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GCCCGGAACUCAGUCGGUGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACC GCCCGGAACUCAGUCGGUGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACC Z ? 29 'polypeptide(L)' no no ;MGRVIRGQRKGAGSVFRAHVKHRKGAARLRAVDFAERHGYIKGIVKDIIHDPGRGAPLAKVVFRDPYRFKKRTELFIAAE GIHTGQFVYCGKKAQLNIGNVLPVGTMPEGTIVCCLEEKPGDRGKLARASGNYATVISHNPETKKTRVKLPSGSKKVISS ANRAVVGVVAGGGRIDKPILKAGRAYHKYKAKRNCWPRVRGVAMNPVEHPFGGGNHQHIGKPSTIRRDAPAGRKVGLIAA RRTGRLRGTKTVQEKEN ; ;MGRVIRGQRKGAGSVFRAHVKHRKGAARLRAVDFAERHGYIKGIVKDIIHDPGRGAPLAKVVFRDPYRFKKRTELFIAAE GIHTGQFVYCGKKAQLNIGNVLPVGTMPEGTIVCCLEEKPGDRGKLARASGNYATVISHNPETKKTRVKLPSGSKKVISS ANRAVVGVVAGGGRIDKPILKAGRAYHKYKAKRNCWPRVRGVAMNPVEHPFGGGNHQHIGKPSTIRRDAPAGRKVGLIAA RRTGRLRGTKTVQEKEN ; a ? 30 'polypeptide(L)' no no ;MSHRKFSAPRHGSLGFLPRKRSSRHRGKVKSFPKDDSSKPVHLTAFLGYKAGMTHIVREVDRPGSKVNKKEVVEAVTIVE TPPMVIVGIVGYVETPRGLRTFKTIFAEHISDECKRRFYKNWHKSKKKAFTKYCKKWQDADGKKQLERDFSSMKKYCQVI RVIAHTQMRLLPLRQKKAHLMEVQVNGGTVAEKLDWARERLEQQVPVSQVFGQDEMIDVIGVTKGKGYKGVTSRWHTKKL 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NLRIMLKLNPYAKTMRRNTILRQAKNHKLRMDKAAAALEAKSEEKGVPGKKPRRKKGKKTVGVKKPKKPVVGKKAAATKK PAADKKPAEKKPTTEEKKPAA ; ;MACARPLISVYSEKGESSGKNVTLPAVFKAPIRPDIVNFVHTNLRKNNRQPYAVSELAGHQTSAESWGTGRAVARIPRVR GGGTHRSGQGAFGNMCRGGRMFAPTKTWRRWHRRVNTTQKRYAICSALACLSLPALVMSKGHRIEEVPELPLVVEDKVEG YKKTKEAVLLLKKLKAWNDIKKVYASQRMRAGKGKMRNRRRIQRRGPCIIYNEDNGIIKAFRKHPGITLLNVSKLNILKL APGGHVGRFCIWTESAFRKLDDLYGTWRKAASLKSNYNLPMHKMLNTDLSRILKMPRDPRALRAPRKKIHRRVLKKNPLK NLRIMLKLNPYAKTMRRNTILRQAKNHKLRMDKAAAALEAKSEEKGVPGKKPRRKKGKKTVGVKKPKKPVVGKKAAATKK PAADKKPAEKKPTTEEKKPAA ; c ? 32 'polypeptide(L)' no no ;MAQDQGEKENPMRELRIRKLCLNICVGESGDRLTRAAKVLEQLTGQTPVFSKARYTVRSFGIRRNEKIAVHCTVRGAKAE EILEKGLKVREYELRKNNFSDTGNFGFGIQEHIDLGIKYDPSIGIYGLDFYVVLGRPGFSIADKKRRTGCIGAKHRISKE EAMRWFQQKYDGIILPGK ; ;MAQDQGEKENPMRELRIRKLCLNICVGESGDRLTRAAKVLEQLTGQTPVFSKARYTVRSFGIRRNEKIAVHCTVRGAKAE EILEKGLKVREYELRKNNFSDTGNFGFGIQEHIDLGIKYDPSIGIYGLDFYVVLGRPGFSIADKKRRTGCIGAKHRISKE EAMRWFQQKYDGIILPGK ; d ? 33 'polypeptide(L)' no no ;MKTILSNQTVDIPENVDITLKGRTVIVKGPRGTLRRDFNHINVELSLLGKKKKRLRVDKWWGNRKELATVRTICSHVQNM IKGVTLGFRYKMRSVYAHFPINVVIQENGSLVEIRNFLGEKYIRRVRMRPGVACSVSQAQKDELILEGNDIELVSNSAAL IQQATTVKNKDIRKFLDGIYVSEKGTVQQADE ; ;MKTILSNQTVDIPENVDITLKGRTVIVKGPRGTLRRDFNHINVELSLLGKKKKRLRVDKWWGNRKELATVRTICSHVQNM IKGVTLGFRYKMRSVYAHFPINVVIQENGSLVEIRNFLGEKYIRRVRMRPGVACSVSQAQKDELILEGNDIELVSNSAAL IQQATTVKNKDIRKFLDGIYVSEKGTVQQADE ; e ? 34 'polypeptide(L)' no no ;MPKGKKAKGKKVAPAPAVVKKQEAKKVVNPLFEKRPKNFGIGQDIQPKRDLTRFVKWPRYIRLQRQRAILYKRLKVPPAI NQFTQALDRQTATQLLKLAHKYRPETKQEKKQRLLARAEKKAAGKGDVPTKRPPVLRAGVNTVTTLVENKKAQLVVIAHD VDPIELVVFLPALCRKMGVPYCIIKGKARLGHLVHRKTCTTVAFTQVNSEDKGALAKLVEAIRTNYNDRYDEIRRHWGGN VLGPKSVARIAKLEKAKAKELATKLG ; ;MPKGKKAKGKKVAPAPAVVKKQEAKKVVNPLFEKRPKNFGIGQDIQPKRDLTRFVKWPRYIRLQRQRAILYKRLKVPPAI NQFTQALDRQTATQLLKLAHKYRPETKQEKKQRLLARAEKKAAGKGDVPTKRPPVLRAGVNTVTTLVENKKAQLVVIAHD VDPIELVVFLPALCRKMGVPYCIIKGKARLGHLVHRKTCTTVAFTQVNSEDKGALAKLVEAIRTNYNDRYDEIRRHWGGN VLGPKSVARIAKLEKAKAKELATKLG ; f ? 35 'polypeptide(L)' no no ;MPREDRATWKSNYFLKIIQLLDDYPKCFIVGADNVGSKQMQQIRMSLRGKAVVLMGKNTMMRKAIRGHLENNPALEKLLP HIRGNVGFVFTKEDLTEIRDMLLANKVPAAARAGAIAPCEVTVPAQNTGLGPEKTSFFQALGITTKISRGTIEILSDVQL IKTGDKVGASEATLLNMLNISPFSFGLVIQQVFDNGSIYNPEVLDITEETLHSRFLEGVRNVASVCLQIGYPTVASVPHS IINGYKRVLALSVETDYTFPLAEKVKAFLADPSAFVAAAPVAAATTAAPAAAAAPAKVEAKEESEESDEDMGFGLFD ; ;MPREDRATWKSNYFLKIIQLLDDYPKCFIVGADNVGSKQMQQIRMSLRGKAVVLMGKNTMMRKAIRGHLENNPALEKLLP HIRGNVGFVFTKEDLTEIRDMLLANKVPAAARAGAIAPCEVTVPAQNTGLGPEKTSFFQALGITTKISRGTIEILSDVQL IKTGDKVGASEATLLNMLNISPFSFGLVIQQVFDNGSIYNPEVLDITEETLHSRFLEGVRNVASVCLQIGYPTVASVPHS IINGYKRVLALSVETDYTFPLAEKVKAFLADPSAFVAAAPVAAATTAAPAAAAAPAKVEAKEESEESDEDMGFGLFD ; g ? 36 'polypeptide(L)' no no ;MGRRPARCYRYCKNKPYPKSRFCRGVPDAKIRIFDLGRKKAKVDEFPLCGHMVSDEYEQLSSEALEAARICANKYMVKSC GKDGFHIRVRLHPFHVIRINKMLSCAGADRLQTGMRGAFGKPQGTVAKVHIGQVIMSIRTKLQNKEHVIEALRRAKFKFP GRQKIHISKKWGFTKFNADEFENMVAEKRLIPDGCGVKYIPNRGPLDKWRALHS ; ;MGRRPARCYRYCKNKPYPKSRFCRGVPDAKIRIFDLGRKKAKVDEFPLCGHMVSDEYEQLSSEALEAARICANKYMVKSC 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;MSKRGRGGSSGAKFRISLGLPVGAVINCADNTGAKNLYIISVKGIKGRLNRLPAAGVGDMVMATVKKGKPELRKKVHPAV VIRQRKSYRRKDGVFLYFEDNAGVIVNNKGEMKGSAITGPVAKECADLWPRIASNAGSIA ; ;MSKRGRGGSSGAKFRISLGLPVGAVINCADNTGAKNLYIISVKGIKGRLNRLPAAGVGDMVMATVKKGKPELRKKVHPAV VIRQRKSYRRKDGVFLYFEDNAGVIVNNKGEMKGSAITGPVAKECADLWPRIASNAGSIA ; k ? 