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THR n 1 669 VAL n 1 670 GLY n 1 671 ASN n 1 672 GLY n 1 673 VAL n 1 674 GLY n 1 675 PHE n 1 676 PHE n 1 677 LEU n 1 678 ARG n 1 679 PRO n 1 680 TYR n 1 681 ASN n 1 682 PHE n 1 683 PHE n 1 684 ASP n 1 685 GLU n 1 686 ASP n 1 687 PRO n 1 688 SER n 1 689 PHE n 1 690 TYR n 1 691 SER n 1 692 ALA n 1 693 ASP n 1 694 SER n 1 695 ILE n 1 696 TYR n 1 697 PHE n 1 698 ARG n 1 699 GLY n 1 700 ASP n 1 701 GLN n 1 702 ASP n 1 703 ALA n 1 704 GLY n 1 705 ALA n 1 706 CYS n 1 707 GLU n 1 708 VAL n 1 709 ASN n 1 710 PRO n 1 711 LEU n 1 712 ALA n 1 713 CYS n 1 714 LEU n 1 715 PRO n 1 716 GLN n 1 717 ALA n 1 718 ALA n 1 719 ALA n 1 720 CYS n 1 721 ALA n 1 722 PRO n 1 723 ASP n 1 724 LEU n 1 725 PRO n 1 726 ALA n 1 727 PHE n 1 728 SER n 1 729 HIS n 1 730 GLY n 1 731 GLY n 1 732 PHE n 1 733 SER n 1 734 HIS n 1 735 ASN n # _entity_src_gen.entity_id 1 _entity_src_gen.pdbx_src_id 1 _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag sample _entity_src_gen.pdbx_seq_type ? _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num ? 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_organ ? _entity_src_gen.host_org_species ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line HEK293 _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type ? _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector ? _entity_src_gen.host_org_details ? _entity_src_gen.expression_system_id ? _entity_src_gen.plasmid_name ? _entity_src_gen.plasmid_details ? _entity_src_gen.pdbx_description ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code AOC3_HUMAN _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ? _struct_ref.pdbx_align_begin ? _struct_ref.pdbx_db_accession Q16853 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 2C11 A 1 ? 735 ? Q16853 29 ? 763 ? 29 763 2 1 2C11 B 1 ? 735 ? Q16853 29 ? 763 ? 29 763 3 1 2C11 C 1 ? 735 ? Q16853 29 ? 763 ? 29 763 4 1 2C11 D 1 ? 735 ? Q16853 29 ? 763 ? 29 763 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose ? 'C6 H12 O6' 180.156 CA non-polymer . 'CALCIUM ION' ? 'Ca 2' 40.078 CL non-polymer . 'CHLORIDE ION' ? 'Cl -1' 35.453 CU non-polymer . 'COPPER (II) ION' ? 'Cu 2' 63.546 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 FUC 'L-saccharide, alpha linking' . alpha-L-fucopyranose ? 'C6 H12 O5' 164.156 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose ? 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ? 'C8 H15 N O6' 221.208 PAQ 'L-peptide linking' n '2-OXY-4-HYDROXY-5-(2-HYDRAZINOPYRIDINE)PHENYLALANINE' ? 'C14 H16 N4 O4' 304.301 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 2C11 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 2.90 _exptl_crystal.density_percent_sol 57.27 _exptl_crystal.description 'THE DATA IS TWINNED AND THE ESTIMATED TWINNING FRACTION IS 0.28.' _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 288 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH ? _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;THE PROTEIN WAS CRYSTALLISED IN 0.1 M KBR, 0.1 M ACETATE PH5, 38 % PEG1000 AT 288 K. THE CRYSTALS WERE SOAKED FOR FIVE DAYS IN 40 % PEG1000, 0.1 M ACETATE PH 5, 80 MM KBR, 5 MM CUCL2, 8 MM 2-HYDRAZINOPYRIDINE. ; # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100.0 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment ? # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC CCD' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2004-05-14 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.934 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'ESRF BEAMLINE ID14-1' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ESRF _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ID14-1 _diffrn_source.pdbx_wavelength 0.934 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.entry_id 2C11 _reflns.observed_criterion_sigma_I 2.000 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 83.300 _reflns.d_resolution_high 2.900 _reflns.number_obs 72802 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 94.6 