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Brunger' axel.brunger@yale.edu refinement http://cns-online.org/ Fortran_77 ? 1 PDB_EXTRACT 3.006 'June 11, 2008' package PDB help@deposit.rcsb.org 'data extraction' http://sw-tools.pdb.org/apps/PDB_EXTRACT/ C++ ? 2 HKL-2000 . ? ? ? ? 'data collection' ? ? ? 3 HKL-2000 . ? ? ? ? 'data reduction' ? ? ? 4 HKL-2000 . ? ? ? ? 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B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 4 ? # loop_ _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.db_code _struct_ref.db_name _struct_ref.id _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 P28366 SECA_BACSU UNP 1 1 ;MLGILNKMFDPTKRTLNRYEKIANDIDAIRGDYENLSDDALKHKTIEFKERLEKGATTDDLLVEAFAVVREASRRVTGMF PFKVQLMGGVALHDGNIAEMKTGEGKTLTSTLPVYLNALTGKGVHVVTVNEYLASRDAEQMGKIFEFLGLTVGLNLNSMS KDEKREAYAADITYSTNNELGFDYLRDNMVLYKEQMVQRPLHFAVIDEVDSILIDEARTPLIISGQAAKSTKLYVQANAF VRTLKAEKDYTYDIKTKAVQLTEEGMTKAEKAFGIDNLFDVKHVALNHHINQALKAHVAMQKDVDYVVEDGQVVIVDSFT GRLMKGRRYSEGLHQAIEAKEGLEIQNESMTLATITFQNYFRMYEKLAGMTGTAKTEEEEFRNIYNMQVVTIPTNRPVVR DDRPDLIYRTMEGKFKAVAEDVAQRYMTGQPVLVGTVAVETSELISKLLKNKGIPHQVLNAKNHEREAQIIEEAGQKGAV TIATNMAGRGTDIKLGEGVKELGGLAVVGTERHESRRIDNQLRGRSGRQGDPGITQFYLSMEDELMRRFGAERTMAMLDR FGMDDSTPIQSKMVSRAVESSQKRVEGNNFDSRKQLLQYDDVLRQQREVIYKQRFEVIDSENLREIVENMIKSSLERAIA AYTPREELPEEWKLDGLVDLINTTYLDEGALEKSDIFGKEPDEMLELIMDRIITKYNEKEEQFGKEQMREFEKVIVLRAV DSKWMDHIDAMDQLRQGIHLRAYAQTNPLREYQMEGFAMFEHMIESIEDEVAKFVMKAE ; ? 2 O66491 SECY_AQUAE UNP 2 1 ;MSEYLKALFELKELRQKFIFTLLMFVIYRLGSHIPIPGINPEALRDFLKAFEGSVFALYDIFSGGNLGRLTVFALGVMPY ISASIMMQLLTVAIPSLQRLAKEEGDYGRYKINEYTKYLTLFVATVQSLGIAFWIRGQVSPKGIPVVENPGISFILITVL TLVAGTMFLVWIADRITEKGIGNGASLIIFAGIVANFPNAVIQFYEKVKTGDIGPLTLLLIIALIIAIIVGIVYVQEAER RIPIQYPGRQVGRQLYAGRKTYLPIKINPAGVIPIIFAQALLLIPSTLLNFVQNPFIKVIADMFQPGAIFYNFLYVTFIV FFTYFYTAVLINPVELAENLHKAGAFIPGVRPGQDTVKYLERIINRLIFFGALFLSVIALIPILISVWFNIPFYFGGTTA LIVVGVALDTFRQIETYLIQKKYKSYVRR ; ? 3 3DL8 3DL8 PDB 3 1 MEKLKEFLKGVRDELKRVVWPSRELVVKATISVIIFSLAIGVYLWILDLTFTKIISFILSLRGSL ? 4 O66505 SECG_AQUAE UNP 4 1 ;MYYALLTLFVIIAVVLIISTLLQKGRGDVGAAFGGGMGQSIFGVGGVETILTKATYWLGALFLVLALLLSVIPKEKGSVV EKSVQTEQSEGKGTTQESGK ; ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3DL8 A 1 ? 779 ? P28366 1 ? 779 ? 1 779 2 1 3DL8 B 1 ? 779 ? P28366 1 ? 779 ? 1 779 3 2 3DL8 G 1 ? 429 ? O66491 1 ? 429 ? 1 429 4 2 3DL8 H 1 ? 429 ? O66491 1 ? 