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'Embo J.' 23 1234 ? 2004 EMJODG UK 0261-4189 0897 ? 15014443 10.1038/SJ.EMBOJ.7600147 1 ;Identification of an Archaeal 2-Hydroxy Acid Dehydrogenase Catalyzing Reactions Involved in Coenzyme Biosynthesis in Methanoarchaea. ; J.Bacteriol. 182 3688 ? 2000 JOBAAY US 0021-9193 0767 ? 10850983 10.1128/JB.182.13.3688-3692.2000 2 ;The First Examples of (S)-2-Hydroxyacid Dehydrogenases Catalyzing the Transfer of the Pro-4S Hydrogen of Nadh are Found in the Archaea. ; Biochim.Biophys.Acta 1548 169 ? 2001 BBACAQ NE 0006-3002 0113 ? 11451450 '10.1016/S0167-4838(01)00220-5' # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Irimia, A.' 1 ? primary 'Madern, D.' 2 ? primary 'Vellieux, F.M.D.' 3 ? 1 'Graupner, M.' 4 ? 1 'Xu, H.' 5 ? 1 'White, R.H.' 6 ? 2 'Graupner, M.' 7 ? 2 'White, R.H.' 8 ? # _cell.entry_id 2X06 _cell.length_a 80.930 _cell.length_b 203.710 _cell.length_c 100.050 _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_beta 112.05 _cell.angle_gamma 90.00 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? 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ALA H 120 ASN H 129 1 ? 10 HELX_P HELX_P119 119 ALA H 180 ? LYS H 190 ? ALA H 180 LYS H 190 1 ? 11 HELX_P HELX_P120 120 ASP H 209 ? GLY H 216 ? ASP H 209 GLY H 216 1 ? 8 HELX_P HELX_P121 121 GLY H 222 ? SER H 237 ? GLY H 222 SER H 237 1 ? 16 HELX_P HELX_P122 122 VAL H 244 ? VAL H 248 ? VAL H 244 VAL H 248 5 ? 5 HELX_P HELX_P123 123 PRO H 269 ? PHE H 272 ? PRO H 269 PHE H 272 5 ? 4 HELX_P HELX_P124 124 GLY H 274 ? ASN H 291 ? GLY H 274 ASN H 291 1 ? 18 HELX_P HELX_P125 125 GLY H 304 ? LYS H 315 ? GLY H 304 LYS H 315 1 ? 12 HELX_P HELX_P126 126 ASP H 321 ? LEU H 335 ? ASP H 321 LEU H 335 1 ? 15 HELX_P HELX_P127 127 ASN H 338 ? TYR H 342 ? 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B MSE 174 B ALA 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale29 covale ? ? B GLU 234 C ? ? ? 1_555 B MSE 235 N ? ? B GLU 234 B MSE 235 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale30 covale ? ? B MSE 235 C ? ? ? 1_555 B LEU 236 N ? ? B MSE 235 B LEU 236 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale31 covale ? ? B PHE 272 C ? ? ? 1_555 B MSE 273 N ? ? B PHE 272 B MSE 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale32 covale ? ? B MSE 273 C ? ? ? 1_555 B GLY 274 N ? ? B MSE 273 B GLY 274 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale33 covale ? ? B LYS 311 C ? ? ? 1_555 B MSE 312 N ? ? B LYS 311 B MSE 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale34 covale ? ? B MSE 312 C ? ? ? 1_555 B LYS 313 N ? ? B MSE 312 B LYS 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale35 covale ? ? C MSE 1 C ? ? ? 1_555 C ILE 2 N ? ? C MSE 1 C ILE 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale36 covale ? ? C ALA 93 C ? ? ? 1_555 C MSE 94 N ? ? C ALA 93 C MSE 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale37 covale ? ? C MSE 94 C ? ? ? 1_555 C GLU 95 N ? ? 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C GLU 234 C MSE 235 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale47 covale ? ? C MSE 235 C ? ? ? 