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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 3BGW _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.25 _exptl_crystal.density_percent_sol 62.14 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 291 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 7.5 _exptl_crystal_grow.pdbx_details '0.1 M Hepes (pH 7.5), 1 1.25 M MgAc, and 0.02 0.04% n-octylglucoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC QUANTUM 210' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2006-08-01 _diffrn_detector.details ? # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength . _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'ALS BEAMLINE 8.2.1' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ALS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline 8.2.1 _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.entry_id 3BGW _reflns.observed_criterion_sigma_F 2 _reflns.observed_criterion_sigma_I 2 _reflns.d_resolution_high 3.9 _reflns.d_resolution_low 40 _reflns.number_all 35965 _reflns.number_obs 35317 _reflns.percent_possible_obs 98 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.084 _reflns.pdbx_Rsym_value 0.095 _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 23 _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.pdbx_redundancy 6.9 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 # _reflns_shell.d_res_high 3.9 _reflns_shell.d_res_low 4.04 _reflns_shell.percent_possible_all 92.1 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.0508 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value 0.082 _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 2.5 _reflns_shell.pdbx_redundancy 6.4 _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all 3242 _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 # _refine.entry_id 3BGW _refine.ls_number_reflns_obs 33329 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 38.81 _refine.ls_d_res_high 3.91 _refine.ls_percent_reflns_obs 97.45 _refine.ls_R_factor_obs 0.33858 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.33801 _refine.ls_R_factor_R_free 0.34889 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 5.0 _refine.ls_number_reflns_R_free 1750 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.825 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free 0.811 _refine.B_iso_mean 119.949 _refine.aniso_B[1][1] 0.00 _refine.aniso_B[2][2] 0.00 _refine.aniso_B[3][3] 0.00 _refine.aniso_B[1][2] 0.00 _refine.aniso_B[1][3] 0.00 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details MASK _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 1.20 _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii 0.80 _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.80 _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.details ;Hydrogens have been added in the riding positions.The bad geometry on ASN174 in chains A and F is due to low resolution. The structure is the best authors can do at this resolution with the currently available crystallography program. ; _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct SAD _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD' _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free 1.077 _refine.overall_SU_ML 0.983 _refine.overall_SU_B 159.178 _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag 'LIKELY RESIDUAL' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 19724 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 19724 _refine_hist.d_res_high 3.91 _refine_hist.d_res_low 38.81 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function r_bond_refined_d 0.005 0.022 ? 20017 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_angle_refined_deg 0.610 1.963 ? 