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Q9UBZ9 330 ? 833 ? 330 833 2 1 3GQC B 1 ? 504 ? Q9UBZ9 330 ? 833 ? 330 833 3 1 3GQC C 1 ? 504 ? Q9UBZ9 330 ? 833 ? 330 833 4 1 3GQC D 1 ? 504 ? Q9UBZ9 330 ? 833 ? 330 833 5 2 3GQC E 1 ? 12 ? 3GQC 1 ? 12 ? 1 12 6 3 3GQC F 1 ? 16 ? 3GQC 1 ? 16 ? 1 16 7 2 3GQC G 1 ? 12 ? 3GQC 1 ? 12 ? 1 12 8 3 3GQC H 1 ? 16 ? 3GQC 1 ? 16 ? 1 16 9 2 3GQC I 1 ? 12 ? 3GQC 1 ? 12 ? 1 12 10 3 3GQC J 1 ? 16 ? 3GQC 1 ? 16 ? 1 16 11 2 3GQC K 1 ? 12 ? 3GQC 1 ? 12 ? 1 12 12 3 3GQC L 1 ? 16 ? 3GQC 1 ? 16 ? 1 16 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DCP non-polymer . "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C9 H16 N3 O13 P3' 467.157 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DOC 'DNA linking' n "2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O6 P' 291.198 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 3GQC _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number ? # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 2.44 _exptl_crystal.density_percent_sol 49.62 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.preparation ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.temp 293 _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 4.6 _exptl_crystal_grow.pdbx_details ;20% PEG MME 5000, 400mM Sodium malonate pH 4.6, 100mM Ammonium sulfate, 200mM Sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K ; _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? # loop_ _exptl_crystal_grow_comp.crystal_id _exptl_crystal_grow_comp.id _exptl_crystal_grow_comp.sol_id _exptl_crystal_grow_comp.name _exptl_crystal_grow_comp.volume _exptl_crystal_grow_comp.conc _exptl_crystal_grow_comp.details 1 1 1 Water ? ? ? 1 2 2 Water ? ? ? # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.type 'ADSC QUANTUM 315' _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2006-11-28 _diffrn_detector.details ;Cryogenically cooled double crystal monochromator with horizontal focusing sagitally bent second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror ; # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'Si(111)' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.0000 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'NSLS BEAMLINE X29A' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site NSLS _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline X29A _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 1.0000 # _reflns.entry_id 3GQC _reflns.observed_criterion_sigma_I ? 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_reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_unique_obs ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 # _refine.entry_id 3GQC _refine.ls_number_reflns_obs 72489 _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low 43.07 _refine.ls_d_res_high 2.50 _refine.ls_percent_reflns_obs 94.39 _refine.ls_R_factor_obs 0.21890 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.21353 _refine.ls_R_factor_R_free 0.26709 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free 10.0 _refine.ls_number_reflns_R_free 8037 _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.937 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free 0.902 _refine.B_iso_mean 41.853 _refine.aniso_B[1][1] -0.44 _refine.aniso_B[2][2] 2.77 _refine.aniso_B[3][3] -2.36 _refine.aniso_B[1][2] 0.00 _refine.aniso_B[1][3] -1.14 _refine.aniso_B[2][3] 0.00 _refine.solvent_model_details MASK _refine.solvent_model_param_ksol ? 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_refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag 'LIKELY RESIDUAL' _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 13025 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 2276 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 125 _refine_hist.number_atoms_solvent 96 _refine_hist.number_atoms_total 15522 _refine_hist.d_res_high 2.50 _refine_hist.d_res_low 43.07 # loop_ _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function r_bond_refined_d 0.010 0.022 ? 15925 'X-RAY DIFFRACTION' ? r_bond_other_d ? ? ? ? 