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RGHGKEAKATKKK ; S ? 22 'polypeptide(L)' no no ;MAQKKPKRNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAVQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARR KSRLMRKVRQLLEAAGAPLIGGGLSA ; ;MAQKKPKRNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAVQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARR KSRLMRKVRQLLEAAGAPLIGGGLSA ; T ? 23 'polypeptide(L)' no no MGKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRKKK MGKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRKKK U ? 24 'polypeptide(L)' no no ;MLDKLDRLEEEYRELEALLSDPEVLKDKGRYQSLSRRYAEMGEVIGLIREYRKVLEDLEQAESLLDDPELKEMAKAEREA LLARKEALEKELERHLLPKDPMDERDAIVEIRAGTGGEEAALFARDLFNMYLRFAEEMGFETEVLDSHPTDLGGFSKVVF EVRGPGAYGTFKYESGVHRVQRVPVTETQGRIHTSTATVAVLPKAEEEDFALNMDEIRIDVMRASGPGGQGVNTTDSAVR VVHLPTGIMVTCQDSRSQIKNREKALMILRSRLLEMKRAEEAERLRKTRLAQIGTGERSEKIRTYNFPQSRVTDHRIGFT THDLEGVLSGHLTPILEALKRADQERQLAALAEG ; ;MLDKLDRLEEEYRELEALLSDPEVLKDKGRYQSLSRRYAEMGEVIGLIREYRKVLEDLEQAESLLDDPELKEMAKAEREA LLARKEALEKELERHLLPKDPMDERDAIVEIRAGTGGEEAALFARDLFNMYLRFAEEMGFETEVLDSHPTDLGGFSKVVF EVRGPGAYGTFKYESGVHRVQRVPVTETQGRIHTSTATVAVLPKAEEEDFALNMDEIRIDVMRASGPGGQGVNTTDSAVR VVHLPTGIMVTCQDSRSQIKNREKALMILRSRLLEMKRAEEAERLRKTRLAQIGTGERSEKIRTYNFPQSRVTDHRIGFT THDLEGVLSGHLTPILEALKRADQERQLAALAEG ; X ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 A n 1 2 U n 1 3 U n 1 4 U n 1 5 G n 1 6 U n 1 7 U n 1 8 G n 1 9 G n 1 10 A n 1 11 G n 1 12 A n 1 13 G n 1 14 U n 1 15 U n 1 16 U n 1 17 G n 1 18 A n 1 19 U n 1 20 C n 1 21 C n 1 22 U n 1 23 G n 1 24 G n 1 25 C n 1 26 U n 1 27 C n 1 28 A n 1 29 G n 1 30 G n 1 31 G n 1 32 U n 1 33 G n 1 34 A n 1 35 A n 1 36 C n 1 37 G n 1 38 C n 1 39 U n 1 40 G n 1 41 G n 1 42 C n 1 43 G n 1 44 G n 1 45 C n 1 46 G n 1 47 U n 1 48 G n 1 49 C n 1 50 C n 1 51 U n 1 52 A n 1 53 A n 1 54 G n 1 55 A n 1 56 C n 1 57 A n 1 58 U n 1 59 G n 1 60 C n 1 61 A n 1 62 A n 1 63 G n 1 64 U n 1 65 C n 1 66 G n 1 67 U n 1 68 G n 1 69 C n 1 70 G n 1 71 G n 1 72 G n 1 73 C n 1 74 C n 1 75 G n 1 76 C n 1 77 G n 1 78 G n 1 79 G n 1 80 G n 1 81 U n 1 82 U n 1 83 U n 1 84 U n 1 85 A n 1 86 C n 1 87 U n 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'Thermus thermophilus' 262724 Thermus 'Thermus thermophilus' HB27 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 GB M26923 155076 1 ;AUUUGUUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGGGG UUUUACUCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACU CGGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCA UCAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACU GAGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGC UUGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACCCGGGACGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACGGUACCGGGGU AAUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAG GGCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGA CGGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGC CACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAA ACGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAA GGCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCU UACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAU GGCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUU CGGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGC CUGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCC CAGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAU ACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAG GCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUU UCUAA ; 645 ? 2 UNP RS2_THET2 P62662 4 ;MPVEITVKELLEAGVHFGHERKRWNPKFARYIYAERNGIHIIDLQKTMEELERTFRFIEDLAMRGGTILFVGTKKQAQDI VRMEAERAGMPYVNQRWLGGMLTNFKTISQRVHRLEELEALFASPEIEERPKKEQVRLKHELERLQKYLSGFRLLKRLPD AIFVVDPTKEAIAVREARKLFIPVIALADTDSDPDLVDYIIPGNDDAIRSIQLILSRAVDLIIQARGGVVEPSPSYALVQ EAEATETPEGESEVEA ; 1 ? 3 UNP RS3_THET2 P62663 5 ;MGNKIHPIGFRLGITRDWESRWYAGKKQYRHLLLEDQRIRGLLEKELYSAGLARVDIERAADNVAVTVHVAKPGVVIGRG GERIRVLREELAKLTGKNVALNVQEVQNPNLSAPLVAQRVAEQIERRFAVRRAIKQAVQRVMESGAKGAKVIVSGRIGGA EQARTEWAAQGRVPLHTLRANIDYGFALARTTYGVLGVKAYIFLGEVIGGQKPKARPELPKAEERPRRRRPAVRVKKEE ; 1 ? 4 UNP RS4_THET2 P62664 6 ;MGRYIGPVCRLCRREGVKLYLKGERCYSPKCAMERRPYPPGQHGQKRARRPSDYAVRLREKQKLRRIYGISERQFRNLFE EASKKKGVTGSVFLGLLESRLDNVVYRLGFAVSRRQARQLVRHGHITVNGRRVDLPSYRVRPGDEIAVAEKSRNLELIRQ NLEAMKGRKVGPWLSLDVEGMKGKFLRLPDREDLALPVNEQLVIEFYSR ; 1 ? 5 UNP RS5_THET2 P62665 7 ;MPETDFEEKMILIRRTARMQAGGRRFRFGALVVVGDRQGRVGLGFGKAPEVPLAVQKAGYYARRNMVEVPLQNGTIPHEI EVEFGASKIVLKPAAPGTGVIAGAVPRAILELAGVTDILTKELGSRNPINIAYATMEALRQLRTKADVERLRKGEAHAQA QG ; 1 ? 6 UNP RS6_THET2 P62666 8 ;MRRYEVNIVLNPNLDQSQLALEKEIIQRALENYGARVEKVEELGLRRLAYPIAKDPQGYFLWYQVEMPEDRVNDLARELR IRDNVRRVMVVKSQEPFLANA ; 1 ? 7 UNP RS7_THET2 P62667 9 ;MARRRRAEVRQLQPDLVYGDVLVTAFINKIMRDGKKNLAARIFYDACKIIQEKTGQEPLKVFKQAVENVKPRMEVRSRRV GGANYQVPMEVSPRRQQSLALRWLVQAANQRPERRAAVRIAHELMDAAEGKGGAVKKKEDVERMAEANRAYAHYRW ; 1 ? 