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_entity_src_nat.pdbx_organelle ? _entity_src_nat.pdbx_cell ? _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name ? _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details ? _entity_src_nat.details 'LACTATING MAMMARY GLAND' # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code A5YV76_PIG _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ? _struct_ref.pdbx_align_begin ? _struct_ref.pdbx_db_accession A5YV76 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 2VZ9 A 1 ? 2512 ? A5YV76 1 ? 2512 ? 1 2512 2 1 2VZ9 B 1 ? 2512 ? A5YV76 1 ? 2512 ? 1 2512 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 2VZ9 ILE A 834 ? UNP A5YV76 UNK 834 conflict 834 1 2 2VZ9 ILE B 834 ? UNP A5YV76 UNK 834 conflict 834 2 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAP non-polymer . 'NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE' ;2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE ; 'C21 H28 N7 O17 P3' 743.405 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 UNK 'L-peptide linking' . UNKNOWN ? 'C4 H9 N O2' 103.120 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 2VZ9 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 8 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.49 _exptl_crystal.density_percent_sol 64.45 _exptl_crystal.description NONE # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp ? _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 7.0 _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details 'pH 7.0' # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type MARRESEARCH _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2006-11-11 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.9992 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'SLS BEAMLINE X06SA' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site SLS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline X06SA _diffrn_source.pdbx_wavelength 0.9992 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.entry_id 2VZ9 _reflns.observed_criterion_sigma_I . _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 30.00 _reflns.d_resolution_high 3.20 _reflns.number_obs 80129 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 90.4 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.16 _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 9.20 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 5.7 # _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.d_res_high 3.30 _reflns_shell.d_res_low 3.50 _reflns_shell.percent_possible_all 68.9 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.93 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 1.10 _reflns_shell.pdbx_redundancy 3.1 # _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.entry_id 2VZ9 _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs 147640 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? 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_refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.90 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ;UNBIASED ELECTRON DENSITY MAPS FOR THE LINKERS (RESIDUES 852-857) IN THE REGION OF THE CENTRAL CONNECTION ARE NOT CONTIGUOUS FOR ONE OR TWO AMINO ACIDS SUCH THAT THE POSSIBILITY OF ALTERNATIVE CONNECTIVITY OR MULTIPLE CONFORMATIONS FOR THIS REGION CAN NOT BE EXCLUDED. ; _refine.pdbx_starting_model 'PDB ENTRY 2CF2' _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ML _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML 0.37 _refine.pdbx_overall_phase_error 26.38 _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 31757 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 192 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 31949 _refine_hist.d_res_high 3.3 _refine_hist.d_res_low 30 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function f_bond_d 0.009 ? 