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.16000 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 12.4000 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 70 _reflns.pdbx_redundancy 4.700 _reflns.pdbx_CC_half ? _reflns.pdbx_Rpim_I_all ? _reflns.pdbx_Rrim_I_all ? # _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.d_res_high 2.90 _reflns_shell.d_res_low 3.10 _reflns_shell.percent_possible_all 90.6 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.46000 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 2.000 _reflns_shell.pdbx_redundancy 3.10 _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_CC_half ? _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all ? _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all ? # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 2C11 _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs 69804 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 20.0 _refine.ls_d_res_high 2.90 _refine.ls_percent_reflns_obs 90.7 _refine.ls_R_factor_obs 0.215 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.215 _refine.ls_R_factor_R_free 0.276 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 4.4 _refine.ls_number_reflns_R_free 3370 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean 60 _refine.aniso_B[1][1] -18.55 _refine.aniso_B[2][2] -18.55 _refine.aniso_B[3][3] 37.11 _refine.aniso_B[1][2] 0.00 _refine.aniso_B[1][3] 0.00 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ;THE LAST REFINEMENT ROUND WAS DONE AGAINST ALL DATA. THE DATA IS TWINNED AND HAS BEEN REFINED USING THE TWIN-REFINEMENT MODULE AND AN ESTIMATED TWINNING FRACTION OF 0.28. ; _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'TWIN LEAST SQUARES' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details 'RANDOM, BUT PAIRS OF TWIN RELATED REFLECTIONS ARE IN THE SAME SET' _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 21360 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 498 _refine_hist.number_atoms_solvent 59 _refine_hist.number_atoms_total 21917 _refine_hist.d_res_high 2.90 _refine_hist.d_res_low 20.0 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_bond_d 0.009 ? ? ? 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 8 _refine_ls_shell.d_res_high 2.90 _refine_ls_shell.d_res_low 3.03 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work ? _refine_ls_shell.R_factor_R_work ? _refine_ls_shell.percent_reflns_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.R_factor_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.details _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] 1 given ? 0.470529 0.882376 -0.003873 0.882372 -0.470541 -0.003200 -0.004646 -0.001911 -0.999987 -22.20080 37.01720 15.73120 2 given ? -0.002399 0.999969 -0.007532 0.999996 0.002389 -0.001343 -0.001325 -0.007535 -0.999971 -63.29480 -64.14380 8.70530 3 given ? 0.879452 0.475946 -0.006291 -0.475949 0.879472 0.001105 0.006058 0.002023 0.999980 -108.68440 11.84170 6.84210 # _struct.entry_id 2C11 _struct.title 'Crystal structure of the 2-hydrazinopyridine of semicarbazide- sensitive amine oxidase' _struct.pdbx_descriptor 'MEMBRANE COPPER AMINE OXIDASE (E.C.1.4.3.6)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2C11 _struct_keywords.pdbx_keywords OXIDOREDUCTASE _struct_keywords.text ;OXIDOREDUCTASE, ADHESION PROTEIN-1, 2-HYDROXYPYRIDINE, METAL-BINDING, CELL ADHESION, GLYCOPROTEIN, SIGNAL-ANCHOR, TPQ, TRANSMEMBRANE ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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PB N N 11 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 SER A 36 ? LEU A 51 ? SER A 64 LEU A 79 1 ? 16 HELX_P HELX_P2 2 PRO A 77 ? ASP A 86 ? PRO A 105 ASP A 114 1 ? 10 HELX_P HELX_P3 3 VAL A 127 ? GLY A 133 ? VAL A 155 GLY A 161 1 ? 7 HELX_P HELX_P4 4 TYR A 138 ? ARG A 141 ? TYR A 166 ARG A 169 5 ? 4 HELX_P HELX_P5 5 LEU A 144 ? ASN A 157 ? LEU A 172 ASN A 185 1 ? 14 HELX_P HELX_P6 6 GLU A 159 ? GLN A 162 ? 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N-Glycosylation covale10 covale both ? B ASN 442 C ? ? ? 