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'Deinococcus radiodurans R1' 243230 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample ? ? ? 'Deinococcus radiodurans R1' 243230 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 MT9 non-polymer . ;(3R,4S,5S,7R,9E,11S,12R)-12-ethyl-11-hydroxy-3,5,7,11-tetramethyl-2,8-dioxooxacyclododec-9-en-4-yl 3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranoside ; methymycin 'C25 H43 N O7' 469.611 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 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_refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_diffrn_id 1,2 _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_analyze.entry_id 3FWO _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.89 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs 1.23 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs 5.00 _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free 0.99 _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free 1.35 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # loop_ _pdbx_xplor_file.pdbx_refine_id _pdbx_xplor_file.serial_no _pdbx_xplor_file.param_file _pdbx_xplor_file.topol_file 'X-RAY DIFFRACTION' 1 protein_rep.param protein.top 'X-RAY DIFFRACTION' 2 dna-rna_rep.param METH_050808.top 'X-RAY DIFFRACTION' 3 ion.param dna-rna-allatom.top 'X-RAY DIFFRACTION' 4 METH_050808.par ion.top # _struct_ncs_dom.id 1 _struct_ncs_dom.details ? _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 # _struct_ncs_ens.id 1 _struct_ncs_ens.details ? # _database_PDB_matrix.entry_id 3FWO _database_PDB_matrix.origx[1][1] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[1][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][2] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx[2][3] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][1] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][2] 0.000000 _database_PDB_matrix.origx[3][3] 1.000000 _database_PDB_matrix.origx_vector[1] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[2] 0.00000 _database_PDB_matrix.origx_vector[3] 0.00000 # _struct.entry_id 3FWO _struct.title 'The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans complexed with Methymycin' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3FWO _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME _struct_keywords.text ;Ribosome; large subunit; 50S; Deinococcus Radiodurans; X-ray structure; peptidyl-transferase, peptide bond formation, antibiotics, macrolides, RIBOSOME ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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2 GB AE002087 6460405 2 1646 ;CCCCCGUGCCCAUAGCACUGUGGAACCACCCCACCCCAUGCCGAACUGGGUCGUGAAACACAGCAGCGCCAAUGAUACUC GGACCGCAGGGUCCCGGAAAAGUCGGUCAGCGCGGGGG ; ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 3FWO A 1 ? 2880 ? 6460405 4635 ? 7514 ? 1 2880 2 2 3FWO B 1 ? 118 ? 6460405 1646 ? 1763 ? 4 121 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? A G 1 N1 ? ? ? 1_555 A C 2876 N3 ? ? A G 1 A C 2876 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? A G 1 N2 ? ? ? 1_555 A C 2876 O2 ? ? A G 1 A C 2876 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? A G 1 O6 ? ? ? 1_555 A C 2876 N4 ? ? A G 1 A C 2876 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? A G 2 N1 ? ? ? 1_555 A C 2875 N3 ? ? A G 2 A C 2875 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? A G 2 N2 ? ? ? 