1_555 C LEU 236 N ? ? C MSE 235 C LEU 236 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale48 covale ? ? C PHE 272 C ? ? ? 1_555 C MSE 273 N ? ? C PHE 272 C MSE 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? covale49 covale ? ? C MSE 273 C ? ? ? 1_555 C GLY 274 N ? ? C MSE 273 C GLY 274 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale50 covale ? ? C LYS 311 C ? ? ? 1_555 C MSE 312 N ? ? C LYS 311 C MSE 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale51 covale ? ? C MSE 312 C ? ? ? 1_555 C LYS 313 N ? ? C MSE 312 C LYS 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale52 covale ? ? D MSE 1 C ? ? ? 1_555 D ILE 2 N ? ? D MSE 1 D ILE 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale53 covale ? ? D ALA 93 C ? ? ? 1_555 D MSE 94 N ? ? D ALA 93 D MSE 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale54 covale ? ? D MSE 94 C ? ? ? 1_555 D GLU 95 N ? ? D MSE 94 D GLU 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.320 ? covale55 covale ? ? D ALA 127 C ? ? ? 1_555 D MSE 128 N ? ? D ALA 127 D MSE 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale56 covale ? ? D MSE 128 C ? ? ? 1_555 D ASN 129 N ? ? D MSE 128 D ASN 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale57 covale ? ? D ASP 131 C ? ? ? 1_555 D MSE 132 N ? ? D ASP 131 D MSE 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale58 covale ? ? D MSE 132 C ? ? ? 1_555 D ILE 133 N ? ? D MSE 132 D ILE 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale59 covale ? ? D ALA 143 C ? ? ? 1_555 D MSE 144 N ? ? D ALA 143 D MSE 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? covale60 covale ? ? D MSE 144 C ? ? ? 1_555 D ALA 145 N ? ? D MSE 144 D ALA 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? covale61 covale ? ? D ASP 173 C ? ? ? 1_555 D MSE 174 N ? ? D ASP 173 D MSE 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale62 covale ? ? D MSE 174 C ? ? ? 1_555 D ALA 175 N ? ? D MSE 174 D ALA 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale63 covale ? ? D GLU 234 C ? ? ? 1_555 D MSE 235 N ? ? D GLU 234 D MSE 235 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale64 covale ? ? D MSE 235 C ? ? ? 1_555 D LEU 236 N ? ? D MSE 235 D LEU 236 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale65 covale ? ? D PHE 272 C ? ? ? 1_555 D MSE 273 N ? ? D PHE 272 D MSE 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale66 covale ? ? D MSE 273 C ? ? ? 1_555 D GLY 274 N ? ? D MSE 273 D GLY 274 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale67 covale ? ? D LYS 311 C ? ? ? 1_555 D MSE 312 N ? ? D LYS 311 D MSE 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale68 covale ? ? D MSE 312 C ? ? ? 1_555 D LYS 313 N ? ? D MSE 312 D LYS 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale69 covale ? ? E MSE 1 C ? ? ? 1_555 E ILE 2 N ? ? E MSE 1 E ILE 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale70 covale ? ? E ALA 93 C ? ? ? 1_555 E MSE 94 N ? ? E ALA 93 E MSE 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale71 covale ? ? E MSE 94 C ? ? ? 1_555 E GLU 95 N ? ? E MSE 94 E GLU 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale72 covale ? ? E ALA 127 C ? ? ? 1_555 E MSE 128 N ? ? E ALA 127 E MSE 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale73 covale ? ? E MSE 128 C ? ? ? 