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EMD-58590 'consensus EM volume' EMDB . EMD-58591 'focused EM volume' EMDB . EMD-58592 'focused EM volume' EMDB 'CryoEM structure of substrate engaged p97 in complex with Ufd1/Npl4 and C-terminal FAF1- State II' EMD-58593 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 3 _pdbx_contact_author.email christos.gatsogiannis@uni-muenster.de _pdbx_contact_author.name_first Christos _pdbx_contact_author.name_last Gatsogiannis _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-4922-4545 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Drakonaki, A.' 1 0000-0001-7234-5540 'van den Boom, J.' 2 0000-0002-2075-9351 'Kroening, A.' 3 ? 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_citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Drakonaki, A.' 1 0000-0001-7234-5540 primary 'van den Boom, J.' 2 0000-0002-2075-9351 primary 'Kroning, A.' 3 ? primary 'Meyer, H.' 4 0000-0003-1883-1796 primary 'Gatsogiannis, C.' 5 0000-0002-4922-4545 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man Polyubiquitin-B 8576.831 6 ? ? ? ? 2 polymer man 'Nuclear protein localization protein 4 homolog' 68202.016 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'Transitional endoplasmic reticulum ATPase' 91665.227 6 3.6.4.6 'A232E, E578Q' ? ? 4 polymer man 'Ubiquitin recognition factor in ER-associated degradation protein 1' 34544.316 1 ? ? ? ? 5 polymer man 'FAS-associated factor 1' 20227.676 1 ? ? ? ? 6 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 12 ? ? ? ? 7 non-polymer syn 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE 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;MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASGADSKGDDLSTAILKQKNRPNRLIVDEAINEDNSVVSLSQPKMDELQLFRGDTVLLK GKKRREAVCIVLSDDTCSDEKIRMNRVVRNNLRVRLGDVISIQPCPDVKYGKRIHVLPIDDTVEGITGNLFEVYLKPYFL EAYRPIRKGDIFLVRGGMRAVEFKVVETDPSPYCIVAPDTVIHCEGEPIKREDEEESLNEVGYDDIGGCRKQLAQIKEMV ELPLRHPALFKEIGVKPPRGILLYGPPGTGKTLIARAVANETGAFFFLINGPEIMSKLAGESESNLRKAFEEAEKNAPAI IFIDELDAIAPKREKTHGEVERRIVSQLLTLMDGLKQRAHVIVMAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEI LQIHTKNMKLADDVDLEQVANETHGHVGADLAALCSEAALQAIRKKMDLIDLEDETIDAEVMNSLAVTMDDFRWALSQSN PSALRETVVEVPQVTWEDIGGLEDVKRELQELVQYPVEHPDKFLKFGMTPSKGVLFYGPPGCGKTLLAKAIANECQANFI SIKGPELLTMWFGESEANVREIFDKARQAAPCVLFFDQLDSIAKARGGNIGDGGGAADRVINQILTEMDGMSTKKNVFII GATNRPDIIDPAILRPGRLDQLIYIPLPDEKSRVAILKANLRKSPVAKDVDLEFLAKMTNGFSGADLTEICQRACKLAIR ESIESEIRRERERQTNPSAMEVEEDDPVPEIRRDHFEEAMRFARRSVSDNDIRKYEMFAQTLQQSRGFGSFRFPSGNQGG AGPSQGSGGGTGGSVYTEDNDDDLYG ; F,E,D,C,B,A ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MFSFNMFDHPIPRVFQNRFSTQYRCFSVSMLAGPNDRSDVEKGGKIIMPPSALDQLSRLNITYPMLFKLTNKNSDRMTHC 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_pdbx_entity_nonpoly.comp_id 6 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP 7 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' BEF 8 'MAGNESIUM ION' MG # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 GLN n 1 3 ILE n 1 4 PHE n 1 5 VAL n 1 6 LYS n 1 7 THR n 1 8 LEU n 1 9 THR n 1 10 GLY n 1 11 LYS n 1 12 THR n 1 13 ILE n 1 14 THR n 1 15 LEU n 1 16 GLU n 1 17 VAL n 1 18 GLU n 1 19 PRO n 1 20 SER n 1 21 ASP n 1 22 THR n 1 23 ILE n 1 24 GLU n 1 25 ASN n 1 26 VAL n 1 27 LYS n 1 28 ALA n 1 29 LYS n 1 30 ILE n 1 31 GLN n 1 32 ASP n 1 33 LYS n 1 34 GLU n 1 35 GLY n 1 36 ILE n 1 37 PRO n 1 38 PRO n 1 39 ASP n 1 40 GLN n 1 41 GLN n 1 42 ARG n 1 43 LEU n 1 44 ILE n 1 45 PHE n 1 46 ALA n 1 47 GLY n 1 48 LYS n 1 49 GLN n 1 50 LEU n 1 51 GLU n 1 52 ASP n 1 53 GLY n 1 54 ARG n 1 55 THR n 1 56 LEU n 1 57 SER n 1 58 ASP n 1 59 TYR n 1 60 ASN n 1 61 ILE n 1 62 GLN n 1 63 LYS n 1 64 GLU n 1 65 SER n 1 66 THR n 1 67 LEU n 1 68 HIS n 1 69 LEU n 1 70 VAL n 1 71 LEU n 1 72 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'expression tag' -1 129 10 31OP HIS A 20 ? UNP P55072 ? ? 'expression tag' 0 130 10 31OP GLU A 252 ? UNP P55072 ALA 232 variant 232 131 10 31OP GLN A 598 ? UNP P55072 GLU 578 'engineered mutation' 578 132 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 15 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 22 ? 