1_555 A C 2875 O2 ? ? A G 2 A C 2875 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? A G 2 O6 ? ? ? 1_555 A C 2875 N4 ? ? A G 2 A C 2875 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? A U 3 N3 ? ? ? 1_555 A A 2874 N1 ? ? A U 3 A A 2874 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? A U 3 O4 ? ? ? 1_555 A A 2874 N6 ? ? A U 3 A A 2874 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? A C 4 N3 ? ? ? 1_555 A G 2873 N1 ? ? A C 4 A G 2873 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? 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"C5'" "H5''" sing N N 85 G "C4'" "O4'" sing N N 86 G "C4'" "C3'" sing N N 87 G "C4'" "H4'" sing N N 88 G "O4'" "C1'" sing N N 89 G "C3'" "O3'" sing N N 90 G "C3'" "C2'" sing N N 91 G "C3'" "H3'" sing N N 92 G "O3'" "HO3'" sing N N 93 G "C2'" "O2'" sing N N 94 G "C2'" "C1'" sing N N 95 G "C2'" "H2'" sing N N 96 G "O2'" "HO2'" sing N N 97 G "C1'" N9 sing N N 98 G "C1'" "H1'" sing N N 99 G N9 C8 sing Y N 100 G N9 C4 sing Y N 101 G C8 N7 doub Y N 102 G C8 H8 sing N N 103 G N7 C5 sing Y N 104 G C5 C6 sing N N 105 G C5 C4 doub Y N 106 G C6 O6 doub N N 107 G C6 N1 sing N N 108 G N1 C2 sing N N 109 G N1 H1 sing N N 110 G C2 N2 sing N N 111 G C2 N3 doub N N 112 G N2 H21 sing N N 113 G N2 H22 sing N N 114 G N3 C4 sing N N 115 MT9 C4 C3 sing N N 116 MT9 C4 C5 sing N N 117 MT9 C4 O7 sing N N 118 MT9 C4 C25 sing N N 119 MT9 C3 O3 sing N N 120 MT9 C3 C2 sing N N 121 MT9 O3 C13 sing N N 122 MT9 C13 O2 doub N N 123 MT9 C13 C12 sing N N 124 MT9 C5 C6 doub N N 125 MT9 C12 C11 sing N E 126 MT9 C12 C14 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N 168 MT9 C23 H23A sing N N 169 MT9 C23 H23B sing N N 170 MT9 C14 H14 sing N N 171 MT9 C14 H14A sing N N 172 MT9 C14 H14B sing N N 173 MT9 C16 H16 sing N N 174 MT9 C15 H15 sing N N 175 MT9 C19 H19 sing N N 176 MT9 C18 H18 sing N N 177 MT9 C18 H18A sing N N 178 MT9 C17 H17 sing N N 179 MT9 O6 HO6 sing N N 180 MT9 C20 H20 sing N N 181 MT9 C20 H20A sing N N 182 MT9 C20 H20B sing N N 183 MT9 C21 H21 sing N N 184 MT9 C21 H21A sing N N 185 MT9 C21 H21B sing N N 186 MT9 C22 H22 sing N N 187 MT9 C22 H22A sing N N 188 MT9 C22 H22B sing N N 189 MT9 C1 H1 sing N N 190 MT9 C1 H1A sing N N 191 MT9 C1 H1B sing N N 192 U OP3 P sing N N 193 U OP3 HOP3 sing N N 194 U P OP1 doub N N 195 U P OP2 sing N N 196 U P "O5'" sing N N 197 U OP2 HOP2 sing N N 198 U "O5'" "C5'" sing N N 199 U "C5'" "C4'" sing N N 200 U "C5'" "H5'" sing N N 201 U "C5'" "H5''" sing N N 202 U "C4'" "O4'" sing N N 203 U "C4'" "C3'" sing N N 204 U "C4'" "H4'" sing N N 205 U "O4'" "C1'" sing N N 206 U "C3'" "O3'" sing N N 207 U "C3'" "C2'" sing N N 208 U "C3'" "H3'" sing N N 209 U "O3'" "HO3'" sing N N 210 U "C2'" "O2'" sing N N 211 U "C2'" "C1'" sing N N 212 U "C2'" "H2'" sing N N 213 U "O2'" "HO2'" sing N N 214 U "C1'" N1 sing N N 215 U "C1'" "H1'" sing N N 216 U N1 C2 sing N N 217 U N1 C6 sing N N 218 U C2 O2 doub N N 219 U C2 N3 sing N N 220 U N3 C4 sing N N 221 U N3 H3 sing N N 222 U C4 O4 doub N N 223 U C4 C5 sing N N 224 U C5 C6 doub N N 225 U C5 H5 sing N N 226 U C6 H6 sing N N 227 # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 3FWO 'double helix' 3FWO 'a-form double helix' 3FWO 'b-form double helix' 3FWO 'parallel strands' 3FWO 'hairpin loop' 3FWO tetraloop 3FWO 'bulge loop' 3FWO 'mismatched base pair' 3FWO 'internal loop' 3FWO 'triple helix' 3FWO 'quadruple helix' 3FWO 'three-way junction' 3FWO 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id 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