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Eva _pdbx_contact_author.name_last Nogales _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-9816-3681 # _audit_author.name 'Hibshman, G.N.' _audit_author.pdbx_ordinal 1 _audit_author.identifier_ORCID ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Biorxiv _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2692-8205 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Higher-order assembly of a type IX retron enables exploitation for designer antimicrobials.' _citation.year 2026 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.64898/2026.07.11.737809 _citation.pdbx_database_id_PubMed 42523435 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Hibshman, G.N.' 1 0000-0002-3470-4861 primary 'Wang, L.' 2 0009-0003-3862-1224 primary 'MacRae, N.' 3 ? primary 'Zhang, K.' 4 ? primary 'Florez, A.' 5 ? primary 'Shipman, S.L.' 6 0000-0003-3130-8043 primary 'Nogales, E.' 7 0000-0001-9816-3681 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Retron-Kva2 Reverse Transcriptase' 37382.836 3 ? ? ? ? 2 polymer man 'Retron-Kva2 WH' 28262.975 3 ? ? ? ? 3 polymer man 'Retron-Kva2 msdDNA' 25283.123 4 ? ? ? ? 4 polymer man 'Retron-Kva2 msrRNA' 55655.980 3 ? ? ? 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C,G,N,O ? 4 polyribonucleotide no no ;GGUAGUGGCGUUCACGAGGGUGUGUAUCAUACCCAUUUGUGAAGGUCGCGUACAGAAUGUGCGCCUGUGAAGCAGCAGGC GCUCCUUCGAAACGCCUGCUGCUUCACAGGCGUCAUCAACGAAAGCCUCAUCAGCUUUGCUUAAGGACUGACCUGGAUGA AAACGCCACUACC ; ;GGUAGUGGCGUUCACGAGGGUGUGUAUCAUACCCAUUUGUGAAGGUCGCGUACAGAAUGUGCGCCUGUGAAGCAGCAGGC GCUCCUUCGAAACGCCUGCUGCUUCACAGGCGUCAUCAACGAAAGCCUCAUCAGCUUUGCUUAAGGACUGACCUGGAUGA AAACGCCACUACC ; D,H,K ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MTALYEVAEHLTKQAKASHRKGAQTIVLADAFARSAFNRYYYACFLCIRTFVSSIEAKWSNVAHLDVPNLLRNNVKQKID AELKKGEKIGILTPGGYQSKKSMVLTSLEIMASTMSLAYIVRGIVDYEPEIKIMFNEGAFSINATSVAEAKGWLMTIKTE EAKIKRILQEVGIV ; ;MTALYEVAEHLTKQAKASHRKGAQTIVLADAFARSAFNRYYYACFLCIRTFVSSIEAKWSNVAHLDVPNLLRNNVKQKID AELKKGEKIGILTPGGYQSKKSMVLTSLEIMASTMSLAYIVRGIVDYEPEIKIMFNEGAFSINATSVAEAKGWLMTIKTE EAKIKRILQEVGIV ; I,M ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 LYS n 1 3 THR n 1 4 PRO n 1 5 LEU n 1 6 PRO n 1 7 LEU n 1 8 LEU n 1 9 PHE n 1 10 SER n 1 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AB9 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 TYR A 72 ? 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ILE F 205 ARG F 207 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ARG A 73 ? N ARG A 73 O SER A 90 ? O SER A 90 AA2 1 2 N ILE A 217 ? N ILE A 217 O SER A 228 ? O SER A 228 AA2 2 3 O LEU A 225 ? O LEU A 225 N ILE A 144 ? N ILE A 144 AA2 3 4 N SER A 143 ? N SER A 143 O LYS A 260 ? O LYS A 260 AA3 1 2 N VAL A 270 ? N VAL A 270 O PHE A 273 ? O PHE A 273 AA4 1 2 