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EMD-78612 'consensus EM volume' EMDB . 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;ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no yes ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(AD2) ; ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAA J ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC) (DG)(DA)(DT) ; ;TCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCG GCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT ; K ? 8 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L N N 8 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H32_HUMAN Q71DI3 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 3 UNP H2A1_HUMAN P0C0S8 ? 3 ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 2 4 UNP H2B1C_HUMAN P62807 ? 4 ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; 2 5 PDB 37XM 37XM ? 5 ? 1 6 PDB 37XM 37XM ? 6 ? 1 7 PDB 37XM 37XM ? 7 ? 1 8 UNP PNKP_HUMAN Q96T60 ? 8 ;GEVEAPGRLWLESPPGGAPPIFLPSDGQALVLGRGPLTQVTDRKCSRTQVELVADPETRTVAVKQLGVNPSTTGTQELKP GLEGSLGVGDTLYLVNGLHPLTLRWEETRTPESQPDTPPGTPLVSQDEKRDAELPKKRMRKSNPGWENLEKLLVFTAAGV KPQGKVAGFDLDGTLITTRSGKVFPTGPSDWRILYPEIPRKLRELEAEGYKLVIFTNQMSIGRGKLPAEEFKAKVEAVVE KLGVPFQVLVATHAGLYRKPVTGMWDHLQEQANDGTPISIGDSIFVGDAAGRPANWAPGRKKKDFSCADRLFALNLGLPF ATPEEFFLKWPAAGFELPAFDPRTVSRSGPLCLPESRALLSASPEVVVAVGFPGAGKSTFLKKHLVSAGYVHVNRDTLGS WQRCVTTCETALKQGKRVAIDNTNPDAASRARYVQCARAAGVPCRCFLFTATLEQARHNNRFREMTDSSHIPVSDMVMYG YRKQFEAPTLAEGFSAILEIPFRLWVEPRLGRLYCQFSEG ; 2 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 37XM A 1 ? 135 ? Q71DI3 2 ? 136 ? 1 135 2 2 37XM B 1 ? 102 ? P62805 2 ? 103 ? 1 102 3 3 37XM C 1 ? 129 ? P0C0S8 2 ? 130 ? 1 129 4 4 37XM D 1 ? 125 ? P62807 2 ? 126 ? 1 125 5 1 37XM E 1 ? 135 ? Q71DI3 2 ? 136 ? 1 135 6 2 37XM F 1 ? 102 ? P62805 2 ? 103 ? 1 102 7 3 37XM G 1 ? 129 ? P0C0S8 2 ? 130 ? 1 129 8 4 37XM H 1 ? 125 ? P62807 2 ? 126 ? 1 125 9 5 37XM I 1 ? 147 ? 37XM 1 ? 147 ? 1 147 10 6 37XM J 1 ? 44 ? 37XM 1 ? 44 ? 1 44 11 7 37XM K 1 ? 103 ? 37XM 45 ? 147 ? 45 147 12 8 37XM L 9 ? 528 ? Q96T60 2 ? 521 ? 2 521 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 37XM ALA A 110 ? UNP Q71DI3 CYS 111 'engineered mutation' 110 1 5 37XM ALA E 110 ? UNP Q71DI3 CYS 111 'engineered mutation' 110 2 12 37XM MET L 1 ? UNP Q96T60 ? ? 'initiating methionine' -6 3 12 37XM HIS L 2 ? UNP Q96T60 ? ? 'expression tag' -5 4 12 37XM HIS L 3 ? UNP Q96T60 ? ? 'expression tag' -4 5 12 37XM HIS L 4 ? UNP Q96T60 ? ? 'expression tag' -3 6 12 37XM HIS L 5 ? UNP Q96T60 ? ? 'expression tag' -2 7 12 37XM HIS L 6 ? UNP Q96T60 ? ? 'expression tag' -1 8 12 37XM HIS L 7 ? UNP Q96T60 ? ? 'expression tag' 0 9 12 37XM GLY L 8 ? UNP Q96T60 ? ? 'expression tag' 1 10 12 37XM ALA L 178 ? UNP Q96T60 ASP 171 'engineered mutation' 171 11 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 44 ? ARG A 49 ? GLY A 44 ARG A 49 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 AA2 GLU A 50 ? GLN A 55 ? GLU A 50 GLN A 55 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 AA3 ARG A 63 ? GLN A 76 ? ARG A 63 GLN A 76 1 ? 