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US ? ? primary Biorxiv ? ? 2692-8205 ? ? ? ? ? ? 'Chaperones shape the conformational landscape of 26S-proteasome-base assembly for allosteric ATPase motor activation.' 2026 ? 10.64898/2026.06.01.729410 42282764 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1 'Acta Crystallogr D Struct Biol' ? 0353 ? ? ? ? ? ? ? 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_refine.pdbx_ls_cross_valid_method NONE _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_Zscore _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0033 ? 16018 ? f_bond_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.6506 ? 21643 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0421 ? 2466 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0041 ? 2777 ? f_plane_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 10.6257 ? 2310 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? # _struct.entry_id 35ZW _struct.title 'yeast 26S proteasome base assembly intermediate, Hsm3-Rpt1-Rpt2 (base-Hsm3-Nas6)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 35ZW _struct_keywords.text 'proteasome, chaperone, base, 26S, AAA, motor, assembly, MOTOR PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MOTOR PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 8 ? J N N 8 ? K N N 8 ? L N N 8 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP PRS7_YEAST P33299 ? 1 ;MPPKEDWEKYKAPLEDDDKKPDDDKIVPLTEGDIQVLKSYGAAPYAAKLKQTENDLKDIEARIKEKAGVKESDTGLAPSH LWDIMGDRQRLGEEHPLQVARCTKIIKGNGESDETTTDNNNSGNSNSNSNQQSTDADEDDEDAKYVINLKQIAKFVVGLG ERVSPTDIEEGMRVGVDRSKYNIELPLPPRIDPSVTMMTVEEKPDVTYSDVGGCKDQIEKLREVVELPLLSPERFATLGI DPPKGILLYGPPGTGKTLCARAVANRTDATFIRVIGSELVQKYVGEGARMVRELFEMARTKKACIIFFDEIDAVGGARFD DGAGGDNEVQRTMLELITQLDGFDPRGNIKVMFATNRPNTLDPALLRPGRIDRKVEFSLPDLEGRANIFRIHSKSMSVER GIRWELISRLCPNSTGAELRSVCTEAGMFAIRARRKVATEKDFLKAVDKVISGYKKFSSTSRYMQYN ; 1 2 UNP PRS4_YEAST P40327 ? 2 ;MGQGVSSGQDKKKKKGSNQKPKYEPPVQSKFGRKKRKGGPATAEKLPNIYPSTRCKLKLLRMERIKDHLLLEEEFVSNSE ILKPFEKKQEEEKKQLEEIRGNPLSIGTLEEIIDDDHAIVTSPTMPDYYVSILSFVDKELLEPGCSVLLHHKTMSIVGVL QDDADPMVSVMKMDKSPTESYSDIGGLESQIQEIKESVELPLTHPELYEEMGIKPPKGVILYGAPGTGKTLLAKAVANQT SATFLRIVGSELIQKYLGDGPRLCRQIFKVAGENAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFDDRG DVKVIMATNKIETLDPALIRPGRIDRKILFENPDLSTKKKILGIHTSKMNLSEDVNLETLVTTKDDLSGADIQAMCTEAG LLALRERRMQVTAEDFKQAKERVMKNKVEENLEGLYL ; 1 3 UNP HSM3_YEAST P38348 ? 