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'Bombyx mori cypovirus 1' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample ? ? ? 'Bombyx mori cypovirus 1' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'The cytoplasmic polyhedrosis virus was isolated and purified from infected Bombyx mori larvae.' # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 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T . n # _exptl.entry_id 3CNF _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.crystals_number ? # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews ? _exptl_crystal.density_percent_sol ? _exptl_crystal.description ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp ? _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength . _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _refine.entry_id 3CNF _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high 3.88 _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.B_iso_min ? _refine.B_iso_max ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 2199 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 0 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 2199 _refine_hist.d_res_high 3.88 _refine_hist.d_res_low . # _database_PDB_matrix.entry_id 3CNF _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 3CNF _struct.title '3.88 Angstrom structure of cytoplasmic polyhedrosis virus by cryo-electron microscopy' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3CNF _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS _struct_keywords.text ;cytoplasmic polyhedrosis virus, capsid protein, turret protein, polyhedrin-binding domain, guanylyltransferase domain, icosahedral virus, VIRUS ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP Q6TS43_CPVBM Q6TS43 1 ;MHSTNNNSNKRNNEEKHKQPEIDSSANNGEGTSGTRAQTVGDTATEAGVRNETEAGASTRRQTDGTGLSGTNAKIATASS ARQADVEKPADVTFTIENVDDVGIMQQKKPPTVVQSRTDVFNEQFANEALHPTTKVIFNGLDVNTEVQPLSDDFKQISDP KGYLTYSVKYEDQFTKKDKLRASEADDRIVGPTVNLFKYGAAVVNIDLNRDFFDTATGIDLTKGIPLVQDLLVPIGVTAG AEQSAEYVSGLLMVLFKVMTDNRLVIVGETTTPMSNTLSTVVNNVLRTTYHNNVGVNPALLRDFTQVNWLNRDITNMLQQ AGTKYGLGLTETRLDYVRLVKTIVGHALNIDHFAASVLNINLRALMEANVTADDRIKALQAHSMISTQFHGPNQGALRPE LAFDHDHIIRCLMLAAANYPRLEGIIVQINTGYVASANVIRPVSEKRYFPENLEQNQSAARLVSAVKARASEADISSIHL AIAREVSPMFNVHELKKIAESFEDPSSIVVVLEFILFALFFPTEFNRIKGDIQNVLLLFFSRWYPVEYGIFVQRGATYTI NAAGEFEFSGRNEKWDQALYLSEHFPALFSDVPLAGANTIIAIMRLFTPQGFLRTDDLAIAANFPRASRNPQTYIPYTNQ RGTVTNEFASRFRTIVATLANVVNERAVQDDMQKATRSCTKQWLRHLETQFDNIAVAHTDHLSVVYATMSNFMLNFTNNF SGNHATFKPDQYVITSPEGSYKPIIERQGETVDGLTIIDTSIVWPILCQCTYPLVRQSGKGVDAVSIMEEIVYPDPSTTL SQSLSVAQVLSKLTLPDAFINMILSGGDSVVMRTYQTEADDDLDEGIRMTTYDQYLSHIRERLHITNVPDPIYITGASTP DQIAASVQATHVAVVLYQSGVINGPASTYLRENEVLVVMPDYYDVVSRFANANLQMNNNRYHESVLEIADIFDQADFIQT SDAVRQLRALMPTLSTSQIRHAIERIAQITDVDSTDYGKLTLRFLGTLTRSLKMQNAQIRRIRPDGTVLRYDDQIDIEAF RWSRYFLDELQLRRLSVGLRLITNPRIARRFNGVRIMYLTDDDPDPDFVPDVPEGYVAVQYAHRLFSSSLANKRNRVTYT HPPTGMAYPSPTGRPHVHMTINERAGMSKLVADNIIASVIKSNWVVDILDIEYTAEVMTPSEGYTQHVDAESIMTAPKGK LFHLQFMDGLLRPEPSAFDPPASGEDMRLIYPLQPISVARSMRAIVNHNEVDRPRGAVAPSSYEMDTGTLSRNGDLLYSP VANGQVGIPKLEVDHISFSNVVSMMTANIRTGDDMAVERVNPDDVRAINIRNA ; 1 ? 