1_555 B PAQ 443 N ? ? B ASN 470 B PAQ 471 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? ? covale11 covale both ? B PAQ 443 C ? ? ? 1_555 B ASP 444 N ? ? B PAQ 471 B ASP 472 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? ? covale12 covale one ? B ASN 564 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? B ASN 592 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? B ASN 638 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? B ASN 666 B NAG 1738 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? C ASN 109 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? C ASN 137 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? C ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? C ASN 232 C NAG 1735 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? C ASN 266 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? C ASN 294 C NAG 1736 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? N-Glycosylation covale17 covale both ? C ASN 442 C ? ? ? 1_555 C PAQ 443 N ? ? C ASN 470 C PAQ 471 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? ? covale18 covale both ? C PAQ 443 C ? ? ? 1_555 C ASP 444 N ? ? C PAQ 471 C ASP 472 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? ? covale19 covale one ? C ASN 564 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? C ASN 592 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? D ASN 109 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? D ASN 137 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? D ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? D ASN 232 D NAG 1735 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? D ASN 266 ND2 ? ? ? 1_555 AB NAG . C1 ? ? D ASN 294 D NAG 1736 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? N-Glycosylation covale23 covale both ? D ASN 442 C ? ? ? 1_555 D PAQ 443 N ? ? D ASN 470 D PAQ 471 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? ? covale24 covale both ? D PAQ 443 C ? ? ? 1_555 D ASP 444 N ? ? D PAQ 471 D ASP 472 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? ? covale25 covale one ? D ASN 564 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? D ASN 592 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? D ASN 638 ND2 ? ? ? 1_555 BB NAG . C1 ? ? D ASN 666 D NAG 1738 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.460 ? N-Glycosylation covale27 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.384 ? ? covale28 covale one ? F NAG . O6 ? ? ? 1_555 F FUC . C1 ? ? F NAG 1 F FUC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.394 ? ? covale29 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.396 ? ? covale30 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G BMA . C1 ? ? G NAG 2 G BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.409 ? ? covale31 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.400 ? ? covale32 covale one ? H NAG . O6 ? ? ? 1_555 H FUC . C1 ? ? H NAG 1 H FUC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.394 ? ? covale33 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H BMA . C1 ? ? H NAG 2 H BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.386 ? ? covale34 covale one ? H BMA . O3 ? ? ? 1_555 H MAN . C1 ? ? H BMA 3 H MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.411 ? ? covale35 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.390 ? ? covale36 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.390 ? ? covale37 covale one ? J NAG . O6 ? ? ? 1_555 J FUC . C1 ? ? J NAG 1 J FUC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.397 ? ? covale38 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.380 ? ? covale39 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.400 ? ? covale40 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.405 ? ? covale41 covale one ? L NAG . O6 ? ? ? 