429 ? 1 429 5 3 3DL8 C 1 ? 65 ? 3DL8 1 ? 65 ? 1 65 6 3 3DL8 D 1 ? 65 ? 3DL8 1 ? 65 ? 1 65 7 4 3DL8 E 1 ? 100 ? O66505 1 ? 100 ? 1 100 8 4 3DL8 F 1 ? 100 ? O66505 1 ? 100 ? 1 100 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 7 3DL8 GLY E 101 ? UNP O66505 ? ? 'expression tag' 101 1 7 3DL8 HIS E 102 ? UNP O66505 ? ? 'expression tag' 102 2 7 3DL8 HIS E 103 ? UNP O66505 ? ? insertion 103 3 7 3DL8 HIS E 104 ? UNP O66505 ? ? 'expression tag' 104 4 7 3DL8 HIS E 105 ? UNP O66505 ? ? 'expression tag' 105 5 7 3DL8 HIS E 106 ? UNP O66505 ? ? 'expression tag' 106 6 7 3DL8 HIS E 107 ? UNP O66505 ? ? 'expression tag' 107 7 8 3DL8 GLY F 101 ? UNP O66505 ? ? 'expression tag' 101 8 8 3DL8 HIS F 102 ? UNP O66505 ? ? 'expression tag' 102 9 8 3DL8 HIS F 103 ? UNP O66505 ? ? 'expression tag' 103 10 8 3DL8 HIS F 104 ? UNP O66505 ? ? 'expression tag' 104 11 8 3DL8 HIS F 105 ? UNP O66505 ? ? 'expression tag' 105 12 8 3DL8 HIS F 106 ? UNP O66505 ? ? 'expression tag' 106 13 8 3DL8 HIS F 107 ? UNP O66505 ? ? 'expression tag' 107 14 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_defined_assembly ? tetrameric 4 2 author_defined_assembly ? tetrameric 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,C,E,G 2 1 B,D,F,H # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 MET A 8 ? GLU A 34 ? MET A 8 GLU A 34 1 ? 27 HELX_P HELX_P2 2 ASP A 38 ? LEU A 52 ? ASP A 38 LEU A 52 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 3 THR A 58 ? THR A 77 ? THR A 58 THR A 77 1 ? 20 HELX_P HELX_P4 4 GLN A 85 ? GLY A 95 ? GLN A 85 GLY A 95 1 ? 11 HELX_P HELX_P5 5 LYS A 106 ? LEU A 119 ? LYS A 106 LEU A 119 1 ? 14 HELX_P HELX_P6 6 ASN A 130 ? MET A 141 ? ASN A 130 MET A 141 1 ? 12 HELX_P HELX_P7 7 MET A 141 ? LEU A 148 ? MET A 141 LEU A 148 1 ? 8 HELX_P HELX_P8 8 GLU A 163 ? ALA A 170 ? GLU A 163 ALA A 170 1 ? 8 HELX_P HELX_P9 9 ASN A 177 ? ASP A 187 ? ASN A 177 ASP A 187 1 ? 11 HELX_P HELX_P10 10 LYS A 229 ? GLU A 247 ? LYS A 229 GLU A 247 1 ? 19 HELX_P HELX_P11 11 THR A 262 ? ALA A 272 ? THR A 262 ALA A 272 1 ? 11 HELX_P HELX_P12 12 HIS A 283 ? MET A 300 ? HIS A 283 MET A 300 1 ? 18 HELX_P HELX_P13 13 GLY A 332 ? GLY A 342 ? GLY A 332 GLY A 342 1 ? 11 HELX_P HELX_P14 14 LYS A 375 ? ILE A 384 ? LYS A 375 ILE A 384 1 ? 10 HELX_P HELX_P15 15 GLU A 412 ? GLY A 429 ? GLU A 412 GLY A 429 1 ? 18 HELX_P HELX_P16 16 ALA A 438 ? GLY A 453 ? ALA A 438 GLY A 453 1 ? 