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'RHODOBACTER CAPSULATUS' 1061 ? ? ? ? ? ? ? ? 'ESCHERICHIA COLI' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'RHODOBACTER CAPSULATUS' 1061 ? ? ? ? ? ? ? ? 'ESCHERICHIA COLI' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP BCHD_RHOCA 1 ? ? P26175 ? 2 UNP BCHI_RHOCA 2 ? ? 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'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 2X31 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.crystals_number ? # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews ? _exptl_crystal.density_percent_sol ? _exptl_crystal.description ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l ? _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol ? _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type ? # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength . _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 2X31 _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high 7.50 _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 22890 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 22890 _refine_hist.d_res_high 7.50 _refine_hist.d_res_low . # _struct.entry_id 2X31 _struct.title ;Modelling of the complex between subunits BchI and BchD of magnesium chelatase based on single-particle cryo-EM reconstruction at 7.5 ang ; _struct.pdbx_descriptor 'MAGNESIUM-CHELATASE 60 KDA SUBUNIT (E.C.6.6.1.1), MAGNESIUM-CHELATASE 38 KDA SUBUNIT (E.C.6.6.1.1)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 2X31 _struct_keywords.pdbx_keywords LIGASE _struct_keywords.text 'LIGASE, BACTERIOCHLOROPHYLL BIOSYNTHESIS, PHOTOSYNTHESIS' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 2 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 VAL A 20 ? ALA A 37 ? VAL A 23 ALA A 40 1 ? 17 HELX_P HELX_P2 2 SER A 63 ? LEU A 74 ? SER A 66 LEU A 77 1 ? 12 HELX_P HELX_P3 3 LEU A 82 ? GLN A 95 ? LEU A 85 GLN A 98 1 ? 14 HELX_P HELX_P4 4 ASP A 118 ? GLU A 124 ? ASP A 121 GLU A 127 1 ? 7 HELX_P HELX_P5 5 LEU A 125 ? GLY A 127 ? LEU A 128 GLY A 130 5 ? 3 HELX_P HELX_P6 6 ILE A 137 ? MET A 142 ? ILE A 140 MET A 145 5 ? 6 HELX_P HELX_P7 7 VAL A 145 ? ARG A 152 ? VAL A 148 ARG A 155 1 ? 8 HELX_P HELX_P8 8 LEU A 171 ? ALA A 186 ? LEU A 174 ALA A 189 1 ? 16 HELX_P HELX_P9 9 VAL B 20 ? GLY B 35 ? VAL B 23 GLY B 38 1 ? 15 HELX_P HELX_P10 10 SER B 63 ? LEU B 74 ? SER B 66 LEU B 77 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 11 LEU B 82 ? THR B 92 ? LEU B 85 THR B 95 1 ? 11 HELX_P HELX_P12 12 ASP B 118 ? GLU B 124 ? ASP B 121 GLU B 127 1 ? 7 HELX_P HELX_P13 13 LEU B 125 ? GLY B 127 ? LEU B 128 GLY B 130 5 ? 3 HELX_P HELX_P14 14 VAL B 145 ? ARG B 152 ? VAL B 148 ARG B 155 1 ? 8 HELX_P HELX_P15 15 LEU B 171 ? ALA B 186 ? LEU B 174 ALA B 189 1 ? 16 HELX_P HELX_P16 16 LEU C 23 ? ALA C 37 ? LEU C 26 ALA C 40 1 ? 15 HELX_P HELX_P17 17 SER C 63 ? LEU C 74 ? SER C 66 LEU C 77 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 18 LEU C 82 ? GLN C 95 ? LEU C 85 GLN C 98 1 ? 14 HELX_P HELX_P19 19 ASP C 118 ? 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SER E 66 LEU E 77 1 ? 12 HELX_P HELX_P34 34 LEU E 82 ? VAL E 91 ? LEU E 85 VAL E 94 1 ? 10 HELX_P HELX_P35 35 ASP E 118 ? GLU E 128 ? ASP E 121 GLU E 131 1 ? 11 HELX_P HELX_P36 36 ILE E 137 ? MET E 142 ? ILE E 140 MET E 145 5 ? 6 HELX_P HELX_P37 37 VAL E 145 ? ARG E 152 ? VAL E 148 ARG E 155 1 ? 