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] -7.4060 _refine.aniso_B[2][2] -12.4026 _refine.aniso_B[3][3] 19.8085 _refine.aniso_B[1][2] 0.0000 _refine.aniso_B[1][3] 8.8842 _refine.aniso_B[2][3] 0.0000 _refine.solvent_model_details 'FLAT BULK SOLVENT MODEL' _refine.solvent_model_param_ksol 0.316 _refine.solvent_model_param_bsol 31.912 _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 1.10 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.83 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ;THE PROTEIN CONTENT OF THIS CRYSTAL WAS 0.25 OF THE UNIT CELL WHICH CORRESPONDS TO A VM OF 5. WHEN THE VIRAL CAVITY THAT CONTAINS THE GENOMIC RNA IS EXCLUDED, THE ACTUAL FRACTION OF UNIT CELL OCCUPIED BY SOLVENT IS ABOUT 0.24. IN THE TLS AND NCS DEFINITIONS GIVEN HERE FOR THIS SPLIT ENTRY NON-STANDARD TWO LETTER CHAIN LABELS ARE USED. THE FIRST CHARACTER IS THE FILENUMBER OF THE ENTRY AND THE SECOND IS THE CHAIN IN THE FILE. FILE NUMBER 1 IS PDB ENTRY 2YI2, NUMBER 2 IS PDB ENTRY 2YI3 NUMBER 3 IS PDB ENTRY 2YI4. ; _refine.pdbx_starting_model 'PDB ENTRY 2Y26' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ML _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML 0.42 _refine.pdbx_overall_phase_error 22.71 _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 79020 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 79020 _refine_hist.d_res_high 3.700 _refine_hist.d_res_low 49.799 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function f_bond_d 0.010 ? ? 100000 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_angle_d 1.201 ? ? 100000 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_dihedral_angle_d 14.541 ? ? 86520 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_chiral_restr 0.077 ? ? 36900 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_plane_restr 0.005 ? ? 42060 'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso 1 1A 51 ? ? POSITIONAL 1 1 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 2 1B 51 0.032 ? POSITIONAL 1 2 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 3 1C 51 0.039 ? POSITIONAL 1 3 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 4 1D 51 0.035 ? POSITIONAL 1 4 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 5 1E 51 0.040 ? POSITIONAL 1 5 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 6 1F 51 0.038 ? POSITIONAL 1 6 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 7 1G 51 0.043 ? POSITIONAL 1 7 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 8 1H 51 0.037 ? POSITIONAL 1 8 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 9 1I 51 0.045 ? POSITIONAL 1 9 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 10 1J 51 0.036 ? POSITIONAL 1 10 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 11 1K 51 0.040 ? POSITIONAL 1 11 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 12 1L 51 0.036 ? POSITIONAL 1 12 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 13 1M 51 0.040 ? POSITIONAL 1 13 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 14 1N 51 0.037 ? POSITIONAL 1 14 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 15 1O 51 0.031 ? POSITIONAL 1 15 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 16 1P 51 0.044 ? POSITIONAL 1 16 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 17 1Q 51 0.036 ? POSITIONAL 1 17 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 18 1R 51 0.039 ? 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POSITIONAL 1 34 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 35 2O 51 0.037 ? POSITIONAL 1 35 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 36 2P 51 0.053 ? POSITIONAL 1 36 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 37 2Q 51 0.039 ? POSITIONAL 1 37 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 38 2R 51 0.037 ? POSITIONAL 1 38 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 39 2S 51 0.038 ? POSITIONAL 1 39 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 40 2T 51 0.036 ? POSITIONAL 1 40 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 41 3A 51 0.039 ? POSITIONAL 1 41 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 42 3B 51 0.037 ? POSITIONAL 1 42 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 43 3C 51 0.037 ? POSITIONAL 1 43 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 44 3D 51 0.035 ? POSITIONAL 1 44 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 45 3E 51 0.037 ? POSITIONAL 1 45 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 46 3F 51 0.040 ? POSITIONAL 1 46 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 47 3G 51 0.038 ? POSITIONAL 1 47 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 48 3H 51 0.033 ? POSITIONAL 1 48 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 49 3I 51 0.038 ? POSITIONAL 1 49 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 50 3J 51 0.043 ? POSITIONAL 1 50 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 51 3K 51 0.037 ? POSITIONAL 1 51 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 52 3L 51 0.051 ? POSITIONAL 1 52 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 53 3M 51 0.041 ? POSITIONAL 1 53 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 54 3N 51 0.043 ? POSITIONAL 1 54 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 55 3O 51 0.038 ? POSITIONAL 1 55 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 56 3P 51 0.041 ? POSITIONAL 1 56 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 57 3Q 51 0.042 ? POSITIONAL 1 57 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 58 3R 51 0.041 ? POSITIONAL 1 58 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 59 3S 51 0.034 ? POSITIONAL 1 59 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 60 3T 51 0.037 ? POSITIONAL 1 60 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 1 1A 440 ? ? POSITIONAL 2 61 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 2 1B 440 0.040 ? POSITIONAL 2 62 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 3 1C 440 0.040 ? POSITIONAL 2 63 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 4 1D 440 0.037 ? POSITIONAL 2 64 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 5 1E 440 0.040 ? POSITIONAL 2 65 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 6 1F 440 0.039 ? POSITIONAL 2 66 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 7 1G 440 0.039 ? 