16 HELX_P HELX_P17 17 ASN A 463 ? ALA A 474 ? ASN A 463 ALA A 474 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 18 GLY A 498 ? LEU A 502 ? GLY A 498 LEU A 502 5 ? 5 HELX_P HELX_P19 19 SER A 515 ? ARG A 525 ? SER A 515 ARG A 525 1 ? 11 HELX_P HELX_P20 20 GLU A 544 ? PHE A 549 ? GLU A 544 PHE A 549 1 ? 6 HELX_P HELX_P21 21 GLY A 550 ? ARG A 560 ? GLY A 550 ARG A 560 1 ? 11 HELX_P HELX_P22 22 MET A 573 ? SER A 620 ? MET A 573 SER A 620 1 ? 48 HELX_P HELX_P23 23 LEU A 623 ? ALA A 641 ? LEU A 623 ALA A 641 1 ? 19 HELX_P HELX_P24 24 LYS A 653 ? THR A 664 ? LYS A 653 THR A 664 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 25 PRO A 681 ? GLN A 702 ? PRO A 681 GLN A 702 1 ? 22 HELX_P HELX_P26 26 GLY A 704 ? ALA A 742 ? GLY A 704 ALA A 742 1 ? 39 HELX_P HELX_P27 27 LEU A 749 ? LYS A 777 ? LEU A 749 LYS A 777 1 ? 29 HELX_P HELX_P28 28 MET B 8 ? GLU B 34 ? MET B 8 GLU B 34 1 ? 27 HELX_P HELX_P29 29 ASP B 38 ? LEU B 52 ? ASP B 38 LEU B 52 1 ? 15 HELX_P HELX_P30 30 THR B 58 ? THR B 77 ? THR B 58 THR B 77 1 ? 20 HELX_P HELX_P31 31 GLN B 85 ? GLY B 95 ? GLN B 85 GLY B 95 1 ? 11 HELX_P HELX_P32 32 LYS B 106 ? LEU B 119 ? LYS B 106 LEU B 119 1 ? 14 HELX_P HELX_P33 33 ASN B 130 ? MET B 141 ? ASN B 130 MET B 141 1 ? 12 HELX_P HELX_P34 34 MET B 141 ? LEU B 148 ? MET B 141 LEU B 148 1 ? 8 HELX_P HELX_P35 35 GLU B 163 ? ALA B 170 ? GLU B 163 ALA B 170 1 ? 8 HELX_P HELX_P36 36 ASN B 177 ? ASP B 187 ? ASN B 177 ASP B 187 1 ? 11 HELX_P HELX_P37 37 LYS B 229 ? GLU B 247 ? LYS B 229 GLU B 247 1 ? 19 HELX_P HELX_P38 38 THR B 262 ? ALA B 272 ? THR B 262 ALA B 272 1 ? 11 HELX_P HELX_P39 39 HIS B 283 ? MET B 300 ? HIS B 283 MET B 300 1 ? 18 HELX_P HELX_P40 40 GLY B 332 ? GLY B 342 ? GLY B 332 GLY B 342 1 ? 11 HELX_P HELX_P41 41 LYS B 375 ? ILE B 384 ? LYS B 375 ILE B 384 1 ? 10 HELX_P HELX_P42 42 GLU B 412 ? GLY B 429 ? GLU B 412 GLY B 429 1 ? 18 HELX_P HELX_P43 43 ALA B 438 ? GLY B 453 ? ALA B 438 GLY B 453 1 ? 16 HELX_P HELX_P44 44 ASN B 463 ? ALA B 474 ? ASN B 463 ALA B 474 1 ? 12 HELX_P HELX_P45 45 GLY B 498 ? LEU B 502 ? GLY B 498 LEU B 502 5 ? 5 HELX_P HELX_P46 46 SER B 515 ? ARG B 525 ? SER B 515 ARG B 525 1 ? 11 HELX_P HELX_P47 47 GLU B 544 ? PHE B 549 ? GLU B 544 PHE B 549 1 ? 6 HELX_P HELX_P48 48 GLY B 550 ? ARG B 560 ? GLY B 550 ARG B 560 1 ? 11 HELX_P HELX_P49 49 MET B 573 ? SER B 620 ? MET B 573 SER B 620 1 ? 