8 UNP RS8_THET2 P62668 10 ;MLTDPIADMLTRIRNATRVYKESTDVPASRFKEEILRILAREGFIKGYERVDVDGKPYLRVYLKYGPRRQGPDPRPEQVI HHIRRISKPGRRVYVGVKEIPRVRRGLGIAILSTSKGVLTDREARKLGVGGELICEVW ; 1 ? 9 UNP RS9_THET2 P62669 11 ;MEQYYGTGRRKEAVARVFLRPGNGKVTVNGQDFNEYFQGLVRAVAALEPLRAVDALGRFDAYITVRGGGKSGQIDAIKLG IARALVQYNPDYRAKLKPLGFLTRDARVVERKKYGKHKARRAPQYSKR ; 1 ? 10 UNP RS10_THET2 P62653 12 ;MPKIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRK TIEQLMTLDLPTGVEIEIKTVGGGR ; 1 ? 11 UNP RS11_THET2 P62654 13 ;MAKKPSKKKVKRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSV DVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS ; 1 ? 12 UNP RS12_THET2 P61941 14 ;MPTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEHSVV LIRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAAKTAAKK ; 1 ? 13 UNP RS13_THET2 P62655 15 ;MARIAGVEIPRNKRVDVALTYIYGIGKARAKEALEKTGINPATRVKDLTEAEVVRLREYVENTWKLEGELRAEVAANIKR LMDIGCYRGLRHRRGLPVRGQRTRTNARTRKGPRKTVAGKKKAPRK ; 1 ? 14 UNP RS14Z_THET2 P62656 16 MARKALIEKAKRTPKFKVRAYTRCVRCGRARSVYRFFGLCRICLRELAHKGQLPGVRKASW 1 ? 15 UNP RS15_THET2 P62657 17 ;MPITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRA LIEKLGIRG ; 1 ? 16 UNP RS16_THET2 P62238 18 ;MVKIRLARFGSKHNPHYRIVVTDARRKRDGKYIEKIGYYDPRKTTPDWLKVDVERARYWLSVGAQPTDTARRLLRQAGVF RQEAREGA ; 1 ? 17 UNP RS17_THET2 P62658 19 ;MPKKVLTGVVVSDKMQKTVTVLVERQFPHPLYGKVIKRSKKYLAHDPEEKYKLGDVVEIIESRPISKRKRFRVLRLVESG RMDLVEKYLIRRQNYQSLSKRGGKA ; 1 ? 18 UNP RS18_THET2 P62659 20 ;MSTKNAKPKKEAQRRPSRKAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSAKEQRILAKTIKRARILGLLP FTEKLVRK ; 1 ? 19 UNP RS19_THET2 P62660 21 ;MPRSLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTY RGHGKEAKATKKK ; 1 ? 20 UNP RS20_THET2 P62661 22 ;MAQKKPKRNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAVQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARR KSRLMRKVRQLLEAAGAPLIGGGLSA ; 1 ? 21 UNP RSHX_THET2 P62613 23 MGKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRKKK 1 ? 22 UNP RF1_THET2 Q72HB8 24 ;MLDKLDRLEEEYRELEALLSDPEVLKDKGRYQSLSRRYAEMGEVIGLIREYRKVLEDLEQAESLLDDPELKEMAKAEREA LLARKEALEKELERHLLPKDPMDERDAIVEIRAGTGGEEAALFARDLFNMYLRFAEEMGFETEVLDSHPTDLGGFSKVVF EVRGPGAYGTFKYESGVHRVQRVPVTETQGRIHTSTATVAVLPKAEEEDFALNMDEIRIDVMRASGPGGQGVNTTDSAVR VVHLPTGIMVTCQDSRSQIKNREKALMILRSRLLEMKRAEEAERLRKTRLAQIGTGERSEKIRTYNFPQSRVTDHRIGFT THDLEGVLSGHLTPILEALKRADQERQLAALAEG ; 1 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3D5A A 1 ? 1525 ? 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Q72HB8 1 ? 354 ? 1 354 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 3D5A G A 457 ? GB 155076 C 1101 CONFLICT 466 1 12 3D5A ALA L 2 ? UNP P61941 ? ? INSERTION 2 2 12 3D5A LEU L 3 ? UNP P61941 ? ? INSERTION 3 3 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.entry_id 3D5A _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 3.45 _exptl_crystal.density_percent_sol 64.0 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 296 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 7.0 _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;100 mM TRIS-OAc, 200 mM KSCN, 3.5-4.5 % (w/v) PEG20K, 4-9 % PEG200, DEOXY BIGCHAP, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K ; _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # loop_ _exptl_crystal_grow_comp.crystal_id _exptl_crystal_grow_comp.id _exptl_crystal_grow_comp.sol_id _exptl_crystal_grow_comp.name _exptl_crystal_grow_comp.volume _exptl_crystal_grow_comp.conc _exptl_crystal_grow_comp.details 1 1 1 TRIS-OAc ? ? ? 1 2 1 KSCN ? ? ? 1 3 1 PEG20K ? ? ? 1 4 1 PEG200 ? ? ? 1 5 1 'DEOXY BIGCHAP' ? ? ? 1 6 1 H2O ? ? ? 1 7 2 TRIS-OAc ? ? ? 1 8 2 KSCN ? ? ? 1 9 2 PEG20K ? ? ? 1 10 2 PEG200 ? ? ? 1 11 2 'DEOXY BIGCHAP' ? ? ? 1 12 2 H2O ? ? ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'MARMOSAIC 300 mm CCD' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2007-12-17 _diffrn_detector.details 'Si(111) Double Crystal Monochromator. Adjustable focusing mirrors in K-B geometry' # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'Double crystal cryo-cooled Si(111)' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.95370 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'APS BEAMLINE 23-ID-D' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site APS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline 23-ID-D _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 0.95370 # _reflns.entry_id 3D5A _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.observed_criterion_sigma_I ? _reflns.d_resolution_high 3.2 _reflns.d_resolution_low 50 _reflns.number_all ? _reflns.number_obs 906561 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 53.870 _reflns.percent_possible_obs 95.9 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.271 _reflns.pdbx_Rsym_value 0.271 _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 8.21 _reflns.pdbx_redundancy 12.4 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 # _reflns_shell.d_res_high 3.2 _reflns_shell.d_res_low 3.3 _reflns_shell.percent_possible_all 89.0 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.795 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value 0.795 _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 2.85 _reflns_shell.pdbx_redundancy 7.0 _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 # _refine.entry_id 3D5A _refine.ls_d_res_high 3.207 _refine.ls_d_res_low 49.901 _refine.pdbx_ls_sigma_F 2.03 _refine.ls_percent_reflns_obs 95.140 _refine.ls_number_reflns_obs 906561 _refine.ls_R_factor_obs 0.292 _refine.ls_R_factor_R_work 0.292 _refine.ls_R_factor_R_free 0.319 _refine.ls_percent_reflns_R_free 0.910 _refine.ls_number_reflns_R_free 8284 _refine.ls_number_reflns_R_work 898277 _refine.B_iso_mean 153.726 _refine.solvent_model_param_bsol 20.003 _refine.solvent_model_param_ksol 0.180 _refine.aniso_B[1][1] -36.555 _refine.aniso_B[2][2] -30.132 _refine.aniso_B[3][3] -27.284 _refine.aniso_B[1][2] -0.000 _refine.aniso_B[1][3] -0.000 _refine.aniso_B[2][3] -0.000 _refine.overall_SU_ML 0.850 _refine.solvent_model_details 'FLAT BULK SOLVENT MODEL' _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii 1.110 _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii 0.900 _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ML _refine.B_iso_max 328.96 _refine.B_iso_min 0.07 _refine.pdbx_overall_phase_error 37.170 _refine.occupancy_max 1.00 _refine.occupancy_min 1.00 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.pdbx_starting_model 'PROTEIN DATA BANK ACCESSION CODES 2J00,2J01,2J02 AND 2J03.' _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.overall_SU_B ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.details ;REFINEMENT WAS PERFORMED IN CNS v1.2 AND IN PHENIX. STATISTICS AS CALCULATED BY PHENIX. TLS/NCS DEFINITIONS ARE BASED ON SEGMENT DEFINITIONS (SEGID), AS IMPLEMENTED IN THE REFINEMENT PROGRAM CNS. HETERO ATOMS ARE NOT PART OF TLS/NCS DEFINITIONS. SEGID DEFINITIONS STARTING WITH CHARACTER A REFER TO RIBOSOME A (3D5A,3D5B); B REFERS TO RIBOSOME B (3D5C,3D5D). SUBSEQUENT CHARACTERS REFER TO MOLECULE NAME. SEGIDS AS02 THROUGH AS20 AND ATHX REFER TO RIBOSOMAL PROTEINS S2 THROUGH S20 AND RIBOSOMAL PROTEIN THX OF RIBOSOME A. SEGIDS AL02 THROUGH AL35 REFER TO RIBOSOMAL PROTEINS L2 THROUGH L35 OF RIBOSOME A. SEGIDS A16S, A23S AND A5S REFER TO 16S, 23S AND 5S RIBOSOMAL RNA OF RIBOSOME A. SEGID ARF1 REFERS TO RELEASE FACTOR 1 IN RIBOSOME A COMPLEX. SEGIDS APTN AND AETN REFER TO P- AND E-SITE TRNAS OF RIBOSOME A COMPLEX. SEGID AMRN REFERS TO MESSENGER RNA OF RIBOSOME A COMPLEX. EQUIVALENT NAMING SCHEME WAS USED FOR RIBOSOME B. A COORDINATE FILE INCLUDING THE SEGID COLUMN IS AVAILABLE FROM THE DOWNLOAD AREA OF THE AUTHORS WEBSITE HTTP://RNA.UCSC.EDU. ; _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 21914 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 35870 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 383 _refine_hist.number_atoms_solvent 0 _refine_hist.number_atoms_total 58167 _refine_hist.d_res_high 3.207 _refine_hist.d_res_low 49.901 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function f_bond_d 323298 0.003 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_angle_d 483154 0.708 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_chiral_restr 61162 0.031 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_plane_restr 26466 0.002 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? f_dihedral_angle_d 132000 18.797 ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.R_factor_all _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.R_factor_R_free _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.number_reflns_obs _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 3.207 3.244 30 68.000 21189 . 0.376 0.376 . 202 . 21391 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.244 3.282 30 89.000 27806 . 0.398 0.407 . 286 . 28092 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.282 3.322 30 89.000 27816 . 0.398 0.419 . 264 . 28080 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.322 3.364 30 89.000 27960 . 0.394 0.411 . 278 . 28238 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.364 3.408 30 90.000 28085 . 0.389 0.395 . 272 . 28357 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.408 3.455 30 90.000 28388 . 0.389 0.349 . 40 . 28428 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.455 3.504 30 91.000 28404 . 0.385 0.398 . 250 . 28654 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.504 3.557 30 91.000 28378 . 0.388 0.395 . 296 . 28674 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.557 3.612 30 92.000 28636 . 0.394 0.405 . 313 . 28949 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.612 3.671 30 92.000 29014 . 0.377 0.398 . 141 . 29155 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.671 3.735 30 93.000 29194 . 