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'X-RAY DIFFRACTION' ? # _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.d_res_high 2.500 _refine_ls_shell.d_res_low 2.565 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 5080 _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.326 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 88.96 _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.402 _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 555 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' # _struct.entry_id 3GQC _struct.title 'Structure of human Rev1-DNA-dNTP ternary complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_CASP_flag ? _struct.pdbx_model_type_details ? # _struct_keywords.entry_id 3GQC _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSFERASE/DNA _struct_keywords.text ;PROTEIN-DNA COMPLEX, DNA damage, DNA repair, DNA synthesis, DNA-binding, Magnesium, Metal-binding, Nucleotidyltransferase, Nucleus, Transferase, TRANSFERASE-DNA COMPLEX ; # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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OA N N 6 ? # _struct_biol.id 1 _struct_biol.details 'THE BIOLOGICAL UNIT IS THE PROTEIN-DNA COMPLEX SINGLE PROTEIN CHAIN WITH 12/16 PRIMER/TEMPLATE DNA AND INCOMING DCTP' # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 SER A 15 ? SER A 27 ? SER A 344 SER A 356 1 ? 13 HELX_P HELX_P2 2 SER A 27 ? GLN A 47 ? SER A 356 GLN A 376 1 ? 21 HELX_P HELX_P3 3 PHE A 54 ? LYS A 59 ? PHE A 383 LYS A 388 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 4 CYS A 97 ? 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MG ? ? ? 1_555 A MET 95 O ? ? A MG 201 A MET 424 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? ? metalc7 metalc ? ? O MG . MG ? ? ? 1_555 A ASP 241 OD1 ? ? A MG 202 A ASP 570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? ? metalc8 metalc ? ? Q MG . MG ? ? ? 1_555 A THR 318 O ? ? A MG 211 A THR 647 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? ? metalc9 metalc ? ? Q MG . MG ? ? ? 1_555 A VAL 323 O ? ? A MG 211 A VAL 652 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? ? metalc10 metalc ? ? R DCP . O1A ? ? ? 1_555 S MG . MG ? ? B DCP 101 B MG 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? ? metalc11 metalc ? ? R DCP . O2B ? ? ? 1_555 S MG . MG ? ? B DCP 101 B MG 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? ? metalc12 metalc ? ? R DCP . O3G ? ? ? 1_555 S MG . MG ? ? B DCP 101 B MG 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? ? metalc13 metalc ? ? S MG . MG ? ? ? 1_555 B ASP 94 OD1 ? ? B MG 203 B ASP 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? ? metalc14 metalc ? ? S MG . MG ? ? ? 1_555 B MET 95 O ? ? B MG 203 B MET 424 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? ? metalc15 metalc ? ? S MG . MG ? ? ? 1_555 B ASP 241 OD2 ? ? 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LYS 584 C 1 -8.72 4 LYS 296 C . ? LYS 625 C PRO 297 C ? PRO 626 C 1 -4.35 5 LYS 296 D . ? LYS 625 D PRO 297 D ? PRO 626 D 1 4.78 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 5 ? B ? 3 ? C ? 4 ? D ? 5 ? E ? 3 ? F ? 4 ? G ? 5 ? H ? 3 ? I ? 4 ? J ? 5 ? K ? 3 ? L ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? anti-parallel A 4 5 ? parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? parallel C 1 2 ? anti-parallel C 2 3 ? anti-parallel C 3 4 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel D 2 3 ? anti-parallel D 3 4 ? anti-parallel D 4 5 ? parallel E 1 2 ? anti-parallel E 2 3 ? parallel F 1 2 ? anti-parallel F 2 3 ? anti-parallel F 3 4 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel G 3 4 ? anti-parallel G 4 5 ? parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? parallel I 1 2 ? anti-parallel I 2 3 ? anti-parallel I 3 4 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? anti-parallel J 3 4 ? anti-parallel J 4 5 ? parallel K 1 2 ? anti-parallel K 2 3 ? parallel L 1 2 ? anti-parallel L 2 3 ? anti-parallel L 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 ILE A 235 ? 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O ARG D 815 N MET D 429 ? N MET D 758 L 3 4 N VAL D 430 ? N VAL D 759 O ASP D 449 ? 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DC "2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_defined_assembly ? trimeric 3 2 author_defined_assembly ? trimeric 3 3 author_defined_assembly ? trimeric 3 4 author_defined_assembly ? trimeric 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,E,F,M,N,O,P,Q,DA,HA,IA 2 1 B,G,H,R,S,T,EA,JA,KA 3 1 C,I,J,U,V,W,X,FA,LA,MA 4 1 D,K,L,Y,Z,AA,BA,CA,GA,NA,OA # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 O1A ? 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