40 'polypeptide(L)' no no ;MPSRLRKTRKLRGHVSHGHGRIGKHRKHPGGRGNAGGMHHHRINFDKYHPGYFGKVGMKHYHLKRNQSFCPTVNLDKPWT LVSEQTRVNAAKNKTGVAPIIDVVRSGYYKVLGKGKLPKQPVIVKAKFFSRRAEEKIKSVGGACVLVA ; ;MPSRLRKTRKLRGHVSHGHGRIGKHRKHPGGRGNAGGMHHHRINFDKYHPGYFGKVGMKHYHLKRNQSFCPTVNLDKPWT LVSEQTRVNAAKNKTGVAPIIDVVRSGYYKVLGKGKLPKQPVIVKAKFFSRRAEEKIKSVGGACVLVA ; l ? 41 'polypeptide(L)' no no ;MGAYKYIQELWRKKQSDVMRFLLRVRCWQYRQLSALHRAPRPTRPDKARRLGYKAKQGYVIYRIRVRRGGRKRPVPKGAT YGKPVHHGVNQLKFARSLQSVAEERAGRHCGALRVLNSYWVGEDSTYKFFEVILIDPFHKAIRRNPDTQWITKPVHKHRE MRGLTSAGRKSRGLGKGHKFHHTIGGSRRAAWRRRNTLQLHRYR ; ;MGAYKYIQELWRKKQSDVMRFLLRVRCWQYRQLSALHRAPRPTRPDKARRLGYKAKQGYVIYRIRVRRGGRKRPVPKGAT 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YIERVQREKANGTTVHVGIHPSKVVITRLKLDKDRKKILERKAKSRQVGKEKGKYKEETIEKMQE ; ;MKFNPFVTSDRSKNRKRHFNAPSHIRRKIMSSPLSKELRQKYNVRSMPIRKDDEVQVVRGHYKGQQIGKVVQVYRKKYVI YIERVQREKANGTTVHVGIHPSKVVITRLKLDKDRKKILERKAKSRQVGKEKGKYKEETIEKMQE ; t ? 50 'polypeptide(L)' no no ;MKVELCSFSGYKIYPGHGRRYARTDGKVFQFLNAKCESAFLSKRNPRQINWTVLYRRKHKKGQSEEIQKKRTRRAVKFQR AITGASLADIMAKRNQKPEVRKAQREQAIRAAKEAKKAKQASKKTAMAAAKAPTKAAPKQKIVKPVKVSAPRVGGKR ; ;MKVELCSFSGYKIYPGHGRRYARTDGKVFQFLNAKCESAFLSKRNPRQINWTVLYRRKHKKGQSEEIQKKRTRRAVKFQR AITGASLADIMAKRNQKPEVRKAQREQAIRAAKEAKKAKQASKKTAMAAAKAPTKAAPKQKIVKPVKVSAPRVGGKR ; u ? 51 'polypeptide(L)' no no ;MAKIKARDLRGKKKEELLKQLDDLKVELSQLRVAKVTGGAASKLSKIRVVRKSIARVLTVINQTQKENLRKFYKGKKYKP LDLRPKKTRAMRRRLNKHEENLKTKKQQRKERLYPLRKYAVKA ; ;MAKIKARDLRGKKKEELLKQLDDLKVELSQLRVAKVTGGAASKLSKIRVVRKSIARVLTVINQTQKENLRKFYKGKKYKP LDLRPKKTRAMRRRLNKHEENLKTKKQQRKERLYPLRKYAVKA ; v ? 52 'polypeptide(L)' no no ARVLTVINQT ARVLTVINQT 8 ? 53 'polypeptide(L)' no no ;MEAVPEKKKKVATVPGTLKKKVPAGPKTLKKKVPAVPETLKKKRRNFAELKVKRLRKKFALKTLRKARRKLIYEKAKHYH KEYRQMYRTEIRMARMARKAGNFYVPAEPKLAFVIRIRGINGVSPKVRKVLQLLRLRQIFNGTFVKLNKASINMLRIVEP YIAWGYPNLKSVNELIYKRGYGKINKKRIALTDNSLIARSLGKFGIICMEDLIHEIYTVGKRFKEANNFLWPFKLSSPRG GMKKKTTHFVEGGDAGNREDQINRLIRRMN ; ;MEAVPEKKKKVATVPGTLKKKVPAGPKTLKKKVPAVPETLKKKRRNFAELKVKRLRKKFALKTLRKARRKLIYEKAKHYH KEYRQMYRTEIRMARMARKAGNFYVPAEPKLAFVIRIRGINGVSPKVRKVLQLLRLRQIFNGTFVKLNKASINMLRIVEP YIAWGYPNLKSVNELIYKRGYGKINKKRIALTDNSLIARSLGKFGIICMEDLIHEIYTVGKRFKEANNFLWPFKLSSPRG GMKKKTTHFVEGGDAGNREDQINRLIRRMN ; w ? 54 'polypeptide(L)' no no ;MAPAKKGGEKKKGRSAINEVVTREYTINIHKRIHGVGFKKRAPRALKEIRKFAMKEMGTPDVRIDTRLNKAVWAKGIRNV PYRIRVRLSRKRNEDEDSPNKLYTLVTYVPVTTFKNLQTVNVDEN ; ;MAPAKKGGEKKKGRSAINEVVTREYTINIHKRIHGVGFKKRAPRALKEIRKFAMKEMGTPDVRIDTRLNKAVWAKGIRNV PYRIRVRLSRKRNEDEDSPNKLYTLVTYVPVTTFKNLQTVNVDEN ; x ? 55 'polypeptide(L)' no no ;MAALRPLVKPKIVKKRTKKFIRHQSDRYVKIKRNWRKPRGIDNRVRRRFKGQILMPNIGYGSNKKTKHMLPSGFRKFLVH NVKELEVLLMCNKSYCAEIAHNVSSKNRKAIVERAAQLAIRVTNPNARLRSEENE ; ;MAALRPLVKPKIVKKRTKKFIRHQSDRYVKIKRNWRKPRGIDNRVRRRFKGQILMPNIGYGSNKKTKHMLPSGFRKFLVH NVKELEVLLMCNKSYCAEIAHNVSSKNRKAIVERAAQLAIRVTNPNARLRSEENE ; y ? 56 'polypeptide(L)' no no HMLPSGFRKFLVHNVKELEVLLMCNKSYCAEIAHNVSSKNRKAIVERAAQLAIRVTNP HMLPSGFRKFLVHNVKELEVLLMCNKSYCAEIAHNVSSKNRKAIVERAAQLAIRVTNP 9 ? 57 'polypeptide(L)' no no ;MAKRTKKVGIVGKYGTRYGASLRKMVKKIEISQHAKYTCSFCGKTKMKRRAVGIWHCGSCMKTVAGGAWTYNTTSAVTVK SAIRRLKELKDQ ; ;MAKRTKKVGIVGKYGTRYGASLRKMVKKIEISQHAKYTCSFCGKTKMKRRAVGIWHCGSCMKTVAGGAWTYNTTSAVTVK SAIRRLKELKDQ ; z ? 58 'polypeptide(L)' no no ;MTKGTSSFGKRRNKTHTLCRRCGSKAYHLQKSTCGKCGYPAKRKRKYNWSAKAKRRNTTGTGRMRHLKIVYRRFRHGFRE GTTPKPKRAAVAASSSS ; ;MTKGTSSFGKRRNKTHTLCRRCGSKAYHLQKSTCGKCGYPAKRKRKYNWSAKAKRRNTTGTGRMRHLKIVYRRFRHGFRE GTTPKPKRAAVAASSSS ; 2 ? 59 'polypeptide(L)' no no MSSHKTFRIKRFLAKKQKQNRPIPQWIRMKTGNKIRYNSKRRHWRRTKLGL MSSHKTFRIKRFLAKKQKQNRPIPQWIRMKTGNKIRYNSKRRHWRRTKLGL 3 ? 60 'polypeptide(L)' no no ;MVNVPKTRRTFCKKCGKHQPHKVTQYKKGKDSLYAQGKRRYDRKQSGYGGQTKPIFRKKAKTTKKIVLRLECVEPNCRSK RMLAIKRCKHFELGGDKKRKGQVIQF ; ;MVNVPKTRRTFCKKCGKHQPHKVTQYKKGKDSLYAQGKRRYDRKQSGYGGQTKPIFRKKAKTTKKIVLRLECVEPNCRSK RMLAIKRCKHFELGGDKKRKGQVIQF ; 4 ? 