0.365 0.423 . 218 . 29412 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.735 3.803 30 94.000 29487 . 0.359 0.370 . 298 . 29785 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.803 3.876 30 95.000 29845 . 0.356 0.379 . 274 . 30119 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.876 3.955 30 96.000 30276 . 0.351 0.351 . 162 . 30438 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.955 4.041 30 97.000 30594 . 0.340 0.372 . 292 . 30886 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 4.041 4.135 30 99.000 30887 . 0.337 0.389 . 298 . 31185 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 4.135 4.238 30 99.000 31078 . 0.320 0.348 . 331 . 31409 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 4.238 4.352 30 100.000 31247 . 0.307 0.363 . 335 . 31582 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 4.352 4.481 30 100.000 31379 . 0.296 0.332 . 302 . 31681 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 4.481 4.625 30 100.000 31375 . 0.280 0.313 . 323 . 31698 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 4.625 4.790 30 100.000 31474 . 0.256 0.313 . 313 . 31787 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 4.790 4.982 30 100.000 31448 . 0.240 0.277 . 297 . 31745 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 4.982 5.208 30 100.000 31480 . 0.223 0.277 . 326 . 31806 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 5.208 5.483 30 100.000 31500 . 0.212 0.249 . 336 . 31836 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 5.483 5.826 30 100.000 31637 . 0.208 0.277 . 290 . 31927 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 5.826 6.275 30 100.000 31536 . 0.196 0.260 . 324 . 31860 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 6.275 6.905 30 100.000 31721 . 0.178 0.235 . 293 . 32014 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 6.905 7.900 30 100.000 31774 . 0.163 0.198 . 315 . 32089 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 7.900 9.941 30 100.000 32019 . 0.186 0.222 . 295 . 32314 . . 'X-RAY DIFFRACTION' 9.941 49.907 30 100.000 32650 . 0.240 0.251 . 320 . 32970 . . 'X-RAY DIFFRACTION' # loop_ _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details 1 1 '(segid A23S or segid A5S or segid AL*) and not resid 2093:2196 and not resid 1051:1108' 1 2 '(segid B23S or segid B5S or segid BL*) and not resid 2093:2196 and not resid 1051:1108' 2 1 'segid A16S or segid AS* or segid AT*' 2 2 'segid B16S or segid BS* or segid BT*' 3 1 'segid APTN or segid AMRN' 3 2 'segid BPTN or segid BMRN' 4 1 'segid AETN' 4 2 'segid BETN' 5 1 'segid ARF1 and not resid 1:100' 5 2 'segid BRF1 and not resid 1:100' 6 1 'segid ARF1 and resid 1:100' 6 2 'segid BRF1 and resid 1:100' 7 1 'segid A23S and resid 2093:2196' 7 2 'segid B23S and resid 2093:2196' 8 1 'segid A23S and resid 1051:1108' 8 2 'segid B23S and resid 1051:1108' # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.selection_details 1 1 1 ? 2093 ? 2196 ? . . . . ? 2093 ? 2196 ? 1 2 1 ? 2093 ? 2196 ? . . . . ? 2093 ? 2196 ? 4 1 1 ? -1 ? -1 ? . . . . ? -1 ? -1 ? 4 2 1 ? -1 ? -1 ? . . . . ? -1 ? -1 ? 5 1 1 ? 1 ? 100 ? . . . . ? 1 ? 100 ? 5 2 1 ? 1 ? 100 ? . . . . ? 1 ? 100 ? 6 1 1 ? 1 ? 100 ? . . . . ? 1 ? 100 ? 6 2 1 ? 1 ? 100 ? . . . . ? 1 ? 100 ? 7 1 1 ? 2093 ? 2196 ? . . . . ? 2093 ? 2196 ? 7 2 1 ? 2093 ? 2196 ? . . . . ? 2093 ? 2196 ? 8 1 1 ? 1051 ? 1108 ? . . . . ? 1051 ? 1108 ? 8 2 1 ? 1051 ? 1108 ? . . . . ? 1051 ? 1108 ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? 3 ? 4 ? 5 ? 6 ? 7 ? 8 ? # _struct.entry_id 3D5A _struct.title ;Structural basis for translation termination on the 70S ribosome. This file contains the 30S subunit, release factor 1 (RF1), two tRNA, and mRNA molecules of one 70S ribosome. The entire crystal structure contains two 70S ribosomes as described in remark 400. ; _struct.pdbx_descriptor '30S RIBOSOMAL SUBUNIT' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3D5A _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME _struct_keywords.text ;Ribosome, Ribonucleoprotein, Ribosomal protein, RNA-binding, rRNA-binding, Metal-binding, Zinc-finger, tRNA-binding, Protein biosynthesis ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 2 ? E N N 4 ? F N N 5 ? G N N 6 ? H N N 7 ? I N N 8 ? J N N 9 ? K N N 10 ? L N N 11 ? M N N 12 ? N N N 13 ? O N N 14 ? P N N 15 ? Q N N 16 ? R N N 17 ? S N N 18 ? T N N 19 ? U N N 20 ? V N N 21 ? W N N 22 ? X N N 23 ? Y N N 24 ? Z N N 25 ? AA N N 25 ? BA N N 25 ? CA N N 25 ? DA N N 25 ? EA N N 25 ? FA N N 25 ? GA N N 25 ? HA N N 25 ? IA N N 25 ? JA N N 25 ? KA N N 25 ? LA N N 25 ? MA N N 25 ? NA N N 25 ? OA N N 25 ? PA N N 25 ? QA N N 25 ? RA N N 25 ? SA N N 25 ? TA N N 25 ? UA N N 25 ? VA N N 25 ? WA N N 25 ? XA N N 25 ? YA N N 25 ? ZA N N 25 ? AB N N 25 ? BB N N 25 ? CB N N 25 ? DB N N 25 ? EB N N 25 ? FB N N 25 ? GB N N 25 ? HB N N 25 ? IB N N 25 ? JB N N 