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P . n # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id 1 1 Y 1 E ASN 523 ? CG ? C ASN 523 CG 2 1 Y 1 E ASN 523 ? OD1 ? C ASN 523 OD1 3 1 Y 1 E ASN 523 ? ND2 ? C ASN 523 ND2 4 1 Y 1 E HIS 524 ? CG ? C HIS 524 CG 5 1 Y 1 E HIS 524 ? ND1 ? C HIS 524 ND1 6 1 Y 1 E HIS 524 ? CD2 ? C HIS 524 CD2 7 1 Y 1 E HIS 524 ? CE1 ? C HIS 524 CE1 8 1 Y 1 E HIS 524 ? NE2 ? C HIS 524 NE2 9 1 Y 1 E ARG 527 ? NE ? C ARG 527 NE 10 1 Y 1 E ARG 527 ? CZ ? 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C GLU 559 OE2 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 31LY _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 31LY _struct.title 'Yersinia entomophaga holotoxin in its lollipop pore state' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 31LY _struct_keywords.text 'Bacterial toxin, YenTc, prepore, pore-forming toxin, TOXIN' _struct_keywords.pdbx_keywords TOXIN # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP YENA2_YERET B6A878 ? 1 ;MSNSIEAKLQEDLRDALVDYYLGQIVPNSKDFTNLRSTIKNVDDLYDHLLLDTQVSAKVITSRLSLVTQSVQQYINRIAL NLEPGLSINQQEATDWEEFANRYGYWAANQQLRMFPEIYVDPTLRLTKTEFFFQLESALNQGKLTDDVAQKAVLGYLNNF EEVSNLEIIAGYQDGIDIENDKTYFVARTRMQPYRYFWRSLDASQRNANSQELYPTAWSEWKAISVPLENVANGIVRPIM MDNRLYISWFEVAEEKETDSDGNIIVSGRYRTKIRLAHLGFDGVWSSGTTLREEVLADQMEEMIAVVDRMEDEPRLALVA FKEMSESWDVVFSYICDSMLIESSNLPTTTHPPKPGDGDKGLSDLDDYGANLVWFYLHETANGGKAEYKQLILYPVIINR DWPIELDKTHQGDFGTVDDFTLNSNYTGDELSLYLQSSSTYKYDFSKSKNIIYGIWKEDANNNRCWLNYKLLTPEDYEPQ INATLVMCDKGDVNIITGFSLPNGGVDAGGKIKVTLRVGKKLRDKFQIKQFSQTQYLQFPEASSADVWYIGKQIRLNTLF AKELIGKASRSLDLVLSWETQNSRLEEAILGGAAELIDLDGANGIYFWELFFHMPFMVSWRFNVEQRYEDANRWVKYLFN PFECEDEPALLLGKPPYWNSRPLVDEPFKGYSLTQPSDPDAIAASDPIHYRKAVFNFLTKNIIDQGDMEYRKLQPSARTL ARLSYSTASSLLGRRPDVQLTSFWQPLTLEDASYKTDSEIRAIEMQSQPLTFEPVVHDQTMSAVDNDIFMYPMNNELRGL WDRIENRIYNLRHNLTLDGKEINMDLYDSSISPRGLMKQRYQRVVTARNASKMNFKVPNYRFEPMLNRSKSGVETLIQFG STLLSLLERKDSLSFDAYQMIQSGDLYRFSIDLQQQDIDINKASLEALQVSKQSAQDRYDHFKELYDENISSTEQKVIEL QSQAANSLLMAQGMRTAAAALDVIPNIYGLAVGGSHWGAPLNAAAEIIMIKYQADSSKSESLSVSESYRRRRQEWELQYK QAEWEVNSVEQQINLQNMQIKAANKRLEQVEAQQQQAMALLDYFSERFTNESLYTWLISQLSSLYLQAYDAVLSLCLSAE ASLLYELNLGEQSFVGGGGWNDLYQGLMAGETLKLALMRMERVYVEQNSRRQEITKTISLKALLGESWPAELNKLKQKTP INFNLEEQIFVEDYQELYQRRIKSVSVSLPMLVGPYEDVCAQLTQTSSSYSTRADLKTVENMLTKRTFADTPHLVRSIQP NQQISLSTGVNDSGLFMLNFDDERFLPFEGSGVDSSWRLQFTNLKQNLDSLNDVILHVKYTAAIGSSTFSQGVRKILANI NNDE ; 1 2 UNP YENB_YERET B6A880 ? 