61 'polypeptide(L)' no no ;MADQEIENAVSRALEDAPERNFRETVDLAVNLRDLDLNDPSNRVDESVVLPAGTGQETTIVVFAEGETALRAEEVADDVL DEDELEELGGDDDAAKDLADDTDFFIAEKGLMQDIGRYLGTVLGPRGKMPEPLDPDDDVVEVIERMKNTVQLRSGERRTF HTRVGAEDMSAENIADNIDVILRRLHADLEKGPLNIDTVYVKTTMGPAMEVA ; ;MADQEIENAVSRALEDAPERNFRETVDLAVNLRDLDLNDPSNRVDESVVLPAGTGQETTIVVFAEGETALRAEEVADDVL DEDELEELGGDDDAAKDLADDTDFFIAEKGLMQDIGRYLGTVLGPRGKMPEPLDPDDDVVEVIERMKNTVQLRSGERRTF HTRVGAEDMSAENIADNIDVILRRLHADLEKGPLNIDTVYVKTTMGPAMEVA ; 5 ? 62 'polypeptide(L)' no no ;MVAAKKTKKSLESINSRLQLVMKSGKYVLGYKQTLKMIRQGKAKLVILANNCPALRKSEIEYYAMLAKTGVHHYSGNNIE LGTACGKYYRVCTLAIIDPGDSDIIRSMPEQTGEK ; ;MVAAKKTKKSLESINSRLQLVMKSGKYVLGYKQTLKMIRQGKAKLVILANNCPALRKSEIEYYAMLAKTGVHHYSGNNIE LGTACGKYYRVCTLAIIDPGDSDIIRSMPEQTGEK ; 6 ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 C n 1 2 G n 1 3 A n 1 4 C n 1 5 U n 1 6 C n 1 7 U n 1 8 U n 1 9 A n 1 10 G n 1 11 C n 1 12 G n 1 13 G n 1 14 U n 1 15 G n 1 16 G n 1 17 A n 1 18 U n 1 19 C n 1 20 A n 1 21 C n 1 22 U n 1 23 C n 1 24 G n 1 25 G n 1 26 C n 1 27 U n 1 28 C n 1 29 G n 1 30 U n 1 31 G n 1 32 C n 1 33 G n 1 34 U n 1 35 C n 1 36 G n 1 37 A n 1 38 U n 1 39 G n 1 40 A n 1 41 A n 1 42 G n 1 43 A n 1 44 A n 1 45 C n 1 46 G n 1 47 C n 1 48 A n 1 49 G n 1 50 C n 1 51 G n 1 52 C n 1 53 U n 1 54 A n 1 55 G n 1 56 C n 1 57 U n 1 58 G n 1 59 C n 1 60 G n 1 61 A n 1 62 G n 1 63 A n 1 64 A n 1 65 U n 1 66 U n 1 67 A n 1 68 A n 1 69 U n 1 70 G n 1 71 U n 1 72 G n 1 73 A n 1 74 A n 1 75 U n 1 76 U n 1 77 G n 1 78 C n 1 79 A n 1 80 G n 1 81 G n 1 82 A n 1 83 C n 1 84 A n 1 85 C n 1 86 A n 1 87 U n 1 88 U n 1 89 G n 1 90 A n 1 91 U n 1 92 C n 1 93 A n 1 94 U n 1 95 C n 1 96 G n 1 97 A n 1 98 C n 1 99 A n 1 100 C n 1 101 U n 1 102 U n 1 103 C n 1 104 G n 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_entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample ? ? dog 'canis familiaris' 9615 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample ? ? dog 'canis familiaris' 9615 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ;Ribosome-channel complexes isolated from ER membranes were used to create a 3D map which was used to model the 60S subunit in the 80S ribosome. ; 3 1 sample ? ? dog 'Canis familiaris' 9615 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample ? ? dog 'Canis familiaris' 9615 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample ? ? dog 'Canis familiaris' 9615 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample ? ? dog 'Canis familiaris' 9615 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample ? ? dog 'Canis familiaris' 9615 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 8 1 sample ? ? dog 'Canis familiaris' 9615 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 9 1 sample ? ? dog 'Canis familiaris' 9615 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10 1 sample ? ? dog 'Canis familiaris' 9615 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 11 1 sample ? ? dog 'Canis familiaris' 9615 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 12 1 sample ? ? dog 'Canis familiaris' 9615 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 13 1 sample ? ? dog 'Canis familiaris' 9615 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 14 1 sample ? ? dog 'Canis familiaris' 9615 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 15 1 sample ? ? 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DEDELEELGGDDDAAKDLADDTDFFIAEKGLMQDIGRYLGTVLGPRGKMPEPLDPDDDVVEVIERMKNTVQLRSGERRTF HTRVGAEDMSAENIADNIDVILRRLHADLEKGPLNIDTVYVKTTMGPAMEVA ; 1 ? 62 PDB 2ZKR 2ZKR 62 ;MVAAKKTKKSLESINSRLQLVMKSGKYVLGYKQTLKMIRQGKAKLVILANNCPALRKSEIEYYAMLAKTGVHHYSGNNIE LGTACGKYYRVCTLAIIDPGDSDIIRSMPEQTGEK ; 1 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 2ZKR 1 1 ? 123 ? 2ZKR 1 ? 123 ? 1 144 2 2 2ZKR 0 1 ? 2903 ? 2ZKR 1 ? 2903 ? 15 5025 3 3 2ZKR A 1 ? 21 ? 2ZKR 1 ? 21 ? 117 137 4 4 2ZKR B 1 ? 27 ? 2ZKR 1 ? 27 ? 145 14 5 5 2ZKR C 1 ? 17 ? 