1_555 E ASN 129 N ? ? 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MET SELENOMETHIONINE 58 G MSE 132 G MSE 132 ? MET SELENOMETHIONINE 59 G MSE 144 G MSE 144 ? MET SELENOMETHIONINE 60 G MSE 174 G MSE 174 ? MET SELENOMETHIONINE 61 G MSE 235 G MSE 235 ? MET SELENOMETHIONINE 62 G MSE 273 G MSE 273 ? MET SELENOMETHIONINE 63 G MSE 312 G MSE 312 ? MET SELENOMETHIONINE 64 H MSE 1 H MSE 1 ? MET SELENOMETHIONINE 65 H MSE 94 H MSE 94 ? MET SELENOMETHIONINE 66 H MSE 128 H MSE 128 ? MET SELENOMETHIONINE 67 H MSE 132 H MSE 132 ? MET SELENOMETHIONINE 68 H MSE 144 H MSE 144 ? MET SELENOMETHIONINE 69 H MSE 174 H MSE 174 ? MET SELENOMETHIONINE 70 H MSE 235 H MSE 235 ? MET SELENOMETHIONINE 71 H MSE 273 H MSE 273 ? MET SELENOMETHIONINE 72 H MSE 312 H MSE 312 ? MET SELENOMETHIONINE # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 2 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 3 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 4 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 G,H,O,P,W,X 2 1 E,F,M,N,U,V 3 1 C,D,K,L,S,T 4 1 A,B,I,J,Q,R # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 8930 ? 1 MORE -72.96 ? 1 'SSA (A^2)' 25640 ? 2 'ABSA (A^2)' 8790 ? 2 MORE -73.14 ? 2 'SSA (A^2)' 25700 ? 3 'ABSA (A^2)' 8800 ? 3 MORE -71.12 ? 3 'SSA (A^2)' 25600 ? 4 'ABSA (A^2)' 8810 ? 4 MORE -72.73 ? 4 'SSA (A^2)' 25610 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2009-12-15 2 'Structure model' 1 1 2011-05-08 3 'Structure model' 1 2 2011-07-13 4 'Structure model' 1 3 2017-07-05 5 'Structure model' 1 4 2019-01-30 6 'Structure model' 1 5 2019-02-06 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Version format compliance' 2 3 'Structure model' 'Version format compliance' 3 4 'Structure model' 'Refinement description' 4 5 'Structure model' 'Data collection' 5 5 'Structure model' 'Experimental preparation' 6 6 'Structure model' 'Data collection' 7 6 'Structure model' 'Experimental preparation' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 4 'Structure model' software 2 5 'Structure model' exptl_crystal_grow 3 6 'Structure model' exptl_crystal_grow # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 4 'Structure model' '_software.name' 2 5 'Structure model' '_exptl_crystal_grow.method' 3 6 'Structure model' '_exptl_crystal_grow.temp' # loop_ _pdbx_refine_tls.pdbx_refine_id _pdbx_refine_tls.id _pdbx_refine_tls.details _pdbx_refine_tls.method _pdbx_refine_tls.origin_x _pdbx_refine_tls.origin_y _pdbx_refine_tls.origin_z _pdbx_refine_tls.T[1][1] _pdbx_refine_tls.T[2][2] _pdbx_refine_tls.T[3][3] _pdbx_refine_tls.T[1][2] _pdbx_refine_tls.T[1][3] _pdbx_refine_tls.T[2][3] _pdbx_refine_tls.L[1][1] _pdbx_refine_tls.L[2][2] _pdbx_refine_tls.L[3][3] _pdbx_refine_tls.L[1][2] _pdbx_refine_tls.L[1][3] _pdbx_refine_tls.L[2][3] _pdbx_refine_tls.S[1][1] _pdbx_refine_tls.S[1][2] _pdbx_refine_tls.S[1][3] _pdbx_refine_tls.S[2][1] _pdbx_refine_tls.S[2][2] _pdbx_refine_tls.S[2][3] _pdbx_refine_tls.S[3][1] _pdbx_refine_tls.S[3][2] _pdbx_refine_tls.S[3][3] 'X-RAY DIFFRACTION' 1 ? refined -9.7458 195.1668 20.7769 0.0823 0.0801 0.0850 0.0129 -0.0453 -0.0438 1.1875 -0.1986 0.6610 