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A ADP 904 A MG 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.829 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OD2 ? 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D ADP 902 ? 1_555 91.3 ? 10 O1B ? Y ADP . ? D ADP 902 ? 1_555 MG ? AA MG . ? D MG 904 ? 1_555 O2B ? Y ADP . ? D ADP 902 ? 1_555 73.8 ? 11 OG1 ? G THR 545 ? D THR 525 ? 1_555 MG ? AA MG . ? D MG 904 ? 1_555 O3B ? Y ADP . ? D ADP 902 ? 1_555 141.6 ? 12 O1B ? Y ADP . ? D ADP 902 ? 1_555 MG ? AA MG . ? D MG 904 ? 1_555 O3B ? Y ADP . ? D ADP 902 ? 1_555 53.6 ? 13 O2B ? Y ADP . ? D ADP 902 ? 1_555 MG ? AA MG . ? D MG 904 ? 1_555 O3B ? Y ADP . ? D ADP 902 ? 1_555 55.1 ? 14 OG1 ? H THR 272 ? C THR 252 ? 1_555 MG ? JA MG . ? C MG 906 ? 1_555 O1B ? IA ADP . ? C ADP 905 ? 1_555 149.7 ? 15 OG1 ? H THR 272 ? C THR 252 ? 1_555 MG ? JA MG . ? C MG 906 ? 1_555 O2B ? IA ADP . ? C ADP 905 ? 1_555 102.4 ? 16 O1B ? IA ADP . ? C ADP 905 ? 1_555 MG ? JA MG . ? C MG 906 ? 1_555 O2B ? IA ADP . ? C ADP 905 ? 1_555 57.9 ? 17 OG1 ? H THR 272 ? C THR 252 ? 1_555 MG ? JA MG . ? C MG 906 ? 1_555 O1A ? IA ADP . ? C ADP 905 ? 1_555 123.7 ? 18 O1B ? IA ADP . ? C ADP 905 ? 1_555 MG ? JA MG . ? C MG 906 ? 1_555 O1A ? 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A ADP 901 ? 1_555 98.5 ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 156 C . ? GLU 156 G PRO 157 C ? PRO 157 G 1 -1.10 2 TRP 200 C . ? TRP 200 G PRO 201 C ? PRO 201 G 1 5.45 3 ARG 441 C . ? ARG 441 G PRO 442 C ? PRO 442 G 1 0.35 4 ASP 189 E . ? ASP 169 F PRO 190 E ? PRO 170 F 1 0.82 5 SER 191 E . ? SER 171 F PRO 192 E ? PRO 172 F 1 -4.29 6 ALA 317 E . ? 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AE3 ? 5 ? AE4 ? 3 ? AE5 ? 2 ? AE6 ? 6 ? AE7 ? 4 ? AE8 ? 4 ? AE9 ? 2 ? AF1 ? 3 ? AF2 ? 2 ? AF3 ? 2 ? AF4 ? 5 ? AF5 ? 2 ? AF6 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? parallel AA4 3 4 ? parallel AA4 4 5 ? parallel AA4 5 6 ? parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? parallel AA6 5 6 ? anti-parallel AA6 6 7 ? anti-parallel AA6 7 8 ? parallel AA6 8 9 ? parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB3 5 6 ? anti-parallel AB3 6 7 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? parallel AB6 2 3 ? parallel AB6 3 4 ? parallel AB6 4 5 ? parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? parallel AB7 3 4 ? parallel AB7 4 5 ? parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? parallel AB8 4 5 ? anti-parallel AB8 5 6 ? anti-parallel AB8 6 7 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? parallel AC2 2 3 ? parallel AC2 3 4 ? parallel AC2 4 5 ? parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? parallel AC3 3 4 ? parallel AC3 4 5 ? parallel AC4 1 2 ? parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? parallel AC4 4 5 ? anti-parallel AC4 5 6 ? anti-parallel AC4 6 7 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? parallel AC7 2 3 ? parallel AC7 3 4 ? parallel AC7 4 5 ? parallel AC8 1 2 ? parallel AC8 2 3 ? parallel AC8 3 4 ? parallel AC8 4 5 ? parallel AC9 1 2 ? parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? parallel AC9 4 5 ? anti-parallel AC9 5 6 ? anti-parallel AC9 6 7 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? parallel AD3 2 3 ? parallel AD3 3 4 ? parallel AD3 4 5 ? parallel AD4 1 2 ? parallel AD4 2 3 ? parallel AD4 3 4 ? parallel AD4 4 5 ? parallel AD5 1 2 ? parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? parallel AD5 4 5 ? anti-parallel AD5 5 6 ? anti-parallel AD5 6 7 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? parallel AD8 2 3 ? parallel AD8 3 4 ? parallel AD8 4 5 ? parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AD9 4 5 ? parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE2 1 2 ? parallel AE2 2 3 ? parallel AE2 3 4 ? parallel AE2 4 5 ? parallel AE3 1 2 ? parallel AE3 2 3 ? parallel AE3 3 4 ? parallel AE3 4 5 ? parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE6 4 5 ? anti-parallel AE6 5 6 ? parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF4 4 5 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 THR A 12 ? 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