25 ? KB N N 25 ? LB N N 25 ? MB N N 25 ? NB N N 25 ? OB N N 25 ? PB N N 25 ? QB N N 25 ? RB N N 25 ? SB N N 25 ? TB N N 25 ? UB N N 25 ? VB N N 25 ? WB N N 25 ? XB N N 25 ? YB N N 25 ? ZB N N 25 ? AC N N 25 ? BC N N 25 ? CC N N 25 ? DC N N 25 ? EC N N 25 ? FC N N 25 ? GC N N 25 ? HC N N 25 ? IC N N 25 ? JC N N 25 ? KC N N 25 ? LC N N 25 ? MC N N 25 ? NC N N 25 ? OC N N 25 ? PC N N 25 ? QC N N 25 ? RC N N 25 ? SC N N 25 ? TC N N 25 ? UC N N 25 ? VC N N 25 ? WC N N 25 ? XC N N 25 ? YC N N 25 ? ZC N N 25 ? AD N N 25 ? BD N N 25 ? CD N N 25 ? DD N N 25 ? ED N N 25 ? FD N N 25 ? GD N N 25 ? HD N N 25 ? ID N N 25 ? JD N N 25 ? KD N N 25 ? LD N N 25 ? MD N N 25 ? ND N N 25 ? OD N N 25 ? PD N N 25 ? QD N N 25 ? RD N N 25 ? SD N N 25 ? TD N N 25 ? UD N N 25 ? VD N N 25 ? WD N N 25 ? XD N N 25 ? YD N N 25 ? ZD N N 25 ? AE N N 25 ? BE N N 25 ? CE N N 25 ? DE N N 25 ? EE N N 25 ? FE N N 25 ? GE N N 25 ? HE N N 25 ? IE N N 25 ? JE N N 25 ? KE N N 25 ? LE N N 25 ? ME N N 25 ? NE N N 25 ? OE N N 25 ? PE N N 25 ? QE N N 25 ? RE N N 25 ? SE N N 25 ? TE N N 25 ? UE N N 25 ? VE N N 25 ? WE N N 25 ? XE N N 25 ? YE N N 25 ? ZE N N 25 ? AF N N 25 ? BF N N 25 ? CF N N 25 ? DF N N 25 ? EF N N 25 ? FF N N 25 ? GF N N 25 ? HF N N 25 ? IF N N 25 ? JF N N 25 ? KF N N 25 ? LF N N 25 ? MF N N 25 ? NF N N 25 ? OF N N 25 ? PF N N 25 ? QF N N 25 ? RF N N 25 ? SF N N 25 ? TF N N 25 ? UF N N 25 ? VF N N 25 ? WF N N 25 ? XF N N 25 ? YF N N 25 ? ZF N N 25 ? AG N N 25 ? BG N N 25 ? CG N N 25 ? DG N N 25 ? EG N N 25 ? FG N N 25 ? GG N N 25 ? HG N N 25 ? IG N N 25 ? JG N N 25 ? KG N N 25 ? LG N N 25 ? MG N N 25 ? NG N N 25 ? OG N N 25 ? PG N N 25 ? QG N N 25 ? RG N N 25 ? SG N N 25 ? TG N N 25 ? UG N N 25 ? VG N N 25 ? WG N N 25 ? XG N N 25 ? YG N N 25 ? ZG N N 25 ? AH N N 25 ? BH N N 25 ? CH N N 25 ? DH N N 25 ? EH N N 25 ? FH N N 25 ? GH N N 25 ? HH N N 25 ? IH N N 25 ? JH N N 25 ? KH N N 25 ? LH N N 25 ? MH N N 25 ? NH N N 25 ? OH N N 25 ? PH N N 25 ? QH N N 25 ? RH N N 25 ? SH N N 25 ? TH N N 25 ? UH N N 25 ? VH N N 25 ? WH N N 25 ? XH N N 25 ? YH N N 25 ? ZH N N 25 ? AI N N 25 ? BI N N 25 ? CI N N 25 ? DI N N 25 ? EI N N 25 ? FI N N 25 ? GI N N 25 ? HI N N 25 ? II N N 25 ? JI N N 25 ? KI N N 25 ? LI N N 25 ? MI N N 25 ? NI N N 25 ? OI N N 25 ? PI N N 25 ? QI N N 25 ? RI N N 25 ? SI N N 25 ? TI N N 25 ? UI N N 25 ? VI N N 25 ? WI N N 25 ? XI N N 25 ? YI N N 25 ? ZI N N 25 ? AJ N N 25 ? BJ N N 25 ? CJ N N 25 ? DJ N N 25 ? EJ N N 25 ? FJ N N 25 ? GJ N N 25 ? HJ N N 25 ? IJ N N 25 ? JJ N N 25 ? KJ N N 25 ? LJ N N 25 ? MJ N N 25 ? NJ N N 25 ? OJ N N 25 ? PJ N N 25 ? QJ N N 25 ? RJ N N 25 ? SJ N N 25 ? TJ N N 25 ? UJ N N 25 ? VJ N N 25 ? WJ N N 25 ? XJ N N 25 ? YJ N N 25 ? ZJ N N 25 ? AK N N 25 ? BK N N 25 ? CK N N 25 ? DK N N 25 ? EK N N 25 ? FK N N 25 ? GK N N 25 ? HK N N 25 ? IK N N 25 ? JK N N 25 ? KK N N 25 ? LK N N 25 ? MK N N 25 ? NK N N 25 ? OK N N 25 ? PK N N 25 ? QK N N 25 ? RK N N 25 ? SK N N 25 ? TK N N 25 ? UK N N 25 ? VK N N 25 ? WK N N 25 ? XK N N 25 ? YK N N 25 ? ZK N N 25 ? AL N N 25 ? BL N N 25 ? CL N N 25 ? DL N N 25 ? EL N N 25 ? FL N N 25 ? GL N N 25 ? HL N N 25 ? IL N N 25 ? JL N N 25 ? KL N N 25 ? LL N N 25 ? ML N N 25 ? NL N N 25 ? OL N N 25 ? PL N N 25 ? QL N N 25 ? RL N N 25 ? SL N N 25 ? TL N N 25 ? UL N N 25 ? VL N N 25 ? WL N N 25 ? XL N N 25 ? YL N N 25 ? ZL N N 25 ? AM N N 25 ? BM N N 25 ? CM N N 25 ? DM N N 25 ? EM N N 25 ? FM N N 25 ? GM N N 25 ? HM N N 25 ? IM N N 25 ? JM N N 25 ? KM N N 25 ? LM N N 25 ? MM N N 25 ? NM N N 25 ? OM N N 25 ? PM N N 25 ? QM N N 25 ? RM N N 25 ? SM N N 25 ? TM N N 25 ? UM N N 25 ? VM N N 25 ? WM N N 25 ? XM N N 25 ? YM N N 25 ? ZM N N 25 ? AN N N 25 ? BN N N 25 ? CN N N 25 ? DN N N 25 ? EN N N 25 ? FN N N 25 ? GN N N 25 ? HN N N 25 ? IN N N 25 ? JN N N 25 ? KN N N 25 ? LN N N 25 ? MN N N 26 ? NN N N 25 ? ON N N 25 ? PN N N 25 ? QN N N 25 ? RN N N 25 ? SN N N 25 ? TN N N 25 ? UN N N 25 ? VN N N 25 ? WN N N 25 ? XN N N 25 ? YN N N 25 ? ZN N N 25 ? AO N N 25 ? BO N N 25 ? CO N N 25 ? DO N N 25 ? EO N N 25 ? FO N N 25 ? GO N N 26 ? HO N N 25 ? IO N N 25 ? JO N N 25 ? KO N N 25 ? LO N N 25 ? MO N N 25 ? NO N N 25 ? OO N N 25 ? PO N N 25 ? QO N N 25 ? RO N N 25 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ;THIS ENTRY CONTAINS PART OF THE ASYMMETRIC UNIT. THE BIOLOGICAL UNIT CONSISTS OF TWO SUBUNITS. THERE ARE TWO BIOLOGICAL UNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT. ; # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 VAL E 7 ? HIS E 16 ? VAL B 7 HIS B 16 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 2 ASN E 25 ? ARG E 30 ? ASN B 25 ARG B 30 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 3 ASP E 43 ? GLY E 65 ? ASP B 43 GLY B 65 1 ? 23 HELX_P HELX_P4 4 LYS E 74 ? ARG E 87 ? LYS B 74 ARG B 87 1 ? 14 HELX_P HELX_P5 5 ASN E 104 ? LEU E 121 ? ASN B 104 LEU B 121 1 ? 18 HELX_P HELX_P6 6 PRO E 131 ? SER E 150 ? PRO B 131 SER B 150 1 ? 