8 HELX_P HELX_P38 38 LEU E 171 ? ALA E 185 ? LEU E 174 ALA E 188 1 ? 15 HELX_P HELX_P39 39 LEU F 23 ? GLY F 35 ? LEU F 26 GLY F 38 1 ? 13 HELX_P HELX_P40 40 SER F 63 ? LEU F 74 ? SER F 66 LEU F 77 1 ? 12 HELX_P HELX_P41 41 LEU F 82 ? THR F 92 ? LEU F 85 THR F 95 1 ? 11 HELX_P HELX_P42 42 ASP F 118 ? GLU F 124 ? ASP F 121 GLU F 127 1 ? 7 HELX_P HELX_P43 43 LEU F 125 ? GLY F 127 ? LEU F 128 GLY F 130 5 ? 3 HELX_P HELX_P44 44 ILE F 137 ? GLY F 141 ? ILE F 140 GLY F 144 5 ? 5 HELX_P HELX_P45 45 VAL F 145 ? ARG F 152 ? VAL F 148 ARG F 155 1 ? 8 HELX_P HELX_P46 46 ASP F 159 ? ALA F 161 ? ASP F 162 ALA F 164 5 ? 3 HELX_P HELX_P47 47 LEU F 171 ? ALA F 186 ? LEU F 174 ALA F 189 1 ? 16 HELX_P HELX_P48 48 GLN G 29 ? ASP G 42 ? GLN G 29 ASP G 42 1 ? 14 HELX_P HELX_P49 49 PRO G 43 ? GLY G 46 ? PRO G 43 GLY G 46 5 ? 4 HELX_P HELX_P50 50 ASP G 53 ? THR G 56 ? ASP G 53 THR G 56 5 ? 4 HELX_P HELX_P51 51 GLY G 57 ? ALA G 66 ? GLY G 57 ALA G 66 1 ? 10 HELX_P HELX_P52 52 ALA G 67 ? LEU G 69 ? ALA G 67 LEU G 69 5 ? 3 HELX_P HELX_P53 53 ASN G 84 ? ILE G 88 ? ASN G 84 ILE G 88 5 ? 5 HELX_P HELX_P54 54 SER G 114 ? GLY G 120 ? SER G 114 GLY G 120 1 ? 7 HELX_P HELX_P55 55 ASP G 123 ? ILE G 128 ? ASP G 123 ILE G 128 1 ? 6 HELX_P HELX_P56 56 SER G 129 ? ALA G 134 ? SER G 129 ALA G 134 5 ? 6 HELX_P HELX_P57 57 LEU G 139 ? ALA G 143 ? LEU G 139 ALA G 143 5 ? 5 HELX_P HELX_P58 58 GLU G 157 ? GLY G 171 ? GLU G 157 GLY G 171 1 ? 15 HELX_P HELX_P59 59 ARG G 202 ? PHE G 209 ? ARG G 202 PHE G 209 1 ? 8 HELX_P HELX_P60 60 VAL G 221 ? THR G 233 ? VAL G 221 THR G 233 1 ? 13 HELX_P HELX_P61 61 ALA G 240 ? LEU G 263 ? ALA G 240 LEU G 263 1 ? 24 HELX_P HELX_P62 62 ALA G 268 ? GLY G 284 ? ALA G 268 GLY G 284 1 ? 17 HELX_P HELX_P63 63 GLY G 287 ? GLY G 306 ? GLY G 287 GLY G 306 1 ? 20 HELX_P HELX_P64 64 GLY G 311 ? LEU G 323 ? GLY G 311 LEU G 323 1 ? 13 HELX_P HELX_P65 65 THR G 344 ? LEU G 349 ? THR G 344 LEU G 349 1 ? 6 HELX_P HELX_P66 66 ASP H 31 ? ASP H 42 ? ASP H 31 ASP H 42 1 ? 12 HELX_P HELX_P67 67 PRO H 43 ? GLY H 46 ? PRO H 43 GLY H 46 5 ? 4 HELX_P HELX_P68 68 GLY H 57 ? LEU H 69 ? GLY H 57 LEU H 69 1 ? 13 HELX_P HELX_P69 69 ASN H 84 ? ILE H 88 ? ASN H 84 ILE H 88 5 ? 5 HELX_P HELX_P70 70 SER H 114 ? VAL H 119 ? SER H 114 VAL H 119 1 ? 6 HELX_P HELX_P71 71 ASP H 123 ? GLY H 131 ? ASP H 123 GLY H 131 1 ? 9 HELX_P HELX_P72 72 LEU H 139 ? ASN H 144 ? LEU H 139 ASN H 144 5 ? 6 HELX_P HELX_P73 73 GLU H 157 ? GLY H 171 ? GLU H 157 GLY H 171 1 ? 15 HELX_P HELX_P74 74 PRO H 203 ? PHE H 209 ? PRO H 203 PHE H 209 1 ? 7 HELX_P HELX_P75 75 GLU H 222 ? THR H 233 ? 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OD1 I ASP 232 ? ? 2.19 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 SER A 7 ? ? 56.88 -78.15 2 1 VAL A 15 ? ? -62.40 85.72 3 1 VAL A 23 ? ? 62.33 82.11 4 1 ALA A 43 ? ? 82.46 -27.19 5 1 VAL A 47 ? ? -65.80 87.52 6 1 ARG A 53 ? ? 76.44 -20.89 7 1 ALA A 57 ? ? 63.35 160.49 8 1 GLN A 58 ? ? -143.93 -78.27 9 1 PRO A 78 ? ? -75.48 -149.49 10 1 MET A 93 ? ? -91.36 -84.51 11 1 ALA A 96 ? ? -148.78 -9.47 12 1 SER A 101 ? ? -77.85 49.22 13 1 ARG A 102 ? ? 178.67 -56.24 14 1 MET A 104 ? ? 72.08 162.34 15 1 THR A 105 ? ? -51.52 106.76 16 1 ARG A 115 ? ? -79.33 -167.97 17 1 LEU A 120 ? ? -79.43 -70.38 18 1 ASP A 121 ? ? 40.05 -92.03 19 1 GLU A 131 ? ? 65.52 167.21 20 1 ALA A 137 ? ? -66.89 76.19 21 1 ARG A 138 ? ? -66.17 79.64 22 1 ALA A 139 ? 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