26976 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_1_deg 3.224 5.000 ? 2491 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_2_deg 32.539 25.133 ? 974 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_3_deg 14.164 15.000 ? 3743 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_dihedral_angle_4_deg 10.411 15.000 ? 132 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_chiral_restr 0.044 0.200 ? 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? ? 2 D 381 0.32 0.50 'medium positional' 3 'X-RAY DIFFRACTION' 17 ? ? ? 3 F 381 0.30 0.50 'medium positional' 3 'X-RAY DIFFRACTION' 18 ? ? ? 1 A 2093 0.04 0.50 'tight thermal' 4 'X-RAY DIFFRACTION' 19 ? ? ? 2 B 2093 0.03 0.50 'tight thermal' 4 'X-RAY DIFFRACTION' 20 ? ? ? 3 C 2093 0.02 0.50 'tight thermal' 4 'X-RAY DIFFRACTION' 21 ? ? ? 4 D 2093 0.02 0.50 'tight thermal' 4 'X-RAY DIFFRACTION' 22 ? ? ? 5 E 2093 0.02 0.50 'tight thermal' 4 'X-RAY DIFFRACTION' 23 ? ? ? 6 F 2093 0.03 0.50 'tight thermal' 4 'X-RAY DIFFRACTION' 24 ? ? ? 1 A 626 0.10 2.00 'medium thermal' 1 'X-RAY DIFFRACTION' 25 ? ? ? 2 B 626 0.06 2.00 'medium thermal' 1 'X-RAY DIFFRACTION' 26 ? ? ? 3 C 626 0.04 2.00 'medium thermal' 1 'X-RAY DIFFRACTION' 27 ? ? ? 4 D 626 0.04 2.00 'medium thermal' 1 'X-RAY DIFFRACTION' 28 ? ? ? 5 E 626 0.04 2.00 'medium thermal' 1 'X-RAY DIFFRACTION' 29 ? ? ? 6 F 626 0.04 2.00 'medium thermal' 1 'X-RAY DIFFRACTION' 30 ? ? ? 1 A 381 0.08 2.00 'medium thermal' 2 'X-RAY DIFFRACTION' 31 ? ? ? 2 C 381 0.05 2.00 'medium thermal' 2 'X-RAY DIFFRACTION' 32 ? ? ? 3 E 381 0.05 2.00 'medium thermal' 2 'X-RAY DIFFRACTION' 33 ? ? ? 1 B 381 0.05 2.00 'medium thermal' 3 'X-RAY DIFFRACTION' 34 ? ? ? 2 D 381 0.07 2.00 'medium thermal' 3 'X-RAY DIFFRACTION' 35 ? ? ? 3 F 381 0.05 2.00 'medium thermal' 3 'X-RAY DIFFRACTION' 36 ? ? ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 3.91 _refine_ls_shell.d_res_low 4.013 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 2142 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.392 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 85.24 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.429 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 93 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details 1 1 A 1 2 B 1 3 C 1 4 D 1 5 E 1 6 F 2 1 A 2 2 C 2 3 E 3 1 B 3 2 D 3 3 F 4 1 A 4 2 B 4 3 C 4 4 D 4 5 E 4 6 F # loop_ _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.selection_details 1 A 12 A 92 1 4 A ASN 14 ? A ALA 94 ? 1 ? 2 B 12 B 92 1 4 B ASN 14 ? B ALA 94 ? 1 ? 3 C 12 C 92 1 4 C ASN 14 ? C ALA 94 ? 1 ? 4 D 12 D 92 1 4 D ASN 14 ? D ALA 94 ? 1 ? 5 E 12 E 92 1 4 E ASN 14 ? E ALA 94 ? 1 ? 6 F 12 F 92 1 4 F ASN 14 ? F ALA 94 ? 1 ? 1 A 93 A 146 1 4 A SER 95 ? A GLU 148 ? 2 ? 2 C 93 C 146 1 4 C SER 95 ? C GLU 148 ? 2 ? 3 E 93 E 146 1 4 E SER 95 ? E GLU 148 ? 2 ? 1 B 93 B 146 1 4 B SER 95 ? B GLU 148 ? 3 ? 2 D 93 D 146 1 4 D SER 95 ? D GLU 148 ? 3 ? 3 F 93 F 146 1 4 F SER 95 ? F GLU 148 ? 3 ? 1 A 173 A 435 1 1 A GLY 175 ? A LEU 437 ? 4 ? 2 B 173 B 435 1 1 B GLY 175 ? B LEU 437 ? 4 ? 3 C 173 C 435 1 1 C GLY 175 ? C LEU 437 ? 4 ? 4 D 173 D 435 1 1 D GLY 175 ? D LEU 437 ? 4 ? 5 E 173 E 435 1 1 E GLY 175 ? E LEU 437 ? 4 ? 6 F 173 F 435 1 1 F GLY 175 ? F LEU 437 ? 4 ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? # _struct.entry_id 3BGW _struct.title 'The Structure Of A DnaB-Like Replicative Helicase And Its Interactions With Primase' _struct.pdbx_descriptor 'DNAB-Like Replicative Helicase' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3BGW _struct_keywords.pdbx_keywords REPLICATION _struct_keywords.text 'ATPase, REPLICATION' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? 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