1_555 L FUC . C1 ? ? L NAG 1 L FUC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.395 ? ? covale42 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L BMA . C1 ? ? L NAG 2 L BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.391 ? ? covale43 covale one ? L BMA . O3 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? L BMA 3 L MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.416 ? ? metalc1 metalc ? ? A HIS 84 NE2 ? ? ? 1_555 S CU . CU ? ? A HIS 112 A CU 1740 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? ? metalc2 metalc ? ? A HIS 132 NE2 ? ? ? 1_555 T CU . CU ? ? A HIS 160 A CU 1741 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? ? metalc3 metalc ? ? A HIS 139 ND1 ? ? ? 1_555 U CU . CU ? ? A HIS 167 A CU 1742 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? ? metalc4 metalc ? ? A HIS 386 NE2 ? ? ? 1_555 V CU . CU ? ? A HIS 414 A CU 1743 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? ? metalc5 metalc ? ? A HIS 416 NE2 ? ? ? 1_555 W CU . CU ? ? A HIS 444 A CU 1744 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? ? metalc6 metalc ? ? A ASP 418 OD1 ? ? ? 1_555 W CU . CU ? ? A ASP 446 A CU 1744 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? ? metalc7 metalc ? ? A HIS 492 NE2 ? ? ? 1_555 P CU . CU ? ? A HIS 520 A CU 1737 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? ? metalc8 metalc ? ? A HIS 494 NE2 ? ? ? 1_555 P CU . CU ? ? A HIS 522 A CU 1737 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? ? metalc9 metalc ? ? A ASP 501 OD1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? A ASP 529 A CA 1736 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? ? metalc10 metalc ? ? A LEU 502 O ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? A LEU 530 A CA 1736 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? metalc11 metalc ? ? A ASP 503 OD1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? A ASP 531 A CA 1736 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? ? metalc12 metalc ? ? A GLU 544 OE1 ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? A GLU 572 A CA 1738 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? ? metalc13 metalc ? ? A GLU 544 OE2 ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? A GLU 572 A CA 1738 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? ? metalc14 metalc ? ? A LYS 610 NZ ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? A LYS 638 A CA 1738 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.761 ? ? metalc15 metalc ? ? A PHE 635 O ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? A PHE 663 A CA 1738 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.013 ? ? metalc16 metalc ? ? A ASN 637 OD1 ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? A ASN 665 A CA 1738 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? ? metalc17 metalc ? ? A GLU 639 OE2 ? ? ? 1_555 Q CA . CA ? ? A GLU 667 A CA 1738 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.185 ? ? metalc18 metalc ? ? A ASP 645 OD1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? 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ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 12 C ASN 266 C ASN 294 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 13 C ASN 564 C ASN 592 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 14 D ASN 109 D ASN 137 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 15 D ASN 204 D ASN 232 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 16 D ASN 266 D ASN 294 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 17 D ASN 564 D ASN 592 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 18 D ASN 638 D ASN 666 ? ASN 'GLYCOSYLATION SITE' 19 A PAQ 443 A PAQ 471 ? TYR ? 20 B PAQ 443 B PAQ 471 ? TYR ? 21 C PAQ 443 C PAQ 471 ? TYR ? 22 D PAQ 443 D PAQ 471 ? TYR ? # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 2 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,E,F,G,H,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MB,NB 2 1 C,D,I,J,K,L,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,OB,PB # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 21250 ? 1 MORE -203.5 ? 1 'SSA (A^2)' 45110 ? 2 'ABSA (A^2)' 21560 ? 2 MORE -211.2 ? 