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BO ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA 1 2 ? parallel AA 2 3 ? parallel AA 3 4 ? parallel AA 4 5 ? anti-parallel AA 5 6 ? anti-parallel AA 6 7 ? anti-parallel AA 7 8 ? anti-parallel AA 8 9 ? anti-parallel AA 9 10 ? parallel AA 10 11 ? parallel AA 11 12 ? anti-parallel AA 12 13 ? parallel AA 13 14 ? parallel AA 14 15 ? anti-parallel AA 15 16 ? anti-parallel AA 16 17 ? anti-parallel AA 17 18 ? anti-parallel AA 18 19 ? anti-parallel AA 19 20 ? parallel AA 20 21 ? parallel AA 21 22 ? parallel AB 1 2 ? anti-parallel AB 2 3 ? parallel AC 1 2 ? anti-parallel AC 2 3 ? anti-parallel AD 1 2 ? parallel AD 2 3 ? parallel AD 3 4 ? parallel AD 4 5 ? parallel AE 1 2 ? anti-parallel AE 2 3 ? anti-parallel AE 3 4 ? anti-parallel AE 4 5 ? parallel AF 1 2 ? anti-parallel AG 1 2 ? anti-parallel AG 2 3 ? anti-parallel AG 3 4 ? anti-parallel AG 4 5 ? anti-parallel AG 5 6 ? anti-parallel AG 6 7 ? anti-parallel AG 7 8 ? anti-parallel AG 8 9 ? anti-parallel AG 9 10 ? anti-parallel AG 10 11 ? anti-parallel AG 11 12 ? anti-parallel AH 1 2 ? anti-parallel AH 2 3 ? anti-parallel AH 3 4 ? anti-parallel AI 1 2 ? anti-parallel AJ 1 2 ? parallel AJ 2 3 ? parallel AJ 3 4 ? parallel AJ 4 5 ? anti-parallel AJ 5 6 ? anti-parallel AJ 6 7 ? anti-parallel AJ 7 8 ? parallel AJ 8 9 ? parallel AJ 9 10 ? parallel AJ 10 11 ? parallel AJ 11 12 ? parallel AJ 12 13 ? parallel AK 1 2 ? parallel AK 2 3 ? anti-parallel AK 3 4 ? anti-parallel AK 4 5 ? parallel AK 5 6 ? parallel AK 6 7 ? parallel AK 7 8 ? parallel AL 1 2 ? anti-parallel AM 1 2 ? anti-parallel AN 1 2 ? parallel AN 2 3 ? anti-parallel AN 3 4 ? anti-parallel AN 4 5 ? anti-parallel AN 5 6 ? anti-parallel AO 1 2 ? anti-parallel AP 1 2 ? parallel AP 2 3 ? parallel AP 3 4 ? parallel AP 4 5 ? parallel AP 5 6 ? parallel AP 6 7 ? anti-parallel AP 7 8 ? parallel AP 8 9 ? parallel AP 9 10 ? parallel AP 10 11 ? parallel AP 11 12 ? parallel AQ 1 2 ? anti-parallel AR 1 2 ? anti-parallel BA 1 2 ? anti-parallel BA 2 3 ? parallel BB 1 2 ? anti-parallel BB 2 3 ? anti-parallel BC 1 2 ? parallel BC 2 3 ? parallel BC 3 4 ? parallel BC 4 5 ? parallel BD 1 2 ? anti-parallel BD 2 3 ? anti-parallel BD 3 4 ? anti-parallel BD 4 5 ? parallel BE 1 2 ? anti-parallel BF 1 2 ? anti-parallel BF 2 3 ? anti-parallel BF 3 4 ? anti-parallel BF 4 5 ? anti-parallel BF 5 6 ? anti-parallel BF 6 7 ? anti-parallel BF 7 8 ? anti-parallel BF 8 9 ? anti-parallel BF 9 10 ? anti-parallel BF 10 11 ? anti-parallel BF 11 12 ? anti-parallel BG 1 2 ? anti-parallel BG 2 3 ? anti-parallel BG 3 4 ? anti-parallel BH 1 2 ? anti-parallel BI 1 2 ? parallel BI 2 3 ? parallel BI 3 4 ? parallel BI 4 5 ? anti-parallel BI 5 6 ? anti-parallel BI 6 7 ? anti-parallel BI 7 8 ? parallel BI 8 9 ? parallel BI 9 10 ? parallel BI 10 11 ? parallel BI 11 12 ? parallel BI 12 13 ? parallel BJ 1 2 ? parallel BJ 2 3 ? anti-parallel BJ 3 4 ? anti-parallel BJ 4 5 ? parallel BJ 5 6 ? parallel BJ 6 7 ? parallel BJ 7 8 ? parallel BK 1 2 ? anti-parallel BL 1 2 ? anti-parallel BM 1 2 ? parallel BM 2 3 ? anti-parallel BM 3 4 ? anti-parallel BM 4 5 ? anti-parallel BM 5 6 ? anti-parallel BN 1 2 ? anti-parallel BO 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA 1 LEU A 374 ? 