14 HELX_P HELX_P4 AA4 GLN A 85 ? ALA A 114 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P5 AA5 MET A 120 ? GLY A 132 ? MET A 120 GLY A 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP B 24 ? ILE B 29 ? ASP B 24 ILE B 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 THR B 30 ? GLY B 41 ? THR B 30 GLY B 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P8 AA8 LEU B 49 ? ALA B 76 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P9 AA9 THR B 82 ? GLY B 94 ? THR B 82 GLY B 94 1 ? 13 HELX_P HELX_P10 AB1 THR C 16 ? GLY C 22 ? THR C 16 GLY C 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P11 AB2 PRO C 26 ? GLY C 37 ? PRO C 26 GLY C 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P12 AB3 ALA C 45 ? ASN C 73 ? ALA C 45 ASN C 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P13 AB4 ILE C 79 ? ASP C 90 ? ILE C 79 ASP C 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP C 90 ? LEU C 97 ? ASP C 90 LEU C 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P15 AB6 GLN C 112 ? LEU C 116 ? GLN C 112 LEU C 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 AB7 TYR D 37 ? HIS D 49 ? TYR D 37 HIS D 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 SER D 55 ? ASN D 84 ? SER D 55 ASN D 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P18 AB9 THR D 90 ? LEU D 102 ? THR D 90 LEU D 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P19 AC1 GLY D 104 ? SER D 123 ? GLY D 104 SER D 123 1 ? 20 HELX_P HELX_P20 AC2 GLY E 44 ? SER E 57 ? GLY E 44 SER E 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P21 AC3 ARG E 63 ? LYS E 79 ? ARG E 63 LYS E 79 1 ? 17 HELX_P HELX_P22 AC4 GLN E 85 ? ALA E 114 ? GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P23 AC5 MET E 120 ? GLY E 132 ? MET E 120 GLY E 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P24 AC6 ASN F 25 ? ILE F 29 ? ASN F 25 ILE F 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 AC7 THR F 30 ? GLY F 41 ? THR F 30 GLY F 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P26 AC8 LEU F 49 ? ALA F 76 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P27 AC9 THR F 82 ? GLN F 93 ? THR F 82 GLN F 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P28 AD1 THR G 16 ? ALA G 21 ? THR G 16 ALA G 21 1 ? 6 HELX_P HELX_P29 AD2 PRO G 26 ? GLY G 37 ? PRO G 26 GLY G 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P30 AD3 ALA G 45 ? ASN G 73 ? ALA G 45 ASN G 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P31 AD4 ILE G 79 ? ASP G 90 ? ILE G 79 ASP G 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP G 90 ? LEU G 97 ? ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P33 AD6 TYR H 37 ? HIS H 49 ? TYR H 37 HIS H 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 AD7 SER H 55 ? ASN H 84 ? SER H 55 ASN H 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P35 AD8 THR H 90 ? LEU H 102 ? THR H 90 LEU H 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P36 AD9 PRO H 103 ? SER H 124 ? PRO H 103 SER H 124 1 ? 22 HELX_P HELX_P37 AE1 PRO L 204 ? GLU L 216 ? PRO L 197 GLU L 209 1 ? 13 HELX_P HELX_P38 AE2 GLN L 226 ? ARG L 231 ? GLN L 219 ARG L 224 1 ? 6 HELX_P HELX_P39 AE3 PRO L 235 ? GLY L 251 ? PRO L 228 GLY L 244 1 ? 