2 ;MQNSQEMAITTLSLPKGGGAINGMGESVGQAGPDGMVTFSIPLPFSAGRGVAPALSLSYSSGAGNGPFGMGWQCSAMSIS RRTQKGVPQYNEDDEFLSPSGEVMAIALNDSGFEDVRTANRLQGIPLPFSYKVTRYQPRLIQDFIKIEYWQPVKQTDGTP FWIIYSPDGQTHILGKNSHSRVANAENPSQIASWLLEETVTPTGEHIYYQYSGENQVNCTDAEIALHPQDSAQRYLARID YGNISPQASLFVLDEELPNLTQWLFHLVFDYGERDISINKIPTFEGGTTGWLARPDMFSRYDFGIEIRNRRLCHQVLGFH RLEALNDRDVTDEIPVLVNRLTLDYDLNNSVSTLVAVRQVAYETDGSPITQPPLEFDYQRFDTGSIPGWQEMPQLEAFNG YQPYQMIDLYGEGTPGILYQETPGAWWYKSPQRQIGGDSNAVTYGAMKALPKIPRLQEGATLMDINGDGRLDWVITSAGV RGFHSIHSTGEWTHFTPLNTLPTEYFHPKAQLADLVGAGLSDLVLIGPKSVRLYANQQGNWAPAQDVTQAENVSLPVIGI DSRQLVAFADMLGSGQQHLVEITADSVKCWPNMGHGRFGQPLTLEGFSQPQTSFNPDRVFLADIDGSGTNDIIYAHSECL EIYLNESGNRFSKPISLLLPDGVNFDNTCQLQAADIQGLGIASLVMTVPHMSPTHWRCDLALNKPWLLNVMNNNRGAETC LFYRSSAQFWLDEKQLVEAAGQQPECHLPFPMHLHWRSEIFDEITGNRLTQEQEYAHGSWDGQEREFRGFGRLIQRDTDG FAQGTVDIPTHPSRTVSWFATGIPEIDTTLSAEFWRGDDQAFSPFSPRFTRWENDSEAGSDVAFIPSEHDAFWLNRAMKG QLLRSELYGDDGTPEAEIPYSVTEMRHQVRALPTTDATVPSAWCSTIETRSYQYQRVAADPQCSQQVVIKADRYGSPLLS VAINYPRRKKPEKSPYPDDLPETLFDSSYDTQQQQLHLTKQQQNYFHLTNDDNWLLGLPKEQRNDGYQYDQERAPANGFT LETLIASNSLIGSNQPFTYLGQSRVAYQGGVDEQPSLQALVAYGETAILDEKTLQAFVGVLDSKTRDELLFSAGYQLAPR LFRVESEPDVWVARQGYSEFGDYSQFWRPLSQRSTLLTGKTTLKWDKHYCVVIETQDAAQLVTQARYDYRFLTPYSLTDA NDNQHYVVLNPFGEVIASRFWGTEAGKDAGYSTPQAKPFVVPATIEAALALSPGIPVAHCAIFEPESWMQKLTQHDVSER MADNGTLWNALLQARFVTEDGYVCALGRRRWMARHGLSVLMLTLLAEIPRTPPHSLTITTDRYDSDDQQQLRQRILFSDG FGRLLQSAQRVEAGESWQRSEDSSLVVNVSGTPALVVTDNRWAVSGRTEYDGKGQGIRVYQPYFLDDWRYLSDDSARTDL FADTHIYDPLGREYQVITAKGYRRERQYTPWFVVNQDENDTAANLAI ; 1 3 UNP YENC2_YERET B6A882 ? 3 ;MDIQLFSKTPSVTVFDNRGLSVRDIAYRRHPDTPKVTEECITYHQFDFRGFLAQSLDPRLNHKEVTNFSYLTDLNGNIIY TQSVDAGNTLVLNDTEGRSVIAMTNISRGENGKDDLSLAVTRTFQYENAPLPGRPLSVTEQVNGENARITEHFVYAGNTP QEKNLNLAGQCVSYYDAAGLIQTDSVSLTGKPLSVSRKLLKNLDDTNILADWQGNDTSAWNSLLATEIYTTVTRTDAAGA VLTTIDAVGNQQRVAFDIAGQLSASWLTLKGGQEQVIIKVLTYSAAGQKLREEGGNGVVTTYTYEAETQRLIGIKTERPN GHAAGAKVLQDLRYEYDPVGNVLSITNDAEETRFWRNQKVVPENAYRYDSLYQLVSASGREVAGAGQQGSDLPSPLVPLP SDSSVYTNYTRTYTYDSAGNLMRIRHSAPATNNNYTLNITVSERSNRGVMSSLTENPADVDALFTASGSQKCLQQGQSLI WTPRGELRTVLLVARGETADDSESYRYDGSSQRILKISSQQTNHSARVQRALYLPGLEWRTMTGGVAEAENLQVICIGEA GRAQVRVLHWESGKPDGIINDQIRWSYDNLTCSSGLEVDGDGLVISMEEYYPYGGTAVWAARSHIETAYKTVRYSGKERD ATGLYYYGFRYYQPWAGRWLSADPAGTVDGLNLYRMVRNNPLRLTDPDGMAPLDWLDLDTTNASRDIVKAIYQLNQIDGP HRGVRDTYQRMTESTGMILQETLNNEAVLKGIKQKDKEKKSRGMKFTNSKLKTYAAHAGVLNTLQPDPVYKDGFLNLPGS LGNKNTFPGVELIEDKVKPSLSQYHPDKLGKSQRWKPESSLGYYRVADTEAFITGIRSQYKSSGTDLHAVVEGRIRDHLL ANNNVLPKMAGIAGLHAEVQALNYIISNPDIEGGNAERLNGSYIFTQRLVGDVNQDFPACYNCSGIISGLENVMTGRVNN DVRLKRRKSF ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 31LY B 1 ? 1364 ? B6A878 1 ? 1364 ? 1 1364 2 2 31LY D 1 ? 1487 ? B6A880 1 ? 1487 ? 1 1487 3 3 31LY E 1 ? 970 ? B6A882 1 ? 970 ? 1 970 4 1 31LY G 1 ? 1364 ? B6A878 1 ? 1364 ? 1 1364 5 1 31LY J 1 ? 1364 ? B6A878 1 ? 1364 ? 1 1364 6 1 31LY M 1 ? 1364 ? B6A878 1 ? 1364 ? 1 1364 7 1 31LY P 1 ? 1364 ? B6A878 1 ? 1364 ? 1 1364 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 31LY ASP D 1484 ? UNP B6A880 ASN 1484 conflict 1484 1 3 31LY SER E 113 ? UNP B6A882 LYS 113 conflict 109 2 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ARG A 861 ? 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