2 'SSA (A^2)' 45130 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 NE2 ? A HIS 416 ? A HIS 444 ? 1_555 CU ? W CU . ? A CU 1744 ? 1_555 OD1 ? A ASP 418 ? A ASP 446 ? 1_555 113.3 ? 2 NE2 ? A HIS 492 ? A HIS 520 ? 1_555 CU ? P CU . ? A CU 1737 ? 1_555 NE2 ? A HIS 494 ? A HIS 522 ? 1_555 86.0 ? 3 NE2 ? A HIS 492 ? A HIS 520 ? 1_555 CU ? P CU . ? A CU 1737 ? 1_555 ND1 ? A HIS 656 ? A HIS 684 ? 1_555 84.1 ? 4 NE2 ? A HIS 494 ? A HIS 522 ? 1_555 CU ? P CU . ? A CU 1737 ? 1_555 ND1 ? A HIS 656 ? A HIS 684 ? 1_555 155.0 ? 5 NE2 ? A HIS 492 ? A HIS 520 ? 1_555 CU ? P CU . ? A CU 1737 ? 1_555 O ? MB HOH . ? A HOH 2018 ? 1_555 124.3 ? 6 NE2 ? A HIS 494 ? A HIS 522 ? 1_555 CU ? P CU . ? A CU 1737 ? 1_555 O ? MB HOH . ? A HOH 2018 ? 1_555 103.8 ? 7 ND1 ? A HIS 656 ? A HIS 684 ? 1_555 CU ? P CU . ? A CU 1737 ? 1_555 O ? MB HOH . ? A HOH 2018 ? 1_555 100.7 ? 8 OD1 ? A ASP 501 ? A ASP 529 ? 1_555 CA ? O CA . ? A CA 1736 ? 1_555 O ? A LEU 502 ? A LEU 530 ? 1_555 88.8 ? 9 OD1 ? A ASP 501 ? A ASP 529 ? 1_555 CA ? O CA . ? A CA 1736 ? 1_555 OD1 ? A ASP 503 ? A ASP 531 ? 1_555 95.7 ? 10 O ? A LEU 502 ? A LEU 530 ? 1_555 CA ? O CA . ? A CA 1736 ? 1_555 OD1 ? A ASP 503 ? A ASP 531 ? 1_555 73.0 ? 11 OD1 ? A ASP 501 ? A ASP 529 ? 1_555 CA ? O CA . ? A CA 1736 ? 1_555 OD1 ? A ASP 645 ? A ASP 673 ? 1_555 96.2 ? 12 O ? A LEU 502 ? A LEU 530 ? 1_555 CA ? O CA . ? A CA 1736 ? 1_555 OD1 ? A ASP 645 ? A ASP 673 ? 1_555 148.8 ? 13 OD1 ? A ASP 503 ? A ASP 531 ? 1_555 CA ? O CA . ? A CA 1736 ? 1_555 OD1 ? A ASP 645 ? A ASP 673 ? 1_555 75.8 ? 14 OD1 ? A ASP 501 ? A ASP 529 ? 1_555 CA ? O CA . ? A CA 1736 ? 1_555 O ? A LEU 646 ? A LEU 674 ? 1_555 66.5 ? 15 O ? A LEU 502 ? A LEU 530 ? 1_555 CA ? O CA . ? A CA 1736 ? 1_555 O ? A LEU 646 ? A LEU 674 ? 1_555 100.0 ? 16 OD1 ? A ASP 503 ? A ASP 531 ? 1_555 CA ? O CA . ? A CA 1736 ? 1_555 O ? A LEU 646 ? A LEU 674 ? 1_555 161.3 ? 17 OD1 ? A ASP 645 ? A ASP 673 ? 1_555 CA ? O CA . ? A CA 1736 ? 1_555 O ? A LEU 646 ? A LEU 674 ? 1_555 110.3 ? 18 OE1 ? A GLU 544 ? A GLU 572 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 OE2 ? A GLU 544 ? A GLU 572 ? 1_555 51.8 ? 19 OE1 ? A GLU 544 ? A GLU 572 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 NZ ? A LYS 610 ? A LYS 638 ? 1_555 103.9 ? 20 OE2 ? A GLU 544 ? A GLU 572 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 NZ ? A LYS 610 ? A LYS 638 ? 1_555 155.4 ? 21 OE1 ? A GLU 544 ? A GLU 572 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 O ? A PHE 635 ? A PHE 663 ? 1_555 96.8 ? 22 OE2 ? A GLU 544 ? A GLU 572 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 O ? A PHE 635 ? A PHE 663 ? 1_555 56.1 ? 23 NZ ? A LYS 610 ? A LYS 638 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 O ? A PHE 635 ? A PHE 663 ? 1_555 142.0 ? 24 OE1 ? A GLU 544 ? A GLU 572 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 OD1 ? A ASN 637 ? A ASN 665 ? 1_555 101.8 ? 25 OE2 ? A GLU 544 ? A GLU 572 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 OD1 ? A ASN 637 ? A ASN 665 ? 1_555 64.2 ? 26 NZ ? A LYS 610 ? A LYS 638 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 OD1 ? A ASN 637 ? A ASN 665 ? 1_555 126.9 ? 27 O ? A PHE 635 ? A PHE 663 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 OD1 ? A ASN 637 ? A ASN 665 ? 1_555 77.9 ? 28 OE1 ? A GLU 544 ? A GLU 572 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 OE2 ? A GLU 639 ? A GLU 667 ? 1_555 79.5 ? 29 OE2 ? A GLU 544 ? A GLU 572 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 OE2 ? A GLU 639 ? A GLU 667 ? 1_555 114.6 ? 30 NZ ? A LYS 610 ? A LYS 638 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 OE2 ? A GLU 639 ? A GLU 667 ? 1_555 49.0 ? 31 O ? A PHE 635 ? A PHE 663 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 OE2 ? A GLU 639 ? A GLU 667 ? 1_555 168.8 ? 32 OD1 ? A ASN 637 ? A ASN 665 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 OE2 ? A GLU 639 ? A GLU 667 ? 1_555 92.4 ? 33 OE1 ? A GLU 544 ? A GLU 572 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 O ? MB HOH . ? A HOH 2014 ? 