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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 10 _refine_ls_shell.d_res_high 3.30 _refine_ls_shell.d_res_low 3.42 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 4404 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.3750 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 99.20 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.4030 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error 0.027 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free 4.8 _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 220 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id 1 protein_rep.param protein_rep.top 'X-RAY DIFFRACTION' 2 dna-rna_rep.param dna-rna_rep.top 'X-RAY DIFFRACTION' 3 water_rep.param water.top 'X-RAY DIFFRACTION' # _database_PDB_matrix.entry_id 2PV0 _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 2PV0 _struct.title 'DNA methyltransferase 3 like protein (DNMT3L)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2PV0 _struct_keywords.pdbx_keywords 'Transferase regulator' _struct_keywords.text 'DNMT3L, unmethylated H3K4, de novo DNA methylation, Transferase regulator' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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UNP Q9UJW3 SER 333 deletion ? 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_defined_assembly ? monomeric 1 2 author_defined_assembly ? monomeric 1 3 author_defined_assembly ? monomeric 1 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 B,G,H,I 2 1 A,D,E,F 3 1 C,J,K,L # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 GLY A 34 ? 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ASN A 48 ILE A 52 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 16 ALA B 74 ? ASP B 82 ? ALA A 74 ASP A 82 1 ? 9 HELX_P HELX_P17 17 CYS B 118 ? VAL B 126 ? CYS A 118 VAL A 126 1 ? 9 HELX_P HELX_P18 18 GLY B 129 ? MET B 137 ? GLY A 129 MET A 137 1 ? 9 HELX_P HELX_P19 19 LYS B 159 ? SER B 172 ? LYS A 159 SER A 172 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 20 PRO B 183 ? ARG B 187 ? PRO A 183 ARG A 187 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 21 ILE B 199 ? LEU B 206 ? ILE A 199 LEU A 206 1 ? 8 HELX_P HELX_P22 22 VAL B 228 ? TRP B 235 ? VAL A 228 TRP A 235 1 ? 8 HELX_P HELX_P23 23 PRO B 255 ? ARG B 271 ? PRO A 255 ARG A 271 1 ? 17 HELX_P HELX_P24 24 ASN B 291 ? LEU B 302 ? ASN A 291 LEU A 302 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 25 SER B 339 ? SER B 352 ? SER A 339 SER A 352 1 ? 14 HELX_P HELX_P26 26 PRO B 360 ? LYS B 365 ? PRO A 360 LYS A 365 1 ? 6 HELX_P HELX_P27 27 ASN B 366 ? TYR B 374 ? ASN A 366 TYR A 374 5 ? 9 HELX_P HELX_P28 28 LEU C 37 ? ASN C 45 ? LEU C 37 ASN C 45 1 ? 9 HELX_P HELX_P29 29 ASN C 48 ? ILE C 52 ? ASN C 48 ILE C 52 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 30 CYS C 73 ? ALA C 83 ? CYS C 73 ALA C 83 1 ? 11 HELX_P HELX_P31 31 PHE C 119 ? VAL C 126 ? PHE C 119 VAL C 126 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 32 THR C 130 ? ALA C 136 ? THR C 130 ALA C 136 1 ? 7 HELX_P HELX_P33 33 CYS C 142 ? LEU C 146 ? CYS C 142 LEU C 146 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 34 LYS C 159 ? SER C 172 ? LYS C 159 SER C 172 1 ? 14 HELX_P HELX_P35 35 VAL C 228 ? GLU C 233 ? VAL C 228 GLU C 233 1 ? 6 HELX_P HELX_P36 36 PRO C 255 ? TYR C 269 ? PRO C 255 TYR C 269 1 ? 15 HELX_P HELX_P37 37 LYS C 292 ? PHE C 301 ? LYS C 292 PHE C 301 1 ? 10 HELX_P HELX_P38 38 SER C 339 ? ASN C 349 ? SER C 339 ASN C 349 1 ? 11 HELX_P HELX_P39 39 PRO C 360 ? ASN C 366 ? PRO C 360 ASN C 366 1 ? 