17 HELX_P HELX_P40 AE4 THR L 270 ? ALA L 280 ? THR L 263 ALA L 273 1 ? 11 HELX_P HELX_P41 AE5 CYS L 315 ? GLY L 325 ? CYS L 308 GLY L 318 1 ? 11 HELX_P HELX_P42 AE6 THR L 330 ? LEU L 336 ? THR L 323 LEU L 329 1 ? 7 HELX_P HELX_P43 AE7 ASP L 349 ? VAL L 353 ? ASP L 342 VAL L 346 5 ? 5 HELX_P HELX_P44 AE8 GLY L 384 ? LEU L 393 ? GLY L 377 LEU L 386 1 ? 10 HELX_P HELX_P45 AE9 VAL L 394 ? GLY L 397 ? VAL L 387 GLY L 390 5 ? 4 HELX_P HELX_P46 AF1 ASN L 402 ? GLY L 407 ? ASN L 395 GLY L 400 1 ? 6 HELX_P HELX_P47 AF2 SER L 408 ? GLN L 422 ? SER L 401 GLN L 415 1 ? 15 HELX_P HELX_P48 AF3 ASP L 434 ? GLY L 449 ? ASP L 427 GLY L 442 1 ? 16 HELX_P HELX_P49 AF4 THR L 460 ? ASP L 475 ? THR L 453 ASP L 468 1 ? 16 HELX_P HELX_P50 AF5 SER L 482 ? PHE L 493 ? SER L 475 PHE L 486 1 ? 12 HELX_P HELX_P51 AF6 THR L 497 ? GLY L 501 ? THR L 490 GLY L 494 5 ? 5 HELX_P HELX_P52 AF7 GLU L 515 ? ARG L 517 ? GLU L 508 ARG L 510 5 ? 3 HELX_P HELX_P53 AF8 LEU L 518 ? CYS L 523 ? LEU L 511 CYS L 516 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? J DA 43 "O3'" ? ? ? 1_555 J AD2 44 P1 ? ? J DA 43 J AD2 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.603 ? ? hydrog1 hydrog ? ? I DA 1 N1 ? ? ? 1_555 K DT 103 N3 ? ? I DA 1 K DT 147 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? I DA 1 N6 ? ? ? 1_555 K DT 103 O4 ? ? I DA 1 K DT 147 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? I DT 2 N3 ? ? ? 1_555 K DA 102 N1 ? ? I DT 2 K DA 146 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? I DT 2 O4 ? ? ? 1_555 K DA 102 N6 ? ? I DT 2 K DA 146 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? I DC 3 N3 ? ? ? 1_555 K DG 101 N1 ? ? I DC 3 K DG 145 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? I DC 3 N4 ? ? ? 1_555 K DG 101 O6 ? ? I DC 3 K DG 145 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? I DC 3 O2 ? ? ? 1_555 K DG 101 N2 ? ? I DC 3 K DG 145 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? I DG 4 N1 ? ? ? 1_555 K DC 100 N3 ? ? I DG 4 K DC 144 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? I DG 4 N2 ? ? ? 1_555 K DC 100 O2 ? ? I DG 4 K DC 144 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? I DG 4 O6 ? ? ? 1_555 K DC 100 N4 ? ? I DG 4 K DC 144 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? I DA 5 N1 ? ? ? 1_555 K DT 99 N3 ? ? I DA 5 K DT 143 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? I DA 5 N6 ? ? ? 1_555 K DT 99 O4 ? ? I DA 5 K DT 143 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? I DG 6 N1 ? ? ? 1_555 K DC 98 N3 ? ? I DG 6 K DC 142 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? I DG 6 N2 ? ? ? 1_555 K DC 98 O2 ? ? I DG 6 K DC 142 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? I DG 6 O6 ? ? ? 1_555 K DC 98 N4 ? ? I DG 6 K DC 142 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? I DA 7 N1 ? ? ? 1_555 K DT 97 N3 ? ? I DA 7 K DT 141 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? I DA 7 N6 ? ? ? 1_555 K DT 97 O4 ? ? I DA 7 K DT 141 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? 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