1_555 168.4 ? 34 OE2 ? A GLU 544 ? A GLU 572 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 O ? MB HOH . ? A HOH 2014 ? 1_555 120.5 ? 35 NZ ? A LYS 610 ? A LYS 638 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 O ? MB HOH . ? A HOH 2014 ? 1_555 84.0 ? 36 O ? A PHE 635 ? A PHE 663 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 O ? MB HOH . ? A HOH 2014 ? 1_555 72.0 ? 37 OD1 ? A ASN 637 ? A ASN 665 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 O ? MB HOH . ? A HOH 2014 ? 1_555 79.4 ? 38 OE2 ? A GLU 639 ? A GLU 667 ? 1_555 CA ? Q CA . ? A CA 1738 ? 1_555 O ? MB HOH . ? A HOH 2014 ? 1_555 112.1 ? 39 OE1 ? B GLU 112 ? B GLU 140 ? 1_555 CU ? GA CU . ? B CU 1745 ? 1_555 NE2 ? B HIS 132 ? B HIS 160 ? 1_555 93.4 ? 40 NE2 ? B HIS 416 ? B HIS 444 ? 1_555 CU ? JA CU . ? B CU 1748 ? 1_555 OD1 ? B ASP 418 ? B ASP 446 ? 1_555 102.5 ? 41 NE2 ? B HIS 492 ? B HIS 520 ? 1_555 CU ? DA CU . ? B CU 1742 ? 1_555 NE2 ? B HIS 494 ? B HIS 522 ? 1_555 90.0 ? 42 NE2 ? B HIS 492 ? B HIS 520 ? 1_555 CU ? DA CU . ? B CU 1742 ? 1_555 ND1 ? B HIS 656 ? B HIS 684 ? 1_555 92.9 ? 43 NE2 ? B HIS 494 ? B HIS 522 ? 1_555 CU ? DA CU . ? B CU 1742 ? 1_555 ND1 ? B HIS 656 ? B HIS 684 ? 1_555 119.3 ? 44 NE2 ? B HIS 492 ? B HIS 520 ? 1_555 CU ? DA CU . ? 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6 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id' 59 6 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id' 60 6 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id' 61 6 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id' 62 6 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id' 63 6 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id' 64 6 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id' 65 6 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id' 66 6 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id' 67 6 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id' 68 6 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id' 69 6 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id' 70 6 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id' 71 6 'Structure model' '_pdbx_struct_conn_angle.value' 72 6 'Structure model' '_pdbx_validate_chiral.auth_asym_id' 73 6 'Structure model' '_pdbx_validate_chiral.auth_seq_id' 74 6 'Structure model' '_struct_conn.conn_type_id' 75 6 'Structure model' '_struct_conn.id' 76 6 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_dist_value' 77 6 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag' 78 6 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_role' 79 6 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id' 80 6 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id' 81 6 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id' 82 6 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_asym_id' 83 6 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_atom_id' 84 6 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_comp_id' 85 6 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_seq_id' 86 6 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id' 87 6 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id' 88 6 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id' 89 6 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_asym_id' 90 6 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_atom_id' 91 6 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_comp_id' 92 6 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_seq_id' # loop_ _software.name _software.classification _software.version _software.citation_id _software.pdbx_ordinal _software.date _software.type _software.location _software.language CNS refinement 1.1 ? 1 ? ? ? ? MOSFLM 'data reduction' . ? 2 ? ? ? ? SCALA 'data scaling' . ? 3 ? ? ? ? CNS phasing . ? 4 ? ? ? ? # _pdbx_database_remark.id 700 _pdbx_database_remark.text ; SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. ; # _pdbx_entry_details.entry_id 2C11 _pdbx_entry_details.compound_details ;CELL ADHESION PROTEIN THAT IS INVOLVED IN THE BINDING OF LYMPHOCYTES TO PERIPHERAL LYMPH NODE VASCULAR ENDOTHELIAL CELLS. HAS A MONOAMINE OXIDASE ACTIVITY. ; _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 CA A LEU 59 ? ? CB A LEU 59 ? ? CG A LEU 59 ? ? 