0.3959 -0.2404 0.4092 -0.0051 -0.0919 -0.0678 -0.0403 0.0304 0.0504 -0.0549 -0.1087 0.0217 'X-RAY DIFFRACTION' 2 ? refined -15.2486 217.6087 6.9671 0.2626 0.2189 0.3184 0.1422 -0.0756 0.0116 0.2146 0.3674 0.4509 0.0020 -0.3336 0.0421 -0.1029 -0.0671 -0.1741 0.3752 0.0801 0.0214 -0.5253 -0.3003 0.2101 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ? refined -2.1096 197.8171 11.6555 0.0914 0.1518 0.1304 -0.0132 -0.0411 -0.0678 0.6462 0.2804 0.1623 0.2434 -0.2903 0.0652 -0.0135 0.2409 -0.0844 -0.0016 -0.0737 0.0748 0.0931 -0.0090 0.0472 'X-RAY DIFFRACTION' 4 ? refined -12.4807 207.5545 30.1157 0.1189 0.0927 0.0224 0.0191 -0.0336 -0.0522 0.5258 0.8501 0.5149 0.1078 -0.5031 -0.0237 0.1115 -0.1959 0.1598 0.1058 -0.0188 0.0712 -0.1081 -0.1247 -0.0234 'X-RAY DIFFRACTION' 5 ? refined 27.1474 203.6838 12.9929 0.0487 0.0392 0.1155 -0.0164 -0.0270 -0.0109 0.6127 0.0734 0.4063 0.2645 -0.1069 -0.0813 -0.0182 0.0097 -0.1014 0.0588 0.0329 -0.1273 0.0183 -0.0170 -0.0130 'X-RAY DIFFRACTION' 6 ? refined 11.3544 217.9871 12.6737 0.1687 0.0834 0.1436 -0.0049 -0.0617 0.0271 0.6081 0.2040 0.4371 0.3069 0.0747 0.5484 -0.0692 0.1123 0.3498 0.1035 -0.0546 0.1131 -0.0312 0.0376 0.1570 'X-RAY DIFFRACTION' 7 ? refined 13.8499 218.0069 23.1279 0.0881 0.0929 0.1717 -0.0043 -0.0182 0.0033 0.3064 0.5173 0.2863 0.1130 0.3419 0.1298 -0.0116 -0.1824 0.1883 0.0584 -0.1326 0.1743 -0.0408 0.0068 0.1028 'X-RAY DIFFRACTION' 8 ? refined 18.5911 208.0671 0.6096 0.1831 0.1172 0.0532 -0.0275 -0.0451 0.0191 0.8271 0.1509 0.3155 -0.3070 0.0495 0.2044 -0.0651 0.2811 0.1527 -0.1792 0.0253 0.0180 0.0236 -0.0299 0.0149 'X-RAY DIFFRACTION' 9 ? refined 21.4487 192.7922 49.4600 0.0734 0.2033 0.2382 -0.0483 -0.0823 0.1176 0.7376 2.1197 1.6554 0.5594 0.1222 -0.8701 -0.1581 0.1318 0.2484 -0.0541 -0.4303 -0.6998 -0.0861 0.4840 0.3674 'X-RAY DIFFRACTION' 10 ? refined 4.4611 185.2009 53.3124 0.0747 0.0709 0.0708 0.0298 -0.0493 -0.0443 0.7976 0.2779 0.2802 0.2976 -0.1136 -0.4255 -0.0474 -0.0232 -0.0492 -0.0118 0.0188 -0.0281 -0.0841 0.1207 -0.0264 'X-RAY DIFFRACTION' 11 ? refined 5.7309 195.0037 65.6347 0.1348 0.1863 0.1415 -0.0578 -0.0840 -0.0506 0.3901 0.4302 0.8295 -0.0101 -0.2223 -0.3367 -0.0124 -0.1634 0.0758 0.1436 -0.0005 -0.2627 -0.3002 0.2033 -0.0337 'X-RAY DIFFRACTION' 12 ? refined 8.6253 204.0488 48.6748 0.1937 0.0604 0.0510 -0.0940 -0.1375 -0.0330 1.4595 0.8054 1.0319 -0.1695 -0.3082 -1.1451 0.1186 0.1830 0.3496 0.3988 -0.2721 -0.1800 -0.3702 0.2504 0.1520 'X-RAY DIFFRACTION' 13 ? refined -38.1851 184.0201 68.7648 0.1403 0.3372 0.0778 -0.0336 0.0053 -0.0233 0.2553 1.1406 0.5705 0.2501 -0.0696 0.5102 0.1020 -0.1264 -0.1225 -0.0716 0.1811 -0.3296 0.3969 0.0258 -0.1820 'X-RAY DIFFRACTION' 14 ? refined -21.9177 188.1481 59.2571 0.1045 0.1347 0.0608 0.0225 -0.0259 -0.0761 0.5329 -0.1313 0.8604 -0.0746 -0.3090 -0.2244 -0.0259 -0.0364 0.0321 0.0739 -0.0522 0.0734 -0.0413 -0.0904 0.0438 'X-RAY DIFFRACTION' 15 ? refined -18.3729 205.7547 63.3649 0.1834 0.1951 0.0567 0.0531 -0.0263 -0.0864 0.4601 0.1200 0.1722 -0.2793 -0.1991 -0.0273 0.0257 -0.0735 -0.0283 -0.1425 -0.0405 -0.0175 -0.1905 -0.1776 0.0803 'X-RAY DIFFRACTION' 16 ? 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