48 HELX_P HELX_P50 50 LEU B 623 ? ALA B 641 ? LEU B 623 ALA B 641 1 ? 19 HELX_P HELX_P51 51 LYS B 653 ? THR B 664 ? LYS B 653 THR B 664 1 ? 12 HELX_P HELX_P52 52 PRO B 681 ? GLN B 702 ? PRO B 681 GLN B 702 1 ? 22 HELX_P HELX_P53 53 GLY B 704 ? ALA B 742 ? GLY B 704 ALA B 742 1 ? 39 HELX_P HELX_P54 54 LEU B 749 ? LYS B 777 ? LEU B 749 LYS B 777 1 ? 29 HELX_P HELX_P55 55 ARG C 15 ? ILE C 34 ? ARG G 15 ILE G 34 1 ? 20 HELX_P HELX_P56 56 GLY C 76 ? ILE C 94 ? GLY G 76 ILE G 94 1 ? 19 HELX_P HELX_P57 57 GLY C 105 ? GLN C 138 ? GLY G 105 GLN G 138 1 ? 34 HELX_P HELX_P58 58 SER C 153 ? GLY C 180 ? SER G 153 GLY G 180 1 ? 28 HELX_P HELX_P59 59 ASN C 183 ? PHE C 197 ? ASN G 183 PHE G 197 1 ? 15 HELX_P HELX_P60 60 PRO C 215 ? VAL C 233 ? PRO G 215 VAL G 233 1 ? 19 HELX_P HELX_P61 61 ILE C 273 ? PHE C 291 ? ILE G 273 PHE G 291 1 ? 19 HELX_P HELX_P62 62 GLY C 307 ? ALA C 328 ? GLY G 307 ALA G 328 1 ? 22 HELX_P HELX_P63 63 ILE C 331 ? ASN C 339 ? ILE G 331 ASN G 339 1 ? 9 HELX_P HELX_P64 64 PRO C 352 ? SER C 386 ? PRO G 352 SER G 386 1 ? 35 HELX_P HELX_P65 65 GLY C 397 ? LEU C 418 ? GLY G 397 LEU G 418 1 ? 22 HELX_P HELX_P66 66 ARG D 15 ? ILE D 34 ? ARG H 15 ILE H 34 1 ? 20 HELX_P HELX_P67 67 GLY D 76 ? ILE D 94 ? GLY H 76 ILE H 94 1 ? 19 HELX_P HELX_P68 68 GLY D 105 ? GLN D 138 ? GLY H 105 GLN H 138 1 ? 34 HELX_P HELX_P69 69 SER D 153 ? GLY D 180 ? SER H 153 GLY H 180 1 ? 28 HELX_P HELX_P70 70 ASN D 183 ? PHE D 197 ? ASN H 183 PHE H 197 1 ? 15 HELX_P HELX_P71 71 PRO D 215 ? VAL D 233 ? PRO H 215 VAL H 233 1 ? 19 HELX_P HELX_P72 72 ILE D 273 ? PHE D 291 ? ILE H 273 PHE H 291 1 ? 19 HELX_P HELX_P73 73 GLY D 307 ? ALA D 328 ? GLY H 307 ALA H 328 1 ? 22 HELX_P HELX_P74 74 ILE D 331 ? ASN D 339 ? ILE H 331 ASN H 339 1 ? 9 HELX_P HELX_P75 75 PRO D 352 ? SER D 386 ? PRO H 352 SER H 386 1 ? 35 HELX_P HELX_P76 76 GLY D 397 ? LEU D 418 ? GLY H 397 LEU H 418 1 ? 22 HELX_P HELX_P77 77 LYS E 28 ? ARG E 62 ? LYS C 28 ARG C 62 1 ? 35 HELX_P HELX_P78 78 LYS F 28 ? ARG F 62 ? LYS D 28 ARG D 62 1 ? 35 HELX_P HELX_P79 79 LEU G 8 ? ALA G 32 ? LEU E 8 ALA E 32 1 ? 25 HELX_P HELX_P80 80 THR G 52 ? VAL G 71 ? THR E 52 VAL E 71 1 ? 20 HELX_P HELX_P81 81 LEU H 8 ? ALA H 32 ? LEU F 8 ALA F 32 1 ? 25 HELX_P HELX_P82 82 THR H 52 ? VAL H 71 ? THR F 52 VAL F 71 1 ? 20 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 5 ? B ? 6 ? C ? 5 ? 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