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AW ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel B 3 4 ? anti-parallel B 4 5 ? anti-parallel B 5 6 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel C 2 3 ? anti-parallel C 3 4 ? anti-parallel C 4 5 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel D 2 3 ? anti-parallel D 3 4 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? parallel G 3 4 ? parallel G 4 5 ? parallel G 5 6 ? parallel H 1 2 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel I 2 3 ? anti-parallel I 3 4 ? anti-parallel I 4 5 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel L 1 2 ? anti-parallel L 2 3 ? anti-parallel L 3 4 ? anti-parallel M 1 2 ? anti-parallel M 2 3 ? anti-parallel N 1 2 ? parallel N 2 3 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel O 2 3 ? anti-parallel O 3 4 ? anti-parallel O 4 5 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel P 2 3 ? anti-parallel Q 1 2 ? parallel R 1 2 ? parallel R 2 3 ? parallel S 1 2 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel U 1 2 ? anti-parallel U 2 3 ? anti-parallel U 3 4 ? anti-parallel U 4 5 ? anti-parallel U 5 6 ? parallel V 1 2 ? anti-parallel W 1 2 ? parallel W 2 3 ? parallel X 1 2 ? parallel X 2 3 ? parallel Y 1 2 ? anti-parallel Y 2 3 ? anti-parallel Y 3 4 ? anti-parallel Z 1 2 ? anti-parallel Z 2 3 ? anti-parallel Z 3 4 ? parallel AA 1 2 ? anti-parallel AB 1 2 ? parallel AB 2 3 ? parallel AB 3 4 ? parallel AC 1 2 ? parallel AC 2 3 ? parallel AD 1 2 ? anti-parallel AE 1 2 ? anti-parallel AE 2 3 ? anti-parallel AE 3 4 ? anti-parallel AE 4 5 ? anti-parallel AF 1 2 ? anti-parallel AF 2 3 ? anti-parallel AG 1 2 ? anti-parallel AH 1 2 ? anti-parallel AI 1 2 ? anti-parallel AI 2 3 ? anti-parallel AI 3 4 ? anti-parallel AJ 1 2 ? anti-parallel AK 1 2 ? anti-parallel AK 2 3 ? anti-parallel AK 3 4 ? anti-parallel AL 1 2 ? anti-parallel AM 1 2 ? anti-parallel AN 1 2 ? anti-parallel AN 2 3 ? anti-parallel AO 1 2 ? anti-parallel AO 2 3 ? anti-parallel AP 1 2 ? parallel AQ 1 2 ? anti-parallel AQ 2 3 ? anti-parallel AR 1 2 ? anti-parallel AS 1 2 ? anti-parallel AS 2 3 ? anti-parallel AS 3 4 ? anti-parallel AT 1 2 ? anti-parallel AT 2 3 ? anti-parallel AT 3 4 ? anti-parallel AU 1 2 ? anti-parallel AV 1 2 ? parallel AV 2 3 ? parallel AW 1 2 ? anti-parallel AW 2 3 ? anti-parallel AW 3 4 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 LEU CA 75 ? PHE CA 76 ? LEU a 75 PHE a 76 A 2 ALA CA 56 ? PHE CA 63 ? ALA a 56 PHE a 63 A 3 ILE CA 41 ? ASP CA 51 ? ILE a 41 ASP a 51 A 4 PHE CA 87 ? CYS CA 90 ? PHE a 87 CYS a 90 B 1 VAL CA 101 ? PRO CA 103 ? VAL a 101 PRO a 103 B 2 ARG CA 163 ? VAL CA 166 ? ARG a 163 VAL a 166 B 3 THR CA 111 ? CYS CA 114 ? THR a 111 CYS a 114 B 4 ALA CA 134 ? SER CA 138 ? ALA a 134 SER a 138 B 5 THR CA 146 ? LYS CA 149 ? THR a 146 LYS a 149 B 6 LYS CA 155 ? ILE CA 158 ? LYS a 155 ILE a 158 C 1 ILE DA 284 ? GLY DA 288 ? ILE b 283 GLY b 287 C 2 PHE DA 330 ? LYS DA 334 ? PHE b 329 LYS b 333 C 3 GLU DA 71 ? GLU DA 80 ? GLU b 70 GLU b 79 C 4 LEU DA 47 ? GLU DA 59 ? LEU b 46 GLU b 58 C 5 VAL DA 344 ? THR DA 346 ? VAL b 343 THR b 345 D 1 GLY DA 98 ? PHE DA 106 ? GLY b 97 PHE b 105 D 2 VAL DA 85 ? THR DA 95 ? VAL b 84 THR b 94 D 3 ARG DA 161 ? HIS DA 165 ? ARG b 160 HIS b 164 D 4 MET DA 181 ? GLN DA 184 ? MET b 180 GLN b 183 E 1 VAL DA 219 ? VAL DA 222 ? VAL b 218 VAL b 221 E 2 HIS DA 276 ? GLU DA 279 ? 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VAL j 7 ASP j 9 R 2 VAL LA 33 ? VAL LA 36 ? VAL j 32 VAL j 35 R 3 LEU LA 102 ? VAL LA 104 ? LEU j 101 VAL j 103 S 1 ASN LA 42 ? SER LA 44 ? ASN j 41 SER j 43 S 2 PHE LA 135 ? TYR LA 137 ? PHE j 134 TYR j 136 T 1 LEU MA 20 ? PRO MA 21 ? LEU k 20 PRO k 21 T 2 ALA MA 54 ? ALA MA 55 ? ALA k 54 ALA k 55 U 1 VAL MA 25 ? CYS MA 28 ? VAL k 25 CYS k 28 U 2 ALA MA 34 ? VAL MA 42 ? ALA k 34 VAL k 42 U 3 MET MA 60 ? GLY MA 68 ? MET k 60 GLY k 68 U 4 VAL MA 76 ? ARG MA 83 ? VAL k 76 ARG k 83 U 5 ALA MA 102 ? ILE MA 105 ? ALA k 102 ILE k 105 U 6 VAL MA 25 ? CYS MA 28 ? VAL k 25 CYS k 28 V 1 TYR MA 88 ? ARG MA 89 ? TYR k 88 ARG k 89 V 2 PHE MA 95 ? LEU MA 96 ? PHE k 95 LEU k 96 W 1 THR NA 72 ? ASN NA 74 ? THR l 72 ASN l 74 W 2 LYS NA 110 ? LEU NA 112 ? LYS l 110 LEU l 112 W 3 PHE NA 128 ? PHE NA 129 ? PHE l 128 PHE l 129 X 1 LYS NA 94 ? GLY NA 96 ? LYS l 94 GLY l 96 X 2 ILE NA 123 ? ALA NA 126 ? ILE l 123 ALA l 126 X 3 ALA NA 143 ? LEU NA 146 ? ALA l 143 LEU l 146 Y 1 LEU OA 36 ? ALA OA 39 ? 