7 HELX_P HELX_P40 40 LEU C 369 ? GLU C 373 ? LEU C 369 GLU C 373 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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B CYS 121 B ZN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? ? metalc11 metalc ? ? A CYS 142 SG ? ? ? 1_555 E ZN . ZN ? ? B CYS 142 B ZN 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? ? metalc12 metalc ? ? A CYS 145 SG ? ? ? 1_555 E ZN . ZN ? ? B CYS 145 B ZN 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? ? metalc13 metalc ? ? B CYS 53 SG ? ? ? 1_555 I ZN . ZN ? ? A CYS 53 A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? ? metalc14 metalc ? ? B CYS 56 SG ? ? ? 1_555 I ZN . ZN ? ? A CYS 56 A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? ? metalc15 metalc ? ? B CYS 73 SG ? ? ? 1_555 I ZN . ZN ? ? A CYS 73 A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? ? metalc16 metalc ? ? B CYS 76 SG ? ? ? 1_555 I ZN . ZN ? ? A CYS 76 A ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? ? metalc17 metalc ? ? B CYS 96 SG ? ? ? 1_555 G ZN . ZN ? ? A CYS 96 A ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? ? metalc18 metalc ? ? B CYS 99 SG ? ? ? 1_555 G ZN . ZN ? ? A CYS 99 A ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? ? metalc19 metalc ? ? B CYS 108 SG ? ? ? 1_555 H ZN . ZN ? ? A CYS 108 A ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? ? metalc20 metalc ? ? B CYS 113 SG ? ? ? 1_555 H ZN . ZN ? ? A CYS 113 A ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? ? metalc21 metalc ? ? B CYS 118 SG ? ? ? 1_555 G ZN . ZN ? ? A CYS 118 A ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? ? metalc22 metalc ? ? B CYS 121 SG ? ? ? 1_555 G ZN . ZN ? ? A CYS 121 A ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? ? metalc23 metalc ? ? B CYS 142 SG ? ? ? 1_555 H ZN . ZN ? ? A CYS 142 A ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? ? metalc24 metalc ? ? B CYS 145 SG ? ? ? 1_555 H ZN . ZN ? ? A CYS 145 A ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? ? metalc25 metalc ? ? C CYS 53 SG ? ? ? 1_555 L ZN . ZN ? ? C CYS 53 C ZN 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? ? metalc26 metalc ? ? C CYS 56 SG ? ? ? 1_555 L ZN . ZN ? ? C CYS 56 C ZN 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.310 ? ? metalc27 metalc ? ? C CYS 73 SG ? ? ? 1_555 L ZN . ZN ? ? C CYS 73 C ZN 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? ? metalc28 metalc ? ? C CYS 76 SG ? ? ? 1_555 L ZN . ZN ? ? C CYS 76 C ZN 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.320 ? ? metalc29 metalc ? ? C CYS 96 SG ? ? ? 1_555 J ZN . ZN ? ? C CYS 96 C ZN 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? ? metalc30 metalc ? ? C CYS 99 SG ? ? ? 1_555 J ZN . ZN ? ? C CYS 99 C ZN 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? ? metalc31 metalc ? ? C CYS 108 SG ? ? ? 1_555 K ZN . ZN ? ? C CYS 108 C ZN 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? ? metalc32 metalc ? ? C CYS 113 SG ? ? ? 1_555 K ZN . ZN ? ? C CYS 113 C ZN 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? ? metalc33 metalc ? ? C CYS 118 SG ? ? ? 1_555 J ZN . ZN ? ? C CYS 118 C ZN 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? ? metalc34 metalc ? ? C CYS 121 SG ? ? ? 1_555 J ZN . ZN ? ? C CYS 121 C ZN 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? ? metalc35 metalc ? ? C CYS 142 SG ? ? ? 1_555 K ZN . ZN ? ? C CYS 142 C ZN 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? ? metalc36 metalc ? ? C CYS 145 SG ? ? ? 1_555 K ZN . ZN ? ? 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