2 UNP Q9E957_CPVBM Q9E957 2 ;MWHYTSINNDTRVALDPKPNQIRTITKPNTVPQLGTDYLYTFNSQRRSHTLRLLGPFQYFNFSETDRGHPLFRLPLKYPS KAIPADELIDNLHSWMRSVHLLHVRSEDNTLRYNWMLGVYARSTNYTTPVGQLVVNAPAILNYSNPQDAFNSVFVALGID YIDIPITNSNIFDDSSTPYNVRIWHAPTMTEVNHILALMRKSTLVSTHSSWHWDVLHTFHYRSESDMIDHFAAKILEDWR QKEKLDKGALVEADRVVQRLIPLSSSTYVQRLAAIGALYPNEFTENVLDLSRLSTALLQLSDTYYQHANDQLRRLYRRMY NDSRTLYMTQRHQELLLAQITADPNILLYPYTYIFTTAYTSMNYISNTGQGRIKHSLAVTGTTEHTIADITLGPMSEDVV TISMVEPMSIAAEDMYGYVLDTPTRDIWPADEQIEQKGDAVALYDTKTSRALGMFNNTVRIDDLLSPLLGLVYRTYIKGD TMTMTQGSLDHLTLCAAVDSDITFVGNRMIAPLAEGYIPKAMHRNNSTMKMLSLYVALKKLENFTTNSYLMAPDTSIILL GAEREPAVSILRRFNRSVSNVRIIGMGDRAVEPNIRVRVPFPIDKNISADFIICDINSYEDQSFESMFGETISVVTTCAS AATRVLVKINHPSEYMINSVIERLSQLGGVFYHTALLKTASQNPYSYETYIYITPIAAAVRFPFYSNSAIINRYMTAVAD DETPIIPSIHTVIKGHSNTYSPGLFCGCIDVQSAPFALSQLKSYCSEATTWRVDSDDNLVNIIARIDPARIALEFRTRSN TSAYHEYQRYVPNGLGFKGRKTREFRYIHREVTFIHKLMTYALIREQISLTENMTQVVSIGGRNLADISVVPLNMKYVVI DPATRIETLTQEKKNIEVQSRPFSFDAASMDLENNSIYLFIAVIMNEPNGAATPARTQMDKIRNVATAMLTRTNCVAYIS FYEAGIITRLDQSTAHKTIRVEEGRLKVANYVPVDTLVEADVTLMLRDIGITHEIIRPSTPELINACSNYGIRLGSTGGA VLDVFNHYSPVIKLVRS ; 1 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3CNF A 1 ? 1333 ? Q6TS43 1 ? 1333 ? 1 1333 2 1 3CNF B 1 ? 1333 ? Q6TS43 1 ? 1333 ? 1 1333 3 2 3CNF T 1 ? 1057 ? Q9E957 1 ? 1057 ? 1 1057 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'complete icosahedral assembly' ? 180-MERIC 180 2 'icosahedral asymmetric unit' ? trimeric 3 3 'icosahedral pentamer' ? pentadecameric 15 4 'icosahedral 23 hexamer' ? octadecameric 18 5 'icosahedral asymmetric unit, std point frame' ? trimeric 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-60)' A,B,C 2 1 A,B,C 3 '(1-5)' A,B,C 4 '(1,2,6,10,23,24)' A,B,C 5 P A,B,C # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'transform to point frame' ? ? 0.50000000 0.80901699 -0.30901699 0.00000 -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 0.80901699 -0.30901699 0.50000000 0.00000 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.80901699 0.30901699 0.00000 0.80901699 0.30901700 -0.50000000 0.00000 0.30901699 0.50000000 0.80901700 0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.30901700 -0.50000000 0.80901699 0.00000 0.50000000 -0.80901699 -0.30901700 0.00000 0.80901699 0.30901700 0.50000000 0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? -0.30901699 0.50000000 0.80901699 0.00000 -0.50000000 -0.80901700 0.30901699 0.00000 0.80901700 -0.30901699 0.50000000 0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.80901700 0.30901699 0.00000 -0.80901699 0.30901699 0.50000000 0.00000 0.30901700 -0.50000000 0.80901699 0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? 0.30901699 -0.49999999 0.80901700 0.00000 -0.50000001 -0.80901699 -0.30901700 0.00000 0.80901699 -0.30901699 -0.50000000 0.00000 7 'point symmetry operation' ? 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