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GLY 6 70 SER 6 75 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id A 1 2 O PHE CA 76 ? 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209 MET 209 208 208 MET MET 5 . n IB 61 210 GLU 210 209 209 GLU GLU 5 . n IB 61 211 VAL 211 210 210 VAL VAL 5 . n IB 61 212 ALA 212 211 ? ? ? 5 . n JB 62 1 MET 1 1 ? ? ? 6 . n JB 62 2 VAL 2 2 2 VAL VAL 6 . n JB 62 3 ALA 3 3 3 ALA ALA 6 . n JB 62 4 ALA 4 4 4 ALA ALA 6 . n JB 62 5 LYS 5 5 5 LYS LYS 6 . n JB 62 6 LYS 6 6 6 LYS LYS 6 . n JB 62 7 THR 7 7 7 THR THR 6 . n JB 62 8 LYS 8 8 8 LYS LYS 6 . n JB 62 9 LYS 9 9 9 LYS LYS 6 . n JB 62 10 SER 10 10 10 SER SER 6 . n JB 62 11 LEU 11 11 11 LEU LEU 6 . n JB 62 12 GLU 12 12 12 GLU GLU 6 . n JB 62 13 SER 13 13 13 SER SER 6 . n JB 62 14 ILE 14 14 14 ILE ILE 6 . n JB 62 15 ASN 15 15 15 ASN ASN 6 . n JB 62 16 SER 16 16 16 SER SER 6 . n JB 62 17 ARG 17 17 17 ARG ARG 6 . n JB 62 18 LEU 18 18 18 LEU LEU 6 . n JB 62 19 GLN 19 19 19 GLN GLN 6 . n JB 62 20 LEU 20 20 20 LEU LEU 6 . n JB 62 21 VAL 21 21 21 VAL VAL 6 . n JB 62 22 MET 22 22 22 MET MET 6 . n JB 62 23 LYS 23 23 23 LYS LYS 6 . n JB 62 24 SER 24 24 24 SER SER 6 . n JB 62 25 GLY 25 25 25 GLY GLY 6 . n JB 62 26 LYS 26 26 26 LYS LYS 6 . n JB 62 27 TYR 27 27 27 TYR TYR 6 . n JB 62 28 VAL 28 28 28 VAL VAL 6 . n JB 62 29 LEU 29 29 29 LEU LEU 6 . n JB 62 30 GLY 30 30 30 GLY GLY 6 . n JB 62 31 TYR 31 31 31 TYR TYR 6 . n JB 62 32 LYS 32 32 32 LYS LYS 6 . n JB 62 33 GLN 33 33 33 GLN GLN 6 . n JB 62 34 THR 34 34 34 THR THR 6 . n JB 62 35 LEU 35 35 35 LEU LEU 6 . n JB 62 36 LYS 36 36 36 LYS LYS 6 . n JB 62 37 MET 37 37 37 MET MET 6 . n JB 62 38 ILE 38 38 38 ILE ILE 6 . n JB 62 39 ARG 39 39 39 ARG ARG 6 . n JB 62 40 GLN 40 40 40 GLN GLN 6 . n JB 62 41 GLY 41 41 41 GLY GLY 6 . n JB 62 42 LYS 42 42 42 LYS LYS 6 . n JB 62 43 ALA 43 43 43 ALA ALA 6 . n JB 62 44 LYS 44 44 44 LYS LYS 6 . n JB 62 45 LEU 45 45 45 LEU LEU 6 . n JB 62 46 VAL 46 46 46 VAL VAL 6 . n JB 62 47 ILE 47 47 47 ILE ILE 6 . n JB 62 48 LEU 48 48 48 LEU LEU 6 . n JB 62 49 ALA 49 49 49 ALA ALA 6 . n JB 62 50 ASN 50 50 50 ASN ASN 6 . n JB 62 51 ASN 51 51 51 ASN ASN 6 . n JB 62 52 CYS 52 52 52 CYS CYS 6 . n JB 62 53 PRO 53 53 53 PRO PRO 6 . n JB 62 54 ALA 54 54 54 ALA ALA 6 . n JB 62 55 LEU 55 55 55 LEU LEU 6 . n JB 62 56 ARG 56 56 56 ARG ARG 6 . n JB 62 57 LYS 57 57 57 LYS LYS 6 . n JB 62 58 SER 58 58 58 SER SER 6 . n JB 62 59 GLU 59 59 59 GLU GLU 6 . n JB 62 60 ILE 60 60 60 ILE ILE 6 . n JB 62 61 GLU 61 61 61 GLU GLU 6 . n JB 62 62 TYR 62 62 62 TYR TYR 6 . n JB 62 63 TYR 63 63 63 TYR TYR 6 . n JB 62 64 ALA 64 64 64 ALA ALA 6 . n JB 62 65 MET 65 65 65 MET MET 6 . n JB 62 66 LEU 66 66 66 LEU LEU 6 . n JB 62 67 ALA 67 67 67 ALA ALA 6 . n JB 62 68 LYS 68 68 68 LYS LYS 6 . n JB 62 69 THR 69 69 69 THR THR 6 . n JB 62 70 GLY 70 70 70 GLY GLY 6 . n JB 62 71 VAL 71 71 71 VAL VAL 6 . n JB 62 72 HIS 72 72 72 HIS HIS 6 . n JB 62 73 HIS 73 73 73 HIS HIS 6 . n JB 62 74 TYR 74 74 74 TYR TYR 6 . n JB 62 75 SER 75 75 75 SER SER 6 . n JB 62 76 GLY 76 76 76 GLY GLY 6 . n JB 62 77 ASN 77 77 77 ASN ASN 6 . n JB 62 78 ASN 78 78 78 ASN ASN 6 . n JB 62 79 ILE 79 79 79 ILE ILE 6 . n JB 62 80 GLU 80 80 80 GLU GLU 6 . n JB 62 81 LEU 81 81 81 LEU LEU 6 . n JB 62 82 GLY 82 82 82 GLY GLY 6 . n JB 62 83 THR 83 83 83 THR THR 6 . n JB 62 84 ALA 84 84 84 ALA ALA 6 . n JB 62 85 CYS 85 85 85 CYS CYS 6 . n JB 62 86 GLY 86 86 86 GLY GLY 6 . n JB 62 87 LYS 87 87 87 LYS LYS 6 . n JB 62 88 TYR 88 88 88 TYR TYR 6 . n JB 62 89 TYR 89 89 89 TYR TYR 6 . n JB 62 90 ARG 90 90 90 ARG ARG 6 . n JB 62 91 VAL 91 91 91 VAL VAL 6 . n JB 62 92 CYS 92 92 92 CYS CYS 6 . n JB 62 93 THR 93 93 93 THR THR 6 . n JB 62 94 LEU 94 94 94 LEU LEU 6 . n JB 62 95 ALA 95 95 95 ALA ALA 6 . n JB 62 96 ILE 96 96 96 ILE ILE 6 . n JB 62 97 ILE 97 97 97 ILE ILE 6 . n JB 62 98 ASP 98 98 98 ASP ASP 6 . n JB 62 99 PRO 99 99 99 PRO PRO 6 . n JB 62 100 GLY 100 100 100 GLY GLY 6 . n JB 62 101 ASP 101 101 101 ASP ASP 6 . n JB 62 102 SER 102 102 102 SER SER 6 . n JB 62 103 ASP 103 103 103 ASP ASP 6 . n JB 62 104 ILE 104 104 104 ILE ILE 6 . n JB 62 105 ILE 105 105 105 ILE ILE 6 . n JB 62 106 ARG 106 106 106 ARG ARG 6 . n JB 62 107 SER 107 107 107 SER SER 6 . n JB 62 108 MET 108 108 108 MET MET 6 . n JB 62 109 PRO 109 109 109 PRO PRO 6 . n JB 62 110 GLU 110 110 110 GLU GLU 6 . n JB 62 111 GLN 111 111 111 GLN GLN 6 . n JB 62 112 THR 112 112 112 THR THR 6 . n JB 62 113 GLY 113 113 113 GLY GLY 6 . n JB 62 114 GLU 114 114 114 GLU GLU 6 . n JB 62 115 LYS 115 115 ? ? ? 