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LEU B 320 SER B 324 AA 22 LEU B 374 ? VAL B 377 ? LEU B 374 VAL B 377 AB 1 VAL A 33 ? ALA A 35 ? VAL A 33 ALA A 35 AB 2 ARG A 50 ? LYS A 53 ? ARG A 50 LYS A 53 AB 3 ARG A 224 ? LYS A 235 ? ARG A 224 LYS A 235 AC 1 ARG A 422 ? GLY A 428 ? ARG A 422 GLY A 428 AC 2 PHE A 467 ? LEU A 473 ? PHE A 467 LEU A 473 AC 3 SER A 479 ? GLN A 484 ? SER A 479 GLN A 484 AD 1 ARG A 711 ? LEU A 713 ? ARG A 711 LEU A 713 AD 2 GLY A 576 ? GLY A 579 ? GLY A 576 GLY A 579 AD 3 PRO A 491 ? CYS A 496 ? PRO A 491 CYS A 496 AD 4 ALA A 756 ? ILE A 761 ? ALA A 756 ILE A 761 AD 5 CYS A 779 ? PRO A 783 ? CYS A 779 PRO A 783 AE 1 PHE A 671 ? VAL A 675 ? PHE A 671 VAL A 675 AE 2 GLY A 618 ? GLY A 624 ? GLY A 618 GLY A 624 AE 3 THR A 648 ? PRO A 654 ? THR A 648 PRO A 654 AE 4 VAL A 639 ? SER A 645 ? VAL A 639 SER A 645 AE 5 VAL A 743 ? LEU A 744 ? VAL A 743 LEU A 744 AF 1 LYS A 706 ? PRO A 707 ? LYS A 706 PRO A 707 AF 2 THR A 729 ? PHE A 730 ? THR A 729 PHE A 730 AG 1 SER A 858 ? ASP A 865 ? SER A 858 ASP A 865 AG 2 THR A 930 ? LEU A 938 ? THR A 930 LEU A 938 AG 3 ALA A 943 ? SER A 949 ? ALA A 943 SER A 949 AG 4 SER A 952 ? GLN A 961 ? SER A 952 GLN A 961 AG 5 PRO A 911 ? HIS A 920 ? PRO A 911 HIS A 920 AG 6 TYR A 1049 ? ASP A 1060 ? TYR A 1049 ASP A 1060 AG 7 GLY A 1093 ? VAL A 1103 ? GLY A 1093 VAL A 1103 AG 8 ASN A 1087 ? ALA A 1091 ? ASN A 1087 ALA A 1091 AG 9 THR A 1075 ? ASP A 1083 ? THR A 1075 ASP A 1083 AG 10 ASN A 1018 ? TRP A 1024 ? ASN A 1018 TRP A 1024 AG 11 LEU A 1009 ? ASP A 1014 ? LEU A 1009 ASP A 1014 AG 12 ARG A 986 ? SER A 988 ? ARG A 986 SER A 988 AH 1 THR A 923 ? LEU A 925 ? THR A 923 LEU A 925 AH 2 ARG A 883 ? PHE A 886 ? ARG A 883 PHE A 886 AH 3 ASP A 877 ? ASP A 881 ? ASP A 877 ASP A 881 AH 4 GLY A 1000 ? GLY A 1004 ? GLY A 1000 GLY A 1004 AI 1 TYR A 1069 ? LEU A 1071 ? TYR A 1069 LEU A 1071 AI 2 THR A 1075 ? ASP A 1083 ? THR A 1075 ASP A 1083 AJ 1 PRO A 1413 ? VAL A 1418 ? PRO A 1413 VAL A 1418 AJ 2 PRO A 1440 ? ALA A 1445 ? 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GLN A 1298 ? VAL A 1294 GLN A 1298 AL 1 GLU A 1525 ? GLU A 1529 ? GLU A 1525 GLU A 1529 AL 2 ALA A 1872 ? LEU A 1876 ? ALA A 1872 LEU A 1876 AM 1 ALA A 1531 ? VAL A 1535 ? ALA A 1531 VAL A 1535 AM 2 ILE A 1544 ? CYS A 1548 ? ILE A 1544 CYS A 1548 AN 1 LYS A 1827 ? PRO A 1832 ? LYS A 1827 PRO A 1832 AN 2 GLY A 1850 ? VAL A 1856 ? GLY A 1850 VAL A 1856 AN 3 LEU A 1563 ? LEU A 1571 ? LEU A 1563 LEU A 1571 AN 4 MET A 1601 ? ALA A 1608 ? MET A 1601 ALA A 1608 AN 5 ARG A 1611 ? VAL A 1617 ? ARG A 1611 VAL A 1617 AN 6 ALA A 1632 ? GLU A 1635 ? ALA A 1632 GLU A 1635 AO 1 LEU A 1563 ? LEU A 1571 ? LEU A 1563 LEU A 1571 AO 2 THR A 1624 ? LEU A 1627 ? THR A 1624 LEU A 1627 AP 1 CYS A 1719 ? ASN A 1722 ? CYS A 1719 ASN A 1722 AP 2 ARG A 1694 ? VAL A 1699 ? ARG A 1694 VAL A 1699 AP 3 SER A 1670 ? SER A 1675 ? SER A 1670 SER A 1675 AP 4 ASP A 1742 ? SER A 1747 ? ASP A 1742 SER A 1747 AP 5 GLY A 1764 ? ILE A 1769 ? GLY A 1764 ILE A 1769 AP 6 VAL A 1789 ? GLY A 1793 ? VAL A 1789 GLY A 1793 AP 7 VAL B 1789 ? GLY B 1793 ? VAL B 1789 GLY B 1793 AP 8 GLY B 1764 ? ILE B 1769 ? GLY B 1764 ILE B 1769 AP 9 ASP B 1742 ? SER B 1747 ? ASP B 1742 SER B 1747 AP 10 SER B 1670 ? SER B 1675 ? SER B 1670 SER B 1675 AP 11 ARG B 1694 ? VAL B 1699 ? ARG B 1694 VAL B 1699 AP 12 CYS B 1719 ? ASN B 1722 ? CYS B 1719 ASN B 1722 AQ 1 HIS A 1778 ? MET A 1782 ? HIS A 1778 MET A 1782 AQ 2 HIS B 1778 ? MET B 1782 ? HIS B 1778 MET B 1782 AR 1 PRO A 2104 ? LEU A 2111 ? PRO A 2104 LEU A 2111 AR 2 THR A 2083 ? LEU A 2084 ? THR A 2083 LEU A 2084 BA 1 VAL B 33 ? ALA B 35 ? VAL B 33 ALA B 35 BA 2 ARG B 50 ? LYS B 53 ? ARG B 50 LYS B 53 BA 3 ARG B 224 ? LYS B 235 ? ARG B 224 LYS B 235 BB 1 ARG B 422 ? GLY B 428 ? ARG B 422 GLY B 428 BB 2 PHE B 467 ? LEU B 473 ? PHE B 467 LEU B 473 BB 3 SER B 479 ? GLN B 484 ? SER B 479 GLN B 484 BC 1 ARG B 711 ? LEU B 713 ? ARG B 711 LEU B 713 BC 2 GLY B 576 ? GLY B 579 ? GLY B 576 GLY B 579 BC 3 PRO B 491 ? CYS B 496 ? 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