20 HELX_P HELX_P7 7 GLU E 170 ? LEU E 180 ? GLU B 170 LEU B 180 1 ? 11 HELX_P HELX_P8 8 ASP E 193 ? VAL E 197 ? ASP B 193 VAL B 197 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 9 ALA E 207 ? ALA E 225 ? ALA B 207 ALA B 225 1 ? 19 HELX_P HELX_P10 10 SER E 235 ? GLN E 240 ? SER B 235 GLN B 240 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 11 HIS F 6 ? LEU F 12 ? HIS C 6 LEU C 12 1 ? 7 HELX_P HELX_P12 12 GLN F 28 ? GLU F 46 ? GLN C 28 GLU C 46 1 ? 19 HELX_P HELX_P13 13 LEU F 47 ? ALA F 50 ? LEU C 47 ALA C 50 5 ? 4 HELX_P HELX_P14 14 LYS F 72 ? VAL F 76 ? LYS C 72 VAL C 76 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 15 GLU F 82 ? LEU F 94 ? GLU C 82 LEU C 94 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 16 ASN F 108 ? LEU F 111 ? ASN C 108 LEU C 111 5 ? 4 HELX_P HELX_P17 17 SER F 112 ? ARG F 126 ? SER C 112 ARG C 126 1 ? 15 HELX_P HELX_P18 18 ALA F 129 ? GLY F 145 ? ALA C 129 GLY C 145 1 ? 17 HELX_P HELX_P19 19 LEU G 11 ? GLY G 16 ? LEU D 11 GLY D 16 1 ? 6 HELX_P HELX_P20 20 GLY G 23 ? SER G 28 ? GLY D 23 SER D 28 1 ? 6 HELX_P HELX_P21 21 SER G 52 ? TYR G 68 ? SER D 52 TYR D 68 1 ? 17 HELX_P HELX_P22 22 SER G 71 ? LYS G 85 ? SER D 71 LYS D 85 1 ? 15 HELX_P HELX_P23 23 VAL G 88 ? ARG G 100 ? VAL D 88 ARG D 100 1 ? 13 HELX_P HELX_P24 24 ARG G 100 ? ARG G 107 ? ARG D 100 ARG D 107 1 ? 8 HELX_P HELX_P25 25 SER G 113 ? HIS G 123 ? SER D 113 HIS D 123 1 ? 11 HELX_P HELX_P26 26 ALA G 149 ? ASN G 154 ? ALA D 149 ASN D 154 1 ? 6 HELX_P HELX_P27 27 LEU G 155 ? MET G 165 ? LEU D 155 MET D 165 1 ? 11 HELX_P HELX_P28 28 ASN G 199 ? SER G 208 ? ASN D 199 SER D 208 1 ? 10 HELX_P HELX_P29 29 GLU H 50 ? ASN H 65 ? GLU E 50 ASN E 65 1 ? 16 HELX_P HELX_P30 30 GLY H 103 ? LEU H 112 ? GLY E 103 LEU E 112 1 ? 10 HELX_P HELX_P31 31 ASN H 127 ? LEU H 142 ? ASN E 127 LEU E 142 1 ? 16 HELX_P HELX_P32 32 THR H 144 ? GLY H 154 ? THR E 144 GLY E 154 1 ? 11 HELX_P HELX_P33 33 ASP I 15 ? GLY I 34 ? ASP F 15 GLY F 34 1 ? 20 HELX_P HELX_P34 34 PRO I 51 ? ASP I 55 ? PRO F 51 ASP F 55 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 35 ARG I 71 ? ARG I 82 ? ARG F 71 ARG F 82 1 ? 12 HELX_P HELX_P36 36 ASP J 20 ? MET J 31 ? ASP G 20 MET G 31 1 ? 12 HELX_P HELX_P37 37 LYS J 35 ? THR J 54 ? LYS G 35 THR G 54 1 ? 20 HELX_P HELX_P38 38 GLU J 57 ? VAL J 69 ? GLU G 57 VAL G 69 1 ? 13 HELX_P HELX_P39 39 SER J 92 ? ASN J 109 ? SER G 92 ASN G 109 1 ? 18 HELX_P HELX_P40 40 ARG J 115 ? GLY J 130 ? ARG G 115 GLY G 130 1 ? 16 HELX_P HELX_P41 41 GLY J 132 ? ASN J 148 ? GLY G 132 ASN G 148 1 ? 17 HELX_P HELX_P42 42 ARG J 149 ? TYR J 154 ? ARG G 149 TYR G 154 5 ? 6 HELX_P HELX_P43 43 ASP K 4 ? TYR K 20 ? ASP H 4 TYR H 20 1 ? 17 HELX_P HELX_P44 44 SER K 29 ? GLU K 42 ? SER H 29 GLU H 42 1 ? 14 HELX_P HELX_P45 45 GLY K 96 ? ILE K 100 ? GLY H 96 ILE H 100 5 ? 5 HELX_P HELX_P46 46 ARG K 102 ? LEU K 107 ? ARG H 102 LEU H 107 5 ? 6 HELX_P HELX_P47 47 ARG K 122 ? GLY K 128 ? ARG H 122 GLY H 128 1 ? 7 HELX_P HELX_P48 48 ASP L 32 ? PHE L 37 ? ASP I 32 PHE I 37 1 ? 6 HELX_P HELX_P49 49 VAL L 41 ? LEU L 47 ? VAL I 41 LEU I 47 1 ? 7 HELX_P HELX_P50 50 LEU L 47 ? VAL L 53 ? LEU I 47 VAL I 53 1 ? 7 HELX_P HELX_P51 51 LYS L 70 ? TYR L 88 ? LYS I 70 TYR I 88 1 ? 19 HELX_P HELX_P52 52 PRO L 90 ? ALA L 94 ? PRO I 90 ALA I 94 5 ? 5 HELX_P HELX_P53 53 ASP M 12 ? ARG M 29 ? ASP J 12 ARG J 29 1 ? 18 HELX_P HELX_P54 54 ASN M 78 ? LEU M 88 ? ASN J 78 LEU J 88 1 ? 11 HELX_P HELX_P55 55 GLY N 45 ? GLY N 49 ? GLY K 45 GLY K 49 1 ? 5 HELX_P HELX_P56 56 GLY N 52 ? THR N 57 ? GLY K 52 THR K 57 1 ? 6 HELX_P HELX_P57 57 THR N 57 ? MET N 73 ? THR K 57 MET K 73 1 ? 17 HELX_P HELX_P58 58 ALA N 74 ? GLY N 76 ? ALA K 74 GLY K 76 5 ? 3 HELX_P HELX_P59 59 GLY N 90 ? ALA N 100 ? GLY K 90 ALA K 100 1 ? 11 HELX_P HELX_P60 60 THR O 5 ? LYS O 12 ? THR L 5 LYS L 12 1 ? 8 HELX_P HELX_P61 61 ARG P 14 ? ILE P 22 ? ARG M 14 ILE M 22 1 ? 9 HELX_P HELX_P62 62 GLY P 26 ? GLU P 35 ? GLY M 26 GLU M 35 1 ? 10 HELX_P HELX_P63 63 ARG P 44 ? LEU P 48 ? ARG M 44 LEU M 48 5 ? 5 HELX_P HELX_P64 64 THR P 49 ? TRP P 64 ? THR M 49 TRP M 64 1 ? 16 HELX_P HELX_P65 65 LEU P 66 ? ILE P 84 ? LEU M 66 ILE M 84 1 ? 19 HELX_P HELX_P66 66 CYS P 86 ? GLY P 95 ? CYS M 86 GLY M 95 1 ? 10 HELX_P HELX_P67 67 ALA P 107 ? GLY P 112 ? ALA M 107 GLY M 112 1 ? 6 HELX_P HELX_P68 68 ALA Q 2 ? ALA Q 10 ? ALA N 2 ALA N 10 1 ? 9 HELX_P HELX_P69 69 CYS Q 40 ? GLY Q 51 ? CYS N 40 GLY N 51 1 ? 12 HELX_P HELX_P70 70 THR R 4 ? PHE R 15 ? THR O 4 PHE O 15 1 ? 12 HELX_P HELX_P71 71 SER R 24 ? HIS R 46 ? SER O 24 HIS O 46 1 ? 23 HELX_P HELX_P72 72 ASP R 49 ? ASP R 74 ? ASP O 49 ASP O 74 1 ? 26 HELX_P HELX_P73 73 ARG R 77 ? GLY R 86 ? ARG O 77 GLY O 86 1 ? 10 HELX_P HELX_P74 74 ASP S 52 ? VAL S 62 ? ASP P 52 VAL P 62 1 ? 11 HELX_P HELX_P75 75 THR S 67 ? ALA S 77 ? THR P 67 ALA P 77 1 ? 11 HELX_P HELX_P76 76 ARG T 81 ? SER T 97 ? ARG Q 81 SER Q 97 1 ? 