3 ;MSEKETNYVENLLTQLENELNEDNLPEDINTLLRKCSLNLVTVVSLPDMDVKPLLATIKRFLTSNVSYDSLNYDYLLDVV DKLVPMADFDDVLEVYSAEDLVKALRSEIDPLKVAACRVIENSQPKGLFATSNIIDILLDILFDEKVENDKLITAIEKAL ERLSTDELIRRRLFDNNLPYLVSVKGRMETVSFVRLIDFLTIEFQFISGPEFKDIIFCFTKEEILKSVEDILVFIELVNY YTKFLLEIRNQDKYWALRHVKKILPVFAQLFEDTENYPDVRAFSTNCLLQLFAEVSRIEEDEYSLFKTMDKDSLKIGSEA KLITEWLELINPQYLVKYHKDVVENYFHVSGYSIGMLRNLSADEECFNAIRNKFSAEIVLRLPYLEQMQVVETLTRYEYT SKFLLNEMPKVMGSLIGDGSAGAIIDLETVHYRNSALRNLLDKGEEKLSVWYEPLLREYSKAVNGKNYSTGSETKIADCR ; 1 4 UNP PRS10_YEAST P53549 ? 4 ;MSEEQDPLLAGLGETSGDNHTQQSHEQQPEQPQETEEHHEEEPSRVDPEQEAHNKALNQFKRKLLEHRRYDDQLKQRRQN IRDLEKLYDKTENDIKALQSIGQLIGEVMKELSEEKYIVKASSGPRYIVGVRNSVDRSKLKKGVRVTLDITTLTIMRILP RETDPLVYNMTSFEQGEITFDGIGGLTEQIRELREVIELPLKNPEIFQRVGIKPPKGVLLYGPPGTGKTLLAKAVAATIG ANFIFSPASGIVDKYIGESARIIREMFAYAKEHEPCIIFMDEVDAIGGRRFSEGTSADREIQRTLMELLTQMDGFDNLGQ TKIIMATNRPDTLDPALLRPGRLDRKVEIPLPNEAGRLEIFKIHTAKVKKTGEFDFEAAVKMSDGFNGADIRNCATEAGF FAIRDDRDHINPDDLMKAVRKVAEVKKLEGTIEYQKL ; 1 5 UNP PRS6A_YEAST P33297 ? 5 ;MATLEELDAQTLPGDDELDQEILNLSTQELQTRAKLLDNEIRIFRSELQRLSHENNVMLEKIKDNKEKIKNNRQLPYLVA NVVEVMDMNEIEDKENSESTTQGGNVNLDNTAVGKAAVVKTSSRQTVFLPMVGLVDPDKLKPNDLVGVNKDSYLILDTLP SEFDSRVKAMEVDEKPTETYSDVGGLDKQIEELVEAIVLPMKRADKFKDMGIRAPKGALMYGPPGTGKTLLARACAAQTN ATFLKLAAPQLVQMYIGEGAKLVRDAFALAKEKAPTIIFIDELDAIGTKRFDSEKSGDREVQRTMLELLNQLDGFSSDDR VKVLAATNRVDVLDPALLRSGRLDRKIEFPLPSEDSRAQILQIHSRKMTTDDDINWQELARSTDEFNGAQLKAVTVEAGM IALRNGQSSVKHEDFVEGISEVQARKSKSVSFYA ; 1 6 UNP PRS6B_YEAST P33298 ? 6 ;MEELGIVTPVEKAVEEKPAVKSYASLLAQLNGTVNNNSALSNVNSDIYFKLKKLEKEYELLTLQEDYIKDEQRHLKRELK RAQEEVKRIQSVPLVIGQFLEPIDQNTGIVSSTTGMSYVVRILSTLDRELLKPSMSVALHRHSNALVDILPPDSDSSISV MGENEKPDVTYADVGGLDMQKQEIREAVELPLVQADLYEQIGIDPPRGVLLYGPPGTGKTMLVKAVANSTKAAFIRVNGS EFVHKYLGEGPRMVRDVFRLARENAPSIIFIDEVDSIATKRFDAQTGSDREVQRILIELLTQMDGFDQSTNVKVIMATNR ADTLDPALLRPGRLDRKIEFPSLRDRRERRLIFGTIASKMSLAPEADLDSLIIRNDSLSGAVIAAIMQEAGLRAVRKNRY VILQSDLEEAYATQVKTDNTVDKFDFYK ; 1 7 UNP PSD10_YEAST P50086 ? 7 ;MSNYPLHQACMENEFFKVQELLHSKPSLLLQKDQDGRIPLHWSVSFQAHEITSFLLSKMENVNLDDYPDDSGWTPFHIAC SVGNLEVVKSLYDRPLKPDLNKITNQGVTCLHLAVGKKWFEVSQFLIENGASVRIKDKFNQIPLHRAASVGSLKLIELLC GLGKSAVNWQDKQGWTPLFHALAEGHGDAAVLLVEKYGAEYDLVDNKGAKAEDVALNEQVKKFFLNNV ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 35ZW A 1 ? 467 ? P33299 1 ? 467 ? 1 467 2 2 35ZW B 1 ? 437 ? P40327 1 ? 437 ? 1 437 3 3 35ZW D 1 ? 480 ? P38348 1 ? 480 ? 1 480 4 4 35ZW G 1 ? 437 ? P53549 1 ? 437 ? 1 437 5 5 35ZW H 1 ? 434 ? P33297 1 ? 434 ? 1 434 6 6 35ZW L 1 ? 428 ? P33298 1 ? 428 ? 1 428 7 7 35ZW O 1 ? 228 ? P50086 1 ? 228 ? 