N ASN B 23 ? N ASN B 23 O THR B 28 ? O THR B 28 AA4 2 3 N ILE B 33 ? N ILE B 33 O SER B 70 ? O SER B 70 AA5 1 2 N ILE B 98 ? N ILE B 98 O PHE B 115 ? O PHE B 115 AA5 2 3 N ILE B 114 ? N ILE B 114 O GLU B 148 ? O GLU B 148 AA6 1 2 N ILE B 206 ? N ILE B 206 O ARG B 214 ? O ARG B 214 AA7 1 2 N THR E 219 ? N THR E 219 O THR E 226 ? O THR E 226 AA7 2 3 O PHE E 227 ? O PHE E 227 N LEU E 142 ? N LEU E 142 AA7 3 4 N VAL E 141 ? N VAL E 141 O SER E 262 ? O SER E 262 AA8 1 2 N VAL E 270 ? N VAL E 270 O PHE E 273 ? O PHE E 273 AA8 2 3 N LEU E 274 ? N LEU E 274 O ARG E 281 ? O ARG E 281 AA9 1 2 N ILE H 142 ? N ILE I 142 O THR H 145 ? O THR I 145 AB1 1 2 N ARG I 73 ? N ARG J 73 O SER I 90 ? 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N N 132 C N1 C2 sing N N 133 C N1 C6 sing N N 134 C C2 O2 doub N N 135 C C2 N3 sing N N 136 C N3 C4 doub N N 137 C C4 N4 sing N N 138 C C4 C5 sing N N 139 C N4 H41 sing N N 140 C N4 H42 sing N N 141 C C5 C6 doub N N 142 C C5 H5 sing N N 143 C C6 H6 sing N N 144 CYS N CA sing N N 145 CYS N H sing N N 146 CYS N H2 sing N N 147 CYS CA C sing N N 148 CYS CA CB sing N N 149 CYS CA HA sing N N 150 CYS C O doub N N 151 CYS C OXT sing N N 152 CYS CB SG sing N N 153 CYS CB HB2 sing N N 154 CYS CB HB3 sing N N 155 CYS SG HG sing N N 156 CYS OXT HXT sing N N 157 DA OP3 P sing N N 158 DA OP3 HOP3 sing N N 159 DA P OP1 doub N N 160 DA P OP2 sing N N 161 DA P "O5'" sing N N 162 DA OP2 HOP2 sing N N 163 DA "O5'" "C5'" sing N N 164 DA "C5'" "C4'" sing N N 165 DA "C5'" "H5'" sing N N 166 DA "C5'" "H5''" sing N N 167 DA "C4'" "O4'" sing N N 168 DA "C4'" "C3'" sing N N 169 DA "C4'" "H4'" sing N N 170 DA "O4'" "C1'" sing N N 171 DA "C3'" "O3'" sing N N 172 DA "C3'" "C2'" sing N N 173 DA "C3'" "H3'" sing N 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C 54 ? ? 1 1 C DC 9 1_555 C DG 59 1_555 0.232 -0.170 -0.526 -3.705 -7.929 1.562 2 C_DC2:DG52_C C 2 ? C 52 ? 19 1 1 C DG 10 1_555 C DC 58 1_555 -0.292 -0.158 -0.944 -27.370 -13.758 0.277 3 C_DG3:DC51_C C 3 ? C 51 ? 19 1 1 C DC 11 1_555 C DG 57 1_555 -0.471 0.547 -1.592 -14.175 -12.364 -21.357 4 C_DC4:DG50_C C 4 ? C 50 ? ? ? 1 C DC 12 1_555 C DG 56 1_555 0.188 -0.233 -0.724 -6.424 -2.382 -0.833 5 C_DC5:DG49_C C 5 ? C 49 ? 19 1 1 C DT 13 1_555 C DA 55 1_555 -0.094 -0.105 -0.302 -2.071 1.299 -6.647 6 C_DT6:DA48_C C 6 ? C 48 ? 20 1 1 C DG 14 1_555 C DC 54 1_555 -0.200 -0.153 -0.570 -12.136 -0.665 -0.043 7 C_DG7:DC47_C C 7 ? C 47 ? 19 1 1 C DT 15 1_555 C DA 53 1_555 -0.148 -0.170 -0.405 -5.089 0.285 -5.653 8 C_DT8:DA46_C C 8 ? C 46 ? 20 1 1 C DG 16 1_555 C DC 52 1_555 -0.157 -0.195 -0.107 -4.757 2.405 -2.224 9 C_DG9:DC45_C C 9 ? C 45 ? 19 1 1 C DA 17 1_555 C DT 51 1_555 0.117 -0.213 -0.641 -2.872 -1.420 -1.031 10 C_DA10:DT44_C C 10 ? 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