17 HELX_P HELX_P77 77 LYS U 21 ? LEU U 26 ? LYS R 21 LEU R 26 1 ? 6 HELX_P HELX_P78 78 ASN U 36 ? ARG U 42 ? ASN R 36 ARG R 42 1 ? 7 HELX_P HELX_P79 79 PRO U 52 ? GLY U 57 ? PRO R 52 GLY R 57 1 ? 6 HELX_P HELX_P80 80 SER U 59 ? LEU U 76 ? SER R 59 LEU R 76 1 ? 18 HELX_P HELX_P81 81 ASP V 12 ? GLY V 26 ? ASP S 12 GLY S 26 1 ? 15 HELX_P HELX_P82 82 VAL V 41 ? VAL V 45 ? VAL S 41 VAL S 45 5 ? 5 HELX_P HELX_P83 83 ALA W 12 ? GLY W 47 ? ALA T 12 GLY T 47 1 ? 36 HELX_P HELX_P84 84 ALA W 49 ? GLY W 69 ? ALA T 49 GLY T 69 1 ? 21 HELX_P HELX_P85 85 ASN W 75 ? GLU W 93 ? ASN T 75 GLU T 93 1 ? 19 HELX_P HELX_P86 86 THR X 8 ? GLY X 16 ? THR U 8 GLY U 16 1 ? 9 HELX_P HELX_P87 87 MET Y 1 ? GLU Y 9 ? MET X 1 GLU X 9 1 ? 9 HELX_P HELX_P88 88 GLU Y 9 ? LEU Y 19 ? GLU X 9 LEU X 19 1 ? 11 HELX_P HELX_P89 89 ASP Y 27 ? SER Y 63 ? ASP X 27 SER X 63 1 ? 37 HELX_P HELX_P90 90 ASP Y 67 ? LEU Y 97 ? ASP X 67 LEU X 97 1 ? 31 HELX_P HELX_P91 91 GLY Y 116 ? GLY Y 139 ? GLY X 116 GLY X 139 1 ? 24 HELX_P HELX_P92 92 GLY Y 166 ? LYS Y 172 ? GLY X 166 LYS X 172 1 ? 7 HELX_P HELX_P93 93 TYR Y 173 ? SER Y 175 ? TYR X 173 SER X 175 5 ? 3 HELX_P HELX_P94 94 ASN Y 213 ? ASP Y 215 ? 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LEU X 332 ALA X 352 1 ? 21 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc1 metalc ? ? 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WATSON-CRICK ? ? hydrog1555 hydrog ? ? D U 28 O4 ? ? ? 1_555 D A 44 N6 ? ? Y U 27 Y A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog1556 hydrog ? ? D C 29 N3 ? ? ? 1_555 D G 43 N1 ? ? Y C 28 Y G 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog1557 hydrog ? ? D C 29 N4 ? ? ? 1_555 D G 43 O6 ? ? Y C 28 Y G 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog1558 hydrog ? ? D C 29 O2 ? ? ? 1_555 D G 43 N2 ? ? Y C 28 Y G 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog1559 hydrog ? ? D G 30 N1 ? ? ? 1_555 D C 42 N3 ? ? Y G 29 Y C 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog1560 hydrog ? ? D G 30 N2 ? ? ? 1_555 D C 42 O2 ? ? Y G 29 Y C 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog1561 hydrog ? ? D G 30 O6 ? ? ? 1_555 D C 42 N4 ? ? Y G 29 Y C 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog1562 hydrog ? ? D G 31 N1 ? ? ? 1_555 D C 41 N3 ? ? Y G 30 Y C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog1563 hydrog ? ? D G 31 N2 ? ? ? 1_555 D C 41 O2 ? ? Y G 30 Y C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? 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AA ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel B 1 2 ? parallel B 2 3 ? parallel B 3 4 ? parallel B 4 5 ? parallel C 1 2 ? parallel C 2 3 ? anti-parallel C 3 4 ? parallel D 1 2 ? anti-parallel D 2 3 ? parallel E 1 2 ? anti-parallel E 2 3 ? anti-parallel E 3 4 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel F 2 3 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel H 3 4 ? parallel I 1 2 ? anti-parallel I 2 3 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? anti-parallel J 3 4 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel L 1 2 ? anti-parallel M 1 2 ? anti-parallel M 2 3 ? anti-parallel N 1 2 ? anti-parallel N 2 3 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel O 2 3 ? anti-parallel O 3 4 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel P 2 3 ? anti-parallel P 3 4 ? parallel Q 1 2 ? anti-parallel Q 2 3 ? anti-parallel Q 3 4 ? anti-parallel R 1 2 ? anti-parallel R 2 3 ? anti-parallel S 1 2 ? anti-parallel S 2 3 ? anti-parallel S 3 4 ? parallel T 1 2 ? anti-parallel T 2 3 ? anti-parallel T 3 4 ? parallel T 4 5 ? parallel U 1 2 ? anti-parallel U 2 3 ? anti-parallel U 3 4 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel V 2 3 ? anti-parallel W 1 2 ? anti-parallel X 1 2 ? anti-parallel X 2 3 ? anti-parallel X 3 4 ? anti-parallel X 4 5 ? anti-parallel Y 1 2 ? anti-parallel Z 1 2 ? anti-parallel Z 2 3 ? anti-parallel Z 3 4 ? anti-parallel Z 4 5 ? anti-parallel Z 5 6 ? parallel Z 6 7 ? anti-parallel Z 7 8 ? anti-parallel AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 ILE E 32 ? 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A G 112 ? A G 117 ? 1_555 MG ? UH MG . ? A MG 1736 ? 1_555 OP2 ? A G 286 ? A G 289 ? 1_555 124.5 ? 2 SG ? G CYS 9 ? D CYS 9 ? 1_555 ZN ? MN ZN . ? D ZN 210 ? 1_555 SG ? G CYS 26 ? D CYS 26 ? 1_555 95.4 ? 3 SG ? G CYS 9 ? D CYS 9 ? 1_555 ZN ? MN ZN . ? D ZN 210 ? 1_555 O ? G CYS 31 ? D CYS 31 ? 1_555 90.1 ? 4 SG ? G CYS 26 ? D CYS 26 ? 1_555 ZN ? MN ZN . ? D ZN 210 ? 1_555 O ? G CYS 31 ? D CYS 31 ? 1_555 145.2 ? 5 SG ? G CYS 9 ? D CYS 9 ? 1_555 ZN ? MN ZN . ? D ZN 210 ? 1_555 SG ? G CYS 31 ? D CYS 31 ? 1_555 161.2 ? 6 SG ? G CYS 26 ? D CYS 26 ? 1_555 ZN ? MN ZN . ? D ZN 210 ? 1_555 SG ? G CYS 31 ? D CYS 31 ? 1_555 96.7 ? 7 O ? G CYS 31 ? D CYS 31 ? 1_555 ZN ? MN ZN . ? D ZN 210 ? 1_555 SG ? G CYS 31 ? D CYS 31 ? 1_555 71.8 ? 8 SG ? Q CYS 24 ? N CYS 24 ? 