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POSITIONAL 2 83 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 24 2D 440 0.040 ? POSITIONAL 2 84 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 25 2E 440 0.039 ? POSITIONAL 2 85 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 26 2F 440 0.044 ? POSITIONAL 2 86 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 27 2G 440 0.038 ? POSITIONAL 2 87 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 28 2H 440 0.041 ? POSITIONAL 2 88 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 29 2I 440 0.042 ? POSITIONAL 2 89 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 30 2J 440 0.038 ? POSITIONAL 2 90 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 31 2K 440 0.039 ? POSITIONAL 2 91 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 32 2L 440 0.042 ? POSITIONAL 2 92 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 33 2M 440 0.041 ? POSITIONAL 2 93 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 34 2N 440 0.042 ? POSITIONAL 2 94 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 35 2O 440 0.038 ? POSITIONAL 2 95 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 36 2P 440 0.044 ? POSITIONAL 2 96 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 37 2Q 440 0.039 ? POSITIONAL 2 97 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 38 2R 440 0.040 ? POSITIONAL 2 98 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 39 2S 440 0.039 ? 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POSITIONAL 2 115 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 56 3P 440 0.042 ? POSITIONAL 2 116 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 57 3Q 440 0.039 ? POSITIONAL 2 117 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 58 3R 440 0.043 ? POSITIONAL 2 118 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 59 3S 440 0.038 ? POSITIONAL 2 119 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 60 3T 440 0.041 ? POSITIONAL 2 120 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 1 1A 1653 ? ? POSITIONAL 3 121 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 2 1B 1653 0.211 ? POSITIONAL 3 122 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 3 1C 1653 0.038 ? POSITIONAL 3 123 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 4 1D 1653 0.036 ? POSITIONAL 3 124 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 5 1E 1653 0.042 ? POSITIONAL 3 125 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 6 1F 1653 0.036 ? POSITIONAL 3 126 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 7 1G 1653 0.290 ? POSITIONAL 3 127 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 8 1H 1653 0.041 ? POSITIONAL 3 128 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 9 1I 1653 0.041 ? POSITIONAL 3 129 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 10 1J 1653 0.139 ? POSITIONAL 3 130 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 11 1K 1653 0.038 ? POSITIONAL 3 131 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 12 1L 1653 0.039 ? POSITIONAL 3 132 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 13 1M 1653 0.040 ? POSITIONAL 3 133 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 14 1N 1653 0.041 ? POSITIONAL 3 134 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 15 1O 1653 0.128 ? POSITIONAL 3 135 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 16 1P 1653 0.044 ? POSITIONAL 3 136 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 17 1Q 1653 0.038 ? POSITIONAL 3 137 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 18 1R 1653 0.045 ? POSITIONAL 3 138 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 19 1S 1653 0.043 ? POSITIONAL 3 139 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 20 1T 1653 0.038 ? POSITIONAL 3 140 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 21 2A 1653 0.037 ? POSITIONAL 3 141 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 22 2B 1653 0.043 ? POSITIONAL 3 142 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 23 2C 1653 0.037 ? POSITIONAL 3 143 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 24 2D 1653 0.038 ? POSITIONAL 3 144 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 25 2E 1653 0.040 ? POSITIONAL 3 145 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 26 2F 1653 0.041 ? POSITIONAL 3 146 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 27 2G 1653 0.039 ? 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POSITIONAL 4 240 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? # loop_ _refine_ls_shell.pdbx_refine_id _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.R_factor_R_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.R_factor_all 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.7000 3.7420 18519 0.3202 85.00 0.3274 . . 974 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.7420 3.7860 19551 0.3171 89.00 0.3226 . . 989 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.7860 3.8322 21037 0.2977 97.00 0.3148 . . 1107 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.8322 3.8807 21747 0.2946 100.00 0.3153 . . 1101 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.8807 3.9317 21685 0.2865 100.00 0.3005 . . 1183 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.9317 3.9856 21751 0.2803 100.00 0.3076 . . 1149 . . 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