6 . n # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 62-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 62 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list ;A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB ; # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2008-05-06 2 'Structure model' 1 1 2011-07-13 3 'Structure model' 1 2 2012-05-30 4 'Structure model' 1 3 2014-04-23 5 'Structure model' 1 4 2014-12-10 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? 2 5 'Structure model' repository Obsolete ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Version format compliance' 2 3 'Structure model' 'Source and taxonomy' 3 4 'Structure model' 'Data collection' 4 5 'Structure model' Other # _pdbx_entry_details.entry_id 2ZKR _pdbx_entry_details.compound_details ;THIS ENTRY IS ONE PART OF THE COMPLETE RIBOSOME STRUCTURE SPLIT INTO TWO ENTRIES, 2ZKQ AND 2ZKR. ; _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;OPPOSING STRANDS OF RNA IN SOME EXPANSION SEGMENTS HAVE BEEN NUMBERED CONSECUTIVELY AND COULD THEREFORE LEAD TO FORMATION OF LONG BONDS BETWEEN A 5' AND 3' STRAND IN VISUALIZATION SOFTWARE. SINCE THE COMPLETE GENOME SEQUENCE OF CANIS FAMILIARIS WAS NOT AVAILABLE AT THE TIME WHEN THE DEPOSITORS DID THIS MODELING. THEREFORE, THEY USED HUMAN RNA(M11167 FOR MAJOUR RNA, AND SOME FRAGMENTS) AND OTHER SPECIES RNAS SEQUENCES. BELOWS ARE REFERENCE USED FOR THE RNA CHAINS; FOR CHAIN 0(ZERO) THIS CHAIN IS NOT MODIFIED AND IS FROM M11167 WITH EXCLUDED REGIONS. MODELED USING A HOMOLOGOUS H.MARISMORTUI MOLECULE PDB ENTRY 1S72. FOR CHAINS C, H, K, L, M, P AND U THE SEQUENCE IS BASED ON M11167 IN GB. FOR CHAIN K, THE SEQUENCE MAY BE AMBIGUOUS. IT COULD BE ES31. INSERTION POINTS FOR ES31 AND ES19 ARE VERY CLOSE. FOR CHAIN 1 MODELED USING A HOMOLOGOUS H.MARISMORTUI MOLECULE PDB ENTRY 1S72. THE SEQUENCE IS BASED ON J01866 IN GB. FOR CHAIN A THE SEQUENCE IS BASED ON J01866 IN GB. FOR CHAINS D, E, F, G, I, J, N, O, R, S, AND T MODELED SECONDARY SEQUENCE DIFFERENT FROM THE ACTUAL SEQUENCE FOR CHAIN Q THE SEQUENCE IS BASED ON X00525 IN GB. THE SEQUENCE MAY BE AMBIGUOUS. IT COULD BE ES19. INSERTION POINTS FOR ES31 AND ES19 ARE VERY CLOSE. THIS REGION IN ES31 WAS MODELED FROM A MOUSE SEQUENCE AS THE LONGER LENGTH OF THE HELIX IN MOUSE COMPARED TO HUMAN WAS CONSISTENT WITH THE FIT IN THE VOLUME. FOR CHAIN V BASED ON INSERTION POINT THIS COULD BE ANOTHER PART OF ES9 FOR CHAIN W BASED ON INSERTION POINT THIS COULD BE ES10 FOR CHAIN X RNA HELICES FROM H.MARISMORTUI PDB ENTRY 1S72, X71800 IN GB, MODELED INTO THE VOLUME FOR CHAIN Y THE SEQUENCE IS BASED ON AF034620 IN GB. FOR CHAIN Z THE SEQUENCE IS BASED ON D10620 IN GB. THIS IS T-RNA FROM T.THERMOPHILUS MOREOVER, THE COMPLETED PROTEIN SEQUENCES OF CANIS FAMILIARIS WERE NOT AVAILABLE AT THE TIME WHEN THE DEPOSITORS DID THIS MODELING. THEY USED HOMOLOGY MODELING PROGRAM TO DETERMINE MAMMALIAN MODELS OF THE PROTEINS AND FIT THEM INTO THEIR EM MAP. THE REFERENCE USED FOR THE PROTEIN CHAINS ARE LISTED AS BELOW; CHAIN ID DATABASE REFERENCE A(LOWER) RL8_HUMAN P62917 B(LOWER) RL3_BOVIN P39872 C(LOWER) RL4_CANFA Q28346 D(LOWER) RL11_HUMAN P62913 E(LOWER) RL9_HUMAN P32969 F(LOWER) RL7A_MOUSE P12970 G(LOWER) RLA0_HUMAN P05388 H(LOWER) RL10_BOVIN Q9XSI3 I(LOWER) RL12_HUMAN P30050 J(LOWER) RL13A_HUMAN P40429 K(LOWER) RL23_HUMAN P62829 L(LOWER) RL27A_HUMAN P46776 M(LOWER) RL15_HUMAN P61313 N(LOWER) RL5_HUMAN P46777 O(LOWER) RL18_MOUSE P35980 P(LOWER) RL19_HUMAN P84098 7 RL19_HUMAN P84098 Q(LOWER) RL21_MOUSE O09167 R(LOWER) RL17_HUMAN P18621 S(LOWER) RL23A_HUMAN P62750 T(LOWER) RL26_HUMAN P61254 U(LOWER) RL24_HUMAN P83731 V(LOWER) RL35_HUMAN P42766 8 RL35_HUMAN P42766 W(LOWER) RL7_MOUSE P14148 X(LOWER) RL31_HUMAN P62899 Y(LOWER) RL32_HUMAN P62910 9 RL32_HUMAN P62910 