1 228 # _struct_ref_seq_dif.align_id 4 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code 35ZW _struct_ref_seq_dif.mon_id GLN _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id G _struct_ref_seq_dif.seq_num 282 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code ? _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name UNP _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code P53549 _struct_ref_seq_dif.db_mon_id GLU _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num 282 _struct_ref_seq_dif.details 'engineered mutation' _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num 282 _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 207 ? VAL A 211 ? THR A 207 VAL A 211 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 CYS A 214 ? GLU A 226 ? CYS A 214 GLU A 226 1 ? 13 HELX_P HELX_P3 AA3 GLU A 226 ? SER A 231 ? GLU A 226 SER A 231 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 SER A 231 ? GLY A 239 ? SER A 231 GLY A 239 1 ? 9 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY A 255 ? THR A 267 ? GLY A 255 THR A 267 1 ? 13 HELX_P HELX_P6 AA6 GLY A 276 ? VAL A 280 ? GLY A 276 VAL A 280 1 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 ALA A 288 ? THR A 300 ? ALA A 288 THR A 300 1 ? 13 HELX_P HELX_P8 AA8 ILE A 311 ? GLY A 316 ? ILE A 311 GLY A 316 1 ? 6 HELX_P HELX_P9 AA9 ASN A 327 ? PHE A 343 ? ASN A 327 PHE A 343 1 ? 17 HELX_P HELX_P10 AB1 ARG A 357 ? LEU A 361 ? ARG A 357 LEU A 361 5 ? 5 HELX_P HELX_P11 AB2 ASP A 381 ? LYS A 394 ? ASP A 381 LYS A 394 1 ? 14 HELX_P HELX_P12 AB3 ARG A 403 ? LEU A 410 ? ARG A 403 LEU A 410 1 ? 8 HELX_P HELX_P13 AB4 THR A 415 ? ALA A 433 ? THR A 415 ALA A 433 1 ? 19 HELX_P HELX_P14 AB5 THR A 439 ? ILE A 451 ? THR A 439 ILE A 451 1 ? 13 HELX_P HELX_P15 AB6 MET B 167 ? VAL B 170 ? MET B 167 VAL B 170 1 ? 4 HELX_P HELX_P16 AB7 SER B 180 ? ILE B 184 ? SER B 180 ILE B 184 5 ? 5 HELX_P HELX_P17 AB8 LEU B 187 ? VAL B 198 ? LEU B 187 VAL B 198 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 AB9 VAL B 198 ? HIS B 204 ? VAL B 198 HIS B 204 1 ? 7 HELX_P HELX_P19 AC1 HIS B 204 ? GLY B 212 ? HIS B 204 GLY B 212 1 ? 9 HELX_P HELX_P20 AC2 GLY B 228 ? SER B 241 ? GLY B 228 SER B 241 1 ? 14 HELX_P HELX_P21 AC3 GLY B 249 ? LYS B 255 ? GLY B 249 LYS B 255 1 ? 7 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP B 259 ? ASN B 274 ? ASP B 259 ASN B 274 1 ? 16 HELX_P HELX_P23 AC5 ILE B 284 ? TYR B 292 ? ILE B 284 TYR B 292 1 ? 9 HELX_P HELX_P24 AC6 GLU B 301 ? PHE B 316 ? GLU B 301 PHE B 316 1 ? 16 HELX_P HELX_P25 AC7 LYS B 330 ? LEU B 334 ? LYS B 330 LEU B 334 5 ? 5 HELX_P HELX_P26 AC8 ASP B 354 ? SER B 367 ? ASP B 354 SER B 367 1 ? 14 HELX_P HELX_P27 AC9 SER B 388 ? ARG B 407 ? SER B 388 ARG B 407 1 ? 20 HELX_P HELX_P28 AD1 THR B 412 ? VAL B 428 ? THR B 412 VAL B 428 1 ? 17 HELX_P HELX_P29 AD2 TYR C 8 ? GLU C 22 ? 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