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P18474 606 ? 1109 ? 1 504 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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THE FIRST CHARACTER IS THE FILENUMBER OF THE ENTRY AND THE SECOND IS THE CHAIN IN THE FILE. FILE NUMBER 1 IS PDB ENTRY 2YI2, NUMBER 2 IS PDB ENTRY 2YI3 NUMBER 3 IS PDB ENTRY 2YI4. THE PROTEIN CONTENT OF THIS CRYSTAL WAS 0.25 OF THE UNIT CELL WHICH CORRESPONDS TO A VM OF 5. WHEN THE VIRAL CAVITY THAT CONTAINS THE GENOMIC RNA IS EXCLUDED, THE ACTUAL FRACTION OF UNIT CELL OCCUPIED BY SOLVENT IS ABOUT 0.24. ; _refine.pdbx_starting_model 'PDB ENTRY 2Y26' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ML _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML 0.42 _refine.pdbx_overall_phase_error 22.71 _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 79020 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 79020 _refine_hist.d_res_high 3.700 _refine_hist.d_res_low 49.799 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function f_bond_d 0.010 ? ? 100000 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_angle_d 1.201 ? ? 100000 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_dihedral_angle_d 14.541 ? ? 86520 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_chiral_restr 0.077 ? ? 36900 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_plane_restr 0.005 ? ? 42060 'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso 1 1A 51 ? ? 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POSITIONAL 2 115 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 56 3P 440 0.042 ? POSITIONAL 2 116 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 57 3Q 440 0.039 ? POSITIONAL 2 117 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 58 3R 440 0.043 ? POSITIONAL 2 118 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 59 3S 440 0.038 ? POSITIONAL 2 119 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 60 3T 440 0.041 ? POSITIONAL 2 120 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 1 1A 1653 ? ? POSITIONAL 3 121 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 2 1B 1653 0.211 ? POSITIONAL 3 122 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 3 1C 1653 0.038 ? POSITIONAL 3 123 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 4 1D 1653 0.036 ? POSITIONAL 3 124 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 5 1E 1653 0.042 ? POSITIONAL 3 125 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 6 1F 1653 0.036 ? POSITIONAL 3 126 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 7 1G 1653 0.290 ? POSITIONAL 3 127 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 8 1H 1653 0.041 ? POSITIONAL 3 128 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 9 1I 1653 0.041 ? POSITIONAL 3 129 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 10 1J 1653 0.139 ? POSITIONAL 3 130 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 11 1K 1653 0.038 ? POSITIONAL 3 131 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 12 1L 1653 0.039 ? POSITIONAL 3 132 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 13 1M 1653 0.040 ? POSITIONAL 3 133 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 14 1N 1653 0.041 ? POSITIONAL 3 134 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 15 1O 1653 0.128 ? POSITIONAL 3 135 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 16 1P 1653 0.044 ? POSITIONAL 3 136 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 17 1Q 1653 0.038 ? POSITIONAL 3 137 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 18 1R 1653 0.045 ? POSITIONAL 3 138 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 19 1S 1653 0.043 ? POSITIONAL 3 139 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 20 1T 1653 0.038 ? POSITIONAL 3 140 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 21 2A 1653 0.037 ? POSITIONAL 3 141 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 22 2B 1653 0.043 ? POSITIONAL 3 142 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 23 2C 1653 0.037 ? POSITIONAL 3 143 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 24 2D 1653 0.038 ? POSITIONAL 3 144 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 25 2E 1653 0.040 ? POSITIONAL 3 145 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 26 2F 1653 0.041 ? POSITIONAL 3 146 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 27 2G 1653 0.039 ? 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POSITIONAL 4 240 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? # loop_ _refine_ls_shell.pdbx_refine_id _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.R_factor_R_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.R_factor_all 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.7000 3.7420 18519 0.3202 85.00 0.3274 . . 974 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.7420 3.7860 19551 0.3171 89.00 0.3226 . . 989 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.7860 3.8322 21037 0.2977 97.00 0.3148 . . 1107 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.8322 3.8807 21747 0.2946 100.00 0.3153 . . 1101 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.8807 3.9317 21685 0.2865 100.00 0.3005 . . 1183 . . 'X-RAY DIFFRACTION' . 3.9317 3.9856 21751 0.2803 100.00 0.3076 . . 1149 . . 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TO ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? anti-parallel AA 3 4 ? anti-parallel AB 1 2 ? anti-parallel AB 2 3 ? anti-parallel AB 3 4 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AD 1 2 ? parallel AD 2 3 ? anti-parallel AD 3 4 ? anti-parallel AD 4 5 ? anti-parallel AD 5 6 ? anti-parallel AE 1 2 ? parallel AE 2 3 ? anti-parallel AE 3 4 ? anti-parallel AF 1 2 ? anti-parallel AG 1 2 ? parallel AG 2 3 ? anti-parallel AG 3 4 ? anti-parallel AH 1 2 ? anti-parallel AH 2 3 ? anti-parallel AH 3 4 ? anti-parallel AI 1 2 ? anti-parallel AI 2 3 ? anti-parallel AI 3 4 ? anti-parallel AJ 1 2 ? anti-parallel AK 1 2 ? anti-parallel AK 2 3 ? anti-parallel AK 3 4 ? anti-parallel AL 1 2 ? anti-parallel AL 2 3 ? anti-parallel AM 1 2 ? anti-parallel AM 2 3 ? anti-parallel AM 3 4 ? anti-parallel AN 1 2 ? anti-parallel AN 2 3 ? anti-parallel AN 3 4 ? anti-parallel AO 1 2 ? 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