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Brunger' axel.brunger@yale.edu refinement http://cns.csb.yale.edu/v1.1/ Fortran_77 ? 4 PDB_EXTRACT 1.701 'Nov. 1, 2005' package PDB sw-help@rcsb.rutgers.edu 'data extraction' http://pdb.rutgers.edu/software/ C++ ? 5 CNX 2005 ? ? ? ? refinement ? ? ? 6 # _cell.entry_id 2GM1 _cell.length_a 64.700 _cell.length_b 112.600 _cell.length_c 108.100 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 90.20 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.length_a_esd ? _cell.length_b_esd ? _cell.length_c_esd ? _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma_esd ? # _symmetry.entry_id 2GM1 _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? # _exptl.entry_id 2GM1 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 2.40 _exptl_crystal.density_percent_sol 48.69 _exptl_crystal.description ? 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The OXT was changed to N of the next residue by the wwPDB annotation staff. ; _refine.pdbx_starting_model 'EG5 TETRAMER' _refine.pdbx_method_to_determine_struct MR _refine.pdbx_isotropic_thermal_model RESTRAINED _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'Engh & Huber' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_analyze.entry_id 2GM1 _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.30 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs 0.21 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs 5.00 _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free 0.36 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free 0.26 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? _refine_analyze.number_disordered_residues ? _refine_analyze.occupancy_sum_hydrogen ? _refine_analyze.occupancy_sum_non_hydrogen ? _refine_analyze.pdbx_Luzzati_d_res_high_obs ? _refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 9947 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 260 _refine_hist.number_atoms_solvent 236 _refine_hist.number_atoms_total 10443 _refine_hist.d_res_high 2.30 _refine_hist.d_res_low 49.86 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function c_bond_d 0.007 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_bond_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_bond_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg 1.3 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d 21.6 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d 0.67 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcbond_it 1.40 1.50 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcangle_it 2.38 2.00 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scbond_it 2.03 2.00 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scangle_it 3.09 2.50 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight 1 ? 0.22 125. 3.05 2. . . 1 'X-RAY DIFFRACTION' 1 ? ? ? ? 2 ? 0.22 125. 3.05 2. . . 2 'X-RAY DIFFRACTION' 2 ? ? ? ? 3 ? 0.28 125. 2.47 2. . . 3 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ? ? ? ? 4 ? 0.38 125. 3.60 2. . . 4 'X-RAY DIFFRACTION' 4 ? ? ? ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 8 _refine_ls_shell.d_res_high 2.30 _refine_ls_shell.d_res_low 2.40 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 7286 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.251 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 86.0 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.3 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error 0.030 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 1.4 _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 101 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _pdbx_refine.entry_id 2GM1 _pdbx_refine.R_factor_all_no_cutoff 0.23 _pdbx_refine.R_factor_obs_no_cutoff 0.23 _pdbx_refine.free_R_factor_no_cutoff 0.269 _pdbx_refine.free_R_val_test_set_size_perc_no_cutoff 1.200 _pdbx_refine.free_R_val_test_set_ct_no_cutoff 821 _pdbx_refine.R_factor_all_4sig_cutoff ? _pdbx_refine.R_factor_obs_4sig_cutoff ? _pdbx_refine.free_R_factor_4sig_cutoff ? _pdbx_refine.free_R_val_test_set_size_perc_4sig_cutoff ? _pdbx_refine.free_R_val_test_set_ct_4sig_cutoff ? _pdbx_refine.number_reflns_obs_4sig_cutoff ? _pdbx_refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _pdbx_refine.free_R_error_no_cutoff ? # loop_ _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id 1 PROTEIN_REP.PARAM PROTEIN.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 2 WATER_REP.PARAM WATER.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ION.PARAM ION.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 4 2AZ.PAR ADP.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' 5 ADP.PAR 2AZ.TOP 'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 ? 1 2 ? 2 3 ? 3 4 ? 4 # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? # _database_PDB_matrix.entry_id 2GM1 _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.00000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.00000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 2GM1 _struct.title ;Crystal structure of the mitotic kinesin eg5 in complex with mg-adp and n-(3-aminopropyl)-n-((3-benzyl-5-chloro-4-oxo-3,4-dihydropyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-2-yl)(cyclopropyl)methyl)-4-methylbenzamide ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2GM1 _struct_keywords.text 'Eg5 Mg-ADP Complex Inhibitor, Cell Cycle' _struct_keywords.pdbx_keywords 'CELL CYCLE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 3 ? L N N 4 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 3 ? P N N 4 ? Q N N 2 ? R N N 2 ? S N N 3 ? T N N 4 ? U N N 5 ? V N N 5 ? W N N 5 ? X N N 5 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code KIF11_HUMAN _struct_ref.pdbx_db_accession P52732 _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_align_begin 1 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 2GM1 A 1 ? 368 ? P52732 1 ? 368 ? 1 368 2 1 2GM1 B 1 ? 368 ? P52732 1 ? 368 ? 1 368 3 1 2GM1 D 1 ? 368 ? P52732 1 ? 368 ? 1 368 4 1 2GM1 E 1 ? 368 ? P52732 1 ? 368 ? 1 368 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_defined_assembly ? monomeric 1 2 author_defined_assembly ? monomeric 1 3 author_defined_assembly ? monomeric 1 4 author_defined_assembly ? monomeric 1 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,E,F,G,H,U 2 1 B,I,J,K,L,V 3 1 C,M,N,O,P,W 4 1 D,Q,R,S,T,X # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ASN A 29 ? ALA A 35 ? ASN A 29 ALA A 35 1 ? 7 HELX_P HELX_P2 2 LYS A 77 ? MET A 95 ? LYS A 77 MET A 95 1 ? 19 HELX_P HELX_P3 3 GLY A 110 ? GLU A 116 ? GLY A 110 GLU A 116 1 ? 7 HELX_P HELX_P4 4 GLY A 134 ? GLY A 151 ? GLY A 134 GLY A 151 1 ? 18 HELX_P HELX_P5 5 ASN A 206 ? GLU A 215 ? ASN A 206 GLU A 215 1 ? 10 HELX_P HELX_P6 6 GLY A 217 ? MET A 228 ? GLY A 217 MET A 228 1 ? 