Z(LOWER) RL37A_HUMAN P61513 2 RL37_HUMAN P61927 3 RL39_HUMAN P62891 4 RL36A_HUMAN P83881 5 RL1_HALMA P12738 6 RL30_HUMAN P62888 FOR CHAIN 8 EXTENSION OF THE L35 AS SEEN IN THE VOLUME NOT BASED ON THE SECONDARY SEQUENCE INFORMATION. FOR CHAIN 9 EXTENSION OF THE L32 AS SEEN IN THE VOLUME NOT BASED ON THE SECONDARY SEQUENCE INFORMATION. FOR CHAIN 61 THIS SEQUENCE IS L1P PROTEIN IN H.MARISMORTUI SINCE THE MAMMALIAN L10A SEQUENCE SHARES LOW SEQUENCE HOMOLOGY WITH THE L1P SEQUENCE. THE FIT IN THE VOLUME HOWEVER IS VERY GOOD INDICATING HIGH STRUCTURAL HOMOLOGY. ; # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 2ZKR _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'Rigid body' _em_3d_fitting.target_criteria ;Rigid body fitting and best visual fit using the program O for RNA. For the proteins DOPE score and other statistical techniques were used to evaluate the best fold and a local exhaustive exploration of Euler angles was used to evaluate the best fit into the density. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.details ? # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id '1S72,2J02,2J03,1vq8,1rkg,1yhq,1ffk,1jj2,1mzp,1nkw,1hc8,1zwz, 2h8w,1sqr,2ayz' _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 2ZKR _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method 'projection matching' _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size 2.73 _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size 2.73 _em_3d_reconstruction.resolution 8.7 _em_3d_reconstruction.magnification_calibration 'Used the 4.6A spacing of vermiculite as a standard' _em_3d_reconstruction.details 'Refinements done in EMAN' _em_3d_reconstruction.resolution_method ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles ? _em_3d_reconstruction.symmetry_type ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id ? _em_buffer.name '30mM Hepes, 50mM KAc, 10mM Mg acetate, 1.5% digitonin' _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.details ? # _em_image_scans.entry_id 2ZKR _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.entry_id 2ZKR _em_imaging.id 1 _em_imaging.date 2002-04-01 _em_imaging.temperature 93 _em_imaging.microscope_model TF20 _em_imaging.nominal_defocus_min 1100 _em_imaging.nominal_defocus_max 4400 _em_imaging.tilt_angle_min 0 _em_imaging.tilt_angle_max 0 _em_imaging.nominal_cs 2 _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.nominal_magnification 50000 _em_imaging.calibrated_magnification 51000 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.details ? _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.details 'thin carbon film on copper 400 mesh grids' _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.specimen_id 1 # _em_vitrification.entry_id 2ZKR _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.details 'plunge freezing with a custom apparatus at 4C and RH greater than 90 percent' _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.cryogen_name ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 2ZKR _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.id 1 _em_experiment.entity_assembly_id 1 _em_experiment.aggregation_state ? # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 P 0 C 4684 ? ? 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CG b LYS 126 ? ? 0.92 26 1 P 0 C 4684 ? ? C b THR 100 ? ? 0.96 27 1 P 0 A 368 ? ? CZ c ARG 96 ? ? 0.97 28 1 P 0 A 4322 ? ? CB 4 TYR 34 ? ? 0.97 29 1 P Y G 47 ? ? NZ n LYS 196 ? ? 0.98 30 1 P 0 G 1842 ? ? CB h ALA 117 ? ? 0.99 31 1 P 0 U 4189 ? ? NE 4 ARG 87 ? ? 1.01 32 1 P 0 C 323 ? ? NE m ARG 169 ? ? 1.04 33 1 N a THR 84 ? ? NZ z LYS 62 ? ? 1.05 34 1 P 0 G 430 ? ? NH1 y ARG 16 ? ? 1.09 35 1 CB n LYS 40 ? ? O q GLN 68 ? ? 1.10 36 1 P 0 C 124 ? ? CG m LYS 140 ? ? 1.10 37 1 P 0 A 62 ? ? NH2 m ARG 172 ? ? 1.10 38 1 P Y U 122 ? ? NE2 n HIS 80 ? ? 1.12 39 1 O n SER 186 ? ? CE n MET 199 ? ? 1.12 40 1 P 0 U 1299 ? ? CE1 l HIS 25 ? ? 1.14 41 1 NZ n LYS 42 ? ? CA q ILE 32 ? ? 1.18 42 1 CD n LYS 42 ? ? CG2 q ILE 32 ? ? 1.18 43 1 CA n SER 186 ? ? CG n MET 199 ? ? 1.20 44 1 P 0 A 1334 ? ? OD1 o ASP 87 ? ? 1.20 45 1 P X G 711 ? ? NE o ARG 133 ? ? 