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UNP P05091 ARG 492 'engineered mutation' 475 3 4 2ONN GLN D 475 ? UNP P05091 ARG 492 'engineered mutation' 475 4 5 2ONN GLN E 475 ? UNP P05091 ARG 492 'engineered mutation' 475 5 6 2ONN GLN F 475 ? UNP P05091 ARG 492 'engineered mutation' 475 6 7 2ONN GLN G 475 ? UNP P05091 ARG 492 'engineered mutation' 475 7 8 2ONN GLN H 475 ? UNP P05091 ARG 492 'engineered mutation' 475 8 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 2ONN _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 2.16 _exptl_crystal.density_percent_sol 43.03 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION' _exptl_crystal_grow.temp 293 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 6.6 _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;100 mM ACES (N-[2-Acetamido]-2-aminoethane sufonic acid), 10mM MgCl2, 100 mM Guanidine HCl, 16% w/v PEG 6000, 4 mM DTT, pH 6.6, vapor diffusion, temperature 293K ; _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector 'IMAGE PLATE' _diffrn_detector.type 'RIGAKU RAXIS IIC' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 1999-11-12 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'Yale Mirrors' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.5418 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source 'ROTATING ANODE' _diffrn_source.type RIGAKU _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ? _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ? _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1.5418 # _reflns.entry_id 2ONN _reflns.observed_criterion_sigma_I 0.2 _reflns.observed_criterion_sigma_F 0 _reflns.d_resolution_low 99.000 _reflns.d_resolution_high 2.750 _reflns.number_obs 95356 _reflns.number_all 99123 _reflns.percent_possible_obs 96.200 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.076 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 11.9 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 28.5 _reflns.pdbx_redundancy ? _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 # _reflns_shell.d_res_high 2.75 _reflns_shell.d_res_low 2.84 _reflns_shell.percent_possible_all 82.00 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.298 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs ? _reflns_shell.pdbx_redundancy ? _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_diffrn_id ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 # _refine.entry_id 2ONN _refine.ls_number_reflns_obs 95183 _refine.ls_number_reflns_all 98533 _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F 0.0 _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF 4648163.51 _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF 0.000000 _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 37.50 _refine.ls_d_res_high 2.75 _refine.ls_percent_reflns_obs 96.6 _refine.ls_R_factor_obs 0.226 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.226 _refine.ls_R_factor_R_free 0.268 _refine.ls_R_factor_R_free_error 0.004 _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.0 _refine.ls_number_reflns_R_free 4795 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean 31.3 _refine.aniso_B[1][1] 10.76 _refine.aniso_B[2][2] 1.97 _refine.aniso_B[3][3] -12.73 _refine.aniso_B[1][2] 0.00 _refine.aniso_B[1][3] 0.00 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details 'FLAT MODEL' _refine.solvent_model_param_ksol 0.27171 _refine.solvent_model_param_bsol 10 _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model 'PDB ENTRY 1O05' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model RESTRAINED _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'Engh & Huber' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_analyze.entry_id 2ONN _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.34 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs 0.44 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs 5.00 _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free 0.42 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free 0.49 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? 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'X-RAY DIFFRACTION' ? c_bond_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_bond_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_d ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg 1.3 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_angle_deg_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d 23.4 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_dihedral_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d 1.16 ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d_na ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_improper_angle_d_prot ? ? ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcbond_it 1.22 1.50 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_mcangle_it 2.09 2.00 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scbond_it 1.68 2.00 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? c_scangle_it 2.63 2.50 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 6 _refine_ls_shell.d_res_high 2.75 _refine_ls_shell.d_res_low 2.92 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 13463 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.3 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 87.7 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.328 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error 0.012 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 5.2 _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 740 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id 1 protein.param ? 'X-RAY DIFFRACTION' 2 water.param ? 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ion.param ? 'X-RAY DIFFRACTION' 4 &_1_PARAMETER_INFILE_4 ? 'X-RAY DIFFRACTION' 5 &_1_PARAMETER_INFILE_5 ? 'X-RAY DIFFRACTION' # _struct.entry_id 2ONN _struct.title 'Arg475Gln Mutant of Human Mitochondrial Aldehyde Dehydrogenase, Apo form' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2ONN _struct_keywords.text 'oxidoreductase, ALDH, NAD, Rossmann Fold' _struct_keywords.pdbx_keywords OXIDOREDUCTASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 2 ? P N N 2 ? # loop_ _struct_biol.id _struct_biol.details _struct_biol.pdbx_parent_biol_id 1 ;The biological unit is a tetramer. There are 3 biological untils in the assymmetric unit. The biological unit 1 consists of chain(s) A, B, C, D. The biological unit 2 consists of chain(s) E, F, G, H. ; ? 2 ? ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ASP A 55 ? PHE A 70 ? ASP A 55 PHE A 70 1 ? 16 HELX_P HELX_P2 2 SER A 74 ? MET A 79 ? SER A 74 MET A 79 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 3 ASP A 80 ? ASP A 98 ? ASP A 80 ASP A 98 1 ? 19 HELX_P HELX_P4 4 ASP A 98 ? GLY A 111 ? ASP A 98 GLY A 111 1 ? 14 HELX_P HELX_P5 5 PRO A 113 ? VAL A 120 ? PRO A 113 VAL A 120 1 ? 8 HELX_P HELX_P6 6 VAL A 120 ? ALA A 136 ? VAL A 120 ALA A 136 1 ? 17 HELX_P HELX_P7 7 PHE A 170 ? THR A 185 ? PHE A 170 THR A 185 1 ? 16 HELX_P HELX_P8 8 PRO A 198 ? GLY A 212 ? PRO A 198 GLY A 212 1 ? 15 HELX_P HELX_P9 9 THR A 227 ? HIS A 235 ? THR A 227 HIS A 235 1 ? 9 HELX_P HELX_P10 10 SER A 246 ? SER A 259 ? SER A 246 SER A 259 1 ? 14 HELX_P HELX_P11 11 ASP A 282 ? PHE A 296 ? ASP A 282 PHE A 296 1 ? 15 HELX_P HELX_P12 12 ASN A 297 ? GLN A 300 ? ASN A 297 GLN A 300 5 ? 4 HELX_P HELX_P13 13 GLU A 312 ? ARG A 329 ? GLU A 312 ARG A 329 1 ? 18 HELX_P HELX_P14 14 ASP A 346 ? GLU A 363 ? ASP A 346 GLU A 363 1 ? 18 HELX_P HELX_P15 15 MET A 393 ? LYS A 397 ? MET A 393 LYS A 397 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 16 THR A 412 ? ASN A 421 ? THR A 412 ASN A 421 1 ? 10 HELX_P HELX_P17 17 ASP A 435 ? LEU A 446 ? ASP A 435 LEU A 446 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 18 TYR A 468 ? MET A 470 ? TYR A 468 MET A 470 5 ? 3 HELX_P HELX_P19 19 GLU A 479 ? TYR A 485 ? 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