12 HELX_P HELX_P7 7 ALA A 230 ? SER A 235 ? ALA A 230 SER A 235 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 8 GLY A 268 ? ILE A 272 ? GLY A 268 ILE A 272 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 9 ASN A 289 ? GLU A 304 ? ASN A 289 GLU A 304 1 ? 16 HELX_P HELX_P10 10 SER A 314 ? LEU A 320 ? SER A 314 LEU A 320 1 ? 7 HELX_P HELX_P11 11 GLN A 321 ? LEU A 324 ? GLN A 321 LEU A 324 5 ? 4 HELX_P HELX_P12 12 ALA A 339 ? LEU A 341 ? ALA A 339 LEU A 341 5 ? 3 HELX_P HELX_P13 13 ASN A 342 ? LYS A 357 ? ASN A 342 LYS A 357 1 ? 16 HELX_P HELX_P14 14 ASN B 29 ? ALA B 35 ? ASN B 29 ALA B 35 1 ? 7 HELX_P HELX_P15 15 LYS B 77 ? MET B 95 ? LYS B 77 MET B 95 1 ? 19 HELX_P HELX_P16 16 GLY B 110 ? GLU B 116 ? GLY B 110 GLU B 116 1 ? 7 HELX_P HELX_P17 17 GLY B 134 ? GLY B 151 ? GLY B 134 GLY B 151 1 ? 18 HELX_P HELX_P18 18 ASN B 206 ? MET B 228 ? ASN B 206 MET B 228 1 ? 23 HELX_P HELX_P19 19 ALA B 230 ? SER B 235 ? ALA B 230 SER B 235 1 ? 6 HELX_P HELX_P20 20 GLY B 268 ? ILE B 272 ? GLY B 268 ILE B 272 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 21 ASN B 289 ? GLU B 304 ? ASN B 289 GLU B 304 1 ? 16 HELX_P HELX_P22 22 SER B 314 ? LEU B 320 ? SER B 314 LEU B 320 1 ? 7 HELX_P HELX_P23 23 GLN B 321 ? LEU B 324 ? GLN B 321 LEU B 324 5 ? 4 HELX_P HELX_P24 24 ALA B 339 ? LEU B 341 ? ALA B 339 LEU B 341 5 ? 3 HELX_P HELX_P25 25 ASN B 342 ? LYS B 357 ? ASN B 342 LYS B 357 1 ? 16 HELX_P HELX_P26 26 ASN C 29 ? ALA C 35 ? ASN D 29 ALA D 35 1 ? 7 HELX_P HELX_P27 27 LYS C 77 ? MET C 95 ? LYS D 77 MET D 95 1 ? 19 HELX_P HELX_P28 28 GLY C 110 ? GLU C 116 ? GLY D 110 GLU D 116 1 ? 7 HELX_P HELX_P29 29 GLY C 134 ? GLY C 151 ? GLY D 134 GLY D 151 1 ? 18 HELX_P HELX_P30 30 ASN C 206 ? MET C 228 ? ASN D 206 MET D 228 1 ? 23 HELX_P HELX_P31 31 ALA C 230 ? SER C 235 ? ALA D 230 SER D 235 1 ? 6 HELX_P HELX_P32 32 GLY C 268 ? ILE C 272 ? GLY D 268 ILE D 272 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 33 ASN C 289 ? GLU C 304 ? ASN D 289 GLU D 304 1 ? 16 HELX_P HELX_P34 34 PRO C 310 ? GLU C 313 ? PRO D 310 GLU D 313 5 ? 4 HELX_P HELX_P35 35 SER C 314 ? LEU C 320 ? SER D 314 LEU D 320 1 ? 7 HELX_P HELX_P36 36 GLN C 321 ? LEU C 324 ? GLN D 321 LEU D 324 5 ? 4 HELX_P HELX_P37 37 ALA C 339 ? LEU C 341 ? ALA D 339 LEU D 341 5 ? 3 HELX_P HELX_P38 38 ASN C 342 ? LYS C 357 ? ASN D 342 LYS D 357 1 ? 16 HELX_P HELX_P39 39 ASN D 29 ? ALA D 35 ? ASN E 29 ALA E 35 1 ? 7 HELX_P HELX_P40 40 LYS D 77 ? MET D 95 ? LYS E 77 MET E 95 1 ? 19 HELX_P HELX_P41 41 GLY D 110 ? GLU D 116 ? GLY E 110 GLU E 116 1 ? 7 HELX_P HELX_P42 42 THR D 126 ? ASP D 130 ? THR E 126 ASP E 130 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 43 GLY D 134 ? GLY D 151 ? GLY E 134 GLY E 151 1 ? 18 HELX_P HELX_P44 44 ASN D 206 ? MET D 228 ? ASN E 206 MET E 228 1 ? 23 HELX_P HELX_P45 45 ALA D 230 ? SER D 235 ? ALA E 230 SER E 235 1 ? 6 HELX_P HELX_P46 46 GLY D 268 ? ILE D 272 ? GLY E 268 ILE E 272 5 ? 5 HELX_P HELX_P47 47 ASN D 289 ? GLU D 304 ? ASN E 289 GLU E 304 1 ? 16 HELX_P HELX_P48 48 PRO D 310 ? GLU D 313 ? PRO E 310 GLU E 313 5 ? 4 HELX_P HELX_P49 49 SER D 314 ? LEU D 320 ? SER E 314 LEU E 320 1 ? 7 HELX_P HELX_P50 50 GLN D 321 ? LEU D 324 ? GLN E 321 LEU E 324 5 ? 4 HELX_P HELX_P51 51 ALA D 339 ? LEU D 341 ? ALA E 339 LEU E 341 5 ? 3 HELX_P HELX_P52 52 ASN D 342 ? LYS D 357 ? ASN E 342 LYS E 357 1 ? 16 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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