1_555 ZN ? GO ZN . ? N ZN 62 ? 1_555 SG ? Q CYS 27 ? N CYS 27 ? 1_555 146.3 ? 9 SG ? Q CYS 24 ? N CYS 24 ? 1_555 ZN ? GO ZN . ? N ZN 62 ? 1_555 SG ? Q CYS 40 ? N CYS 40 ? 1_555 113.0 ? 10 SG ? Q CYS 27 ? N CYS 27 ? 1_555 ZN ? GO ZN . ? 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THE ENTIRE CRYSTAL STRUCTURE CONTAINS TWO 70S RIBOSOMES AND ARE DEPOSITED THIS WAY: 70S RIBOSOME, BIOMOLECULE I: 3D5A (30S SUBUNIT, MRNA, RF1 AND P- AND E-SITE TRNAS), 3D5B (50S SUBUNIT); 70S RIBOSOME, BIOMOLECULE II: 3D5C (30S SUBUNIT, MRNA, RF1 AND P- AND E-SITE TRNAS), 3D5D (50S SUBUNIT). ; _pdbx_entry_details.sequence_details ;E.COLI NUMBERING IS USED FOR 5S, 16S AND 23S RRNA. P- AND E-TRNA (TRNA FMET) HAVE NUMBERING ACCORDING TO THE CANONICAL YEAST TRNA PHE. RF1 AND RIBOSOMAL PROTEINS HAVE NUMBERING BASED ON THE PREDICTED SEQUENCE POSITION OF THE START METHIONINE (POSITION 1). ; _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 "C3'" A A 51 ? ? 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? -66.75 -75.51 268 1 HIS X 322 ? ? -143.77 49.22 269 1 LEU X 324 ? ? -28.86 -52.94 270 1 LEU X 328 ? ? -77.37 48.79 271 1 SER X 329 ? ? -160.71 5.67 272 1 ARG X 346 ? ? -54.81 -71.99 273 1 GLU X 353 ? ? -138.09 -61.74 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id 1 1 Y 1 A U 5 ? 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E THR 247 50 1 Y 1 B PRO 248 ? E PRO 248 51 1 Y 1 B GLU 249 ? E GLU 249 52 1 Y 1 B GLY 250 ? E GLY 250 53 1 Y 1 B GLU 251 ? E GLU 251 54 1 Y 1 B SER 252 ? E SER 252 55 1 Y 1 B GLU 253 ? E GLU 253 56 1 Y 1 B VAL 254 ? E VAL 254 57 1 Y 1 B GLU 255 ? E GLU 255 58 1 Y 1 B ALA 256 ? E ALA 256 59 1 Y 1 C MET 1 ? F MET 1 60 1 Y 1 C ILE 208 ? F ILE 208 61 1 Y 1 C GLY 209 ? F GLY 209 62 1 Y 1 C GLY 210 ? F GLY 210 63 1 Y 1 C GLN 211 ? F GLN 211 64 1 Y 1 C LYS 212 ? F LYS 212 65 1 Y 1 C PRO 213 ? F PRO 213 66 1 Y 1 C LYS 214 ? F LYS 214 67 1 Y 1 C ALA 215 ? F ALA 215 68 1 Y 1 C ARG 216 ? F ARG 216 69 1 Y 1 C PRO 217 ? F PRO 217 70 1 Y 1 C GLU 218 ? F GLU 218 71 1 Y 1 C LEU 219 ? F LEU 219 72 1 Y 1 C PRO 220 ? F PRO 220 73 1 Y 1 C LYS 221 ? F LYS 221 74 1 Y 1 C ALA 222 ? F ALA 222 75 1 Y 1 C GLU 223 ? F GLU 223 76 1 Y 1 C GLU 224 ? F GLU 224 77 1 Y 1 C ARG 225 ? F ARG 225 78 1 Y 1 C PRO 226 ? F PRO 226 79 1 Y 1 C ARG 227 ? F ARG 227 80 1 Y 1 C ARG 228 ? F ARG 228 81 1 Y 1 C ARG 229 ? 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N ALA 2 115 1 Y 1 K LYS 3 ? N LYS 3 116 1 Y 1 K LYS 4 ? N LYS 4 117 1 Y 1 K PRO 5 ? N PRO 5 118 1 Y 1 K SER 6 ? N SER 6 119 1 Y 1 K LYS 7 ? N LYS 7 120 1 Y 1 K LYS 8 ? N LYS 8 121 1 Y 1 K LYS 9 ? N LYS 9 122 1 Y 1 K VAL 10 ? N VAL 10 123 1 Y 1 L MET 1 ? O MET 1 124 1 Y 1 L ALA 2 ? O ALA 2 125 1 Y 1 L LEU 3 ? O LEU 3 126 1 Y 1 L ALA 128 ? O ALA 128 127 1 Y 1 L LYS 129 ? O LYS 129 128 1 Y 1 L THR 130 ? O THR 130 129 1 Y 1 L ALA 131 ? O ALA 131 130 1 Y 1 L ALA 132 ? O ALA 132 131 1 Y 1 L LYS 133 ? O LYS 133 132 1 Y 1 L LYS 134 ? O LYS 134 133 1 Y 1 M MET 1 ? P MET 1 134 1 Y 1 M GLY 119 ? P GLY 119 135 1 Y 1 M LYS 120 ? P LYS 120 136 1 Y 1 M LYS 121 ? P LYS 121 137 1 Y 1 M LYS 122 ? P LYS 122 138 1 Y 1 M ALA 123 ? P ALA 123 139 1 Y 1 M PRO 124 ? P PRO 124 140 1 Y 1 M ARG 125 ? P ARG 125 141 1 Y 1 M LYS 126 ? P LYS 126 142 1 Y 1 N MET 1 ? Q MET 1 143 1 Y 1 O MET 1 ? R MET 1 144 1 Y 1 P ALA 84 ? S ALA 84 145 1 Y 1 P ARG 85 ? S ARG 85 146 1 Y 1 P GLU 86 ? S GLU 86 147 1 Y 1 P GLY 87 ? 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X LYS 27 # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 3D5A 'double helix' 3D5A 'a-form double helix' 3D5A 'parallel strands' 3D5A 'hairpin loop' 3D5A tetraloop 3D5A 'bulge loop' 3D5A 'mismatched base pair' 3D5A 'internal loop' 3D5A 'triple helix' 3D5A 'quadruple helix' 3D5A 'three-way junction' 3D5A 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A G 9 1_555 A U 545 1_555 5.442 2.354 1.009 28.589 1.133 -60.223 1 A_G7:U560_A A 7 ? A 560 ? ? ? 1 A G 296 1_555 A G 551 1_555 2.268 2.925 -0.996 30.901 2.379 -95.332 2 A_G299:G566_A A 299 ? A 566 ? 6 ? 1 A A 297 1_555 A U 550 1_555 2.952 0.923 -0.871 17.136 36.575 92.041 3 A_A300:U565_A A 300 ? A 565 ? ? 5 1 A A 394 1_555 A U 39 1_555 0.294 1.555 1.424 -14.608 7.795 160.265 4 A_A397:U37_A A 397 ? A 37 ? 21 2 1 A G 533 1_555 A C 38 1_555 -0.937 -0.140 -0.589 -10.091 -9.225 2.418 5 A_G548:C36_A A 548 ? A 36 ? 19 1 1 A C 534 1_555 A G 37 1_555 0.550 -0.069 -0.204 -9.715 -6.743 0.415 6 A_C549:G35_A A 549 ? A 35 ? 19 1 1 A G 535 1_555 A C 36 1_555 -0.079 0.319 0.089 -8.202 -3.145 8.662 7 A_G550:C34_A A 550 ? A 34 ? ? 1 1 A U 536 1_555 A A 35 1_555 -0.421 -0.199 -0.261 -6.183 -20.978 -1.086 8 A_U551:A33_A A 551 ? A 33 ? 20 1 1 A U 537 1_555 A A 34 1_555 0.213 0.032 0.215 -10.917 -5.949 -8.632 9 A_U552:A32_A A 552 ? A 32 ? 20 1 1 A A 538 1_555 A U 32 1_555 0.820 0.052 -0.100 11.295 8.373 -4.109 10 A_A553:U30_A A 553 ? 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