131.83 115.30 16.53 2.30 N 2 1 C A ASP 255 ? ? N A PRO 256 ? ? CA A PRO 256 ? ? 128.32 119.30 9.02 1.50 Y 3 1 C C GLY 80 ? ? N C PRO 81 ? ? CA C PRO 81 ? ? 129.22 119.30 9.92 1.50 Y 4 1 C C ASP 255 ? ? N C PRO 256 ? ? CA C PRO 256 ? ? 129.45 119.30 10.15 1.50 Y 5 1 C C TYR 317 ? ? N C PRO 318 ? ? CA C PRO 318 ? ? 128.52 119.30 9.22 1.50 Y 6 1 N D GLY 373 ? ? CA D GLY 373 ? ? C D GLY 373 ? ? 97.78 113.10 -15.32 2.50 N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ARG A 65 ? ? -18.83 -76.60 2 1 ALA A 89 ? ? -26.63 136.43 3 1 PRO A 91 ? ? -27.99 -59.57 4 1 SER A 92 ? ? -86.88 42.09 5 1 SER A 98 ? ? -172.33 143.52 6 1 LEU A 113 ? ? -29.96 -59.35 7 1 ARG A 115 ? ? -138.56 -60.09 8 1 SER A 117 ? ? -44.46 157.92 9 1 PRO A 145 ? ? -51.64 99.05 10 1 SER A 150 ? ? -134.36 -45.58 11 1 ILE A 183 ? ? -70.67 -71.95 12 1 ASN A 185 ? ? -95.14 39.33 13 1 ARG A 186 ? ? -173.61 -39.57 14 1 GLU A 187 ? ? -105.13 -60.89 15 1 GLN A 190 ? ? -59.16 -3.99 16 1 HIS A 197 ? ? -96.93 -81.43 17 1 PHE A 200 ? ? 46.34 15.33 18 1 TYR A 201 ? ? -58.63 96.96 19 1 HIS A 203 ? ? -53.11 -9.22 20 1 ARG A 206 ? ? 52.95 75.03 21 1 THR A 213 ? ? -129.85 -159.19 22 1 ALA A 214 ? ? 176.76 153.92 23 1 ARG A 223 ? ? -179.04 66.64 24 1 HIS A 251 ? ? -83.15 40.67 25 1 PRO A 256 ? ? -34.79 -26.06 26 1 GLN A 267 ? ? 26.02 50.62 27 1 LEU A 285 ? ? -106.65 41.82 28 1 PRO A 310 ? ? -35.26 129.95 29 1 PRO A 313 ? ? -56.19 170.04 30 1 PHE A 316 ? ? 168.01 142.10 31 1 ASP A 351 ? ? 42.12 70.92 32 1 MET A 380 ? ? -34.09 -22.01 33 1 VAL A 385 ? ? -105.44 69.35 34 1 ASP A 386 ? ? -38.46 -20.44 35 1 VAL A 402 ? ? -128.78 -67.92 36 1 GLU A 418 ? ? 40.47 29.32 37 1 ARG A 442 ? ? -174.64 130.27 38 1 TYR A 448 ? ? 72.77 -77.67 39 1 LEU A 455 ? ? -179.33 98.37 40 1 LEU A 469 ? ? 48.27 -101.29 41 1 THR A 477 ? ? -170.78 104.94 42 1 THR A 492 ? ? -139.62 -152.89 43 1 PHE A 501 ? ? 175.45 151.07 44 1 VAL A 532 ? ? -57.91 95.91 45 1 VAL A 545 ? ? 176.60 142.43 46 1 SER A 554 ? ? -160.67 67.27 47 1 LYS A 596 ? ? -45.77 -14.93 48 1 ALA A 611 ? ? -34.28 116.43 49 1 PRO A 616 ? ? -46.93 177.46 50 1 PHE A 625 ? ? -151.42 53.27 51 1 ARG A 637 ? ? -55.85 82.57 52 1 ILE A 669 ? ? -109.27 41.52 53 1 VAL A 697 ? ? -36.31 110.15 54 1 PHE A 703 ? ? 170.34 169.99 55 1 GLU A 713 ? ? 179.16 -179.77 56 1 PRO A 715 ? ? -57.28 -9.85 57 1 PHE A 725 ? ? 168.44 -176.95 58 1 GLN B 88 ? ? -150.46 37.41 59 1 ASP B 114 ? ? -106.75 -67.43 60 1 SER B 117 ? ? -39.88 158.50 61 1 PRO B 120 ? ? -67.11 -176.45 62 1 SER B 150 ? ? -153.18 -54.49 63 1 MET B 152 ? ? -177.98 145.75 64 1 ASN B 185 ? ? -93.83 -66.16 65 1 GLN B 190 ? ? -58.55 -6.70 66 1 HIS B 197 ? ? -86.28 -88.20 67 1 HIS B 203 ? ? -69.72 15.12 68 1 ARG B 223 ? ? -162.15 50.97 69 1 ASN B 232 ? ? -68.94 62.05 70 1 ALA B 236 ? ? 175.33 160.62 71 1 GLN B 267 ? ? 25.70 44.79 72 1 PRO B 308 ? ? -45.84 166.33 73 1 PRO B 313 ? ? -37.66 139.04 74 1 GLN B 326 ? ? -109.69 76.07 75 1 ASP B 351 ? ? 47.69 71.37 76 1 ALA B 370 ? ? -168.36 102.00 77 1 ALA B 378 ? ? -64.09 -74.38 78 1 MET B 380 ? ? -34.65 -31.09 79 1 ASP B 386 ? ? -28.74 -29.07 80 1 TYR B 406 ? ? -45.56 -19.88 81 1 SER B 419 ? ? 175.17 177.40 82 1 ARG B 442 ? ? -171.29 135.51 83 1 TYR B 448 ? ? 70.05 -41.42 84 1 LEU B 469 ? ? 59.61 -100.48 85 1 LYS B 506 ? ? -93.86 31.20 86 1 TYR B 507 ? ? -140.76 -6.12 87 1 HIS B 514 ? ? 59.95 4.98 88 1 ASP B 543 ? ? -152.17 -147.13 89 1 VAL B 545 ? ? 179.92 148.35 90 1 SER B 554 ? ? 171.85 62.50 91 1 PRO B 555 ? ? -53.49 -0.98 92 1 LYS B 596 ? ? -8.03 -40.87 93 1 ALA B 611 ? ? -32.57 130.64 94 1 PHE B 625 ? ? -149.68 58.13 95 1 GLU B 641 ? ? -145.91 55.63 96 1 ASP B 652 ? ? -150.10 82.33 97 1 ASN B 666 ? ? -55.68 101.80 98 1 GLU B 689 ? ? -68.46 22.00 99 1 GLU B 713 ? ? 