1.20 46 1 CE n LYS 42 ? ? CB q ILE 32 ? ? 1.21 47 1 OH n TYR 182 ? ? CD1 n ILE 198 ? ? 1.21 48 1 NH2 n ARG 14 ? ? C q PHE 18 ? ? 1.21 49 1 P 0 G 22 ? ? NE 2 ARG 43 ? ? 1.23 50 1 P Y A 49 ? ? N n LYS 219 ? ? 1.23 51 1 P 0 G 4182 ? ? NE h ARG 115 ? ? 1.25 52 1 P 0 A 1816 ? ? CZ2 w TRP 231 ? ? 1.25 53 1 O p GLU 191 ? ? N 7 ARG 192 ? ? 1.26 54 1 P 0 G 1843 ? ? ND2 h ASN 99 ? ? 1.26 55 1 P 0 G 1606 ? ? CZ a ARG 9 ? ? 1.28 56 1 P 0 G 4941 ? ? OE1 b GLN 174 ? ? 1.28 57 1 OD2 n ASP 39 ? ? CE1 q HIS 69 ? ? 1.28 58 1 P 0 A 4549 ? ? CA b PRO 8 ? ? 1.29 59 1 P Y U 122 ? ? CD2 n HIS 80 ? ? 1.30 60 1 O n GLU 185 ? ? CB n MET 199 ? ? 1.31 61 1 P 0 A 4923 ? ? CD2 b PHE 129 ? ? 1.31 62 1 P 0 C 4450 ? ? O b SER 6 ? ? 1.32 63 1 P 0 C 4924 ? ? CD b LYS 126 ? ? 1.32 64 1 P 0 G 1855 ? ? ND2 w ASN 121 ? ? 1.32 65 1 P X A 721 ? ? CB o LYS 70 ? ? 1.32 66 1 P 0 G 3866 ? ? CE b LYS 249 ? ? 1.33 67 1 P 0 C 323 ? ? CZ m ARG 169 ? ? 1.33 68 1 P 0 U 4956 ? ? CB b PRO 315 ? ? 1.35 69 1 CB n LYS 40 ? ? C q GLN 68 ? ? 1.36 70 1 P 0 A 64 ? ? C m LYS 176 ? ? 1.37 71 1 CA n LYS 40 ? ? O q HIS 69 ? ? 1.37 72 1 P 0 A 64 ? ? N m GLY 177 ? ? 1.37 73 1 CE1 a HIS 83 ? ? CG z LYS 62 ? ? 1.38 74 1 P 0 G 3584 ? ? NH2 u ARG 44 ? ? 1.38 75 1 CD2 a LEU 180 ? ? CD z LYS 13 ? ? 1.38 76 1 CG n LYS 40 ? ? C q GLN 68 ? ? 1.39 77 1 ND1 a HIS 83 ? ? CE z LYS 62 ? ? 1.39 78 1 CG n LYS 40 ? ? O q GLN 68 ? ? 1.39 79 1 P 0 C 2323 ? ? NZ y LYS 30 ? ? 1.40 80 1 P 0 C 4924 ? ? CB b LYS 126 ? ? 1.40 81 1 P 0 G 4487 ? ? NZ b LYS 242 ? ? 1.40 82 1 CE n LYS 40 ? ? O q ALA 70 ? ? 1.42 83 1 P 0 A 62 ? ? CZ m ARG 172 ? ? 1.43 84 1 CA a THR 84 ? ? NZ z LYS 62 ? ? 1.43 85 1 OD1 n ASP 39 ? ? CG q HIS 69 ? ? 1.44 86 1 P 0 G 3939 ? ? CZ 5 ARG 152 ? ? 1.45 87 1 P 0 G 1843 ? ? OD1 h ASN 99 ? ? 1.46 88 1 P 0 G 1843 ? ? CB h ASN 99 ? ? 1.46 89 1 P 0 A 64 ? ? O m LYS 176 ? ? 1.47 90 1 P 0 G 4145 ? ? CA a GLY 2 ? ? 1.48 91 1 P X G 711 ? ? CG o ARG 133 ? ? 1.48 92 1 P Y G 27 ? ? OD1 n ASN 56 ? ? 1.49 93 1 P 0 G 2639 ? ? NE2 p HIS 118 ? ? 1.49 94 1 NE2 n GLN 38 ? ? O q TYR 29 ? ? 1.51 95 1 NH1 n ARG 14 ? ? N q ARG 19 ? ? 1.51 96 1 P X C 1565 ? ? NH2 p ARG 64 ? ? 1.51 97 1 CA n LYS 40 ? ? C q HIS 69 ? ? 1.52 98 1 P 0 G 3939 ? ? NH1 5 ARG 152 ? ? 1.53 99 1 P 0 U 4170 ? ? NH2 q ARG 11 ? ? 1.54 100 1 P 0 A 64 ? ? CA m GLY 177 ? ? 1.54 101 1 NH2 n ARG 14 ? ? O q PHE 18 ? ? 1.55 102 1 CG n LYS 42 ? ? CD1 q ILE 32 ? ? 1.56 103 1 C y LYS 67 ? ? N 9 HIS 68 ? ? 1.56 104 1 P 0 G 1633 ? ? CB l HIS 28 ? ? 1.56 105 1 P 0 G 2639 ? ? CE1 p HIS 118 ? ? 1.56 106 1 P Y G 48 ? ? CA n ASP 216 ? ? 1.57 107 1 P 0 C 123 ? ? CB m ARG 144 ? ? 1.58 108 1 P 0 U 4956 ? ? N b PRO 315 ? ? 1.58 109 1 P Y G 27 ? ? CG n ASN 56 ? ? 1.59 110 1 P 0 U 3937 ? ? OE2 5 GLU 155 ? ? 1.59 111 1 P 0 U 4540 ? ? CE b LYS 27 ? ? 1.59 112 1 P 0 G 91 ? ? NE2 4 GLN 45 ? ? 1.59 113 1 P 0 G 4182 ? ? CD h ARG 115 ? ? 1.59 114 1 P 0 A 4677 ? ? CA b PHE 15 ? ? 1.59 115 1 P 0 U 4402 ? ? O h ALA 105 ? ? 1.59 116 1 CD n LYS 40 ? ? N q ALA 70 ? ? 1.59 117 1 P 0 U 3648 ? ? CG1 a VAL 20 ? ? 1.60 118 1 CB n LYS 40 ? ? N q HIS 69 ? ? 1.60 119 1 P 0 G 63 ? ? CB m LEU 174 ? ? 1.61 120 1 CA n LYS 40 ? ? CA q HIS 69 ? ? 1.62 121 1 OD1 n ASP 39 ? ? CB q HIS 69 ? ? 1.62 122 1 OD2 n ASP 39 ? ? ND1 q HIS 69 ? ? 1.62 123 1 C n SER 186 ? ? SD n MET 199 ? ? 1.63 124 1 P 0 U 4189 ? ? CZ 4 ARG 87 ? ? 1.63 125 1 NE2 n GLN 38 ? ? CA q MET 30 ? ? 1.64 126 1 P 0 C 323 ? ? NH2 m ARG 169 ? ? 1.64 127 1 P 0 G 429 ? ? CD y LYS 18 ? ? 1.65 128 1 CB n LYS 40 ? ? CA q HIS 69 ? ? 1.65 129 1 CG n ASP 39 ? ? CG q HIS 69 ? ? 1.65 130 1 CG2 y THR 66 ? ? CE 9 MET 69 ? ? 1.65 131 1 P Y A 16 ? ? O d THR 148 ? ? 1.67 132 1 P 0 U 1599 ? ? NE2 2 GLN 30 ? ? 1.67 133 1 P 1 A 63 ? ? NH1 v ARG 51 ? ? 1.67 134 1 CE n LYS 40 ? ? O q THR 67 ? ? 1.67 135 1 P 0 G 322 ? ? CA m SER 166 ? ? 1.69 136 1 CD2 a HIS 83 ? ? CG2 z VAL 64 ? ? 1.69 137 1 P 0 G 285 ? ? NH2 4 ARG 43 ? ? 1.69 138 1 P 0 A 4329 ? ? CE 4 MET 82 ? ? 1.70 139 1 P 0 C 4676 ? ? CZ b PHE 15 ? ? 1.71 140 1 NH2 n ARG 14 ? ? CA q PHE 18 ? ? 1.71 141 1 NZ n LYS 40 ? ? O q ALA 70 ? ? 1.71 142 1 CG a LEU 180 ? ? CG z LYS 13 ? ? 1.72 143 1 OD2 n ASP 39 ? ? 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