175.79 157.51 100 1 ASP B 714 ? ? -55.60 99.19 101 1 TYR B 718 ? ? -87.13 33.66 102 1 ARG C 65 ? ? -16.66 -75.48 103 1 PRO C 81 ? ? -54.99 -75.58 104 1 ALA C 86 ? ? -37.91 -24.16 105 1 ALA C 89 ? ? -28.38 133.03 106 1 SER C 92 ? ? -92.58 50.92 107 1 ARG C 115 ? ? -131.35 -63.14 108 1 SER C 117 ? ? -46.34 157.80 109 1 ALA C 121 ? ? -52.10 109.81 110 1 SER C 150 ? ? -137.93 -39.11 111 1 GLU C 158 ? ? -48.50 -73.51 112 1 ARG C 159 ? ? -49.98 -77.76 113 1 ASN C 185 ? ? -93.69 31.85 114 1 ARG C 186 ? ? -168.15 -33.01 115 1 GLU C 187 ? ? -109.65 -61.79 116 1 HIS C 197 ? ? -99.68 -73.58 117 1 PHE C 200 ? ? 50.62 6.71 118 1 TYR C 201 ? ? -47.46 84.93 119 1 ARG C 206 ? ? 41.16 77.98 120 1 ARG C 223 ? ? -173.88 59.92 121 1 HIS C 251 ? ? -85.20 40.13 122 1 PRO C 256 ? ? -37.49 -27.68 123 1 GLN C 267 ? ? 30.30 53.21 124 1 ASN C 287 ? ? -69.38 97.11 125 1 PRO C 310 ? ? -32.51 136.87 126 1 PHE C 316 ? ? 172.25 144.78 127 1 GLN C 366 ? ? -133.35 -30.87 128 1 MET C 380 ? ? -31.93 -18.93 129 1 THR C 381 ? ? -142.34 27.39 130 1 VAL C 385 ? ? -106.74 71.39 131 1 ASP C 386 ? ? -37.60 -16.05 132 1 VAL C 402 ? ? -129.15 -71.83 133 1 GLU C 418 ? ? 34.67 31.44 134 1 ARG C 442 ? ? -175.89 118.94 135 1 TYR C 448 ? ? 70.22 -79.48 136 1 LEU C 455 ? ? -174.68 95.29 137 1 LEU C 469 ? ? 49.65 -98.15 138 1 THR C 492 ? ? -140.27 -156.99 139 1 PHE C 501 ? ? 172.56 148.69 140 1 HIS C 514 ? ? 58.63 12.60 141 1 VAL C 532 ? ? -58.47 95.02 142 1 VAL C 545 ? ? 172.95 141.64 143 1 SER C 554 ? ? -158.29 68.13 144 1 LYS C 596 ? 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D ASN 735 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero E 2 NAG 1 E NAG 1 A NAG 1730 n E 2 NAG 2 E NAG 2 A NAG 1731 n F 3 NAG 1 F NAG 1 A NAG 1732 n F 3 FUC 2 F FUC 2 A FUL 1733 n G 4 NAG 1 G NAG 1 B NAG 1730 n G 4 NAG 2 G NAG 2 B NAG 1731 n G 4 BMA 3 G BMA 3 B BMA 1737 n H 5 NAG 1 H NAG 1 B NDG 1732 n H 5 NAG 2 H NAG 2 B NAG 1733 n H 5 BMA 3 H BMA 3 B BMA 1739 n H 5 MAN 4 H MAN 4 B MAN 1740 n H 5 FUC 5 H FUC 5 B FUL 1734 n I 2 NAG 1 I NAG 1 C NAG 1730 n I 2 NAG 2 I NAG 2 C NAG 1731 n J 6 NAG 1 J NAG 1 C NAG 1732 n J 6 NAG 2 J NAG 2 C NAG 1733 n J 6 FUC 3 J FUC 3 C FUL 1734 n K 4 NAG 1 K NAG 1 D NAG 1730 n K 4 NAG 2 K NAG 2 D NAG 1731 n K 4 BMA 3 K BMA 3 D BMA 1737 n L 5 NAG 1 L NAG 1 D NDG 1732 n L 5 NAG 2 L NAG 2 D NAG 1733 n L 5 BMA 3 L BMA 3 D BMA 1739 n L 5 MAN 4 L MAN 4 D MAN 1740 n L 5 FUC 5 L FUC 5 D FUL 1734 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man FUC 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 LFucpa FUC 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-L-fucopyranose FUC 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-L-Fucp FUC 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Fuc MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 2 oligosaccharide 3 oligosaccharide 4 oligosaccharide 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 2 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 2 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 2 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 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# loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 2 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 3 2 FUC C1 O1 1 NAG O6 HO6 sing ? 3 4 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 4 4 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 5 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 6 5 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 7 5 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 8 5 5 FUC C1 O1 1 NAG O6 HO6 sing ? 9 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 10 6 3 FUC C1 O1 1 NAG O6 HO6 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 2 NAG 1 n 2 NAG 2 n 3 NAG 1 n 3 FUC 2 n 4 NAG 1 n 4 NAG 2 n 4 BMA 3 n 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 5 BMA 3 n 5 MAN 4 n 5 FUC 5 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 6 FUC 3 n # _pdbx_entity_instance_feature.ordinal 1 _pdbx_entity_instance_feature.comp_id PAQ _pdbx_entity_instance_feature.asym_id ? 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